src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  85
  86   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  89
  90   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  91
  92   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  93
  94   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  95
  96   Menu outputmenu = new Menu();
  97
  98   Menu seqMenu = new Menu();
  99
 100   MenuItem pdb = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 107
 108   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 109
 110   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 111
 112   Sequence seq;
 113
 114   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 115
 116   Menu menu1 = new Menu();
 117
 118   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 119   {
 120     // /////////////////////////////////////////////////////////
 121     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 122     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 123     //
 124     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 125     // ////////////////////////////////////////////////////////
 126
 127     this.ap = apanel;
 128     this.seq = seq;
 129
 130     try
 131     {
 132       jbInit();
 133     } catch (Exception e)
 134     {
 135       e.printStackTrace();
 136     }
 137
 138     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 139     {
 140       MenuItem item = new MenuItem(
 141               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 142
 143       item.addActionListener(this);
 144       outputmenu.add(item);
 145     }
 146
 147     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 148
 149     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 150     {
 151       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 152       showText.setState(sg.getDisplayText());
 153       showColourText.setState(sg.getColourText());
 154       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 155       displayNonconserved.setState(sg.getShowunconserved());
 156       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 157       {
 158         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 159       }
 160
 161     }
 162     else
 163     {
 164       remove(hideSeqs);
 165       remove(groupMenu);
 166     }
 167
 168     if (links != null && links.size() > 0)
 169     {
 170       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 171       String link;
 172       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 173       {
 174         link = links.elementAt(i).toString();
 175         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 176         if (!urlLink.isValid())
 177         {
 178           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 179           continue;
 180         }
 181         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 182         // link.indexOf("|"));
 183         final String label = urlLink.getLabel();
 184         if (urlLink.isDynamic())
 185         {
 186
 187           // collect matching db-refs
 188           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq
 189                   .getDBRef(), new String[]
 190           { target });
 191           // collect id string too
 192           String id = seq.getName();
 193           String descr = seq.getDescription();
 194           if (descr != null && descr.length() < 1)
 195           {
 196             descr = null;
 197           }
 198           if (dbr != null)
 199           {
 200             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 201             {
 202               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 203               {
 204                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 205                 // string with this link
 206                 id = null;
 207               }
 208               // create Bare ID link for this RUL
 209               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 210                       true);
 211               if (urls != null)
 212               {
 213                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 214                 {
 215                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 216                 }
 217               }
 218             }
 219           }
 220           if (id != null)
 221           {
 222             // create Bare ID link for this RUL
 223             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 224             if (urls != null)
 225             {
 226               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 227               {
 228                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 229               }
 230             }
 231             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 232           }
 233           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 234           // URL links
 235           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 236           {
 237             // create link for this URL from description only if regex matches
 238             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 239             if (urls != null)
 240             {
 241               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 242               {
 243                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 244               }
 245             }
 246           }
 247         }
 248         else
 249         {
 250           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 251         }
 252         /*
 253          * final String url;
 254          *
 255          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 256          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 257          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 258          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 259          *
 260          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 261          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 262          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 263          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 264          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 265          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 266          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 267          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 268          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 269          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 270          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 271          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 272          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 273          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 274          */
 275       }
 276       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 277       {
 278         if (seq != null)
 279         {
 280           seqMenu.add(linkMenu);
 281         }
 282         else
 283         {
 284           add(linkMenu);
 285         }
 286       }
 287     }
 288     // TODO: add group link menu entry here
 289     if (seq != null)
 290     {
 291       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 292       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 293     }
 294     else
 295     {
 296       remove(seqMenu);
 297     }
 298
 299     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 300     {
 301       remove(revealAll);
 302     }
 303   }
 304
 305   /**
 306    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 307    *
 308    * @param linkMenu
 309    * @param target
 310    *          - menu label string
 311    * @param url
 312    *          - url to open
 313    */
 314   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 315           final String url)
 316   {
 317     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 318   }
 319
 320   /**
 321    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 322    *
 323    * @param linkMenu
 324    * @param target
 325    *          - URL target window
 326    * @param label
 327    *          - menu label string
 328    * @param url
 329    *          - url to open
 330    */
 331   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 332           final String label, final String url)
 333   {
 334     MenuItem item = new MenuItem(label);
 335     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 336     {
 337       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 338       {
 339         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 340       }
 341     });
 342     linkMenu.add(item);
 343   }
 344
 345   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 346   {
 347     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 348     {
 349       abovePIDColour_itemStateChanged();
 350     }
 351     else if (evt.getSource() == showColourText)
 352     {
 353       showColourText_itemStateChanged();
 354     }
 355     else if (evt.getSource() == showText)
 356     {
 357       showText_itemStateChanged();
 358     }
 359     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 360     {
 361       showBoxes_itemStateChanged();
 362     }
 363     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 364     {
 365       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 366     }
 367   }
 368
 369   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 370   {
 371     Object source = evt.getSource();
 372     if (source == clustalColour)
 373     {
 374       clustalColour_actionPerformed();
 375     }
 376     else if (source == zappoColour)
 377     {
 378       zappoColour_actionPerformed();
 379     }
 380     else if (source == taylorColour)
 381     {
 382       taylorColour_actionPerformed();
 383     }
 384     else if (source == hydrophobicityColour)
 385     {
 386       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 387     }
 388     else if (source == helixColour)
 389     {
 390       helixColour_actionPerformed();
 391     }
 392     else if (source == strandColour)
 393     {
 394       strandColour_actionPerformed();
 395     }
 396     else if (source == turnColour)
 397     {
 398       turnColour_actionPerformed();
 399     }
 400     else if (source == buriedColour)
 401     {
 402       buriedColour_actionPerformed();
 403     }
 404     else if (source == nucleotideMenuItem)
 405     {
 406       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 407     }
 408
 409     else if (source == userDefinedColour)
 410     {
 411       userDefinedColour_actionPerformed();
 412     }
 413     else if (source == PIDColour)
 414     {
 415       PIDColour_actionPerformed();
 416     }
 417     else if (source == BLOSUM62Colour)
 418     {
 419       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 420     }
 421     else if (source == noColourmenuItem)
 422     {
 423       noColourmenuItem_actionPerformed();
 424     }
 425     else if (source == conservationMenuItem)
 426     {
 427       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 428     }
 429     else if (source == unGroupMenuItem)
 430     {
 431       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 432     }
 433
 434     else if (source == sequenceName)
 435     {
 436       editName();
 437     }
 438     else if (source == pdb)
 439     {
 440       addPDB();
 441     }
 442     else if (source == hideSeqs)
 443     {
 444       hideSequences(false);
 445     }
 446     else if (source == repGroup)
 447     {
 448       hideSequences(true);
 449     }
 450     else if (source == revealAll)
 451     {
 452       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 453     }
 454
 455     else if (source == editGroupName)
 456     {
 457       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 458               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 459               "Group Description", ap.alignFrame,
 460               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 461
 462       if (dialog.accept)
 463       {
 464         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 465         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 466       }
 467
 468     }
 469     else if (source == copy)
 470     {
 471       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 472     }
 473     else if (source == cut)
 474     {
 475       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 476     }
 477     else if (source == editSequence)
 478     {
 479       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 480
 481       if (sg != null)
 482       {
 483         if (seq == null)
 484           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 485
 486         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 487                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 488                 "Edit Sequence ", null,
 489
 490                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 491
 492         if (dialog.accept)
 493         {
 494           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 495                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 496                           ap.av.getGapCharacter()), sg
 497                           .getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 498                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 499
 500           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 501
 502           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 503                   .getSequences());
 504         }
 505       }
 506     }
 507     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 508     {
 509       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 510       Vector regions = new Vector();
 511       if (sg != null)
 512       {
 513         int start = sg.getStartRes();
 514         int end = sg.getEndRes() + 1;
 515
 516         do
 517         {
 518           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 519           {
 520             if (start == 0)
 521             {
 522               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 523             }
 524
 525             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 526             if (start == end)
 527             {
 528               end = sg.getEndRes() + 1;
 529             }
 530             if (end > sg.getEndRes())
 531             {
 532               end = sg.getEndRes() + 1;
 533             }
 534           }
 535
 536           regions.addElement(new int[]
 537           { start, end });
 538
 539           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 540           {
 541             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 542             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 543           }
 544         } while (end < sg.getEndRes());
 545
 546         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 547         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 548         {
 549           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 550         }
 551
 552         String description;
 553         int caseChange;
 554
 555         if (source == toggleCase)
 556         {
 557           description = "Toggle Case";
 558           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 559         }
 560         else if (source == toUpper)
 561         {
 562           description = "To Upper Case";
 563           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 564         }
 565         else
 566         {
 567           description = "To Lower Case";
 568           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 569         }
 570
 571         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 572                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 573                 caseChange);
 574
 575         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 576
 577         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 578                 .getSequences());
 579
 580       }
 581     }
 582     else if (source == sequenceFeature)
 583     {
 584       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 585       if (sg == null)
 586       {
 587         return;
 588       }
 589
 590
 591       int rsize=0,gSize = sg.getSize();
 592       SequenceI[] rseqs,seqs = new SequenceI[gSize];
 593       SequenceFeature[] tfeatures,features = new SequenceFeature[gSize];
 594
 595       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 596       {
 597         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 598         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 599         if (start<=end)
 600         {
 601           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 602           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 603                 "Jalview");
 604           rsize++;
 605         }
 606       }
 607       rseqs = new SequenceI[rsize];
 608       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 609       System.arraycopy(seqs,0,rseqs, 0, rsize);
 610       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 611       features = tfeatures;
 612       seqs = rseqs;
 613
 614       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 615               features, true, ap))
 616       {
 617         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 618         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 619         ap.highlightSearchResults(null);
 620       }
 621     }
 622     else
 623     {
 624       outputText(evt);
 625     }
 626
 627   }
 628
 629   void outputText(ActionEvent e)
 630   {
 631     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 632
 633     Frame frame = new Frame();
 634     frame.add(cap);
 635     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Selection output - "
 636             + e.getActionCommand(), 600, 500);
 637
 638     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(e
 639             .getActionCommand(), new Alignment(ap.av
 640             .getSelectionAsNewSequence()), ap.av.showJVSuffix));
 641
 642   }
 643
 644   void editName()
 645   {
 646     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(), seq
 647             .getDescription(), "       Sequence Name",
 648             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 649             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 650
 651     if (dialog.accept)
 652     {
 653       seq.setName(dialog.getName());
 654       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 655       ap.paintAlignment(false);
 656     }
 657   }
 658
 659   void addPDB()
 660   {
 661     if (seq.getPDBId() != null)
 662     {
 663       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 664
 665       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 666         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 667         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 668       else
 669         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 670         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 671
 672     }
 673     else
 674     {
 675       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 676       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 677       cap.setPDBImport(seq);
 678       Frame frame = new Frame();
 679       frame.add(cap);
 680       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 681     }
 682   }
 683
 684   private void jbInit() throws Exception
 685   {
 686     groupMenu.setLabel("Group");
 687     groupMenu.setLabel("Selection");
 688     sequenceFeature.addActionListener(this);
 689
 690     editGroupName.addActionListener(this);
 691     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 692     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 693
 694     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 695     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 696     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 697     abovePIDColour.addItemListener(this);
 698     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 699     showBoxes.setLabel("Boxes");
 700     showBoxes.setState(true);
 701     showBoxes.addItemListener(this);
 702     sequenceName.addActionListener(this);
 703     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 704     displayNonconserved.setState(false);
 705     displayNonconserved.addItemListener(this);
 706     showText.setLabel("Text");
 707     showText.addItemListener(this);
 708     showColourText.setLabel("Colour Text");
 709     showColourText.addItemListener(this);
 710     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 711     seqMenu.setLabel("Sequence");
 712     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 713     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 714     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 715     revealAll.setLabel("Reveal All");
 716     menu1.setLabel("Group");
 717     add(groupMenu);
 718     this.add(seqMenu);
 719     this.add(hideSeqs);
 720     this.add(revealAll);
 721     groupMenu.add(editGroupName);
 722     groupMenu.add(editMenu);
 723     groupMenu.add(outputmenu);
 724     groupMenu.add(sequenceFeature);
 725     groupMenu.add(menu1);
 726
 727     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 728     colourMenu.add(clustalColour);
 729     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 730     colourMenu.add(PIDColour);
 731     colourMenu.add(zappoColour);
 732     colourMenu.add(taylorColour);
 733     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 734     colourMenu.add(helixColour);
 735     colourMenu.add(strandColour);
 736     colourMenu.add(turnColour);
 737     colourMenu.add(buriedColour);
 738     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 739     colourMenu.add(userDefinedColour);
 740     colourMenu.addSeparator();
 741     colourMenu.add(abovePIDColour);
 742     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 743
 744     noColourmenuItem.setLabel("None");
 745     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 746
 747     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 748     clustalColour.addActionListener(this);
 749     zappoColour.setLabel("Zappo");
 750     zappoColour.addActionListener(this);
 751     taylorColour.setLabel("Taylor");
 752     taylorColour.addActionListener(this);
 753     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 754     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 755     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 756     helixColour.addActionListener(this);
 757     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 758     strandColour.addActionListener(this);
 759     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 760     turnColour.addActionListener(this);
 761     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 762     buriedColour.addActionListener(this);
 763     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 764
 765     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 766     userDefinedColour.addActionListener(this);
 767     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 768     PIDColour.addActionListener(this);
 769     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 770     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 771     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 772
 773     editMenu.add(copy);
 774     copy.addActionListener(this);
 775     editMenu.add(cut);
 776     cut.addActionListener(this);
 777
 778     editMenu.add(editSequence);
 779     editSequence.addActionListener(this);
 780
 781     editMenu.add(toUpper);
 782     toUpper.addActionListener(this);
 783     editMenu.add(toLower);
 784     toLower.addActionListener(this);
 785     editMenu.add(toggleCase);
 786     seqMenu.add(sequenceName);
 787     seqMenu.add(pdb);
 788     seqMenu.add(repGroup);
 789     menu1.add(unGroupMenuItem);
 790     menu1.add(colourMenu);
 791     menu1.add(showBoxes);
 792     menu1.add(showText);
 793     menu1.add(showColourText);
 794     menu1.add(displayNonconserved);
 795     toggleCase.addActionListener(this);
 796     pdb.addActionListener(this);
 797     hideSeqs.addActionListener(this);
 798     repGroup.addActionListener(this);
 799     revealAll.addActionListener(this);
 800   }
 801
 802   void refresh()
 803   {
 804     ap.paintAlignment(true);
 805   }
 806
 807   protected void clustalColour_actionPerformed()
 808   {
 809     SequenceGroup sg = getGroup();
 810     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg
 811             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), ap.av.alignment
 812             .getWidth());
 813     refresh();
 814   }
 815
 816   protected void zappoColour_actionPerformed()
 817   {
 818     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 819     refresh();
 820   }
 821
 822   protected void taylorColour_actionPerformed()
 823   {
 824     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 825     refresh();
 826   }
 827
 828   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 829   {
 830     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 831     refresh();
 832   }
 833
 834   protected void helixColour_actionPerformed()
 835   {
 836     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 837     refresh();
 838   }
 839
 840   protected void strandColour_actionPerformed()
 841   {
 842     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 843     refresh();
 844   }
 845
 846   protected void turnColour_actionPerformed()
 847   {
 848     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 849     refresh();
 850   }
 851
 852   protected void buriedColour_actionPerformed()
 853   {
 854     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 855     refresh();
 856   }
 857
 858   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 859   {
 860     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 861     refresh();
 862   }
 863
 864   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 865   {
 866     SequenceGroup sg = getGroup();
 867     if (sg.cs == null)
 868     {
 869       return;
 870     }
 871
 872     if (abovePIDColour.getState())
 873     {
 874       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 875               .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 876               .getWidth()));
 877       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 878               .getName());
 879
 880       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 881
 882       SliderPanel.showPIDSlider();
 883
 884     }
 885     else
 886     // remove PIDColouring
 887     {
 888       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 889     }
 890
 891     refresh();
 892
 893   }
 894
 895   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 896   {
 897     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 898   }
 899
 900   protected void PIDColour_actionPerformed()
 901   {
 902     SequenceGroup sg = getGroup();
 903     sg.cs = new PIDColourScheme();
 904     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 905             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 906             .getWidth()));
 907     refresh();
 908   }
 909
 910   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 911   {
 912     SequenceGroup sg = getGroup();
 913
 914     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 915
 916     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 917             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 918             .getWidth()));
 919
 920     refresh();
 921   }
 922
 923   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 924   {
 925     getGroup().cs = null;
 926     refresh();
 927   }
 928
 929   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 930   {
 931     SequenceGroup sg = getGroup();
 932     if (sg.cs == null)
 933     {
 934       return;
 935     }
 936
 937     if (conservationMenuItem.getState())
 938     {
 939
 940       Conservation c = new Conservation("Group",
 941               ResidueProperties.propHash, 3, sg
 942                       .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 943               ap.av.alignment.getWidth());
 944
 945       c.calculate();
 946       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 947
 948       sg.cs.setConservation(c);
 949
 950       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 951       SliderPanel.showConservationSlider();
 952     }
 953     else
 954     // remove ConservationColouring
 955     {
 956       sg.cs.setConservation(null);
 957     }
 958
 959     refresh();
 960   }
 961
 962   SequenceGroup getGroup()
 963   {
 964     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 965
 966     // this method won't add a new group if it already exists
 967     if (sg != null)
 968     {
 969       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 970     }
 971
 972     return sg;
 973   }
 974
 975   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 976   {
 977     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 978     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 979     ap.av.setSelectionGroup(null);
 980     ap.paintAlignment(true);
 981   }
 982
 983   public void showColourText_itemStateChanged()
 984   {
 985     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 986     refresh();
 987   }
 988
 989   public void showText_itemStateChanged()
 990   {
 991     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 992     refresh();
 993   }
 994
 995   public void showNonconserved_itemStateChanged()
 996   {
 997     getGroup().setShowunconserved(this.displayNonconserved.getState());
 998     refresh();
 999   }
1000
1001   public void showBoxes_itemStateChanged()
1002   {
1003     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1004     refresh();
1005   }
1006
1007   void hideSequences(boolean representGroup)
1008   {
1009     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1010     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1011     {
1012       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1013       { seq });
1014       return;
1015     }
1016
1017     ap.av.setSelectionGroup(null);
1018
1019     if (representGroup)
1020     {
1021       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1022
1023       return;
1024     }
1025
1026     int gsize = sg.getSize();
1027     SequenceI[] hseqs;
1028
1029     hseqs = new SequenceI[gsize];
1030
1031     int index = 0;
1032     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1033     {
1034       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1035     }
1036
1037     ap.av.hideSequence(hseqs);
1038   }
1039
1040 }