src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  83
  84   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  85
  86   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  89
  90   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  91
  92   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  93
  94   Menu outputmenu = new Menu();
  95
  96   Menu seqMenu = new Menu();
  97
  98   MenuItem pdb = new MenuItem();
  99
 100   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 105
 106   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 107
 108   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 109
 110   Sequence seq;
 111
 112   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 113
 114   Menu menu1 = new Menu();
 115
 116   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 117   {
 118     // /////////////////////////////////////////////////////////
 119     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 120     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 121     //
 122     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 123     // ////////////////////////////////////////////////////////
 124
 125     this.ap = apanel;
 126     this.seq = seq;
 127
 128     try
 129     {
 130       jbInit();
 131     } catch (Exception e)
 132     {
 133       e.printStackTrace();
 134     }
 135
 136     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 137     {
 138       MenuItem item = new MenuItem(
 139               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 140
 141       item.addActionListener(this);
 142       outputmenu.add(item);
 143     }
 144
 145     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 146
 147     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 148     {
 149       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 150       showText.setState(sg.getDisplayText());
 151       showColourText.setState(sg.getColourText());
 152       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 153       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 154       {
 155         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 156       }
 157
 158     }
 159     else
 160     {
 161       remove(hideSeqs);
 162       remove(groupMenu);
 163     }
 164
 165     if (links != null && links.size() > 0)
 166     {
 167       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 168       String link;
 169       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 170       {
 171         link = links.elementAt(i).toString();
 172         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 173         if (!urlLink.isValid())
 174         {
 175           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 176           continue;
 177         }
 178         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 179                                                     // link.indexOf("|"));
 180         final String label = urlLink.getLabel();
 181         if (urlLink.isDynamic())
 182         {
 183
 184           // collect matching db-refs
 185           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq
 186                   .getDBRef(), new String[]
 187           { target });
 188           // collect id string too
 189           String id = seq.getName();
 190           String descr = seq.getDescription();
 191           if (descr!=null && descr.length()<1)
 192           {
 193             descr = null;
 194           }
 195           if (dbr != null)
 196           {
 197             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 198             {
 199               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 200               {
 201                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 202                 // string with this link
 203                 id = null;
 204               }
 205               // create Bare ID link for this RUL
 206               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 207                       true);
 208               if (urls != null)
 209               {
 210                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 211                 {
 212                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 213                 }
 214               }
 215             }
 216           }
 217           if (id != null)
 218           {
 219             // create Bare ID link for this RUL
 220             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 221             if (urls != null)
 222             {
 223               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 224               {
 225                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 226               }
 227             }
 228             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 229           }
 230           // TODO: introduce applet parameter option to dis/en/able URl generation from description
 231           // hard-disable the construction of URLs from regexes that match the description
 232 //          if (descr != null)
 233 //          {
 234 //            // create link for this URL from description where regex matches
 235 //            String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, false);
 236 //            if (urls != null)
 237 //            {
 238 //              for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 239 //              {
 240 //                addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 241 //              }
 242 //            }
 243 //            // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 244 //          }
 245         }
 246         else
 247         {
 248           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 249         }
 250         /*
 251          * final String url;
 252          *
 253          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 254          * string and any matching database reference accessions String url_pref =
 255          * link.substring(link.indexOf("|") + 1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 256          *
 257          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 258          *  // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 259          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 260          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 261          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 262          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 263          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 264          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 265          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 266          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 267          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 268          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 269          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 270          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 271          */
 272       }
 273
 274       if (seq != null)
 275       {
 276         seqMenu.add(linkMenu);
 277       }
 278       else
 279       {
 280         add(linkMenu);
 281       }
 282     }
 283     if (seq != null)
 284     {
 285       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 286       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 287     }
 288     else
 289     {
 290       remove(seqMenu);
 291     }
 292
 293     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 294     {
 295       remove(revealAll);
 296     }
 297   }
 298
 299   /**
 300    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 301    *
 302    * @param linkMenu
 303    * @param target -
 304    *                menu label string
 305    * @param url -
 306    *                url to open
 307    */
 308   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 309           final String url)
 310   {
 311     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 312   }
 313
 314   /**
 315    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 316    *
 317    * @param linkMenu
 318    * @param target -
 319    *                URL target window
 320    * @param label -
 321    *                menu label string
 322    * @param url -
 323    *                url to open
 324    */
 325   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 326           final String label, final String url)
 327   {
 328     MenuItem item = new MenuItem(label);
 329     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 330     {
 331       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 332       {
 333         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 334       }
 335     });
 336     linkMenu.add(item);
 337   }
 338
 339   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 340   {
 341     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 342     {
 343       abovePIDColour_itemStateChanged();
 344     }
 345     else if (evt.getSource() == showColourText)
 346     {
 347       showColourText_itemStateChanged();
 348     }
 349     else if (evt.getSource() == showText)
 350     {
 351       showText_itemStateChanged();
 352     }
 353     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 354     {
 355       showBoxes_itemStateChanged();
 356     }
 357   }
 358
 359   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 360   {
 361     Object source = evt.getSource();
 362     if (source == clustalColour)
 363     {
 364       clustalColour_actionPerformed();
 365     }
 366     else if (source == zappoColour)
 367     {
 368       zappoColour_actionPerformed();
 369     }
 370     else if (source == taylorColour)
 371     {
 372       taylorColour_actionPerformed();
 373     }
 374     else if (source == hydrophobicityColour)
 375     {
 376       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 377     }
 378     else if (source == helixColour)
 379     {
 380       helixColour_actionPerformed();
 381     }
 382     else if (source == strandColour)
 383     {
 384       strandColour_actionPerformed();
 385     }
 386     else if (source == turnColour)
 387     {
 388       turnColour_actionPerformed();
 389     }
 390     else if (source == buriedColour)
 391     {
 392       buriedColour_actionPerformed();
 393     }
 394     else if (source == nucleotideMenuItem)
 395     {
 396       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 397     }
 398
 399     else if (source == userDefinedColour)
 400     {
 401       userDefinedColour_actionPerformed();
 402     }
 403     else if (source == PIDColour)
 404     {
 405       PIDColour_actionPerformed();
 406     }
 407     else if (source == BLOSUM62Colour)
 408     {
 409       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 410     }
 411     else if (source == noColourmenuItem)
 412     {
 413       noColourmenuItem_actionPerformed();
 414     }
 415     else if (source == conservationMenuItem)
 416     {
 417       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 418     }
 419     else if (source == unGroupMenuItem)
 420     {
 421       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 422     }
 423
 424     else if (source == sequenceName)
 425     {
 426       editName();
 427     }
 428     else if (source == pdb)
 429     {
 430       addPDB();
 431     }
 432     else if (source == hideSeqs)
 433     {
 434       hideSequences(false);
 435     }
 436     else if (source == repGroup)
 437     {
 438       hideSequences(true);
 439     }
 440     else if (source == revealAll)
 441     {
 442       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 443     }
 444
 445     else if (source == editGroupName)
 446     {
 447       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 448               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 449               "Group Description", ap.alignFrame,
 450               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 451
 452       if (dialog.accept)
 453       {
 454         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 455         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 456       }
 457
 458     }
 459     else if (source == copy)
 460     {
 461       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 462     }
 463     else if (source == cut)
 464     {
 465       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 466     }
 467     else if (source == editSequence)
 468     {
 469       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 470
 471       if (sg != null)
 472       {
 473         if (seq == null)
 474           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 475
 476         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 477                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 478                 "Edit Sequence ", null,
 479
 480                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 481
 482         if (dialog.accept)
 483         {
 484           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 485                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 486                           ap.av.getGapCharacter()), sg
 487                           .getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 488                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 489
 490           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 491
 492           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 493                   .getSequences());
 494         }
 495       }
 496     }
 497     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 498     {
 499       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 500       Vector regions = new Vector();
 501       if (sg != null)
 502       {
 503         int start = sg.getStartRes();
 504         int end = sg.getEndRes() + 1;
 505
 506         do
 507         {
 508           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 509           {
 510             if (start == 0)
 511             {
 512               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 513             }
 514
 515             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 516             if (start == end)
 517             {
 518               end = sg.getEndRes() + 1;
 519             }
 520             if (end > sg.getEndRes())
 521             {
 522               end = sg.getEndRes() + 1;
 523             }
 524           }
 525
 526           regions.addElement(new int[]
 527           { start, end });
 528
 529           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 530           {
 531             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 532             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 533           }
 534         } while (end < sg.getEndRes());
 535
 536         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 537         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 538         {
 539           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 540         }
 541
 542         String description;
 543         int caseChange;
 544
 545         if (source == toggleCase)
 546         {
 547           description = "Toggle Case";
 548           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 549         }
 550         else if (source == toUpper)
 551         {
 552           description = "To Upper Case";
 553           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 554         }
 555         else
 556         {
 557           description = "To Lower Case";
 558           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 559         }
 560
 561         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 562                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 563                 caseChange);
 564
 565         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 566
 567         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 568                 .getSequences());
 569
 570       }
 571     }
 572     else if (source == sequenceFeature)
 573     {
 574       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 575       if (sg == null)
 576       {
 577         return;
 578       }
 579
 580       int gSize = sg.getSize();
 581       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];
 582       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];
 583
 584       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 585       {
 586         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);
 587         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 588         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 589         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 590                 "Jalview");
 591       }
 592
 593       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 594               features, true, ap))
 595       {
 596         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 597         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 598         ap.highlightSearchResults(null);
 599       }
 600     }
 601     else
 602     {
 603       outputText(evt);
 604     }
 605
 606   }
 607
 608   void outputText(ActionEvent e)
 609   {
 610     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 611
 612     Frame frame = new Frame();
 613     frame.add(cap);
 614     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Selection output - "
 615             + e.getActionCommand(), 600, 500);
 616
 617     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(e
 618             .getActionCommand(), new Alignment(ap.av
 619             .getSelectionAsNewSequence()), ap.av.showJVSuffix));
 620
 621   }
 622
 623   void editName()
 624   {
 625     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(), seq
 626             .getDescription(), "       Sequence Name",
 627             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 628             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 629
 630     if (dialog.accept)
 631     {
 632       seq.setName(dialog.getName());
 633       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 634       ap.paintAlignment(false);
 635     }
 636   }
 637
 638   void addPDB()
 639   {
 640     if (seq.getPDBId() != null)
 641     {
 642       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 643
 644       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 645         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 646         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 647       else
 648         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 649         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 650
 651     }
 652     else
 653     {
 654       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 655       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 656       cap.setPDBImport(seq);
 657       Frame frame = new Frame();
 658       frame.add(cap);
 659       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 660     }
 661   }
 662
 663   private void jbInit() throws Exception
 664   {
 665     groupMenu.setLabel("Group");
 666     groupMenu.setLabel("Selection");
 667     sequenceFeature.addActionListener(this);
 668
 669     editGroupName.addActionListener(this);
 670     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 671     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 672
 673     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 674     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 675     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 676     abovePIDColour.addItemListener(this);
 677     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 678     showBoxes.setLabel("Boxes");
 679     showBoxes.setState(true);
 680     showBoxes.addItemListener(this);
 681     sequenceName.addActionListener(this);
 682
 683     showText.setLabel("Text");
 684     showText.addItemListener(this);
 685     showColourText.setLabel("Colour Text");
 686     showColourText.addItemListener(this);
 687     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 688     seqMenu.setLabel("Sequence");
 689     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 690     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 691     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 692     revealAll.setLabel("Reveal All");
 693     menu1.setLabel("Group");
 694     add(groupMenu);
 695     this.add(seqMenu);
 696     this.add(hideSeqs);
 697     this.add(revealAll);
 698     groupMenu.add(editGroupName);
 699     groupMenu.add(editMenu);
 700     groupMenu.add(outputmenu);
 701     groupMenu.add(sequenceFeature);
 702     groupMenu.add(menu1);
 703
 704     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 705     colourMenu.add(clustalColour);
 706     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 707     colourMenu.add(PIDColour);
 708     colourMenu.add(zappoColour);
 709     colourMenu.add(taylorColour);
 710     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 711     colourMenu.add(helixColour);
 712     colourMenu.add(strandColour);
 713     colourMenu.add(turnColour);
 714     colourMenu.add(buriedColour);
 715     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 716     colourMenu.add(userDefinedColour);
 717     colourMenu.addSeparator();
 718     colourMenu.add(abovePIDColour);
 719     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 720
 721     noColourmenuItem.setLabel("None");
 722     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 723
 724     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 725     clustalColour.addActionListener(this);
 726     zappoColour.setLabel("Zappo");
 727     zappoColour.addActionListener(this);
 728     taylorColour.setLabel("Taylor");
 729     taylorColour.addActionListener(this);
 730     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 731     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 732     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 733     helixColour.addActionListener(this);
 734     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 735     strandColour.addActionListener(this);
 736     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 737     turnColour.addActionListener(this);
 738     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 739     buriedColour.addActionListener(this);
 740     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 741
 742     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 743     userDefinedColour.addActionListener(this);
 744     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 745     PIDColour.addActionListener(this);
 746     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 747     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 748     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 749
 750     editMenu.add(copy);
 751     copy.addActionListener(this);
 752     editMenu.add(cut);
 753     cut.addActionListener(this);
 754
 755     editMenu.add(editSequence);
 756     editSequence.addActionListener(this);
 757
 758     editMenu.add(toUpper);
 759     toUpper.addActionListener(this);
 760     editMenu.add(toLower);
 761     toLower.addActionListener(this);
 762     editMenu.add(toggleCase);
 763     seqMenu.add(sequenceName);
 764     seqMenu.add(pdb);
 765     seqMenu.add(repGroup);
 766     menu1.add(unGroupMenuItem);
 767     menu1.add(colourMenu);
 768     menu1.add(showBoxes);
 769     menu1.add(showText);
 770     menu1.add(showColourText);
 771     toggleCase.addActionListener(this);
 772     pdb.addActionListener(this);
 773     hideSeqs.addActionListener(this);
 774     repGroup.addActionListener(this);
 775     revealAll.addActionListener(this);
 776   }
 777
 778   void refresh()
 779   {
 780     ap.paintAlignment(true);
 781   }
 782
 783   protected void clustalColour_actionPerformed()
 784   {
 785     SequenceGroup sg = getGroup();
 786     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg
 787             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), ap.av.alignment
 788             .getWidth());
 789     refresh();
 790   }
 791
 792   protected void zappoColour_actionPerformed()
 793   {
 794     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 795     refresh();
 796   }
 797
 798   protected void taylorColour_actionPerformed()
 799   {
 800     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 801     refresh();
 802   }
 803
 804   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 805   {
 806     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 807     refresh();
 808   }
 809
 810   protected void helixColour_actionPerformed()
 811   {
 812     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 813     refresh();
 814   }
 815
 816   protected void strandColour_actionPerformed()
 817   {
 818     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 819     refresh();
 820   }
 821
 822   protected void turnColour_actionPerformed()
 823   {
 824     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 825     refresh();
 826   }
 827
 828   protected void buriedColour_actionPerformed()
 829   {
 830     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 831     refresh();
 832   }
 833
 834   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 835   {
 836     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 837     refresh();
 838   }
 839
 840   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 841   {
 842     SequenceGroup sg = getGroup();
 843     if (sg.cs == null)
 844     {
 845       return;
 846     }
 847
 848     if (abovePIDColour.getState())
 849     {
 850       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 851               .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 852               .getWidth()));
 853       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 854               .getName());
 855
 856       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 857
 858       SliderPanel.showPIDSlider();
 859
 860     }
 861     else
 862     // remove PIDColouring
 863     {
 864       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 865     }
 866
 867     refresh();
 868
 869   }
 870
 871   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 872   {
 873     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 874   }
 875
 876   protected void PIDColour_actionPerformed()
 877   {
 878     SequenceGroup sg = getGroup();
 879     sg.cs = new PIDColourScheme();
 880     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 881             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 882             .getWidth()));
 883     refresh();
 884   }
 885
 886   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 887   {
 888     SequenceGroup sg = getGroup();
 889
 890     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 891
 892     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 893             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 894             .getWidth()));
 895
 896     refresh();
 897   }
 898
 899   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 900   {
 901     getGroup().cs = null;
 902     refresh();
 903   }
 904
 905   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 906   {
 907     SequenceGroup sg = getGroup();
 908     if (sg.cs == null)
 909     {
 910       return;
 911     }
 912
 913     if (conservationMenuItem.getState())
 914     {
 915
 916       Conservation c = new Conservation("Group",
 917               ResidueProperties.propHash, 3, sg
 918                       .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 919               ap.av.alignment.getWidth());
 920
 921       c.calculate();
 922       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 923
 924       sg.cs.setConservation(c);
 925
 926       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 927       SliderPanel.showConservationSlider();
 928     }
 929     else
 930     // remove ConservationColouring
 931     {
 932       sg.cs.setConservation(null);
 933     }
 934
 935     refresh();
 936   }
 937
 938   SequenceGroup getGroup()
 939   {
 940     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 941
 942     // this method won't add a new group if it already exists
 943     if (sg != null)
 944     {
 945       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 946     }
 947
 948     return sg;
 949   }
 950
 951   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 952   {
 953     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 954     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 955     ap.av.setSelectionGroup(null);
 956     ap.paintAlignment(true);
 957   }
 958
 959   public void showColourText_itemStateChanged()
 960   {
 961     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 962     refresh();
 963   }
 964
 965   public void showText_itemStateChanged()
 966   {
 967     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 968     refresh();
 969   }
 970
 971   public void showBoxes_itemStateChanged()
 972   {
 973     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 974     refresh();
 975   }
 976
 977   void hideSequences(boolean representGroup)
 978   {
 979     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 980     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 981     {
 982       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
 983       { seq });
 984       return;
 985     }
 986
 987     ap.av.setSelectionGroup(null);
 988
 989     if (representGroup)
 990     {
 991       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
 992
 993       return;
 994     }
 995
 996     int gsize = sg.getSize();
 997     SequenceI[] hseqs;
 998
 999     hseqs = new SequenceI[gsize];
1000
1001     int index = 0;
1002     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1003     {
1004       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1005     }
1006
1007     ap.av.hideSequence(hseqs);
1008   }
1009
1010 }