src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61 \r
  62   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  63   {\r
  64     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  65     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  66     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  67     //\r
  68     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  69     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  70 \r
  71     this.ap = apanel;\r
  72 \r
  73     try\r
  74     {\r
  75       jbInit();\r
  76     }\r
  77     catch (Exception e)\r
  78     {\r
  79       e.printStackTrace();\r
  80     }\r
  81 \r
  82     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  83 \r
  84     if (sg != null && sg.getSize()>0)\r
  85     {\r
  86       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  87       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  88       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  89     }\r
  90     else\r
  91     {\r
  92       remove(groupMenu);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  96     {\r
  97       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     if (seq != null && links!=null)\r
 101     {\r
 102       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 103       MenuItem item;\r
 104       String link;\r
 105       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 106       {\r
 107         link = links.elementAt(i).toString();\r
 108         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 109         item = new MenuItem(target);\r
 110         String id = seq.getName();\r
 111         if(id.indexOf("|")>-1)\r
 112              id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 113 \r
 114         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 115                + id +\r
 116                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 117 \r
 118            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 119            {\r
 120                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 121                {\r
 122                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 123                }\r
 124            });\r
 125           linkMenu.add(item);\r
 126       }\r
 127       add(linkMenu);\r
 128 \r
 129       item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 130       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 131            {\r
 132                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 133                {\r
 134                   addPDB(seq);\r
 135                }\r
 136            });\r
 137 \r
 138       add(item);\r
 139 \r
 140 \r
 141     }\r
 142   }\r
 143 \r
 144   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 145   {\r
 146     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 147       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 148     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 149       showColourText_itemStateChanged();\r
 150     else if(evt.getSource()==showText)\r
 151       showText_itemStateChanged();\r
 152     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 153        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 154   }\r
 155 \r
 156   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 157   {\r
 158     Object source = evt.getSource();\r
 159     if(source==clustalColour)\r
 160       clustalColour_actionPerformed();\r
 161     else if(source==zappoColour)\r
 162       zappoColour_actionPerformed();\r
 163     else if(source==taylorColour)\r
 164       taylorColour_actionPerformed();\r
 165     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 166       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 167     else if(source==helixColour)\r
 168       helixColour_actionPerformed();\r
 169     else if(source==strandColour)\r
 170       strandColour_actionPerformed();\r
 171     else if(source==clustalColour)\r
 172       turnColour_actionPerformed();\r
 173     else if(source==buriedColour)\r
 174       buriedColour_actionPerformed();\r
 175     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 176       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 177 \r
 178     else if(source==userDefinedColour)\r
 179           userDefinedColour_actionPerformed();\r
 180         else if(source==PIDColour)\r
 181        PIDColour_actionPerformed();\r
 182      else if(source==BLOSUM62Colour)\r
 183       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 184     else if(source==noColourmenuItem)\r
 185       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 186     else if(source==conservationMenuItem)\r
 187         conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 188       else if(source==unGroupMenuItem)\r
 189       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 190 \r
 191     else if(source==copy)\r
 192       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 193     else if(source==cut)\r
 194       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 195     else if(source==toUpper)\r
 196     {\r
 197       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 198       if (sg != null)\r
 199       {\r
 200         for (int g = 0; g < sg.getSize(); g++)\r
 201         {\r
 202           sg.getSequenceAt(g).changeCase(true, sg.getStartRes(),\r
 203                                          sg.getEndRes() + 1);\r
 204         }\r
 205         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 206       }\r
 207     }\r
 208     else if(source==toLower)\r
 209     {\r
 210       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 211       if (sg != null)\r
 212       {\r
 213         for (int g = 0; g < sg.getSize(); g++)\r
 214         {\r
 215           sg.getSequenceAt(g).changeCase(false, sg.getStartRes(),\r
 216                                          sg.getEndRes() + 1);\r
 217         }\r
 218         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 219       }\r
 220     }\r
 221 \r
 222   }\r
 223 \r
 224   void addPDB(Sequence seq)\r
 225   {\r
 226     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 227     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 228     cap.setPDBImport(seq);\r
 229     Frame frame = new Frame();\r
 230     frame.add(cap);\r
 231     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 232   }\r
 233 \r
 234   private void jbInit()\r
 235       throws Exception\r
 236   {\r
 237     groupMenu.setLabel("Group");\r
 238     groupMenu.setLabel("Define");\r
 239 \r
 240     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 241     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 242 \r
 243     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 244     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 245     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 246     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 247     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 248     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 249     showBoxes.setState(true);\r
 250     showBoxes.addItemListener(this);\r
 251 \r
 252     showText.setLabel("Text");\r
 253     showText.addItemListener(this);\r
 254     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 255     showColourText.addItemListener(this);\r
 256 \r
 257     add(groupMenu);\r
 258     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 259     groupMenu.add(colourMenu);\r
 260     groupMenu.addSeparator();\r
 261     groupMenu.add(showBoxes);\r
 262     groupMenu.add(showText);\r
 263     groupMenu.add(showColourText);\r
 264     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 265     colourMenu.add(clustalColour);\r
 266     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 267     colourMenu.add(PIDColour);\r
 268     colourMenu.add(zappoColour);\r
 269     colourMenu.add(taylorColour);\r
 270     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 271     colourMenu.add(helixColour);\r
 272     colourMenu.add(strandColour);\r
 273     colourMenu.add(turnColour);\r
 274     colourMenu.add(buriedColour);\r
 275     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 276     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 277     colourMenu.addSeparator();\r
 278     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 279     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 280 \r
 281     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 282     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 283 \r
 284     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 285     clustalColour.addActionListener(this);\r
 286     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 287     zappoColour.addActionListener(this);\r
 288     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 289     taylorColour.addActionListener(this);\r
 290     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 291     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 292     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 293     helixColour.addActionListener(this);\r
 294     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 295     strandColour.addActionListener(this);\r
 296     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 297     turnColour.addActionListener(this);\r
 298     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 299     buriedColour.addActionListener(this);\r
 300     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 301 \r
 302     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 303     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 304     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 305     PIDColour.addActionListener(this);\r
 306     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 307     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 308     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 309 \r
 310     add(editMenu);\r
 311     editMenu.add(copy);\r
 312     copy.addActionListener(this);\r
 313     editMenu.add(cut);\r
 314     cut.addActionListener(this);\r
 315     editMenu.add(toUpper);\r
 316     toUpper.addActionListener(this);\r
 317     editMenu.add(toLower);\r
 318     toLower.addActionListener(this);\r
 319 \r
 320   }\r
 321 \r
 322   void refresh()\r
 323   {\r
 324     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 325     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 326       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 327   }\r
 328 \r
 329   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 330   {\r
 331     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 332     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 333     refresh();\r
 334   }\r
 335 \r
 336   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 337   {\r
 338     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 339     refresh();\r
 340   }\r
 341 \r
 342   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 343   {\r
 344     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 345     refresh();\r
 346   }\r
 347 \r
 348   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 349   {\r
 350     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 351     refresh();\r
 352   }\r
 353 \r
 354   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 355   {\r
 356     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 357     refresh();\r
 358   }\r
 359 \r
 360   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 361   {\r
 362     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 363     refresh();\r
 364   }\r
 365 \r
 366   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 367   {\r
 368     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 369     refresh();\r
 370   }\r
 371 \r
 372   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 373   {\r
 374     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 375     refresh();\r
 376   }\r
 377 \r
 378   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 379   {\r
 380     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 381     refresh();\r
 382   }\r
 383 \r
 384   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 385   {\r
 386     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 387     if(sg.cs==null)\r
 388           return;\r
 389 \r
 390     if (abovePIDColour.getState())\r
 391     {\r
 392       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 393                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 394       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 395           getGroup().getName());\r
 396 \r
 397       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 398 \r
 399       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 400 \r
 401     }\r
 402     else // remove PIDColouring\r
 403     {\r
 404       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 405     }\r
 406 \r
 407     refresh();\r
 408 \r
 409   }\r
 410 \r
 411   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 412   {\r
 413     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 414   }\r
 415 \r
 416   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 417   {\r
 418     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 419     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 420     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 421                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 422     refresh();\r
 423   }\r
 424 \r
 425   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 426   {\r
 427     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 428 \r
 429     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 430 \r
 431     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 432                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 433 \r
 434     refresh();\r
 435   }\r
 436 \r
 437   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 438   {\r
 439     getGroup().cs = null;\r
 440     refresh();\r
 441   }\r
 442 \r
 443   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 444   {\r
 445     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 446     if(sg.cs==null)\r
 447           return;\r
 448 \r
 449     if (conservationMenuItem.getState())\r
 450     {\r
 451 \r
 452       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 453                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 454                                         sg.sequences, 0,\r
 455                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 456 \r
 457       c.calculate();\r
 458       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 459 \r
 460       sg.cs.setConservation(c);\r
 461 \r
 462       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 463       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 464     }\r
 465     else // remove ConservationColouring\r
 466     {\r
 467       sg.cs.setConservation(null);\r
 468     }\r
 469 \r
 470     refresh();\r
 471   }\r
 472 \r
 473 \r
 474   SequenceGroup getGroup()\r
 475   {\r
 476     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 477 \r
 478     // this method won't add a new group if it already exists\r
 479     if(sg!=null)\r
 480       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 481 \r
 482     return sg;\r
 483   }\r
 484 \r
 485   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 486   {\r
 487     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 488     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 489     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 490     ap.repaint();\r
 491   }\r
 492 \r
 493   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 494   {\r
 495     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 496     refresh();\r
 497   }\r
 498 \r
 499   public void showText_itemStateChanged()\r
 500   {\r
 501     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 502     refresh();\r
 503   }\r
 504 \r
 505   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 506   {\r
 507     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 508     refresh();\r
 509   }\r
 510 \r
 511 }\r