src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.net.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 \r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.analysis.*;\r
  30 import jalview.commands.*;\r
  31 import jalview.datamodel.*;\r
  32 import jalview.io.*;\r
  33 import jalview.schemes.*;\r
  34 \r
  35 public class AlignFrame\r
  36     extends Frame implements ActionListener,\r
  37     ItemListener, KeyListener, MouseListener\r
  38 {\r
  39   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  40   public AlignViewport viewport;\r
  41   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
  42   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
  43 \r
  44   String jalviewServletURL;\r
  45 \r
  46   public AlignFrame(AlignmentI al,\r
  47                     jalview.bin.JalviewLite applet,\r
  48                     String title,\r
  49                     boolean embedded)\r
  50   {\r
  51 \r
  52     if (applet != null)\r
  53     {\r
  54       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
  55     }\r
  56 \r
  57     try\r
  58     {\r
  59       jbInit();\r
  60     }\r
  61     catch (Exception ex)\r
  62     {\r
  63       ex.printStackTrace();\r
  64     }\r
  65 \r
  66     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
  67     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  68 \r
  69     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
  70     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
  71 \r
  72     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
  73 \r
  74     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
  75 \r
  76     if (applet != null)\r
  77     {\r
  78       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
  79       if (param != null)\r
  80       {\r
  81         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
  82         {\r
  83           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
  84         }\r
  85         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
  86         {\r
  87           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
  88         }\r
  89       }\r
  90 \r
  91       param = applet.getParameter("wrap");\r
  92       if (param != null)\r
  93       {\r
  94         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
  95         {\r
  96           wrapMenuItem.setState(true);\r
  97           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
  98         }\r
  99       }\r
 100 \r
 101       try\r
 102       {\r
 103         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 104         if (param != null)\r
 105         {\r
 106           int width = Integer.parseInt(param);\r
 107           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 108         }\r
 109         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 110         if (param != null)\r
 111         {\r
 112           int height = Integer.parseInt(param);\r
 113           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 114         }\r
 115       }\r
 116       catch (Exception ex)\r
 117       {}\r
 118 \r
 119     }\r
 120 \r
 121     //Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 122     //Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for now\r
 123     this.addKeyListener(this);\r
 124     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 125     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 126     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 127     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 128 \r
 129     if (embedded)\r
 130     {\r
 131       setEmbedded();\r
 132     }\r
 133     else\r
 134     {\r
 135       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 136       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
 137                                        DEFAULT_HEIGHT);\r
 138     }\r
 139     alignPanel.validate();\r
 140     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 144   {\r
 145     return viewport;\r
 146   }\r
 147 \r
 148   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 149   {\r
 150     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 151   }\r
 152 \r
 153   /**\r
 154    * DOCUMENT ME!\r
 155    *\r
 156    * @param String DOCUMENT ME!\r
 157    */\r
 158 \r
 159   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 160   {\r
 161     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 162     boolean featuresFile = false;\r
 163     try\r
 164     {\r
 165       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file,\r
 166           type).parse(viewport.alignment,\r
 167                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.\r
 168                       getFeatureRenderer().featureColours,\r
 169                       featureLinks,\r
 170                       true);\r
 171     }\r
 172     catch (Exception ex)\r
 173     {\r
 174       ex.printStackTrace();\r
 175     }\r
 176 \r
 177     if (featuresFile)\r
 178     {\r
 179       if (featureLinks.size() > 0)\r
 180       {\r
 181         alignPanel.seqPanel.seqCanvas\r
 182             .getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 183       }\r
 184       viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 185       sequenceFeatures.setState(true);\r
 186       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 187     }\r
 188 \r
 189   }\r
 190 \r
 191   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 192   {\r
 193     if (viewport.cursorMode\r
 194         && evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0\r
 195         && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9)\r
 196     {\r
 197       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 198     }\r
 199 \r
 200     switch (evt.getKeyCode())\r
 201     {\r
 202       case 27: // escape key\r
 203         deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 204         break;\r
 205       case KeyEvent.VK_X:\r
 206         if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 207         {\r
 208           cut_actionPerformed();\r
 209         }\r
 210         break;\r
 211       case KeyEvent.VK_C:\r
 212         if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 213         {\r
 214           alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 215         }\r
 216         if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 217         {\r
 218           copy_actionPerformed();\r
 219         }\r
 220         break;\r
 221       case KeyEvent.VK_V:\r
 222         if (evt.isControlDown())\r
 223         {\r
 224           paste(evt.isShiftDown());\r
 225         }\r
 226         break;\r
 227       case KeyEvent.VK_A:\r
 228         if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 229         {\r
 230           selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 231         }\r
 232         break;\r
 233       case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 234         if (viewport.cursorMode)\r
 235         {\r
 236           alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 237         }\r
 238         else\r
 239         {\r
 240           moveSelectedSequences(false);\r
 241         }\r
 242         break;\r
 243 \r
 244       case KeyEvent.VK_UP:\r
 245         if (viewport.cursorMode)\r
 246         {\r
 247           alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 248         }\r
 249         else\r
 250         {\r
 251           moveSelectedSequences(true);\r
 252         }\r
 253         break;\r
 254 \r
 255       case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 256         if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 257           slideSequences(false,\r
 258                          alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 259         else\r
 260           alignPanel.seqPanel.moveCursor( -1, 0);\r
 261         break;\r
 262 \r
 263       case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 264         if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 265           slideSequences(true,\r
 266                          alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 267         else\r
 268           alignPanel.seqPanel.moveCursor( 1, 0);\r
 269             break;\r
 270 \r
 271       case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 272         if (viewport.cursorMode)\r
 273         {\r
 274           alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 275                                                 || evt.isShiftDown()\r
 276                                                 || evt.isAltDown()\r
 277               );\r
 278         }\r
 279         break;\r
 280 \r
 281       case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 282       case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 283         if (viewport.cursorMode)\r
 284         {\r
 285           alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 286                                                 || evt.isShiftDown()\r
 287                                                 || evt.isAltDown());\r
 288         }\r
 289         else\r
 290         {\r
 291           cut_actionPerformed();\r
 292           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 293         }\r
 294         break;\r
 295 \r
 296       case KeyEvent.VK_S:\r
 297         if (viewport.cursorMode)\r
 298         {\r
 299           alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 300         }\r
 301         break;\r
 302       case KeyEvent.VK_P:\r
 303         if (viewport.cursorMode)\r
 304         {\r
 305           alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 306         }\r
 307         break;\r
 308 \r
 309       case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 310       case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 311         if (viewport.cursorMode)\r
 312         {\r
 313           alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 314         }\r
 315         break;\r
 316 \r
 317       case KeyEvent.VK_Q:\r
 318         if (viewport.cursorMode)\r
 319         {\r
 320           alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 321         }\r
 322         break;\r
 323       case KeyEvent.VK_M:\r
 324         if (viewport.cursorMode)\r
 325         {\r
 326           alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 327         }\r
 328         break;\r
 329 \r
 330       case KeyEvent.VK_F2:\r
 331         viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 332         statusBar.setText("Keyboard editing mode is " +\r
 333                           (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 334         if (viewport.cursorMode)\r
 335         {\r
 336           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 337           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 338         }\r
 339         break;\r
 340 \r
 341       case KeyEvent.VK_F:\r
 342         if (evt.isControlDown())\r
 343         {\r
 344           findMenuItem_actionPerformed();\r
 345         }\r
 346         break;\r
 347 \r
 348       case KeyEvent.VK_H:\r
 349       {\r
 350         boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 351         boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 352         boolean hide = false;\r
 353         SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 354 \r
 355         if (toggleSeqs)\r
 356         {\r
 357           if (sg != null && sg.getSize() != viewport.alignment.getHeight())\r
 358           {\r
 359             hide = true;\r
 360             viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 361           }\r
 362           else if (! (toggleCols && viewport.colSel.getSelected().size() > 0))\r
 363           {\r
 364             viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 365           }\r
 366         }\r
 367 \r
 368         if (toggleCols)\r
 369         {\r
 370           if (viewport.colSel.getSelected().size() > 0)\r
 371           {\r
 372             viewport.hideSelectedColumns();\r
 373             if (!toggleSeqs)\r
 374             {\r
 375               viewport.selectionGroup = sg;\r
 376             }\r
 377           }\r
 378           else if (!hide)\r
 379           {\r
 380             viewport.showAllHiddenColumns();\r
 381           }\r
 382         }\r
 383         break;\r
 384       }\r
 385 \r
 386       case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 387         if (viewport.wrapAlignment)\r
 388         {\r
 389           alignPanel.scrollUp(true);\r
 390         }\r
 391         else\r
 392         {\r
 393           alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes,\r
 394                                      viewport.startSeq\r
 395                                      - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 396         }\r
 397         break;\r
 398 \r
 399       case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 400         if (viewport.wrapAlignment)\r
 401         {\r
 402           alignPanel.scrollUp(false);\r
 403         }\r
 404         else\r
 405         {\r
 406           alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes,\r
 407                                      viewport.startSeq\r
 408                                      + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 409         }\r
 410         break;\r
 411 \r
 412       case KeyEvent.VK_Z:\r
 413         if (evt.isControlDown())\r
 414         {\r
 415           undoMenuItem_actionPerformed();\r
 416         }\r
 417         break;\r
 418 \r
 419       case KeyEvent.VK_Y:\r
 420         if (evt.isControlDown())\r
 421         {\r
 422           redoMenuItem_actionPerformed();\r
 423         }\r
 424         break;\r
 425 \r
 426       case KeyEvent.VK_L:\r
 427         if (evt.isControlDown())\r
 428         {\r
 429           trimAlignment(true);\r
 430         }\r
 431         break;\r
 432 \r
 433       case KeyEvent.VK_R:\r
 434         if (evt.isControlDown())\r
 435         {\r
 436           trimAlignment(false);\r
 437         }\r
 438         break;\r
 439 \r
 440       case KeyEvent.VK_E:\r
 441         if (evt.isControlDown())\r
 442         {\r
 443           if (evt.isShiftDown())\r
 444           {\r
 445             this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 446           }\r
 447           else\r
 448           {\r
 449             removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 450           }\r
 451         }\r
 452         break;\r
 453       case KeyEvent.VK_I:\r
 454         if (evt.isControlDown())\r
 455         {\r
 456           if (evt.isAltDown())\r
 457           {\r
 458             viewport.invertColumnSelection();\r
 459           }\r
 460           else\r
 461           {\r
 462             this.invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 463           }\r
 464         }\r
 465         break;\r
 466 \r
 467       case KeyEvent.VK_U:\r
 468         if (evt.isControlDown())\r
 469         {\r
 470           this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 471         }\r
 472         break;\r
 473 \r
 474       case KeyEvent.VK_T:\r
 475         if (evt.isControlDown())\r
 476         {\r
 477           newView();\r
 478         }\r
 479         break;\r
 480 \r
 481     }\r
 482     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 483   }\r
 484 \r
 485   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 486   {}\r
 487 \r
 488   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 489   {}\r
 490 \r
 491   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 492   {\r
 493     if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 494     {\r
 495       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 496     }\r
 497     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 498     {\r
 499       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 500     }\r
 501     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 502     {\r
 503       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 504     }\r
 505     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 506     {\r
 507       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 508     }\r
 509     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 510     {\r
 511       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 512     }\r
 513     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 514     {\r
 515       seqLimits_itemStateChanged();\r
 516     }\r
 517     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 518     {\r
 519       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 520     }\r
 521     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 522     {\r
 523       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 524     }\r
 525     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 526     {\r
 527       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 528     }\r
 529     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 530     {\r
 531       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 532       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 533     }\r
 534     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 535     {\r
 536       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 537       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 538     }\r
 539     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 540     {\r
 541       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 542     }\r
 543     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 544     {\r
 545       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 546     }\r
 547     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 548     {\r
 549       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 550     }\r
 551     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 552     {\r
 553       viewport.autocalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 554     }\r
 555 \r
 556     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 557   }\r
 558 \r
 559   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 560   {\r
 561     Object source = evt.getSource();\r
 562 \r
 563     if (source == inputText)\r
 564     {\r
 565       inputText_actionPerformed();\r
 566     }\r
 567     else if (source == loadTree)\r
 568     {\r
 569       loadTree_actionPerformed();\r
 570     }\r
 571     else if (source == loadApplication)\r
 572     {\r
 573       launchFullApplication();\r
 574     }\r
 575     else if (source == loadAnnotations)\r
 576     {\r
 577       loadAnnotations();\r
 578     }\r
 579     else if (source == outputAnnotations)\r
 580     {\r
 581       outputAnnotations(true);\r
 582     }\r
 583     else if (source == outputFeatures)\r
 584     {\r
 585       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 586     }\r
 587     else if (source == closeMenuItem)\r
 588     {\r
 589       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 590     }\r
 591     else if (source == copy)\r
 592     {\r
 593       copy_actionPerformed();\r
 594     }\r
 595     else if (source == undoMenuItem)\r
 596     {\r
 597       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 598     }\r
 599     else if (source == redoMenuItem)\r
 600     {\r
 601       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 602     }\r
 603     else if (source == inputText)\r
 604     {\r
 605       inputText_actionPerformed();\r
 606     }\r
 607     else if (source == closeMenuItem)\r
 608     {\r
 609       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 610     }\r
 611     else if (source == undoMenuItem)\r
 612     {\r
 613       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 614     }\r
 615     else if (source == redoMenuItem)\r
 616     {\r
 617       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 618     }\r
 619     else if (source == copy)\r
 620     {\r
 621       copy_actionPerformed();\r
 622     }\r
 623     else if (source == pasteNew)\r
 624     {\r
 625       pasteNew_actionPerformed();\r
 626     }\r
 627     else if (source == pasteThis)\r
 628     {\r
 629       pasteThis_actionPerformed();\r
 630     }\r
 631     else if (source == cut)\r
 632     {\r
 633       cut_actionPerformed();\r
 634     }\r
 635     else if (source == delete)\r
 636     {\r
 637       delete_actionPerformed();\r
 638     }\r
 639     else if (source == deleteGroups)\r
 640     {\r
 641       deleteGroups_actionPerformed();\r
 642     }\r
 643     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 644     {\r
 645       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 646     }\r
 647     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 648     {\r
 649       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 650     }\r
 651     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 652     {\r
 653       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 654     }\r
 655     else if (source == invertColSel)\r
 656     {\r
 657       viewport.invertColumnSelection();\r
 658       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 659     }\r
 660     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 661     {\r
 662       trimAlignment(true);\r
 663     }\r
 664     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 665     {\r
 666       trimAlignment(false);\r
 667     }\r
 668     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 669     {\r
 670       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 671     }\r
 672     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 673     {\r
 674       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 675     }\r
 676     else if (source == findMenuItem)\r
 677     {\r
 678       findMenuItem_actionPerformed();\r
 679     }\r
 680     else if (source == font)\r
 681     {\r
 682       new FontChooser(alignPanel);\r
 683     }\r
 684     else if (source == newView)\r
 685     {\r
 686       newView();\r
 687     }\r
 688     else if (source == showColumns)\r
 689     {\r
 690       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 691       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 692     }\r
 693     else if (source == showSeqs)\r
 694     {\r
 695       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 696     }\r
 697     else if (source == hideColumns)\r
 698     {\r
 699       viewport.hideSelectedColumns();\r
 700       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 701     }\r
 702     else if (source == hideSequences && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 703     {\r
 704       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 705     }\r
 706     else if (source == featureSettings)\r
 707     {\r
 708       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 709     }\r
 710     else if (source == overviewMenuItem)\r
 711     {\r
 712       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 713     }\r
 714     else if (source == noColourmenuItem)\r
 715     {\r
 716       changeColour(null);\r
 717     }\r
 718     else if (source == clustalColour)\r
 719     {\r
 720       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 721       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.alignment.getSequences(),\r
 722                                             viewport.alignment.getWidth()));\r
 723     }\r
 724     else if (source == zappoColour)\r
 725     {\r
 726       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 727     }\r
 728     else if (source == taylorColour)\r
 729     {\r
 730       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 731     }\r
 732     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 733     {\r
 734       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 735     }\r
 736     else if (source == helixColour)\r
 737     {\r
 738       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 739     }\r
 740     else if (source == strandColour)\r
 741     {\r
 742       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 743     }\r
 744     else if (source == turnColour)\r
 745     {\r
 746       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 747     }\r
 748     else if (source == buriedColour)\r
 749     {\r
 750       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 751     }\r
 752     else if (source == nucleotideColour)\r
 753     {\r
 754       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 755     }\r
 756     else if (source == modifyPID)\r
 757     {\r
 758       modifyPID_actionPerformed();\r
 759     }\r
 760     else if (source == modifyConservation)\r
 761     {\r
 762       modifyConservation_actionPerformed();\r
 763     }\r
 764     else if (source == userDefinedColour)\r
 765     {\r
 766       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
 767     }\r
 768     else if (source == PIDColour)\r
 769     {\r
 770       changeColour(new PIDColourScheme());\r
 771     }\r
 772     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 773     {\r
 774       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
 775     }\r
 776     else if (source == annotationColour)\r
 777     {\r
 778       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
 779     }\r
 780     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
 781     {\r
 782       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 783     }\r
 784     else if (source == sortIDMenuItem)\r
 785     {\r
 786       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 787     }\r
 788     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
 789     {\r
 790       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 791     }\r
 792     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
 793     {\r
 794       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
 795     }\r
 796     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
 797     {\r
 798       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
 799     }\r
 800     else if (source == PCAMenuItem)\r
 801     {\r
 802       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
 803     }\r
 804     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
 805     {\r
 806       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 807     }\r
 808     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
 809     {\r
 810       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 811     }\r
 812     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
 813     {\r
 814       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 815     }\r
 816     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
 817     {\r
 818       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 819     }\r
 820     else if (source == documentation)\r
 821     {\r
 822       documentation_actionPerformed();\r
 823     }\r
 824     else if (source == about)\r
 825     {\r
 826       about_actionPerformed();\r
 827     }\r
 828 \r
 829   }\r
 830 \r
 831   public void inputText_actionPerformed()\r
 832   {\r
 833     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
 834     Frame frame = new Frame();\r
 835     frame.add(cap);\r
 836     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
 837   }\r
 838 \r
 839   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 840   {\r
 841     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
 842     Frame frame = new Frame();\r
 843     frame.add(cap);\r
 844     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 845                                      "Alignment output - " + e.getActionCommand(),\r
 846                                      600, 500);\r
 847     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 848         viewport.getAlignment(),\r
 849         viewport.showJVSuffix));\r
 850   }\r
 851 \r
 852   public void loadAnnotations()\r
 853   {\r
 854     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
 855     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
 856     cap.setAnnotationImport();\r
 857     Frame frame = new Frame();\r
 858     frame.add(cap);\r
 859     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
 860 \r
 861   }\r
 862 \r
 863   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
 864   {\r
 865     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
 866         viewport.showAnnotation ? viewport.alignment.getAlignmentAnnotation() : null,\r
 867         viewport.alignment.getGroups());\r
 868 \r
 869     if (displayTextbox)\r
 870     {\r
 871       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 872       Frame frame = new Frame();\r
 873       frame.add(cap);\r
 874       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 875                                        "Annotations",\r
 876                                        600, 500);\r
 877       cap.setText(annotation);\r
 878     }\r
 879 \r
 880     return annotation;\r
 881   }\r
 882 \r
 883   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
 884   {\r
 885     String features;\r
 886     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 887     {\r
 888       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 889           viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
 890           viewport.featuresDisplayed);\r
 891     }\r
 892     else\r
 893     {\r
 894       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
 895           viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
 896           viewport.featuresDisplayed);\r
 897     }\r
 898 \r
 899     if (displayTextbox)\r
 900     {\r
 901       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 902       Frame frame = new Frame();\r
 903       frame.add(cap);\r
 904       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 905                                        "Features",\r
 906                                        600, 500);\r
 907 \r
 908       cap.setText(features);\r
 909     }\r
 910 \r
 911     return features;\r
 912   }\r
 913 \r
 914   void launchFullApplication()\r
 915   {\r
 916     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
 917 \r
 918     url.append("?open=" +\r
 919                appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
 920 \r
 921     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
 922     {\r
 923       url.append("&features=");\r
 924       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
 925     }\r
 926 \r
 927     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
 928     {\r
 929       url.append("&annotations=");\r
 930       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
 931     }\r
 932 \r
 933     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
 934     {\r
 935       url.append("&annotations=");\r
 936       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
 937     }\r
 938 \r
 939     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
 940     {\r
 941       url.append("&colour=" +\r
 942                  removeWhiteSpace(viewport.applet.getParameter("defaultColour"))\r
 943           );\r
 944     }\r
 945 \r
 946     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
 947     {\r
 948       url.append("&colour=" +\r
 949                  removeWhiteSpace(viewport.applet.getParameter(\r
 950           "userDefinedColour"))\r
 951           );\r
 952     }\r
 953 \r
 954     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
 955   }\r
 956 \r
 957   String removeWhiteSpace(String colour)\r
 958   {\r
 959     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 960     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
 961     {\r
 962       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
 963       {\r
 964         sb.append("%20");\r
 965       }\r
 966       else\r
 967       {\r
 968         sb.append(colour.charAt(i));\r
 969       }\r
 970     }\r
 971 \r
 972     return sb.toString();\r
 973   }\r
 974 \r
 975   String appendProtocol(String url)\r
 976   {\r
 977     try\r
 978     {\r
 979       new URL(url);\r
 980     }\r
 981     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
 982     {\r
 983       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
 984     }\r
 985     return url;\r
 986   }\r
 987 \r
 988   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
 989   {\r
 990     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
 991     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
 992     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
 993 \r
 994     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
 995     {\r
 996       System.exit(0);\r
 997     }\r
 998 \r
 999     this.dispose();\r
1000   }\r
1001 \r
1002   /**\r
1003    * DOCUMENT ME!\r
1004    */\r
1005   void updateEditMenuBar()\r
1006   {\r
1007 \r
1008     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1009     {\r
1010       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1011       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1012       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1013     }\r
1014     else\r
1015     {\r
1016       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1017       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1018     }\r
1019 \r
1020     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1021     {\r
1022       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1023 \r
1024       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1025       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1026     }\r
1027     else\r
1028     {\r
1029       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1030       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1031     }\r
1032   }\r
1033 \r
1034   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1035   {\r
1036     if (command.getSize() > 0)\r
1037     {\r
1038       viewport.historyList.push(command);\r
1039       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1040       updateEditMenuBar();\r
1041       viewport.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1042     }\r
1043   }\r
1044 \r
1045   /**\r
1046    * DOCUMENT ME!\r
1047    *\r
1048    * @param e DOCUMENT ME!\r
1049    */\r
1050   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1051   {\r
1052     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1053     {\r
1054       return;\r
1055     }\r
1056 \r
1057     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1058     viewport.redoList.push(command);\r
1059     command.undoCommand();\r
1060 \r
1061     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1062 \r
1063     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1064     updateEditMenuBar();\r
1065     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1066                                       originalSource.alignment.getSequences());\r
1067   }\r
1068 \r
1069   /**\r
1070    * DOCUMENT ME!\r
1071    *\r
1072    * @param e DOCUMENT ME!\r
1073    */\r
1074   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1075   {\r
1076     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1077     {\r
1078       return;\r
1079     }\r
1080 \r
1081     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1082     viewport.historyList.push(command);\r
1083     command.doCommand();\r
1084 \r
1085     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1086     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1087 \r
1088     updateEditMenuBar();\r
1089     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1090                                       originalSource.alignment.getSequences());\r
1091   }\r
1092 \r
1093   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1094   {\r
1095     AlignViewport originalSource = null;\r
1096     //For sequence removal and addition, we need to fire\r
1097     //the property change event FROM the viewport where the\r
1098     //original alignment was altered\r
1099     AlignmentI al = null;\r
1100     if (command instanceof EditCommand)\r
1101     {\r
1102       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1103       al = editCommand.getAlignment();\r
1104       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components\r
1105           .get(viewport.getSequenceSetId());\r
1106       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1107       {\r
1108         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1109         {\r
1110           if (al == ( (AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.alignment)\r
1111           {\r
1112             originalSource = ( (AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1113             break;\r
1114           }\r
1115         }\r
1116       }\r
1117     }\r
1118 \r
1119     if (originalSource == null)\r
1120     {\r
1121       //The original view is closed, we must validate\r
1122       //the current view against the closed view first\r
1123       if (al != null)\r
1124       {\r
1125         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.alignment);\r
1126       }\r
1127 \r
1128       originalSource = viewport;\r
1129     }\r
1130 \r
1131     return originalSource;\r
1132   }\r
1133 \r
1134   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1135   {\r
1136     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1137     if (sg == null)\r
1138     {\r
1139       return;\r
1140     }\r
1141 \r
1142     if (up)\r
1143     {\r
1144       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1145       {\r
1146         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1147         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1148         {\r
1149           continue;\r
1150         }\r
1151 \r
1152         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
1153         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1154         {\r
1155           continue;\r
1156         }\r
1157 \r
1158         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1159         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1160       }\r
1161     }\r
1162     else\r
1163     {\r
1164       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1165       {\r
1166         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1167         if (!sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(seq))\r
1168         {\r
1169           continue;\r
1170         }\r
1171 \r
1172         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
1173         if (sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(temp))\r
1174         {\r
1175           continue;\r
1176         }\r
1177 \r
1178         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1179         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1180       }\r
1181     }\r
1182 \r
1183     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1184   }\r
1185 \r
1186   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1187   {\r
1188     Vector sg = new Vector();\r
1189     if(viewport.cursorMode)\r
1190     {\r
1191       sg.addElement(viewport.alignment.getSequenceAt(\r
1192           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1193     }\r
1194     else if(viewport.getSelectionGroup()!=null\r
1195         && viewport.getSelectionGroup().getSize()!=viewport.alignment.getHeight())\r
1196    {\r
1197      sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1198          viewport.hiddenRepSequences);\r
1199    }\r
1200 \r
1201     if(sg.size()<1)\r
1202     {\r
1203       return;\r
1204     }\r
1205 \r
1206     Vector invertGroup = new Vector();\r
1207 \r
1208     for (int i = 0; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1209     {\r
1210       if(!sg.contains(viewport.alignment.getSequenceAt(i)))\r
1211          invertGroup.addElement(viewport.alignment.getSequenceAt(i));\r
1212     }\r
1213 \r
1214     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1215     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1216       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1217 \r
1218     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1219     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1220       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1221 \r
1222     SlideSequencesCommand ssc;\r
1223     if (right)\r
1224       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences",\r
1225                                       seqs2, seqs1, size,\r
1226                                       viewport.getGapCharacter()\r
1227           );\r
1228     else\r
1229       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences",\r
1230                                       seqs1, seqs2, size,\r
1231                                       viewport.getGapCharacter()\r
1232           );\r
1233 \r
1234     int groupAdjustment = 0;\r
1235     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1236     {\r
1237       if (viewport.cursorMode)\r
1238         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1239       else\r
1240         groupAdjustment = size;\r
1241     }\r
1242     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1243     {\r
1244       if (viewport.cursorMode)\r
1245         alignPanel.seqPanel.moveCursor( -size, 0);\r
1246       else\r
1247         groupAdjustment = -size;\r
1248     }\r
1249 \r
1250     if (groupAdjustment != 0)\r
1251     {\r
1252       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1253           viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1254       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1255           viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1256     }\r
1257 \r
1258 \r
1259     boolean appendHistoryItem = false;\r
1260     if(viewport.historyList!=null\r
1261        && viewport.historyList.size()>0\r
1262       && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1263     {\r
1264       appendHistoryItem = ssc.appendSlideCommand(\r
1265           (SlideSequencesCommand)viewport.historyList.peek())\r
1266           ;\r
1267     }\r
1268 \r
1269     if(!appendHistoryItem)\r
1270       addHistoryItem(ssc);\r
1271 \r
1272     repaint();\r
1273   }\r
1274 \r
1275   static StringBuffer copiedSequences;\r
1276   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1277   protected void copy_actionPerformed()\r
1278   {\r
1279     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1280     {\r
1281       return;\r
1282     }\r
1283 \r
1284     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1285     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1286     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1287     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1288     {\r
1289       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1290       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
1291       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1292     }\r
1293 \r
1294     int index = 0, startRes, endRes;\r
1295     char ch;\r
1296 \r
1297     if (viewport.hasHiddenColumns && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1298     {\r
1299       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1300       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1301       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
1302            i++)\r
1303       {\r
1304         int[] region = (int[])\r
1305             viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1306 \r
1307         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1308                                        {region[0] - hiddenOffset,\r
1309                                        region[1] - hiddenOffset});\r
1310       }\r
1311     }\r
1312     else\r
1313     {\r
1314       copiedHiddenColumns = null;\r
1315     }\r
1316 \r
1317     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1318     {\r
1319       SequenceI seq = null;\r
1320 \r
1321       while (seq == null)\r
1322       {\r
1323         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1324         {\r
1325           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1326           index++;\r
1327 \r
1328           break;\r
1329         }\r
1330         else\r
1331         {\r
1332           index++;\r
1333         }\r
1334       }\r
1335 \r
1336       //FIND START RES\r
1337       //Returns residue following index if gap\r
1338       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1339 \r
1340       //FIND END RES\r
1341       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
1342       endRes = 0;\r
1343 \r
1344       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1345       {\r
1346         ch = seq.getCharAt(j);\r
1347         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
1348         {\r
1349           endRes++;\r
1350         }\r
1351       }\r
1352 \r
1353       if (endRes > 0)\r
1354       {\r
1355         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1356       }\r
1357 \r
1358       copiedSequences.append(seq.getName() + "\t" +\r
1359                              startRes + "\t" +\r
1360                              endRes + "\t" +\r
1361                              seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1362           sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1363     }\r
1364 \r
1365   }\r
1366 \r
1367   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1368   {\r
1369     paste(true);\r
1370   }\r
1371 \r
1372   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1373   {\r
1374     paste(false);\r
1375   }\r
1376 \r
1377   void paste(boolean newAlignment)\r
1378   {\r
1379     try\r
1380     {\r
1381 \r
1382       if (copiedSequences == null)\r
1383       {\r
1384         return;\r
1385       }\r
1386 \r
1387       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1388       Vector seqs = new Vector();\r
1389       while (st.hasMoreElements())\r
1390       {\r
1391         String name = st.nextToken();\r
1392         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1393         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1394         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1395       }\r
1396       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1397       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1398       {\r
1399         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1400       }\r
1401 \r
1402       if (newAlignment)\r
1403       {\r
1404         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1405         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1406         {\r
1407           newtitle = getTitle();\r
1408         }\r
1409         else\r
1410         {\r
1411           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1412         }\r
1413         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1414                                        viewport.applet,\r
1415                                        newtitle,\r
1416                                        false);\r
1417         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1418         {\r
1419           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1420           {\r
1421             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1422             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1423           }\r
1424         }\r
1425 \r
1426         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1427                                          DEFAULT_HEIGHT);\r
1428       }\r
1429       else\r
1430       {\r
1431         addSequences(newSeqs);\r
1432       }\r
1433 \r
1434     }\r
1435     catch (Exception ex)\r
1436     {} // could be anything being pasted in here\r
1437 \r
1438   }\r
1439 \r
1440   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1441   {\r
1442     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1443     {\r
1444       viewport.alignment.addSequence(seqs[i]);\r
1445     }\r
1446 \r
1447     //!newAlignment\r
1448     addHistoryItem(new EditCommand(\r
1449         "Add sequences",\r
1450         EditCommand.PASTE,\r
1451         seqs,\r
1452         0,\r
1453         viewport.alignment.getWidth(),\r
1454         viewport.alignment)\r
1455         );\r
1456 \r
1457     viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
1458     viewport.alignment.getWidth();\r
1459     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1460                                 viewport.alignment.getSequences());\r
1461 \r
1462   }\r
1463 \r
1464   protected void cut_actionPerformed()\r
1465   {\r
1466     copy_actionPerformed();\r
1467     delete_actionPerformed();\r
1468   }\r
1469 \r
1470   protected void delete_actionPerformed()\r
1471   {\r
1472 \r
1473     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1474     if (sg == null)\r
1475     {\r
1476       return;\r
1477     }\r
1478 \r
1479     Vector seqs = new Vector();\r
1480     SequenceI seq;\r
1481     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1482     {\r
1483       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1484       seqs.addElement(seq);\r
1485     }\r
1486 \r
1487     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1488     if (sg.getSize() == viewport.alignment.getHeight())\r
1489     {\r
1490       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1491           sg.getEndRes() + 1);\r
1492     }\r
1493 \r
1494     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1495     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1496     {\r
1497       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1498     }\r
1499 \r
1500     /*\r
1501          //ADD HISTORY ITEM\r
1502      */\r
1503     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences",\r
1504                                    EditCommand.CUT,\r
1505                                    cut,\r
1506                                    sg.getStartRes(),\r
1507                                    sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1508                                    viewport.alignment));\r
1509 \r
1510     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1511     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1512 \r
1513     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1514                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
1515 \r
1516     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1517     {\r
1518       this.setVisible(false);\r
1519     }\r
1520   }\r
1521 \r
1522   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1523   {\r
1524     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
1525     viewport.sequenceColours = null;\r
1526     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1527 \r
1528     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1529   }\r
1530 \r
1531   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1532   {\r
1533     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1534     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1535     {\r
1536       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1537     }\r
1538     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1539     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1540     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1541     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1542   }\r
1543 \r
1544   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1545   {\r
1546     if (viewport.cursorMode)\r
1547     {\r
1548       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1549       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1550     }\r
1551     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1552     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1553     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1554     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1555     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1556     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1557     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1558   }\r
1559 \r
1560   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1561   {\r
1562     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1563     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1564     {\r
1565       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1566     }\r
1567 \r
1568     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1569   }\r
1570 \r
1571   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1572   {\r
1573     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1574     int column;\r
1575 \r
1576     if (colSel.size() > 0)\r
1577     {\r
1578       if (trimLeft)\r
1579       {\r
1580         column = colSel.getMin();\r
1581       }\r
1582       else\r
1583       {\r
1584         column = colSel.getMax();\r
1585       }\r
1586 \r
1587       SequenceI[] seqs;\r
1588       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1589       {\r
1590         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(viewport.\r
1591             hiddenRepSequences);\r
1592       }\r
1593       else\r
1594       {\r
1595         seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1596       }\r
1597 \r
1598       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1599       if (trimLeft)\r
1600       {\r
1601         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1602                                            TrimRegionCommand.TRIM_LEFT,\r
1603                                            seqs,\r
1604                                            column,\r
1605                                            viewport.alignment,\r
1606                                            viewport.colSel,\r
1607                                            viewport.selectionGroup);\r
1608         viewport.setStartRes(0);\r
1609       }\r
1610       else\r
1611       {\r
1612         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1613                                            TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT,\r
1614                                            seqs,\r
1615                                            column,\r
1616                                            viewport.alignment,\r
1617                                            viewport.colSel,\r
1618                                            viewport.selectionGroup);\r
1619       }\r
1620 \r
1621       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1622 \r
1623       addHistoryItem(trimRegion);\r
1624 \r
1625       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1626 \r
1627       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1628       {\r
1629         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1630 \r
1631         if ( (trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1632             || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1633         {\r
1634           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1635         }\r
1636       }\r
1637 \r
1638       viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1639                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
1640     }\r
1641   }\r
1642 \r
1643   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
1644   {\r
1645     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
1646 \r
1647     SequenceI[] seqs;\r
1648     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1649     {\r
1650       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(viewport.\r
1651           hiddenRepSequences);\r
1652       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1653       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1654     }\r
1655     else\r
1656     {\r
1657       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1658     }\r
1659 \r
1660     RemoveGapColCommand removeGapCols =\r
1661         new RemoveGapColCommand("Remove Gapped Columns",\r
1662                                 seqs,\r
1663                                 start, end,\r
1664                                 viewport.alignment);\r
1665 \r
1666     addHistoryItem(removeGapCols);\r
1667 \r
1668     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize() + " empty columns.");\r
1669 \r
1670     //This is to maintain viewport position on first residue\r
1671     //of first sequence\r
1672     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1673     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1674     // ShiftList shifts;\r
1675     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
1676     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
1677     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
1678     //   viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
1679     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
1680     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1681                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
1682 \r
1683   }\r
1684 \r
1685   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
1686   {\r
1687     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
1688 \r
1689     SequenceI[] seqs;\r
1690     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1691     {\r
1692       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(viewport.\r
1693           hiddenRepSequences);\r
1694       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1695       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1696     }\r
1697     else\r
1698     {\r
1699       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1700     }\r
1701 \r
1702     //This is to maintain viewport position on first residue\r
1703     //of first sequence\r
1704     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1705     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1706 \r
1707     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps",\r
1708                                          seqs,\r
1709                                          start, end,\r
1710                                          viewport.alignment));\r
1711 \r
1712     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
1713 \r
1714     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1715                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
1716 \r
1717   }\r
1718 \r
1719   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
1720   {\r
1721     new Finder(alignPanel);\r
1722   }\r
1723 \r
1724   public void newView()\r
1725   {\r
1726     AlignmentI newal;\r
1727     if (viewport.hasHiddenRows)\r
1728     {\r
1729       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().\r
1730                             getHiddenSequences()\r
1731                             .getFullAlignment().\r
1732                             getSequencesArray());\r
1733     }\r
1734     else\r
1735     {\r
1736       newal = new Alignment(viewport.alignment.getSequencesArray());\r
1737     }\r
1738 \r
1739     if (viewport.alignment.getAlignmentAnnotation() != null)\r
1740     {\r
1741       for (int i = 0; i < viewport.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
1742       {\r
1743         if (!viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
1744         {\r
1745           newal.addAnnotation(viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i]);\r
1746         }\r
1747       }\r
1748     }\r
1749 \r
1750     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal,\r
1751                                       viewport.applet,\r
1752                                       "",\r
1753                                       false);\r
1754 \r
1755     newaf.viewport.sequenceSetID = alignPanel.av.getSequenceSetId();\r
1756     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
1757     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
1758                             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
1759 \r
1760     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
1761                             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
1762     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
1763                             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
1764 \r
1765     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport.\r
1766         getSequenceSetId());\r
1767     int viewSize = -1;\r
1768     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1769     {\r
1770       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1771       {\r
1772         viewSize++;\r
1773       }\r
1774     }\r
1775 \r
1776     String title = new String(this.getTitle());\r
1777     if (title.indexOf("(View") > -1)\r
1778     {\r
1779       title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
1780     }\r
1781 \r
1782     title += "(View " + viewSize + ")";\r
1783 \r
1784     newaf.setTitle(title.toString());\r
1785 \r
1786     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
1787     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
1788 \r
1789   }\r
1790 \r
1791   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
1792   {\r
1793     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
1794     alignPanel.fontChanged();\r
1795     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1796   }\r
1797 \r
1798   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
1799   {\r
1800     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
1801     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1802   }\r
1803 \r
1804   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
1805   {\r
1806     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
1807     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
1808     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
1809     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
1810     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
1811     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1812   }\r
1813 \r
1814   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
1815   {\r
1816     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1817     {\r
1818       return;\r
1819     }\r
1820 \r
1821     Frame frame = new Frame();\r
1822     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1823     frame.add(overview);\r
1824     // +50 must allow for applet frame window\r
1825     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1826                                      overview.getPreferredSize().width,\r
1827                                      overview.getPreferredSize().height + 50);\r
1828 \r
1829     frame.pack();\r
1830     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
1831     {\r
1832       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
1833       {\r
1834         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1835       };\r
1836     });\r
1837 \r
1838     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1839 \r
1840   }\r
1841 \r
1842   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1843   {\r
1844     int threshold = 0;\r
1845 \r
1846     if (cs != null)\r
1847     {\r
1848       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1849       {\r
1850         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs, "Background");\r
1851 \r
1852         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1853 \r
1854         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1855       }\r
1856       else\r
1857       {\r
1858         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1859       }\r
1860 \r
1861       if (viewport.getConservationSelected())\r
1862       {\r
1863 \r
1864         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1865         Conservation c = new Conservation("All",\r
1866                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1867                                           al.getSequences(), 0,\r
1868                                           al.getWidth() - 1);\r
1869 \r
1870         c.calculate();\r
1871         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1872 \r
1873         cs.setConservation(c);\r
1874 \r
1875         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1876             "Background"));\r
1877 \r
1878       }\r
1879       else\r
1880       {\r
1881         cs.setConservation(null);\r
1882       }\r
1883 \r
1884       cs.setConsensus(viewport.hconsensus);\r
1885 \r
1886     }\r
1887     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1888 \r
1889     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1890     {\r
1891       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1892       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1893       {\r
1894         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1895 \r
1896         if (cs == null)\r
1897         {\r
1898           sg.cs = null;\r
1899           continue;\r
1900         }\r
1901         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1902         {\r
1903           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
1904               sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences),\r
1905               sg.getWidth());\r
1906         }\r
1907         else\r
1908         {\r
1909           try\r
1910           {\r
1911             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1912           }\r
1913           catch (Exception ex)\r
1914           {\r
1915             ex.printStackTrace();\r
1916             sg.cs = cs;\r
1917           }\r
1918         }\r
1919 \r
1920         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1921             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1922             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1923         {\r
1924           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1925           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
1926               sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0, sg.getWidth()));\r
1927         }\r
1928         else\r
1929         {\r
1930           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1931         }\r
1932 \r
1933         if (viewport.getConservationSelected())\r
1934         {\r
1935           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1936                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1937                                             sg.getSequences(viewport.\r
1938               hiddenRepSequences), 0,\r
1939                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1940           c.calculate();\r
1941           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1942           sg.cs.setConservation(c);\r
1943         }\r
1944         else\r
1945         {\r
1946           sg.cs.setConservation(null);\r
1947           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1948         }\r
1949 \r
1950       }\r
1951     }\r
1952 \r
1953     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1954     {\r
1955       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1956     }\r
1957 \r
1958     jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
1959         .sequenceColoursChanged(alignPanel);\r
1960 \r
1961     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1962   }\r
1963 \r
1964   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
1965   {\r
1966     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme != null)\r
1967     {\r
1968       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1969                                      "Background");\r
1970       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1971     }\r
1972   }\r
1973 \r
1974   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
1975   {\r
1976     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme != null)\r
1977     {\r
1978       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, viewport.globalColourScheme,\r
1979                                         "Background");\r
1980       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1981     }\r
1982   }\r
1983 \r
1984   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
1985   {\r
1986     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
1987 \r
1988     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1989     abovePIDThreshold.setState(false);\r
1990 \r
1991     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1992 \r
1993     modifyConservation_actionPerformed();\r
1994   }\r
1995 \r
1996   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
1997   {\r
1998     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
1999 \r
2000     conservationMenuItem.setState(false);\r
2001     viewport.setConservationSelected(false);\r
2002 \r
2003     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2004 \r
2005     modifyPID_actionPerformed();\r
2006   }\r
2007 \r
2008   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2009   {\r
2010     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2011     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
2012                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
2013     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2014                                     viewport.alignment));\r
2015     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2016   }\r
2017 \r
2018   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2019   {\r
2020     //  addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
2021     //                                HistoryItem.SORT));\r
2022     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2023     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2024   }\r
2025 \r
2026   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2027   {\r
2028     //  addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
2029     //                                 HistoryItem.SORT));\r
2030     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2031     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2032 \r
2033   }\r
2034 \r
2035   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2036   {\r
2037     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2038   }\r
2039 \r
2040   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2041   {\r
2042     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2043         && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2044     {\r
2045       Frame frame = new Frame();\r
2046       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2047       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
2048     }\r
2049   }\r
2050 \r
2051   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2052   {\r
2053     //are the sequences aligned?\r
2054     if (!viewport.alignment.isAligned())\r
2055     {\r
2056       SequenceI current;\r
2057       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2058 \r
2059       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
2060            i++)\r
2061       {\r
2062         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2063 \r
2064         if (current.getLength() < Width)\r
2065         {\r
2066           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2067         }\r
2068       }\r
2069       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2070     }\r
2071 \r
2072     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null &&\r
2073           viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 &&\r
2074           viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2075         || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2076     {\r
2077       return;\r
2078     }\r
2079 \r
2080     try\r
2081     {\r
2082       new PCAPanel(viewport);\r
2083     }\r
2084     catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2085     {\r
2086     }\r
2087 \r
2088   }\r
2089 \r
2090   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2091   {\r
2092     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2093   }\r
2094 \r
2095   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2096   {\r
2097     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2098   }\r
2099 \r
2100   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2101   {\r
2102     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2103   }\r
2104 \r
2105   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2106   {\r
2107     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2108   }\r
2109 \r
2110   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2111   {\r
2112     //are the sequences aligned?\r
2113     if (!viewport.alignment.isAligned())\r
2114     {\r
2115       SequenceI current;\r
2116       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2117 \r
2118       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
2119            i++)\r
2120       {\r
2121         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2122 \r
2123         if (current.getLength() < Width)\r
2124         {\r
2125           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2126         }\r
2127       }\r
2128       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2129 \r
2130     }\r
2131 \r
2132     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null &&\r
2133           viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2134         || (viewport.getSelectionGroup() == null\r
2135             && viewport.alignment.getHeight() > 1))\r
2136     {\r
2137       final TreePanel tp = new TreePanel(viewport,\r
2138                                          type,\r
2139                                          pwType);\r
2140 \r
2141       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2142 \r
2143       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2144     }\r
2145   }\r
2146 \r
2147   void loadTree_actionPerformed()\r
2148   {\r
2149     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2150     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2151     cap.setTreeImport();\r
2152     Frame frame = new Frame();\r
2153     frame.add(cap);\r
2154     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2155   }\r
2156 \r
2157   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2158   {\r
2159     TreePanel tp = new TreePanel(viewport,\r
2160                                  treeFile,\r
2161                                  "From File - ",\r
2162                                  tree);\r
2163     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2164     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2165   }\r
2166 \r
2167   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
2168   {\r
2169     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2170     sortByTreeMenu.add(item);\r
2171     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2172     {\r
2173       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2174       {\r
2175         //  addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2176         //                                 HistoryItem.SORT));\r
2177         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2178         alignPanel.paintAlignment(true);\r
2179       }\r
2180     });\r
2181 \r
2182     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2183     {\r
2184       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2185       {\r
2186         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2187       };\r
2188     });\r
2189   }\r
2190 \r
2191   protected void documentation_actionPerformed()\r
2192   {\r
2193     showURL("http://www.jalview.org/help.html", "HELP");\r
2194   }\r
2195 \r
2196   protected void about_actionPerformed()\r
2197   {\r
2198 \r
2199     class AboutPanel\r
2200         extends Canvas\r
2201     {\r
2202       String version;\r
2203       public AboutPanel(String version)\r
2204       {\r
2205         this.version = version;\r
2206       }\r
2207 \r
2208       public void paint(Graphics g)\r
2209       {\r
2210         g.setColor(Color.white);\r
2211         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2212         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2213         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2214         int fh = fm.getHeight();\r
2215         int y = 5, x = 7;\r
2216         g.setColor(Color.black);\r
2217         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2218         g.drawString("Jalview - Release " + version, 200, y += fh);\r
2219         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2220         g.drawString("Authors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton.",\r
2221                      x, y += fh * 2);\r
2222         g.drawString("Current development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee.",\r
2223                      x, y += fh);\r
2224         g.drawString(\r
2225             "For any issues relating to Jalview, email help@jalview.org", x,\r
2226             y += fh);\r
2227         g.drawString("If  you use JalView, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2228         g.drawString("\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"",\r
2229                      x, y += fh);\r
2230         g.drawString("Bioinformatics,  2004 20;426-7.", x, y += fh);\r
2231       }\r
2232     }\r
2233 \r
2234     String version = "test";\r
2235     java.net.URL url = getClass().getResource("/.build_properties");\r
2236     if (url != null)\r
2237     {\r
2238       try\r
2239       {\r
2240         BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(\r
2241             url.openStream()));\r
2242         String line;\r
2243         while ( (line = reader.readLine()) != null)\r
2244         {\r
2245           if (line.indexOf("VERSION") > -1)\r
2246           {\r
2247             version = line.substring(line.indexOf("=") + 1);\r
2248           }\r
2249         }\r
2250       }\r
2251       catch (Exception ex)\r
2252       {\r
2253         ex.printStackTrace();\r
2254       }\r
2255     }\r
2256 \r
2257     Frame frame = new Frame();\r
2258     frame.add(new AboutPanel(version));\r
2259     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 200);\r
2260 \r
2261   }\r
2262 \r
2263   public void showURL(String url, String target)\r
2264   {\r
2265     if (viewport.applet == null)\r
2266     {\r
2267       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2268     }\r
2269     else\r
2270     {\r
2271       try\r
2272       {\r
2273         System.out.println("Show url: " + url);\r
2274         viewport.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),\r
2275             target);\r
2276       }\r
2277       catch (Exception ex)\r
2278       {\r
2279         ex.printStackTrace();\r
2280       }\r
2281     }\r
2282   }\r
2283 \r
2284   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2285   //JBuilder Graphics here\r
2286 \r
2287   protected MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2288   protected Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2289   protected MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2290   protected MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2291   protected MenuItem loadAnnotations = new MenuItem(\r
2292       "Load Features/Annotations ...");\r
2293   protected MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2294   protected MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2295 \r
2296   protected MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2297   protected Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2298   protected Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2299   protected Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2300   protected Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2301   protected MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2302   protected MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2303   protected MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2304   protected MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2305   protected MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2306   protected MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2307   protected MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2308   protected CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2309   protected CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2310   protected MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2311   protected MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2312   protected MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2313   protected MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2314   protected MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2315   protected MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2316   protected MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2317   protected MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2318   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2319   public Label statusBar = new Label();\r
2320   protected Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2321   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2322   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2323   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2324   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2325   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2326   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2327   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2328   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2329   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2330   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2331   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2332   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2333   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2334   protected CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2335   protected CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2336   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2337   protected MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2338   protected MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2339   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2340   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2341   protected CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2342   protected CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2343   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2344   protected CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2345   protected MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2346   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2347   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2348   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2349   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2350   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2351   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2352   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2353   protected CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2354   protected MenuItem font = new MenuItem();\r
2355   protected CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2356   protected CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2357   protected CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2358   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2359   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2360   protected CheckboxMenuItem autoCalculate\r
2361       = new CheckboxMenuItem("Autocalculate Consensus", true);\r
2362   protected Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2363   Menu sort = new Menu();\r
2364   Menu calculate = new Menu();\r
2365   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2366   Menu helpMenu = new Menu();\r
2367   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2368   MenuItem about = new MenuItem();\r
2369   protected CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2370   Panel embeddedMenu;\r
2371   Label embeddedEdit;\r
2372   Label embeddedSelect;\r
2373   Label embeddedView;\r
2374   Label embeddedFormat;\r
2375   Label embeddedColour;\r
2376   Label embeddedFile;\r
2377   Label embeddedHelp;\r
2378   Label embeddedCalculate;\r
2379   FlowLayout flowLayout1;\r
2380 \r
2381   private void jbInit()\r
2382       throws Exception\r
2383   {\r
2384 \r
2385     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2386 \r
2387     MenuItem item;\r
2388 \r
2389     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2390     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;\r
2391          i++)\r
2392     {\r
2393 \r
2394       item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2395 \r
2396       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2397       {\r
2398         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2399         {\r
2400           outputText_actionPerformed(e);\r
2401         }\r
2402       });\r
2403 \r
2404       outputTextboxMenu.add(item);\r
2405     }\r
2406     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2407     loadApplication.addActionListener(this);\r
2408 \r
2409     loadTree.addActionListener(this);\r
2410     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2411     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2412     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2413     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2414     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2415     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2416     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2417     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2418     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2419     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2420     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2421     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2422     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2423     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2424     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2425     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2426     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2427     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2428     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2429     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2430     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2431     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2432     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2433     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2434     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2435     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2436     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2437     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2438     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2439     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2440     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2441     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2442     averageDistanceTreeMenuItem.setLabel(\r
2443         "Average Distance Using % Identity");\r
2444     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2445     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2446     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2447     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2448     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2449     statusBar.setText("Status bar");\r
2450     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2451     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2452 \r
2453     clustalColour.addActionListener(this);\r
2454     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2455     zappoColour.addActionListener(this);\r
2456     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2457     taylorColour.addActionListener(this);\r
2458     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2459     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2460     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2461     helixColour.addActionListener(this);\r
2462     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2463     strandColour.addActionListener(this);\r
2464     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2465     turnColour.addActionListener(this);\r
2466     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2467     buriedColour.addActionListener(this);\r
2468     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2469     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2470     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2471     PIDColour.addActionListener(this);\r
2472     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2473     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2474     avDistanceTreeBlosumMenuItem.setLabel(\r
2475         "Average Distance Using BLOSUM62");\r
2476     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2477     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
2478     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2479     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
2480     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
2481     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
2482     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2483     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
2484     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
2485     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
2486     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
2487     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
2488     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
2489     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
2490     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
2491     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
2492     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
2493     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
2494     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
2495     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
2496     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
2497     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
2498     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
2499     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
2500     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
2501     findMenuItem.addActionListener(this);\r
2502     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
2503     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
2504     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
2505     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
2506     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
2507     deleteGroups.addActionListener(this);\r
2508     copy.setLabel("Copy");\r
2509     copy.addActionListener(this);\r
2510     cut.setLabel("Cut");\r
2511     cut.addActionListener(this);\r
2512     delete.setLabel("Delete");\r
2513     delete.addActionListener(this);\r
2514     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
2515     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
2516     pasteNew.addActionListener(this);\r
2517     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
2518     pasteThis.addActionListener(this);\r
2519     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
2520     applyToAllGroups.setState(true);\r
2521     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
2522     font.setLabel("Font...");\r
2523     font.addActionListener(this);\r
2524     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
2525     scaleAbove.setState(true);\r
2526     scaleAbove.setEnabled(false);\r
2527     scaleAbove.addItemListener(this);\r
2528     scaleLeft.setEnabled(false);\r
2529     scaleLeft.setState(true);\r
2530     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
2531     scaleLeft.addItemListener(this);\r
2532     scaleRight.setEnabled(false);\r
2533     scaleRight.setState(true);\r
2534     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
2535     scaleRight.addItemListener(this);\r
2536     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
2537     modifyPID.addActionListener(this);\r
2538     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
2539     modifyConservation.addActionListener(this);\r
2540     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
2541     sort.setLabel("Sort");\r
2542     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
2543     autoCalculate.addItemListener(this);\r
2544     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
2545     inputText.addActionListener(this);\r
2546 \r
2547     helpMenu.setLabel("Help");\r
2548     documentation.setLabel("Documentation");\r
2549     documentation.addActionListener(this);\r
2550 \r
2551     about.setLabel("About...");\r
2552     about.addActionListener(this);\r
2553     seqLimits.setState(true);\r
2554     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
2555     seqLimits.addItemListener(this);\r
2556     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
2557     featureSettings.addActionListener(this);\r
2558     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
2559     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
2560     sequenceFeatures.setState(false);\r
2561     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
2562     annotationColour.addActionListener(this);\r
2563     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
2564     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
2565     menu1.setLabel("Show");\r
2566     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
2567     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
2568     menu2.setLabel("Hide");\r
2569     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
2570     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
2571     invertColSel.addActionListener(this);\r
2572     showColumns.addActionListener(this);\r
2573     showSeqs.addActionListener(this);\r
2574     hideColumns.addActionListener(this);\r
2575     hideSequences.addActionListener(this);\r
2576     formatMenu.setLabel("Format");\r
2577     selectMenu.setLabel("Select");\r
2578     newView.setLabel("New View");\r
2579     newView.addActionListener(this);\r
2580     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
2581     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
2582     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
2583     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
2584     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
2585     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
2586     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
2587     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
2588 \r
2589     fileMenu.add(inputText);\r
2590     fileMenu.add(loadTree);\r
2591     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
2592 \r
2593     fileMenu.addSeparator();\r
2594     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
2595     fileMenu.add(outputFeatures);\r
2596     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
2597 \r
2598     if (jalviewServletURL != null)\r
2599     {\r
2600       fileMenu.add(loadApplication);\r
2601     }\r
2602 \r
2603     fileMenu.addSeparator();\r
2604     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
2605 \r
2606     editMenu.add(undoMenuItem);\r
2607     editMenu.add(redoMenuItem);\r
2608     editMenu.add(cut);\r
2609     editMenu.add(copy);\r
2610     editMenu.add(pasteMenu);\r
2611     editMenu.add(delete);\r
2612     editMenu.addSeparator();\r
2613     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
2614     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
2615     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
2616     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
2617     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
2618     viewMenu.add(newView);\r
2619     viewMenu.addSeparator();\r
2620     viewMenu.add(menu1);\r
2621     viewMenu.add(menu2);\r
2622     viewMenu.addSeparator();\r
2623     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
2624     viewMenu.addSeparator();\r
2625     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
2626     viewMenu.add(featureSettings);\r
2627     viewMenu.addSeparator();\r
2628     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
2629     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
2630     colourMenu.addSeparator();\r
2631     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
2632     colourMenu.add(clustalColour);\r
2633     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
2634     colourMenu.add(PIDColour);\r
2635     colourMenu.add(zappoColour);\r
2636     colourMenu.add(taylorColour);\r
2637     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
2638     colourMenu.add(helixColour);\r
2639     colourMenu.add(strandColour);\r
2640     colourMenu.add(turnColour);\r
2641     colourMenu.add(buriedColour);\r
2642     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
2643     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
2644     colourMenu.addSeparator();\r
2645     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
2646     colourMenu.add(modifyConservation);\r
2647     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
2648     colourMenu.add(modifyPID);\r
2649     colourMenu.add(annotationColour);\r
2650     calculateMenu.add(sort);\r
2651     calculateMenu.add(calculate);\r
2652     calculateMenu.addSeparator();\r
2653     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
2654     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
2655     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
2656     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
2657     pasteMenu.add(pasteNew);\r
2658     pasteMenu.add(pasteThis);\r
2659     sort.add(sortIDMenuItem);\r
2660     sort.add(sortByTreeMenu);\r
2661     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
2662     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
2663     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
2664     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
2665     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
2666     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
2667     helpMenu.add(documentation);\r
2668     helpMenu.add(about);\r
2669     menu1.add(showColumns);\r
2670     menu1.add(showSeqs);\r
2671     menu2.add(hideColumns);\r
2672     menu2.add(hideSequences);\r
2673     formatMenu.add(font);\r
2674     formatMenu.add(seqLimits);\r
2675     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
2676     formatMenu.add(scaleAbove);\r
2677     formatMenu.add(scaleLeft);\r
2678     formatMenu.add(scaleRight);\r
2679     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
2680     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
2681     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
2682     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
2683     selectMenu.add(findMenuItem);\r
2684     selectMenu.addSeparator();\r
2685     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
2686     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
2687     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
2688     selectMenu.add(invertColSel);\r
2689     selectMenu.add(deleteGroups);\r
2690   }\r
2691 \r
2692   public void setEmbedded()\r
2693   {\r
2694 \r
2695     embeddedMenu = new Panel();\r
2696     embeddedEdit = new Label("Edit");\r
2697     embeddedSelect = new Label("Select");\r
2698     embeddedView = new Label("View");\r
2699     embeddedFormat = new Label("Format");\r
2700     embeddedColour = new Label("Colour");\r
2701     embeddedFile = new Label("File");\r
2702     embeddedHelp = new Label("Help");\r
2703     embeddedCalculate = new Label("Calculate");\r
2704     flowLayout1 = new FlowLayout();\r
2705     embeddedMenu.setBackground(Color.lightGray);\r
2706     embeddedMenu.setLayout(flowLayout1);\r
2707     embeddedEdit.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2708     embeddedSelect.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2709     embeddedView.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2710     embeddedFormat.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2711     embeddedColour.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2712     embeddedFile.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2713     embeddedHelp.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2714     embeddedCalculate.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2715     embeddedMenu.add(embeddedFile);\r
2716     embeddedMenu.add(embeddedEdit);\r
2717     embeddedMenu.add(embeddedSelect);\r
2718     embeddedMenu.add(embeddedView);\r
2719     embeddedMenu.add(embeddedFormat);\r
2720     embeddedMenu.add(embeddedColour);\r
2721     embeddedMenu.add(embeddedCalculate);\r
2722     embeddedMenu.add(embeddedHelp);\r
2723     flowLayout1.setAlignment(FlowLayout.LEFT);\r
2724     flowLayout1.setHgap(2);\r
2725     flowLayout1.setVgap(0);\r
2726     embeddedFile.addMouseListener(this);\r
2727     embeddedEdit.addMouseListener(this);\r
2728     embeddedSelect.addMouseListener(this);\r
2729     embeddedView.addMouseListener(this);\r
2730     embeddedFormat.addMouseListener(this);\r
2731     embeddedColour.addMouseListener(this);\r
2732     embeddedCalculate.addMouseListener(this);\r
2733     embeddedHelp.addMouseListener(this);\r
2734 \r
2735     fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
2736     fileMenu.remove(3); // Seperator\r
2737 \r
2738     viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
2739     viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
2740     viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
2741 \r
2742     alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
2743                        viewport.applet.getSize().height\r
2744                        - embeddedMenu.HEIGHT - statusBar.HEIGHT);\r
2745 \r
2746     viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
2747     viewport.applet.validate();\r
2748 \r
2749   }\r
2750 \r
2751   PopupMenu filePopup, editPopup, searchPopup,\r
2752   viewPopup, formatPopup, colourPopup, calculatePopup, helpPopup;\r
2753   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
2754   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
2755   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
2756   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
2757   Menu menu1 = new Menu();\r
2758   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
2759   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
2760   Menu menu2 = new Menu();\r
2761   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
2762   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
2763   Menu formatMenu = new Menu();\r
2764   Menu selectMenu = new Menu();\r
2765   MenuItem newView = new MenuItem();\r
2766 \r
2767   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
2768   {\r
2769     PopupMenu popup = null;\r
2770     Label source = (Label) evt.getSource();\r
2771     if (source == embeddedFile)\r
2772     {\r
2773       popup = filePopup = genPopupMenu(filePopup, fileMenu);\r
2774     }\r
2775     else if (source == embeddedEdit)\r
2776     {\r
2777       popup = editPopup = genPopupMenu(editPopup, editMenu);\r
2778     }\r
2779     else if (source == embeddedSelect)\r
2780     {\r
2781       popup = searchPopup = genPopupMenu(searchPopup, selectMenu);\r
2782     }\r
2783     else if (source == embeddedView)\r
2784     {\r
2785       popup = viewPopup = genPopupMenu(viewPopup, viewMenu);\r
2786     }\r
2787     else if (source == embeddedFormat)\r
2788     {\r
2789       popup = formatPopup = genPopupMenu(formatPopup, formatMenu);\r
2790     }\r
2791     else if (source == embeddedColour)\r
2792     {\r
2793       popup = colourPopup = genPopupMenu(colourPopup, colourMenu);\r
2794     }\r
2795     else if (source == embeddedCalculate)\r
2796     {\r
2797       popup = calculatePopup = genPopupMenu(calculatePopup, calculateMenu);\r
2798     }\r
2799     else if (source == embeddedHelp)\r
2800     {\r
2801       popup = helpPopup = genPopupMenu(helpPopup, helpMenu);\r
2802     }\r
2803 \r
2804     embeddedMenu.add(popup);\r
2805     popup.show(embeddedMenu,\r
2806                source.getBounds().x,\r
2807                source.getBounds().y + source.getBounds().getSize().height);\r
2808   }\r
2809 \r
2810   PopupMenu genPopupMenu(PopupMenu popup, Menu original)\r
2811   {\r
2812     if (popup != null)\r
2813     {\r
2814       return popup;\r
2815     }\r
2816     popup = new PopupMenu();\r
2817     int m, mSize = original.getItemCount();\r
2818     for (m = 0; m < mSize; m++)\r
2819     {\r
2820       popup.add(original.getItem(m));\r
2821       mSize--;\r
2822       m--;\r
2823     }\r
2824 \r
2825     return popup;\r
2826   }\r
2827 \r
2828   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
2829   {}\r
2830 \r
2831   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
2832   {}\r
2833 \r
2834   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
2835   {}\r
2836 \r
2837   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
2838   {}\r
2839 \r
2840 }\r