src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62 \r
  63   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  64   {\r
  65     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  66     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  67     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  68     //\r
  69     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  70     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  71 \r
  72     this.ap = apanel;\r
  73 \r
  74     try\r
  75     {\r
  76       jbInit();\r
  77     }\r
  78     catch (Exception e)\r
  79     {\r
  80       e.printStackTrace();\r
  81     }\r
  82 \r
  83     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  84 \r
  85     if (sg != null && sg.getSize()>0)\r
  86     {\r
  87       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  88       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  89       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  90       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  91       {\r
  92         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  93       }\r
  94 \r
  95     }\r
  96     else\r
  97     {\r
  98       remove(groupMenu);\r
  99       remove(editMenu);\r
 100     }\r
 101 \r
 102     if (links!=null)\r
 103     {\r
 104       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 105       MenuItem item;\r
 106       String link;\r
 107       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 108       {\r
 109         link = links.elementAt(i).toString();\r
 110         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 111         item = new MenuItem(target);\r
 112 \r
 113         final String url;\r
 114 \r
 115         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 116         {\r
 117           String id = seq.getName();\r
 118           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 119             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 120 \r
 121           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 122                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 123               + id +\r
 124               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 125         }\r
 126         else\r
 127           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 128 \r
 129            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 130            {\r
 131                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 132                {\r
 133                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 134                }\r
 135            });\r
 136           linkMenu.add(item);\r
 137       }\r
 138       add(linkMenu);\r
 139 \r
 140       if(seq!=null)\r
 141       {\r
 142         item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 143         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 144         {\r
 145           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 146           {\r
 147             addPDB(seq);\r
 148           }\r
 149         });\r
 150 \r
 151         add(item);\r
 152       }\r
 153     }\r
 154   }\r
 155 \r
 156   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 157   {\r
 158     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 159       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 160     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 161       showColourText_itemStateChanged();\r
 162     else if(evt.getSource()==showText)\r
 163       showText_itemStateChanged();\r
 164     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 165        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 166   }\r
 167 \r
 168   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 169   {\r
 170     Object source = evt.getSource();\r
 171     if(source==clustalColour)\r
 172       clustalColour_actionPerformed();\r
 173     else if(source==zappoColour)\r
 174       zappoColour_actionPerformed();\r
 175     else if(source==taylorColour)\r
 176       taylorColour_actionPerformed();\r
 177     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 178       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 179     else if(source==helixColour)\r
 180       helixColour_actionPerformed();\r
 181     else if(source==strandColour)\r
 182       strandColour_actionPerformed();\r
 183     else if(source==clustalColour)\r
 184       turnColour_actionPerformed();\r
 185     else if(source==buriedColour)\r
 186       buriedColour_actionPerformed();\r
 187     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 188       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 189 \r
 190     else if(source==userDefinedColour)\r
 191           userDefinedColour_actionPerformed();\r
 192         else if(source==PIDColour)\r
 193        PIDColour_actionPerformed();\r
 194      else if(source==BLOSUM62Colour)\r
 195       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==noColourmenuItem)\r
 197       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 198     else if(source==conservationMenuItem)\r
 199         conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 200       else if(source==unGroupMenuItem)\r
 201       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 202 \r
 203     else if(source==copy)\r
 204       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 205     else if(source==cut)\r
 206       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 207     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 208     {\r
 209       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 210       if (sg != null)\r
 211       {\r
 212         for (int g = 0; g < sg.getSize(); g++)\r
 213         {\r
 214           if (source == toggleCase)\r
 215             sg.getSequenceAt(g).toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 216           else\r
 217             sg.getSequenceAt(g).changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
 218                                            sg.getEndRes() + 1);\r
 219         }\r
 220         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 221       }\r
 222     }\r
 223 \r
 224   }\r
 225 \r
 226   void addPDB(Sequence seq)\r
 227   {\r
 228     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 229     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 230     cap.setPDBImport(seq);\r
 231     Frame frame = new Frame();\r
 232     frame.add(cap);\r
 233     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 234   }\r
 235 \r
 236   private void jbInit()\r
 237       throws Exception\r
 238   {\r
 239     groupMenu.setLabel("Group");\r
 240     groupMenu.setLabel("Define");\r
 241 \r
 242     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 243     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 244 \r
 245     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 246     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 247     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 248     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 249     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 250     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 251     showBoxes.setState(true);\r
 252     showBoxes.addItemListener(this);\r
 253 \r
 254     showText.setLabel("Text");\r
 255     showText.addItemListener(this);\r
 256     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 257     showColourText.addItemListener(this);\r
 258 \r
 259     add(groupMenu);\r
 260     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 261     groupMenu.add(colourMenu);\r
 262     groupMenu.addSeparator();\r
 263     groupMenu.add(showBoxes);\r
 264     groupMenu.add(showText);\r
 265     groupMenu.add(showColourText);\r
 266     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 267     colourMenu.add(clustalColour);\r
 268     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 269     colourMenu.add(PIDColour);\r
 270     colourMenu.add(zappoColour);\r
 271     colourMenu.add(taylorColour);\r
 272     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 273     colourMenu.add(helixColour);\r
 274     colourMenu.add(strandColour);\r
 275     colourMenu.add(turnColour);\r
 276     colourMenu.add(buriedColour);\r
 277     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 278     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 279     colourMenu.addSeparator();\r
 280     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 281     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 282 \r
 283     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 284     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 285 \r
 286     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 287     clustalColour.addActionListener(this);\r
 288     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 289     zappoColour.addActionListener(this);\r
 290     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 291     taylorColour.addActionListener(this);\r
 292     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 293     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 294     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 295     helixColour.addActionListener(this);\r
 296     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 297     strandColour.addActionListener(this);\r
 298     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 299     turnColour.addActionListener(this);\r
 300     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 301     buriedColour.addActionListener(this);\r
 302     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 303 \r
 304     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 305     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 306     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 307     PIDColour.addActionListener(this);\r
 308     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 309     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 310     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 311 \r
 312     add(editMenu);\r
 313     editMenu.add(copy);\r
 314     copy.addActionListener(this);\r
 315     editMenu.add(cut);\r
 316     cut.addActionListener(this);\r
 317     editMenu.add(toUpper);\r
 318     toUpper.addActionListener(this);\r
 319     editMenu.add(toLower);\r
 320     toLower.addActionListener(this);\r
 321     editMenu.add(toggleCase);\r
 322     toggleCase.addActionListener(this);\r
 323 \r
 324   }\r
 325 \r
 326   void refresh()\r
 327   {\r
 328     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 329     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 330       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 331   }\r
 332 \r
 333   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 334   {\r
 335     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 336     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 337     refresh();\r
 338   }\r
 339 \r
 340   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 341   {\r
 342     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 343     refresh();\r
 344   }\r
 345 \r
 346   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 347   {\r
 348     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 349     refresh();\r
 350   }\r
 351 \r
 352   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 353   {\r
 354     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 355     refresh();\r
 356   }\r
 357 \r
 358   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 359   {\r
 360     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 361     refresh();\r
 362   }\r
 363 \r
 364   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 365   {\r
 366     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 367     refresh();\r
 368   }\r
 369 \r
 370   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 371   {\r
 372     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 373     refresh();\r
 374   }\r
 375 \r
 376   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 377   {\r
 378     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 379     refresh();\r
 380   }\r
 381 \r
 382   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 383   {\r
 384     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 385     refresh();\r
 386   }\r
 387 \r
 388   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 389   {\r
 390     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 391     if(sg.cs==null)\r
 392           return;\r
 393 \r
 394     if (abovePIDColour.getState())\r
 395     {\r
 396       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 397                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 398       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 399           getGroup().getName());\r
 400 \r
 401       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 402 \r
 403       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 404 \r
 405     }\r
 406     else // remove PIDColouring\r
 407     {\r
 408       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 409     }\r
 410 \r
 411     refresh();\r
 412 \r
 413   }\r
 414 \r
 415   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 416   {\r
 417     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 418   }\r
 419 \r
 420   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 421   {\r
 422     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 423     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 424     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 425                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 426     refresh();\r
 427   }\r
 428 \r
 429   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 430   {\r
 431     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 432 \r
 433     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 434 \r
 435     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 436                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 437 \r
 438     refresh();\r
 439   }\r
 440 \r
 441   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 442   {\r
 443     getGroup().cs = null;\r
 444     refresh();\r
 445   }\r
 446 \r
 447   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 448   {\r
 449     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 450     if(sg.cs==null)\r
 451           return;\r
 452 \r
 453     if (conservationMenuItem.getState())\r
 454     {\r
 455 \r
 456       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 457                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 458                                         sg.sequences, 0,\r
 459                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 460 \r
 461       c.calculate();\r
 462       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 463 \r
 464       sg.cs.setConservation(c);\r
 465 \r
 466       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 467       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 468     }\r
 469     else // remove ConservationColouring\r
 470     {\r
 471       sg.cs.setConservation(null);\r
 472     }\r
 473 \r
 474     refresh();\r
 475   }\r
 476 \r
 477 \r
 478   SequenceGroup getGroup()\r
 479   {\r
 480     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 481 \r
 482     // this method won't add a new group if it already exists\r
 483     if(sg!=null)\r
 484       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 485 \r
 486     return sg;\r
 487   }\r
 488 \r
 489   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 490   {\r
 491     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 492     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 493     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 494     ap.repaint();\r
 495   }\r
 496 \r
 497   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 498   {\r
 499     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 500     refresh();\r
 501   }\r
 502 \r
 503   public void showText_itemStateChanged()\r
 504   {\r
 505     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 506     refresh();\r
 507   }\r
 508 \r
 509   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 510   {\r
 511     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 512     refresh();\r
 513   }\r
 514 \r
 515 }\r