src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56 \r
  57   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  58   {\r
  59     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  60     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  61     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  62     //\r
  63     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  64     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  65 \r
  66     this.ap = apanel;\r
  67 \r
  68     try\r
  69     {\r
  70       jbInit();\r
  71     }\r
  72     catch (Exception e)\r
  73     {\r
  74       e.printStackTrace();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  78     if (sg != null)\r
  79     {\r
  80       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  81       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  82       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  83     }\r
  84 \r
  85     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  86     {\r
  87       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  88     }\r
  89 \r
  90     if (seq != null && links!=null)\r
  91     {\r
  92       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
  93       MenuItem item;\r
  94       String link;\r
  95       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
  96       {\r
  97         link = links.elementAt(i).toString();\r
  98         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
  99         item = new MenuItem(target);\r
 100         String id = seq.getName();\r
 101         if(id.indexOf("|")>-1)\r
 102              id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 103 \r
 104         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 105                + id +\r
 106                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 107 \r
 108            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 109            {\r
 110                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 111                {\r
 112                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 113                }\r
 114            });\r
 115           linkMenu.add(item);\r
 116       }\r
 117       add(linkMenu);\r
 118 \r
 119       item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 120       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 121            {\r
 122                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 123                {\r
 124                   addPDB(seq);\r
 125                }\r
 126            });\r
 127 \r
 128       add(item);\r
 129 \r
 130 \r
 131     }\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 135   {\r
 136     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 137       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 138     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 139       showColourText_itemStateChanged();\r
 140     else if(evt.getSource()==showText)\r
 141       showText_itemStateChanged();\r
 142     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 143        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 147   {\r
 148     if(evt.getSource()==clustalColour)\r
 149       clustalColour_actionPerformed();\r
 150     else if(evt.getSource()==zappoColour)\r
 151       zappoColour_actionPerformed();\r
 152     else if(evt.getSource()==taylorColour)\r
 153       taylorColour_actionPerformed();\r
 154     else if(evt.getSource()==hydrophobicityColour)\r
 155       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 156     else if(evt.getSource()==helixColour)\r
 157       helixColour_actionPerformed();\r
 158     else if(evt.getSource()==strandColour)\r
 159       strandColour_actionPerformed();\r
 160     else if(evt.getSource()==clustalColour)\r
 161       turnColour_actionPerformed();\r
 162     else if(evt.getSource()==buriedColour)\r
 163       buriedColour_actionPerformed();\r
 164     else if(evt.getSource()==nucleotideMenuItem)\r
 165       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 166 \r
 167     else if(evt.getSource()==userDefinedColour)\r
 168           userDefinedColour_actionPerformed();\r
 169         else if(evt.getSource()==PIDColour)\r
 170        PIDColour_actionPerformed();\r
 171      else if(evt.getSource()==BLOSUM62Colour)\r
 172       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 173     else if(evt.getSource()==noColourmenuItem)\r
 174       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 175     else if(evt.getSource()==conservationMenuItem)\r
 176         conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 177       else if(evt.getSource()==unGroupMenuItem)\r
 178       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 179 \r
 180   }\r
 181 \r
 182   void addPDB(Sequence seq)\r
 183   {\r
 184     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame.applet);\r
 185     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 186     cap.setPDBImport(seq, ap.seqPanel.seqCanvas);\r
 187     Frame frame = new Frame();\r
 188     frame.add(cap);\r
 189     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 190   }\r
 191 \r
 192   private void jbInit()\r
 193       throws Exception\r
 194   {\r
 195     groupMenu.setLabel("Group");\r
 196     groupMenu.setLabel("Define");\r
 197 \r
 198     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 199     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 200 \r
 201     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 202     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 203     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 204     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 205     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 206     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 207     showBoxes.setState(true);\r
 208     showBoxes.addItemListener(this);\r
 209 \r
 210     showText.setLabel("Text");\r
 211     showText.addItemListener(this);\r
 212     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 213     showColourText.addItemListener(this);\r
 214 \r
 215     add(groupMenu);\r
 216     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 217     groupMenu.add(colourMenu);\r
 218     groupMenu.addSeparator();\r
 219     groupMenu.add(showBoxes);\r
 220     groupMenu.add(showText);\r
 221     groupMenu.add(showColourText);\r
 222     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 223     colourMenu.add(clustalColour);\r
 224     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 225     colourMenu.add(PIDColour);\r
 226     colourMenu.add(zappoColour);\r
 227     colourMenu.add(taylorColour);\r
 228     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 229     colourMenu.add(helixColour);\r
 230     colourMenu.add(strandColour);\r
 231     colourMenu.add(turnColour);\r
 232     colourMenu.add(buriedColour);\r
 233     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 234     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 235     colourMenu.addSeparator();\r
 236     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 237     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 238 \r
 239     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 240     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 241 \r
 242     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 243     clustalColour.addActionListener(this);\r
 244     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 245     zappoColour.addActionListener(this);\r
 246     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 247     taylorColour.addActionListener(this);\r
 248     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 249     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 250     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 251     helixColour.addActionListener(this);\r
 252     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 253     strandColour.addActionListener(this);\r
 254     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 255     turnColour.addActionListener(this);\r
 256     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 257     buriedColour.addActionListener(this);\r
 258     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 259 \r
 260     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 261     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 262     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 263     PIDColour.addActionListener(this);\r
 264     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 265     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 266     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 267 \r
 268   }\r
 269 \r
 270   void refresh()\r
 271   {\r
 272     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 273     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 274       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 275   }\r
 276 \r
 277   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 278   {\r
 279     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 280     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 281     refresh();\r
 282   }\r
 283 \r
 284   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 285   {\r
 286     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 287     refresh();\r
 288   }\r
 289 \r
 290   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 291   {\r
 292     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 293     refresh();\r
 294   }\r
 295 \r
 296   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 297   {\r
 298     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 299     refresh();\r
 300   }\r
 301 \r
 302   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 303   {\r
 304     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 305     refresh();\r
 306   }\r
 307 \r
 308   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 309   {\r
 310     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 311     refresh();\r
 312   }\r
 313 \r
 314   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 315   {\r
 316     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 317     refresh();\r
 318   }\r
 319 \r
 320   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 321   {\r
 322     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 323     refresh();\r
 324   }\r
 325 \r
 326   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 327   {\r
 328     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 329     refresh();\r
 330   }\r
 331 \r
 332   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 333   {\r
 334     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 335     if(sg.cs==null)\r
 336           return;\r
 337 \r
 338     if (abovePIDColour.getState())\r
 339     {\r
 340       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 341                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 342       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 343           getGroup().getName());\r
 344 \r
 345       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 346 \r
 347       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 348 \r
 349     }\r
 350     else // remove PIDColouring\r
 351     {\r
 352       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 353     }\r
 354 \r
 355     refresh();\r
 356 \r
 357   }\r
 358 \r
 359   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 360   {\r
 361     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 362   }\r
 363 \r
 364   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 365   {\r
 366     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 367     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 368     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 369                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 370     refresh();\r
 371   }\r
 372 \r
 373   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 374   {\r
 375     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 376 \r
 377     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 378 \r
 379     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 380                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 381 \r
 382     refresh();\r
 383   }\r
 384 \r
 385   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 386   {\r
 387     getGroup().cs = null;\r
 388     refresh();\r
 389   }\r
 390 \r
 391   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 392   {\r
 393     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 394     if(sg.cs==null)\r
 395           return;\r
 396 \r
 397     if (conservationMenuItem.getState())\r
 398     {\r
 399 \r
 400       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 401                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 402                                         sg.sequences, 0,\r
 403                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 404 \r
 405       c.calculate();\r
 406       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 407 \r
 408       sg.cs.setConservation(c);\r
 409 \r
 410       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 411       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 412     }\r
 413     else // remove ConservationColouring\r
 414     {\r
 415       sg.cs.setConservation(null);\r
 416     }\r
 417 \r
 418     refresh();\r
 419   }\r
 420 \r
 421 \r
 422   SequenceGroup getGroup()\r
 423   {\r
 424     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 425 \r
 426     // this method won't add a new group if it already exists\r
 427     if(sg!=null)\r
 428       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 429 \r
 430     return sg;\r
 431   }\r
 432 \r
 433   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 434   {\r
 435     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 436     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 437     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 438     ap.repaint();\r
 439   }\r
 440 \r
 441   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 442   {\r
 443     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 444     refresh();\r
 445   }\r
 446 \r
 447   public void showText_itemStateChanged()\r
 448   {\r
 449     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 450     refresh();\r
 451   }\r
 452 \r
 453   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 454   {\r
 455     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 456     refresh();\r
 457   }\r
 458 \r
 459 }\r