src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)\r
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *  \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  21 import jalview.analysis.Conservation;\r
  22 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  23 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  24 import jalview.commands.CommandI;\r
  25 import jalview.commands.EditCommand;\r
  26 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  27 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  29 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  30 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  31 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  34 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  35 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  36 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  37 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  40 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  41 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  42 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  43 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  48 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  49 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  54 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;\r
  55 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  56 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  61 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  62 \r
  63 import java.awt.BorderLayout;\r
  64 import java.awt.Canvas;\r
  65 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  66 import java.awt.Color;\r
  67 import java.awt.Font;\r
  68 import java.awt.FontMetrics;\r
  69 import java.awt.Frame;\r
  70 import java.awt.Graphics;\r
  71 import java.awt.Label;\r
  72 import java.awt.Menu;\r
  73 import java.awt.MenuBar;\r
  74 import java.awt.MenuItem;\r
  75 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  76 import java.awt.event.ActionListener;\r
  77 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  78 import java.awt.event.FocusListener;\r
  79 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  80 import java.awt.event.ItemListener;\r
  81 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  82 import java.awt.event.KeyListener;\r
  83 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  84 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  85 import java.io.IOException;\r
  86 import java.io.InputStreamReader;\r
  87 import java.net.URL;\r
  88 import java.net.URLEncoder;\r
  89 import java.util.Enumeration;\r
  90 import java.util.Hashtable;\r
  91 import java.util.List;\r
  92 import java.util.StringTokenizer;\r
  93 import java.util.Vector;\r
  94 \r
  95 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;\r
  96 \r
  97 import org.xml.sax.SAXException;\r
  98 \r
  99 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;\r
 100 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;\r
 101 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;\r
 102 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;\r
 103 \r
 104 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
 105         ItemListener, KeyListener\r
 106 {\r
 107   public AlignmentPanel alignPanel;\r
 108 \r
 109   public AlignViewport viewport;\r
 110 \r
 111   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 112 \r
 113   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 114 \r
 115   String jalviewServletURL;\r
 116 \r
 117   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,\r
 118           String title, boolean embedded)\r
 119   {\r
 120     if (applet != null)\r
 121     {\r
 122       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 123     }\r
 124 \r
 125     try\r
 126     {\r
 127       jbInit();\r
 128     } catch (Exception ex)\r
 129     {\r
 130       ex.printStackTrace();\r
 131     }\r
 132 \r
 133     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 134     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 135 \r
 136     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 137     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 138 \r
 139     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 140     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 141     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 142     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 143     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 144     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 145     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 146     normSequenceLogo.setState(viewport.isNormaliseSequenceLogo());\r
 147 \r
 148     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 149 \r
 150     if (applet != null)\r
 151     {\r
 152       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 153       if (param != null)\r
 154       {\r
 155         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 156         {\r
 157           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 158         }\r
 159         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 160         {\r
 161           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 162         }\r
 163         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 164         {\r
 165           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 166         }\r
 167       }\r
 168 \r
 169       param = applet.getParameter("wrap");\r
 170       if (param != null)\r
 171       {\r
 172         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 173         {\r
 174           wrapMenuItem.setState(true);\r
 175           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 176         }\r
 177       }\r
 178       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 179       if (param != null)\r
 180       {\r
 181         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 182         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 183       }\r
 184       try\r
 185       {\r
 186         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 187         if (param != null)\r
 188         {\r
 189           int width = Integer.parseInt(param);\r
 190           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 191         }\r
 192         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 193         if (param != null)\r
 194         {\r
 195           int height = Integer.parseInt(param);\r
 196           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 197         }\r
 198       } catch (Exception ex)\r
 199       {\r
 200       }\r
 201 \r
 202     }\r
 203     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 204     {\r
 205       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 206       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 207       {\r
 208         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 209       }\r
 210       else\r
 211       {\r
 212         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 213       }\r
 214     }\r
 215     else\r
 216     {\r
 217       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 218       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 219     }\r
 220 \r
 221     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 222     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 223     // now\r
 224     this.addKeyListener(this);\r
 225     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 226     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 227     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 228     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 229     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 230     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 231     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 232     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 233 \r
 234     validate();\r
 235     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 236     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 237   }\r
 238 \r
 239   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 240   {\r
 241     return viewport;\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 245   {\r
 246     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 247   }\r
 248 \r
 249   /**\r
 250    * Load a features file onto the alignment\r
 251    * \r
 252    * @param file\r
 253    *          file URL, content, or other resolvable path\r
 254    * @param type\r
 255    *          is protocol for accessing data referred to by file\r
 256    */\r
 257 \r
 258   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 259   {\r
 260     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 261   }\r
 262 \r
 263   /**\r
 264    * Load a features file onto the alignment\r
 265    * \r
 266    * @param file\r
 267    *          file URL, content, or other resolvable path\r
 268    * @param type\r
 269    *          is protocol for accessing data referred to by file\r
 270    * @param autoenabledisplay\r
 271    *          when true, display features flag will be automatically enabled if\r
 272    *          features are loaded\r
 273    * @return true if data parsed as a features file\r
 274    */\r
 275   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type,\r
 276           boolean autoenabledisplay)\r
 277   {\r
 278     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already\r
 279     // has features with links overwrites the original links.\r
 280 \r
 281     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 282     boolean featuresFile = false;\r
 283     try\r
 284     {\r
 285       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 286               .parse(viewport.getAlignment(), alignPanel.seqPanel.seqCanvas\r
 287                       .getFeatureRenderer().featureColours, featureLinks,\r
 288                       true, viewport.applet.getDefaultParameter(\r
 289                               "relaxedidmatch", false));\r
 290     } catch (Exception ex)\r
 291     {\r
 292       ex.printStackTrace();\r
 293     }\r
 294 \r
 295     if (featuresFile)\r
 296     {\r
 297       if (featureLinks.size() > 0)\r
 298       {\r
 299         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 300       }\r
 301       if (autoenabledisplay)\r
 302       {\r
 303         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 304         sequenceFeatures.setState(true);\r
 305       }\r
 306       if (viewport.featureSettings != null)\r
 307       {\r
 308         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 309       }\r
 310       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 311       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 312     }\r
 313     return featuresFile;\r
 314   }\r
 315 \r
 316   @Override\r
 317   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 318   {\r
 319     if (viewport.cursorMode\r
 320             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 321                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 322                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 323             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 324       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 325 \r
 326     switch (evt.getKeyCode())\r
 327     {\r
 328     case 27: // escape key\r
 329       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 330 \r
 331       alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
 332       break;\r
 333     case KeyEvent.VK_X:\r
 334       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 335       {\r
 336         cut_actionPerformed();\r
 337       }\r
 338       break;\r
 339     case KeyEvent.VK_C:\r
 340       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 341       {\r
 342         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 343       }\r
 344       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 345       {\r
 346         copy_actionPerformed();\r
 347       }\r
 348       break;\r
 349     case KeyEvent.VK_V:\r
 350       if (evt.isControlDown())\r
 351       {\r
 352         paste(evt.isShiftDown());\r
 353       }\r
 354       break;\r
 355     case KeyEvent.VK_A:\r
 356       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 357       {\r
 358         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 359       }\r
 360       break;\r
 361     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 362       if (viewport.cursorMode)\r
 363       {\r
 364         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 365       }\r
 366       else\r
 367       {\r
 368         moveSelectedSequences(false);\r
 369       }\r
 370       break;\r
 371 \r
 372     case KeyEvent.VK_UP:\r
 373       if (viewport.cursorMode)\r
 374       {\r
 375         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 376       }\r
 377       else\r
 378       {\r
 379         moveSelectedSequences(true);\r
 380       }\r
 381       break;\r
 382 \r
 383     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 384       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 385         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 386       else\r
 387         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 388       break;\r
 389 \r
 390     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 391       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 392         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 393       else\r
 394         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 395       break;\r
 396 \r
 397     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 398       if (viewport.cursorMode)\r
 399       {\r
 400         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 401                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 402       }\r
 403       break;\r
 404 \r
 405     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 406     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 407       if (viewport.cursorMode)\r
 408       {\r
 409         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 410                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 411       }\r
 412       else\r
 413       {\r
 414         cut_actionPerformed();\r
 415         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 416       }\r
 417       break;\r
 418 \r
 419     case KeyEvent.VK_S:\r
 420       if (viewport.cursorMode)\r
 421       {\r
 422         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 423       }\r
 424       break;\r
 425     case KeyEvent.VK_P:\r
 426       if (viewport.cursorMode)\r
 427       {\r
 428         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 429       }\r
 430       break;\r
 431 \r
 432     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 433     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 434       if (viewport.cursorMode)\r
 435       {\r
 436         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 437       }\r
 438       break;\r
 439 \r
 440     case KeyEvent.VK_Q:\r
 441       if (viewport.cursorMode)\r
 442       {\r
 443         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 444       }\r
 445       break;\r
 446     case KeyEvent.VK_M:\r
 447       if (viewport.cursorMode)\r
 448       {\r
 449         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 450       }\r
 451       break;\r
 452 \r
 453     case KeyEvent.VK_F2:\r
 454       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 455       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 456               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 457       if (viewport.cursorMode)\r
 458       {\r
 459         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 460         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 461       }\r
 462       break;\r
 463 \r
 464     case KeyEvent.VK_F:\r
 465       if (evt.isControlDown())\r
 466       {\r
 467         findMenuItem_actionPerformed();\r
 468       }\r
 469       break;\r
 470 \r
 471     case KeyEvent.VK_H:\r
 472     {\r
 473       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 474       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 475       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 476       break;\r
 477     }\r
 478 \r
 479     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 480       if (viewport.wrapAlignment)\r
 481       {\r
 482         alignPanel.scrollUp(true);\r
 483       }\r
 484       else\r
 485       {\r
 486         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 487                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 488       }\r
 489       break;\r
 490 \r
 491     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 492       if (viewport.wrapAlignment)\r
 493       {\r
 494         alignPanel.scrollUp(false);\r
 495       }\r
 496       else\r
 497       {\r
 498         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 499                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 500       }\r
 501       break;\r
 502 \r
 503     case KeyEvent.VK_Z:\r
 504       if (evt.isControlDown())\r
 505       {\r
 506         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 507       }\r
 508       break;\r
 509 \r
 510     case KeyEvent.VK_Y:\r
 511       if (evt.isControlDown())\r
 512       {\r
 513         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 514       }\r
 515       break;\r
 516 \r
 517     case KeyEvent.VK_L:\r
 518       if (evt.isControlDown())\r
 519       {\r
 520         trimAlignment(true);\r
 521       }\r
 522       break;\r
 523 \r
 524     case KeyEvent.VK_R:\r
 525       if (evt.isControlDown())\r
 526       {\r
 527         trimAlignment(false);\r
 528       }\r
 529       break;\r
 530 \r
 531     case KeyEvent.VK_E:\r
 532       if (evt.isControlDown())\r
 533       {\r
 534         if (evt.isShiftDown())\r
 535         {\r
 536           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 537         }\r
 538         else\r
 539         {\r
 540           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 541         }\r
 542       }\r
 543       break;\r
 544     case KeyEvent.VK_I:\r
 545       if (evt.isControlDown())\r
 546       {\r
 547         if (evt.isAltDown())\r
 548         {\r
 549           invertColSel_actionPerformed();\r
 550         }\r
 551         else\r
 552         {\r
 553           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 554         }\r
 555       }\r
 556       break;\r
 557 \r
 558     case KeyEvent.VK_U:\r
 559       if (evt.isControlDown())\r
 560       {\r
 561         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 562       }\r
 563       break;\r
 564 \r
 565     case KeyEvent.VK_T:\r
 566       if (evt.isControlDown())\r
 567       {\r
 568         newView(null);\r
 569       }\r
 570       break;\r
 571 \r
 572     }\r
 573     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 574   }\r
 575 \r
 576   /**\r
 577    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 578    * \r
 579    * @param toggleSeqs\r
 580    * @param toggleCols\r
 581    */\r
 582   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 583   {\r
 584     boolean hide = false;\r
 585     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 586     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 587     {\r
 588       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 589       // invert and then hide\r
 590       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 591       if ((viewport.getColumnSelection() != null\r
 592               && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport\r
 593               .getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 594               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 595                       .getEndRes()))\r
 596       {\r
 597         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 598         // that no hiding is required.\r
 599         if (sg != null)\r
 600         {\r
 601           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 602           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 603           toggleSeqs = true;\r
 604 \r
 605         }\r
 606         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 607         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 608         // selection and indicate it should be hidden.\r
 609         invertColSel_actionPerformed();\r
 610         toggleCols = true;\r
 611       }\r
 612     }\r
 613 \r
 614     if (toggleSeqs)\r
 615     {\r
 616       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 617       {\r
 618         hide = true;\r
 619         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 620       }\r
 621       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected()\r
 622               .size() > 0))\r
 623       {\r
 624         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 625       }\r
 626     }\r
 627 \r
 628     if (toggleCols)\r
 629     {\r
 630       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 631       {\r
 632         viewport.hideSelectedColumns();\r
 633         if (!toggleSeqs)\r
 634         {\r
 635           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 636         }\r
 637       }\r
 638       else if (!hide)\r
 639       {\r
 640         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 641       }\r
 642     }\r
 643   }\r
 644 \r
 645   @Override\r
 646   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 647   {\r
 648   }\r
 649 \r
 650   @Override\r
 651   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 652   {\r
 653   }\r
 654 \r
 655   @Override\r
 656   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 657   {\r
 658     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 659     {\r
 660       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 661     }\r
 662     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 663     {\r
 664       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 665     }\r
 666     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 667     {\r
 668       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 669     }\r
 670     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 671     {\r
 672       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 673     }\r
 674     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 675     {\r
 676       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 677     }\r
 678     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 679     {\r
 680       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 681     }\r
 682     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 683     {\r
 684       seqLimits_itemStateChanged();\r
 685     }\r
 686     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 687     {\r
 688       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 689     }\r
 690     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 691     {\r
 692       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 693     }\r
 694     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 695     {\r
 696       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 697     }\r
 698     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 699     {\r
 700       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 701       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 702     }\r
 703     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 704     {\r
 705       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 706       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 707     }\r
 708     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 709     {\r
 710       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 711     }\r
 712     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 713     {\r
 714       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 715     }\r
 716     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 717     {\r
 718       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 719     }\r
 720     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 721     {\r
 722       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 723     }\r
 724     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 725     {\r
 726       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 727     }\r
 728     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 729     {\r
 730       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 731     }\r
 732     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 733     {\r
 734       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 735     }\r
 736     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 737     {\r
 738       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 739     }\r
 740     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 741     {\r
 742       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 743     }\r
 744     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 745     {\r
 746       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 747     }\r
 748     else if (evt.getSource() == normSequenceLogo)\r
 749     {\r
 750       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 751     }\r
 752     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 753     {\r
 754       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 755     }\r
 756     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 757     {\r
 758       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 759     }\r
 760     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 761   }\r
 762 \r
 763   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 764   {\r
 765     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 766     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 767     // searchresults.\r
 768   }\r
 769 \r
 770   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 771   {\r
 772     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 773     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 774   }\r
 775 \r
 776   @Override\r
 777   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 778   {\r
 779     Object source = evt.getSource();\r
 780 \r
 781     if (source == inputText)\r
 782     {\r
 783       inputText_actionPerformed();\r
 784     }\r
 785     else if (source == loadTree)\r
 786     {\r
 787       loadTree_actionPerformed();\r
 788     }\r
 789     else if (source == loadApplication)\r
 790     {\r
 791       launchFullApplication();\r
 792     }\r
 793     else if (source == loadAnnotations)\r
 794     {\r
 795       loadAnnotations();\r
 796     }\r
 797     else if (source == outputAnnotations)\r
 798     {\r
 799       outputAnnotations(true);\r
 800     }\r
 801     else if (source == outputFeatures)\r
 802     {\r
 803       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 804     }\r
 805     else if (source == closeMenuItem)\r
 806     {\r
 807       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 808     }\r
 809     else if (source == copy)\r
 810     {\r
 811       copy_actionPerformed();\r
 812     }\r
 813     else if (source == undoMenuItem)\r
 814     {\r
 815       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 816     }\r
 817     else if (source == redoMenuItem)\r
 818     {\r
 819       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 820     }\r
 821     else if (source == inputText)\r
 822     {\r
 823       inputText_actionPerformed();\r
 824     }\r
 825     else if (source == closeMenuItem)\r
 826     {\r
 827       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 828     }\r
 829     else if (source == undoMenuItem)\r
 830     {\r
 831       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 832     }\r
 833     else if (source == redoMenuItem)\r
 834     {\r
 835       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 836     }\r
 837     else if (source == copy)\r
 838     {\r
 839       copy_actionPerformed();\r
 840     }\r
 841     else if (source == pasteNew)\r
 842     {\r
 843       pasteNew_actionPerformed();\r
 844     }\r
 845     else if (source == pasteThis)\r
 846     {\r
 847       pasteThis_actionPerformed();\r
 848     }\r
 849     else if (source == cut)\r
 850     {\r
 851       cut_actionPerformed();\r
 852     }\r
 853     else if (source == delete)\r
 854     {\r
 855       delete_actionPerformed();\r
 856     }\r
 857     else if (source == grpsFromSelection)\r
 858     {\r
 859       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 860     }\r
 861     else if (source == deleteGroups)\r
 862     {\r
 863       deleteGroups_actionPerformed();\r
 864     }\r
 865     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 866     {\r
 867       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 868     }\r
 869     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 870     {\r
 871       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 872     }\r
 873     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 874     {\r
 875       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 876     }\r
 877     else if (source == invertColSel)\r
 878     {\r
 879       viewport.invertColumnSelection();\r
 880       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 881     }\r
 882     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 883     {\r
 884       trimAlignment(true);\r
 885     }\r
 886     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 887     {\r
 888       trimAlignment(false);\r
 889     }\r
 890     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 891     {\r
 892       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 893     }\r
 894     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 895     {\r
 896       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 897     }\r
 898     else if (source == findMenuItem)\r
 899     {\r
 900       findMenuItem_actionPerformed();\r
 901     }\r
 902     else if (source == font)\r
 903     {\r
 904       new FontChooser(alignPanel);\r
 905     }\r
 906     else if (source == newView)\r
 907     {\r
 908       newView(null);\r
 909     }\r
 910     else if (source == showColumns)\r
 911     {\r
 912       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 913       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 914     }\r
 915     else if (source == showSeqs)\r
 916     {\r
 917       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 918       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 919     }\r
 920     else if (source == hideColumns)\r
 921     {\r
 922       viewport.hideSelectedColumns();\r
 923       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 924     }\r
 925     else if (source == hideSequences\r
 926             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 927     {\r
 928       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 929       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 930     }\r
 931     else if (source == hideAllButSelection)\r
 932     {\r
 933       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 934       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 935     }\r
 936     else if (source == hideAllSelection)\r
 937     {\r
 938       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 939       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 940       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 941       viewport.hideSelectedColumns();\r
 942       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 943     }\r
 944     else if (source == showAllHidden)\r
 945     {\r
 946       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 947       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 948       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 949     }\r
 950     else if (source == showGroupConsensus)\r
 951     {\r
 952       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 953     }\r
 954     else if (source == showGroupConservation)\r
 955     {\r
 956       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 957     }\r
 958     else if (source == showSequenceLogo)\r
 959     {\r
 960       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 961     }\r
 962     else if (source == normSequenceLogo)\r
 963     {\r
 964       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 965     }\r
 966     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 967     {\r
 968       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 969     }\r
 970     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 971     {\r
 972       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 973     }\r
 974     else if (source == featureSettings)\r
 975     {\r
 976       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 977     }\r
 978     else if (source == alProperties)\r
 979     {\r
 980       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 981               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 982       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 983       cap.setText(contents.toString());\r
 984       Frame frame = new Frame();\r
 985       frame.add(cap);\r
 986       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 987               + getTitle(), 400, 250);\r
 988     }\r
 989     else if (source == overviewMenuItem)\r
 990     {\r
 991       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 992     }\r
 993     else if (source == noColourmenuItem)\r
 994     {\r
 995       changeColour(null);\r
 996     }\r
 997     else if (source == clustalColour)\r
 998     {\r
 999       abovePIDThreshold.setState(false);\r
1000       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(), null));\r
1001     }\r
1002     else if (source == zappoColour)\r
1003     {\r
1004       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1005     }\r
1006     else if (source == taylorColour)\r
1007     {\r
1008       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1009     }\r
1010     else if (source == hydrophobicityColour)\r
1011     {\r
1012       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1013     }\r
1014     else if (source == helixColour)\r
1015     {\r
1016       changeColour(new HelixColourScheme());\r
1017     }\r
1018     else if (source == strandColour)\r
1019     {\r
1020       changeColour(new StrandColourScheme());\r
1021     }\r
1022     else if (source == turnColour)\r
1023     {\r
1024       changeColour(new TurnColourScheme());\r
1025     }\r
1026     else if (source == buriedColour)\r
1027     {\r
1028       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1029     }\r
1030     else if (source == nucleotideColour)\r
1031     {\r
1032       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1033     }\r
1034     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
1035     {\r
1036       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
1037     }\r
1038 \r
1039     else if (source == RNAHelixColour)\r
1040     {\r
1041       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1042     }\r
1043     else if (source == modifyPID)\r
1044     {\r
1045       modifyPID_actionPerformed();\r
1046     }\r
1047     else if (source == modifyConservation)\r
1048     {\r
1049       modifyConservation_actionPerformed();\r
1050     }\r
1051     else if (source == userDefinedColour)\r
1052     {\r
1053       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1054     }\r
1055     else if (source == PIDColour)\r
1056     {\r
1057       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1058     }\r
1059     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1060     {\r
1061       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1062     }\r
1063     else if (source == tcoffeeColour)\r
1064     {\r
1065       changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1066     }\r
1067     else if (source == annotationColour)\r
1068     {\r
1069       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1070     }\r
1071     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1072     {\r
1073       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1074     }\r
1075     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1076     {\r
1077       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1078     }\r
1079     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1080     {\r
1081       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1082     }\r
1083     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1084     {\r
1085       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1086     }\r
1087     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1088     {\r
1089       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1090     }\r
1091     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1092     {\r
1093       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1094     }\r
1095     else if (source == PCAMenuItem)\r
1096     {\r
1097       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1098     }\r
1099     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1100     {\r
1101       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1102     }\r
1103     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1104     {\r
1105       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1106     }\r
1107     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1108     {\r
1109       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1110     }\r
1111     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1112     {\r
1113       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1114     }\r
1115     else if (source == documentation)\r
1116     {\r
1117       documentation_actionPerformed();\r
1118     }\r
1119     else if (source == about)\r
1120     {\r
1121       about_actionPerformed();\r
1122     }\r
1123 \r
1124   }\r
1125 \r
1126   public void inputText_actionPerformed()\r
1127   {\r
1128     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1129     Frame frame = new Frame();\r
1130     frame.add(cap);\r
1131     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1132   }\r
1133 \r
1134   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1135   {\r
1136     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1137     Frame frame = new Frame();\r
1138     frame.add(cap);\r
1139     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1140             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1141     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1142             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1143             viewport.showJVSuffix));\r
1144   }\r
1145 \r
1146   public void loadAnnotations()\r
1147   {\r
1148     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1149     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1150     cap.setAnnotationImport();\r
1151     Frame frame = new Frame();\r
1152     frame.add(cap);\r
1153     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1154 \r
1155   }\r
1156 \r
1157   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1158   {\r
1159     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1160             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1161                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport\r
1162                     .getAlignment().getGroups(), ((Alignment) viewport\r
1163                     .getAlignment()).alignmentProperties);\r
1164 \r
1165     if (displayTextbox)\r
1166     {\r
1167       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1168       Frame frame = new Frame();\r
1169       frame.add(cap);\r
1170       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1171       cap.setText(annotation);\r
1172     }\r
1173 \r
1174     return annotation;\r
1175   }\r
1176 \r
1177   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1178   {\r
1179     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null\r
1180             && viewport.featuresDisplayed != null)\r
1181     {\r
1182       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1183       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1184       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1185       while (en.hasMoreElements())\r
1186       {\r
1187         Object col = en.nextElement();\r
1188         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1189       }\r
1190       return fcols;\r
1191     }\r
1192     return null;\r
1193   }\r
1194 \r
1195   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1196   {\r
1197     String features;\r
1198     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1199     {\r
1200       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(viewport\r
1201               .getAlignment().getSequencesArray(),\r
1202               getDisplayedFeatureCols());\r
1203     }\r
1204     else\r
1205     {\r
1206       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(viewport.getAlignment()\r
1207               .getSequencesArray(), getDisplayedFeatureCols());\r
1208     }\r
1209 \r
1210     if (displayTextbox)\r
1211     {\r
1212       boolean frimport = false;\r
1213       if (features == null || features.equals("No Features Visible"))\r
1214       {\r
1215         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1216         frimport = true;\r
1217       }\r
1218 \r
1219       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1220       if (frimport)\r
1221       {\r
1222         cap.setAnnotationImport();\r
1223       }\r
1224       Frame frame = new Frame();\r
1225       frame.add(cap);\r
1226       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1227       cap.setText(features);\r
1228     }\r
1229     else\r
1230     {\r
1231       if (features == null)\r
1232         features = "";\r
1233     }\r
1234 \r
1235     return features;\r
1236   }\r
1237 \r
1238   void launchFullApplication()\r
1239   {\r
1240     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1241 \r
1242     url.append("?open="\r
1243             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1244 \r
1245     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1246     {\r
1247       url.append("&features=");\r
1248       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1249     }\r
1250 \r
1251     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1252     {\r
1253       url.append("&annotations=");\r
1254       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1255     }\r
1256 \r
1257     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1258     {\r
1259       url.append("&annotations=");\r
1260       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1261     }\r
1262 \r
1263     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1264     {\r
1265       url.append("&colour="\r
1266               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1267                       .getParameter("defaultColour")));\r
1268     }\r
1269 \r
1270     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1271     {\r
1272       url.append("&colour="\r
1273               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1274                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1275     }\r
1276     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1277     {\r
1278       url.append("&tree="\r
1279               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1280     }\r
1281     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1282     {\r
1283       url.append("&tree="\r
1284               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1285     }\r
1286 \r
1287     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1288   }\r
1289 \r
1290   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1291   {\r
1292     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1293     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1294     {\r
1295       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1296       {\r
1297         sb.append("%20");\r
1298       }\r
1299       else\r
1300       {\r
1301         sb.append(colour.charAt(i));\r
1302       }\r
1303     }\r
1304 \r
1305     return sb.toString();\r
1306   }\r
1307 \r
1308   String appendProtocol(String url)\r
1309   {\r
1310     try\r
1311     {\r
1312       new URL(url);\r
1313       url = URLEncoder.encode(url);\r
1314     }\r
1315     /*\r
1316      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1317      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1318      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1319      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1320      * ex.printStackTrace(); }\r
1321      */\r
1322     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1323     {\r
1324       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1325     }\r
1326     return url;\r
1327   }\r
1328 \r
1329   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1330   {\r
1331     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1332     if (alignPanel.seqPanel != null\r
1333             && alignPanel.seqPanel.seqCanvas != null)\r
1334     {\r
1335       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1336     }\r
1337     if (alignPanel.idPanel != null && alignPanel.idPanel.idCanvas != null)\r
1338     {\r
1339       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1340     }\r
1341 \r
1342     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1343     {\r
1344       System.exit(0);\r
1345     }\r
1346     else\r
1347     {\r
1348     }\r
1349     viewport = null;\r
1350     alignPanel = null;\r
1351     this.dispose();\r
1352   }\r
1353 \r
1354   /**\r
1355    * TODO: JAL-1104\r
1356    */\r
1357   void updateEditMenuBar()\r
1358   {\r
1359 \r
1360     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1361     {\r
1362       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1363       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1364       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1365     }\r
1366     else\r
1367     {\r
1368       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1369       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1370     }\r
1371 \r
1372     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1373     {\r
1374       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1375 \r
1376       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1377       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1378     }\r
1379     else\r
1380     {\r
1381       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1382       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1383     }\r
1384   }\r
1385 \r
1386   /**\r
1387    * TODO: JAL-1104\r
1388    */\r
1389   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1390   {\r
1391     if (command.getSize() > 0)\r
1392     {\r
1393       viewport.historyList.push(command);\r
1394       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1395       updateEditMenuBar();\r
1396       viewport.updateHiddenColumns();\r
1397     }\r
1398   }\r
1399 \r
1400   /**\r
1401    * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
1402    * \r
1403    * @param e\r
1404    *          DOCUMENT ME!\r
1405    */\r
1406   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1407   {\r
1408     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1409     {\r
1410       return;\r
1411     }\r
1412 \r
1413     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1414     viewport.redoList.push(command);\r
1415     command.undoCommand(null);\r
1416 \r
1417     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1418     // JBPNote Test\r
1419     if (originalSource != viewport)\r
1420     {\r
1421       System.err\r
1422               .println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1423     }\r
1424     originalSource.updateHiddenColumns(); // originalSource.hasHiddenColumns =\r
1425                                           // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1426                                           // != null;\r
1427     updateEditMenuBar();\r
1428     originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1429             .getAlignment().getSequences());\r
1430   }\r
1431 \r
1432   /**\r
1433    * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
1434    * \r
1435    * @param e\r
1436    *          DOCUMENT ME!\r
1437    */\r
1438   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1439   {\r
1440     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1441     {\r
1442       return;\r
1443     }\r
1444 \r
1445     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1446     viewport.historyList.push(command);\r
1447     command.doCommand(null);\r
1448 \r
1449     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1450     // JBPNote Test\r
1451     if (originalSource != viewport)\r
1452     {\r
1453       System.err\r
1454               .println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1455     }\r
1456     originalSource.updateHiddenColumns(); // sethasHiddenColumns(); =\r
1457                                           // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1458                                           // != null;\r
1459 \r
1460     updateEditMenuBar();\r
1461     originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1462             .getAlignment().getSequences());\r
1463   }\r
1464 \r
1465   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1466   {\r
1467     AlignViewport originalSource = null;\r
1468     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1469     // the property change event FROM the viewport where the\r
1470     // original alignment was altered\r
1471     AlignmentI al = null;\r
1472     if (command instanceof EditCommand)\r
1473     {\r
1474       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1475       al = editCommand.getAlignment();\r
1476       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1477               .getSequenceSetId());\r
1478       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1479       {\r
1480         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1481         {\r
1482           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1483           {\r
1484             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1485             break;\r
1486           }\r
1487         }\r
1488       }\r
1489     }\r
1490 \r
1491     if (originalSource == null)\r
1492     {\r
1493       // The original view is closed, we must validate\r
1494       // the current view against the closed view first\r
1495       if (al != null)\r
1496       {\r
1497         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1498       }\r
1499 \r
1500       originalSource = viewport;\r
1501     }\r
1502 \r
1503     return originalSource;\r
1504   }\r
1505 \r
1506   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1507   {\r
1508     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1509     if (sg == null)\r
1510     {\r
1511       return;\r
1512     }\r
1513     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg,\r
1514             up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1515     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1516   }\r
1517 \r
1518   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1519   {\r
1520     List<SequenceI> sg = new Vector<SequenceI>();\r
1521     if (viewport.cursorMode)\r
1522     {\r
1523       sg.add(viewport.getAlignment().getSequenceAt(\r
1524               alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1525     }\r
1526     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1527             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport\r
1528                     .getAlignment().getHeight())\r
1529     {\r
1530       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1531               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1532     }\r
1533 \r
1534     if (sg.size() < 1)\r
1535     {\r
1536       return;\r
1537     }\r
1538 \r
1539     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1540 \r
1541     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1542     {\r
1543       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1544         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1545     }\r
1546 \r
1547     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1548 \r
1549     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup\r
1550             .size()]);\r
1551     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1552       seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
1553 \r
1554     SlideSequencesCommand ssc;\r
1555     if (right)\r
1556       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1557               size, viewport.getGapCharacter());\r
1558     else\r
1559       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1560               size, viewport.getGapCharacter());\r
1561 \r
1562     int groupAdjustment = 0;\r
1563     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1564     {\r
1565       if (viewport.cursorMode)\r
1566         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1567       else\r
1568         groupAdjustment = size;\r
1569     }\r
1570     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1571     {\r
1572       if (viewport.cursorMode)\r
1573         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1574       else\r
1575         groupAdjustment = -size;\r
1576     }\r
1577 \r
1578     if (groupAdjustment != 0)\r
1579     {\r
1580       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1581               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1582       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1583               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1584     }\r
1585 \r
1586     boolean appendHistoryItem = false;\r
1587     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1588             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1589     {\r
1590       appendHistoryItem = ssc\r
1591               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1592                       .peek());\r
1593     }\r
1594 \r
1595     if (!appendHistoryItem)\r
1596       addHistoryItem(ssc);\r
1597 \r
1598     repaint();\r
1599   }\r
1600 \r
1601   static StringBuffer copiedSequences;\r
1602 \r
1603   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1604 \r
1605   protected void copy_actionPerformed()\r
1606   {\r
1607     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1608     {\r
1609       return;\r
1610     }\r
1611 \r
1612     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1613     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1614     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1615     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1616     {\r
1617       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1618       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1619       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1620     }\r
1621 \r
1622     int index = 0, startRes, endRes;\r
1623     char ch;\r
1624 \r
1625     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1626     {\r
1627       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1628       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1629       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1630               .size(); i++)\r
1631       {\r
1632         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1633                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1634 \r
1635         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1636         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1637       }\r
1638     }\r
1639     else\r
1640     {\r
1641       copiedHiddenColumns = null;\r
1642     }\r
1643 \r
1644     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1645     {\r
1646       SequenceI seq = null;\r
1647 \r
1648       while (seq == null)\r
1649       {\r
1650         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1651         {\r
1652           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1653           index++;\r
1654 \r
1655           break;\r
1656         }\r
1657         else\r
1658         {\r
1659           index++;\r
1660         }\r
1661       }\r
1662 \r
1663       // FIND START RES\r
1664       // Returns residue following index if gap\r
1665       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1666 \r
1667       // FIND END RES\r
1668       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1669       endRes = 0;\r
1670 \r
1671       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1672       {\r
1673         ch = seq.getCharAt(j);\r
1674         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1675         {\r
1676           endRes++;\r
1677         }\r
1678       }\r
1679 \r
1680       if (endRes > 0)\r
1681       {\r
1682         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1683       }\r
1684 \r
1685       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1686               + "\t"\r
1687               + startRes\r
1688               + "\t"\r
1689               + endRes\r
1690               + "\t"\r
1691               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1692                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1693     }\r
1694 \r
1695   }\r
1696 \r
1697   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1698   {\r
1699     paste(true);\r
1700   }\r
1701 \r
1702   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1703   {\r
1704     paste(false);\r
1705   }\r
1706 \r
1707   void paste(boolean newAlignment)\r
1708   {\r
1709     try\r
1710     {\r
1711 \r
1712       if (copiedSequences == null)\r
1713       {\r
1714         return;\r
1715       }\r
1716 \r
1717       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1718       Vector seqs = new Vector();\r
1719       while (st.hasMoreElements())\r
1720       {\r
1721         String name = st.nextToken();\r
1722         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1723         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1724         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1725       }\r
1726       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1727       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1728       {\r
1729         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1730       }\r
1731 \r
1732       if (newAlignment)\r
1733       {\r
1734         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1735         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1736         {\r
1737           newtitle = getTitle();\r
1738         }\r
1739         else\r
1740         {\r
1741           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1742         }\r
1743         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1744                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1745         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1746         {\r
1747           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1748           {\r
1749             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1750             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1751           }\r
1752         }\r
1753 \r
1754         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1755                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1756       }\r
1757       else\r
1758       {\r
1759         addSequences(newSeqs);\r
1760       }\r
1761 \r
1762     } catch (Exception ex)\r
1763     {\r
1764     } // could be anything being pasted in here\r
1765 \r
1766   }\r
1767 \r
1768   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1769   {\r
1770     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1771     {\r
1772       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1773     }\r
1774 \r
1775     // !newAlignment\r
1776     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1777             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(),\r
1778             viewport.getAlignment()));\r
1779 \r
1780     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1781     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1782     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1783             .getSequences());\r
1784 \r
1785   }\r
1786 \r
1787   protected void cut_actionPerformed()\r
1788   {\r
1789     copy_actionPerformed();\r
1790     delete_actionPerformed();\r
1791   }\r
1792 \r
1793   protected void delete_actionPerformed()\r
1794   {\r
1795 \r
1796     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1797     if (sg == null)\r
1798     {\r
1799       return;\r
1800     }\r
1801 \r
1802     Vector seqs = new Vector();\r
1803     SequenceI seq;\r
1804     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1805     {\r
1806       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1807       seqs.addElement(seq);\r
1808     }\r
1809 \r
1810     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1811     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1812     {\r
1813       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1814               sg.getEndRes() + 1);\r
1815     }\r
1816 \r
1817     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1818     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1819     {\r
1820       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1821     }\r
1822 \r
1823     /*\r
1824      * //ADD HISTORY ITEM\r
1825      */\r
1826     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1827             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1828             viewport.getAlignment()));\r
1829 \r
1830     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1831     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1832 \r
1833     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1834             .getSequences());\r
1835 \r
1836     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1837     {\r
1838       this.setVisible(false);\r
1839     }\r
1840     viewport.sendSelection();\r
1841   }\r
1842 \r
1843   /**\r
1844    * group consensus toggled\r
1845    * \r
1846    */\r
1847   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1848   {\r
1849     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1850     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1851 \r
1852   }\r
1853 \r
1854   /**\r
1855    * group conservation toggled.\r
1856    */\r
1857   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1858   {\r
1859     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1860     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1861   }\r
1862 \r
1863   /*\r
1864    * (non-Javadoc)\r
1865    * \r
1866    * @see\r
1867    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1868    * .event.ActionEvent)\r
1869    */\r
1870   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1871   {\r
1872     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1873     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1874   }\r
1875 \r
1876   /*\r
1877    * (non-Javadoc)\r
1878    * \r
1879    * @see\r
1880    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1881    * .event.ActionEvent)\r
1882    */\r
1883   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1884   {\r
1885     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1886     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1887   }\r
1888 \r
1889   protected void normSequenceLogo_actionPerformed()\r
1890   {\r
1891     showSequenceLogo.setState(true);\r
1892     viewport.setShowSequenceLogo(true);\r
1893     viewport.setNormaliseSequenceLogo(normSequenceLogo.getState());\r
1894     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1895   }\r
1896 \r
1897   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1898   {\r
1899     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1900   }\r
1901 \r
1902   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1903   {\r
1904     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1905     {\r
1906       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1907               viewport.getSequenceSelection(),\r
1908               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1909                       viewport.getGapCharacter()), viewport.getAlignment()\r
1910                       .getGroups());\r
1911       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1912       viewport.sequenceColours = null;\r
1913       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1914       // set view properties for each group\r
1915       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1916       {\r
1917         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1918         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1919         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1920         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1921                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1922         col = col.brighter();\r
1923         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1924           viewport.setSequenceColour(sq, col);\r
1925       }\r
1926       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1927       alignPanel.updateAnnotation();\r
1928       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1929     }\r
1930   }\r
1931 \r
1932   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1933   {\r
1934     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1935     viewport.sequenceColours = null;\r
1936     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1937 \r
1938     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1939   }\r
1940 \r
1941   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1942   {\r
1943     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1944     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1945     {\r
1946       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1947     }\r
1948     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1949     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1950     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1951     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1952     viewport.sendSelection();\r
1953   }\r
1954 \r
1955   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1956   {\r
1957     if (viewport.cursorMode)\r
1958     {\r
1959       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1960       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1961     }\r
1962     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1963     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1964     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1965     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1966     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1967     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1968     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1969     viewport.sendSelection();\r
1970   }\r
1971 \r
1972   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1973   {\r
1974     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1975     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1976     {\r
1977       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1978     }\r
1979 \r
1980     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1981     viewport.sendSelection();\r
1982   }\r
1983 \r
1984   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1985   {\r
1986     viewport.invertColumnSelection();\r
1987     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1988     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1989     viewport.sendSelection();\r
1990   }\r
1991 \r
1992   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1993   {\r
1994     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1995     int column;\r
1996 \r
1997     if (colSel.size() > 0)\r
1998     {\r
1999       if (trimLeft)\r
2000       {\r
2001         column = colSel.getMin();\r
2002       }\r
2003       else\r
2004       {\r
2005         column = colSel.getMax();\r
2006       }\r
2007 \r
2008       SequenceI[] seqs;\r
2009       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2010       {\r
2011         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2012                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
2013       }\r
2014       else\r
2015       {\r
2016         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2017       }\r
2018 \r
2019       TrimRegionCommand trimRegion;\r
2020       if (trimLeft)\r
2021       {\r
2022         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2023                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2024                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2025                 viewport.getSelectionGroup());\r
2026         viewport.setStartRes(0);\r
2027       }\r
2028       else\r
2029       {\r
2030         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2031                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2032                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2033                 viewport.getSelectionGroup());\r
2034       }\r
2035 \r
2036       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
2037 \r
2038       addHistoryItem(trimRegion);\r
2039 \r
2040       for (SequenceGroup sg : viewport.getAlignment().getGroups())\r
2041       {\r
2042         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2043                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2044         {\r
2045           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2046         }\r
2047       }\r
2048 \r
2049       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2050               .getAlignment().getSequences());\r
2051     }\r
2052   }\r
2053 \r
2054   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2055   {\r
2056     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2057 \r
2058     SequenceI[] seqs;\r
2059     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2060     {\r
2061       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2062               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2063       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2064       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2065     }\r
2066     else\r
2067     {\r
2068       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2069     }\r
2070 \r
2071     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2072             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end,\r
2073             viewport.getAlignment());\r
2074 \r
2075     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2076 \r
2077     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2078             + " empty columns.");\r
2079 \r
2080     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2081     // of first sequence\r
2082     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2083     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2084     // ShiftList shifts;\r
2085     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2086     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2087     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2088     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2089     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2090     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2091             .getSequences());\r
2092 \r
2093   }\r
2094 \r
2095   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2096   {\r
2097     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2098 \r
2099     SequenceI[] seqs;\r
2100     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2101     {\r
2102       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2103               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2104       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2105       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2106     }\r
2107     else\r
2108     {\r
2109       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2110     }\r
2111 \r
2112     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2113     // of first sequence\r
2114     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2115     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2116 \r
2117     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2118             viewport.getAlignment()));\r
2119 \r
2120     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2121 \r
2122     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2123             .getSequences());\r
2124 \r
2125   }\r
2126 \r
2127   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2128   {\r
2129     new Finder(alignPanel);\r
2130   }\r
2131 \r
2132   /**\r
2133    * create a new view derived from the current view\r
2134    * \r
2135    * @param viewtitle\r
2136    * @return frame for the new view\r
2137    */\r
2138   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2139   {\r
2140     AlignmentI newal;\r
2141     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2142     {\r
2143       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2144               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2145     }\r
2146     else\r
2147     {\r
2148       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2149     }\r
2150 \r
2151     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2152     {\r
2153       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2154       {\r
2155         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2156         {\r
2157           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment()\r
2158                   .getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2159         }\r
2160       }\r
2161     }\r
2162 \r
2163     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2164 \r
2165     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2166     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2167     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2168             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2169 \r
2170     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2171             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2172     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2173             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2174 \r
2175     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2176             .getSequenceSetId());\r
2177     int viewSize = -1;\r
2178     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2179     {\r
2180       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2181       {\r
2182         viewSize++;\r
2183       }\r
2184     }\r
2185 \r
2186     String title = new String(this.getTitle());\r
2187     if (viewtitle != null)\r
2188     {\r
2189       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2190     }\r
2191     else\r
2192     {\r
2193       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2194       {\r
2195         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2196       }\r
2197       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2198     }\r
2199 \r
2200     newaf.setTitle(title.toString());\r
2201 \r
2202     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2203     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2204     return newaf;\r
2205   }\r
2206 \r
2207   /**\r
2208    * \r
2209    * @return list of feature groups on the view\r
2210    */\r
2211   public String[] getFeatureGroups()\r
2212   {\r
2213     FeatureRenderer fr = null;\r
2214     if (alignPanel != null\r
2215             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2216     {\r
2217       return fr.getGroups();\r
2218     }\r
2219     return null;\r
2220   }\r
2221 \r
2222   /**\r
2223    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2224    * \r
2225    * @param visible\r
2226    *          true is visible\r
2227    * @return list\r
2228    */\r
2229   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2230   {\r
2231     FeatureRenderer fr = null;\r
2232     if (alignPanel != null\r
2233             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2234     {\r
2235       return fr.getGroups(visible);\r
2236     }\r
2237     return null;\r
2238   }\r
2239 \r
2240   /**\r
2241    * Change the display state for the given feature groups\r
2242    * \r
2243    * @param groups\r
2244    *          list of group strings\r
2245    * @param state\r
2246    *          visible or invisible\r
2247    */\r
2248   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2249   {\r
2250     FeatureRenderer fr = null;\r
2251     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2252     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2253     if (alignPanel != null\r
2254             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2255     {\r
2256       fr.setGroupState(groups, state);\r
2257       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2258       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2259       {\r
2260         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2261       }\r
2262     }\r
2263   }\r
2264 \r
2265   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2266   {\r
2267     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2268     alignPanel.fontChanged();\r
2269     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2270   }\r
2271 \r
2272   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2273   {\r
2274     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2275     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2276   }\r
2277 \r
2278   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2279   {\r
2280     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2281     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2282   }\r
2283 \r
2284   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2285   {\r
2286     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2287     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2288     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2289     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2290     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2291     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2292   }\r
2293 \r
2294   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2295   {\r
2296     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2297     {\r
2298       return;\r
2299     }\r
2300 \r
2301     Frame frame = new Frame();\r
2302     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2303     frame.add(overview);\r
2304     // +50 must allow for applet frame window\r
2305     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2306             overview.getPreferredSize().width,\r
2307             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2308 \r
2309     frame.pack();\r
2310     final AlignmentPanel ap = alignPanel;\r
2311     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2312     {\r
2313       @Override\r
2314       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2315       {\r
2316         if (ap != null)\r
2317         {\r
2318           ap.setOverviewPanel(null);\r
2319         }\r
2320       };\r
2321     });\r
2322 \r
2323     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2324 \r
2325   }\r
2326 \r
2327   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2328   {\r
2329     int threshold = 0;\r
2330 \r
2331     if (cs != null)\r
2332     {\r
2333       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2334       {\r
2335         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2336                 "Background");\r
2337 \r
2338         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2339 \r
2340         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2341       }\r
2342       else\r
2343       {\r
2344         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2345       }\r
2346 \r
2347       if (viewport.getConservationSelected())\r
2348       {\r
2349 \r
2350         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2351         Conservation c = new Conservation("All",\r
2352                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2353                 al.getWidth() - 1);\r
2354 \r
2355         c.calculate();\r
2356         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2357 \r
2358         cs.setConservation(c);\r
2359 \r
2360         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2361                 cs, "Background"));\r
2362 \r
2363       }\r
2364       else\r
2365       {\r
2366         cs.setConservation(null);\r
2367       }\r
2368 \r
2369       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2370 \r
2371     }\r
2372     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2373 \r
2374     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2375     {\r
2376       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2377     }\r
2378 \r
2379     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2380             .getStructureSelectionManager(viewport.applet)\r
2381             .sequenceColoursChanged(alignPanel);\r
2382 \r
2383     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2384   }\r
2385 \r
2386   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2387   {\r
2388     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2389             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2390     {\r
2391       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2392               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2393       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2394     }\r
2395   }\r
2396 \r
2397   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2398   {\r
2399     if (viewport.getConservationSelected()\r
2400             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2401     {\r
2402       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2403               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2404       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2405     }\r
2406   }\r
2407 \r
2408   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2409   {\r
2410     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2411 \r
2412     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2413     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2414 \r
2415     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2416 \r
2417     modifyConservation_actionPerformed();\r
2418   }\r
2419 \r
2420   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2421   {\r
2422     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2423 \r
2424     conservationMenuItem.setState(false);\r
2425     viewport.setConservationSelected(false);\r
2426 \r
2427     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2428 \r
2429     modifyPID_actionPerformed();\r
2430   }\r
2431 \r
2432   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2433   {\r
2434     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2435     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2436             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2437 \r
2438     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2439             viewport.getAlignment()));\r
2440     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2441   }\r
2442 \r
2443   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2444   {\r
2445     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2446     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2447     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder,\r
2448             viewport.getAlignment()));\r
2449     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2450   }\r
2451 \r
2452   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2453   {\r
2454     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2455     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2456     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2457             viewport.getAlignment()));\r
2458     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2459   }\r
2460 \r
2461   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2462   {\r
2463     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2464     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2465     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2466             viewport.getAlignment()));\r
2467     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2468 \r
2469   }\r
2470 \r
2471   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2472   {\r
2473     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2474   }\r
2475 \r
2476   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2477   {\r
2478     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2479             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2480     {\r
2481       Frame frame = new Frame();\r
2482       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2483       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2484               500);\r
2485     }\r
2486   }\r
2487 \r
2488   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2489   {\r
2490     // are the sequences aligned?\r
2491     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2492     {\r
2493       SequenceI current;\r
2494       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2495 \r
2496       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2497       {\r
2498         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2499 \r
2500         if (current.getLength() < Width)\r
2501         {\r
2502           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2503         }\r
2504       }\r
2505       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2506     }\r
2507 \r
2508     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2509             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2510             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2511             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2512     {\r
2513       return;\r
2514     }\r
2515 \r
2516     try\r
2517     {\r
2518       new PCAPanel(viewport);\r
2519     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2520     {\r
2521     }\r
2522 \r
2523   }\r
2524 \r
2525   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2526   {\r
2527     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2528   }\r
2529 \r
2530   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2531   {\r
2532     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2533   }\r
2534 \r
2535   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2536   {\r
2537     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2538   }\r
2539 \r
2540   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2541   {\r
2542     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2543   }\r
2544 \r
2545   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2546   {\r
2547     // are the sequences aligned?\r
2548     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2549     {\r
2550       SequenceI current;\r
2551       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2552 \r
2553       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2554       {\r
2555         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2556 \r
2557         if (current.getLength() < Width)\r
2558         {\r
2559           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2560         }\r
2561       }\r
2562       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2563 \r
2564     }\r
2565 \r
2566     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2567             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2568             || (viewport.getAlignment().getHeight() > 1))\r
2569     {\r
2570       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2571 \r
2572       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2573 \r
2574       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2575     }\r
2576   }\r
2577 \r
2578   void loadTree_actionPerformed()\r
2579   {\r
2580     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2581     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2582     cap.setTreeImport();\r
2583     Frame frame = new Frame();\r
2584     frame.add(cap);\r
2585     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2586   }\r
2587 \r
2588   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2589   {\r
2590     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2591     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2592     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2593   }\r
2594 \r
2595   /**\r
2596    * sort the alignment using the given treePanel\r
2597    * \r
2598    * @param treePanel\r
2599    *          tree used to sort view\r
2600    * @param title\r
2601    *          string used for undo event name\r
2602    */\r
2603   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2604   {\r
2605     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2606     AlignmentSorter\r
2607             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2608     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2609     // HistoryItem.SORT));\r
2610     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2611             viewport.getAlignment()));\r
2612     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2613   }\r
2614 \r
2615   /**\r
2616    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2617    * the menu structure for the new tree\r
2618    * \r
2619    * @param treePanel\r
2620    * @param title\r
2621    */\r
2622   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2623           final String title)\r
2624   {\r
2625     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2626     sortByTreeMenu.add(item);\r
2627     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2628     {\r
2629       @Override\r
2630       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2631       {\r
2632         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2633       }\r
2634     });\r
2635 \r
2636     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2637     {\r
2638       @Override\r
2639       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2640       {\r
2641         if (viewport.sortByTree)\r
2642         {\r
2643           sortByTree(treePanel, title);\r
2644         }\r
2645         super.windowOpened(e);\r
2646       }\r
2647 \r
2648       @Override\r
2649       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2650       {\r
2651         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2652       };\r
2653     });\r
2654   }\r
2655 \r
2656   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2657   {\r
2658     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2659     if (viewport.applet.debug)\r
2660     {\r
2661       System.err.println("Sorting " + alorder.getOrder().size()\r
2662               + " in alignment '" + getTitle() + "'");\r
2663     }\r
2664     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2665     if (undoname != null)\r
2666     {\r
2667       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder,\r
2668               viewport.getAlignment()));\r
2669     }\r
2670     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2671     return true;\r
2672   }\r
2673 \r
2674   protected void documentation_actionPerformed()\r
2675   {\r
2676     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2677   }\r
2678 \r
2679   protected void about_actionPerformed()\r
2680   {\r
2681 \r
2682     class AboutPanel extends Canvas\r
2683     {\r
2684       String version;\r
2685 \r
2686       String builddate;\r
2687 \r
2688       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2689       {\r
2690         this.version = version;\r
2691         this.builddate = builddate;\r
2692       }\r
2693 \r
2694       @Override\r
2695       public void paint(Graphics g)\r
2696       {\r
2697         g.setColor(Color.white);\r
2698         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2699         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2700         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2701         int fh = fm.getHeight();\r
2702         int y = 5, x = 7;\r
2703         g.setColor(Color.black);\r
2704         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2705         // lite and application\r
2706         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2707         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2708         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2709         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2710         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2711         g.drawString(\r
2712                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Jan Engelhardt, Lauren Lui,",\r
2713                 x, y += fh * 1.5);\r
2714         g.drawString(\r
2715                 "Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.",\r
2716                 x + 50, y += fh + 8);\r
2717         g.drawString(\r
2718                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2719                 x, y += fh);\r
2720         g.drawString(\r
2721                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2722                 x, y += fh);\r
2723         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2724         g.drawString(\r
2725                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2726                 x, y += fh);\r
2727         g.drawString(\r
2728                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2729                 x, y += fh);\r
2730         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2731                 x, y += fh);\r
2732       }\r
2733     }\r
2734 \r
2735     Frame frame = new Frame();\r
2736     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2737             .getBuildDate()));\r
2738     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2739 \r
2740   }\r
2741 \r
2742   public void showURL(String url, String target)\r
2743   {\r
2744     if (viewport.applet == null)\r
2745     {\r
2746       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2747     }\r
2748     else\r
2749     {\r
2750       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2751     }\r
2752   }\r
2753 \r
2754   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2755   // JBuilder Graphics here\r
2756 \r
2757   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2758 \r
2759   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2760 \r
2761   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2762 \r
2763   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2764 \r
2765   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2766 \r
2767   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2768 \r
2769   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2770 \r
2771   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2772 \r
2773   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2774 \r
2775   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2776 \r
2777   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2778 \r
2779   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2780 \r
2781   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2782 \r
2783   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2784 \r
2785   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2786 \r
2787   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2788 \r
2789   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2790 \r
2791   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2792 \r
2793   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2794 \r
2795   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2796 \r
2797   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2798 \r
2799   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2800 \r
2801   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2802 \r
2803   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2804 \r
2805   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2806 \r
2807   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2808 \r
2809   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2810 \r
2811   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2812 \r
2813   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2814 \r
2815   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2816 \r
2817   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2818 \r
2819   public Label statusBar = new Label();\r
2820 \r
2821   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2822 \r
2823   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2824 \r
2825   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2826 \r
2827   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2828 \r
2829   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2830 \r
2831   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2836 \r
2837   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2838 \r
2839   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2840 \r
2841   MenuItem RNAInteractionColour = new MenuItem();\r
2842 \r
2843   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2844 \r
2845   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2846 \r
2847   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2848 \r
2849   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2850 \r
2851   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2852 \r
2853   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2854 \r
2855   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2856 \r
2857   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2858 \r
2859   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2860 \r
2861   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2862 \r
2863   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2864 \r
2865   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2866 \r
2867   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2868 \r
2869   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2870 \r
2871   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2872 \r
2873   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2874 \r
2875   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2876 \r
2877   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2878 \r
2879   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2880 \r
2881   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2882 \r
2883   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2884 \r
2885   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2886 \r
2887   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2888 \r
2889   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2890 \r
2891   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2892 \r
2893   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2894 \r
2895   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2896 \r
2897   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2898 \r
2899   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2900 \r
2901   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2902 \r
2903   MenuItem font = new MenuItem();\r
2904 \r
2905   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2906 \r
2907   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2908 \r
2909   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2910 \r
2911   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2912 \r
2913   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2914 \r
2915   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2916           "Autocalculate Consensus", true);\r
2917 \r
2918   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2919           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2920 \r
2921   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2922 \r
2923   Menu sort = new Menu();\r
2924 \r
2925   Menu calculate = new Menu();\r
2926 \r
2927   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2928 \r
2929   Menu helpMenu = new Menu();\r
2930 \r
2931   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2932 \r
2933   MenuItem about = new MenuItem();\r
2934 \r
2935   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2936 \r
2937   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2938 \r
2939   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2940 \r
2941   Menu autoAnnMenu = new Menu();\r
2942 \r
2943   CheckboxMenuItem showSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
2944 \r
2945   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2946 \r
2947   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2948 \r
2949   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2950 \r
2951   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2952 \r
2953   CheckboxMenuItem normSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
2954 \r
2955   private void jbInit() throws Exception\r
2956   {\r
2957 \r
2958     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2959 \r
2960     MenuItem item;\r
2961 \r
2962     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2963     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2964     {\r
2965 \r
2966       item = new MenuItem(\r
2967               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2968 \r
2969       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2970       {\r
2971         @Override\r
2972         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2973         {\r
2974           outputText_actionPerformed(e);\r
2975         }\r
2976       });\r
2977 \r
2978       outputTextboxMenu.add(item);\r
2979     }\r
2980     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2981     loadApplication.addActionListener(this);\r
2982 \r
2983     loadTree.addActionListener(this);\r
2984     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2985     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2986     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2987     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2988     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2989     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2990     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2991     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2992     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2993     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2994     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2995     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2996     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2997     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2998     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2999     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
3000     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
3001     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
3002     viewTextMenuItem.setState(true);\r
3003     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3004     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
3005     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
3006     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
3007     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
3008     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
3009     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
3010     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
3011     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
3012     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
3013     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
3014     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
3015     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3016     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
3017     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3018     averageDistanceTreeMenuItem\r
3019             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
3020     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3021     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
3022     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3023     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3024     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3025     statusBar.setText("Status bar");\r
3026     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
3027     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
3028 \r
3029     clustalColour.addActionListener(this);\r
3030     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
3031     zappoColour.addActionListener(this);\r
3032     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
3033     taylorColour.addActionListener(this);\r
3034     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
3035     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3036     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
3037     helixColour.addActionListener(this);\r
3038     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
3039     strandColour.addActionListener(this);\r
3040     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
3041     turnColour.addActionListener(this);\r
3042     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3043     buriedColour.addActionListener(this);\r
3044     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3045     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3046     RNAInteractionColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3047     RNAInteractionColour.addActionListener(this);\r
3048     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
3049     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3050     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3051     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3052     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3053     PIDColour.addActionListener(this);\r
3054     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3055     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3056     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3057     tcoffeeColour.setEnabled(false); // it will enabled only if a score file is\r
3058                                      // provided\r
3059     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3060     avDistanceTreeBlosumMenuItem\r
3061             .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3062     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3063     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3064     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3065     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3066     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3067     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3068     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3069     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3070     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3071     alProperties.addActionListener(this);\r
3072     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3073     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3074     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3075     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3076     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3077     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3078     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3079     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3080     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3081     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3082     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3083     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3084     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3085     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3086     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3087     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3088     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3089     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3090     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3091     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3092     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3093     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3094     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3095     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3096     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3097     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3098     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3099     copy.setLabel("Copy");\r
3100     copy.addActionListener(this);\r
3101     cut.setLabel("Cut");\r
3102     cut.addActionListener(this);\r
3103     delete.setLabel("Delete");\r
3104     delete.addActionListener(this);\r
3105     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3106     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3107     pasteNew.addActionListener(this);\r
3108     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3109     pasteThis.addActionListener(this);\r
3110     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3111     applyToAllGroups.setState(true);\r
3112     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3113     font.setLabel("Font...");\r
3114     font.addActionListener(this);\r
3115     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3116     scaleAbove.setState(true);\r
3117     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3118     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3119     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3120     scaleLeft.setState(true);\r
3121     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3122     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3123     scaleRight.setEnabled(false);\r
3124     scaleRight.setState(true);\r
3125     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3126     scaleRight.addItemListener(this);\r
3127     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3128     modifyPID.addActionListener(this);\r
3129     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3130     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3131     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3132     sort.setLabel("Sort");\r
3133     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3134     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3135     sortByTree.addItemListener(this);\r
3136     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3137     inputText.addActionListener(this);\r
3138     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3139     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3140     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3141     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3142     helpMenu.setLabel("Help");\r
3143     documentation.setLabel("Documentation");\r
3144     documentation.addActionListener(this);\r
3145 \r
3146     about.setLabel("About...");\r
3147     about.addActionListener(this);\r
3148     seqLimits.setState(true);\r
3149     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3150     seqLimits.addItemListener(this);\r
3151     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3152     featureSettings.addActionListener(this);\r
3153     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3154     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3155     sequenceFeatures.setState(false);\r
3156     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3157     annotationColour.addActionListener(this);\r
3158     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3159     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3160     menu1.setLabel("Show");\r
3161     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3162     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3163     menu2.setLabel("Hide");\r
3164     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3165     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3166     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3167     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3168     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3169     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3170     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3171     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3172     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3173     normSequenceLogo.setLabel("Normalise Consensus Logo");\r
3174     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3175     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3176     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3177 \r
3178     invertColSel.addActionListener(this);\r
3179     showColumns.addActionListener(this);\r
3180     showSeqs.addActionListener(this);\r
3181     hideColumns.addActionListener(this);\r
3182     hideSequences.addActionListener(this);\r
3183     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3184     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3185     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3186     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3187     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3188     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3189     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3190     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3191     formatMenu.setLabel("Format");\r
3192     selectMenu.setLabel("Select");\r
3193     newView.setLabel("New View");\r
3194     newView.addActionListener(this);\r
3195     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3196     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3197     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3198     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3199     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3200     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3201     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3202     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3203 \r
3204     fileMenu.add(inputText);\r
3205     fileMenu.add(loadTree);\r
3206     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3207 \r
3208     fileMenu.addSeparator();\r
3209     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3210     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3211     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3212 \r
3213     if (jalviewServletURL != null)\r
3214     {\r
3215       fileMenu.add(loadApplication);\r
3216     }\r
3217 \r
3218     fileMenu.addSeparator();\r
3219     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3220 \r
3221     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3222     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3223     editMenu.add(cut);\r
3224     editMenu.add(copy);\r
3225     editMenu.add(pasteMenu);\r
3226     editMenu.add(delete);\r
3227     editMenu.addSeparator();\r
3228     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3229     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3230     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3231     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3232     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3233     viewMenu.add(newView);\r
3234     viewMenu.addSeparator();\r
3235     viewMenu.add(menu1);\r
3236     viewMenu.add(menu2);\r
3237     viewMenu.addSeparator();\r
3238     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3239     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3240     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3241     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3242     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3243     autoAnnMenu.add(normSequenceLogo);\r
3244     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3245     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3246     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3247     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3248     viewMenu.addSeparator();\r
3249     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3250     viewMenu.add(featureSettings);\r
3251     viewMenu.addSeparator();\r
3252     viewMenu.add(alProperties);\r
3253     viewMenu.addSeparator();\r
3254     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3255     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3256     colourMenu.addSeparator();\r
3257     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3258     colourMenu.add(clustalColour);\r
3259     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3260     colourMenu.add(PIDColour);\r
3261     colourMenu.add(zappoColour);\r
3262     colourMenu.add(taylorColour);\r
3263     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3264     colourMenu.add(helixColour);\r
3265     colourMenu.add(strandColour);\r
3266     colourMenu.add(turnColour);\r
3267     colourMenu.add(buriedColour);\r
3268     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3269     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3270     //    colourMenu.add(RNAInteractionColour);\r
3271     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3272     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3273     colourMenu.addSeparator();\r
3274     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3275     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3276     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3277     colourMenu.add(modifyPID);\r
3278     colourMenu.add(annotationColour);\r
3279     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3280     calculateMenu.add(sort);\r
3281     calculateMenu.add(calculate);\r
3282     calculateMenu.addSeparator();\r
3283     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3284     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3285     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3286     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3287     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3288     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3289     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3290     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3291     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3292     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3293     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3294     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3295     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3296     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3297     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3298     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3299     helpMenu.add(documentation);\r
3300     helpMenu.add(about);\r
3301     menu1.add(showColumns);\r
3302     menu1.add(showSeqs);\r
3303     menu1.add(showAllHidden);\r
3304     menu2.add(hideColumns);\r
3305     menu2.add(hideSequences);\r
3306     menu2.add(hideAllSelection);\r
3307     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3308     formatMenu.add(font);\r
3309     formatMenu.add(seqLimits);\r
3310     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3311     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3312     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3313     formatMenu.add(scaleRight);\r
3314     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3315     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3316     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3317     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3318     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3319     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3320     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3321     selectMenu.addSeparator();\r
3322     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3323     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3324     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3325     selectMenu.add(invertColSel);\r
3326     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3327     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3328 \r
3329   }\r
3330 \r
3331   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3332 \r
3333   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3334 \r
3335   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3336 \r
3337   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3338 \r
3339   Menu menu1 = new Menu();\r
3340 \r
3341   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3342 \r
3343   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3344 \r
3345   Menu menu2 = new Menu();\r
3346 \r
3347   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3348 \r
3349   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3350 \r
3351   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3352 \r
3353   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3354 \r
3355   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3356 \r
3357   Menu formatMenu = new Menu();\r
3358 \r
3359   Menu selectMenu = new Menu();\r
3360 \r
3361   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3362 \r
3363   /**\r
3364    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3365    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3366    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3367    * \r
3368    * @param reallyEmbedded\r
3369    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3370    *          in a new window\r
3371    */\r
3372   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3373   {\r
3374     if (reallyEmbedded)\r
3375     {\r
3376       // ////\r
3377       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3378       //\r
3379       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3380       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3381       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3382       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3383               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3384       // and actually add the components to the applet area\r
3385       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3386       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3387       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3388       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3389               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3390                       - statusBar.HEIGHT);\r
3391       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3392       final AlignFrame me = this;\r
3393       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3394       {\r
3395 \r
3396         @Override\r
3397         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3398         {\r
3399           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame == me)\r
3400           {\r
3401             me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3402           }\r
3403         }\r
3404 \r
3405         @Override\r
3406         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3407         {\r
3408           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3409         }\r
3410       });\r
3411       viewport.applet.validate();\r
3412     }\r
3413     else\r
3414     {\r
3415       // //////\r
3416       // test and embed menu bar if necessary.\r
3417       //\r
3418       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3419       {\r
3420         // adjust for status bar height too\r
3421         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3422                 - statusBar.HEIGHT);\r
3423       }\r
3424       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3425       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3426       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3427       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3428               DEFAULT_HEIGHT);\r
3429     }\r
3430   }\r
3431 \r
3432   /**\r
3433    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3434    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3435    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3436    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3437    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3438    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3439    * \r
3440    * @param viewer\r
3441    *          JmolViewer instance\r
3442    * @param sequenceIds\r
3443    *          - sequence Ids to search for associations\r
3444    */\r
3445   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3446           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3447   {\r
3448     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3449     try\r
3450     {\r
3451       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3452     } catch (ClassCastException ex)\r
3453     {\r
3454       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3455               + jmolviewer.getClass());\r
3456     }\r
3457     if (viewer == null)\r
3458     {\r
3459       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3460               + jmolviewer.getClass());\r
3461       return null;\r
3462     }\r
3463     SequenceI[] seqs = null;\r
3464     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3465     {\r
3466       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3467     }\r
3468     else\r
3469     {\r
3470       Vector sqi = new Vector();\r
3471       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3472       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3473       {\r
3474         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3475         if (sq != null)\r
3476         {\r
3477           sqi.addElement(sq);\r
3478         }\r
3479       }\r
3480       if (sqi.size() > 0)\r
3481       {\r
3482         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3483         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3484         {\r
3485           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3486         }\r
3487       }\r
3488       else\r
3489       {\r
3490         return null;\r
3491       }\r
3492     }\r
3493     ExtJmol jmv = null;\r
3494     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3495     if (jmv == null)\r
3496     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3497       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][]\r
3498       { seqs });\r
3499     }\r
3500     return jmv;\r
3501 \r
3502   }\r
3503 \r
3504   /**\r
3505    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3506    * \r
3507    * @param sequenceId\r
3508    *          - sequenceId within the dataset.\r
3509    * @param pdbEntryString\r
3510    *          - the short name for the PDB file\r
3511    * @param pdbFile\r
3512    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3513    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3514    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3515    *         fails.\r
3516    */\r
3517   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3518           String pdbFile)\r
3519   {\r
3520     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3521     boolean needtoadd = false;\r
3522     if (toaddpdb != null)\r
3523     {\r
3524       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3525       PDBEntry pdbentry = null;\r
3526       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3527       {\r
3528         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3529         {\r
3530           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3531           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3532                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3533           {\r
3534             pdbentry = null;\r
3535           }\r
3536           else\r
3537           {\r
3538             continue;\r
3539           }\r
3540         }\r
3541       }\r
3542       if (pdbentry == null)\r
3543       {\r
3544         pdbentry = new PDBEntry();\r
3545         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3546         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3547         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3548       }\r
3549       // resolve data source\r
3550       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3551       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3552       if (protocol == null)\r
3553       {\r
3554         return false;\r
3555       }\r
3556       if (needtoadd)\r
3557       {\r
3558         // make a note of the access mode and add\r
3559         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3560         {\r
3561           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3562         }\r
3563         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3564         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3565       }\r
3566     }\r
3567     return true;\r
3568   }\r
3569 \r
3570   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3571   {\r
3572     if (seqs != null)\r
3573     {\r
3574       Vector sequences = new Vector();\r
3575       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3576       {\r
3577         if (seqs[i] != null)\r
3578         {\r
3579           sequences.addElement(new Object[]\r
3580           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3581         }\r
3582       }\r
3583       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3584       chains = new String[sequences.size()];\r
3585       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3586       {\r
3587         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3588 \r
3589         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3590         chains[i] = (String) oj[1];\r
3591       }\r
3592     }\r
3593     return new Object[]\r
3594     { seqs, chains };\r
3595 \r
3596   }\r
3597 \r
3598   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3599           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3600   {\r
3601     // Scrub any null sequences from the array\r
3602     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3603     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3604     chains = (String[]) sqch[1];\r
3605     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3606     {\r
3607       System.err\r
3608               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3609     }\r
3610     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3611             || protocol.equals("null"))\r
3612     {\r
3613       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3614       if (protocol == null)\r
3615       {\r
3616         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3617                 + pdb.getId());\r
3618         return;\r
3619       }\r
3620     }\r
3621     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3622     {\r
3623       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3624       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet)\r
3625               .setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol) == null)\r
3626       {\r
3627         System.err.println("Failed to map " + pdb.getFile() + " ("\r
3628                 + protocol + ") to any sequences");\r
3629       }\r
3630       return;\r
3631     }\r
3632     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3633     {\r
3634       // can only do alignments with Jmol\r
3635       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3636       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3637       Vector jmols = applet\r
3638               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3639       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3640       {\r
3641         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3642         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3643         {\r
3644           ajm = tajm;\r
3645           break;\r
3646         }\r
3647       }\r
3648       if (ajm != null)\r
3649       {\r
3650         System.err\r
3651                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3652         // try and add the pdb structure\r
3653         // ajm.addS\r
3654         ajm = null;\r
3655       }\r
3656     }\r
3657     // otherwise, create a new window\r
3658     if (applet.jmolAvailable)\r
3659     {\r
3660       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3661               protocol);\r
3662       applet.lastFrameX += 40;\r
3663       applet.lastFrameY += 40;\r
3664     }\r
3665     else\r
3666     {\r
3667       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3668     }\r
3669 \r
3670   }\r
3671 \r
3672   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3673           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3674   {\r
3675     // TODO Auto-generated method stub\r
3676     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3677   }\r
3678 \r
3679   /**\r
3680    * modify the current selection, providing the user has not made a selection\r
3681    * already.\r
3682    * \r
3683    * @param sel\r
3684    *          - sequences from this alignment\r
3685    * @param csel\r
3686    *          - columns to be selected on the alignment\r
3687    */\r
3688   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3689   {\r
3690     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3691   }\r
3692 \r
3693   public void scrollTo(int row, int column)\r
3694   {\r
3695     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
3696   }\r
3697 \r
3698   public void scrollToRow(int row)\r
3699   {\r
3700     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
3701   }\r
3702 \r
3703   public void scrollToColumn(int column)\r
3704   {\r
3705     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
3706   }\r
3707 \r
3708   /**\r
3709    * @return the alignments unique ID.\r
3710    */\r
3711   public String getSequenceSetId()\r
3712   {\r
3713     return viewport.getSequenceSetId();\r
3714   }\r
3715 \r
3716   /**\r
3717    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
3718    * \r
3719    * @param source\r
3720    *          File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3721    * @throws IOException\r
3722    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3723    * @throws SAXException\r
3724    * @throws ParserConfigurationException\r
3725    * @throws ExceptionFileFormatOrSyntax\r
3726    * @throws ExceptionLoadingFailed\r
3727    * @throws ExceptionPermissionDenied\r
3728    * @throws InterruptedException\r
3729    * @throws ExceptionUnmatchedClosingParentheses\r
3730    */\r
3731   public boolean loadScoreFile(String source) throws Exception\r
3732   {\r
3733 \r
3734     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source,\r
3735             AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3736     if (!file.isValid())\r
3737     {\r
3738       // TODO: raise dialog for gui\r
3739       System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "\r
3740               + file.getWarningMessage());\r
3741       System.err.println("Origin was:\n" + source);\r
3742       return false;\r
3743     }\r
3744 \r
3745     /*\r
3746      * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3747      */\r
3748     AlignmentI aln;\r
3749     if ((aln = viewport.getAlignment()) != null\r
3750             && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file\r
3751                     .getWidth()))\r
3752     {\r
3753       // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3754       System.err\r
3755               .println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3756 \r
3757     }\r
3758 \r
3759     // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3760     if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3761     {\r
3762       alignPanel.fontChanged();\r
3763       tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3764       // switch to this color\r
3765       changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3766       return true;\r
3767     }\r
3768     else\r
3769     {\r
3770       System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3771       if (file.getWarningMessage() != null)\r
3772       {\r
3773         System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3774       }\r
3775     }\r
3776     return false;\r
3777   }\r
3778 \r
3779 }\r