src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56 \r
  57   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  58   {\r
  59     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  60     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  61     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  62     //\r
  63     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  64     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  65 \r
  66     this.ap = apanel;\r
  67 \r
  68     try\r
  69     {\r
  70       jbInit();\r
  71     }\r
  72     catch (Exception e)\r
  73     {\r
  74       e.printStackTrace();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  78     if (sg != null)\r
  79     {\r
  80       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  81       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  82       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  83     }\r
  84 \r
  85     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  86     {\r
  87       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  88     }\r
  89 \r
  90     if (seq != null && links!=null)\r
  91     {\r
  92       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
  93       MenuItem item;\r
  94       String link;\r
  95       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
  96       {\r
  97         link = links.elementAt(i).toString();\r
  98         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
  99         item = new MenuItem(target);\r
 100         String id = seq.getName();\r
 101         if(id.indexOf("|")>-1)\r
 102              id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 103 \r
 104         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 105                + id +\r
 106                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 107 \r
 108            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 109            {\r
 110                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 111                {\r
 112                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 113                }\r
 114            });\r
 115           linkMenu.add(item);\r
 116       }\r
 117       add(linkMenu);\r
 118 \r
 119       item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 120       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 121            {\r
 122                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 123                {\r
 124                   addPDB(seq);\r
 125                }\r
 126            });\r
 127 \r
 128       add(item);\r
 129 \r
 130 \r
 131     }\r
 132   }\r
 133 \r
 134   void addPDB(Sequence seq)\r
 135   {\r
 136     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame.applet);\r
 137     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 138     cap.setPDBImport(seq, ap.seqPanel.seqCanvas);\r
 139     Frame frame = new Frame();\r
 140     frame.add(cap);\r
 141     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 142   }\r
 143 \r
 144   private void jbInit()\r
 145       throws Exception\r
 146   {\r
 147     groupMenu.setLabel("Group");\r
 148     groupMenu.setLabel("Define");\r
 149 \r
 150     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 151     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 152     {\r
 153       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 154       {\r
 155         unGroupMenuItem_actionPerformed(e);\r
 156       }\r
 157     });\r
 158 \r
 159     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 160     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 161     {\r
 162       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 163       {\r
 164         nucleotideMenuItem_actionPerformed(e);\r
 165       }\r
 166     });\r
 167     conservationMenuItem.addItemListener(new ItemListener()\r
 168     {\r
 169       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 170       {\r
 171         conservationMenuItem_itemStateChanged(itemEvent);\r
 172       }\r
 173     });\r
 174     abovePIDColour.addItemListener(new ItemListener()\r
 175     {\r
 176       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 177       {\r
 178         abovePIDColour_itemStateChanged(itemEvent);\r
 179       }\r
 180     });\r
 181     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 182     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 183     showBoxes.setState(true);\r
 184     showBoxes.addItemListener(new ItemListener()\r
 185     {\r
 186       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 187       {\r
 188         showBoxes_itemStateChanged(itemEvent);\r
 189       }\r
 190     });\r
 191 \r
 192     showText.setLabel("Text");\r
 193     showText.addItemListener(new ItemListener()\r
 194     {\r
 195       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 196       {\r
 197         showText_itemStateChanged(itemEvent);\r
 198       }\r
 199     });\r
 200     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 201     showColourText.addItemListener(new ItemListener()\r
 202     {\r
 203       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 204       {\r
 205         showColourText_itemStateChanged(itemEvent);\r
 206       }\r
 207     });\r
 208 \r
 209     add(groupMenu);\r
 210     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 211     groupMenu.add(colourMenu);\r
 212     groupMenu.addSeparator();\r
 213     groupMenu.add(showBoxes);\r
 214     groupMenu.add(showText);\r
 215     groupMenu.add(showColourText);\r
 216     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 217     colourMenu.add(clustalColour);\r
 218     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 219     colourMenu.add(PIDColour);\r
 220     colourMenu.add(zappoColour);\r
 221     colourMenu.add(taylorColour);\r
 222     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 223     colourMenu.add(helixColour);\r
 224     colourMenu.add(strandColour);\r
 225     colourMenu.add(turnColour);\r
 226     colourMenu.add(buriedColour);\r
 227     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 228     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 229     colourMenu.addSeparator();\r
 230     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 231     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 232 \r
 233     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 234     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 235     {\r
 236       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 237       {\r
 238         noColourmenuItem_actionPerformed(e);\r
 239       }\r
 240     });\r
 241 \r
 242     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 243     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 244     {\r
 245       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 246       {\r
 247         clustalColour_actionPerformed(e);\r
 248       }\r
 249     });\r
 250     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 251     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 252     {\r
 253       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 254       {\r
 255         zappoColour_actionPerformed(e);\r
 256       }\r
 257     });\r
 258     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 259     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 260     {\r
 261       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 262       {\r
 263         taylorColour_actionPerformed(e);\r
 264       }\r
 265     });\r
 266     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 267     hydrophobicityColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 268     {\r
 269       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 270       {\r
 271         hydrophobicityColour_actionPerformed(e);\r
 272       }\r
 273     });\r
 274     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 275     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 276     {\r
 277       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 278       {\r
 279         helixColour_actionPerformed(e);\r
 280       }\r
 281     });\r
 282     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 283     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 284     {\r
 285       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 286       {\r
 287         strandColour_actionPerformed(e);\r
 288       }\r
 289     });\r
 290     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 291     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 292     {\r
 293       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 294       {\r
 295         turnColour_actionPerformed(e);\r
 296       }\r
 297     });\r
 298     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 299     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 300     {\r
 301       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 302       {\r
 303         buriedColour_actionPerformed(e);\r
 304       }\r
 305     });\r
 306     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 307 \r
 308     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 309     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 310     {\r
 311       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 312       {\r
 313         userDefinedColour_actionPerformed(e);\r
 314       }\r
 315     });\r
 316     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 317     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 318     {\r
 319       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 320       {\r
 321         PIDColour_actionPerformed(e);\r
 322       }\r
 323     });\r
 324     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 325     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 326     {\r
 327       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 328       {\r
 329         BLOSUM62Colour_actionPerformed(e);\r
 330       }\r
 331     });\r
 332     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 333 \r
 334   }\r
 335 \r
 336   void refresh()\r
 337   {\r
 338     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 339     if(sg!=null)\r
 340     {\r
 341       SuperGroup superG = ap.av.alignment.getSuperGroup(sg);\r
 342 \r
 343       if (superG != null)\r
 344       {\r
 345         superG.setSuperGroupProperties(sg);\r
 346       }\r
 347         }\r
 348     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 349     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 350       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 351   }\r
 352 \r
 353   protected void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 354   {\r
 355     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 356     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 357     refresh();\r
 358   }\r
 359 \r
 360   protected void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 361   {\r
 362     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 363     refresh();\r
 364   }\r
 365 \r
 366   protected void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 367   {\r
 368     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 369     refresh();\r
 370   }\r
 371 \r
 372   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 373   {\r
 374     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 375     refresh();\r
 376   }\r
 377 \r
 378   protected void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 379   {\r
 380     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 381     refresh();\r
 382   }\r
 383 \r
 384   protected void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 385   {\r
 386     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 387     refresh();\r
 388   }\r
 389 \r
 390   protected void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 391   {\r
 392     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 393     refresh();\r
 394   }\r
 395 \r
 396   protected void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 397   {\r
 398     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 399     refresh();\r
 400   }\r
 401 \r
 402   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 403   {\r
 404     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 405     refresh();\r
 406   }\r
 407 \r
 408   protected void abovePIDColour_itemStateChanged(ItemEvent ie)\r
 409   {\r
 410     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 411     if(sg.cs==null)\r
 412           return;\r
 413 \r
 414     if (abovePIDColour.getState())\r
 415     {\r
 416       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 417                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 418       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 419           getGroup().getName());\r
 420 \r
 421       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 422 \r
 423       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 424 \r
 425     }\r
 426     else // remove PIDColouring\r
 427     {\r
 428       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 429     }\r
 430 \r
 431     refresh();\r
 432 \r
 433   }\r
 434 \r
 435   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 436   {\r
 437     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 438   }\r
 439 \r
 440   protected void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 441   {\r
 442     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 443     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 444     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 445                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 446     refresh();\r
 447   }\r
 448 \r
 449   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 450   {\r
 451     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 452 \r
 453     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 454 \r
 455     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 456                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 457 \r
 458     refresh();\r
 459   }\r
 460 \r
 461   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 462   {\r
 463     getGroup().cs = null;\r
 464     refresh();\r
 465   }\r
 466 \r
 467   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged(ItemEvent ie)\r
 468   {\r
 469     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 470     if(sg.cs==null)\r
 471           return;\r
 472 \r
 473     if (conservationMenuItem.getState())\r
 474     {\r
 475 \r
 476       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 477                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 478                                         sg.sequences, 0,\r
 479                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 480 \r
 481       c.calculate();\r
 482       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 483 \r
 484       sg.cs.setConservation(c);\r
 485 \r
 486       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 487       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 488     }\r
 489     else // remove ConservationColouring\r
 490     {\r
 491       sg.cs.setConservation(null);\r
 492     }\r
 493 \r
 494     refresh();\r
 495   }\r
 496 \r
 497 \r
 498   SequenceGroup getGroup()\r
 499   {\r
 500     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 501 \r
 502     // this method won't add a new group if it already exists\r
 503     if(sg!=null)\r
 504       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 505 \r
 506     return sg;\r
 507   }\r
 508 \r
 509   void unGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 510   {\r
 511     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 512     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 513     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 514     ap.repaint();\r
 515   }\r
 516 \r
 517   public void showColourText_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 518   {\r
 519     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 520     refresh();\r
 521   }\r
 522 \r
 523   public void showText_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 524   {\r
 525     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 526     refresh();\r
 527   }\r
 528 \r
 529   public void showBoxes_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 530   {\r
 531     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 532     refresh();\r
 533   }\r
 534 \r
 535 }\r