src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.commands.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.schemes.*;
  31 import jalview.util.UrlLink;
  32 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  33
  34 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  35         ActionListener, ItemListener
  36 {
  37   Menu groupMenu = new Menu();
  38
  39   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  54
  55   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  56
  57   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  58
  59   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  62
  63   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  64
  65   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  66
  67   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  68
  69   final AlignmentPanel ap;
  70
  71   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  74
  75   Menu colourMenu = new Menu();
  76
  77   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  78
  79   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  84
  85   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  86
  87   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  88
  89   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  90
  91   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  92
  93   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  94
  95   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  96
  97   Menu outputmenu = new Menu();
  98
  99   Menu seqMenu = new Menu();
 100
 101   MenuItem pdb = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 106
 107   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 108
 109   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 110
 111   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 112
 113   Sequence seq;
 114
 115   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 116
 117   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 118   /**
 119    * index of sequence to be revealed
 120    */
 121   int revealSeq_index=-1;
 122   Menu menu1 = new Menu();
 123
 124   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 125   {
 126     // /////////////////////////////////////////////////////////
 127     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 128     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 129     //
 130     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 131     // ////////////////////////////////////////////////////////
 132
 133     this.ap = apanel;
 134     this.seq = seq;
 135
 136     try
 137     {
 138       jbInit();
 139     } catch (Exception e)
 140     {
 141       e.printStackTrace();
 142     }
 143
 144     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 145     {
 146       MenuItem item = new MenuItem(
 147               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 148
 149       item.addActionListener(this);
 150       outputmenu.add(item);
 151     }
 152
 153     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 154
 155     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 156     {
 157       editGroupName.setLabel("Name: "+sg.getName());
 158       showText.setState(sg.getDisplayText());
 159       showColourText.setState(sg.getColourText());
 160       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 161       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 162       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 163       {
 164         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 165       }
 166
 167     }
 168     else
 169     {
 170       remove(hideSeqs);
 171       remove(groupMenu);
 172     }
 173
 174     if (links != null && links.size() > 0)
 175     {
 176       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 177       String link;
 178       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 179       {
 180         link = links.elementAt(i).toString();
 181         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 182         if (!urlLink.isValid())
 183         {
 184           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 185           continue;
 186         }
 187         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 188         // link.indexOf("|"));
 189         final String label = urlLink.getLabel();
 190         if (urlLink.isDynamic())
 191         {
 192
 193           // collect matching db-refs
 194           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 195                   seq.getDBRef(), new String[]
 196                   { target });
 197           // collect id string too
 198           String id = seq.getName();
 199           String descr = seq.getDescription();
 200           if (descr != null && descr.length() < 1)
 201           {
 202             descr = null;
 203           }
 204           if (dbr != null)
 205           {
 206             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 207             {
 208               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 209               {
 210                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 211                 // string with this link
 212                 id = null;
 213               }
 214               // create Bare ID link for this RUL
 215               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 216                       true);
 217               if (urls != null)
 218               {
 219                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 220                 {
 221                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 222                 }
 223               }
 224             }
 225           }
 226           if (id != null)
 227           {
 228             // create Bare ID link for this RUL
 229             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 230             if (urls != null)
 231             {
 232               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 233               {
 234                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 235               }
 236             }
 237             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 238           }
 239           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 240           // URL links
 241           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 242           {
 243             // create link for this URL from description only if regex matches
 244             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 245             if (urls != null)
 246             {
 247               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 248               {
 249                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 250               }
 251             }
 252           }
 253         }
 254         else
 255         {
 256           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 257         }
 258         /*
 259          * final String url;
 260          *
 261          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 262          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 263          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 264          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 265          *
 266          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 267          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 268          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 269          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 270          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 271          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 272          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 273          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 274          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 275          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 276          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 277          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 278          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 279          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 280          */
 281       }
 282       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 283       {
 284         if (seq != null)
 285         {
 286           seqMenu.add(linkMenu);
 287         }
 288         else
 289         {
 290           add(linkMenu);
 291         }
 292       }
 293     }
 294     // TODO: add group link menu entry here
 295     if (seq != null)
 296     {
 297       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 298       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 299     }
 300     else
 301     {
 302       remove(seqMenu);
 303     }
 304
 305     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 306     {
 307       remove(revealAll);
 308       remove(revealSeq);
 309     } else {
 310       final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);
 311
 312       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 313               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 314       {
 315         revealSeq_index=index;
 316       } else {
 317         remove(revealSeq);
 318       }
 319     }
 320   }
 321
 322   /**
 323    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 324    *
 325    * @param linkMenu
 326    * @param target
 327    *          - menu label string
 328    * @param url
 329    *          - url to open
 330    */
 331   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 332           final String url)
 333   {
 334     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 335   }
 336
 337   /**
 338    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 339    *
 340    * @param linkMenu
 341    * @param target
 342    *          - URL target window
 343    * @param label
 344    *          - menu label string
 345    * @param url
 346    *          - url to open
 347    */
 348   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 349           final String label, final String url)
 350   {
 351     MenuItem item = new MenuItem(label);
 352     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 353     {
 354       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 355       {
 356         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 357       }
 358     });
 359     linkMenu.add(item);
 360   }
 361
 362   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 363   {
 364     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 365     {
 366       abovePIDColour_itemStateChanged();
 367     }
 368     else if (evt.getSource() == showColourText)
 369     {
 370       showColourText_itemStateChanged();
 371     }
 372     else if (evt.getSource() == showText)
 373     {
 374       showText_itemStateChanged();
 375     }
 376     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 377     {
 378       showBoxes_itemStateChanged();
 379     }
 380     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 381     {
 382       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 383     }
 384   }
 385
 386   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 387   {
 388     Object source = evt.getSource();
 389     if (source == clustalColour)
 390     {
 391       clustalColour_actionPerformed();
 392     }
 393     else if (source == zappoColour)
 394     {
 395       zappoColour_actionPerformed();
 396     }
 397     else if (source == taylorColour)
 398     {
 399       taylorColour_actionPerformed();
 400     }
 401     else if (source == hydrophobicityColour)
 402     {
 403       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 404     }
 405     else if (source == helixColour)
 406     {
 407       helixColour_actionPerformed();
 408     }
 409     else if (source == strandColour)
 410     {
 411       strandColour_actionPerformed();
 412     }
 413     else if (source == turnColour)
 414     {
 415       turnColour_actionPerformed();
 416     }
 417     else if (source == buriedColour)
 418     {
 419       buriedColour_actionPerformed();
 420     }
 421     else if (source == nucleotideMenuItem)
 422     {
 423       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 424     }
 425
 426     else if (source == userDefinedColour)
 427     {
 428       userDefinedColour_actionPerformed();
 429     }
 430     else if (source == PIDColour)
 431     {
 432       PIDColour_actionPerformed();
 433     }
 434     else if (source == BLOSUM62Colour)
 435     {
 436       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 437     }
 438     else if (source == noColourmenuItem)
 439     {
 440       noColourmenuItem_actionPerformed();
 441     }
 442     else if (source == conservationMenuItem)
 443     {
 444       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 445     }
 446     else if (source == unGroupMenuItem)
 447     {
 448       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 449     }
 450
 451     else if (source == sequenceName)
 452     {
 453       editName();
 454     }
 455     else if (source == pdb)
 456     {
 457       addPDB();
 458     }
 459     else if (source == hideSeqs)
 460     {
 461       hideSequences(false);
 462     }
 463     else if (source == repGroup)
 464     {
 465       hideSequences(true);
 466     }
 467     else if (source == revealSeq)
 468     {
 469       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 470     }
 471     else if (source == revealAll)
 472     {
 473       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 474     }
 475
 476     else if (source == editGroupName)
 477     {
 478       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 479               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 480               "Group Description", ap.alignFrame,
 481               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 482
 483       if (dialog.accept)
 484       {
 485         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 486         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 487       }
 488
 489     }
 490     else if (source == copy)
 491     {
 492       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 493     }
 494     else if (source == cut)
 495     {
 496       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 497     }
 498     else if (source == editSequence)
 499     {
 500       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 501
 502       if (sg != null)
 503       {
 504         if (seq == null)
 505           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 506
 507         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 508                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 509                 "Edit Sequence ", null,
 510
 511                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 512
 513         if (dialog.accept)
 514         {
 515           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 516                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 517                           ap.av.getGapCharacter()),
 518                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 519                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 520
 521           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 522
 523           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 524                   .getSequences());
 525         }
 526       }
 527     }
 528     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 529     {
 530       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 531       Vector regions = new Vector();
 532       if (sg != null)
 533       {
 534         int start = sg.getStartRes();
 535         int end = sg.getEndRes() + 1;
 536
 537         do
 538         {
 539           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 540           {
 541             if (start == 0)
 542             {
 543               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 544             }
 545
 546             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 547             if (start == end)
 548             {
 549               end = sg.getEndRes() + 1;
 550             }
 551             if (end > sg.getEndRes())
 552             {
 553               end = sg.getEndRes() + 1;
 554             }
 555           }
 556
 557           regions.addElement(new int[]
 558           { start, end });
 559
 560           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 561           {
 562             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 563             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 564           }
 565         } while (end < sg.getEndRes());
 566
 567         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 568         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 569         {
 570           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 571         }
 572
 573         String description;
 574         int caseChange;
 575
 576         if (source == toggleCase)
 577         {
 578           description = "Toggle Case";
 579           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 580         }
 581         else if (source == toUpper)
 582         {
 583           description = "To Upper Case";
 584           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 585         }
 586         else
 587         {
 588           description = "To Lower Case";
 589           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 590         }
 591
 592         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 593                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 594                 caseChange);
 595
 596         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 597
 598         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 599                 .getSequences());
 600
 601       }
 602     }
 603     else if (source == sequenceFeature)
 604     {
 605       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 606       if (sg == null)
 607       {
 608         return;
 609       }
 610
 611       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 612       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 613       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 614
 615       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 616       {
 617         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 618         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 619         if (start <= end)
 620         {
 621           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 622           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 623                   end, "Jalview");
 624           rsize++;
 625         }
 626       }
 627       rseqs = new SequenceI[rsize];
 628       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 629       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 630       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 631       features = tfeatures;
 632       seqs = rseqs;
 633
 634       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 635               features, true, ap))
 636       {
 637         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 638         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 639         ap.highlightSearchResults(null);
 640       }
 641     }
 642     else
 643     {
 644       outputText(evt);
 645     }
 646
 647   }
 648
 649   void outputText(ActionEvent e)
 650   {
 651     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 652
 653     Frame frame = new Frame();
 654     frame.add(cap);
 655     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 656             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 657
 658     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 659             e.getActionCommand(),
 660             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 661             ap.av.showJVSuffix));
 662
 663   }
 664
 665   void editName()
 666   {
 667     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 668             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 669             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 670             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 671
 672     if (dialog.accept)
 673     {
 674       seq.setName(dialog.getName());
 675       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 676       ap.paintAlignment(false);
 677     }
 678   }
 679
 680   void addPDB()
 681   {
 682     if (seq.getPDBId() != null)
 683     {
 684       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 685
 686       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 687         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 688         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 689       else
 690         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 691         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 692
 693     }
 694     else
 695     {
 696       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 697       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 698       cap.setPDBImport(seq);
 699       Frame frame = new Frame();
 700       frame.add(cap);
 701       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 702     }
 703   }
 704
 705   private void jbInit() throws Exception
 706   {
 707     groupMenu.setLabel("Group");
 708     groupMenu.setLabel("Selection");
 709     sequenceFeature.addActionListener(this);
 710
 711     editGroupName.addActionListener(this);
 712     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 713     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 714
 715     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 716     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 717     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 718     abovePIDColour.addItemListener(this);
 719     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 720     showBoxes.setLabel("Boxes");
 721     showBoxes.setState(true);
 722     showBoxes.addItemListener(this);
 723     sequenceName.addActionListener(this);
 724     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 725     displayNonconserved.setState(false);
 726     displayNonconserved.addItemListener(this);
 727     showText.setLabel("Text");
 728     showText.addItemListener(this);
 729     showColourText.setLabel("Colour Text");
 730     showColourText.addItemListener(this);
 731     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 732     seqMenu.setLabel("Sequence");
 733     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 734     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 735     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 736     revealAll.setLabel("Reveal All");
 737     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 738     menu1.setLabel("Group");
 739     add(groupMenu);
 740     this.add(seqMenu);
 741     this.add(hideSeqs);
 742     this.add(revealSeq);
 743     this.add(revealAll);
 744     groupMenu.add(editGroupName);
 745     groupMenu.add(editMenu);
 746     groupMenu.add(outputmenu);
 747     groupMenu.add(sequenceFeature);
 748     groupMenu.add(menu1);
 749
 750     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 751     colourMenu.add(clustalColour);
 752     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 753     colourMenu.add(PIDColour);
 754     colourMenu.add(zappoColour);
 755     colourMenu.add(taylorColour);
 756     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 757     colourMenu.add(helixColour);
 758     colourMenu.add(strandColour);
 759     colourMenu.add(turnColour);
 760     colourMenu.add(buriedColour);
 761     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 762     colourMenu.add(userDefinedColour);
 763     colourMenu.addSeparator();
 764     colourMenu.add(abovePIDColour);
 765     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 766
 767     noColourmenuItem.setLabel("None");
 768     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 769
 770     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 771     clustalColour.addActionListener(this);
 772     zappoColour.setLabel("Zappo");
 773     zappoColour.addActionListener(this);
 774     taylorColour.setLabel("Taylor");
 775     taylorColour.addActionListener(this);
 776     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 777     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 778     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 779     helixColour.addActionListener(this);
 780     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 781     strandColour.addActionListener(this);
 782     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 783     turnColour.addActionListener(this);
 784     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 785     buriedColour.addActionListener(this);
 786     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 787
 788     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 789     userDefinedColour.addActionListener(this);
 790     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 791     PIDColour.addActionListener(this);
 792     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 793     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 794     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 795
 796     editMenu.add(copy);
 797     copy.addActionListener(this);
 798     editMenu.add(cut);
 799     cut.addActionListener(this);
 800
 801     editMenu.add(editSequence);
 802     editSequence.addActionListener(this);
 803
 804     editMenu.add(toUpper);
 805     toUpper.addActionListener(this);
 806     editMenu.add(toLower);
 807     toLower.addActionListener(this);
 808     editMenu.add(toggleCase);
 809     seqMenu.add(sequenceName);
 810     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 811     {
 812       seqMenu.add(pdb);
 813     }
 814     seqMenu.add(repGroup);
 815     menu1.add(unGroupMenuItem);
 816     menu1.add(colourMenu);
 817     menu1.add(showBoxes);
 818     menu1.add(showText);
 819     menu1.add(showColourText);
 820     menu1.add(displayNonconserved);
 821     toggleCase.addActionListener(this);
 822     pdb.addActionListener(this);
 823     hideSeqs.addActionListener(this);
 824     repGroup.addActionListener(this);
 825     revealAll.addActionListener(this);
 826     revealSeq.addActionListener(this);
 827   }
 828
 829   void refresh()
 830   {
 831     ap.paintAlignment(true);
 832   }
 833
 834   protected void clustalColour_actionPerformed()
 835   {
 836     SequenceGroup sg = getGroup();
 837     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
 838             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
 839             ap.av.alignment.getWidth());
 840     refresh();
 841   }
 842
 843   protected void zappoColour_actionPerformed()
 844   {
 845     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 846     refresh();
 847   }
 848
 849   protected void taylorColour_actionPerformed()
 850   {
 851     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 852     refresh();
 853   }
 854
 855   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 856   {
 857     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 858     refresh();
 859   }
 860
 861   protected void helixColour_actionPerformed()
 862   {
 863     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 864     refresh();
 865   }
 866
 867   protected void strandColour_actionPerformed()
 868   {
 869     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 870     refresh();
 871   }
 872
 873   protected void turnColour_actionPerformed()
 874   {
 875     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 876     refresh();
 877   }
 878
 879   protected void buriedColour_actionPerformed()
 880   {
 881     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 882     refresh();
 883   }
 884
 885   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 886   {
 887     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 888     refresh();
 889   }
 890
 891   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 892   {
 893     SequenceGroup sg = getGroup();
 894     if (sg.cs == null)
 895     {
 896       return;
 897     }
 898
 899     if (abovePIDColour.getState())
 900     {
 901       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 902               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 903               ap.av.alignment.getWidth()));
 904       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 905               .getName());
 906
 907       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 908
 909       SliderPanel.showPIDSlider();
 910
 911     }
 912     else
 913     // remove PIDColouring
 914     {
 915       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 916     }
 917
 918     refresh();
 919
 920   }
 921
 922   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 923   {
 924     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 925   }
 926
 927   protected void PIDColour_actionPerformed()
 928   {
 929     SequenceGroup sg = getGroup();
 930     sg.cs = new PIDColourScheme();
 931     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 932             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 933             ap.av.alignment.getWidth()));
 934     refresh();
 935   }
 936
 937   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 938   {
 939     SequenceGroup sg = getGroup();
 940
 941     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 942
 943     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 944             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 945             ap.av.alignment.getWidth()));
 946
 947     refresh();
 948   }
 949
 950   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 951   {
 952     getGroup().cs = null;
 953     refresh();
 954   }
 955
 956   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 957   {
 958     SequenceGroup sg = getGroup();
 959     if (sg.cs == null)
 960     {
 961       return;
 962     }
 963
 964     if (conservationMenuItem.getState())
 965     {
 966
 967       Conservation c = new Conservation("Group",
 968               ResidueProperties.propHash, 3,
 969               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 970               ap.av.alignment.getWidth());
 971
 972       c.calculate();
 973       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 974
 975       sg.cs.setConservation(c);
 976
 977       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 978       SliderPanel.showConservationSlider();
 979     }
 980     else
 981     // remove ConservationColouring
 982     {
 983       sg.cs.setConservation(null);
 984     }
 985
 986     refresh();
 987   }
 988
 989   SequenceGroup getGroup()
 990   {
 991     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 992
 993     // this method won't add a new group if it already exists
 994     if (sg != null)
 995     {
 996       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 997     }
 998
 999     return sg;
1000   }
1001
1002   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1003   {
1004     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1005     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
1006     ap.av.setSelectionGroup(null);
1007     ap.paintAlignment(true);
1008   }
1009
1010   public void showColourText_itemStateChanged()
1011   {
1012     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1013     refresh();
1014   }
1015
1016   public void showText_itemStateChanged()
1017   {
1018     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1019     refresh();
1020   }
1021
1022   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1023   {
1024     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1025     refresh();
1026   }
1027
1028   public void showBoxes_itemStateChanged()
1029   {
1030     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1031     refresh();
1032   }
1033
1034   void hideSequences(boolean representGroup)
1035   {
1036     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1037     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1038     {
1039       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1040       { seq });
1041       return;
1042     }
1043
1044     ap.av.setSelectionGroup(null);
1045
1046     if (representGroup)
1047     {
1048       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1049
1050       return;
1051     }
1052
1053     int gsize = sg.getSize();
1054     SequenceI[] hseqs;
1055
1056     hseqs = new SequenceI[gsize];
1057
1058     int index = 0;
1059     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1060     {
1061       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1062     }
1063
1064     ap.av.hideSequence(hseqs);
1065     ap.av.sendSelection();
1066   }
1067
1068 }