src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  75
  76   Menu colourMenu = new Menu();
  77
  78   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  85
  86   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  87
  88   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  89
  90   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  91
  92   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  93
  94   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  95
  96   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  97
  98   Menu outputmenu = new Menu();
  99
 100   Menu seqMenu = new Menu();
 101
 102   MenuItem pdb = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 107
 108   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 109
 110   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 111
 112   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 113
 114   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 115
 116   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 117
 118   Sequence seq;
 119
 120   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 121
 122   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 123
 124   /**
 125    * index of sequence to be revealed
 126    */
 127   int revealSeq_index = -1;
 128
 129   Menu menu1 = new Menu();
 130
 131   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 132   {
 133     // /////////////////////////////////////////////////////////
 134     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 135     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 136     //
 137     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 138     // ////////////////////////////////////////////////////////
 139
 140     this.ap = apanel;
 141     this.seq = seq;
 142
 143     try
 144     {
 145       jbInit();
 146     } catch (Exception e)
 147     {
 148       e.printStackTrace();
 149     }
 150
 151     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 152     {
 153       MenuItem item = new MenuItem(
 154               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 155
 156       item.addActionListener(this);
 157       outputmenu.add(item);
 158     }
 159
 160     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 161
 162     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 163     {
 164       editGroupName.setLabel("Name: " + sg.getName());
 165       showText.setState(sg.getDisplayText());
 166       showColourText.setState(sg.getColourText());
 167       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 168       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 169       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 170       {
 171         menu1.setLabel("Edit New Group");
 172         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 173       } else {
 174         menu1.setLabel("Edit Group");
 175         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 176       }
 177
 178     }
 179     else
 180     {
 181       remove(hideSeqs);
 182       remove(groupMenu);
 183     }
 184
 185     if (links != null && links.size() > 0)
 186     {
 187       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 188       String link;
 189       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 190       {
 191         link = links.elementAt(i).toString();
 192         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 193         if (!urlLink.isValid())
 194         {
 195           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 196           continue;
 197         }
 198         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 199         // link.indexOf("|"));
 200         final String label = urlLink.getLabel();
 201         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 202         {
 203
 204           // collect matching db-refs
 205           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 206                   seq.getDBRef(), new String[]
 207                   { target });
 208           // collect id string too
 209           String id = seq.getName();
 210           String descr = seq.getDescription();
 211           if (descr != null && descr.length() < 1)
 212           {
 213             descr = null;
 214           }
 215           if (dbr != null)
 216           {
 217             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 218             {
 219               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 220               {
 221                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 222                 // string with this link
 223                 id = null;
 224               }
 225               // create Bare ID link for this RUL
 226               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 227                       true);
 228               if (urls != null)
 229               {
 230                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 231                 {
 232                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 233                 }
 234               }
 235             }
 236           }
 237           if (id != null)
 238           {
 239             // create Bare ID link for this RUL
 240             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 241             if (urls != null)
 242             {
 243               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 244               {
 245                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 246               }
 247             }
 248             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 249           }
 250           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 251           // URL links
 252           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 253           {
 254             // create link for this URL from description only if regex matches
 255             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 256             if (urls != null)
 257             {
 258               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 259               {
 260                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 261               }
 262             }
 263           }
 264         }
 265         else
 266         {
 267           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 268         }
 269         /*
 270          * final String url;
 271          *
 272          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 273          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 274          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 275          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 276          *
 277          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 278          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 279          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 280          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 281          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 282          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 283          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 284          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 285          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 286          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 287          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 288          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 289          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 290          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 291          */
 292       }
 293       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 294       {
 295         if (seq != null)
 296         {
 297           seqMenu.add(linkMenu);
 298         }
 299         else
 300         {
 301           add(linkMenu);
 302         }
 303       }
 304     }
 305     // TODO: add group link menu entry here
 306     if (seq != null)
 307     {
 308       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 309       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 310     }
 311     else
 312     {
 313       remove(seqMenu);
 314     }
 315
 316     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 317     {
 318       remove(revealAll);
 319       remove(revealSeq);
 320     }
 321     else
 322     {
 323       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 324
 325       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 326               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 327       {
 328         revealSeq_index = index;
 329       }
 330       else
 331       {
 332         remove(revealSeq);
 333       }
 334     }
 335   }
 336
 337   /**
 338    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 339    *
 340    * @param linkMenu
 341    * @param target
 342    *          - menu label string
 343    * @param url
 344    *          - url to open
 345    */
 346   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 347           final String url)
 348   {
 349     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 350   }
 351
 352   /**
 353    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 354    *
 355    * @param linkMenu
 356    * @param target
 357    *          - URL target window
 358    * @param label
 359    *          - menu label string
 360    * @param url
 361    *          - url to open
 362    */
 363   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 364           final String label, final String url)
 365   {
 366     MenuItem item = new MenuItem(label);
 367     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 368     {
 369       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 370       {
 371         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 372       }
 373     });
 374     linkMenu.add(item);
 375   }
 376
 377   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 378   {
 379     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 380     {
 381       abovePIDColour_itemStateChanged();
 382     }
 383     else if (evt.getSource() == showColourText)
 384     {
 385       showColourText_itemStateChanged();
 386     }
 387     else if (evt.getSource() == showText)
 388     {
 389       showText_itemStateChanged();
 390     }
 391     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 392     {
 393       showBoxes_itemStateChanged();
 394     }
 395     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 396     {
 397       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 398     }
 399   }
 400
 401   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 402   {
 403     Object source = evt.getSource();
 404     if (source == clustalColour)
 405     {
 406       clustalColour_actionPerformed();
 407     }
 408     else if (source == zappoColour)
 409     {
 410       zappoColour_actionPerformed();
 411     }
 412     else if (source == taylorColour)
 413     {
 414       taylorColour_actionPerformed();
 415     }
 416     else if (source == hydrophobicityColour)
 417     {
 418       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 419     }
 420     else if (source == helixColour)
 421     {
 422       helixColour_actionPerformed();
 423     }
 424     else if (source == strandColour)
 425     {
 426       strandColour_actionPerformed();
 427     }
 428     else if (source == turnColour)
 429     {
 430       turnColour_actionPerformed();
 431     }
 432     else if (source == buriedColour)
 433     {
 434       buriedColour_actionPerformed();
 435     }
 436     else if (source == nucleotideMenuItem)
 437     {
 438       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 439     }
 440
 441     else if (source == userDefinedColour)
 442     {
 443       userDefinedColour_actionPerformed();
 444     }
 445     else if (source == PIDColour)
 446     {
 447       PIDColour_actionPerformed();
 448     }
 449     else if (source == BLOSUM62Colour)
 450     {
 451       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 452     }
 453     else if (source == noColourmenuItem)
 454     {
 455       noColourmenuItem_actionPerformed();
 456     }
 457     else if (source == conservationMenuItem)
 458     {
 459       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 460     }
 461     else if (source == unGroupMenuItem)
 462     {
 463       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 464     }
 465
 466     else if (source == createGroupMenuItem)
 467     {
 468       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 469     }
 470
 471     else if (source == sequenceName)
 472     {
 473       editName();
 474     }
 475     else if (source == sequenceDetails)
 476     {
 477       showSequenceDetails();
 478     }
 479     else if (source == selSeqDetails)
 480     {
 481       showSequenceSelectionDetails();
 482     }
 483     else if (source == pdb)
 484     {
 485       addPDB();
 486     }
 487     else if (source == hideSeqs)
 488     {
 489       hideSequences(false);
 490     }
 491     else if (source == repGroup)
 492     {
 493       hideSequences(true);
 494     }
 495     else if (source == revealSeq)
 496     {
 497       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 498     }
 499     else if (source == revealAll)
 500     {
 501       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 502     }
 503
 504     else if (source == editGroupName)
 505     {
 506       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 507               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 508               "Group Description", ap.alignFrame,
 509               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 510
 511       if (dialog.accept)
 512       {
 513         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 514         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 515       }
 516
 517     }
 518     else if (source == copy)
 519     {
 520       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 521     }
 522     else if (source == cut)
 523     {
 524       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 525     }
 526     else if (source == editSequence)
 527     {
 528       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 529
 530       if (sg != null)
 531       {
 532         if (seq == null)
 533           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 534
 535         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 536                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 537                 "Edit Sequence ", null,
 538
 539                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 540
 541         if (dialog.accept)
 542         {
 543           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 544                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 545                           ap.av.getGapCharacter()),
 546                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 547                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 548                   ap.av.getAlignment());
 549
 550           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 551
 552           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 553                   .getSequences());
 554         }
 555       }
 556     }
 557     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 558     {
 559       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 560       Vector regions = new Vector();
 561       if (sg != null)
 562       {
 563         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 564                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 565
 566         String description;
 567         int caseChange;
 568
 569         if (source == toggleCase)
 570         {
 571           description = "Toggle Case";
 572           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 573         }
 574         else if (source == toUpper)
 575         {
 576           description = "To Upper Case";
 577           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 578         }
 579         else
 580         {
 581           description = "To Lower Case";
 582           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 583         }
 584
 585         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 586                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 587                 startEnd, caseChange);
 588
 589         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 590
 591         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 592                 .getSequences());
 593
 594       }
 595     }
 596     else if (source == sequenceFeature)
 597     {
 598       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 599       if (sg == null)
 600       {
 601         return;
 602       }
 603
 604       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 605       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 606       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 607
 608       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 609       {
 610         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 611         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 612         if (start <= end)
 613         {
 614           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 615           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 616                   end, "Jalview");
 617           rsize++;
 618         }
 619       }
 620       rseqs = new SequenceI[rsize];
 621       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 622       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 623       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 624       features = tfeatures;
 625       seqs = rseqs;
 626
 627       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 628               features, true, ap))
 629       {
 630         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 631         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 632         ap.highlightSearchResults(null);
 633       }
 634     }
 635     else
 636     {
 637       outputText(evt);
 638     }
 639
 640   }
 641
 642   void outputText(ActionEvent e)
 643   {
 644     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 645
 646     Frame frame = new Frame();
 647     frame.add(cap);
 648     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 649             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 650     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 651     // now returns a full copy of sequence data
 652     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 653
 654     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 655             e.getActionCommand(),
 656             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 657             ap.av.showJVSuffix));
 658
 659   }
 660
 661   protected void showSequenceSelectionDetails()
 662   {
 663     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 664   }
 665
 666   protected void showSequenceDetails()
 667   {
 668     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 669     { seq });
 670   }
 671
 672   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 673   {
 674
 675     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 676
 677     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 678     for (SequenceI seq : sequences)
 679     {
 680       contents.append("<p><h2>Annotation for " + seq.getDisplayId(true)
 681               + "</h2></p><p>");
 682       new SequenceAnnotationReport(null)
 683               .createSequenceAnnotationReport(
 684                       contents,
 685                       seq,
 686                       true,
 687                       true,
 688                       false,
 689                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 690                               : null);
 691       contents.append("</p>");
 692     }
 693     Frame frame = new Frame();
 694     frame.add(cap);
 695     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 696             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 697                     : "Selection"), 600, 500);
 698     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
 699   }
 700
 701   void editName()
 702   {
 703     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 704             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 705             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 706             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 707
 708     if (dialog.accept)
 709     {
 710       seq.setName(dialog.getName());
 711       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 712       ap.paintAlignment(false);
 713     }
 714   }
 715
 716   void addPDB()
 717   {
 718     if (seq.getPDBId() != null)
 719     {
 720       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 721
 722       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 723         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 724         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 725       else
 726         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 727         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 728
 729     }
 730     else
 731     {
 732       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 733       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 734       cap.setPDBImport(seq);
 735       Frame frame = new Frame();
 736       frame.add(cap);
 737       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 738               "Paste PDB file for sequence " + seq.getName(), 400, 300);
 739     }
 740   }
 741
 742   private void jbInit() throws Exception
 743   {
 744     groupMenu.setLabel("Selection");
 745     sequenceFeature.addActionListener(this);
 746
 747     editGroupName.addActionListener(this);
 748     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 749     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 750
 751     createGroupMenuItem.setLabel("Create Group");
 752     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 753
 754     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 755     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 756     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 757     abovePIDColour.addItemListener(this);
 758     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 759     showBoxes.setLabel("Boxes");
 760     showBoxes.setState(true);
 761     showBoxes.addItemListener(this);
 762     sequenceName.addActionListener(this);
 763     sequenceDetails.addActionListener(this);
 764     selSeqDetails.addActionListener(this);
 765     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 766     displayNonconserved.setState(false);
 767     displayNonconserved.addItemListener(this);
 768     showText.setLabel("Text");
 769     showText.addItemListener(this);
 770     showColourText.setLabel("Colour Text");
 771     showColourText.addItemListener(this);
 772     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 773     seqMenu.setLabel("Sequence");
 774     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 775     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 776     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 777     revealAll.setLabel("Reveal All");
 778     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 779     menu1.setLabel("Group");
 780     add(groupMenu);
 781     this.add(seqMenu);
 782     this.add(hideSeqs);
 783     this.add(revealSeq);
 784     this.add(revealAll);
 785     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 786     groupMenu.add(editMenu);
 787     groupMenu.add(outputmenu);
 788     groupMenu.add(sequenceFeature);
 789     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 790     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 791     groupMenu.add(menu1);
 792
 793     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 794     colourMenu.add(clustalColour);
 795     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 796     colourMenu.add(PIDColour);
 797     colourMenu.add(zappoColour);
 798     colourMenu.add(taylorColour);
 799     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 800     colourMenu.add(helixColour);
 801     colourMenu.add(strandColour);
 802     colourMenu.add(turnColour);
 803     colourMenu.add(buriedColour);
 804     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 805     colourMenu.add(userDefinedColour);
 806     colourMenu.addSeparator();
 807     colourMenu.add(abovePIDColour);
 808     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 809
 810     noColourmenuItem.setLabel("None");
 811     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 812
 813     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 814     clustalColour.addActionListener(this);
 815     zappoColour.setLabel("Zappo");
 816     zappoColour.addActionListener(this);
 817     taylorColour.setLabel("Taylor");
 818     taylorColour.addActionListener(this);
 819     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 820     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 821     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 822     helixColour.addActionListener(this);
 823     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 824     strandColour.addActionListener(this);
 825     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 826     turnColour.addActionListener(this);
 827     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 828     buriedColour.addActionListener(this);
 829     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 830
 831     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 832     userDefinedColour.addActionListener(this);
 833     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 834     PIDColour.addActionListener(this);
 835     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 836     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 837     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 838
 839     editMenu.add(copy);
 840     copy.addActionListener(this);
 841     editMenu.add(cut);
 842     cut.addActionListener(this);
 843
 844     editMenu.add(editSequence);
 845     editSequence.addActionListener(this);
 846
 847     editMenu.add(toUpper);
 848     toUpper.addActionListener(this);
 849     editMenu.add(toLower);
 850     toLower.addActionListener(this);
 851     editMenu.add(toggleCase);
 852     seqMenu.add(sequenceName);
 853     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 854
 855     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 856     {
 857       seqMenu.add(pdb);
 858     }
 859     seqMenu.add(repGroup);
 860     menu1.add(editGroupName);
 861     menu1.add(colourMenu);
 862     menu1.add(showBoxes);
 863     menu1.add(showText);
 864     menu1.add(showColourText);
 865     menu1.add(displayNonconserved);
 866     toggleCase.addActionListener(this);
 867     pdb.addActionListener(this);
 868     hideSeqs.addActionListener(this);
 869     repGroup.addActionListener(this);
 870     revealAll.addActionListener(this);
 871     revealSeq.addActionListener(this);
 872   }
 873
 874   void refresh()
 875   {
 876     ap.paintAlignment(true);
 877   }
 878
 879   protected void clustalColour_actionPerformed()
 880   {
 881     SequenceGroup sg = getGroup();
 882     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 883     refresh();
 884   }
 885
 886   protected void zappoColour_actionPerformed()
 887   {
 888     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 889     refresh();
 890   }
 891
 892   protected void taylorColour_actionPerformed()
 893   {
 894     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 895     refresh();
 896   }
 897
 898   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 899   {
 900     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 901     refresh();
 902   }
 903
 904   protected void helixColour_actionPerformed()
 905   {
 906     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 907     refresh();
 908   }
 909
 910   protected void strandColour_actionPerformed()
 911   {
 912     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 913     refresh();
 914   }
 915
 916   protected void turnColour_actionPerformed()
 917   {
 918     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 919     refresh();
 920   }
 921
 922   protected void buriedColour_actionPerformed()
 923   {
 924     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 925     refresh();
 926   }
 927
 928   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 929   {
 930     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 931     refresh();
 932   }
 933
 934   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 935   {
 936     SequenceGroup sg = getGroup();
 937     if (sg.cs == null)
 938     {
 939       return;
 940     }
 941
 942     if (abovePIDColour.getState())
 943     {
 944       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 945               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 946       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 947               .getName());
 948
 949       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 950
 951       SliderPanel.showPIDSlider();
 952
 953     }
 954     else
 955     // remove PIDColouring
 956     {
 957       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 958     }
 959
 960     refresh();
 961
 962   }
 963
 964   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 965   {
 966     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 967   }
 968
 969   protected void PIDColour_actionPerformed()
 970   {
 971     SequenceGroup sg = getGroup();
 972     sg.cs = new PIDColourScheme();
 973     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 974             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 975     refresh();
 976   }
 977
 978   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 979   {
 980     SequenceGroup sg = getGroup();
 981
 982     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 983
 984     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 985             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 986
 987     refresh();
 988   }
 989
 990   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 991   {
 992     getGroup().cs = null;
 993     refresh();
 994   }
 995
 996   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 997   {
 998     SequenceGroup sg = getGroup();
 999     if (sg.cs == null)
1000     {
1001       return;
1002     }
1003
1004     if (conservationMenuItem.getState())
1005     {
1006
1007       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1008               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1009                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1010                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1011       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1012       SliderPanel.showConservationSlider();
1013     }
1014     else
1015     // remove ConservationColouring
1016     {
1017       sg.cs.setConservation(null);
1018     }
1019
1020     refresh();
1021   }
1022
1023   SequenceGroup getGroup()
1024   {
1025     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1026
1027     // this method won't add a new group if it already exists
1028     if (sg != null)
1029     {
1030       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1031     }
1032
1033     return sg;
1034   }
1035
1036   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1037   {
1038     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1039     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1040     ap.av.setSelectionGroup(null);
1041     ap.paintAlignment(true);
1042   }
1043
1044   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1045   {
1046     getGroup(); // implicitly create group
1047     refresh();
1048   }
1049
1050   public void showColourText_itemStateChanged()
1051   {
1052     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1053     refresh();
1054   }
1055
1056   public void showText_itemStateChanged()
1057   {
1058     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1059     refresh();
1060   }
1061
1062   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1063   {
1064     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1065     refresh();
1066   }
1067
1068   public void showBoxes_itemStateChanged()
1069   {
1070     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1071     refresh();
1072   }
1073
1074   void hideSequences(boolean representGroup)
1075   {
1076     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1077     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1078     {
1079       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1080       { seq });
1081       return;
1082     }
1083
1084     ap.av.setSelectionGroup(null);
1085
1086     if (representGroup)
1087     {
1088       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1089
1090       return;
1091     }
1092
1093     int gsize = sg.getSize();
1094     SequenceI[] hseqs;
1095
1096     hseqs = new SequenceI[gsize];
1097
1098     int index = 0;
1099     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1100     {
1101       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1102     }
1103
1104     ap.av.hideSequence(hseqs);
1105     ap.av.sendSelection();
1106   }
1107
1108 }