src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61 \r
  62   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  63   {\r
  64     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  65     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  66     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  67     //\r
  68     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  69     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  70 \r
  71     this.ap = apanel;\r
  72 \r
  73     try\r
  74     {\r
  75       jbInit();\r
  76     }\r
  77     catch (Exception e)\r
  78     {\r
  79       e.printStackTrace();\r
  80     }\r
  81 \r
  82     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  83 \r
  84     if (sg != null && sg.getSize()>0)\r
  85     {\r
  86       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  87       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  88       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  89     }\r
  90     else\r
  91     {\r
  92       remove(groupMenu);\r
  93       remove(editMenu);\r
  94     }\r
  95 \r
  96     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  97     {\r
  98       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  99     }\r
 100 \r
 101     if (seq != null && links!=null)\r
 102     {\r
 103       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 104       MenuItem item;\r
 105       String link;\r
 106       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 107       {\r
 108         link = links.elementAt(i).toString();\r
 109         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 110         item = new MenuItem(target);\r
 111         String id = seq.getName();\r
 112         if(id.indexOf("|")>-1)\r
 113              id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 114 \r
 115         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 116                + id +\r
 117                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 118 \r
 119            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 120            {\r
 121                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 122                {\r
 123                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 124                }\r
 125            });\r
 126           linkMenu.add(item);\r
 127       }\r
 128       add(linkMenu);\r
 129 \r
 130       item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 131       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 132            {\r
 133                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 134                {\r
 135                   addPDB(seq);\r
 136                }\r
 137            });\r
 138 \r
 139       add(item);\r
 140 \r
 141 \r
 142     }\r
 143   }\r
 144 \r
 145   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 146   {\r
 147     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 148       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 149     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 150       showColourText_itemStateChanged();\r
 151     else if(evt.getSource()==showText)\r
 152       showText_itemStateChanged();\r
 153     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 154        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 158   {\r
 159     Object source = evt.getSource();\r
 160     if(source==clustalColour)\r
 161       clustalColour_actionPerformed();\r
 162     else if(source==zappoColour)\r
 163       zappoColour_actionPerformed();\r
 164     else if(source==taylorColour)\r
 165       taylorColour_actionPerformed();\r
 166     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 167       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 168     else if(source==helixColour)\r
 169       helixColour_actionPerformed();\r
 170     else if(source==strandColour)\r
 171       strandColour_actionPerformed();\r
 172     else if(source==clustalColour)\r
 173       turnColour_actionPerformed();\r
 174     else if(source==buriedColour)\r
 175       buriedColour_actionPerformed();\r
 176     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 177       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 178 \r
 179     else if(source==userDefinedColour)\r
 180           userDefinedColour_actionPerformed();\r
 181         else if(source==PIDColour)\r
 182        PIDColour_actionPerformed();\r
 183      else if(source==BLOSUM62Colour)\r
 184       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 185     else if(source==noColourmenuItem)\r
 186       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 187     else if(source==conservationMenuItem)\r
 188         conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 189       else if(source==unGroupMenuItem)\r
 190       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 191 \r
 192     else if(source==copy)\r
 193       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 194     else if(source==cut)\r
 195       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 196     else if(source==toUpper)\r
 197     {\r
 198       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 199       if (sg != null)\r
 200       {\r
 201         for (int g = 0; g < sg.getSize(); g++)\r
 202         {\r
 203           sg.getSequenceAt(g).changeCase(true, sg.getStartRes(),\r
 204                                          sg.getEndRes() + 1);\r
 205         }\r
 206         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 207       }\r
 208     }\r
 209     else if(source==toLower)\r
 210     {\r
 211       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 212       if (sg != null)\r
 213       {\r
 214         for (int g = 0; g < sg.getSize(); g++)\r
 215         {\r
 216           sg.getSequenceAt(g).changeCase(false, sg.getStartRes(),\r
 217                                          sg.getEndRes() + 1);\r
 218         }\r
 219         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 220       }\r
 221     }\r
 222 \r
 223   }\r
 224 \r
 225   void addPDB(Sequence seq)\r
 226   {\r
 227     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 228     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 229     cap.setPDBImport(seq);\r
 230     Frame frame = new Frame();\r
 231     frame.add(cap);\r
 232     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 233   }\r
 234 \r
 235   private void jbInit()\r
 236       throws Exception\r
 237   {\r
 238     groupMenu.setLabel("Group");\r
 239     groupMenu.setLabel("Define");\r
 240 \r
 241     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 242     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 243 \r
 244     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 245     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 246     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 247     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 248     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 249     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 250     showBoxes.setState(true);\r
 251     showBoxes.addItemListener(this);\r
 252 \r
 253     showText.setLabel("Text");\r
 254     showText.addItemListener(this);\r
 255     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 256     showColourText.addItemListener(this);\r
 257 \r
 258     add(groupMenu);\r
 259     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 260     groupMenu.add(colourMenu);\r
 261     groupMenu.addSeparator();\r
 262     groupMenu.add(showBoxes);\r
 263     groupMenu.add(showText);\r
 264     groupMenu.add(showColourText);\r
 265     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 266     colourMenu.add(clustalColour);\r
 267     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 268     colourMenu.add(PIDColour);\r
 269     colourMenu.add(zappoColour);\r
 270     colourMenu.add(taylorColour);\r
 271     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 272     colourMenu.add(helixColour);\r
 273     colourMenu.add(strandColour);\r
 274     colourMenu.add(turnColour);\r
 275     colourMenu.add(buriedColour);\r
 276     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 277     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 278     colourMenu.addSeparator();\r
 279     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 280     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 281 \r
 282     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 283     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 284 \r
 285     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 286     clustalColour.addActionListener(this);\r
 287     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 288     zappoColour.addActionListener(this);\r
 289     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 290     taylorColour.addActionListener(this);\r
 291     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 292     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 293     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 294     helixColour.addActionListener(this);\r
 295     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 296     strandColour.addActionListener(this);\r
 297     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 298     turnColour.addActionListener(this);\r
 299     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 300     buriedColour.addActionListener(this);\r
 301     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 302 \r
 303     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 304     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 305     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 306     PIDColour.addActionListener(this);\r
 307     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 308     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 309     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 310 \r
 311     add(editMenu);\r
 312     editMenu.add(copy);\r
 313     copy.addActionListener(this);\r
 314     editMenu.add(cut);\r
 315     cut.addActionListener(this);\r
 316     editMenu.add(toUpper);\r
 317     toUpper.addActionListener(this);\r
 318     editMenu.add(toLower);\r
 319     toLower.addActionListener(this);\r
 320 \r
 321   }\r
 322 \r
 323   void refresh()\r
 324   {\r
 325     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 326     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 327       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 328   }\r
 329 \r
 330   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 331   {\r
 332     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 333     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 334     refresh();\r
 335   }\r
 336 \r
 337   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 338   {\r
 339     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 340     refresh();\r
 341   }\r
 342 \r
 343   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 344   {\r
 345     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 346     refresh();\r
 347   }\r
 348 \r
 349   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 350   {\r
 351     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 352     refresh();\r
 353   }\r
 354 \r
 355   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 356   {\r
 357     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 358     refresh();\r
 359   }\r
 360 \r
 361   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 362   {\r
 363     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 364     refresh();\r
 365   }\r
 366 \r
 367   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 368   {\r
 369     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 370     refresh();\r
 371   }\r
 372 \r
 373   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 374   {\r
 375     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 376     refresh();\r
 377   }\r
 378 \r
 379   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 380   {\r
 381     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 382     refresh();\r
 383   }\r
 384 \r
 385   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 386   {\r
 387     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 388     if(sg.cs==null)\r
 389           return;\r
 390 \r
 391     if (abovePIDColour.getState())\r
 392     {\r
 393       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 394                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 395       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 396           getGroup().getName());\r
 397 \r
 398       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 399 \r
 400       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 401 \r
 402     }\r
 403     else // remove PIDColouring\r
 404     {\r
 405       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 406     }\r
 407 \r
 408     refresh();\r
 409 \r
 410   }\r
 411 \r
 412   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 413   {\r
 414     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 415   }\r
 416 \r
 417   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 418   {\r
 419     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 420     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 421     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 422                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 423     refresh();\r
 424   }\r
 425 \r
 426   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 427   {\r
 428     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 429 \r
 430     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 431 \r
 432     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 433                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 434 \r
 435     refresh();\r
 436   }\r
 437 \r
 438   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 439   {\r
 440     getGroup().cs = null;\r
 441     refresh();\r
 442   }\r
 443 \r
 444   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 445   {\r
 446     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 447     if(sg.cs==null)\r
 448           return;\r
 449 \r
 450     if (conservationMenuItem.getState())\r
 451     {\r
 452 \r
 453       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 454                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 455                                         sg.sequences, 0,\r
 456                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 457 \r
 458       c.calculate();\r
 459       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 460 \r
 461       sg.cs.setConservation(c);\r
 462 \r
 463       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 464       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 465     }\r
 466     else // remove ConservationColouring\r
 467     {\r
 468       sg.cs.setConservation(null);\r
 469     }\r
 470 \r
 471     refresh();\r
 472   }\r
 473 \r
 474 \r
 475   SequenceGroup getGroup()\r
 476   {\r
 477     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 478 \r
 479     // this method won't add a new group if it already exists\r
 480     if(sg!=null)\r
 481       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 482 \r
 483     return sg;\r
 484   }\r
 485 \r
 486   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 487   {\r
 488     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 489     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 490     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 491     ap.repaint();\r
 492   }\r
 493 \r
 494   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 495   {\r
 496     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 497     refresh();\r
 498   }\r
 499 \r
 500   public void showText_itemStateChanged()\r
 501   {\r
 502     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 503     refresh();\r
 504   }\r
 505 \r
 506   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 507   {\r
 508     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 509     refresh();\r
 510   }\r
 511 \r
 512 }\r