src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56 \r
  57   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  58   {\r
  59     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  60     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  61     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  62     //\r
  63     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  64     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  65 \r
  66     this.ap = apanel;\r
  67 \r
  68     try\r
  69     {\r
  70       jbInit();\r
  71     }\r
  72     catch (Exception e)\r
  73     {\r
  74       e.printStackTrace();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  78     if (sg != null)\r
  79     {\r
  80       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  81       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  82       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  83     }\r
  84 \r
  85     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  86     {\r
  87       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  88     }\r
  89 \r
  90     if (seq != null && links!=null)\r
  91     {\r
  92       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
  93       MenuItem item;\r
  94       String link;\r
  95       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
  96       {\r
  97         link = links.elementAt(i).toString();\r
  98         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
  99         item = new MenuItem(target);\r
 100         String id = seq.getName();\r
 101         if(id.indexOf("|")>-1)\r
 102              id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 103 \r
 104         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 105                + id +\r
 106                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 107 \r
 108            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 109            {\r
 110                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 111                {\r
 112                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 113                }\r
 114            });\r
 115           linkMenu.add(item);\r
 116       }\r
 117       add(linkMenu);\r
 118 \r
 119       item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 120       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 121            {\r
 122                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 123                {\r
 124                   addPDB(seq);\r
 125                }\r
 126            });\r
 127 \r
 128       add(item);\r
 129 \r
 130 \r
 131     }\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 135   {\r
 136     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 137       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 138     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 139       showColourText_itemStateChanged();\r
 140     else if(evt.getSource()==showText)\r
 141       showText_itemStateChanged();\r
 142     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 143        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 147   {\r
 148     if(evt.getSource()==clustalColour)\r
 149       clustalColour_actionPerformed();\r
 150     else if(evt.getSource()==zappoColour)\r
 151       zappoColour_actionPerformed();\r
 152     else if(evt.getSource()==taylorColour)\r
 153       taylorColour_actionPerformed();\r
 154     else if(evt.getSource()==hydrophobicityColour)\r
 155       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 156     else if(evt.getSource()==helixColour)\r
 157       helixColour_actionPerformed();\r
 158     else if(evt.getSource()==strandColour)\r
 159       strandColour_actionPerformed();\r
 160     else if(evt.getSource()==clustalColour)\r
 161       turnColour_actionPerformed();\r
 162     else if(evt.getSource()==buriedColour)\r
 163       buriedColour_actionPerformed();\r
 164     else if(evt.getSource()==nucleotideMenuItem)\r
 165       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 166 \r
 167     else if(evt.getSource()==userDefinedColour)\r
 168           userDefinedColour_actionPerformed();\r
 169         else if(evt.getSource()==PIDColour)\r
 170        PIDColour_actionPerformed();\r
 171      else if(evt.getSource()==BLOSUM62Colour)\r
 172       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 173     else if(evt.getSource()==noColourmenuItem)\r
 174       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 175     else if(evt.getSource()==conservationMenuItem)\r
 176         conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 177       else if(evt.getSource()==unGroupMenuItem)\r
 178       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 179 \r
 180   }\r
 181 \r
 182   void addPDB(Sequence seq)\r
 183   {\r
 184     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame.applet);\r
 185     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 186     cap.setPDBImport(seq, ap.seqPanel.seqCanvas);\r
 187     Frame frame = new Frame();\r
 188     frame.add(cap);\r
 189     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 190   }\r
 191 \r
 192   private void jbInit()\r
 193       throws Exception\r
 194   {\r
 195     groupMenu.setLabel("Group");\r
 196     groupMenu.setLabel("Define");\r
 197 \r
 198     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 199     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 200 \r
 201     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 202     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 203     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 204     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 205     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 206     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 207     showBoxes.setState(true);\r
 208     showBoxes.addItemListener(this);\r
 209 \r
 210     showText.setLabel("Text");\r
 211     showText.addItemListener(this);\r
 212     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 213     showColourText.addItemListener(this);\r
 214 \r
 215     add(groupMenu);\r
 216     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 217     groupMenu.add(colourMenu);\r
 218     groupMenu.addSeparator();\r
 219     groupMenu.add(showBoxes);\r
 220     groupMenu.add(showText);\r
 221     groupMenu.add(showColourText);\r
 222     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 223     colourMenu.add(clustalColour);\r
 224     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 225     colourMenu.add(PIDColour);\r
 226     colourMenu.add(zappoColour);\r
 227     colourMenu.add(taylorColour);\r
 228     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 229     colourMenu.add(helixColour);\r
 230     colourMenu.add(strandColour);\r
 231     colourMenu.add(turnColour);\r
 232     colourMenu.add(buriedColour);\r
 233     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 234     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 235     colourMenu.addSeparator();\r
 236     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 237     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 238 \r
 239     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 240     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 241 \r
 242     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 243     clustalColour.addActionListener(this);\r
 244     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 245     zappoColour.addActionListener(this);\r
 246     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 247     taylorColour.addActionListener(this);\r
 248     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 249     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 250     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 251     helixColour.addActionListener(this);\r
 252     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 253     strandColour.addActionListener(this);\r
 254     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 255     turnColour.addActionListener(this);\r
 256     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 257     buriedColour.addActionListener(this);\r
 258     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 259 \r
 260     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 261     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 262     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 263     PIDColour.addActionListener(this);\r
 264     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 265     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 266     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 267 \r
 268   }\r
 269 \r
 270   void refresh()\r
 271   {\r
 272     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 273     if(sg!=null)\r
 274     {\r
 275       SuperGroup superG = ap.av.alignment.getSuperGroup(sg);\r
 276 \r
 277       if (superG != null)\r
 278       {\r
 279         superG.setSuperGroupProperties(sg);\r
 280       }\r
 281         }\r
 282     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 283     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 284       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 285   }\r
 286 \r
 287   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 288   {\r
 289     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 290     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 291     refresh();\r
 292   }\r
 293 \r
 294   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 295   {\r
 296     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 297     refresh();\r
 298   }\r
 299 \r
 300   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 301   {\r
 302     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 303     refresh();\r
 304   }\r
 305 \r
 306   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 307   {\r
 308     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 309     refresh();\r
 310   }\r
 311 \r
 312   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 313   {\r
 314     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 315     refresh();\r
 316   }\r
 317 \r
 318   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 319   {\r
 320     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 321     refresh();\r
 322   }\r
 323 \r
 324   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 325   {\r
 326     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 327     refresh();\r
 328   }\r
 329 \r
 330   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 331   {\r
 332     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 333     refresh();\r
 334   }\r
 335 \r
 336   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 337   {\r
 338     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 339     refresh();\r
 340   }\r
 341 \r
 342   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 343   {\r
 344     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 345     if(sg.cs==null)\r
 346           return;\r
 347 \r
 348     if (abovePIDColour.getState())\r
 349     {\r
 350       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 351                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 352       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 353           getGroup().getName());\r
 354 \r
 355       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 356 \r
 357       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 358 \r
 359     }\r
 360     else // remove PIDColouring\r
 361     {\r
 362       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 363     }\r
 364 \r
 365     refresh();\r
 366 \r
 367   }\r
 368 \r
 369   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 370   {\r
 371     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 372   }\r
 373 \r
 374   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 375   {\r
 376     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 377     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 378     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 379                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 380     refresh();\r
 381   }\r
 382 \r
 383   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 384   {\r
 385     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 386 \r
 387     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 388 \r
 389     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 390                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 391 \r
 392     refresh();\r
 393   }\r
 394 \r
 395   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 396   {\r
 397     getGroup().cs = null;\r
 398     refresh();\r
 399   }\r
 400 \r
 401   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 402   {\r
 403     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 404     if(sg.cs==null)\r
 405           return;\r
 406 \r
 407     if (conservationMenuItem.getState())\r
 408     {\r
 409 \r
 410       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 411                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 412                                         sg.sequences, 0,\r
 413                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 414 \r
 415       c.calculate();\r
 416       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 417 \r
 418       sg.cs.setConservation(c);\r
 419 \r
 420       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 421       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 422     }\r
 423     else // remove ConservationColouring\r
 424     {\r
 425       sg.cs.setConservation(null);\r
 426     }\r
 427 \r
 428     refresh();\r
 429   }\r
 430 \r
 431 \r
 432   SequenceGroup getGroup()\r
 433   {\r
 434     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 435 \r
 436     // this method won't add a new group if it already exists\r
 437     if(sg!=null)\r
 438       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 439 \r
 440     return sg;\r
 441   }\r
 442 \r
 443   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 444   {\r
 445     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 446     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 447     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 448     ap.repaint();\r
 449   }\r
 450 \r
 451   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 452   {\r
 453     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 454     refresh();\r
 455   }\r
 456 \r
 457   public void showText_itemStateChanged()\r
 458   {\r
 459     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 460     refresh();\r
 461   }\r
 462 \r
 463   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 464   {\r
 465     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 466     refresh();\r
 467   }\r
 468 \r
 469 }\r