src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62 \r
  63   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  64   {\r
  65     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  66     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  67     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  68     //\r
  69     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  70     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  71 \r
  72     this.ap = apanel;\r
  73 \r
  74     try\r
  75     {\r
  76       jbInit();\r
  77     }\r
  78     catch (Exception e)\r
  79     {\r
  80       e.printStackTrace();\r
  81     }\r
  82 \r
  83     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  84 \r
  85     if (sg != null && sg.getSize()>0)\r
  86     {\r
  87       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  88       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  89       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  90     }\r
  91     else\r
  92     {\r
  93       remove(groupMenu);\r
  94       remove(editMenu);\r
  95     }\r
  96 \r
  97     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  98     {\r
  99       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 100     }\r
 101 \r
 102     if (seq != null && links!=null)\r
 103     {\r
 104       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 105       MenuItem item;\r
 106       String link;\r
 107       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 108       {\r
 109         link = links.elementAt(i).toString();\r
 110         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 111         item = new MenuItem(target);\r
 112         String id = seq.getName();\r
 113         if(id.indexOf("|")>-1)\r
 114              id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 115 \r
 116         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 117                + id +\r
 118                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 119 \r
 120            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 121            {\r
 122                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 123                {\r
 124                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 125                }\r
 126            });\r
 127           linkMenu.add(item);\r
 128       }\r
 129       add(linkMenu);\r
 130 \r
 131       item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 132       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 133            {\r
 134                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 135                {\r
 136                   addPDB(seq);\r
 137                }\r
 138            });\r
 139 \r
 140       add(item);\r
 141 \r
 142 \r
 143     }\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 147   {\r
 148     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 149       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 150     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 151       showColourText_itemStateChanged();\r
 152     else if(evt.getSource()==showText)\r
 153       showText_itemStateChanged();\r
 154     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 155        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 159   {\r
 160     Object source = evt.getSource();\r
 161     if(source==clustalColour)\r
 162       clustalColour_actionPerformed();\r
 163     else if(source==zappoColour)\r
 164       zappoColour_actionPerformed();\r
 165     else if(source==taylorColour)\r
 166       taylorColour_actionPerformed();\r
 167     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 168       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 169     else if(source==helixColour)\r
 170       helixColour_actionPerformed();\r
 171     else if(source==strandColour)\r
 172       strandColour_actionPerformed();\r
 173     else if(source==clustalColour)\r
 174       turnColour_actionPerformed();\r
 175     else if(source==buriedColour)\r
 176       buriedColour_actionPerformed();\r
 177     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 178       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 179 \r
 180     else if(source==userDefinedColour)\r
 181           userDefinedColour_actionPerformed();\r
 182         else if(source==PIDColour)\r
 183        PIDColour_actionPerformed();\r
 184      else if(source==BLOSUM62Colour)\r
 185       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 186     else if(source==noColourmenuItem)\r
 187       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 188     else if(source==conservationMenuItem)\r
 189         conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 190       else if(source==unGroupMenuItem)\r
 191       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 192 \r
 193     else if(source==copy)\r
 194       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 195     else if(source==cut)\r
 196       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 197     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 198     {\r
 199       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 200       if (sg != null)\r
 201       {\r
 202         for (int g = 0; g < sg.getSize(); g++)\r
 203         {\r
 204           if (source == toggleCase)\r
 205             sg.getSequenceAt(g).toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 206           else\r
 207             sg.getSequenceAt(g).changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
 208                                            sg.getEndRes() + 1);\r
 209         }\r
 210         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 211       }\r
 212     }\r
 213 \r
 214   }\r
 215 \r
 216   void addPDB(Sequence seq)\r
 217   {\r
 218     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 219     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 220     cap.setPDBImport(seq);\r
 221     Frame frame = new Frame();\r
 222     frame.add(cap);\r
 223     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 224   }\r
 225 \r
 226   private void jbInit()\r
 227       throws Exception\r
 228   {\r
 229     groupMenu.setLabel("Group");\r
 230     groupMenu.setLabel("Define");\r
 231 \r
 232     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 233     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 234 \r
 235     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 236     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 237     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 238     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 239     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 240     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 241     showBoxes.setState(true);\r
 242     showBoxes.addItemListener(this);\r
 243 \r
 244     showText.setLabel("Text");\r
 245     showText.addItemListener(this);\r
 246     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 247     showColourText.addItemListener(this);\r
 248 \r
 249     add(groupMenu);\r
 250     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 251     groupMenu.add(colourMenu);\r
 252     groupMenu.addSeparator();\r
 253     groupMenu.add(showBoxes);\r
 254     groupMenu.add(showText);\r
 255     groupMenu.add(showColourText);\r
 256     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 257     colourMenu.add(clustalColour);\r
 258     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 259     colourMenu.add(PIDColour);\r
 260     colourMenu.add(zappoColour);\r
 261     colourMenu.add(taylorColour);\r
 262     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 263     colourMenu.add(helixColour);\r
 264     colourMenu.add(strandColour);\r
 265     colourMenu.add(turnColour);\r
 266     colourMenu.add(buriedColour);\r
 267     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 268     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 269     colourMenu.addSeparator();\r
 270     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 271     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 272 \r
 273     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 274     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 275 \r
 276     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 277     clustalColour.addActionListener(this);\r
 278     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 279     zappoColour.addActionListener(this);\r
 280     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 281     taylorColour.addActionListener(this);\r
 282     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 283     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 284     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 285     helixColour.addActionListener(this);\r
 286     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 287     strandColour.addActionListener(this);\r
 288     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 289     turnColour.addActionListener(this);\r
 290     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 291     buriedColour.addActionListener(this);\r
 292     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 293 \r
 294     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 295     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 296     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 297     PIDColour.addActionListener(this);\r
 298     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 299     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 300     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 301 \r
 302     add(editMenu);\r
 303     editMenu.add(copy);\r
 304     copy.addActionListener(this);\r
 305     editMenu.add(cut);\r
 306     cut.addActionListener(this);\r
 307     editMenu.add(toUpper);\r
 308     toUpper.addActionListener(this);\r
 309     editMenu.add(toLower);\r
 310     toLower.addActionListener(this);\r
 311     editMenu.add(toggleCase);\r
 312     toggleCase.addActionListener(this);\r
 313 \r
 314   }\r
 315 \r
 316   void refresh()\r
 317   {\r
 318     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 319     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 320       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 321   }\r
 322 \r
 323   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 324   {\r
 325     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 326     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 327     refresh();\r
 328   }\r
 329 \r
 330   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 331   {\r
 332     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 333     refresh();\r
 334   }\r
 335 \r
 336   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 337   {\r
 338     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 339     refresh();\r
 340   }\r
 341 \r
 342   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 343   {\r
 344     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 345     refresh();\r
 346   }\r
 347 \r
 348   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 349   {\r
 350     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 351     refresh();\r
 352   }\r
 353 \r
 354   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 355   {\r
 356     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 357     refresh();\r
 358   }\r
 359 \r
 360   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 361   {\r
 362     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 363     refresh();\r
 364   }\r
 365 \r
 366   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 367   {\r
 368     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 369     refresh();\r
 370   }\r
 371 \r
 372   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 373   {\r
 374     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 375     refresh();\r
 376   }\r
 377 \r
 378   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 379   {\r
 380     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 381     if(sg.cs==null)\r
 382           return;\r
 383 \r
 384     if (abovePIDColour.getState())\r
 385     {\r
 386       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 387                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 388       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 389           getGroup().getName());\r
 390 \r
 391       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 392 \r
 393       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 394 \r
 395     }\r
 396     else // remove PIDColouring\r
 397     {\r
 398       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 399     }\r
 400 \r
 401     refresh();\r
 402 \r
 403   }\r
 404 \r
 405   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 406   {\r
 407     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 408   }\r
 409 \r
 410   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 411   {\r
 412     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 413     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 414     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 415                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 416     refresh();\r
 417   }\r
 418 \r
 419   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 420   {\r
 421     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 422 \r
 423     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 424 \r
 425     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 426                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 427 \r
 428     refresh();\r
 429   }\r
 430 \r
 431   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 432   {\r
 433     getGroup().cs = null;\r
 434     refresh();\r
 435   }\r
 436 \r
 437   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 438   {\r
 439     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 440     if(sg.cs==null)\r
 441           return;\r
 442 \r
 443     if (conservationMenuItem.getState())\r
 444     {\r
 445 \r
 446       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 447                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 448                                         sg.sequences, 0,\r
 449                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 450 \r
 451       c.calculate();\r
 452       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 453 \r
 454       sg.cs.setConservation(c);\r
 455 \r
 456       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 457       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 458     }\r
 459     else // remove ConservationColouring\r
 460     {\r
 461       sg.cs.setConservation(null);\r
 462     }\r
 463 \r
 464     refresh();\r
 465   }\r
 466 \r
 467 \r
 468   SequenceGroup getGroup()\r
 469   {\r
 470     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 471 \r
 472     // this method won't add a new group if it already exists\r
 473     if(sg!=null)\r
 474       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 475 \r
 476     return sg;\r
 477   }\r
 478 \r
 479   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 480   {\r
 481     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 482     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 483     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 484     ap.repaint();\r
 485   }\r
 486 \r
 487   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 488   {\r
 489     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 490     refresh();\r
 491   }\r
 492 \r
 493   public void showText_itemStateChanged()\r
 494   {\r
 495     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 496     refresh();\r
 497   }\r
 498 \r
 499   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 500   {\r
 501     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 502     refresh();\r
 503   }\r
 504 \r
 505 }\r