src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.net.*;
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.io.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33
  34 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
  35         ItemListener, KeyListener
  36 {
  37   public AlignmentPanel alignPanel;
  38
  39   public AlignViewport viewport;
  40
  41   int DEFAULT_WIDTH = 700;
  42
  43   int DEFAULT_HEIGHT = 500;
  44
  45   String jalviewServletURL;
  46
  47   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,
  48           String title, boolean embedded)
  49   {
  50
  51     if (applet != null)
  52     {
  53       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");
  54     }
  55
  56     try
  57     {
  58       jbInit();
  59     } catch (Exception ex)
  60     {
  61       ex.printStackTrace();
  62     }
  63
  64     viewport = new AlignViewport(al, applet);
  65     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);
  66
  67     viewport.updateConservation(alignPanel);
  68     viewport.updateConsensus(alignPanel);
  69
  70     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);
  71     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowunconserved());
  72
  73     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);
  74
  75     if (applet != null)
  76     {
  77       String param = applet.getParameter("sortBy");
  78       if (param != null)
  79       {
  80         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))
  81         {
  82           sortIDMenuItem_actionPerformed();
  83         }
  84         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))
  85         {
  86           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();
  87         }
  88       }
  89
  90       param = applet.getParameter("wrap");
  91       if (param != null)
  92       {
  93         if (param.equalsIgnoreCase("true"))
  94         {
  95           wrapMenuItem.setState(true);
  96           wrapMenuItem_actionPerformed();
  97         }
  98       }
  99       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");
 100       if (param != null)
 101       {
 102         centreColumnLabelFlag.setState(true);
 103         centreColumnLabelFlag_stateChanged();
 104       }
 105       try
 106       {
 107         param = applet.getParameter("windowWidth");
 108         if (param != null)
 109         {
 110           int width = Integer.parseInt(param);
 111           DEFAULT_WIDTH = width;
 112         }
 113         param = applet.getParameter("windowHeight");
 114         if (param != null)
 115         {
 116           int height = Integer.parseInt(param);
 117           DEFAULT_HEIGHT = height;
 118         }
 119       } catch (Exception ex)
 120       {
 121       }
 122
 123     }
 124
 125     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,
 126     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for
 127     // now
 128     this.addKeyListener(this);
 129     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);
 130     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);
 131     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);
 132     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);
 133     createAlignFrameWindow(embedded, title);
 134     alignPanel.validate();
 135     alignPanel.paintAlignment(true);
 136   }
 137
 138   public AlignViewport getAlignViewport()
 139   {
 140     return viewport;
 141   }
 142
 143   public SeqCanvas getSeqcanvas()
 144   {
 145     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;
 146   }
 147
 148   /**
 149    * DOCUMENT ME!
 150    *
 151    * @param String
 152    *                DOCUMENT ME!
 153    */
 154
 155   public void parseFeaturesFile(String file, String type)
 156   {
 157     Hashtable featureLinks = new Hashtable();
 158     boolean featuresFile = false;
 159     try
 160     {
 161       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type).parse(
 162               viewport.alignment, alignPanel.seqPanel.seqCanvas
 163                       .getFeatureRenderer().featureColours, featureLinks,
 164               true);
 165     } catch (Exception ex)
 166     {
 167       ex.printStackTrace();
 168     }
 169
 170     if (featuresFile)
 171     {
 172       if (featureLinks.size() > 0)
 173       {
 174         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;
 175       }
 176       viewport.showSequenceFeatures = true;
 177       sequenceFeatures.setState(true);
 178       alignPanel.paintAlignment(true);
 179     }
 180
 181   }
 182
 183   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 184   {
 185     if (viewport.cursorMode
 186             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt
 187                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt
 188                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))
 189             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))
 190       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());
 191
 192     switch (evt.getKeyCode())
 193     {
 194     case 27: // escape key
 195       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();
 196       break;
 197     case KeyEvent.VK_X:
 198       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())
 199       {
 200         cut_actionPerformed();
 201       }
 202       break;
 203     case KeyEvent.VK_C:
 204       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())
 205       {
 206         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();
 207       }
 208       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())
 209       {
 210         copy_actionPerformed();
 211       }
 212       break;
 213     case KeyEvent.VK_V:
 214       if (evt.isControlDown())
 215       {
 216         paste(evt.isShiftDown());
 217       }
 218       break;
 219     case KeyEvent.VK_A:
 220       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())
 221       {
 222         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();
 223       }
 224       break;
 225     case KeyEvent.VK_DOWN:
 226       if (viewport.cursorMode)
 227       {
 228         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);
 229       }
 230       else
 231       {
 232         moveSelectedSequences(false);
 233       }
 234       break;
 235
 236     case KeyEvent.VK_UP:
 237       if (viewport.cursorMode)
 238       {
 239         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);
 240       }
 241       else
 242       {
 243         moveSelectedSequences(true);
 244       }
 245       break;
 246
 247     case KeyEvent.VK_LEFT:
 248       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)
 249         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());
 250       else
 251         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);
 252       break;
 253
 254     case KeyEvent.VK_RIGHT:
 255       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)
 256         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());
 257       else
 258         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);
 259       break;
 260
 261     case KeyEvent.VK_SPACE:
 262       if (viewport.cursorMode)
 263       {
 264         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()
 265                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());
 266       }
 267       break;
 268
 269     case KeyEvent.VK_DELETE:
 270     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:
 271       if (viewport.cursorMode)
 272       {
 273         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()
 274                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());
 275       }
 276       else
 277       {
 278         cut_actionPerformed();
 279         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 280       }
 281       break;
 282
 283     case KeyEvent.VK_S:
 284       if (viewport.cursorMode)
 285       {
 286         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();
 287       }
 288       break;
 289     case KeyEvent.VK_P:
 290       if (viewport.cursorMode)
 291       {
 292         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();
 293       }
 294       break;
 295
 296     case KeyEvent.VK_ENTER:
 297     case KeyEvent.VK_COMMA:
 298       if (viewport.cursorMode)
 299       {
 300         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();
 301       }
 302       break;
 303
 304     case KeyEvent.VK_Q:
 305       if (viewport.cursorMode)
 306       {
 307         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);
 308       }
 309       break;
 310     case KeyEvent.VK_M:
 311       if (viewport.cursorMode)
 312       {
 313         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);
 314       }
 315       break;
 316
 317     case KeyEvent.VK_F2:
 318       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;
 319       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "
 320               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));
 321       if (viewport.cursorMode)
 322       {
 323         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;
 324         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;
 325       }
 326       break;
 327
 328     case KeyEvent.VK_F:
 329       if (evt.isControlDown())
 330       {
 331         findMenuItem_actionPerformed();
 332       }
 333       break;
 334
 335     case KeyEvent.VK_H:
 336     {
 337       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();
 338       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();
 339       boolean hide = false;
 340       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 341
 342       if (toggleSeqs)
 343       {
 344         if (sg != null && sg.getSize() != viewport.alignment.getHeight())
 345         {
 346           hide = true;
 347           viewport.hideAllSelectedSeqs();
 348         }
 349         else if (!(toggleCols && viewport.colSel.getSelected().size() > 0))
 350         {
 351           viewport.showAllHiddenSeqs();
 352         }
 353       }
 354
 355       if (toggleCols)
 356       {
 357         if (viewport.colSel.getSelected().size() > 0)
 358         {
 359           viewport.hideSelectedColumns();
 360           if (!toggleSeqs)
 361           {
 362             viewport.selectionGroup = sg;
 363           }
 364         }
 365         else if (!hide)
 366         {
 367           viewport.showAllHiddenColumns();
 368         }
 369       }
 370       break;
 371     }
 372
 373     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:
 374       if (viewport.wrapAlignment)
 375       {
 376         alignPanel.scrollUp(true);
 377       }
 378       else
 379       {
 380         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq
 381                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);
 382       }
 383       break;
 384
 385     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:
 386       if (viewport.wrapAlignment)
 387       {
 388         alignPanel.scrollUp(false);
 389       }
 390       else
 391       {
 392         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq
 393                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);
 394       }
 395       break;
 396
 397     case KeyEvent.VK_Z:
 398       if (evt.isControlDown())
 399       {
 400         undoMenuItem_actionPerformed();
 401       }
 402       break;
 403
 404     case KeyEvent.VK_Y:
 405       if (evt.isControlDown())
 406       {
 407         redoMenuItem_actionPerformed();
 408       }
 409       break;
 410
 411     case KeyEvent.VK_L:
 412       if (evt.isControlDown())
 413       {
 414         trimAlignment(true);
 415       }
 416       break;
 417
 418     case KeyEvent.VK_R:
 419       if (evt.isControlDown())
 420       {
 421         trimAlignment(false);
 422       }
 423       break;
 424
 425     case KeyEvent.VK_E:
 426       if (evt.isControlDown())
 427       {
 428         if (evt.isShiftDown())
 429         {
 430           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();
 431         }
 432         else
 433         {
 434           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();
 435         }
 436       }
 437       break;
 438     case KeyEvent.VK_I:
 439       if (evt.isControlDown())
 440       {
 441         if (evt.isAltDown())
 442         {
 443           viewport.invertColumnSelection();
 444         }
 445         else
 446         {
 447           this.invertSequenceMenuItem_actionPerformed();
 448         }
 449       }
 450       break;
 451
 452     case KeyEvent.VK_U:
 453       if (evt.isControlDown())
 454       {
 455         this.deleteGroups_actionPerformed();
 456       }
 457       break;
 458
 459     case KeyEvent.VK_T:
 460       if (evt.isControlDown())
 461       {
 462         newView(null);
 463       }
 464       break;
 465
 466     }
 467     alignPanel.paintAlignment(true);
 468   }
 469
 470   public void keyReleased(KeyEvent evt)
 471   {
 472   }
 473
 474   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 475   {
 476   }
 477
 478   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 479   {
 480     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)
 481     {
 482       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();
 483     }
 484     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)
 485     {
 486       colourTextMenuItem_actionPerformed();
 487     }
 488     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)
 489     {
 490       wrapMenuItem_actionPerformed();
 491     }
 492     else if (evt.getSource() == scaleAbove)
 493     {
 494       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());
 495     }
 496     else if (evt.getSource() == scaleLeft)
 497     {
 498       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());
 499     }
 500     else if (evt.getSource() == scaleRight)
 501     {
 502       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());
 503     }
 504     else if (evt.getSource() == seqLimits)
 505     {
 506       seqLimits_itemStateChanged();
 507     }
 508     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)
 509     {
 510       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());
 511     }
 512     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)
 513     {
 514       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());
 515     }
 516     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)
 517     {
 518       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());
 519     }
 520     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)
 521     {
 522       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());
 523       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());
 524     }
 525     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)
 526     {
 527       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());
 528       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 529     }
 530     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)
 531     {
 532       conservationMenuItem_actionPerformed();
 533     }
 534     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)
 535     {
 536       abovePIDThreshold_actionPerformed();
 537     }
 538     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)
 539     {
 540       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());
 541     }
 542     else if (evt.getSource() == autoCalculate)
 543     {
 544       viewport.autocalculateConsensus = autoCalculate.getState();
 545     }
 546     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)
 547     {
 548       centreColumnLabelFlag_stateChanged();
 549     } else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)
 550     {
 551       mouseOverFlag_stateChanged();
 552     }
 553
 554     alignPanel.paintAlignment(true);
 555   }
 556
 557   private void mouseOverFlag_stateChanged()
 558   {
 559     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();
 560     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current searchresults.
 561   }
 562
 563   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()
 564   {
 565     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();
 566     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();
 567   }
 568
 569   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 570   {
 571     Object source = evt.getSource();
 572
 573     if (source == inputText)
 574     {
 575       inputText_actionPerformed();
 576     }
 577     else if (source == loadTree)
 578     {
 579       loadTree_actionPerformed();
 580     }
 581     else if (source == loadApplication)
 582     {
 583       launchFullApplication();
 584     }
 585     else if (source == loadAnnotations)
 586     {
 587       loadAnnotations();
 588     }
 589     else if (source == outputAnnotations)
 590     {
 591       outputAnnotations(true);
 592     }
 593     else if (source == outputFeatures)
 594     {
 595       outputFeatures(true, "Jalview");
 596     }
 597     else if (source == closeMenuItem)
 598     {
 599       closeMenuItem_actionPerformed();
 600     }
 601     else if (source == copy)
 602     {
 603       copy_actionPerformed();
 604     }
 605     else if (source == undoMenuItem)
 606     {
 607       undoMenuItem_actionPerformed();
 608     }
 609     else if (source == redoMenuItem)
 610     {
 611       redoMenuItem_actionPerformed();
 612     }
 613     else if (source == inputText)
 614     {
 615       inputText_actionPerformed();
 616     }
 617     else if (source == closeMenuItem)
 618     {
 619       closeMenuItem_actionPerformed();
 620     }
 621     else if (source == undoMenuItem)
 622     {
 623       undoMenuItem_actionPerformed();
 624     }
 625     else if (source == redoMenuItem)
 626     {
 627       redoMenuItem_actionPerformed();
 628     }
 629     else if (source == copy)
 630     {
 631       copy_actionPerformed();
 632     }
 633     else if (source == pasteNew)
 634     {
 635       pasteNew_actionPerformed();
 636     }
 637     else if (source == pasteThis)
 638     {
 639       pasteThis_actionPerformed();
 640     }
 641     else if (source == cut)
 642     {
 643       cut_actionPerformed();
 644     }
 645     else if (source == delete)
 646     {
 647       delete_actionPerformed();
 648     }
 649     else if (source == deleteGroups)
 650     {
 651       deleteGroups_actionPerformed();
 652     }
 653     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)
 654     {
 655       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();
 656     }
 657     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)
 658     {
 659       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();
 660     }
 661     else if (source == invertSequenceMenuItem)
 662     {
 663       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();
 664     }
 665     else if (source == invertColSel)
 666     {
 667       viewport.invertColumnSelection();
 668       alignPanel.paintAlignment(true);
 669     }
 670     else if (source == remove2LeftMenuItem)
 671     {
 672       trimAlignment(true);
 673     }
 674     else if (source == remove2RightMenuItem)
 675     {
 676       trimAlignment(false);
 677     }
 678     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)
 679     {
 680       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();
 681     }
 682     else if (source == removeAllGapsMenuItem)
 683     {
 684       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();
 685     }
 686     else if (source == findMenuItem)
 687     {
 688       findMenuItem_actionPerformed();
 689     }
 690     else if (source == font)
 691     {
 692       new FontChooser(alignPanel);
 693     }
 694     else if (source == newView)
 695     {
 696       newView(null);
 697     }
 698     else if (source == showColumns)
 699     {
 700       viewport.showAllHiddenColumns();
 701       alignPanel.paintAlignment(true);
 702     }
 703     else if (source == showSeqs)
 704     {
 705       viewport.showAllHiddenSeqs();
 706     }
 707     else if (source == hideColumns)
 708     {
 709       viewport.hideSelectedColumns();
 710       alignPanel.paintAlignment(true);
 711     }
 712     else if (source == hideSequences
 713             && viewport.getSelectionGroup() != null)
 714     {
 715       viewport.hideAllSelectedSeqs();
 716     }
 717     else if (source == featureSettings)
 718     {
 719       new FeatureSettings(alignPanel);
 720     }
 721     else if (source == alProperties)
 722     {
 723       StringBuffer contents = new StringBuffer();
 724
 725       float avg = 0;
 726       int min = Integer.MAX_VALUE, max = 0;
 727       for (int i = 0; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)
 728       {
 729         int size = viewport.alignment.getSequenceAt(i).getEnd()
 730                 - viewport.alignment.getSequenceAt(i).getStart();
 731         avg += size;
 732         if (size > max)
 733           max = size;
 734         if (size < min)
 735           min = size;
 736       }
 737       avg = avg / (float) viewport.alignment.getHeight();
 738
 739       contents.append("\nSequences: " + viewport.alignment.getHeight());
 740       contents.append("\nMinimum Sequence Length: " + min);
 741       contents.append("\nMaximum Sequence Length: " + max);
 742       contents.append("\nAverage Length: " + (int) avg);
 743
 744       if (((Alignment) viewport.alignment).alignmentProperties != null)
 745       {
 746         Hashtable props = ((Alignment) viewport.alignment).alignmentProperties;
 747         Enumeration en = props.keys();
 748         while (en.hasMoreElements())
 749         {
 750           String key = en.nextElement().toString();
 751           contents.append("\n" + key + "\t" + props.get(key));
 752         }
 753       }
 754
 755       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);
 756       cap.setText(contents.toString());
 757       Frame frame = new Frame();
 758       frame.add(cap);
 759       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "
 760               + getTitle(), 400, 250);
 761     }
 762     else if (source == overviewMenuItem)
 763     {
 764       overviewMenuItem_actionPerformed();
 765     }
 766     else if (source == noColourmenuItem)
 767     {
 768       changeColour(null);
 769     }
 770     else if (source == clustalColour)
 771     {
 772       abovePIDThreshold.setState(false);
 773       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.alignment
 774               .getSequences(), viewport.alignment.getWidth()));
 775     }
 776     else if (source == zappoColour)
 777     {
 778       changeColour(new ZappoColourScheme());
 779     }
 780     else if (source == taylorColour)
 781     {
 782       changeColour(new TaylorColourScheme());
 783     }
 784     else if (source == hydrophobicityColour)
 785     {
 786       changeColour(new HydrophobicColourScheme());
 787     }
 788     else if (source == helixColour)
 789     {
 790       changeColour(new HelixColourScheme());
 791     }
 792     else if (source == strandColour)
 793     {
 794       changeColour(new StrandColourScheme());
 795     }
 796     else if (source == turnColour)
 797     {
 798       changeColour(new TurnColourScheme());
 799     }
 800     else if (source == buriedColour)
 801     {
 802       changeColour(new BuriedColourScheme());
 803     }
 804     else if (source == nucleotideColour)
 805     {
 806       changeColour(new NucleotideColourScheme());
 807     }
 808     else if (source == modifyPID)
 809     {
 810       modifyPID_actionPerformed();
 811     }
 812     else if (source == modifyConservation)
 813     {
 814       modifyConservation_actionPerformed();
 815     }
 816     else if (source == userDefinedColour)
 817     {
 818       new UserDefinedColours(alignPanel, null);
 819     }
 820     else if (source == PIDColour)
 821     {
 822       changeColour(new PIDColourScheme());
 823     }
 824     else if (source == BLOSUM62Colour)
 825     {
 826       changeColour(new Blosum62ColourScheme());
 827     }
 828     else if (source == annotationColour)
 829     {
 830       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);
 831     }
 832     else if (source == sortPairwiseMenuItem)
 833     {
 834       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();
 835     }
 836     else if (source == sortIDMenuItem)
 837     {
 838       sortIDMenuItem_actionPerformed();
 839     }
 840     else if (source == sortGroupMenuItem)
 841     {
 842       sortGroupMenuItem_actionPerformed();
 843     }
 844     else if (source == removeRedundancyMenuItem)
 845     {
 846       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();
 847     }
 848     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)
 849     {
 850       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();
 851     }
 852     else if (source == PCAMenuItem)
 853     {
 854       PCAMenuItem_actionPerformed();
 855     }
 856     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)
 857     {
 858       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();
 859     }
 860     else if (source == neighbourTreeMenuItem)
 861     {
 862       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();
 863     }
 864     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)
 865     {
 866       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();
 867     }
 868     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)
 869     {
 870       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();
 871     }
 872     else if (source == documentation)
 873     {
 874       documentation_actionPerformed();
 875     }
 876     else if (source == about)
 877     {
 878       about_actionPerformed();
 879     }
 880
 881   }
 882
 883   public void inputText_actionPerformed()
 884   {
 885     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);
 886     Frame frame = new Frame();
 887     frame.add(cap);
 888     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);
 889   }
 890
 891   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
 892   {
 893     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);
 894     Frame frame = new Frame();
 895     frame.add(cap);
 896     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment output - "
 897             + e.getActionCommand(), 600, 500);
 898     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(e
 899             .getActionCommand(), viewport.getAlignment(),
 900             viewport.showJVSuffix));
 901   }
 902
 903   public void loadAnnotations()
 904   {
 905     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);
 906     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");
 907     cap.setAnnotationImport();
 908     Frame frame = new Frame();
 909     frame.add(cap);
 910     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);
 911
 912   }
 913
 914   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)
 915   {
 916     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(
 917             viewport.showAnnotation ? viewport.alignment
 918                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.alignment
 919                     .getGroups(),
 920             ((Alignment) viewport.alignment).alignmentProperties);
 921
 922     if (displayTextbox)
 923     {
 924       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);
 925       Frame frame = new Frame();
 926       frame.add(cap);
 927       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);
 928       cap.setText(annotation);
 929     }
 930
 931     return annotation;
 932   }
 933
 934   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)
 935   {
 936     String features;
 937     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))
 938     {
 939       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(viewport.alignment
 940               .getSequencesArray(), viewport.featuresDisplayed);
 941     }
 942     else
 943     {
 944       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(viewport.alignment
 945               .getSequencesArray(), viewport.featuresDisplayed);
 946     }
 947
 948     if (displayTextbox)
 949     {
 950       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);
 951       Frame frame = new Frame();
 952       frame.add(cap);
 953       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);
 954
 955       cap.setText(features);
 956     }
 957
 958     return features;
 959   }
 960
 961   void launchFullApplication()
 962   {
 963     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);
 964
 965     url.append("?open="
 966             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));
 967
 968     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)
 969     {
 970       url.append("&features=");
 971       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));
 972     }
 973
 974     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)
 975     {
 976       url.append("&annotations=");
 977       url
 978               .append(appendProtocol(viewport.applet
 979                       .getParameter("annotations")));
 980     }
 981
 982     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)
 983     {
 984       url.append("&annotations=");
 985       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));
 986     }
 987
 988     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)
 989     {
 990       url.append("&colour="
 991               + removeWhiteSpace(viewport.applet
 992                       .getParameter("defaultColour")));
 993     }
 994
 995     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)
 996     {
 997       url.append("&colour="
 998               + removeWhiteSpace(viewport.applet
 999                       .getParameter("userDefinedColour")));
1000     }
1001     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)
1002     {
1003       url.append("&tree="
1004               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));
1005     }
1006     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)
1007     {
1008       url.append("&tree="
1009               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));
1010     }
1011
1012     showURL(url.toString(), "FULL_APP");
1013   }
1014
1015   String removeWhiteSpace(String colour)
1016   {
1017     StringBuffer sb = new StringBuffer();
1018     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)
1019     {
1020       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))
1021       {
1022         sb.append("%20");
1023       }
1024       else
1025       {
1026         sb.append(colour.charAt(i));
1027       }
1028     }
1029
1030     return sb.toString();
1031   }
1032
1033   String appendProtocol(String url)
1034   {
1035     try
1036     {
1037       new URL(url);
1038       url = URLEncoder.encode(url);
1039     }
1040     /*
1041      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use
1042      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch
1043      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -
1044      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);
1045      * ex.printStackTrace(); }
1046      */
1047     catch (java.net.MalformedURLException ex)
1048     {
1049       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;
1050     }
1051     return url;
1052   }
1053
1054   public void closeMenuItem_actionPerformed()
1055   {
1056     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);
1057     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);
1058     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);
1059
1060     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)
1061     {
1062       System.exit(0);
1063     }
1064
1065     this.dispose();
1066   }
1067
1068   /**
1069    * DOCUMENT ME!
1070    */
1071   void updateEditMenuBar()
1072   {
1073
1074     if (viewport.historyList.size() > 0)
1075     {
1076       undoMenuItem.setEnabled(true);
1077       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();
1078       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());
1079     }
1080     else
1081     {
1082       undoMenuItem.setEnabled(false);
1083       undoMenuItem.setLabel("Undo");
1084     }
1085
1086     if (viewport.redoList.size() > 0)
1087     {
1088       redoMenuItem.setEnabled(true);
1089
1090       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();
1091       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());
1092     }
1093     else
1094     {
1095       redoMenuItem.setEnabled(false);
1096       redoMenuItem.setLabel("Redo");
1097     }
1098   }
1099
1100   public void addHistoryItem(CommandI command)
1101   {
1102     if (command.getSize() > 0)
1103     {
1104       viewport.historyList.push(command);
1105       viewport.redoList.removeAllElements();
1106       updateEditMenuBar();
1107       viewport.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;
1108     }
1109   }
1110
1111   /**
1112    * DOCUMENT ME!
1113    *
1114    * @param e
1115    *                DOCUMENT ME!
1116    */
1117   protected void undoMenuItem_actionPerformed()
1118   {
1119     if (viewport.historyList.size() < 1)
1120     {
1121       return;
1122     }
1123
1124     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();
1125     viewport.redoList.push(command);
1126     command.undoCommand(null);
1127
1128     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);
1129
1130     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;
1131     updateEditMenuBar();
1132     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,
1133             originalSource.alignment.getSequences());
1134   }
1135
1136   /**
1137    * DOCUMENT ME!
1138    *
1139    * @param e
1140    *                DOCUMENT ME!
1141    */
1142   protected void redoMenuItem_actionPerformed()
1143   {
1144     if (viewport.redoList.size() < 1)
1145     {
1146       return;
1147     }
1148
1149     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();
1150     viewport.historyList.push(command);
1151     command.doCommand(null);
1152
1153     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);
1154     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;
1155
1156     updateEditMenuBar();
1157     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,
1158             originalSource.alignment.getSequences());
1159   }
1160
1161   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)
1162   {
1163     AlignViewport originalSource = null;
1164     // For sequence removal and addition, we need to fire
1165     // the property change event FROM the viewport where the
1166     // original alignment was altered
1167     AlignmentI al = null;
1168     if (command instanceof EditCommand)
1169     {
1170       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;
1171       al = editCommand.getAlignment();
1172       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport
1173               .getSequenceSetId());
1174       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)
1175       {
1176         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)
1177         {
1178           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.alignment)
1179           {
1180             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;
1181             break;
1182           }
1183         }
1184       }
1185     }
1186
1187     if (originalSource == null)
1188     {
1189       // The original view is closed, we must validate
1190       // the current view against the closed view first
1191       if (al != null)
1192       {
1193         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.alignment);
1194       }
1195
1196       originalSource = viewport;
1197     }
1198
1199     return originalSource;
1200   }
1201
1202   public void moveSelectedSequences(boolean up)
1203   {
1204     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
1205     if (sg == null)
1206     {
1207       return;
1208     }
1209
1210     if (up)
1211     {
1212       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)
1213       {
1214         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);
1215         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))
1216         {
1217           continue;
1218         }
1219
1220         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);
1221         if (sg.getSequences(null).contains(temp))
1222         {
1223           continue;
1224         }
1225
1226         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);
1227         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);
1228       }
1229     }
1230     else
1231     {
1232       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)
1233       {
1234         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);
1235         if (!sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(seq))
1236         {
1237           continue;
1238         }
1239
1240         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);
1241         if (sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(temp))
1242         {
1243           continue;
1244         }
1245
1246         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);
1247         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);
1248       }
1249     }
1250
1251     alignPanel.paintAlignment(true);
1252   }
1253
1254   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)
1255   {
1256     Vector sg = new Vector();
1257     if (viewport.cursorMode)
1258     {
1259       sg.addElement(viewport.alignment
1260               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));
1261     }
1262     else if (viewport.getSelectionGroup() != null
1263             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.alignment
1264                     .getHeight())
1265     {
1266       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(
1267               viewport.hiddenRepSequences);
1268     }
1269
1270     if (sg.size() < 1)
1271     {
1272       return;
1273     }
1274
1275     Vector invertGroup = new Vector();
1276
1277     for (int i = 0; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)
1278     {
1279       if (!sg.contains(viewport.alignment.getSequenceAt(i)))
1280         invertGroup.addElement(viewport.alignment.getSequenceAt(i));
1281     }
1282
1283     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];
1284     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)
1285       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);
1286
1287     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];
1288     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)
1289       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);
1290
1291     SlideSequencesCommand ssc;
1292     if (right)
1293       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,
1294               size, viewport.getGapCharacter());
1295     else
1296       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,
1297               size, viewport.getGapCharacter());
1298
1299     int groupAdjustment = 0;
1300     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)
1301     {
1302       if (viewport.cursorMode)
1303         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);
1304       else
1305         groupAdjustment = size;
1306     }
1307     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)
1308     {
1309       if (viewport.cursorMode)
1310         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);
1311       else
1312         groupAdjustment = -size;
1313     }
1314
1315     if (groupAdjustment != 0)
1316     {
1317       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(
1318               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);
1319       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(
1320               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);
1321     }
1322
1323     boolean appendHistoryItem = false;
1324     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0
1325             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)
1326     {
1327       appendHistoryItem = ssc
1328               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList
1329                       .peek());
1330     }
1331
1332     if (!appendHistoryItem)
1333       addHistoryItem(ssc);
1334
1335     repaint();
1336   }
1337
1338   static StringBuffer copiedSequences;
1339
1340   static Vector copiedHiddenColumns;
1341
1342   protected void copy_actionPerformed()
1343   {
1344     if (viewport.getSelectionGroup() == null)
1345     {
1346       return;
1347     }
1348
1349     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
1350     copiedSequences = new StringBuffer();
1351     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();
1352     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
1353     {
1354       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);
1355       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);
1356       orderedSeqs.put(index + "", seq);
1357     }
1358
1359     int index = 0, startRes, endRes;
1360     char ch;
1361
1362     if (viewport.hasHiddenColumns && viewport.getSelectionGroup() != null)
1363     {
1364       copiedHiddenColumns = new Vector();
1365       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();
1366       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()
1367               .size(); i++)
1368       {
1369         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()
1370                 .getHiddenColumns().elementAt(i);
1371
1372         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]
1373         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });
1374       }
1375     }
1376     else
1377     {
1378       copiedHiddenColumns = null;
1379     }
1380
1381     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
1382     {
1383       SequenceI seq = null;
1384
1385       while (seq == null)
1386       {
1387         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))
1388         {
1389           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");
1390           index++;
1391
1392           break;
1393         }
1394         else
1395         {
1396           index++;
1397         }
1398       }
1399
1400       // FIND START RES
1401       // Returns residue following index if gap
1402       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());
1403
1404       // FIND END RES
1405       // Need to find the residue preceeding index if gap
1406       endRes = 0;
1407
1408       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)
1409       {
1410         ch = seq.getCharAt(j);
1411         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))
1412         {
1413           endRes++;
1414         }
1415       }
1416
1417       if (endRes > 0)
1418       {
1419         endRes += seq.getStart() - 1;
1420       }
1421
1422       copiedSequences.append(seq.getName()
1423               + "\t"
1424               + startRes
1425               + "\t"
1426               + endRes
1427               + "\t"
1428               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
1429                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");
1430     }
1431
1432   }
1433
1434   protected void pasteNew_actionPerformed()
1435   {
1436     paste(true);
1437   }
1438
1439   protected void pasteThis_actionPerformed()
1440   {
1441     paste(false);
1442   }
1443
1444   void paste(boolean newAlignment)
1445   {
1446     try
1447     {
1448
1449       if (copiedSequences == null)
1450       {
1451         return;
1452       }
1453
1454       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());
1455       Vector seqs = new Vector();
1456       while (st.hasMoreElements())
1457       {
1458         String name = st.nextToken();
1459         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());
1460         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());
1461         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));
1462       }
1463       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];
1464       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)
1465       {
1466         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);
1467       }
1468
1469       if (newAlignment)
1470       {
1471         String newtitle = new String("Copied sequences");
1472         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))
1473         {
1474           newtitle = getTitle();
1475         }
1476         else
1477         {
1478           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());
1479         }
1480         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),
1481                 viewport.applet, newtitle, false);
1482         if (copiedHiddenColumns != null)
1483         {
1484           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)
1485           {
1486             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);
1487             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);
1488           }
1489         }
1490
1491         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,
1492                 DEFAULT_HEIGHT);
1493       }
1494       else
1495       {
1496         addSequences(newSeqs);
1497       }
1498
1499     } catch (Exception ex)
1500     {
1501     } // could be anything being pasted in here
1502
1503   }
1504
1505   void addSequences(SequenceI[] seqs)
1506   {
1507     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
1508     {
1509       viewport.alignment.addSequence(seqs[i]);
1510     }
1511
1512     // !newAlignment
1513     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,
1514             seqs, 0, viewport.alignment.getWidth(), viewport.alignment));
1515
1516     viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());
1517     viewport.alignment.getWidth();
1518     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.alignment
1519             .getSequences());
1520
1521   }
1522
1523   protected void cut_actionPerformed()
1524   {
1525     copy_actionPerformed();
1526     delete_actionPerformed();
1527   }
1528
1529   protected void delete_actionPerformed()
1530   {
1531
1532     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
1533     if (sg == null)
1534     {
1535       return;
1536     }
1537
1538     Vector seqs = new Vector();
1539     SequenceI seq;
1540     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
1541     {
1542       seq = sg.getSequenceAt(i);
1543       seqs.addElement(seq);
1544     }
1545
1546     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns
1547     if (sg.getSize() == viewport.alignment.getHeight())
1548     {
1549       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),
1550               sg.getEndRes() + 1);
1551     }
1552
1553     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];
1554     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)
1555     {
1556       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);
1557     }
1558
1559     /*
1560      * //ADD HISTORY ITEM
1561      */
1562     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,
1563             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,
1564             viewport.alignment));
1565
1566     viewport.setSelectionGroup(null);
1567     viewport.alignment.deleteGroup(sg);
1568
1569     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()
1570             .getSequences());
1571
1572     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)
1573     {
1574       this.setVisible(false);
1575     }
1576   }
1577
1578   protected void deleteGroups_actionPerformed()
1579   {
1580     viewport.alignment.deleteAllGroups();
1581     viewport.sequenceColours = null;
1582     viewport.setSelectionGroup(null);
1583
1584     alignPanel.paintAlignment(true);
1585   }
1586
1587   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()
1588   {
1589     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1590     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)
1591     {
1592       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
1593     }
1594     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);
1595     viewport.setSelectionGroup(sg);
1596     alignPanel.paintAlignment(true);
1597     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());
1598   }
1599
1600   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()
1601   {
1602     if (viewport.cursorMode)
1603     {
1604       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;
1605       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;
1606     }
1607     viewport.setSelectionGroup(null);
1608     viewport.getColumnSelection().clear();
1609     viewport.setSelectionGroup(null);
1610     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;
1611     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1612     alignPanel.paintAlignment(true);
1613     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());
1614   }
1615
1616   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()
1617   {
1618     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
1619     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)
1620     {
1621       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
1622     }
1623
1624     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());
1625   }
1626
1627   void trimAlignment(boolean trimLeft)
1628   {
1629     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();
1630     int column;
1631
1632     if (colSel.size() > 0)
1633     {
1634       if (trimLeft)
1635       {
1636         column = colSel.getMin();
1637       }
1638       else
1639       {
1640         column = colSel.getMax();
1641       }
1642
1643       SequenceI[] seqs;
1644       if (viewport.getSelectionGroup() != null)
1645       {
1646         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(
1647                 viewport.hiddenRepSequences);
1648       }
1649       else
1650       {
1651         seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();
1652       }
1653
1654       TrimRegionCommand trimRegion;
1655       if (trimLeft)
1656       {
1657         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",
1658                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,
1659                 viewport.alignment, viewport.colSel,
1660                 viewport.selectionGroup);
1661         viewport.setStartRes(0);
1662       }
1663       else
1664       {
1665         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",
1666                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,
1667                 viewport.alignment, viewport.colSel,
1668                 viewport.selectionGroup);
1669       }
1670
1671       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");
1672
1673       addHistoryItem(trimRegion);
1674
1675       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();
1676
1677       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
1678       {
1679         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);
1680
1681         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))
1682                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))
1683         {
1684           viewport.alignment.deleteGroup(sg);
1685         }
1686       }
1687
1688       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport
1689               .getAlignment().getSequences());
1690     }
1691   }
1692
1693   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()
1694   {
1695     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;
1696
1697     SequenceI[] seqs;
1698     if (viewport.getSelectionGroup() != null)
1699     {
1700       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(
1701               viewport.hiddenRepSequences);
1702       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();
1703       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();
1704     }
1705     else
1706     {
1707       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();
1708     }
1709
1710     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(
1711             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.alignment);
1712
1713     addHistoryItem(removeGapCols);
1714
1715     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()
1716             + " empty columns.");
1717
1718     // This is to maintain viewport position on first residue
1719     // of first sequence
1720     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);
1721     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);
1722     // ShiftList shifts;
1723     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());
1724     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();
1725     // if (viewport.hasHiddenColumns)
1726     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);
1727     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);
1728     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()
1729             .getSequences());
1730
1731   }
1732
1733   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()
1734   {
1735     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;
1736
1737     SequenceI[] seqs;
1738     if (viewport.getSelectionGroup() != null)
1739     {
1740       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(
1741               viewport.hiddenRepSequences);
1742       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();
1743       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();
1744     }
1745     else
1746     {
1747       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();
1748     }
1749
1750     // This is to maintain viewport position on first residue
1751     // of first sequence
1752     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);
1753     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);
1754
1755     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,
1756             viewport.alignment));
1757
1758     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);
1759
1760     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()
1761             .getSequences());
1762
1763   }
1764
1765   public void findMenuItem_actionPerformed()
1766   {
1767     new Finder(alignPanel);
1768   }
1769
1770   /**
1771    * create a new view derived from the current view
1772    *
1773    * @param viewtitle
1774    * @return frame for the new view
1775    */
1776   public AlignFrame newView(String viewtitle)
1777   {
1778     AlignmentI newal;
1779     if (viewport.hasHiddenRows)
1780     {
1781       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()
1782               .getFullAlignment().getSequencesArray());
1783     }
1784     else
1785     {
1786       newal = new Alignment(viewport.alignment.getSequencesArray());
1787     }
1788
1789     if (viewport.alignment.getAlignmentAnnotation() != null)
1790     {
1791       for (int i = 0; i < viewport.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1792       {
1793         if (!viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)
1794         {
1795           newal
1796                   .addAnnotation(viewport.alignment
1797                           .getAlignmentAnnotation()[i]);
1798         }
1799       }
1800     }
1801
1802     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);
1803
1804     newaf.viewport.sequenceSetID = alignPanel.av.getSequenceSetId();
1805     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());
1806     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel, newaf.alignPanel.av
1807             .getSequenceSetId());
1808
1809     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,
1810             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());
1811     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,
1812             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());
1813
1814     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport
1815             .getSequenceSetId());
1816     int viewSize = -1;
1817     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)
1818     {
1819       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)
1820       {
1821         viewSize++;
1822       }
1823     }
1824
1825     String title = new String(this.getTitle());
1826     if (viewtitle != null)
1827     {
1828       title = viewtitle + " ( " + title + ")";
1829     }
1830     else
1831     {
1832       if (title.indexOf("(View") > -1)
1833       {
1834         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));
1835       }
1836       title += "(View " + viewSize + ")";
1837     }
1838
1839     newaf.setTitle(title.toString());
1840
1841     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;
1842     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;
1843     return newaf;
1844   }
1845
1846   /**
1847    *
1848    * @return list of feature groups on the view
1849    */
1850   public String[] getFeatureGroups()
1851   {
1852     FeatureRenderer fr = null;
1853     if (alignPanel != null
1854             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)
1855     {
1856       return fr.getGroups();
1857     }
1858     return null;
1859   }
1860
1861   /**
1862    * get sequence feature groups that are hidden or shown
1863    *
1864    * @param visible
1865    *                true is visible
1866    * @return list
1867    */
1868   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)
1869   {
1870     FeatureRenderer fr = null;
1871     if (alignPanel != null
1872             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)
1873     {
1874       return fr.getGroups(visible);
1875     }
1876     return null;
1877   }
1878
1879   /**
1880    * Change the display state for the given feature groups
1881    *
1882    * @param groups
1883    *                list of group strings
1884    * @param state
1885    *                visible or invisible
1886    */
1887   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)
1888   {
1889     FeatureRenderer fr = null;
1890     this.sequenceFeatures.setState(true);
1891     viewport.showSequenceFeatures(true);
1892     if (alignPanel != null
1893             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)
1894     {
1895       fr.setGroupState(groups, state);
1896       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();
1897       if (alignPanel.overviewPanel != null)
1898       {
1899         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
1900       }
1901     }
1902   }
1903
1904   public void seqLimits_itemStateChanged()
1905   {
1906     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());
1907     alignPanel.fontChanged();
1908     alignPanel.paintAlignment(true);
1909   }
1910
1911   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()
1912   {
1913     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());
1914     alignPanel.paintAlignment(true);
1915   }
1916
1917   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()
1918   {
1919     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());
1920     alignPanel.paintAlignment(true);
1921   }
1922
1923   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()
1924   {
1925     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());
1926     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());
1927     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());
1928     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());
1929     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());
1930     alignPanel.paintAlignment(true);
1931   }
1932
1933   public void overviewMenuItem_actionPerformed()
1934   {
1935     if (alignPanel.overviewPanel != null)
1936     {
1937       return;
1938     }
1939
1940     Frame frame = new Frame();
1941     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);
1942     frame.add(overview);
1943     // +50 must allow for applet frame window
1944     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),
1945             overview.getPreferredSize().width,
1946             overview.getPreferredSize().height + 50);
1947
1948     frame.pack();
1949     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
1950     {
1951       public void windowClosing(WindowEvent e)
1952       {
1953         alignPanel.setOverviewPanel(null);
1954       };
1955     });
1956
1957     alignPanel.setOverviewPanel(overview);
1958
1959   }
1960
1961   void changeColour(ColourSchemeI cs)
1962   {
1963     int threshold = 0;
1964
1965     if (cs != null)
1966     {
1967       if (viewport.getAbovePIDThreshold())
1968       {
1969         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,
1970                 "Background");
1971
1972         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());
1973
1974         viewport.setGlobalColourScheme(cs);
1975       }
1976       else
1977       {
1978         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());
1979       }
1980
1981       if (viewport.getConservationSelected())
1982       {
1983
1984         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;
1985         Conservation c = new Conservation("All",
1986                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0, al
1987                         .getWidth() - 1);
1988
1989         c.calculate();
1990         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);
1991
1992         cs.setConservation(c);
1993
1994         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,
1995                 cs, "Background"));
1996
1997       }
1998       else
1999       {
2000         cs.setConservation(null);
2001       }
2002
2003       cs.setConsensus(viewport.hconsensus);
2004
2005     }
2006     viewport.setGlobalColourScheme(cs);
2007
2008     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())
2009     {
2010       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();
2011       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
2012       {
2013         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);
2014
2015         if (cs == null)
2016         {
2017           sg.cs = null;
2018           continue;
2019         }
2020         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)
2021         {
2022           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg
2023                   .getSequences(viewport.hiddenRepSequences), sg.getWidth());
2024         }
2025         else
2026         {
2027           try
2028           {
2029             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();
2030           } catch (Exception ex)
2031           {
2032             ex.printStackTrace();
2033             sg.cs = cs;
2034           }
2035         }
2036
2037         if (viewport.getAbovePIDThreshold()
2038                 || cs instanceof PIDColourScheme
2039                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)
2040         {
2041           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());
2042           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
2043                   .getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0, sg
2044                   .getWidth()));
2045         }
2046         else
2047         {
2048           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());
2049         }
2050
2051         if (viewport.getConservationSelected())
2052         {
2053           Conservation c = new Conservation("Group",
2054                   ResidueProperties.propHash, 3, sg
2055                           .getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0,
2056                   viewport.alignment.getWidth() - 1);
2057           c.calculate();
2058           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);
2059           sg.cs.setConservation(c);
2060         }
2061         else
2062         {
2063           sg.cs.setConservation(null);
2064           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());
2065         }
2066
2067       }
2068     }
2069
2070     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)
2071     {
2072       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();
2073     }
2074
2075     jalview.structure.StructureSelectionManager
2076             .getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(
2077                     alignPanel);
2078
2079     alignPanel.paintAlignment(true);
2080   }
2081
2082   protected void modifyPID_actionPerformed()
2083   {
2084     if (viewport.getAbovePIDThreshold()
2085             && viewport.globalColourScheme != null)
2086     {
2087       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, viewport
2088               .getGlobalColourScheme(), "Background");
2089       SliderPanel.showPIDSlider();
2090     }
2091   }
2092
2093   protected void modifyConservation_actionPerformed()
2094   {
2095     if (viewport.getConservationSelected()
2096             && viewport.globalColourScheme != null)
2097     {
2098       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,
2099               viewport.globalColourScheme, "Background");
2100       SliderPanel.showConservationSlider();
2101     }
2102   }
2103
2104   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()
2105   {
2106     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());
2107
2108     viewport.setAbovePIDThreshold(false);
2109     abovePIDThreshold.setState(false);
2110
2111     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());
2112
2113     modifyConservation_actionPerformed();
2114   }
2115
2116   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()
2117   {
2118     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());
2119
2120     conservationMenuItem.setState(false);
2121     viewport.setConservationSelected(false);
2122
2123     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());
2124
2125     modifyPID_actionPerformed();
2126   }
2127   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()
2128   {
2129     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
2130     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport
2131             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);
2132
2133     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,
2134             viewport.alignment));
2135     alignPanel.paintAlignment(true);
2136   }
2137
2138   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()
2139   {
2140     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
2141     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());
2142     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder,
2143             viewport.alignment));
2144     alignPanel.paintAlignment(true);
2145   }
2146
2147   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()
2148   {
2149     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
2150     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());
2151     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,
2152             viewport.alignment));
2153     alignPanel.paintAlignment(true);
2154
2155   }
2156
2157   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()
2158   {
2159     new RedundancyPanel(alignPanel);
2160   }
2161
2162   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()
2163   {
2164     if (viewport.getSelectionGroup() != null
2165             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)
2166     {
2167       Frame frame = new Frame();
2168       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));
2169       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,
2170               500);
2171     }
2172   }
2173
2174   public void PCAMenuItem_actionPerformed()
2175   {
2176     // are the sequences aligned?
2177     if (!viewport.alignment.isAligned())
2178     {
2179       SequenceI current;
2180       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();
2181
2182       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)
2183       {
2184         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);
2185
2186         if (current.getLength() < Width)
2187         {
2188           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());
2189         }
2190       }
2191       alignPanel.paintAlignment(true);
2192     }
2193
2194     if ((viewport.getSelectionGroup() != null
2195             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport
2196             .getSelectionGroup().getSize() > 0)
2197             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)
2198     {
2199       return;
2200     }
2201
2202     try
2203     {
2204       new PCAPanel(viewport);
2205     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)
2206     {
2207     }
2208
2209   }
2210
2211   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()
2212   {
2213     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");
2214   }
2215
2216   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()
2217   {
2218     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");
2219   }
2220
2221   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()
2222   {
2223     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");
2224   }
2225
2226   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()
2227   {
2228     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");
2229   }
2230
2231   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)
2232   {
2233     // are the sequences aligned?
2234     if (!viewport.alignment.isAligned())
2235     {
2236       SequenceI current;
2237       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();
2238
2239       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)
2240       {
2241         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);
2242
2243         if (current.getLength() < Width)
2244         {
2245           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());
2246         }
2247       }
2248       alignPanel.paintAlignment(true);
2249
2250     }
2251
2252     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport
2253             .getSelectionGroup().getSize() > 1)
2254             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.alignment
2255                     .getHeight() > 1))
2256     {
2257       final TreePanel tp = new TreePanel(viewport, type, pwType);
2258
2259       addTreeMenuItem(tp, title);
2260
2261       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);
2262     }
2263   }
2264
2265   void loadTree_actionPerformed()
2266   {
2267     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);
2268     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");
2269     cap.setTreeImport();
2270     Frame frame = new Frame();
2271     frame.add(cap);
2272     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);
2273   }
2274
2275   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)
2276   {
2277     TreePanel tp = new TreePanel(viewport, treeFile, "From File - ", tree);
2278     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);
2279     addTreeMenuItem(tp, treeFile);
2280   }
2281   /**
2282    * sort the alignment using the given treePanel
2283    * @param treePanel tree used to sort view
2284    * @param title string used for undo event name
2285    */
2286   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)
2287   {
2288     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
2289     AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel
2290             .getTree());
2291     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,
2292     // HistoryItem.SORT));
2293     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by "+title, oldOrder,
2294             viewport.alignment));
2295     alignPanel.paintAlignment(true);
2296   }
2297   /**
2298    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to the menu structure for the new tree
2299    * @param treePanel
2300    * @param title
2301    */
2302   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, final String title)
2303   {
2304     final MenuItem item = new MenuItem(title);
2305     sortByTreeMenu.add(item);
2306     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
2307     {
2308       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
2309       {
2310         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());
2311       }
2312     });
2313
2314     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()
2315     {
2316       public void windowOpened(WindowEvent e)
2317       {
2318         if (viewport.sortByTree)
2319         {
2320           sortByTree(treePanel, title);
2321         }
2322         super.windowOpened(e);
2323       }
2324
2325       public void windowClosing(WindowEvent e)
2326       {
2327         sortByTreeMenu.remove(item);
2328       };
2329     });
2330   }
2331
2332   protected void documentation_actionPerformed()
2333   {
2334     showURL("http://www.jalview.org/help.html", "HELP");
2335   }
2336
2337   protected void about_actionPerformed()
2338   {
2339
2340     class AboutPanel extends Canvas
2341     {
2342       String version;
2343
2344       public AboutPanel(String version)
2345       {
2346         this.version = version;
2347       }
2348
2349       public void paint(Graphics g)
2350       {
2351         g.setColor(Color.white);
2352         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
2353         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));
2354         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2355         int fh = fm.getHeight();
2356         int y = 5, x = 7;
2357         g.setColor(Color.black);
2358         // TODO: update this text for each release or centrally store it for
2359         // lite and application
2360         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));
2361         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);
2362         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));
2363         g
2364                 .drawString(
2365                         "Authors:  Andrew Waterhouse, Jim Procter, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",
2366                         x, y += fh * 1.5);
2367         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);
2368         g
2369                 .drawString(
2370                         "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",
2371                         x, y += fh);
2372         g
2373                 .drawString(
2374                         "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",
2375                         x, y += fh);
2376         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);
2377         g.drawString(
2378                         "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",x,y+=fh);
2379         g.drawString("Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",x,y+=fh);
2380         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",x,y+=fh);
2381       }
2382     }
2383
2384     String version = "test";
2385     java.net.URL url = getClass().getResource("/.build_properties");
2386     if (url != null)
2387     {
2388       try
2389       {
2390         BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
2391                 url.openStream()));
2392         String line;
2393         while ((line = reader.readLine()) != null)
2394         {
2395           if (line.indexOf("VERSION") > -1)
2396           {
2397             version = line.substring(line.indexOf("=") + 1);
2398           }
2399         }
2400       } catch (Exception ex)
2401       {
2402         ex.printStackTrace();
2403       }
2404     }
2405
2406     Frame frame = new Frame();
2407     frame.add(new AboutPanel(version));
2408     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);
2409
2410   }
2411
2412   public void showURL(String url, String target)
2413   {
2414     if (viewport.applet == null)
2415     {
2416       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");
2417     }
2418     else
2419     {
2420       try
2421       {
2422         if (url.indexOf(":")==-1)
2423         {
2424           // TODO: verify (Bas Vroling bug) prepend codebase or server URL to form valid URL
2425           if (url.indexOf("/")==0)
2426           {
2427             String codebase = viewport.applet.getCodeBase().toString();
2428             url = codebase.substring(0,codebase.length()-viewport.applet.getCodeBase().getFile().length())+url;
2429           } else {
2430             url = viewport.applet.getCodeBase()+url;
2431           }
2432           System.out.println("Show url (prepended codebase): " + url);
2433         } else {
2434           System.out.println("Show url: " + url);
2435         }
2436         viewport.applet.getAppletContext().showDocument(
2437                 new java.net.URL(url), target);
2438       } catch (Exception ex)
2439       {
2440         ex.printStackTrace();
2441       }
2442     }
2443   }
2444
2445   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
2446   // JBuilder Graphics here
2447
2448   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();
2449
2450   Menu fileMenu = new Menu("File");
2451
2452   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");
2453
2454   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");
2455
2456   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");
2457
2458   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");
2459
2460   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");
2461
2462   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");
2463
2464   Menu editMenu = new Menu("Edit");
2465
2466   Menu viewMenu = new Menu("View");
2467
2468   Menu colourMenu = new Menu("Colour");
2469
2470   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");
2471
2472   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");
2473
2474   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");
2475
2476   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");
2477
2478   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();
2479
2480   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();
2481
2482   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();
2483
2484   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();
2485
2486   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();
2487
2488   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();
2489
2490   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();
2491
2492   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();
2493
2494   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();
2495
2496   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();
2497
2498   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();
2499
2500   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();
2501
2502   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();
2503
2504   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();
2505
2506   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
2507
2508   public Label statusBar = new Label();
2509
2510   Menu outputTextboxMenu = new Menu();
2511
2512   MenuItem clustalColour = new MenuItem();
2513
2514   MenuItem zappoColour = new MenuItem();
2515
2516   MenuItem taylorColour = new MenuItem();
2517
2518   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
2519
2520   MenuItem helixColour = new MenuItem();
2521
2522   MenuItem strandColour = new MenuItem();
2523
2524   MenuItem turnColour = new MenuItem();
2525
2526   MenuItem buriedColour = new MenuItem();
2527
2528   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
2529
2530   MenuItem PIDColour = new MenuItem();
2531
2532   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
2533
2534   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();
2535
2536   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();
2537
2538   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();
2539
2540   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();
2541
2542   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();
2543
2544   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");
2545
2546   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();
2547
2548   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();
2549
2550   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();
2551
2552   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
2553
2554   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
2555
2556   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();
2557
2558   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();
2559
2560   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();
2561
2562   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();
2563
2564   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();
2565
2566   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();
2567
2568   MenuItem delete = new MenuItem();
2569
2570   MenuItem copy = new MenuItem();
2571
2572   MenuItem cut = new MenuItem();
2573
2574   Menu pasteMenu = new Menu();
2575
2576   MenuItem pasteNew = new MenuItem();
2577
2578   MenuItem pasteThis = new MenuItem();
2579
2580   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();
2581
2582   MenuItem font = new MenuItem();
2583
2584   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();
2585
2586   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();
2587
2588   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();
2589
2590   MenuItem modifyPID = new MenuItem();
2591
2592   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();
2593
2594   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(
2595           "Autocalculate Consensus", true);
2596
2597   Menu sortByTreeMenu = new Menu();
2598
2599   Menu sort = new Menu();
2600
2601   Menu calculate = new Menu();
2602
2603   MenuItem inputText = new MenuItem();
2604
2605   Menu helpMenu = new Menu();
2606
2607   MenuItem documentation = new MenuItem();
2608
2609   MenuItem about = new MenuItem();
2610
2611   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();
2612
2613   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();
2614
2615   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();
2616
2617   private void jbInit() throws Exception
2618   {
2619
2620     setMenuBar(alignFrameMenuBar);
2621
2622     MenuItem item;
2623
2624     // dynamically fill save as menu with available formats
2625     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
2626     {
2627
2628       item = new MenuItem(
2629               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
2630
2631       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
2632       {
2633         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2634         {
2635           outputText_actionPerformed(e);
2636         }
2637       });
2638
2639       outputTextboxMenu.add(item);
2640     }
2641     closeMenuItem.addActionListener(this);
2642     loadApplication.addActionListener(this);
2643
2644     loadTree.addActionListener(this);
2645     loadAnnotations.addActionListener(this);
2646     outputFeatures.addActionListener(this);
2647     outputAnnotations.addActionListener(this);
2648     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);
2649     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);
2650     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);
2651     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");
2652     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);
2653     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");
2654     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);
2655     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");
2656     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);
2657     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");
2658     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);
2659     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");
2660     viewBoxesMenuItem.setState(true);
2661     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);
2662     viewTextMenuItem.setLabel("Text");
2663     viewTextMenuItem.setState(true);
2664     viewTextMenuItem.addItemListener(this);
2665     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");
2666     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);
2667     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");
2668     sortIDMenuItem.addActionListener(this);
2669     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");
2670     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);
2671     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");
2672     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);
2673     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");
2674     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);
2675     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");
2676     PCAMenuItem.addActionListener(this);
2677     averageDistanceTreeMenuItem
2678             .setLabel("Average Distance Using % Identity");
2679     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);
2680     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");
2681     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);
2682     statusBar.setBackground(Color.white);
2683     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
2684     statusBar.setText("Status bar");
2685     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");
2686     clustalColour.setLabel("Clustalx");
2687
2688     clustalColour.addActionListener(this);
2689     zappoColour.setLabel("Zappo");
2690     zappoColour.addActionListener(this);
2691     taylorColour.setLabel("Taylor");
2692     taylorColour.addActionListener(this);
2693     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
2694     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
2695     helixColour.setLabel("Helix Propensity");
2696     helixColour.addActionListener(this);
2697     strandColour.setLabel("Strand Propensity");
2698     strandColour.addActionListener(this);
2699     turnColour.setLabel("Turn Propensity");
2700     turnColour.addActionListener(this);
2701     buriedColour.setLabel("Buried Index");
2702     buriedColour.addActionListener(this);
2703     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");
2704     userDefinedColour.addActionListener(this);
2705     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
2706     PIDColour.addActionListener(this);
2707     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");
2708     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
2709     avDistanceTreeBlosumMenuItem
2710             .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");
2711     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);
2712     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");
2713     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);
2714     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");
2715     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);
2716     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");
2717     colourTextMenuItem.addItemListener(this);
2718     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show non-conserved");
2719     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);
2720     alProperties.addActionListener(this);
2721     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");
2722     overviewMenuItem.addActionListener(this);
2723     undoMenuItem.setEnabled(false);
2724     undoMenuItem.setLabel("Undo");
2725     undoMenuItem.addActionListener(this);
2726     redoMenuItem.setEnabled(false);
2727     redoMenuItem.setLabel("Redo");
2728     redoMenuItem.addActionListener(this);
2729     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");
2730     conservationMenuItem.addItemListener(this);
2731     noColourmenuItem.setLabel("None");
2732     noColourmenuItem.addActionListener(this);
2733     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");
2734     wrapMenuItem.addItemListener(this);
2735     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");
2736     renderGapsMenuItem.setState(true);
2737     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);
2738     findMenuItem.setLabel("Find...");
2739     findMenuItem.addActionListener(this);
2740     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");
2741     abovePIDThreshold.addItemListener(this);
2742     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");
2743     nucleotideColour.addActionListener(this);
2744     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");
2745     deleteGroups.addActionListener(this);
2746     copy.setLabel("Copy");
2747     copy.addActionListener(this);
2748     cut.setLabel("Cut");
2749     cut.addActionListener(this);
2750     delete.setLabel("Delete");
2751     delete.addActionListener(this);
2752     pasteMenu.setLabel("Paste");
2753     pasteNew.setLabel("To New Alignment");
2754     pasteNew.addActionListener(this);
2755     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");
2756     pasteThis.addActionListener(this);
2757     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");
2758     applyToAllGroups.setState(true);
2759     applyToAllGroups.addItemListener(this);
2760     font.setLabel("Font...");
2761     font.addActionListener(this);
2762     scaleAbove.setLabel("Scale Above");
2763     scaleAbove.setState(true);
2764     scaleAbove.setEnabled(false);
2765     scaleAbove.addItemListener(this);
2766     scaleLeft.setEnabled(false);
2767     scaleLeft.setState(true);
2768     scaleLeft.setLabel("Scale Left");
2769     scaleLeft.addItemListener(this);
2770     scaleRight.setEnabled(false);
2771     scaleRight.setState(true);
2772     scaleRight.setLabel("Scale Right");
2773     scaleRight.addItemListener(this);
2774     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");
2775     modifyPID.addActionListener(this);
2776     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");
2777     modifyConservation.addActionListener(this);
2778     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");
2779     sort.setLabel("Sort");
2780     calculate.setLabel("Calculate Tree");
2781     autoCalculate.addItemListener(this);
2782     inputText.setLabel("Input from textbox");
2783     inputText.addActionListener(this);
2784     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");
2785     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);
2786     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");
2787     followMouseOverFlag.addItemListener(this);
2788     helpMenu.setLabel("Help");
2789     documentation.setLabel("Documentation");
2790     documentation.addActionListener(this);
2791
2792     about.setLabel("About...");
2793     about.addActionListener(this);
2794     seqLimits.setState(true);
2795     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");
2796     seqLimits.addItemListener(this);
2797     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");
2798     featureSettings.addActionListener(this);
2799     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");
2800     sequenceFeatures.addItemListener(this);
2801     sequenceFeatures.setState(false);
2802     annotationColour.setLabel("by Annotation...");
2803     annotationColour.addActionListener(this);
2804     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");
2805     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");
2806     menu1.setLabel("Show");
2807     showColumns.setLabel("All Columns ");
2808     showSeqs.setLabel("All Sequences");
2809     menu2.setLabel("Hide");
2810     hideColumns.setLabel("Selected Columns");
2811     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");
2812     invertColSel.addActionListener(this);
2813     showColumns.addActionListener(this);
2814     showSeqs.addActionListener(this);
2815     hideColumns.addActionListener(this);
2816     hideSequences.addActionListener(this);
2817     formatMenu.setLabel("Format");
2818     selectMenu.setLabel("Select");
2819     newView.setLabel("New View");
2820     newView.addActionListener(this);
2821     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);
2822     alignFrameMenuBar.add(editMenu);
2823     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);
2824     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);
2825     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);
2826     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);
2827     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);
2828     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);
2829
2830     fileMenu.add(inputText);
2831     fileMenu.add(loadTree);
2832     fileMenu.add(loadAnnotations);
2833
2834     fileMenu.addSeparator();
2835     fileMenu.add(outputTextboxMenu);
2836     fileMenu.add(outputFeatures);
2837     fileMenu.add(outputAnnotations);
2838
2839     if (jalviewServletURL != null)
2840     {
2841       fileMenu.add(loadApplication);
2842     }
2843
2844     fileMenu.addSeparator();
2845     fileMenu.add(closeMenuItem);
2846
2847     editMenu.add(undoMenuItem);
2848     editMenu.add(redoMenuItem);
2849     editMenu.add(cut);
2850     editMenu.add(copy);
2851     editMenu.add(pasteMenu);
2852     editMenu.add(delete);
2853     editMenu.addSeparator();
2854     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);
2855     editMenu.add(remove2RightMenuItem);
2856     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);
2857     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);
2858     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);
2859     viewMenu.add(newView);
2860     viewMenu.addSeparator();
2861     viewMenu.add(menu1);
2862     viewMenu.add(menu2);
2863     viewMenu.addSeparator();
2864     viewMenu.add(followMouseOverFlag);
2865     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);
2866     viewMenu.addSeparator();
2867     viewMenu.add(sequenceFeatures);
2868     viewMenu.add(featureSettings);
2869     viewMenu.addSeparator();
2870     viewMenu.add(alProperties);
2871     viewMenu.addSeparator();
2872     viewMenu.add(overviewMenuItem);
2873     colourMenu.add(applyToAllGroups);
2874     colourMenu.addSeparator();
2875     colourMenu.add(noColourmenuItem);
2876     colourMenu.add(clustalColour);
2877     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
2878     colourMenu.add(PIDColour);
2879     colourMenu.add(zappoColour);
2880     colourMenu.add(taylorColour);
2881     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
2882     colourMenu.add(helixColour);
2883     colourMenu.add(strandColour);
2884     colourMenu.add(turnColour);
2885     colourMenu.add(buriedColour);
2886     colourMenu.add(nucleotideColour);
2887     colourMenu.add(userDefinedColour);
2888     colourMenu.addSeparator();
2889     colourMenu.add(conservationMenuItem);
2890     colourMenu.add(modifyConservation);
2891     colourMenu.add(abovePIDThreshold);
2892     colourMenu.add(modifyPID);
2893     colourMenu.add(annotationColour);
2894     calculateMenu.add(sort);
2895     calculateMenu.add(calculate);
2896     calculateMenu.addSeparator();
2897     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);
2898     calculateMenu.add(PCAMenuItem);
2899     calculateMenu.add(autoCalculate);
2900     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);
2901     pasteMenu.add(pasteNew);
2902     pasteMenu.add(pasteThis);
2903     sort.add(sortIDMenuItem);
2904     sort.add(sortByTreeMenu);
2905     sort.add(sortGroupMenuItem);
2906     sort.add(sortPairwiseMenuItem);
2907     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);
2908     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);
2909     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);
2910     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);
2911     helpMenu.add(documentation);
2912     helpMenu.add(about);
2913     menu1.add(showColumns);
2914     menu1.add(showSeqs);
2915     menu2.add(hideColumns);
2916     menu2.add(hideSequences);
2917     formatMenu.add(font);
2918     formatMenu.add(seqLimits);
2919     formatMenu.add(wrapMenuItem);
2920     formatMenu.add(scaleAbove);
2921     formatMenu.add(scaleLeft);
2922     formatMenu.add(scaleRight);
2923     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);
2924     formatMenu.add(viewTextMenuItem);
2925     formatMenu.add(colourTextMenuItem);
2926     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);
2927     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);
2928     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);
2929     selectMenu.add(findMenuItem);
2930     selectMenu.addSeparator();
2931     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);
2932     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);
2933     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);
2934     selectMenu.add(invertColSel);
2935     selectMenu.add(deleteGroups);
2936   }
2937
2938   MenuItem featureSettings = new MenuItem();
2939
2940   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();
2941
2942   MenuItem annotationColour = new MenuItem();
2943
2944   MenuItem invertColSel = new MenuItem();
2945
2946   Menu menu1 = new Menu();
2947
2948   MenuItem showColumns = new MenuItem();
2949
2950   MenuItem showSeqs = new MenuItem();
2951
2952   Menu menu2 = new Menu();
2953
2954   MenuItem hideColumns = new MenuItem();
2955
2956   MenuItem hideSequences = new MenuItem();
2957
2958   Menu formatMenu = new Menu();
2959
2960   Menu selectMenu = new Menu();
2961
2962   MenuItem newView = new MenuItem();
2963
2964   /**
2965    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used
2966    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a
2967    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.
2968    *
2969    * @param reallyEmbedded
2970    *                true to attach the view to the applet area on the page
2971    *                rather than in a new window
2972    */
2973   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)
2974   {
2975     if (reallyEmbedded)
2976     {
2977       // ////
2978       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet
2979       //
2980       // view cannot be closed if its actually on the page
2981       fileMenu.remove(closeMenuItem);
2982       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator
2983       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",
2984               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.
2985       // and actually add the components to the applet area
2986       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());
2987       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);
2988       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);
2989       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width, viewport.applet
2990               .getSize().height
2991               - embeddedMenu.HEIGHT - statusBar.HEIGHT);
2992       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);
2993       viewport.applet.validate();
2994     }
2995     else
2996     {
2997       // //////
2998       // test and embed menu bar if necessary.
2999       //
3000       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))
3001       {
3002         // adjust for status bar height too
3003         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height
3004                 - statusBar.HEIGHT);
3005       }
3006       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);
3007       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);
3008       // and register with the applet so it can pass external API calls to us
3009       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,
3010               DEFAULT_HEIGHT);
3011     }
3012   }
3013 }