src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62   Menu outputmenu = new Menu();\r
  63   Menu seqMenu = new Menu();\r
  64   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  65   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  66   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  67 \r
  68   Sequence seq;\r
  69   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  70   MenuItem menuItem1 = new MenuItem();\r
  71   Menu menu1 = new Menu();\r
  72 \r
  73   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  74   {\r
  75     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  76     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  77     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  78     //\r
  79     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  80     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  81 \r
  82     this.ap = apanel;\r
  83     this.seq = seq;\r
  84 \r
  85     try\r
  86     {\r
  87       jbInit();\r
  88     }\r
  89     catch (Exception e)\r
  90     {\r
  91       e.printStackTrace();\r
  92     }\r
  93 \r
  94     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
  95     {\r
  96       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
  97 \r
  98       item.addActionListener(this);\r
  99       outputmenu.add(item);\r
 100     }\r
 101 \r
 102     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 103 \r
 104     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 105     {\r
 106       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 107       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 108       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 109       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 110       {\r
 111         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 112       }\r
 113 \r
 114     }\r
 115     else\r
 116     {\r
 117       remove(hideSeqs);\r
 118       remove(groupMenu);\r
 119     }\r
 120 \r
 121     if (links!=null)\r
 122     {\r
 123       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 124       MenuItem item;\r
 125       String link;\r
 126       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 127       {\r
 128         link = links.elementAt(i).toString();\r
 129         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 130         item = new MenuItem(target);\r
 131 \r
 132         final String url;\r
 133 \r
 134         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 135         {\r
 136           String id = seq.getName();\r
 137           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 138             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 139 \r
 140           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 141                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 142               + id +\r
 143               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 144         }\r
 145         else\r
 146           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 147 \r
 148            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 149            {\r
 150                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 151                {\r
 152                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 153                }\r
 154            });\r
 155           linkMenu.add(item);\r
 156       }\r
 157       if(seq!=null)\r
 158         seqMenu.add(linkMenu);\r
 159       else\r
 160         add(linkMenu);\r
 161     }\r
 162     if(seq!=null)\r
 163     {\r
 164       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 165       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 166     }\r
 167     else\r
 168       remove(seqMenu);\r
 169 \r
 170     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 171       remove(revealAll);\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 175   {\r
 176     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 177       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 178     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 179       showColourText_itemStateChanged();\r
 180     else if(evt.getSource()==showText)\r
 181       showText_itemStateChanged();\r
 182     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 183        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 187   {\r
 188     Object source = evt.getSource();\r
 189     if(source==clustalColour)\r
 190       clustalColour_actionPerformed();\r
 191     else if(source==zappoColour)\r
 192       zappoColour_actionPerformed();\r
 193     else if(source==taylorColour)\r
 194       taylorColour_actionPerformed();\r
 195     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 196       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 197     else if(source==helixColour)\r
 198       helixColour_actionPerformed();\r
 199     else if(source==strandColour)\r
 200       strandColour_actionPerformed();\r
 201     else if(source==turnColour)\r
 202       turnColour_actionPerformed();\r
 203     else if(source==buriedColour)\r
 204       buriedColour_actionPerformed();\r
 205     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 206       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 207 \r
 208     else if (source == userDefinedColour)\r
 209       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 210     else if (source == PIDColour)\r
 211       PIDColour_actionPerformed();\r
 212     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 213       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 214     else if (source == noColourmenuItem)\r
 215       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 216     else if (source == conservationMenuItem)\r
 217       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 218     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 219       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 220 \r
 221     else if(source == pdb)\r
 222       addPDB();\r
 223     else if(source == hideSeqs)\r
 224       hideSequences(false);\r
 225     else if(source == repGroup)\r
 226       hideSequences(true);\r
 227     else if(source == revealAll)\r
 228     {\r
 229         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 230     }\r
 231 \r
 232     else if(source==copy)\r
 233       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 234     else if(source==cut)\r
 235       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 236     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 237     {/*\r
 238       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 239       if (sg != null)\r
 240       {\r
 241         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
 242         {\r
 243           int start = sg.getStartRes();\r
 244           int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 245 \r
 246           do\r
 247           {\r
 248             if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 249             {\r
 250               end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 251               if (start == end)\r
 252                 end = sg.getEndRes() + 1;\r
 253               if (end > sg.getEndRes())\r
 254                 end = sg.getEndRes() + 1;\r
 255             }\r
 256 \r
 257             if (source == toggleCase)\r
 258               ( (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 259                   .toggleCase(start, end);\r
 260             else\r
 261               ( (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 262                   .changeCase(source == toUpper, start, end);\r
 263 \r
 264             if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 265             {\r
 266               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 267               start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 268             }\r
 269 \r
 270           }\r
 271         while (end < sg.getEndRes());\r
 272         }\r
 273         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 274       }*/\r
 275     }\r
 276     else\r
 277       outputText(evt);\r
 278 \r
 279   }\r
 280 \r
 281   void outputText(ActionEvent e)\r
 282   {\r
 283     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 284     Vector vseqs = new Vector();\r
 285 \r
 286       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 287       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 288       if (selection != null)\r
 289       {\r
 290         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 291         {\r
 292           Sequence seq = new Sequence(\r
 293               seqs[i].getName(),\r
 294               selection[i],\r
 295               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 296           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 297           vseqs.addElement( seq );\r
 298       }\r
 299     }\r
 300 \r
 301     Frame frame = new Frame();\r
 302     frame.add(cap);\r
 303     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 304                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 305                                      600, 500);\r
 306 \r
 307     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 308         e.getActionCommand(),\r
 309         vseqs,\r
 310         ap.av.showJVSuffix));\r
 311 \r
 312   }\r
 313 \r
 314   void addPDB()\r
 315   {\r
 316     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 317     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 318     cap.setPDBImport(seq);\r
 319     Frame frame = new Frame();\r
 320     frame.add(cap);\r
 321     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 322   }\r
 323 \r
 324   private void jbInit()\r
 325       throws Exception\r
 326   {\r
 327     groupMenu.setLabel("Group");\r
 328     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 329 \r
 330     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 331     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 332 \r
 333     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 334     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 335     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 336     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 337     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 338     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 339     showBoxes.setState(true);\r
 340     showBoxes.addItemListener(this);\r
 341 \r
 342     showText.setLabel("Text");\r
 343     showText.addItemListener(this);\r
 344     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 345     showColourText.addItemListener(this);\r
 346     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 347     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 348     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 349     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 350     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 351     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 352     menuItem1.setLabel("Create Sequence Feature");\r
 353     menu1.setLabel("Group");\r
 354     add(groupMenu);\r
 355     this.add(seqMenu);\r
 356     this.add(hideSeqs);\r
 357     this.add(revealAll);\r
 358     groupMenu.add(editMenu);\r
 359     groupMenu.add(outputmenu);\r
 360     groupMenu.add(menuItem1);\r
 361     groupMenu.add(menu1);\r
 362     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 363     colourMenu.add(clustalColour);\r
 364     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 365     colourMenu.add(PIDColour);\r
 366     colourMenu.add(zappoColour);\r
 367     colourMenu.add(taylorColour);\r
 368     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 369     colourMenu.add(helixColour);\r
 370     colourMenu.add(strandColour);\r
 371     colourMenu.add(turnColour);\r
 372     colourMenu.add(buriedColour);\r
 373     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 374     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 375     colourMenu.addSeparator();\r
 376     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 377     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 378 \r
 379     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 380     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 381 \r
 382     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 383     clustalColour.addActionListener(this);\r
 384     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 385     zappoColour.addActionListener(this);\r
 386     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 387     taylorColour.addActionListener(this);\r
 388     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 389     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 390     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 391     helixColour.addActionListener(this);\r
 392     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 393     strandColour.addActionListener(this);\r
 394     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 395     turnColour.addActionListener(this);\r
 396     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 397     buriedColour.addActionListener(this);\r
 398     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 399 \r
 400     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 401     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 402     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 403     PIDColour.addActionListener(this);\r
 404     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 405     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 406     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 407 \r
 408     editMenu.add(copy);\r
 409     copy.addActionListener(this);\r
 410     editMenu.add(cut);\r
 411     cut.addActionListener(this);\r
 412     editMenu.add(toUpper);\r
 413     toUpper.addActionListener(this);\r
 414     editMenu.add(toLower);\r
 415     toLower.addActionListener(this);\r
 416     editMenu.add(toggleCase);\r
 417     seqMenu.add(pdb);\r
 418     seqMenu.add(repGroup);\r
 419     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 420     menu1.add(colourMenu);\r
 421     menu1.add(showBoxes);\r
 422     menu1.add(showText);\r
 423     menu1.add(showColourText);\r
 424     toggleCase.addActionListener(this);\r
 425     pdb.addActionListener(this);\r
 426     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 427     repGroup.addActionListener(this);\r
 428     revealAll.addActionListener(this);\r
 429 \r
 430   }\r
 431 \r
 432   void refresh()\r
 433   {\r
 434     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 435     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 436       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 437   }\r
 438 \r
 439   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 440   {\r
 441     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 442     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 443     refresh();\r
 444   }\r
 445 \r
 446   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 447   {\r
 448     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 449     refresh();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 453   {\r
 454     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 455     refresh();\r
 456   }\r
 457 \r
 458   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 459   {\r
 460     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 461     refresh();\r
 462   }\r
 463 \r
 464   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 465   {\r
 466     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 467     refresh();\r
 468   }\r
 469 \r
 470   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 471   {\r
 472     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 473     refresh();\r
 474   }\r
 475 \r
 476   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 477   {\r
 478     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 479     refresh();\r
 480   }\r
 481 \r
 482   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 483   {\r
 484     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 485     refresh();\r
 486   }\r
 487 \r
 488   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 489   {\r
 490     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 491     refresh();\r
 492   }\r
 493 \r
 494   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 495   {\r
 496     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 497     if(sg.cs==null)\r
 498           return;\r
 499 \r
 500     if (abovePIDColour.getState())\r
 501     {\r
 502       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 503                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 504       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 505           getGroup().getName());\r
 506 \r
 507       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 508 \r
 509       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 510 \r
 511     }\r
 512     else // remove PIDColouring\r
 513     {\r
 514       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 515     }\r
 516 \r
 517     refresh();\r
 518 \r
 519   }\r
 520 \r
 521   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 522   {\r
 523     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 524   }\r
 525 \r
 526   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 527   {\r
 528     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 529     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 530     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 531                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 532     refresh();\r
 533   }\r
 534 \r
 535   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 536   {\r
 537     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 538 \r
 539     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 540 \r
 541     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 542                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 543 \r
 544     refresh();\r
 545   }\r
 546 \r
 547   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 548   {\r
 549     getGroup().cs = null;\r
 550     refresh();\r
 551   }\r
 552 \r
 553   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 554   {\r
 555     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 556     if(sg.cs==null)\r
 557           return;\r
 558 \r
 559     if (conservationMenuItem.getState())\r
 560     {\r
 561 \r
 562       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 563                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 564                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 565                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 566 \r
 567       c.calculate();\r
 568       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 569 \r
 570       sg.cs.setConservation(c);\r
 571 \r
 572       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 573       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 574     }\r
 575     else // remove ConservationColouring\r
 576     {\r
 577       sg.cs.setConservation(null);\r
 578     }\r
 579 \r
 580     refresh();\r
 581   }\r
 582 \r
 583 \r
 584   SequenceGroup getGroup()\r
 585   {\r
 586     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 587 \r
 588     // this method won't add a new group if it already exists\r
 589     if(sg!=null)\r
 590       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 591 \r
 592     return sg;\r
 593   }\r
 594 \r
 595   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 596   {\r
 597     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 598     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 599     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 600     ap.repaint();\r
 601   }\r
 602 \r
 603   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 604   {\r
 605     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 606     refresh();\r
 607   }\r
 608 \r
 609   public void showText_itemStateChanged()\r
 610   {\r
 611     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 612     refresh();\r
 613   }\r
 614 \r
 615   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 616   {\r
 617     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 618     refresh();\r
 619   }\r
 620 \r
 621   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 622   {\r
 623     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 624     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 625     {\r
 626       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]{seq});\r
 627       return;\r
 628     }\r
 629 \r
 630     int gsize = sg.getSize(false);\r
 631     SequenceI [] hseqs;\r
 632 \r
 633     hseqs = new SequenceI[ representGroup ? gsize-1 : gsize ];\r
 634 \r
 635       int index = 0;\r
 636       for(int i=0; i<gsize; i++)\r
 637       {\r
 638         if(representGroup && sg.getSequenceAt(i)!=seq)\r
 639         {\r
 640           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 641           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 642         }\r
 643         else if(!representGroup)\r
 644         {\r
 645           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 646         }\r
 647         }\r
 648 \r
 649       ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 650 \r
 651       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 652     }\r
 653 \r
 654 }\r