src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import java.net.*;\r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  28 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  29 import jalview.commands.*;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  34 \r
  35 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
  36         ItemListener, KeyListener\r
  37 {\r
  38   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  39 \r
  40   public AlignViewport viewport;\r
  41 \r
  42   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
  43 \r
  44   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
  45 \r
  46   String jalviewServletURL;\r
  47 \r
  48   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,\r
  49           String title, boolean embedded)\r
  50   {\r
  51 \r
  52     if (applet != null)\r
  53     {\r
  54       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
  55     }\r
  56 \r
  57     try\r
  58     {\r
  59       jbInit();\r
  60     } catch (Exception ex)\r
  61     {\r
  62       ex.printStackTrace();\r
  63     }\r
  64 \r
  65     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
  66     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  67 \r
  68     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
  69     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
  70 \r
  71     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
  72     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
  73     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
  74     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
  75     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
  76     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
  77     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
  78 \r
  79     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
  80 \r
  81     if (applet != null)\r
  82     {\r
  83       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
  84       if (param != null)\r
  85       {\r
  86         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
  87         {\r
  88           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
  89         }\r
  90         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
  91         {\r
  92           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
  93         }\r
  94         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
  95         {\r
  96           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
  97         }\r
  98       }\r
  99 \r
 100       param = applet.getParameter("wrap");\r
 101       if (param != null)\r
 102       {\r
 103         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 104         {\r
 105           wrapMenuItem.setState(true);\r
 106           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 107         }\r
 108       }\r
 109       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 110       if (param != null)\r
 111       {\r
 112         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 113         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 114       }\r
 115       try\r
 116       {\r
 117         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 118         if (param != null)\r
 119         {\r
 120           int width = Integer.parseInt(param);\r
 121           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 122         }\r
 123         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 124         if (param != null)\r
 125         {\r
 126           int height = Integer.parseInt(param);\r
 127           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 128         }\r
 129       } catch (Exception ex)\r
 130       {\r
 131       }\r
 132 \r
 133     }\r
 134     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 135     {\r
 136       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 137       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 138       {\r
 139         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 140       }\r
 141       else {\r
 142         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 143       }\r
 144     } else {\r
 145       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 146       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 147     }\r
 148     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 149     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 150     // now\r
 151     this.addKeyListener(this);\r
 152     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 153     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 154     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 155     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 156     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 157     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 158     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 159     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 160 \r
 161     validate();\r
 162     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 163     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 164   }\r
 165 \r
 166   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 167   {\r
 168     return viewport;\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 172   {\r
 173     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 174   }\r
 175 \r
 176   /**\r
 177    * Load a features file onto the alignment\r
 178    * \r
 179    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 180    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 181    */\r
 182 \r
 183   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 184   {\r
 185     parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 186   }\r
 187   \r
 188   /**\r
 189    * Load a features file onto the alignment\r
 190    * \r
 191    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 192    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 193    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 194    */\r
 195   public void parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 196   {    \r
 197     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 198     boolean featuresFile = false;\r
 199     try\r
 200     {\r
 201       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 202               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 203                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 204                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 205     } catch (Exception ex)\r
 206     {\r
 207       ex.printStackTrace();\r
 208     }\r
 209 \r
 210     if (featuresFile)\r
 211     {\r
 212       if (featureLinks.size() > 0)\r
 213       {\r
 214         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 215       }\r
 216       if (autoenabledisplay)\r
 217       {\r
 218         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 219         sequenceFeatures.setState(true);\r
 220       }\r
 221       if (viewport.featureSettings != null)\r
 222       {\r
 223         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 224       }\r
 225       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 226     }\r
 227 \r
 228   }\r
 229 \r
 230   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 231   {\r
 232     if (viewport.cursorMode\r
 233             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 234                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 235                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 236             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 237       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 238 \r
 239     switch (evt.getKeyCode())\r
 240     {\r
 241     case 27: // escape key\r
 242       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 243       \r
 244       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 245       break;\r
 246     case KeyEvent.VK_X:\r
 247       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 248       {\r
 249         cut_actionPerformed();\r
 250       }\r
 251       break;\r
 252     case KeyEvent.VK_C:\r
 253       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 254       {\r
 255         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 256       }\r
 257       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 258       {\r
 259         copy_actionPerformed();\r
 260       }\r
 261       break;\r
 262     case KeyEvent.VK_V:\r
 263       if (evt.isControlDown())\r
 264       {\r
 265         paste(evt.isShiftDown());\r
 266       }\r
 267       break;\r
 268     case KeyEvent.VK_A:\r
 269       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 270       {\r
 271         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 272       }\r
 273       break;\r
 274     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 275       if (viewport.cursorMode)\r
 276       {\r
 277         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 278       }\r
 279       else\r
 280       {\r
 281         moveSelectedSequences(false);\r
 282       }\r
 283       break;\r
 284 \r
 285     case KeyEvent.VK_UP:\r
 286       if (viewport.cursorMode)\r
 287       {\r
 288         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 289       }\r
 290       else\r
 291       {\r
 292         moveSelectedSequences(true);\r
 293       }\r
 294       break;\r
 295 \r
 296     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 297       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 298         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 299       else\r
 300         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 301       break;\r
 302 \r
 303     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 304       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 305         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 306       else\r
 307         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 308       break;\r
 309 \r
 310     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 311       if (viewport.cursorMode)\r
 312       {\r
 313         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 314                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 315       }\r
 316       break;\r
 317 \r
 318     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 319     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 320       if (viewport.cursorMode)\r
 321       {\r
 322         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 323                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 324       }\r
 325       else\r
 326       {\r
 327         cut_actionPerformed();\r
 328         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 329       }\r
 330       break;\r
 331 \r
 332     case KeyEvent.VK_S:\r
 333       if (viewport.cursorMode)\r
 334       {\r
 335         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 336       }\r
 337       break;\r
 338     case KeyEvent.VK_P:\r
 339       if (viewport.cursorMode)\r
 340       {\r
 341         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 342       }\r
 343       break;\r
 344 \r
 345     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 346     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 347       if (viewport.cursorMode)\r
 348       {\r
 349         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 350       }\r
 351       break;\r
 352 \r
 353     case KeyEvent.VK_Q:\r
 354       if (viewport.cursorMode)\r
 355       {\r
 356         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 357       }\r
 358       break;\r
 359     case KeyEvent.VK_M:\r
 360       if (viewport.cursorMode)\r
 361       {\r
 362         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 363       }\r
 364       break;\r
 365 \r
 366     case KeyEvent.VK_F2:\r
 367       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 368       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 369               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 370       if (viewport.cursorMode)\r
 371       {\r
 372         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 373         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 374       }\r
 375       break;\r
 376 \r
 377     case KeyEvent.VK_F:\r
 378       if (evt.isControlDown())\r
 379       {\r
 380         findMenuItem_actionPerformed();\r
 381       }\r
 382       break;\r
 383 \r
 384     case KeyEvent.VK_H:\r
 385     {\r
 386       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 387       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 388       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 389       break;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 393       if (viewport.wrapAlignment)\r
 394       {\r
 395         alignPanel.scrollUp(true);\r
 396       }\r
 397       else\r
 398       {\r
 399         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 400                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 401       }\r
 402       break;\r
 403 \r
 404     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 405       if (viewport.wrapAlignment)\r
 406       {\r
 407         alignPanel.scrollUp(false);\r
 408       }\r
 409       else\r
 410       {\r
 411         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 412                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 413       }\r
 414       break;\r
 415 \r
 416     case KeyEvent.VK_Z:\r
 417       if (evt.isControlDown())\r
 418       {\r
 419         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 420       }\r
 421       break;\r
 422 \r
 423     case KeyEvent.VK_Y:\r
 424       if (evt.isControlDown())\r
 425       {\r
 426         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 427       }\r
 428       break;\r
 429 \r
 430     case KeyEvent.VK_L:\r
 431       if (evt.isControlDown())\r
 432       {\r
 433         trimAlignment(true);\r
 434       }\r
 435       break;\r
 436 \r
 437     case KeyEvent.VK_R:\r
 438       if (evt.isControlDown())\r
 439       {\r
 440         trimAlignment(false);\r
 441       }\r
 442       break;\r
 443 \r
 444     case KeyEvent.VK_E:\r
 445       if (evt.isControlDown())\r
 446       {\r
 447         if (evt.isShiftDown())\r
 448         {\r
 449           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 450         }\r
 451         else\r
 452         {\r
 453           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 454         }\r
 455       }\r
 456       break;\r
 457     case KeyEvent.VK_I:\r
 458       if (evt.isControlDown())\r
 459       {\r
 460         if (evt.isAltDown())\r
 461         {\r
 462           invertColSel_actionPerformed();\r
 463         }\r
 464         else\r
 465         {\r
 466           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 467         }\r
 468       }\r
 469       break;\r
 470 \r
 471     case KeyEvent.VK_U:\r
 472       if (evt.isControlDown())\r
 473       {\r
 474         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 475       }\r
 476       break;\r
 477 \r
 478     case KeyEvent.VK_T:\r
 479       if (evt.isControlDown())\r
 480       {\r
 481         newView(null);\r
 482       }\r
 483       break;\r
 484 \r
 485     }\r
 486     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 487   }\r
 488 \r
 489   /**\r
 490    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 491    * \r
 492    * @param toggleSeqs\r
 493    * @param toggleCols\r
 494    */\r
 495   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 496   {\r
 497     boolean hide = false;\r
 498     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 499     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 500     {\r
 501       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 502       // invert and then hide\r
 503       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 504       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 505               .getSelected().size() > 0)\r
 506               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 507                       .getEndRes()))\r
 508       {\r
 509         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 510         // that no hiding is required.\r
 511         if (sg != null)\r
 512         {\r
 513           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 514           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 515           toggleSeqs = true;\r
 516 \r
 517         }\r
 518         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 519         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 520         // selection and indicate it should be hidden.\r
 521         invertColSel_actionPerformed();\r
 522         toggleCols = true;\r
 523       }\r
 524     }\r
 525 \r
 526     if (toggleSeqs)\r
 527     {\r
 528       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 529       {\r
 530         hide = true;\r
 531         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 532       }\r
 533       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 534       {\r
 535         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 536       }\r
 537     }\r
 538 \r
 539     if (toggleCols)\r
 540     {\r
 541       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 542       {\r
 543         viewport.hideSelectedColumns();\r
 544         if (!toggleSeqs)\r
 545         {\r
 546           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 547         }\r
 548       }\r
 549       else if (!hide)\r
 550       {\r
 551         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 552       }\r
 553     }\r
 554   }\r
 555 \r
 556   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 557   {\r
 558   }\r
 559 \r
 560   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 561   {\r
 562   }\r
 563 \r
 564   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 565   {\r
 566     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 567     {\r
 568       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 569     }\r
 570     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 571     {\r
 572       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 573     }\r
 574     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 575     {\r
 576       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 577     }\r
 578     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 579     {\r
 580       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 581     }\r
 582     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 583     {\r
 584       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 585     }\r
 586     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 587     {\r
 588       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 589     }\r
 590     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 591     {\r
 592       seqLimits_itemStateChanged();\r
 593     }\r
 594     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 595     {\r
 596       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 597     }\r
 598     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 599     {\r
 600       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 601     }\r
 602     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 603     {\r
 604       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 605     }\r
 606     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 607     {\r
 608       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 609       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 610     }\r
 611     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 612     {\r
 613       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 614       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 615     }\r
 616     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 617     {\r
 618       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 619     }\r
 620     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 621     {\r
 622       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 623     }\r
 624     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 625     {\r
 626       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 627     }\r
 628     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 629     {\r
 630       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 631     }\r
 632     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 633     {\r
 634       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 635     }\r
 636     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 637     {\r
 638       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 639     }\r
 640     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 641     {\r
 642       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 643     }\r
 644     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 645     {\r
 646       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 647     }\r
 648     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 649     {\r
 650       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 651     }\r
 652     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 653     {\r
 654       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 655     }\r
 656     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 657     {\r
 658       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 659     }\r
 660     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 661     {\r
 662       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 663     }\r
 664     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 665   }\r
 666 \r
 667   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 668   {\r
 669     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 670     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 671     // searchresults.\r
 672   }\r
 673 \r
 674   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 675   {\r
 676     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 677     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 678   }\r
 679 \r
 680   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 681   {\r
 682     Object source = evt.getSource();\r
 683 \r
 684     if (source == inputText)\r
 685     {\r
 686       inputText_actionPerformed();\r
 687     }\r
 688     else if (source == loadTree)\r
 689     {\r
 690       loadTree_actionPerformed();\r
 691     }\r
 692     else if (source == loadApplication)\r
 693     {\r
 694       launchFullApplication();\r
 695     }\r
 696     else if (source == loadAnnotations)\r
 697     {\r
 698       loadAnnotations();\r
 699     }\r
 700     else if (source == outputAnnotations)\r
 701     {\r
 702       outputAnnotations(true);\r
 703     }\r
 704     else if (source == outputFeatures)\r
 705     {\r
 706       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 707     }\r
 708     else if (source == closeMenuItem)\r
 709     {\r
 710       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 711     }\r
 712     else if (source == copy)\r
 713     {\r
 714       copy_actionPerformed();\r
 715     }\r
 716     else if (source == undoMenuItem)\r
 717     {\r
 718       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 719     }\r
 720     else if (source == redoMenuItem)\r
 721     {\r
 722       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 723     }\r
 724     else if (source == inputText)\r
 725     {\r
 726       inputText_actionPerformed();\r
 727     }\r
 728     else if (source == closeMenuItem)\r
 729     {\r
 730       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 731     }\r
 732     else if (source == undoMenuItem)\r
 733     {\r
 734       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 735     }\r
 736     else if (source == redoMenuItem)\r
 737     {\r
 738       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 739     }\r
 740     else if (source == copy)\r
 741     {\r
 742       copy_actionPerformed();\r
 743     }\r
 744     else if (source == pasteNew)\r
 745     {\r
 746       pasteNew_actionPerformed();\r
 747     }\r
 748     else if (source == pasteThis)\r
 749     {\r
 750       pasteThis_actionPerformed();\r
 751     }\r
 752     else if (source == cut)\r
 753     {\r
 754       cut_actionPerformed();\r
 755     }\r
 756     else if (source == delete)\r
 757     {\r
 758       delete_actionPerformed();\r
 759     }\r
 760     else if (source == grpsFromSelection)\r
 761     {\r
 762       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 763     }\r
 764     else if (source == deleteGroups)\r
 765     {\r
 766       deleteGroups_actionPerformed();\r
 767     }\r
 768     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 769     {\r
 770       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 771     }\r
 772     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 773     {\r
 774       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 775     }\r
 776     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 777     {\r
 778       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 779     }\r
 780     else if (source == invertColSel)\r
 781     {\r
 782       viewport.invertColumnSelection();\r
 783       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 784     }\r
 785     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 786     {\r
 787       trimAlignment(true);\r
 788     }\r
 789     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 790     {\r
 791       trimAlignment(false);\r
 792     }\r
 793     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 794     {\r
 795       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 796     }\r
 797     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 798     {\r
 799       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 800     }\r
 801     else if (source == findMenuItem)\r
 802     {\r
 803       findMenuItem_actionPerformed();\r
 804     }\r
 805     else if (source == font)\r
 806     {\r
 807       new FontChooser(alignPanel);\r
 808     }\r
 809     else if (source == newView)\r
 810     {\r
 811       newView(null);\r
 812     }\r
 813     else if (source == showColumns)\r
 814     {\r
 815       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 816       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 817     }\r
 818     else if (source == showSeqs)\r
 819     {\r
 820       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 821       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 822     }\r
 823     else if (source == hideColumns)\r
 824     {\r
 825       viewport.hideSelectedColumns();\r
 826       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 827     }\r
 828     else if (source == hideSequences\r
 829             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 830     {\r
 831       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 832       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 833     }\r
 834     else if (source == hideAllButSelection)\r
 835     {\r
 836       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 837       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 838     }\r
 839     else if (source == hideAllSelection)\r
 840     {\r
 841       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 842       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 843       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 844       viewport.hideSelectedColumns();\r
 845       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 846     }\r
 847     else if (source == showAllHidden)\r
 848     {\r
 849       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 850       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 851       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 852     }\r
 853     else if (source == showGroupConsensus)\r
 854     {\r
 855       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 856     }\r
 857     else if (source == showGroupConservation)\r
 858     {\r
 859       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 860     }\r
 861     else if (source == showSequenceLogo)\r
 862     {\r
 863       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 864     }\r
 865     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 866     {\r
 867       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 868     }\r
 869     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 870     {\r
 871       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 872     }\r
 873     else if (source == featureSettings)\r
 874     {\r
 875       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 876     }\r
 877     else if (source == alProperties)\r
 878     {\r
 879       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 880               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 881       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 882       cap.setText(contents.toString());\r
 883       Frame frame = new Frame();\r
 884       frame.add(cap);\r
 885       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 886               + getTitle(), 400, 250);\r
 887     }\r
 888     else if (source == overviewMenuItem)\r
 889     {\r
 890       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 891     }\r
 892     else if (source == noColourmenuItem)\r
 893     {\r
 894       changeColour(null);\r
 895     }\r
 896     else if (source == clustalColour)\r
 897     {\r
 898       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 899       changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
 900               viewport.getAlignment().getSequences(),\r
 901               viewport.getAlignment().getWidth()));\r
 902     }\r
 903     else if (source == zappoColour)\r
 904     {\r
 905       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 906     }\r
 907     else if (source == taylorColour)\r
 908     {\r
 909       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 910     }\r
 911     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 912     {\r
 913       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 914     }\r
 915     else if (source == helixColour)\r
 916     {\r
 917       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 918     }\r
 919     else if (source == strandColour)\r
 920     {\r
 921       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 922     }\r
 923     else if (source == turnColour)\r
 924     {\r
 925       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 926     }\r
 927     else if (source == buriedColour)\r
 928     {\r
 929       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 930     }\r
 931     else if (source == nucleotideColour)\r
 932     {\r
 933       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 934     }\r
 935     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
 936     {\r
 937       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
 938     }\r
 939     else if (source == RNAHelixColour)\r
 940     {\r
 941       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
 942     }\r
 943     else if (source == modifyPID)\r
 944     {\r
 945       modifyPID_actionPerformed();\r
 946     }\r
 947     else if (source == modifyConservation)\r
 948     {\r
 949       modifyConservation_actionPerformed();\r
 950     }\r
 951     else if (source == userDefinedColour)\r
 952     {\r
 953       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
 954     }\r
 955     else if (source == PIDColour)\r
 956     {\r
 957       changeColour(new PIDColourScheme());\r
 958     }\r
 959     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 960     {\r
 961       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
 962     }\r
 963     else if (source == annotationColour)\r
 964     {\r
 965       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
 966     }\r
 967     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
 968     {\r
 969       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 970     }\r
 971     else if (source == sortIDMenuItem)\r
 972     {\r
 973       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 974     }\r
 975     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
 976     {\r
 977       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 978     }\r
 979     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
 980     {\r
 981       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 982     }\r
 983     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
 984     {\r
 985       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
 986     }\r
 987     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
 988     {\r
 989       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
 990     }\r
 991     else if (source == PCAMenuItem)\r
 992     {\r
 993       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
 994     }\r
 995     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
 996     {\r
 997       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 998     }\r
 999     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1000     {\r
1001       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1002     }\r
1003     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1004     {\r
1005       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1006     }\r
1007     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1008     {\r
1009       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1010     }\r
1011     else if (source == documentation)\r
1012     {\r
1013       documentation_actionPerformed();\r
1014     }\r
1015     else if (source == about)\r
1016     {\r
1017       about_actionPerformed();\r
1018     }\r
1019 \r
1020   }\r
1021 \r
1022   public void inputText_actionPerformed()\r
1023   {\r
1024     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1025     Frame frame = new Frame();\r
1026     frame.add(cap);\r
1027     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1028   }\r
1029 \r
1030   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1031   {\r
1032     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1033     Frame frame = new Frame();\r
1034     frame.add(cap);\r
1035     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1036             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1037     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1038             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1039             viewport.showJVSuffix));\r
1040   }\r
1041 \r
1042   public void loadAnnotations()\r
1043   {\r
1044     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1045     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
1046     cap.setAnnotationImport();\r
1047     Frame frame = new Frame();\r
1048     frame.add(cap);\r
1049     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1050 \r
1051   }\r
1052 \r
1053   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1054   {\r
1055     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1056             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1057                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1058                     .getGroups(),\r
1059             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1060 \r
1061     if (displayTextbox)\r
1062     {\r
1063       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1064       Frame frame = new Frame();\r
1065       frame.add(cap);\r
1066       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1067       cap.setText(annotation);\r
1068     }\r
1069 \r
1070     return annotation;\r
1071   }\r
1072 \r
1073   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1074   {\r
1075     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1076     {\r
1077       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1078       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1079       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1080       while (en.hasMoreElements())\r
1081       {\r
1082         Object col = en.nextElement();\r
1083         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1084       }\r
1085       return fcols;\r
1086     }\r
1087     return null;\r
1088   }\r
1089 \r
1090   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1091   {\r
1092     String features;\r
1093     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1094     {\r
1095       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1096               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1097               getDisplayedFeatureCols());\r
1098     }\r
1099     else\r
1100     {\r
1101       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1102               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1103               getDisplayedFeatureCols());\r
1104     }\r
1105 \r
1106     if (displayTextbox)\r
1107     {\r
1108       boolean frimport=false;\r
1109       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1110       {\r
1111         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1112         frimport=true;\r
1113       }\r
1114       \r
1115       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1116       if (frimport)\r
1117       {\r
1118         cap.setAnnotationImport();\r
1119       }\r
1120       Frame frame = new Frame();\r
1121       frame.add(cap);\r
1122       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1123       cap.setText(features);\r
1124     } else {\r
1125       if (features==null)\r
1126         features = "";\r
1127     }\r
1128 \r
1129     return features;\r
1130   }\r
1131 \r
1132   void launchFullApplication()\r
1133   {\r
1134     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1135 \r
1136     url.append("?open="\r
1137             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1138 \r
1139     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1140     {\r
1141       url.append("&features=");\r
1142       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1143     }\r
1144 \r
1145     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1146     {\r
1147       url.append("&annotations=");\r
1148       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1149     }\r
1150 \r
1151     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1152     {\r
1153       url.append("&annotations=");\r
1154       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1155     }\r
1156 \r
1157     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1158     {\r
1159       url.append("&colour="\r
1160               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1161                       .getParameter("defaultColour")));\r
1162     }\r
1163 \r
1164     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1165     {\r
1166       url.append("&colour="\r
1167               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1168                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1169     }\r
1170     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1171     {\r
1172       url.append("&tree="\r
1173               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1174     }\r
1175     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1176     {\r
1177       url.append("&tree="\r
1178               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1179     }\r
1180 \r
1181     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1182   }\r
1183 \r
1184   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1185   {\r
1186     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1187     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1188     {\r
1189       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1190       {\r
1191         sb.append("%20");\r
1192       }\r
1193       else\r
1194       {\r
1195         sb.append(colour.charAt(i));\r
1196       }\r
1197     }\r
1198 \r
1199     return sb.toString();\r
1200   }\r
1201 \r
1202   String appendProtocol(String url)\r
1203   {\r
1204     try\r
1205     {\r
1206       new URL(url);\r
1207       url = URLEncoder.encode(url);\r
1208     }\r
1209     /*\r
1210      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1211      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1212      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1213      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1214      * ex.printStackTrace(); }\r
1215      */\r
1216     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1217     {\r
1218       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1219     }\r
1220     return url;\r
1221   }\r
1222 \r
1223   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1224   {\r
1225     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1226     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1227     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1228 \r
1229     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1230     {\r
1231       System.exit(0);\r
1232     } else {\r
1233     }\r
1234     viewport = null;\r
1235     alignPanel = null;\r
1236     this.dispose();\r
1237   }\r
1238 \r
1239   /**\r
1240    * DOCUMENT ME!\r
1241    */\r
1242   void updateEditMenuBar()\r
1243   {\r
1244 \r
1245     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1246     {\r
1247       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1248       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1249       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1250     }\r
1251     else\r
1252     {\r
1253       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1254       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1255     }\r
1256 \r
1257     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1258     {\r
1259       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1260 \r
1261       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1262       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1263     }\r
1264     else\r
1265     {\r
1266       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1267       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1268     }\r
1269   }\r
1270 \r
1271   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1272   {\r
1273     if (command.getSize() > 0)\r
1274     {\r
1275       viewport.historyList.push(command);\r
1276       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1277       updateEditMenuBar();\r
1278       viewport.updateHiddenColumns();\r
1279     }\r
1280   }\r
1281 \r
1282   /**\r
1283    * DOCUMENT ME!\r
1284    * \r
1285    * @param e\r
1286    *          DOCUMENT ME!\r
1287    */\r
1288   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1289   {\r
1290     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1291     {\r
1292       return;\r
1293     }\r
1294 \r
1295     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1296     viewport.redoList.push(command);\r
1297     command.undoCommand(null);\r
1298 \r
1299     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1300     // JBPNote Test\r
1301     if (originalSource!=viewport) {\r
1302       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1303     }\r
1304     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1305     updateEditMenuBar();\r
1306     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1307             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1308   }\r
1309 \r
1310   /**\r
1311    * DOCUMENT ME!\r
1312    * \r
1313    * @param e\r
1314    *          DOCUMENT ME!\r
1315    */\r
1316   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1317   {\r
1318     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1319     {\r
1320       return;\r
1321     }\r
1322 \r
1323     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1324     viewport.historyList.push(command);\r
1325     command.doCommand(null);\r
1326 \r
1327     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1328     // JBPNote Test\r
1329     if (originalSource!=viewport) {\r
1330       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1331     }\r
1332     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1333 \r
1334     updateEditMenuBar();\r
1335     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1336             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1337   }\r
1338 \r
1339   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1340   {\r
1341     AlignViewport originalSource = null;\r
1342     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1343     // the property change event FROM the viewport where the\r
1344     // original alignment was altered\r
1345     AlignmentI al = null;\r
1346     if (command instanceof EditCommand)\r
1347     {\r
1348       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1349       al = editCommand.getAlignment();\r
1350       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1351               .getSequenceSetId());\r
1352       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1353       {\r
1354         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1355         {\r
1356           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1357           {\r
1358             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1359             break;\r
1360           }\r
1361         }\r
1362       }\r
1363     }\r
1364 \r
1365     if (originalSource == null)\r
1366     {\r
1367       // The original view is closed, we must validate\r
1368       // the current view against the closed view first\r
1369       if (al != null)\r
1370       {\r
1371         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1372       }\r
1373 \r
1374       originalSource = viewport;\r
1375     }\r
1376 \r
1377     return originalSource;\r
1378   }\r
1379 \r
1380   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1381   {\r
1382     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1383     if (sg == null)\r
1384     {\r
1385       return;\r
1386     }\r
1387 \r
1388     if (up)\r
1389     {\r
1390       for (int i = 1; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1391       {\r
1392         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1393         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1394         {\r
1395           continue;\r
1396         }\r
1397 \r
1398         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i - 1);\r
1399         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1400         {\r
1401           continue;\r
1402         }\r
1403 \r
1404         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1405         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1406       }\r
1407     }\r
1408     else\r
1409     {\r
1410       for (int i = viewport.getAlignment().getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1411       {\r
1412         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1413         if (!sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(seq))\r
1414         {\r
1415           continue;\r
1416         }\r
1417 \r
1418         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i + 1);\r
1419         if (sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(temp))\r
1420         {\r
1421           continue;\r
1422         }\r
1423 \r
1424         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1425         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1426       }\r
1427     }\r
1428 \r
1429     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1430   }\r
1431 \r
1432   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1433   {\r
1434     Vector sg = new Vector();\r
1435     if (viewport.cursorMode)\r
1436     {\r
1437       sg.addElement(viewport.getAlignment()\r
1438               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1439     }\r
1440     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1441             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1442                     .getHeight())\r
1443     {\r
1444       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1445               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1446     }\r
1447 \r
1448     if (sg.size() < 1)\r
1449     {\r
1450       return;\r
1451     }\r
1452 \r
1453     Vector invertGroup = new Vector();\r
1454 \r
1455     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1456     {\r
1457       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1458         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1459     }\r
1460 \r
1461     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1462     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1463       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1464 \r
1465     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1466     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1467       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1468 \r
1469     SlideSequencesCommand ssc;\r
1470     if (right)\r
1471       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1472               size, viewport.getGapCharacter());\r
1473     else\r
1474       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1475               size, viewport.getGapCharacter());\r
1476 \r
1477     int groupAdjustment = 0;\r
1478     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1479     {\r
1480       if (viewport.cursorMode)\r
1481         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1482       else\r
1483         groupAdjustment = size;\r
1484     }\r
1485     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1486     {\r
1487       if (viewport.cursorMode)\r
1488         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1489       else\r
1490         groupAdjustment = -size;\r
1491     }\r
1492 \r
1493     if (groupAdjustment != 0)\r
1494     {\r
1495       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1496               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1497       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1498               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1499     }\r
1500 \r
1501     boolean appendHistoryItem = false;\r
1502     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1503             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1504     {\r
1505       appendHistoryItem = ssc\r
1506               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1507                       .peek());\r
1508     }\r
1509 \r
1510     if (!appendHistoryItem)\r
1511       addHistoryItem(ssc);\r
1512 \r
1513     repaint();\r
1514   }\r
1515 \r
1516   static StringBuffer copiedSequences;\r
1517 \r
1518   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1519 \r
1520   protected void copy_actionPerformed()\r
1521   {\r
1522     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1523     {\r
1524       return;\r
1525     }\r
1526 \r
1527     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1528     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1529     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1530     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1531     {\r
1532       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1533       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1534       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1535     }\r
1536 \r
1537     int index = 0, startRes, endRes;\r
1538     char ch;\r
1539 \r
1540     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1541     {\r
1542       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1543       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1544       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1545               .size(); i++)\r
1546       {\r
1547         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1548                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1549 \r
1550         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1551         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1552       }\r
1553     }\r
1554     else\r
1555     {\r
1556       copiedHiddenColumns = null;\r
1557     }\r
1558 \r
1559     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1560     {\r
1561       SequenceI seq = null;\r
1562 \r
1563       while (seq == null)\r
1564       {\r
1565         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1566         {\r
1567           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1568           index++;\r
1569 \r
1570           break;\r
1571         }\r
1572         else\r
1573         {\r
1574           index++;\r
1575         }\r
1576       }\r
1577 \r
1578       // FIND START RES\r
1579       // Returns residue following index if gap\r
1580       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1581 \r
1582       // FIND END RES\r
1583       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1584       endRes = 0;\r
1585 \r
1586       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1587       {\r
1588         ch = seq.getCharAt(j);\r
1589         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1590         {\r
1591           endRes++;\r
1592         }\r
1593       }\r
1594 \r
1595       if (endRes > 0)\r
1596       {\r
1597         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1598       }\r
1599 \r
1600       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1601               + "\t"\r
1602               + startRes\r
1603               + "\t"\r
1604               + endRes\r
1605               + "\t"\r
1606               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1607                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1608     }\r
1609 \r
1610   }\r
1611 \r
1612   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1613   {\r
1614     paste(true);\r
1615   }\r
1616 \r
1617   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1618   {\r
1619     paste(false);\r
1620   }\r
1621 \r
1622   void paste(boolean newAlignment)\r
1623   {\r
1624     try\r
1625     {\r
1626 \r
1627       if (copiedSequences == null)\r
1628       {\r
1629         return;\r
1630       }\r
1631 \r
1632       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1633       Vector seqs = new Vector();\r
1634       while (st.hasMoreElements())\r
1635       {\r
1636         String name = st.nextToken();\r
1637         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1638         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1639         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1640       }\r
1641       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1642       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1643       {\r
1644         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1645       }\r
1646 \r
1647       if (newAlignment)\r
1648       {\r
1649         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1650         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1651         {\r
1652           newtitle = getTitle();\r
1653         }\r
1654         else\r
1655         {\r
1656           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1657         }\r
1658         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1659                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1660         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1661         {\r
1662           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1663           {\r
1664             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1665             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1666           }\r
1667         }\r
1668 \r
1669         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1670                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1671       }\r
1672       else\r
1673       {\r
1674         addSequences(newSeqs);\r
1675       }\r
1676 \r
1677     } catch (Exception ex)\r
1678     {\r
1679     } // could be anything being pasted in here\r
1680 \r
1681   }\r
1682 \r
1683   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1684   {\r
1685     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1686     {\r
1687       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1688     }\r
1689 \r
1690     // !newAlignment\r
1691     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1692             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1693 \r
1694     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1695     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1696     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1697             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1698 \r
1699   }\r
1700 \r
1701   protected void cut_actionPerformed()\r
1702   {\r
1703     copy_actionPerformed();\r
1704     delete_actionPerformed();\r
1705   }\r
1706 \r
1707   protected void delete_actionPerformed()\r
1708   {\r
1709 \r
1710     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1711     if (sg == null)\r
1712     {\r
1713       return;\r
1714     }\r
1715 \r
1716     Vector seqs = new Vector();\r
1717     SequenceI seq;\r
1718     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1719     {\r
1720       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1721       seqs.addElement(seq);\r
1722     }\r
1723 \r
1724     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1725     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1726     {\r
1727       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1728               sg.getEndRes() + 1);\r
1729     }\r
1730 \r
1731     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1732     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1733     {\r
1734       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1735     }\r
1736 \r
1737     /*\r
1738      * //ADD HISTORY ITEM\r
1739      */\r
1740     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1741             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1742             viewport.getAlignment()));\r
1743 \r
1744     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1745     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1746 \r
1747     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1748             .getSequences());\r
1749 \r
1750     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1751     {\r
1752       this.setVisible(false);\r
1753     }\r
1754     viewport.sendSelection();\r
1755   }\r
1756 \r
1757   /**\r
1758    * group consensus toggled\r
1759    * \r
1760    */\r
1761   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1762   {\r
1763     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1764     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1765 \r
1766   }\r
1767 \r
1768   /**\r
1769    * group conservation toggled.\r
1770    */\r
1771   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1772   {\r
1773     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1774     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1775   }\r
1776 \r
1777   /*\r
1778    * (non-Javadoc)\r
1779    * \r
1780    * @see\r
1781    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1782    * .event.ActionEvent)\r
1783    */\r
1784   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1785   {\r
1786     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1787     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1788   }\r
1789   /*\r
1790    * (non-Javadoc)\r
1791    * \r
1792    * @see\r
1793    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1794    * .event.ActionEvent)\r
1795    */\r
1796   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1797   {\r
1798     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1799     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1800   }\r
1801 \r
1802   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1803   {\r
1804     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1805   }\r
1806 \r
1807   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1808   {\r
1809     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1810     {\r
1811       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1812               viewport.getSequenceSelection(),\r
1813               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1814                       viewport.getGapCharacter()),\r
1815               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1816       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1817       viewport.sequenceColours = null;\r
1818       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1819       // set view properties for each group\r
1820       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1821       {\r
1822         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1823         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1824         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1825         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1826                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1827         col = col.brighter();\r
1828         for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
1829                 .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
1830                 (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
1831           ;\r
1832       }\r
1833       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1834       alignPanel.updateAnnotation();\r
1835       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1836     }\r
1837   }\r
1838 \r
1839   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1840   {\r
1841     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1842     viewport.sequenceColours = null;\r
1843     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1844 \r
1845     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1846   }\r
1847 \r
1848   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1849   {\r
1850     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1851     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1852     {\r
1853       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1854     }\r
1855     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1856     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1857     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1858     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1859     viewport.sendSelection();\r
1860   }\r
1861 \r
1862   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1863   {\r
1864     if (viewport.cursorMode)\r
1865     {\r
1866       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1867       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1868     }\r
1869     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1870     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1871     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1872     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1873     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1874     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1875     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1876     viewport.sendSelection();\r
1877   }\r
1878 \r
1879   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1880   {\r
1881     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1882     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1883     {\r
1884       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1885     }\r
1886 \r
1887     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1888     viewport.sendSelection();\r
1889   }\r
1890 \r
1891   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1892   {\r
1893     viewport.invertColumnSelection();\r
1894     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1895     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1896     viewport.sendSelection();\r
1897   }\r
1898 \r
1899   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1900   {\r
1901     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1902     int column;\r
1903 \r
1904     if (colSel.size() > 0)\r
1905     {\r
1906       if (trimLeft)\r
1907       {\r
1908         column = colSel.getMin();\r
1909       }\r
1910       else\r
1911       {\r
1912         column = colSel.getMax();\r
1913       }\r
1914 \r
1915       SequenceI[] seqs;\r
1916       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1917       {\r
1918         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1919                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1920       }\r
1921       else\r
1922       {\r
1923         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1924       }\r
1925 \r
1926       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1927       if (trimLeft)\r
1928       {\r
1929         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1930                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1931                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1932                 viewport.getSelectionGroup());\r
1933         viewport.setStartRes(0);\r
1934       }\r
1935       else\r
1936       {\r
1937         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1938                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1939                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1940                 viewport.getSelectionGroup());\r
1941       }\r
1942 \r
1943       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1944 \r
1945       addHistoryItem(trimRegion);\r
1946 \r
1947       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
1948 \r
1949       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1950       {\r
1951         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1952 \r
1953         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1954                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1955         {\r
1956           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1957         }\r
1958       }\r
1959 \r
1960       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
1961               .getAlignment().getSequences());\r
1962     }\r
1963   }\r
1964 \r
1965   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
1966   {\r
1967     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
1968 \r
1969     SequenceI[] seqs;\r
1970     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1971     {\r
1972       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1973               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1974       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1975       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1976     }\r
1977     else\r
1978     {\r
1979       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1980     }\r
1981 \r
1982     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
1983             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
1984 \r
1985     addHistoryItem(removeGapCols);\r
1986 \r
1987     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
1988             + " empty columns.");\r
1989 \r
1990     // This is to maintain viewport position on first residue\r
1991     // of first sequence\r
1992     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
1993     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1994     // ShiftList shifts;\r
1995     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
1996     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
1997     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
1998     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
1999     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2000     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2001             .getSequences());\r
2002 \r
2003   }\r
2004 \r
2005   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2006   {\r
2007     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2008 \r
2009     SequenceI[] seqs;\r
2010     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2011     {\r
2012       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2013               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2014       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2015       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2016     }\r
2017     else\r
2018     {\r
2019       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2020     }\r
2021 \r
2022     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2023     // of first sequence\r
2024     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2025     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2026 \r
2027     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2028             viewport.getAlignment()));\r
2029 \r
2030     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2031 \r
2032     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2033             .getSequences());\r
2034 \r
2035   }\r
2036 \r
2037   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2038   {\r
2039     new Finder(alignPanel);\r
2040   }\r
2041 \r
2042   /**\r
2043    * create a new view derived from the current view\r
2044    * \r
2045    * @param viewtitle\r
2046    * @return frame for the new view\r
2047    */\r
2048   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2049   {\r
2050     AlignmentI newal;\r
2051     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2052     {\r
2053       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2054               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2055     }\r
2056     else\r
2057     {\r
2058       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2059     }\r
2060 \r
2061     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2062     {\r
2063       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2064       {\r
2065         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2066         {\r
2067           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2068         }\r
2069       }\r
2070     }\r
2071 \r
2072     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2073 \r
2074     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2075     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2076     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2077             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2078 \r
2079     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2080             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2081     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2082             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2083 \r
2084     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2085             .getSequenceSetId());\r
2086     int viewSize = -1;\r
2087     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2088     {\r
2089       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2090       {\r
2091         viewSize++;\r
2092       }\r
2093     }\r
2094 \r
2095     String title = new String(this.getTitle());\r
2096     if (viewtitle != null)\r
2097     {\r
2098       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2099     }\r
2100     else\r
2101     {\r
2102       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2103       {\r
2104         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2105       }\r
2106       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2107     }\r
2108 \r
2109     newaf.setTitle(title.toString());\r
2110 \r
2111     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2112     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2113     return newaf;\r
2114   }\r
2115 \r
2116   /**\r
2117    * \r
2118    * @return list of feature groups on the view\r
2119    */\r
2120   public String[] getFeatureGroups()\r
2121   {\r
2122     FeatureRenderer fr = null;\r
2123     if (alignPanel != null\r
2124             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2125     {\r
2126       return fr.getGroups();\r
2127     }\r
2128     return null;\r
2129   }\r
2130 \r
2131   /**\r
2132    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2133    * \r
2134    * @param visible\r
2135    *          true is visible\r
2136    * @return list\r
2137    */\r
2138   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2139   {\r
2140     FeatureRenderer fr = null;\r
2141     if (alignPanel != null\r
2142             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2143     {\r
2144       return fr.getGroups(visible);\r
2145     }\r
2146     return null;\r
2147   }\r
2148 \r
2149   /**\r
2150    * Change the display state for the given feature groups\r
2151    * \r
2152    * @param groups\r
2153    *          list of group strings\r
2154    * @param state\r
2155    *          visible or invisible\r
2156    */\r
2157   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2158   {\r
2159     FeatureRenderer fr = null;\r
2160     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2161     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2162     if (alignPanel != null\r
2163             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2164     {\r
2165       fr.setGroupState(groups, state);\r
2166       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2167       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2168       {\r
2169         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2170       }\r
2171     }\r
2172   }\r
2173 \r
2174   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2175   {\r
2176     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2177     alignPanel.fontChanged();\r
2178     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2179   }\r
2180 \r
2181   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2182   {\r
2183     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2184     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2185   }\r
2186 \r
2187   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2188   {\r
2189     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2190     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2191   }\r
2192 \r
2193   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2194   {\r
2195     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2196     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2197     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2198     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2199     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2200     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2201   }\r
2202 \r
2203   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2204   {\r
2205     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2206     {\r
2207       return;\r
2208     }\r
2209 \r
2210     Frame frame = new Frame();\r
2211     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2212     frame.add(overview);\r
2213     // +50 must allow for applet frame window\r
2214     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2215             overview.getPreferredSize().width,\r
2216             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2217 \r
2218     frame.pack();\r
2219     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2220     {\r
2221       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2222       {\r
2223         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
2224       };\r
2225     });\r
2226 \r
2227     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2228 \r
2229   }\r
2230 \r
2231   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2232   {\r
2233     int threshold = 0;\r
2234 \r
2235     if (cs != null)\r
2236     {\r
2237       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2238       {\r
2239         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2240                 "Background");\r
2241 \r
2242         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2243 \r
2244         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2245       }\r
2246       else\r
2247       {\r
2248         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2249       }\r
2250 \r
2251       if (viewport.getConservationSelected())\r
2252       {\r
2253 \r
2254         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2255         Conservation c = new Conservation("All",\r
2256                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2257                 al.getWidth() - 1);\r
2258 \r
2259         c.calculate();\r
2260         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2261 \r
2262         cs.setConservation(c);\r
2263 \r
2264         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2265                 cs, "Background"));\r
2266 \r
2267       }\r
2268       else\r
2269       {\r
2270         cs.setConservation(null);\r
2271       }\r
2272 \r
2273       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2274 \r
2275     }\r
2276     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2277 \r
2278     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2279     {\r
2280       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2281       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2282       {\r
2283         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2284 \r
2285         if (cs == null)\r
2286         {\r
2287           sg.cs = null;\r
2288           continue;\r
2289         }\r
2290         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2291         {\r
2292           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2293                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()),\r
2294                   sg.getWidth());\r
2295         }\r
2296         else\r
2297         {\r
2298           try\r
2299           {\r
2300             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
2301           } catch (Exception ex)\r
2302           {\r
2303             ex.printStackTrace();\r
2304             sg.cs = cs;\r
2305           }\r
2306         }\r
2307 \r
2308         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2309                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2310                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2311         {\r
2312           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2313           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2314                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2315                   sg.getWidth()));\r
2316         }\r
2317         else\r
2318         {\r
2319           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2320         }\r
2321 \r
2322         if (viewport.getConservationSelected())\r
2323         {\r
2324           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2325                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2326                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2327                   viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
2328           c.calculate();\r
2329           c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2330           sg.cs.setConservation(c);\r
2331         }\r
2332         else\r
2333         {\r
2334           sg.cs.setConservation(null);\r
2335           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2336         }\r
2337 \r
2338       }\r
2339     }\r
2340 \r
2341     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2342     {\r
2343       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2344     }\r
2345 \r
2346     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2347             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2348                     alignPanel);\r
2349 \r
2350     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2351   }\r
2352 \r
2353   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2354   {\r
2355     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2356             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2357     {\r
2358       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2359               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2360       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2361     }\r
2362   }\r
2363 \r
2364   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2365   {\r
2366     if (viewport.getConservationSelected()\r
2367             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2368     {\r
2369       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2370               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2371       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2372     }\r
2373   }\r
2374 \r
2375   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2376   {\r
2377     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2378 \r
2379     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2380     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2381 \r
2382     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2383 \r
2384     modifyConservation_actionPerformed();\r
2385   }\r
2386 \r
2387   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2388   {\r
2389     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2390 \r
2391     conservationMenuItem.setState(false);\r
2392     viewport.setConservationSelected(false);\r
2393 \r
2394     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2395 \r
2396     modifyPID_actionPerformed();\r
2397   }\r
2398 \r
2399   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2400   {\r
2401     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2402     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2403             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2404 \r
2405     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2406             viewport.getAlignment()));\r
2407     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2408   }\r
2409 \r
2410   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2411   {\r
2412     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2413     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2414     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2415     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2416   }\r
2417 \r
2418   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2419   {\r
2420     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2421     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2422     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2423             viewport.getAlignment()));\r
2424     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2425   }\r
2426 \r
2427   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2428   {\r
2429     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2430     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2431     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2432             viewport.getAlignment()));\r
2433     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2434 \r
2435   }\r
2436 \r
2437   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2438   {\r
2439     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2440   }\r
2441 \r
2442   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2443   {\r
2444     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2445             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2446     {\r
2447       Frame frame = new Frame();\r
2448       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2449       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2450               500);\r
2451     }\r
2452   }\r
2453 \r
2454   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2455   {\r
2456     // are the sequences aligned?\r
2457     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2458     {\r
2459       SequenceI current;\r
2460       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2461 \r
2462       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2463       {\r
2464         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2465 \r
2466         if (current.getLength() < Width)\r
2467         {\r
2468           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2469         }\r
2470       }\r
2471       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2472     }\r
2473 \r
2474     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2475             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2476             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2477             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2478     {\r
2479       return;\r
2480     }\r
2481 \r
2482     try\r
2483     {\r
2484       new PCAPanel(viewport);\r
2485     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2486     {\r
2487     }\r
2488 \r
2489   }\r
2490 \r
2491   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2492   {\r
2493     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2494   }\r
2495 \r
2496   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2497   {\r
2498     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2499   }\r
2500 \r
2501   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2502   {\r
2503     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2504   }\r
2505 \r
2506   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2507   {\r
2508     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2509   }\r
2510 \r
2511   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2512   {\r
2513     // are the sequences aligned?\r
2514     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2515     {\r
2516       SequenceI current;\r
2517       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2518 \r
2519       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2520       {\r
2521         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2522 \r
2523         if (current.getLength() < Width)\r
2524         {\r
2525           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2526         }\r
2527       }\r
2528       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2529 \r
2530     }\r
2531 \r
2532     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2533             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2534             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2535                     .getHeight() > 1))\r
2536     {\r
2537       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2538 \r
2539       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2540 \r
2541       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2542     }\r
2543   }\r
2544 \r
2545   void loadTree_actionPerformed()\r
2546   {\r
2547     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2548     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2549     cap.setTreeImport();\r
2550     Frame frame = new Frame();\r
2551     frame.add(cap);\r
2552     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2553   }\r
2554 \r
2555   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2556   {\r
2557     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2558     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2559     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2560   }\r
2561 \r
2562   /**\r
2563    * sort the alignment using the given treePanel\r
2564    * \r
2565    * @param treePanel\r
2566    *          tree used to sort view\r
2567    * @param title\r
2568    *          string used for undo event name\r
2569    */\r
2570   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2571   {\r
2572     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2573     AlignmentSorter\r
2574             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2575     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2576     // HistoryItem.SORT));\r
2577     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2578             viewport.getAlignment()));\r
2579     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2580   }\r
2581 \r
2582   /**\r
2583    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2584    * the menu structure for the new tree\r
2585    * \r
2586    * @param treePanel\r
2587    * @param title\r
2588    */\r
2589   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2590           final String title)\r
2591   {\r
2592     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2593     sortByTreeMenu.add(item);\r
2594     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2595     {\r
2596       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2597       {\r
2598         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2599       }\r
2600     });\r
2601     \r
2602     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2603     {\r
2604       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2605       {\r
2606         if (viewport.sortByTree)\r
2607         {\r
2608           sortByTree(treePanel, title);\r
2609         }\r
2610         super.windowOpened(e);\r
2611       }\r
2612 \r
2613       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2614       {\r
2615         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2616       };\r
2617     });\r
2618   }\r
2619   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2620   {\r
2621     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2622     .getSequencesArray();\r
2623     if (viewport.applet.debug)\r
2624     {\r
2625       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2626     }\r
2627     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2628     if (undoname!=null)\r
2629     {\r
2630       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2631     }\r
2632     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2633     return true;\r
2634   }\r
2635 \r
2636   protected void documentation_actionPerformed()\r
2637   {\r
2638     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2639   }\r
2640 \r
2641   protected void about_actionPerformed()\r
2642   {\r
2643 \r
2644     class AboutPanel extends Canvas\r
2645     {\r
2646       String version;\r
2647 \r
2648       String builddate;\r
2649 \r
2650       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2651       {\r
2652         this.version = version;\r
2653         this.builddate = builddate;\r
2654       }\r
2655 \r
2656       public void paint(Graphics g)\r
2657       {\r
2658         g.setColor(Color.white);\r
2659         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2660         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2661         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2662         int fh = fm.getHeight();\r
2663         int y = 5, x = 7;\r
2664         g.setColor(Color.black);\r
2665         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2666         // lite and application\r
2667         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2668         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2669         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2670         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2671         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2672         g.drawString(\r
2673                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2674                 x, y += fh * 1.5);\r
2675         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2676         g.drawString(\r
2677                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2678                 x, y += fh);\r
2679         g.drawString(\r
2680                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2681                 x, y += fh);\r
2682         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2683         g.drawString(\r
2684                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2685                 x, y += fh);\r
2686         g.drawString(\r
2687                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2688                 x, y += fh);\r
2689         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2690                 x, y += fh);\r
2691       }\r
2692     }\r
2693 \r
2694     Frame frame = new Frame();\r
2695     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2696             .getBuildDate()));\r
2697     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2698 \r
2699   }\r
2700 \r
2701   public void showURL(String url, String target)\r
2702   {\r
2703     if (viewport.applet == null)\r
2704     {\r
2705       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2706     }\r
2707     else\r
2708     {\r
2709       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2710     }\r
2711   }\r
2712 \r
2713   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2714   // JBuilder Graphics here\r
2715 \r
2716   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2717 \r
2718   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2719 \r
2720   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2721 \r
2722   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2723 \r
2724   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2725 \r
2726   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2727 \r
2728   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2729 \r
2730   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2731 \r
2732   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2733 \r
2734   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2735 \r
2736   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2737 \r
2738   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2739 \r
2740   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2741 \r
2742   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2743 \r
2744   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2745 \r
2746   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2747 \r
2748   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2749 \r
2750   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2751 \r
2752   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2753 \r
2754   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2755 \r
2756   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2757 \r
2758   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2759 \r
2760   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2761 \r
2762   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2763 \r
2764   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2765 \r
2766   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2767 \r
2768   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2769 \r
2770   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2771 \r
2772   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2773 \r
2774   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2775 \r
2776   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2777 \r
2778   public Label statusBar = new Label();\r
2779 \r
2780   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2781 \r
2782   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2783 \r
2784   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2785 \r
2786   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2787 \r
2788   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2789 \r
2790   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2791 \r
2792   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2793 \r
2794   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2795 \r
2796   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2797 \r
2798   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2799   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2800   \r
2801   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2802 \r
2803   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2804 \r
2805   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2806 \r
2807   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2808 \r
2809   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2810 \r
2811   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2812 \r
2813   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2814 \r
2815   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2816 \r
2817   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2818 \r
2819   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2820 \r
2821   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2822 \r
2823   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2824 \r
2825   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2826 \r
2827   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2828 \r
2829   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2830 \r
2831   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2836 \r
2837   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2838 \r
2839   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2840 \r
2841   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2842 \r
2843   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2844 \r
2845   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2846 \r
2847   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2848 \r
2849   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2850 \r
2851   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2852 \r
2853   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2854 \r
2855   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2856 \r
2857   MenuItem font = new MenuItem();\r
2858 \r
2859   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2860 \r
2861   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2862 \r
2863   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2864 \r
2865   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2866 \r
2867   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2868 \r
2869   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2870           "Autocalculate Consensus", true);\r
2871 \r
2872   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2873           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2874 \r
2875   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2876 \r
2877   Menu sort = new Menu();\r
2878 \r
2879   Menu calculate = new Menu();\r
2880 \r
2881   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2882 \r
2883   Menu helpMenu = new Menu();\r
2884 \r
2885   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2886 \r
2887   MenuItem about = new MenuItem();\r
2888 \r
2889   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2890 \r
2891   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2892   \r
2893   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2894   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2895   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2896   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2897   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2898   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2899   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2900 \r
2901   private void jbInit() throws Exception\r
2902   {\r
2903 \r
2904     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2905 \r
2906     MenuItem item;\r
2907 \r
2908     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2909     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2910     {\r
2911 \r
2912       item = new MenuItem(\r
2913               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2914 \r
2915       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2916       {\r
2917         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2918         {\r
2919           outputText_actionPerformed(e);\r
2920         }\r
2921       });\r
2922 \r
2923       outputTextboxMenu.add(item);\r
2924     }\r
2925     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2926     loadApplication.addActionListener(this);\r
2927 \r
2928     loadTree.addActionListener(this);\r
2929     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2930     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2931     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2932     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2933     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2934     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2935     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2936     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2937     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2938     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2939     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2940     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2941     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2942     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2943     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2944     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2945     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2946     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2947     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2948     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2949     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2950     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2951     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2952     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2953     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2954     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2955     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2956     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2957     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2958     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2959     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2960     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2961     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2962     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2963     averageDistanceTreeMenuItem\r
2964             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2965     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2966     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2967     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2968     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2969     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2970     statusBar.setText("Status bar");\r
2971     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2972     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2973 \r
2974     clustalColour.addActionListener(this);\r
2975     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2976     zappoColour.addActionListener(this);\r
2977     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2978     taylorColour.addActionListener(this);\r
2979     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2980     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2981     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2982     helixColour.addActionListener(this);\r
2983     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2984     strandColour.addActionListener(this);\r
2985     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2986     turnColour.addActionListener(this);\r
2987     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2988     buriedColour.addActionListener(this);\r
2989     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
2990     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
2991     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
2992     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
2993     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2994     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2995     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2996     PIDColour.addActionListener(this);\r
2997     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2998     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2999     avDistanceTreeBlosumMenuItem\r
3000             .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3001     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3002     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3003     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3004     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3005     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3006     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3007     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3008     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3009     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3010     alProperties.addActionListener(this);\r
3011     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3012     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3013     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3014     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3015     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3016     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3017     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3018     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3019     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3020     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3021     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3022     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3023     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3024     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3025     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3026     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3027     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3028     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3029     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3030     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3031     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3032     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3033     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3034     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3035     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3036     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3037     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3038     copy.setLabel("Copy");\r
3039     copy.addActionListener(this);\r
3040     cut.setLabel("Cut");\r
3041     cut.addActionListener(this);\r
3042     delete.setLabel("Delete");\r
3043     delete.addActionListener(this);\r
3044     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3045     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3046     pasteNew.addActionListener(this);\r
3047     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3048     pasteThis.addActionListener(this);\r
3049     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3050     applyToAllGroups.setState(true);\r
3051     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3052     font.setLabel("Font...");\r
3053     font.addActionListener(this);\r
3054     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3055     scaleAbove.setState(true);\r
3056     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3057     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3058     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3059     scaleLeft.setState(true);\r
3060     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3061     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3062     scaleRight.setEnabled(false);\r
3063     scaleRight.setState(true);\r
3064     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3065     scaleRight.addItemListener(this);\r
3066     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3067     modifyPID.addActionListener(this);\r
3068     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3069     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3070     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3071     sort.setLabel("Sort");\r
3072     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3073     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3074     sortByTree.addItemListener(this);\r
3075     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3076     inputText.addActionListener(this);\r
3077     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3078     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3079     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3080     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3081     helpMenu.setLabel("Help");\r
3082     documentation.setLabel("Documentation");\r
3083     documentation.addActionListener(this);\r
3084 \r
3085     about.setLabel("About...");\r
3086     about.addActionListener(this);\r
3087     seqLimits.setState(true);\r
3088     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3089     seqLimits.addItemListener(this);\r
3090     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3091     featureSettings.addActionListener(this);\r
3092     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3093     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3094     sequenceFeatures.setState(false);\r
3095     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3096     annotationColour.addActionListener(this);\r
3097     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3098     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3099     menu1.setLabel("Show");\r
3100     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3101     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3102     menu2.setLabel("Hide");\r
3103     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3104     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3105     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3106     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3107     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3108     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3109     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3110     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3111     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3112     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3113     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3114     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3115     \r
3116     invertColSel.addActionListener(this);\r
3117     showColumns.addActionListener(this);\r
3118     showSeqs.addActionListener(this);\r
3119     hideColumns.addActionListener(this);\r
3120     hideSequences.addActionListener(this);\r
3121     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3122     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3123     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3124     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3125     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3126     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3127     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3128     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3129     formatMenu.setLabel("Format");\r
3130     selectMenu.setLabel("Select");\r
3131     newView.setLabel("New View");\r
3132     newView.addActionListener(this);\r
3133     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3134     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3135     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3136     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3137     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3138     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3139     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3140     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3141 \r
3142     fileMenu.add(inputText);\r
3143     fileMenu.add(loadTree);\r
3144     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3145 \r
3146     fileMenu.addSeparator();\r
3147     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3148     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3149     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3150 \r
3151     if (jalviewServletURL != null)\r
3152     {\r
3153       fileMenu.add(loadApplication);\r
3154     }\r
3155 \r
3156     fileMenu.addSeparator();\r
3157     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3158 \r
3159     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3160     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3161     editMenu.add(cut);\r
3162     editMenu.add(copy);\r
3163     editMenu.add(pasteMenu);\r
3164     editMenu.add(delete);\r
3165     editMenu.addSeparator();\r
3166     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3167     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3168     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3169     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3170     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3171     viewMenu.add(newView);\r
3172     viewMenu.addSeparator();\r
3173     viewMenu.add(menu1);\r
3174     viewMenu.add(menu2);\r
3175     viewMenu.addSeparator();\r
3176     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3177     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3178     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3179     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3180     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3181     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3182     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3183     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3184     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3185     viewMenu.addSeparator();\r
3186     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3187     viewMenu.add(featureSettings);\r
3188     viewMenu.addSeparator();\r
3189     viewMenu.add(alProperties);\r
3190     viewMenu.addSeparator();\r
3191     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3192     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3193     colourMenu.addSeparator();\r
3194     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3195     colourMenu.add(clustalColour);\r
3196     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3197     colourMenu.add(PIDColour);\r
3198     colourMenu.add(zappoColour);\r
3199     colourMenu.add(taylorColour);\r
3200     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3201     colourMenu.add(helixColour);\r
3202     colourMenu.add(strandColour);\r
3203     colourMenu.add(turnColour);\r
3204     colourMenu.add(buriedColour);\r
3205     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3206     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3207     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3208     colourMenu.addSeparator();\r
3209     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3210     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3211     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3212     colourMenu.add(modifyPID);\r
3213     colourMenu.add(annotationColour);\r
3214     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3215     calculateMenu.add(sort);\r
3216     calculateMenu.add(calculate);\r
3217     calculateMenu.addSeparator();\r
3218     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3219     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3220     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3221     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3222     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3223     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3224     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3225     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3226     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3227     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3228     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3229     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3230     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3231     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3232     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3233     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3234     helpMenu.add(documentation);\r
3235     helpMenu.add(about);\r
3236     menu1.add(showColumns);\r
3237     menu1.add(showSeqs);\r
3238     menu1.add(showAllHidden);\r
3239     menu2.add(hideColumns);\r
3240     menu2.add(hideSequences);\r
3241     menu2.add(hideAllSelection);\r
3242     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3243     formatMenu.add(font);\r
3244     formatMenu.add(seqLimits);\r
3245     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3246     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3247     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3248     formatMenu.add(scaleRight);\r
3249     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3250     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3251     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3252     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3253     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3254     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3255     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3256     selectMenu.addSeparator();\r
3257     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3258     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3259     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3260     selectMenu.add(invertColSel);\r
3261     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3262     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3263 \r
3264   }\r
3265 \r
3266   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3267 \r
3268   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3269 \r
3270   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3271 \r
3272   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3273 \r
3274   Menu menu1 = new Menu();\r
3275 \r
3276   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3277 \r
3278   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3279 \r
3280   Menu menu2 = new Menu();\r
3281 \r
3282   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3283 \r
3284   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3285 \r
3286   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3287 \r
3288   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3289 \r
3290   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3291 \r
3292   Menu formatMenu = new Menu();\r
3293 \r
3294   Menu selectMenu = new Menu();\r
3295 \r
3296   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3297 \r
3298   /**\r
3299    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3300    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3301    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3302    * \r
3303    * @param reallyEmbedded\r
3304    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3305    *          in a new window\r
3306    */\r
3307   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3308   {\r
3309     if (reallyEmbedded)\r
3310     {\r
3311       // ////\r
3312       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3313       //\r
3314       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3315       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3316       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3317       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3318               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3319       // and actually add the components to the applet area\r
3320       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3321       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3322       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3323       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3324               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3325                       - statusBar.HEIGHT);\r
3326       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3327       final AlignFrame me = this;\r
3328       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3329       {\r
3330         \r
3331         @Override\r
3332         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3333         {\r
3334           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3335                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3336         }}\r
3337         \r
3338         @Override\r
3339         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3340         {\r
3341           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3342         }\r
3343       });\r
3344       viewport.applet.validate();\r
3345     }\r
3346     else\r
3347     {\r
3348       // //////\r
3349       // test and embed menu bar if necessary.\r
3350       //\r
3351       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3352       {\r
3353         // adjust for status bar height too\r
3354         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3355                 - statusBar.HEIGHT);\r
3356       }\r
3357       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3358       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3359       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3360       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3361               DEFAULT_HEIGHT);\r
3362     }\r
3363   }\r
3364 \r
3365   /**\r
3366    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3367    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3368    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3369    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3370    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3371    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3372    * \r
3373    * @param viewer\r
3374    *          JmolViewer instance\r
3375    * @param sequenceIds\r
3376    *          - sequence Ids to search for associations\r
3377    */\r
3378   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3379           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3380   {\r
3381     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3382     try\r
3383     {\r
3384       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3385     } catch (ClassCastException ex)\r
3386     {\r
3387       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3388               + jmolviewer.getClass());\r
3389     }\r
3390     if (viewer == null)\r
3391     {\r
3392       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3393               + jmolviewer.getClass());\r
3394       return null;\r
3395     }\r
3396     SequenceI[] seqs = null;\r
3397     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3398     {\r
3399       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3400     }\r
3401     else\r
3402     {\r
3403       Vector sqi = new Vector();\r
3404       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3405       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3406       {\r
3407         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3408         if (sq != null)\r
3409         {\r
3410           sqi.addElement(sq);\r
3411         }\r
3412       }\r
3413       if (sqi.size() > 0)\r
3414       {\r
3415         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3416         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3417         {\r
3418           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3419         }\r
3420       }\r
3421       else\r
3422       {\r
3423         return null;\r
3424       }\r
3425     }\r
3426     ExtJmol jmv = null;\r
3427     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3428     if (jmv == null)\r
3429     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3430       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3431     }\r
3432     return jmv;\r
3433 \r
3434   }\r
3435   /**\r
3436    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3437    * \r
3438    * @param sequenceId\r
3439    *          - sequenceId within the dataset.\r
3440    * @param pdbEntryString\r
3441    *          - the short name for the PDB file\r
3442    * @param pdbFile\r
3443    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3444    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3445    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3446    *         fails.\r
3447    */\r
3448   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3449           String pdbFile)\r
3450   {\r
3451     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3452     boolean needtoadd = false;\r
3453     if (toaddpdb != null)\r
3454     {\r
3455       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3456       PDBEntry pdbentry = null;\r
3457       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3458       {\r
3459         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3460         {\r
3461           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3462           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3463                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3464           {\r
3465             pdbentry = null;\r
3466           }\r
3467           else\r
3468           {\r
3469             continue;\r
3470           }\r
3471         }\r
3472       }\r
3473       if (pdbentry == null)\r
3474       {\r
3475         pdbentry = new PDBEntry();\r
3476         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3477         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3478         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3479       }\r
3480       // resolve data source\r
3481       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3482       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3483       if (protocol == null)\r
3484       {\r
3485         return false;\r
3486       }\r
3487       if (needtoadd)\r
3488       {\r
3489         // make a note of the access mode and add\r
3490         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3491         {\r
3492           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3493         }\r
3494         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3495         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3496       }\r
3497     }\r
3498     return true;\r
3499   }\r
3500 \r
3501   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3502   {\r
3503     if (seqs != null)\r
3504     {\r
3505       Vector sequences = new Vector();\r
3506       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3507       {\r
3508         if (seqs[i] != null)\r
3509         {\r
3510           sequences.addElement(new Object[]\r
3511           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3512         }\r
3513       }\r
3514       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3515       chains = new String[sequences.size()];\r
3516       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3517       {\r
3518         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3519 \r
3520         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3521         chains[i] = (String) oj[1];\r
3522       }\r
3523     }\r
3524     return new Object[]\r
3525     { seqs, chains };\r
3526 \r
3527   }\r
3528 \r
3529   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3530           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3531   {\r
3532     // Scrub any null sequences from the array\r
3533     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3534     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3535     chains = (String[]) sqch[1];\r
3536     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3537     {\r
3538       System.err\r
3539               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3540     }\r
3541     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3542             || protocol.equals("null"))\r
3543     {\r
3544       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3545       if (protocol == null)\r
3546       {\r
3547         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3548                 + pdb.getId());\r
3549         return;\r
3550       }\r
3551     }\r
3552     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3553     {\r
3554       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3555       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3556         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3557       }\r
3558       return;\r
3559     }\r
3560     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3561     {\r
3562       // can only do alignments with Jmol\r
3563       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3564       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3565       Vector jmols = applet\r
3566               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3567       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3568       {\r
3569         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3570         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3571         {\r
3572           ajm = tajm;\r
3573           break;\r
3574         }\r
3575       }\r
3576       if (ajm != null)\r
3577       {\r
3578         System.err\r
3579                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3580         // try and add the pdb structure\r
3581         // ajm.addS\r
3582         ajm = null;\r
3583       }\r
3584     }\r
3585     // otherwise, create a new window\r
3586     if (applet.jmolAvailable)\r
3587     {\r
3588       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3589               protocol);\r
3590       applet.lastFrameX += 40;\r
3591       applet.lastFrameY += 40;\r
3592     }\r
3593     else\r
3594     {\r
3595       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3596     }\r
3597 \r
3598   }\r
3599 \r
3600   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3601           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3602   {\r
3603     // TODO Auto-generated method stub\r
3604     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3605   }\r
3606 \r
3607   /**\r
3608    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3609    * @param sel - sequences from this alignment \r
3610    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3611    */\r
3612   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3613   {\r
3614     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3615   }\r
3616 \r
3617   public void scrollTo(int row, int column)\r
3618   {\r
3619     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3620   }\r
3621   public void scrollToRow(int row)\r
3622   {\r
3623     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3624   }\r
3625   public void scrollToColumn(int column)\r
3626   {\r
3627     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3628   }\r
3629   /**\r
3630    * @return the alignments unique ID.\r
3631    */\r
3632   public String getSequenceSetId() {\r
3633     return viewport.getSequenceSetId();\r
3634   }\r
3635 }\r