src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.analysis.*;
  25 import jalview.commands.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28 import jalview.util.UrlLink;
  29 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  30 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  31
  32 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  33         ActionListener, ItemListener
  34 {
  35   Menu groupMenu = new Menu();
  36
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  38
  39   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  54
  55   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  56
  57   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  58
  59   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  62
  63   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  64
  65   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  66
  67   final AlignmentPanel ap;
  68
  69   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  70
  71   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   Menu colourMenu = new Menu();
  74
  75   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  76
  77   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  78
  79   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  84
  85   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  86
  87   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  88
  89   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  90
  91   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  92
  93   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  94
  95   Menu outputmenu = new Menu();
  96
  97   Menu seqMenu = new Menu();
  98
  99   MenuItem pdb = new MenuItem();
 100
 101   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 106
 107   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 108
 109   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 110
 111   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 112
 113   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 114
 115   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 116
 117   Sequence seq;
 118
 119   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 120
 121   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 122
 123   /**
 124    * index of sequence to be revealed
 125    */
 126   int revealSeq_index = -1;
 127
 128   Menu menu1 = new Menu();
 129
 130   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 131   {
 132     // /////////////////////////////////////////////////////////
 133     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 134     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 135     //
 136     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 137     // ////////////////////////////////////////////////////////
 138
 139     this.ap = apanel;
 140     this.seq = seq;
 141
 142     try
 143     {
 144       jbInit();
 145     } catch (Exception e)
 146     {
 147       e.printStackTrace();
 148     }
 149
 150     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 151     {
 152       MenuItem item = new MenuItem(
 153               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 154
 155       item.addActionListener(this);
 156       outputmenu.add(item);
 157     }
 158
 159     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 160
 161     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 162     {
 163       editGroupName.setLabel("Name: " + sg.getName());
 164       showText.setState(sg.getDisplayText());
 165       showColourText.setState(sg.getColourText());
 166       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 167       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 168       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 169       {
 170         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 171       }
 172
 173     }
 174     else
 175     {
 176       remove(hideSeqs);
 177       remove(groupMenu);
 178     }
 179
 180     if (links != null && links.size() > 0)
 181     {
 182       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 183       String link;
 184       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 185       {
 186         link = links.elementAt(i).toString();
 187         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 188         if (!urlLink.isValid())
 189         {
 190           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 191           continue;
 192         }
 193         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 194         // link.indexOf("|"));
 195         final String label = urlLink.getLabel();
 196         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 197         {
 198
 199           // collect matching db-refs
 200           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 201                   seq.getDBRef(), new String[]
 202                   { target });
 203           // collect id string too
 204           String id = seq.getName();
 205           String descr = seq.getDescription();
 206           if (descr != null && descr.length() < 1)
 207           {
 208             descr = null;
 209           }
 210           if (dbr != null)
 211           {
 212             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 213             {
 214               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 215               {
 216                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 217                 // string with this link
 218                 id = null;
 219               }
 220               // create Bare ID link for this RUL
 221               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 222                       true);
 223               if (urls != null)
 224               {
 225                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 226                 {
 227                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 228                 }
 229               }
 230             }
 231           }
 232           if (id != null)
 233           {
 234             // create Bare ID link for this RUL
 235             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 236             if (urls != null)
 237             {
 238               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 239               {
 240                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 241               }
 242             }
 243             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 244           }
 245           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 246           // URL links
 247           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 248           {
 249             // create link for this URL from description only if regex matches
 250             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 251             if (urls != null)
 252             {
 253               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 254               {
 255                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 256               }
 257             }
 258           }
 259         }
 260         else
 261         {
 262           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 263         }
 264         /*
 265          * final String url;
 266          *
 267          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 268          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 269          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 270          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 271          *
 272          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 273          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 274          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 275          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 276          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 277          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 278          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 279          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 280          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 281          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 282          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 283          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 284          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 285          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 286          */
 287       }
 288       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 289       {
 290         if (seq != null)
 291         {
 292           seqMenu.add(linkMenu);
 293         }
 294         else
 295         {
 296           add(linkMenu);
 297         }
 298       }
 299     }
 300     // TODO: add group link menu entry here
 301     if (seq != null)
 302     {
 303       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 304       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 305       {
 306         makeReferenceSeq.setLabel("Unmark representative");
 307       } else {
 308         makeReferenceSeq.setLabel("Mark as representative");
 309       }
 310       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 311     }
 312     else
 313     {
 314       remove(seqMenu);
 315     }
 316
 317     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 318     {
 319       remove(revealAll);
 320       remove(revealSeq);
 321     }
 322     else
 323     {
 324       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 325
 326       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 327               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 328       {
 329         revealSeq_index = index;
 330       }
 331       else
 332       {
 333         remove(revealSeq);
 334       }
 335     }
 336   }
 337
 338   /**
 339    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 340    *
 341    * @param linkMenu
 342    * @param target
 343    *          - menu label string
 344    * @param url
 345    *          - url to open
 346    */
 347   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 348           final String url)
 349   {
 350     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 351   }
 352
 353   /**
 354    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 355    *
 356    * @param linkMenu
 357    * @param target
 358    *          - URL target window
 359    * @param label
 360    *          - menu label string
 361    * @param url
 362    *          - url to open
 363    */
 364   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 365           final String label, final String url)
 366   {
 367     MenuItem item = new MenuItem(label);
 368     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 369     {
 370       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 371       {
 372         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 373       }
 374     });
 375     linkMenu.add(item);
 376   }
 377
 378   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 379   {
 380     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 381     {
 382       abovePIDColour_itemStateChanged();
 383     }
 384     else if (evt.getSource() == showColourText)
 385     {
 386       showColourText_itemStateChanged();
 387     }
 388     else if (evt.getSource() == showText)
 389     {
 390       showText_itemStateChanged();
 391     }
 392     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 393     {
 394       showBoxes_itemStateChanged();
 395     }
 396     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 397     {
 398       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 399     }
 400   }
 401
 402   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 403   {
 404     Object source = evt.getSource();
 405     if (source == clustalColour)
 406     {
 407       clustalColour_actionPerformed();
 408     }
 409     else if (source == zappoColour)
 410     {
 411       zappoColour_actionPerformed();
 412     }
 413     else if (source == taylorColour)
 414     {
 415       taylorColour_actionPerformed();
 416     }
 417     else if (source == hydrophobicityColour)
 418     {
 419       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 420     }
 421     else if (source == helixColour)
 422     {
 423       helixColour_actionPerformed();
 424     }
 425     else if (source == strandColour)
 426     {
 427       strandColour_actionPerformed();
 428     }
 429     else if (source == turnColour)
 430     {
 431       turnColour_actionPerformed();
 432     }
 433     else if (source == buriedColour)
 434     {
 435       buriedColour_actionPerformed();
 436     }
 437     else if (source == nucleotideMenuItem)
 438     {
 439       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 440     }
 441
 442     else if (source == userDefinedColour)
 443     {
 444       userDefinedColour_actionPerformed();
 445     }
 446     else if (source == PIDColour)
 447     {
 448       PIDColour_actionPerformed();
 449     }
 450     else if (source == BLOSUM62Colour)
 451     {
 452       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 453     }
 454     else if (source == noColourmenuItem)
 455     {
 456       noColourmenuItem_actionPerformed();
 457     }
 458     else if (source == conservationMenuItem)
 459     {
 460       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 461     }
 462     else if (source == unGroupMenuItem)
 463     {
 464       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 465     }
 466
 467     else if (source == sequenceName)
 468     {
 469       editName();
 470     }
 471     else if (source == makeReferenceSeq)
 472     {
 473       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 474     }
 475     else if (source == sequenceDetails)
 476     {
 477       showSequenceDetails();
 478     }
 479     else if (source == selSeqDetails)
 480     {
 481       showSequenceSelectionDetails();
 482     }
 483     else if (source == pdb)
 484     {
 485       addPDB();
 486     }
 487     else if (source == hideSeqs)
 488     {
 489       hideSequences(false);
 490     }
 491     else if (source == repGroup)
 492     {
 493       hideSequences(true);
 494     }
 495     else if (source == revealSeq)
 496     {
 497       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 498     }
 499     else if (source == revealAll)
 500     {
 501       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 502     }
 503
 504     else if (source == editGroupName)
 505     {
 506       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 507               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 508               "Group Description", ap.alignFrame,
 509               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 510
 511       if (dialog.accept)
 512       {
 513         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 514         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 515       }
 516
 517     }
 518     else if (source == copy)
 519     {
 520       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 521     }
 522     else if (source == cut)
 523     {
 524       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 525     }
 526     else if (source == editSequence)
 527     {
 528       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 529
 530       if (sg != null)
 531       {
 532         if (seq == null)
 533           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 534
 535         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 536                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 537                 "Edit Sequence ", null,
 538
 539                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 540
 541         if (dialog.accept)
 542         {
 543           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 544                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 545                           ap.av.getGapCharacter()),
 546                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 547                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 548                   ap.av.getAlignment());
 549
 550           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 551
 552           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 553                   .getSequences());
 554         }
 555       }
 556     }
 557     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 558     {
 559       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 560       Vector regions = new Vector();
 561       if (sg != null)
 562       {
 563         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 564                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 565
 566         String description;
 567         int caseChange;
 568
 569         if (source == toggleCase)
 570         {
 571           description = "Toggle Case";
 572           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 573         }
 574         else if (source == toUpper)
 575         {
 576           description = "To Upper Case";
 577           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 578         }
 579         else
 580         {
 581           description = "To Lower Case";
 582           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 583         }
 584
 585         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 586                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 587                 startEnd, caseChange);
 588
 589         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 590
 591         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 592                 .getSequences());
 593
 594       }
 595     }
 596     else if (source == sequenceFeature)
 597     {
 598       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 599       if (sg == null)
 600       {
 601         return;
 602       }
 603
 604       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 605       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 606       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 607
 608       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 609       {
 610         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 611         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 612         if (start <= end)
 613         {
 614           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 615           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 616                   end, "Jalview");
 617           rsize++;
 618         }
 619       }
 620       rseqs = new SequenceI[rsize];
 621       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 622       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 623       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 624       features = tfeatures;
 625       seqs = rseqs;
 626
 627       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 628               features, true, ap))
 629       {
 630         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 631         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 632         ap.highlightSearchResults(null);
 633       }
 634     }
 635     else
 636     {
 637       outputText(evt);
 638     }
 639
 640   }
 641
 642   void outputText(ActionEvent e)
 643   {
 644     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 645
 646     Frame frame = new Frame();
 647     frame.add(cap);
 648     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 649             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 650     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 651     // now returns a full copy of sequence data
 652     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 653
 654     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 655             e.getActionCommand(),
 656             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 657             ap.av.showJVSuffix));
 658
 659   }
 660
 661   protected void showSequenceSelectionDetails()
 662   {
 663     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 664   }
 665
 666   protected void showSequenceDetails()
 667   {
 668     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 669     { seq });
 670   }
 671
 672   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 673   {
 674
 675     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 676
 677     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 678     for (SequenceI seq : sequences)
 679     {
 680       contents.append("<p><h2>Annotation for " + seq.getDisplayId(true)
 681               + "</h2></p><p>");
 682       new SequenceAnnotationReport(null)
 683               .createSequenceAnnotationReport(
 684                       contents,
 685                       seq,
 686                       true,
 687                       true,
 688                       false,
 689                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 690                               : null);
 691       contents.append("</p>");
 692     }
 693     Frame frame = new Frame();
 694     frame.add(cap);
 695     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 696             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 697                     : "Selection"), 600, 500);
 698     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
 699   }
 700
 701   void editName()
 702   {
 703     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 704             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 705             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 706             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 707
 708     if (dialog.accept)
 709     {
 710       seq.setName(dialog.getName());
 711       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 712       ap.paintAlignment(false);
 713     }
 714   }
 715
 716   void addPDB()
 717   {
 718     if (seq.getPDBId() != null)
 719     {
 720       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 721
 722       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 723         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 724         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 725       else
 726         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 727         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 728
 729     }
 730     else
 731     {
 732       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 733       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 734       cap.setPDBImport(seq);
 735       Frame frame = new Frame();
 736       frame.add(cap);
 737       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 738               "Paste PDB file for sequence " + seq.getName(), 400, 300);
 739     }
 740   }
 741
 742   private void jbInit() throws Exception
 743   {
 744     groupMenu.setLabel("Group");
 745     groupMenu.setLabel("Selection");
 746     sequenceFeature.addActionListener(this);
 747
 748     editGroupName.addActionListener(this);
 749     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 750     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 751
 752     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 753     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 754     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 755     abovePIDColour.addItemListener(this);
 756     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 757     showBoxes.setLabel("Boxes");
 758     showBoxes.setState(true);
 759     showBoxes.addItemListener(this);
 760     sequenceName.addActionListener(this);
 761     sequenceDetails.addActionListener(this);
 762     selSeqDetails.addActionListener(this);
 763     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 764     displayNonconserved.setState(false);
 765     displayNonconserved.addItemListener(this);
 766     showText.setLabel("Text");
 767     showText.addItemListener(this);
 768     showColourText.setLabel("Colour Text");
 769     showColourText.addItemListener(this);
 770     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 771     seqMenu.setLabel("Sequence");
 772     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 773     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 774     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 775     revealAll.setLabel("Reveal All");
 776     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 777     menu1.setLabel("Group");
 778     add(groupMenu);
 779     this.add(seqMenu);
 780     this.add(hideSeqs);
 781     this.add(revealSeq);
 782     this.add(revealAll);
 783     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 784     groupMenu.add(editGroupName);
 785     groupMenu.add(editMenu);
 786     groupMenu.add(outputmenu);
 787     groupMenu.add(sequenceFeature);
 788     groupMenu.add(menu1);
 789
 790     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 791     colourMenu.add(clustalColour);
 792     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 793     colourMenu.add(PIDColour);
 794     colourMenu.add(zappoColour);
 795     colourMenu.add(taylorColour);
 796     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 797     colourMenu.add(helixColour);
 798     colourMenu.add(strandColour);
 799     colourMenu.add(turnColour);
 800     colourMenu.add(buriedColour);
 801     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 802     colourMenu.add(userDefinedColour);
 803     colourMenu.addSeparator();
 804     colourMenu.add(abovePIDColour);
 805     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 806
 807     noColourmenuItem.setLabel("None");
 808     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 809
 810     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 811     clustalColour.addActionListener(this);
 812     zappoColour.setLabel("Zappo");
 813     zappoColour.addActionListener(this);
 814     taylorColour.setLabel("Taylor");
 815     taylorColour.addActionListener(this);
 816     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 817     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 818     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 819     helixColour.addActionListener(this);
 820     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 821     strandColour.addActionListener(this);
 822     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 823     turnColour.addActionListener(this);
 824     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 825     buriedColour.addActionListener(this);
 826     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 827
 828     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 829     userDefinedColour.addActionListener(this);
 830     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 831     PIDColour.addActionListener(this);
 832     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 833     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 834     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 835
 836     editMenu.add(copy);
 837     copy.addActionListener(this);
 838     editMenu.add(cut);
 839     cut.addActionListener(this);
 840
 841     editMenu.add(editSequence);
 842     editSequence.addActionListener(this);
 843
 844     editMenu.add(toUpper);
 845     toUpper.addActionListener(this);
 846     editMenu.add(toLower);
 847     toLower.addActionListener(this);
 848     editMenu.add(toggleCase);
 849     seqMenu.add(sequenceName);
 850     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
 851     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 852
 853     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 854     {
 855       seqMenu.add(pdb);
 856     }
 857     seqMenu.add(repGroup);
 858     menu1.add(unGroupMenuItem);
 859     menu1.add(colourMenu);
 860     menu1.add(showBoxes);
 861     menu1.add(showText);
 862     menu1.add(showColourText);
 863     menu1.add(displayNonconserved);
 864     toggleCase.addActionListener(this);
 865     pdb.addActionListener(this);
 866     hideSeqs.addActionListener(this);
 867     repGroup.addActionListener(this);
 868     revealAll.addActionListener(this);
 869     revealSeq.addActionListener(this);
 870     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
 871   }
 872
 873   void refresh()
 874   {
 875     ap.paintAlignment(true);
 876   }
 877
 878   protected void clustalColour_actionPerformed()
 879   {
 880     SequenceGroup sg = getGroup();
 881     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 882     refresh();
 883   }
 884
 885   protected void zappoColour_actionPerformed()
 886   {
 887     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 888     refresh();
 889   }
 890
 891   protected void taylorColour_actionPerformed()
 892   {
 893     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 894     refresh();
 895   }
 896
 897   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 898   {
 899     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 900     refresh();
 901   }
 902
 903   protected void helixColour_actionPerformed()
 904   {
 905     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 906     refresh();
 907   }
 908
 909   protected void strandColour_actionPerformed()
 910   {
 911     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 912     refresh();
 913   }
 914
 915   protected void turnColour_actionPerformed()
 916   {
 917     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 918     refresh();
 919   }
 920
 921   protected void buriedColour_actionPerformed()
 922   {
 923     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 924     refresh();
 925   }
 926
 927   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 928   {
 929     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 930     refresh();
 931   }
 932
 933   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 934   {
 935     SequenceGroup sg = getGroup();
 936     if (sg.cs == null)
 937     {
 938       return;
 939     }
 940
 941     if (abovePIDColour.getState())
 942     {
 943       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 944               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 945       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 946               .getName());
 947
 948       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 949
 950       SliderPanel.showPIDSlider();
 951
 952     }
 953     else
 954     // remove PIDColouring
 955     {
 956       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 957     }
 958
 959     refresh();
 960
 961   }
 962
 963   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 964   {
 965     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 966   }
 967
 968   protected void PIDColour_actionPerformed()
 969   {
 970     SequenceGroup sg = getGroup();
 971     sg.cs = new PIDColourScheme();
 972     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 973             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 974     refresh();
 975   }
 976
 977   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 978   {
 979     SequenceGroup sg = getGroup();
 980
 981     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 982
 983     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 984             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 985
 986     refresh();
 987   }
 988
 989   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 990   {
 991     getGroup().cs = null;
 992     refresh();
 993   }
 994
 995   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 996   {
 997     SequenceGroup sg = getGroup();
 998     if (sg.cs == null)
 999     {
1000       return;
1001     }
1002
1003     if (conservationMenuItem.getState())
1004     {
1005
1006       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1007               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1008                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1009                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1010       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1011       SliderPanel.showConservationSlider();
1012     }
1013     else
1014     // remove ConservationColouring
1015     {
1016       sg.cs.setConservation(null);
1017     }
1018
1019     refresh();
1020   }
1021
1022   SequenceGroup getGroup()
1023   {
1024     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1025
1026     // this method won't add a new group if it already exists
1027     if (sg != null)
1028     {
1029       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1030     }
1031
1032     return sg;
1033   }
1034
1035   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1036   {
1037     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1038     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1039     ap.av.setSelectionGroup(null);
1040     ap.paintAlignment(true);
1041   }
1042
1043   public void showColourText_itemStateChanged()
1044   {
1045     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1046     refresh();
1047   }
1048
1049   public void showText_itemStateChanged()
1050   {
1051     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1052     refresh();
1053   }
1054   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1055   {
1056     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1057     {
1058       // initialise the display flags so the user sees something happen
1059       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1060       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1061       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1062     }
1063     else
1064     {
1065       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1066       {
1067         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1068       }
1069       else
1070       {
1071         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1072       }
1073     }
1074     refresh();
1075   }
1076
1077   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1078   {
1079     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1080     refresh();
1081   }
1082
1083   public void showBoxes_itemStateChanged()
1084   {
1085     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1086     refresh();
1087   }
1088
1089   void hideSequences(boolean representGroup)
1090   {
1091     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1092     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1093     {
1094       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1095       { seq });
1096       return;
1097     }
1098
1099     ap.av.setSelectionGroup(null);
1100
1101     if (representGroup)
1102     {
1103       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1104
1105       return;
1106     }
1107
1108     int gsize = sg.getSize();
1109     SequenceI[] hseqs;
1110
1111     hseqs = new SequenceI[gsize];
1112
1113     int index = 0;
1114     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1115     {
1116       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1117     }
1118
1119     ap.av.hideSequence(hseqs);
1120     ap.av.sendSelection();
1121   }
1122
1123 }