src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)\r
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *  \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  41 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  42 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  43 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  44 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  49 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  55 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  57 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  61 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  62 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  63 \r
  64 import java.awt.BorderLayout;\r
  65 import java.awt.Canvas;\r
  66 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  67 import java.awt.Color;\r
  68 import java.awt.Font;\r
  69 import java.awt.FontMetrics;\r
  70 import java.awt.Frame;\r
  71 import java.awt.Graphics;\r
  72 import java.awt.Label;\r
  73 import java.awt.Menu;\r
  74 import java.awt.MenuBar;\r
  75 import java.awt.MenuItem;\r
  76 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  77 import java.awt.event.ActionListener;\r
  78 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  79 import java.awt.event.FocusListener;\r
  80 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  81 import java.awt.event.ItemListener;\r
  82 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  83 import java.awt.event.KeyListener;\r
  84 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  85 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  86 import java.io.IOException;\r
  87 import java.io.InputStreamReader;\r
  88 import java.net.URL;\r
  89 import java.net.URLEncoder;\r
  90 import java.util.Enumeration;\r
  91 import java.util.Hashtable;\r
  92 import java.util.List;\r
  93 import java.util.StringTokenizer;\r
  94 import java.util.Vector;\r
  95 \r
  96 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;\r
  97 \r
  98 import org.xml.sax.SAXException;\r
  99 \r
 100 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;\r
 101 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;\r
 102 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;\r
 103 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;\r
 104 \r
 105 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
 106         ItemListener, KeyListener\r
 107 {\r
 108   public AlignmentPanel alignPanel;\r
 109 \r
 110   public AlignViewport viewport;\r
 111 \r
 112   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 113 \r
 114   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 115 \r
 116   String jalviewServletURL;\r
 117 \r
 118   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,\r
 119           String title, boolean embedded)\r
 120   {\r
 121     if (applet != null)\r
 122     {\r
 123       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 124     }\r
 125 \r
 126     try\r
 127     {\r
 128       jbInit();\r
 129     } catch (Exception ex)\r
 130     {\r
 131       ex.printStackTrace();\r
 132     }\r
 133 \r
 134     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 135     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 136 \r
 137     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 138     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 139 \r
 140     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 141     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 142     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 143     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 144     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 145     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 146     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 147     normSequenceLogo.setState(viewport.isNormaliseSequenceLogo());\r
 148 \r
 149     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 150 \r
 151     if (applet != null)\r
 152     {\r
 153       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 154       if (param != null)\r
 155       {\r
 156         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 157         {\r
 158           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 159         }\r
 160         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 161         {\r
 162           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 163         }\r
 164         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 165         {\r
 166           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 167         }\r
 168       }\r
 169 \r
 170       param = applet.getParameter("wrap");\r
 171       if (param != null)\r
 172       {\r
 173         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 174         {\r
 175           wrapMenuItem.setState(true);\r
 176           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 177         }\r
 178       }\r
 179       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 180       if (param != null)\r
 181       {\r
 182         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 183         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 184       }\r
 185       try\r
 186       {\r
 187         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 188         if (param != null)\r
 189         {\r
 190           int width = Integer.parseInt(param);\r
 191           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 192         }\r
 193         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 194         if (param != null)\r
 195         {\r
 196           int height = Integer.parseInt(param);\r
 197           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 198         }\r
 199       } catch (Exception ex)\r
 200       {\r
 201       }\r
 202 \r
 203     }\r
 204     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 205     {\r
 206       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 207       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 208       {\r
 209         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 210       }\r
 211       else\r
 212       {\r
 213         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 214       }\r
 215     }\r
 216     else\r
 217     {\r
 218       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 219       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 220     }\r
 221 \r
 222     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 223     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 224     // now\r
 225     this.addKeyListener(this);\r
 226     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 227     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 228     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 229     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 230     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 231     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 232     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 233     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 234 \r
 235     validate();\r
 236     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 237     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 238   }\r
 239 \r
 240   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 241   {\r
 242     return viewport;\r
 243   }\r
 244 \r
 245   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 246   {\r
 247     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 248   }\r
 249 \r
 250   /**\r
 251    * Load a features file onto the alignment\r
 252    * \r
 253    * @param file\r
 254    *          file URL, content, or other resolvable path\r
 255    * @param type\r
 256    *          is protocol for accessing data referred to by file\r
 257    */\r
 258 \r
 259   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 260   {\r
 261     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 262   }\r
 263 \r
 264   /**\r
 265    * Load a features file onto the alignment\r
 266    * \r
 267    * @param file\r
 268    *          file URL, content, or other resolvable path\r
 269    * @param type\r
 270    *          is protocol for accessing data referred to by file\r
 271    * @param autoenabledisplay\r
 272    *          when true, display features flag will be automatically enabled if\r
 273    *          features are loaded\r
 274    * @return true if data parsed as a features file\r
 275    */\r
 276   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type,\r
 277           boolean autoenabledisplay)\r
 278   {\r
 279     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already\r
 280     // has features with links overwrites the original links.\r
 281 \r
 282     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 283     boolean featuresFile = false;\r
 284     try\r
 285     {\r
 286       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 287               .parse(viewport.getAlignment(), alignPanel.seqPanel.seqCanvas\r
 288                       .getFeatureRenderer().featureColours, featureLinks,\r
 289                       true, viewport.applet.getDefaultParameter(\r
 290                               "relaxedidmatch", false));\r
 291     } catch (Exception ex)\r
 292     {\r
 293       ex.printStackTrace();\r
 294     }\r
 295 \r
 296     if (featuresFile)\r
 297     {\r
 298       if (featureLinks.size() > 0)\r
 299       {\r
 300         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 301       }\r
 302       if (autoenabledisplay)\r
 303       {\r
 304         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 305         sequenceFeatures.setState(true);\r
 306       }\r
 307       if (viewport.featureSettings != null)\r
 308       {\r
 309         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 310       }\r
 311       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 312       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 313     }\r
 314     return featuresFile;\r
 315   }\r
 316 \r
 317   @Override\r
 318   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 319   {\r
 320     if (viewport.cursorMode\r
 321             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 322                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 323                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 324             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 325       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 326 \r
 327     switch (evt.getKeyCode())\r
 328     {\r
 329     case 27: // escape key\r
 330       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 331 \r
 332       alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
 333       break;\r
 334     case KeyEvent.VK_X:\r
 335       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 336       {\r
 337         cut_actionPerformed();\r
 338       }\r
 339       break;\r
 340     case KeyEvent.VK_C:\r
 341       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 342       {\r
 343         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 344       }\r
 345       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 346       {\r
 347         copy_actionPerformed();\r
 348       }\r
 349       break;\r
 350     case KeyEvent.VK_V:\r
 351       if (evt.isControlDown())\r
 352       {\r
 353         paste(evt.isShiftDown());\r
 354       }\r
 355       break;\r
 356     case KeyEvent.VK_A:\r
 357       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 358       {\r
 359         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 360       }\r
 361       break;\r
 362     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 363       if (viewport.cursorMode)\r
 364       {\r
 365         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 366       }\r
 367       else\r
 368       {\r
 369         moveSelectedSequences(false);\r
 370       }\r
 371       break;\r
 372 \r
 373     case KeyEvent.VK_UP:\r
 374       if (viewport.cursorMode)\r
 375       {\r
 376         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 377       }\r
 378       else\r
 379       {\r
 380         moveSelectedSequences(true);\r
 381       }\r
 382       break;\r
 383 \r
 384     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 385       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 386         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 387       else\r
 388         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 389       break;\r
 390 \r
 391     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 392       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 393         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 394       else\r
 395         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 396       break;\r
 397 \r
 398     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 399       if (viewport.cursorMode)\r
 400       {\r
 401         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 402                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 403       }\r
 404       break;\r
 405 \r
 406     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 407     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 408       if (viewport.cursorMode)\r
 409       {\r
 410         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 411                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 412       }\r
 413       else\r
 414       {\r
 415         cut_actionPerformed();\r
 416         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 417       }\r
 418       break;\r
 419 \r
 420     case KeyEvent.VK_S:\r
 421       if (viewport.cursorMode)\r
 422       {\r
 423         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 424       }\r
 425       break;\r
 426     case KeyEvent.VK_P:\r
 427       if (viewport.cursorMode)\r
 428       {\r
 429         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 430       }\r
 431       break;\r
 432 \r
 433     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 434     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 435       if (viewport.cursorMode)\r
 436       {\r
 437         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 438       }\r
 439       break;\r
 440 \r
 441     case KeyEvent.VK_Q:\r
 442       if (viewport.cursorMode)\r
 443       {\r
 444         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 445       }\r
 446       break;\r
 447     case KeyEvent.VK_M:\r
 448       if (viewport.cursorMode)\r
 449       {\r
 450         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 451       }\r
 452       break;\r
 453 \r
 454     case KeyEvent.VK_F2:\r
 455       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 456       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 457               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 458       if (viewport.cursorMode)\r
 459       {\r
 460         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 461         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 462       }\r
 463       break;\r
 464 \r
 465     case KeyEvent.VK_F:\r
 466       if (evt.isControlDown())\r
 467       {\r
 468         findMenuItem_actionPerformed();\r
 469       }\r
 470       break;\r
 471 \r
 472     case KeyEvent.VK_H:\r
 473     {\r
 474       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 475       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 476       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 477       break;\r
 478     }\r
 479 \r
 480     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 481       if (viewport.wrapAlignment)\r
 482       {\r
 483         alignPanel.scrollUp(true);\r
 484       }\r
 485       else\r
 486       {\r
 487         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 488                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 489       }\r
 490       break;\r
 491 \r
 492     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 493       if (viewport.wrapAlignment)\r
 494       {\r
 495         alignPanel.scrollUp(false);\r
 496       }\r
 497       else\r
 498       {\r
 499         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 500                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 501       }\r
 502       break;\r
 503 \r
 504     case KeyEvent.VK_Z:\r
 505       if (evt.isControlDown())\r
 506       {\r
 507         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 508       }\r
 509       break;\r
 510 \r
 511     case KeyEvent.VK_Y:\r
 512       if (evt.isControlDown())\r
 513       {\r
 514         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 515       }\r
 516       break;\r
 517 \r
 518     case KeyEvent.VK_L:\r
 519       if (evt.isControlDown())\r
 520       {\r
 521         trimAlignment(true);\r
 522       }\r
 523       break;\r
 524 \r
 525     case KeyEvent.VK_R:\r
 526       if (evt.isControlDown())\r
 527       {\r
 528         trimAlignment(false);\r
 529       }\r
 530       break;\r
 531 \r
 532     case KeyEvent.VK_E:\r
 533       if (evt.isControlDown())\r
 534       {\r
 535         if (evt.isShiftDown())\r
 536         {\r
 537           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 538         }\r
 539         else\r
 540         {\r
 541           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 542         }\r
 543       }\r
 544       break;\r
 545     case KeyEvent.VK_I:\r
 546       if (evt.isControlDown())\r
 547       {\r
 548         if (evt.isAltDown())\r
 549         {\r
 550           invertColSel_actionPerformed();\r
 551         }\r
 552         else\r
 553         {\r
 554           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 555         }\r
 556       }\r
 557       break;\r
 558 \r
 559     case KeyEvent.VK_U:\r
 560       if (evt.isControlDown())\r
 561       {\r
 562         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 563       }\r
 564       break;\r
 565 \r
 566     case KeyEvent.VK_T:\r
 567       if (evt.isControlDown())\r
 568       {\r
 569         newView(null);\r
 570       }\r
 571       break;\r
 572 \r
 573     }\r
 574     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 575   }\r
 576 \r
 577   /**\r
 578    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 579    * \r
 580    * @param toggleSeqs\r
 581    * @param toggleCols\r
 582    */\r
 583   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 584   {\r
 585     boolean hide = false;\r
 586     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 587     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 588     {\r
 589       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 590       // invert and then hide\r
 591       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 592       if ((viewport.getColumnSelection() != null\r
 593               && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport\r
 594               .getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 595               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 596                       .getEndRes()))\r
 597       {\r
 598         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 599         // that no hiding is required.\r
 600         if (sg != null)\r
 601         {\r
 602           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 603           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 604           toggleSeqs = true;\r
 605 \r
 606         }\r
 607         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 608         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 609         // selection and indicate it should be hidden.\r
 610         invertColSel_actionPerformed();\r
 611         toggleCols = true;\r
 612       }\r
 613     }\r
 614 \r
 615     if (toggleSeqs)\r
 616     {\r
 617       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 618       {\r
 619         hide = true;\r
 620         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 621       }\r
 622       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected()\r
 623               .size() > 0))\r
 624       {\r
 625         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 626       }\r
 627     }\r
 628 \r
 629     if (toggleCols)\r
 630     {\r
 631       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 632       {\r
 633         viewport.hideSelectedColumns();\r
 634         if (!toggleSeqs)\r
 635         {\r
 636           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 637         }\r
 638       }\r
 639       else if (!hide)\r
 640       {\r
 641         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 642       }\r
 643     }\r
 644   }\r
 645 \r
 646   @Override\r
 647   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 648   {\r
 649   }\r
 650 \r
 651   @Override\r
 652   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 653   {\r
 654   }\r
 655 \r
 656   @Override\r
 657   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 658   {\r
 659     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 660     {\r
 661       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 662     }\r
 663     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 664     {\r
 665       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 666     }\r
 667     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 668     {\r
 669       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 670     }\r
 671     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 672     {\r
 673       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 674     }\r
 675     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 676     {\r
 677       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 678     }\r
 679     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 680     {\r
 681       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 682     }\r
 683     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 684     {\r
 685       seqLimits_itemStateChanged();\r
 686     }\r
 687     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 688     {\r
 689       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 690     }\r
 691     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 692     {\r
 693       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 694     }\r
 695     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 696     {\r
 697       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 698     }\r
 699     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 700     {\r
 701       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 702       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 703     }\r
 704     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 705     {\r
 706       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 707       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 708     }\r
 709     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 710     {\r
 711       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 712     }\r
 713     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 714     {\r
 715       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 716     }\r
 717     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 718     {\r
 719       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 720     }\r
 721     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 722     {\r
 723       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 724     }\r
 725     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 726     {\r
 727       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 728     }\r
 729     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 730     {\r
 731       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 732     }\r
 733     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 734     {\r
 735       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 736     }\r
 737     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 738     {\r
 739       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 740     }\r
 741     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 742     {\r
 743       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 744     }\r
 745     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 746     {\r
 747       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 748     }\r
 749     else if (evt.getSource() == normSequenceLogo)\r
 750     {\r
 751       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 752     }\r
 753     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 754     {\r
 755       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 756     }\r
 757     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 758     {\r
 759       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 760     }\r
 761     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 762   }\r
 763 \r
 764   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 765   {\r
 766     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 767     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 768     // searchresults.\r
 769   }\r
 770 \r
 771   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 772   {\r
 773     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 774     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 775   }\r
 776 \r
 777   @Override\r
 778   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 779   {\r
 780     Object source = evt.getSource();\r
 781 \r
 782     if (source == inputText)\r
 783     {\r
 784       inputText_actionPerformed();\r
 785     }\r
 786     else if (source == loadTree)\r
 787     {\r
 788       loadTree_actionPerformed();\r
 789     }\r
 790     else if (source == loadApplication)\r
 791     {\r
 792       launchFullApplication();\r
 793     }\r
 794     else if (source == loadAnnotations)\r
 795     {\r
 796       loadAnnotations();\r
 797     }\r
 798     else if (source == outputAnnotations)\r
 799     {\r
 800       outputAnnotations(true);\r
 801     }\r
 802     else if (source == outputFeatures)\r
 803     {\r
 804       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 805     }\r
 806     else if (source == closeMenuItem)\r
 807     {\r
 808       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 809     }\r
 810     else if (source == copy)\r
 811     {\r
 812       copy_actionPerformed();\r
 813     }\r
 814     else if (source == undoMenuItem)\r
 815     {\r
 816       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 817     }\r
 818     else if (source == redoMenuItem)\r
 819     {\r
 820       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 821     }\r
 822     else if (source == inputText)\r
 823     {\r
 824       inputText_actionPerformed();\r
 825     }\r
 826     else if (source == closeMenuItem)\r
 827     {\r
 828       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 829     }\r
 830     else if (source == undoMenuItem)\r
 831     {\r
 832       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 833     }\r
 834     else if (source == redoMenuItem)\r
 835     {\r
 836       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 837     }\r
 838     else if (source == copy)\r
 839     {\r
 840       copy_actionPerformed();\r
 841     }\r
 842     else if (source == pasteNew)\r
 843     {\r
 844       pasteNew_actionPerformed();\r
 845     }\r
 846     else if (source == pasteThis)\r
 847     {\r
 848       pasteThis_actionPerformed();\r
 849     }\r
 850     else if (source == cut)\r
 851     {\r
 852       cut_actionPerformed();\r
 853     }\r
 854     else if (source == delete)\r
 855     {\r
 856       delete_actionPerformed();\r
 857     }\r
 858     else if (source == grpsFromSelection)\r
 859     {\r
 860       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 861     }\r
 862     else if (source == deleteGroups)\r
 863     {\r
 864       deleteGroups_actionPerformed();\r
 865     }\r
 866     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 867     {\r
 868       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 869     }\r
 870     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 871     {\r
 872       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 873     }\r
 874     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 875     {\r
 876       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 877     }\r
 878     else if (source == invertColSel)\r
 879     {\r
 880       viewport.invertColumnSelection();\r
 881       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 882     }\r
 883     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 884     {\r
 885       trimAlignment(true);\r
 886     }\r
 887     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 888     {\r
 889       trimAlignment(false);\r
 890     }\r
 891     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 892     {\r
 893       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 894     }\r
 895     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 896     {\r
 897       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 898     }\r
 899     else if (source == findMenuItem)\r
 900     {\r
 901       findMenuItem_actionPerformed();\r
 902     }\r
 903     else if (source == font)\r
 904     {\r
 905       new FontChooser(alignPanel);\r
 906     }\r
 907     else if (source == newView)\r
 908     {\r
 909       newView(null);\r
 910     }\r
 911     else if (source == showColumns)\r
 912     {\r
 913       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 914       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 915     }\r
 916     else if (source == showSeqs)\r
 917     {\r
 918       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 919       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 920     }\r
 921     else if (source == hideColumns)\r
 922     {\r
 923       viewport.hideSelectedColumns();\r
 924       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 925     }\r
 926     else if (source == hideSequences\r
 927             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 928     {\r
 929       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 930       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 931     }\r
 932     else if (source == hideAllButSelection)\r
 933     {\r
 934       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 935       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 936     }\r
 937     else if (source == hideAllSelection)\r
 938     {\r
 939       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 940       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 941       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 942       viewport.hideSelectedColumns();\r
 943       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 944     }\r
 945     else if (source == showAllHidden)\r
 946     {\r
 947       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 948       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 949       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 950     }\r
 951     else if (source == showGroupConsensus)\r
 952     {\r
 953       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 954     }\r
 955     else if (source == showGroupConservation)\r
 956     {\r
 957       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 958     }\r
 959     else if (source == showSequenceLogo)\r
 960     {\r
 961       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 962     }\r
 963     else if (source == normSequenceLogo)\r
 964     {\r
 965       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 966     }\r
 967     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 968     {\r
 969       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 970     }\r
 971     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 972     {\r
 973       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 974     }\r
 975     else if (source == featureSettings)\r
 976     {\r
 977       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 978     }\r
 979     else if (source == alProperties)\r
 980     {\r
 981       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 982               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 983       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 984       cap.setText(contents.toString());\r
 985       Frame frame = new Frame();\r
 986       frame.add(cap);\r
 987       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 988               + getTitle(), 400, 250);\r
 989     }\r
 990     else if (source == overviewMenuItem)\r
 991     {\r
 992       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 993     }\r
 994     else if (source == noColourmenuItem)\r
 995     {\r
 996       changeColour(null);\r
 997     }\r
 998     else if (source == clustalColour)\r
 999     {\r
1000       abovePIDThreshold.setState(false);\r
1001       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(), null));\r
1002     }\r
1003     else if (source == zappoColour)\r
1004     {\r
1005       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1006     }\r
1007     else if (source == taylorColour)\r
1008     {\r
1009       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1010     }\r
1011     else if (source == hydrophobicityColour)\r
1012     {\r
1013       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1014     }\r
1015     else if (source == helixColour)\r
1016     {\r
1017       changeColour(new HelixColourScheme());\r
1018     }\r
1019     else if (source == strandColour)\r
1020     {\r
1021       changeColour(new StrandColourScheme());\r
1022     }\r
1023     else if (source == turnColour)\r
1024     {\r
1025       changeColour(new TurnColourScheme());\r
1026     }\r
1027     else if (source == buriedColour)\r
1028     {\r
1029       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1030     }\r
1031     else if (source == nucleotideColour)\r
1032     {\r
1033       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1034     }\r
1035     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
1036     {\r
1037       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
1038     }\r
1039     else if (source == RNAInteractionColour)\r
1040     {\r
1041       changeColour(new RNAInteractionColourScheme());\r
1042     }\r
1043     else if (source == RNAHelixColour)\r
1044     {\r
1045       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1046     }\r
1047     else if (source == modifyPID)\r
1048     {\r
1049       modifyPID_actionPerformed();\r
1050     }\r
1051     else if (source == modifyConservation)\r
1052     {\r
1053       modifyConservation_actionPerformed();\r
1054     }\r
1055     else if (source == userDefinedColour)\r
1056     {\r
1057       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1058     }\r
1059     else if (source == PIDColour)\r
1060     {\r
1061       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1062     }\r
1063     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1064     {\r
1065       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1066     }\r
1067     else if (source == tcoffeeColour)\r
1068     {\r
1069       changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1070     }\r
1071     else if (source == annotationColour)\r
1072     {\r
1073       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1074     }\r
1075     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1076     {\r
1077       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1078     }\r
1079     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1080     {\r
1081       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1082     }\r
1083     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1084     {\r
1085       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1086     }\r
1087     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1088     {\r
1089       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1090     }\r
1091     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1092     {\r
1093       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1094     }\r
1095     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1096     {\r
1097       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1098     }\r
1099     else if (source == PCAMenuItem)\r
1100     {\r
1101       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1102     }\r
1103     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1104     {\r
1105       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1106     }\r
1107     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1108     {\r
1109       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1110     }\r
1111     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1112     {\r
1113       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1114     }\r
1115     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1116     {\r
1117       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1118     }\r
1119     else if (source == documentation)\r
1120     {\r
1121       documentation_actionPerformed();\r
1122     }\r
1123     else if (source == about)\r
1124     {\r
1125       about_actionPerformed();\r
1126     }\r
1127 \r
1128   }\r
1129 \r
1130   public void inputText_actionPerformed()\r
1131   {\r
1132     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1133     Frame frame = new Frame();\r
1134     frame.add(cap);\r
1135     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1136   }\r
1137 \r
1138   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1139   {\r
1140     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1141     Frame frame = new Frame();\r
1142     frame.add(cap);\r
1143     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1144             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1145     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1146             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1147             viewport.showJVSuffix));\r
1148   }\r
1149 \r
1150   public void loadAnnotations()\r
1151   {\r
1152     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1153     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1154     cap.setAnnotationImport();\r
1155     Frame frame = new Frame();\r
1156     frame.add(cap);\r
1157     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1158 \r
1159   }\r
1160 \r
1161   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1162   {\r
1163     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1164             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1165                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport\r
1166                     .getAlignment().getGroups(), ((Alignment) viewport\r
1167                     .getAlignment()).alignmentProperties);\r
1168 \r
1169     if (displayTextbox)\r
1170     {\r
1171       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1172       Frame frame = new Frame();\r
1173       frame.add(cap);\r
1174       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1175       cap.setText(annotation);\r
1176     }\r
1177 \r
1178     return annotation;\r
1179   }\r
1180 \r
1181   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1182   {\r
1183     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null\r
1184             && viewport.featuresDisplayed != null)\r
1185     {\r
1186       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1187       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1188       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1189       while (en.hasMoreElements())\r
1190       {\r
1191         Object col = en.nextElement();\r
1192         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1193       }\r
1194       return fcols;\r
1195     }\r
1196     return null;\r
1197   }\r
1198 \r
1199   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1200   {\r
1201     String features;\r
1202     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1203     {\r
1204       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(viewport\r
1205               .getAlignment().getSequencesArray(),\r
1206               getDisplayedFeatureCols());\r
1207     }\r
1208     else\r
1209     {\r
1210       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(viewport.getAlignment()\r
1211               .getSequencesArray(), getDisplayedFeatureCols());\r
1212     }\r
1213 \r
1214     if (displayTextbox)\r
1215     {\r
1216       boolean frimport = false;\r
1217       if (features == null || features.equals("No Features Visible"))\r
1218       {\r
1219         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1220         frimport = true;\r
1221       }\r
1222 \r
1223       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1224       if (frimport)\r
1225       {\r
1226         cap.setAnnotationImport();\r
1227       }\r
1228       Frame frame = new Frame();\r
1229       frame.add(cap);\r
1230       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1231       cap.setText(features);\r
1232     }\r
1233     else\r
1234     {\r
1235       if (features == null)\r
1236         features = "";\r
1237     }\r
1238 \r
1239     return features;\r
1240   }\r
1241 \r
1242   void launchFullApplication()\r
1243   {\r
1244     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1245 \r
1246     url.append("?open="\r
1247             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1248 \r
1249     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1250     {\r
1251       url.append("&features=");\r
1252       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1253     }\r
1254 \r
1255     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1256     {\r
1257       url.append("&annotations=");\r
1258       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1259     }\r
1260 \r
1261     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1262     {\r
1263       url.append("&annotations=");\r
1264       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1265     }\r
1266 \r
1267     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1268     {\r
1269       url.append("&colour="\r
1270               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1271                       .getParameter("defaultColour")));\r
1272     }\r
1273 \r
1274     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1275     {\r
1276       url.append("&colour="\r
1277               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1278                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1279     }\r
1280     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1281     {\r
1282       url.append("&tree="\r
1283               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1284     }\r
1285     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1286     {\r
1287       url.append("&tree="\r
1288               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1289     }\r
1290 \r
1291     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1292   }\r
1293 \r
1294   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1295   {\r
1296     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1297     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1298     {\r
1299       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1300       {\r
1301         sb.append("%20");\r
1302       }\r
1303       else\r
1304       {\r
1305         sb.append(colour.charAt(i));\r
1306       }\r
1307     }\r
1308 \r
1309     return sb.toString();\r
1310   }\r
1311 \r
1312   String appendProtocol(String url)\r
1313   {\r
1314     try\r
1315     {\r
1316       new URL(url);\r
1317       url = URLEncoder.encode(url);\r
1318     }\r
1319     /*\r
1320      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1321      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1322      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1323      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1324      * ex.printStackTrace(); }\r
1325      */\r
1326     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1327     {\r
1328       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1329     }\r
1330     return url;\r
1331   }\r
1332 \r
1333   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1334   {\r
1335     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1336     if (alignPanel.seqPanel != null\r
1337             && alignPanel.seqPanel.seqCanvas != null)\r
1338     {\r
1339       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1340     }\r
1341     if (alignPanel.idPanel != null && alignPanel.idPanel.idCanvas != null)\r
1342     {\r
1343       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1344     }\r
1345 \r
1346     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1347     {\r
1348       System.exit(0);\r
1349     }\r
1350     else\r
1351     {\r
1352     }\r
1353     viewport = null;\r
1354     alignPanel = null;\r
1355     this.dispose();\r
1356   }\r
1357 \r
1358   /**\r
1359    * TODO: JAL-1104\r
1360    */\r
1361   void updateEditMenuBar()\r
1362   {\r
1363 \r
1364     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1365     {\r
1366       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1367       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1368       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1369     }\r
1370     else\r
1371     {\r
1372       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1373       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1374     }\r
1375 \r
1376     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1377     {\r
1378       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1379 \r
1380       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1381       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1382     }\r
1383     else\r
1384     {\r
1385       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1386       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1387     }\r
1388   }\r
1389 \r
1390   /**\r
1391    * TODO: JAL-1104\r
1392    */\r
1393   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1394   {\r
1395     if (command.getSize() > 0)\r
1396     {\r
1397       viewport.historyList.push(command);\r
1398       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1399       updateEditMenuBar();\r
1400       viewport.updateHiddenColumns();\r
1401     }\r
1402   }\r
1403 \r
1404   /**\r
1405    * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
1406    * \r
1407    * @param e\r
1408    *          DOCUMENT ME!\r
1409    */\r
1410   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1411   {\r
1412     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1413     {\r
1414       return;\r
1415     }\r
1416 \r
1417     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1418     viewport.redoList.push(command);\r
1419     command.undoCommand(null);\r
1420 \r
1421     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1422     // JBPNote Test\r
1423     if (originalSource != viewport)\r
1424     {\r
1425       System.err\r
1426               .println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1427     }\r
1428     originalSource.updateHiddenColumns(); // originalSource.hasHiddenColumns =\r
1429                                           // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1430                                           // != null;\r
1431     updateEditMenuBar();\r
1432     originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1433             .getAlignment().getSequences());\r
1434   }\r
1435 \r
1436   /**\r
1437    * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
1438    * \r
1439    * @param e\r
1440    *          DOCUMENT ME!\r
1441    */\r
1442   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1443   {\r
1444     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1445     {\r
1446       return;\r
1447     }\r
1448 \r
1449     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1450     viewport.historyList.push(command);\r
1451     command.doCommand(null);\r
1452 \r
1453     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1454     // JBPNote Test\r
1455     if (originalSource != viewport)\r
1456     {\r
1457       System.err\r
1458               .println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1459     }\r
1460     originalSource.updateHiddenColumns(); // sethasHiddenColumns(); =\r
1461                                           // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1462                                           // != null;\r
1463 \r
1464     updateEditMenuBar();\r
1465     originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1466             .getAlignment().getSequences());\r
1467   }\r
1468 \r
1469   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1470   {\r
1471     AlignViewport originalSource = null;\r
1472     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1473     // the property change event FROM the viewport where the\r
1474     // original alignment was altered\r
1475     AlignmentI al = null;\r
1476     if (command instanceof EditCommand)\r
1477     {\r
1478       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1479       al = editCommand.getAlignment();\r
1480       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1481               .getSequenceSetId());\r
1482       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1483       {\r
1484         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1485         {\r
1486           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1487           {\r
1488             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1489             break;\r
1490           }\r
1491         }\r
1492       }\r
1493     }\r
1494 \r
1495     if (originalSource == null)\r
1496     {\r
1497       // The original view is closed, we must validate\r
1498       // the current view against the closed view first\r
1499       if (al != null)\r
1500       {\r
1501         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1502       }\r
1503 \r
1504       originalSource = viewport;\r
1505     }\r
1506 \r
1507     return originalSource;\r
1508   }\r
1509 \r
1510   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1511   {\r
1512     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1513     if (sg == null)\r
1514     {\r
1515       return;\r
1516     }\r
1517     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg,\r
1518             up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1519     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1520   }\r
1521 \r
1522   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1523   {\r
1524     List<SequenceI> sg = new Vector<SequenceI>();\r
1525     if (viewport.cursorMode)\r
1526     {\r
1527       sg.add(viewport.getAlignment().getSequenceAt(\r
1528               alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1529     }\r
1530     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1531             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport\r
1532                     .getAlignment().getHeight())\r
1533     {\r
1534       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1535               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1536     }\r
1537 \r
1538     if (sg.size() < 1)\r
1539     {\r
1540       return;\r
1541     }\r
1542 \r
1543     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1544 \r
1545     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1546     {\r
1547       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1548         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1549     }\r
1550 \r
1551     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1552 \r
1553     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup\r
1554             .size()]);\r
1555     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1556       seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
1557 \r
1558     SlideSequencesCommand ssc;\r
1559     if (right)\r
1560       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1561               size, viewport.getGapCharacter());\r
1562     else\r
1563       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1564               size, viewport.getGapCharacter());\r
1565 \r
1566     int groupAdjustment = 0;\r
1567     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1568     {\r
1569       if (viewport.cursorMode)\r
1570         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1571       else\r
1572         groupAdjustment = size;\r
1573     }\r
1574     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1575     {\r
1576       if (viewport.cursorMode)\r
1577         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1578       else\r
1579         groupAdjustment = -size;\r
1580     }\r
1581 \r
1582     if (groupAdjustment != 0)\r
1583     {\r
1584       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1585               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1586       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1587               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1588     }\r
1589 \r
1590     boolean appendHistoryItem = false;\r
1591     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1592             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1593     {\r
1594       appendHistoryItem = ssc\r
1595               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1596                       .peek());\r
1597     }\r
1598 \r
1599     if (!appendHistoryItem)\r
1600       addHistoryItem(ssc);\r
1601 \r
1602     repaint();\r
1603   }\r
1604 \r
1605   static StringBuffer copiedSequences;\r
1606 \r
1607   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1608 \r
1609   protected void copy_actionPerformed()\r
1610   {\r
1611     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1612     {\r
1613       return;\r
1614     }\r
1615 \r
1616     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1617     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1618     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1619     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1620     {\r
1621       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1622       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1623       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1624     }\r
1625 \r
1626     int index = 0, startRes, endRes;\r
1627     char ch;\r
1628 \r
1629     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1630     {\r
1631       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1632       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1633       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1634               .size(); i++)\r
1635       {\r
1636         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1637                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1638 \r
1639         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1640         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1641       }\r
1642     }\r
1643     else\r
1644     {\r
1645       copiedHiddenColumns = null;\r
1646     }\r
1647 \r
1648     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1649     {\r
1650       SequenceI seq = null;\r
1651 \r
1652       while (seq == null)\r
1653       {\r
1654         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1655         {\r
1656           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1657           index++;\r
1658 \r
1659           break;\r
1660         }\r
1661         else\r
1662         {\r
1663           index++;\r
1664         }\r
1665       }\r
1666 \r
1667       // FIND START RES\r
1668       // Returns residue following index if gap\r
1669       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1670 \r
1671       // FIND END RES\r
1672       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1673       endRes = 0;\r
1674 \r
1675       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1676       {\r
1677         ch = seq.getCharAt(j);\r
1678         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1679         {\r
1680           endRes++;\r
1681         }\r
1682       }\r
1683 \r
1684       if (endRes > 0)\r
1685       {\r
1686         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1687       }\r
1688 \r
1689       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1690               + "\t"\r
1691               + startRes\r
1692               + "\t"\r
1693               + endRes\r
1694               + "\t"\r
1695               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1696                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1697     }\r
1698 \r
1699   }\r
1700 \r
1701   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1702   {\r
1703     paste(true);\r
1704   }\r
1705 \r
1706   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1707   {\r
1708     paste(false);\r
1709   }\r
1710 \r
1711   void paste(boolean newAlignment)\r
1712   {\r
1713     try\r
1714     {\r
1715 \r
1716       if (copiedSequences == null)\r
1717       {\r
1718         return;\r
1719       }\r
1720 \r
1721       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1722       Vector seqs = new Vector();\r
1723       while (st.hasMoreElements())\r
1724       {\r
1725         String name = st.nextToken();\r
1726         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1727         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1728         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1729       }\r
1730       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1731       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1732       {\r
1733         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1734       }\r
1735 \r
1736       if (newAlignment)\r
1737       {\r
1738         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1739         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1740         {\r
1741           newtitle = getTitle();\r
1742         }\r
1743         else\r
1744         {\r
1745           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1746         }\r
1747         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1748                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1749         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1750         {\r
1751           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1752           {\r
1753             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1754             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1755           }\r
1756         }\r
1757 \r
1758         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1759                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1760       }\r
1761       else\r
1762       {\r
1763         addSequences(newSeqs);\r
1764       }\r
1765 \r
1766     } catch (Exception ex)\r
1767     {\r
1768     } // could be anything being pasted in here\r
1769 \r
1770   }\r
1771 \r
1772   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1773   {\r
1774     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1775     {\r
1776       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1777     }\r
1778 \r
1779     // !newAlignment\r
1780     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1781             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(),\r
1782             viewport.getAlignment()));\r
1783 \r
1784     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1785     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1786     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1787             .getSequences());\r
1788 \r
1789   }\r
1790 \r
1791   protected void cut_actionPerformed()\r
1792   {\r
1793     copy_actionPerformed();\r
1794     delete_actionPerformed();\r
1795   }\r
1796 \r
1797   protected void delete_actionPerformed()\r
1798   {\r
1799 \r
1800     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1801     if (sg == null)\r
1802     {\r
1803       return;\r
1804     }\r
1805 \r
1806     Vector seqs = new Vector();\r
1807     SequenceI seq;\r
1808     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1809     {\r
1810       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1811       seqs.addElement(seq);\r
1812     }\r
1813 \r
1814     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1815     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1816     {\r
1817       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1818               sg.getEndRes() + 1);\r
1819     }\r
1820 \r
1821     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1822     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1823     {\r
1824       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1825     }\r
1826 \r
1827     /*\r
1828      * //ADD HISTORY ITEM\r
1829      */\r
1830     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1831             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1832             viewport.getAlignment()));\r
1833 \r
1834     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1835     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1836 \r
1837     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1838             .getSequences());\r
1839 \r
1840     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1841     {\r
1842       this.setVisible(false);\r
1843     }\r
1844     viewport.sendSelection();\r
1845   }\r
1846 \r
1847   /**\r
1848    * group consensus toggled\r
1849    * \r
1850    */\r
1851   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1852   {\r
1853     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1854     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1855 \r
1856   }\r
1857 \r
1858   /**\r
1859    * group conservation toggled.\r
1860    */\r
1861   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1862   {\r
1863     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1864     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1865   }\r
1866 \r
1867   /*\r
1868    * (non-Javadoc)\r
1869    * \r
1870    * @see\r
1871    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1872    * .event.ActionEvent)\r
1873    */\r
1874   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1875   {\r
1876     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1877     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1878   }\r
1879 \r
1880   /*\r
1881    * (non-Javadoc)\r
1882    * \r
1883    * @see\r
1884    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1885    * .event.ActionEvent)\r
1886    */\r
1887   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1888   {\r
1889     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1890     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1891   }\r
1892 \r
1893   protected void normSequenceLogo_actionPerformed()\r
1894   {\r
1895     showSequenceLogo.setState(true);\r
1896     viewport.setShowSequenceLogo(true);\r
1897     viewport.setNormaliseSequenceLogo(normSequenceLogo.getState());\r
1898     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1899   }\r
1900 \r
1901   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1902   {\r
1903     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1904   }\r
1905 \r
1906   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1907   {\r
1908     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1909     {\r
1910       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1911               viewport.getSequenceSelection(),\r
1912               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1913                       viewport.getGapCharacter()), viewport.getAlignment()\r
1914                       .getGroups());\r
1915       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1916       viewport.sequenceColours = null;\r
1917       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1918       // set view properties for each group\r
1919       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1920       {\r
1921         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1922         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1923         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1924         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1925                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1926         col = col.brighter();\r
1927         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1928           viewport.setSequenceColour(sq, col);\r
1929       }\r
1930       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1931       alignPanel.updateAnnotation();\r
1932       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1933     }\r
1934   }\r
1935 \r
1936   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1937   {\r
1938     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1939     viewport.sequenceColours = null;\r
1940     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1941 \r
1942     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1943   }\r
1944 \r
1945   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1946   {\r
1947     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1948     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1949     {\r
1950       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1951     }\r
1952     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1953     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1954     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1955     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1956     viewport.sendSelection();\r
1957   }\r
1958 \r
1959   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1960   {\r
1961     if (viewport.cursorMode)\r
1962     {\r
1963       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1964       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1965     }\r
1966     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1967     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1968     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1969     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1970     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1971     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1972     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1973     viewport.sendSelection();\r
1974   }\r
1975 \r
1976   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1977   {\r
1978     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1979     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1980     {\r
1981       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1982     }\r
1983 \r
1984     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1985     viewport.sendSelection();\r
1986   }\r
1987 \r
1988   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1989   {\r
1990     viewport.invertColumnSelection();\r
1991     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1992     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1993     viewport.sendSelection();\r
1994   }\r
1995 \r
1996   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1997   {\r
1998     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1999     int column;\r
2000 \r
2001     if (colSel.size() > 0)\r
2002     {\r
2003       if (trimLeft)\r
2004       {\r
2005         column = colSel.getMin();\r
2006       }\r
2007       else\r
2008       {\r
2009         column = colSel.getMax();\r
2010       }\r
2011 \r
2012       SequenceI[] seqs;\r
2013       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2014       {\r
2015         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2016                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
2017       }\r
2018       else\r
2019       {\r
2020         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2021       }\r
2022 \r
2023       TrimRegionCommand trimRegion;\r
2024       if (trimLeft)\r
2025       {\r
2026         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2027                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2028                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2029                 viewport.getSelectionGroup());\r
2030         viewport.setStartRes(0);\r
2031       }\r
2032       else\r
2033       {\r
2034         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2035                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2036                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2037                 viewport.getSelectionGroup());\r
2038       }\r
2039 \r
2040       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
2041 \r
2042       addHistoryItem(trimRegion);\r
2043 \r
2044       for (SequenceGroup sg : viewport.getAlignment().getGroups())\r
2045       {\r
2046         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2047                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2048         {\r
2049           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2050         }\r
2051       }\r
2052 \r
2053       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2054               .getAlignment().getSequences());\r
2055     }\r
2056   }\r
2057 \r
2058   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2059   {\r
2060     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2061 \r
2062     SequenceI[] seqs;\r
2063     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2064     {\r
2065       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2066               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2067       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2068       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2069     }\r
2070     else\r
2071     {\r
2072       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2073     }\r
2074 \r
2075     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2076             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end,\r
2077             viewport.getAlignment());\r
2078 \r
2079     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2080 \r
2081     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2082             + " empty columns.");\r
2083 \r
2084     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2085     // of first sequence\r
2086     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2087     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2088     // ShiftList shifts;\r
2089     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2090     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2091     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2092     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2093     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2094     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2095             .getSequences());\r
2096 \r
2097   }\r
2098 \r
2099   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2100   {\r
2101     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2102 \r
2103     SequenceI[] seqs;\r
2104     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2105     {\r
2106       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2107               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2108       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2109       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2110     }\r
2111     else\r
2112     {\r
2113       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2114     }\r
2115 \r
2116     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2117     // of first sequence\r
2118     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2119     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2120 \r
2121     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2122             viewport.getAlignment()));\r
2123 \r
2124     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2125 \r
2126     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2127             .getSequences());\r
2128 \r
2129   }\r
2130 \r
2131   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2132   {\r
2133     new Finder(alignPanel);\r
2134   }\r
2135 \r
2136   /**\r
2137    * create a new view derived from the current view\r
2138    * \r
2139    * @param viewtitle\r
2140    * @return frame for the new view\r
2141    */\r
2142   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2143   {\r
2144     AlignmentI newal;\r
2145     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2146     {\r
2147       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2148               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2149     }\r
2150     else\r
2151     {\r
2152       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2153     }\r
2154 \r
2155     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2156     {\r
2157       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2158       {\r
2159         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2160         {\r
2161           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment()\r
2162                   .getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2163         }\r
2164       }\r
2165     }\r
2166 \r
2167     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2168 \r
2169     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2170     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2171     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2172             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2173 \r
2174     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2175             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2176     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2177             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2178 \r
2179     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2180             .getSequenceSetId());\r
2181     int viewSize = -1;\r
2182     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2183     {\r
2184       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2185       {\r
2186         viewSize++;\r
2187       }\r
2188     }\r
2189 \r
2190     String title = new String(this.getTitle());\r
2191     if (viewtitle != null)\r
2192     {\r
2193       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2194     }\r
2195     else\r
2196     {\r
2197       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2198       {\r
2199         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2200       }\r
2201       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2202     }\r
2203 \r
2204     newaf.setTitle(title.toString());\r
2205 \r
2206     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2207     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2208     return newaf;\r
2209   }\r
2210 \r
2211   /**\r
2212    * \r
2213    * @return list of feature groups on the view\r
2214    */\r
2215   public String[] getFeatureGroups()\r
2216   {\r
2217     FeatureRenderer fr = null;\r
2218     if (alignPanel != null\r
2219             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2220     {\r
2221       return fr.getGroups();\r
2222     }\r
2223     return null;\r
2224   }\r
2225 \r
2226   /**\r
2227    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2228    * \r
2229    * @param visible\r
2230    *          true is visible\r
2231    * @return list\r
2232    */\r
2233   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2234   {\r
2235     FeatureRenderer fr = null;\r
2236     if (alignPanel != null\r
2237             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2238     {\r
2239       return fr.getGroups(visible);\r
2240     }\r
2241     return null;\r
2242   }\r
2243 \r
2244   /**\r
2245    * Change the display state for the given feature groups\r
2246    * \r
2247    * @param groups\r
2248    *          list of group strings\r
2249    * @param state\r
2250    *          visible or invisible\r
2251    */\r
2252   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2253   {\r
2254     FeatureRenderer fr = null;\r
2255     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2256     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2257     if (alignPanel != null\r
2258             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2259     {\r
2260       fr.setGroupState(groups, state);\r
2261       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2262       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2263       {\r
2264         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2265       }\r
2266     }\r
2267   }\r
2268 \r
2269   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2270   {\r
2271     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2272     alignPanel.fontChanged();\r
2273     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2274   }\r
2275 \r
2276   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2277   {\r
2278     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2279     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2280   }\r
2281 \r
2282   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2283   {\r
2284     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2285     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2286   }\r
2287 \r
2288   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2289   {\r
2290     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2291     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2292     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2293     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2294     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2295     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2296   }\r
2297 \r
2298   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2299   {\r
2300     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2301     {\r
2302       return;\r
2303     }\r
2304 \r
2305     Frame frame = new Frame();\r
2306     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2307     frame.add(overview);\r
2308     // +50 must allow for applet frame window\r
2309     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2310             overview.getPreferredSize().width,\r
2311             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2312 \r
2313     frame.pack();\r
2314     final AlignmentPanel ap = alignPanel;\r
2315     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2316     {\r
2317       @Override\r
2318       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2319       {\r
2320         if (ap != null)\r
2321         {\r
2322           ap.setOverviewPanel(null);\r
2323         }\r
2324       };\r
2325     });\r
2326 \r
2327     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2328 \r
2329   }\r
2330 \r
2331   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2332   {\r
2333     int threshold = 0;\r
2334 \r
2335     if (cs != null)\r
2336     {\r
2337       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2338       {\r
2339         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2340                 "Background");\r
2341 \r
2342         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2343 \r
2344         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2345       }\r
2346       else\r
2347       {\r
2348         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2349       }\r
2350 \r
2351       if (viewport.getConservationSelected())\r
2352       {\r
2353 \r
2354         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2355         Conservation c = new Conservation("All",\r
2356                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2357                 al.getWidth() - 1);\r
2358 \r
2359         c.calculate();\r
2360         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2361 \r
2362         cs.setConservation(c);\r
2363 \r
2364         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2365                 cs, "Background"));\r
2366 \r
2367       }\r
2368       else\r
2369       {\r
2370         cs.setConservation(null);\r
2371       }\r
2372 \r
2373       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2374 \r
2375     }\r
2376     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2377 \r
2378     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2379     {\r
2380       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2381     }\r
2382 \r
2383     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2384             .getStructureSelectionManager(viewport.applet)\r
2385             .sequenceColoursChanged(alignPanel);\r
2386 \r
2387     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2388   }\r
2389 \r
2390   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2391   {\r
2392     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2393             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2394     {\r
2395       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2396               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2397       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2398     }\r
2399   }\r
2400 \r
2401   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2402   {\r
2403     if (viewport.getConservationSelected()\r
2404             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2405     {\r
2406       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2407               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2408       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2409     }\r
2410   }\r
2411 \r
2412   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2413   {\r
2414     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2415 \r
2416     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2417     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2418 \r
2419     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2420 \r
2421     modifyConservation_actionPerformed();\r
2422   }\r
2423 \r
2424   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2425   {\r
2426     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2427 \r
2428     conservationMenuItem.setState(false);\r
2429     viewport.setConservationSelected(false);\r
2430 \r
2431     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2432 \r
2433     modifyPID_actionPerformed();\r
2434   }\r
2435 \r
2436   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2437   {\r
2438     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2439     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2440             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2441 \r
2442     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2443             viewport.getAlignment()));\r
2444     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2445   }\r
2446 \r
2447   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2448   {\r
2449     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2450     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2451     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder,\r
2452             viewport.getAlignment()));\r
2453     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2454   }\r
2455 \r
2456   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2457   {\r
2458     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2459     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2460     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2461             viewport.getAlignment()));\r
2462     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2463   }\r
2464 \r
2465   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2466   {\r
2467     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2468     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2469     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2470             viewport.getAlignment()));\r
2471     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2472 \r
2473   }\r
2474 \r
2475   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2476   {\r
2477     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2478   }\r
2479 \r
2480   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2481   {\r
2482     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2483             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2484     {\r
2485       Frame frame = new Frame();\r
2486       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2487       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2488               500);\r
2489     }\r
2490   }\r
2491 \r
2492   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2493   {\r
2494     // are the sequences aligned?\r
2495     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2496     {\r
2497       SequenceI current;\r
2498       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2499 \r
2500       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2501       {\r
2502         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2503 \r
2504         if (current.getLength() < Width)\r
2505         {\r
2506           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2507         }\r
2508       }\r
2509       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2510     }\r
2511 \r
2512     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2513             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2514             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2515             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2516     {\r
2517       return;\r
2518     }\r
2519 \r
2520     try\r
2521     {\r
2522       new PCAPanel(viewport);\r
2523     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2524     {\r
2525     }\r
2526 \r
2527   }\r
2528 \r
2529   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2530   {\r
2531     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2532   }\r
2533 \r
2534   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2535   {\r
2536     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2537   }\r
2538 \r
2539   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2540   {\r
2541     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2542   }\r
2543 \r
2544   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2545   {\r
2546     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2547   }\r
2548 \r
2549   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2550   {\r
2551     // are the sequences aligned?\r
2552     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2553     {\r
2554       SequenceI current;\r
2555       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2556 \r
2557       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2558       {\r
2559         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2560 \r
2561         if (current.getLength() < Width)\r
2562         {\r
2563           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2564         }\r
2565       }\r
2566       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2567 \r
2568     }\r
2569 \r
2570     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2571             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2572             || (viewport.getAlignment().getHeight() > 1))\r
2573     {\r
2574       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2575 \r
2576       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2577 \r
2578       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2579     }\r
2580   }\r
2581 \r
2582   void loadTree_actionPerformed()\r
2583   {\r
2584     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2585     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2586     cap.setTreeImport();\r
2587     Frame frame = new Frame();\r
2588     frame.add(cap);\r
2589     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2590   }\r
2591 \r
2592   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2593   {\r
2594     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2595     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2596     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2597   }\r
2598 \r
2599   /**\r
2600    * sort the alignment using the given treePanel\r
2601    * \r
2602    * @param treePanel\r
2603    *          tree used to sort view\r
2604    * @param title\r
2605    *          string used for undo event name\r
2606    */\r
2607   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2608   {\r
2609     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2610     AlignmentSorter\r
2611             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2612     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2613     // HistoryItem.SORT));\r
2614     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2615             viewport.getAlignment()));\r
2616     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2617   }\r
2618 \r
2619   /**\r
2620    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2621    * the menu structure for the new tree\r
2622    * \r
2623    * @param treePanel\r
2624    * @param title\r
2625    */\r
2626   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2627           final String title)\r
2628   {\r
2629     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2630     sortByTreeMenu.add(item);\r
2631     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2632     {\r
2633       @Override\r
2634       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2635       {\r
2636         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2637       }\r
2638     });\r
2639 \r
2640     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2641     {\r
2642       @Override\r
2643       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2644       {\r
2645         if (viewport.sortByTree)\r
2646         {\r
2647           sortByTree(treePanel, title);\r
2648         }\r
2649         super.windowOpened(e);\r
2650       }\r
2651 \r
2652       @Override\r
2653       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2654       {\r
2655         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2656       };\r
2657     });\r
2658   }\r
2659 \r
2660   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2661   {\r
2662     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2663     if (viewport.applet.debug)\r
2664     {\r
2665       System.err.println("Sorting " + alorder.getOrder().size()\r
2666               + " in alignment '" + getTitle() + "'");\r
2667     }\r
2668     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2669     if (undoname != null)\r
2670     {\r
2671       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder,\r
2672               viewport.getAlignment()));\r
2673     }\r
2674     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2675     return true;\r
2676   }\r
2677 \r
2678   protected void documentation_actionPerformed()\r
2679   {\r
2680     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2681   }\r
2682 \r
2683   protected void about_actionPerformed()\r
2684   {\r
2685 \r
2686     class AboutPanel extends Canvas\r
2687     {\r
2688       String version;\r
2689 \r
2690       String builddate;\r
2691 \r
2692       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2693       {\r
2694         this.version = version;\r
2695         this.builddate = builddate;\r
2696       }\r
2697 \r
2698       @Override\r
2699       public void paint(Graphics g)\r
2700       {\r
2701         g.setColor(Color.white);\r
2702         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2703         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2704         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2705         int fh = fm.getHeight();\r
2706         int y = 5, x = 7;\r
2707         g.setColor(Color.black);\r
2708         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2709         // lite and application\r
2710         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2711         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2712         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2713         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2714         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2715         g.drawString(\r
2716                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Jan Engelhardt, Lauren Lui,",\r
2717                 x, y += fh * 1.5);\r
2718         g.drawString(\r
2719                 "Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.",\r
2720                 x + 50, y += fh + 8);\r
2721         g.drawString(\r
2722                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2723                 x, y += fh);\r
2724         g.drawString(\r
2725                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2726                 x, y += fh);\r
2727         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2728         g.drawString(\r
2729                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2730                 x, y += fh);\r
2731         g.drawString(\r
2732                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2733                 x, y += fh);\r
2734         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2735                 x, y += fh);\r
2736       }\r
2737     }\r
2738 \r
2739     Frame frame = new Frame();\r
2740     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2741             .getBuildDate()));\r
2742     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2743 \r
2744   }\r
2745 \r
2746   public void showURL(String url, String target)\r
2747   {\r
2748     if (viewport.applet == null)\r
2749     {\r
2750       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2751     }\r
2752     else\r
2753     {\r
2754       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2755     }\r
2756   }\r
2757 \r
2758   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2759   // JBuilder Graphics here\r
2760 \r
2761   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2762 \r
2763   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2764 \r
2765   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2766 \r
2767   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2768 \r
2769   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2770 \r
2771   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2772 \r
2773   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2774 \r
2775   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2776 \r
2777   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2778 \r
2779   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2780 \r
2781   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2782 \r
2783   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2784 \r
2785   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2786 \r
2787   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2788 \r
2789   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2790 \r
2791   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2792 \r
2793   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2794 \r
2795   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2796 \r
2797   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2798 \r
2799   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2800 \r
2801   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2802 \r
2803   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2804 \r
2805   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2806 \r
2807   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2808 \r
2809   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2810 \r
2811   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2812 \r
2813   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2814 \r
2815   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2816 \r
2817   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2818 \r
2819   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2820 \r
2821   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2822 \r
2823   public Label statusBar = new Label();\r
2824 \r
2825   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2826 \r
2827   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2828 \r
2829   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2830 \r
2831   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2836 \r
2837   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2838 \r
2839   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2840 \r
2841   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2842 \r
2843   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2844 \r
2845   MenuItem RNAInteractionColour = new MenuItem();\r
2846 \r
2847   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2848 \r
2849   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2850 \r
2851   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2852 \r
2853   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2854 \r
2855   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2856 \r
2857   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2858 \r
2859   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2860 \r
2861   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2862 \r
2863   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2864 \r
2865   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2866 \r
2867   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2868 \r
2869   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2870 \r
2871   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2872 \r
2873   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2874 \r
2875   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2876 \r
2877   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2878 \r
2879   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2880 \r
2881   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2882 \r
2883   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2884 \r
2885   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2886 \r
2887   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2888 \r
2889   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2890 \r
2891   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2892 \r
2893   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2894 \r
2895   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2896 \r
2897   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2898 \r
2899   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2900 \r
2901   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2902 \r
2903   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2904 \r
2905   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2906 \r
2907   MenuItem font = new MenuItem();\r
2908 \r
2909   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2910 \r
2911   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2912 \r
2913   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2914 \r
2915   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2916 \r
2917   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2918 \r
2919   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2920           "Autocalculate Consensus", true);\r
2921 \r
2922   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2923           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2924 \r
2925   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2926 \r
2927   Menu sort = new Menu();\r
2928 \r
2929   Menu calculate = new Menu();\r
2930 \r
2931   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2932 \r
2933   Menu helpMenu = new Menu();\r
2934 \r
2935   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2936 \r
2937   MenuItem about = new MenuItem();\r
2938 \r
2939   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2940 \r
2941   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2942 \r
2943   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2944 \r
2945   Menu autoAnnMenu = new Menu();\r
2946 \r
2947   CheckboxMenuItem showSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
2948 \r
2949   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2950 \r
2951   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2952 \r
2953   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2954 \r
2955   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2956 \r
2957   CheckboxMenuItem normSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
2958 \r
2959   private void jbInit() throws Exception\r
2960   {\r
2961 \r
2962     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2963 \r
2964     MenuItem item;\r
2965 \r
2966     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2967     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2968     {\r
2969 \r
2970       item = new MenuItem(\r
2971               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2972 \r
2973       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2974       {\r
2975         @Override\r
2976         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2977         {\r
2978           outputText_actionPerformed(e);\r
2979         }\r
2980       });\r
2981 \r
2982       outputTextboxMenu.add(item);\r
2983     }\r
2984     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2985     loadApplication.addActionListener(this);\r
2986 \r
2987     loadTree.addActionListener(this);\r
2988     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2989     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2990     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2991     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2992     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2993     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2994     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2995     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2996     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2997     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2998     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2999     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
3000     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
3001     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
3002     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
3003     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
3004     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
3005     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
3006     viewTextMenuItem.setState(true);\r
3007     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3008     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
3009     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
3010     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
3011     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
3012     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
3013     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
3014     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
3015     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
3016     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
3017     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
3018     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
3019     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3020     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
3021     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3022     averageDistanceTreeMenuItem\r
3023             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
3024     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3025     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
3026     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3027     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3028     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3029     statusBar.setText("Status bar");\r
3030     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
3031     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
3032 \r
3033     clustalColour.addActionListener(this);\r
3034     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
3035     zappoColour.addActionListener(this);\r
3036     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
3037     taylorColour.addActionListener(this);\r
3038     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
3039     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3040     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
3041     helixColour.addActionListener(this);\r
3042     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
3043     strandColour.addActionListener(this);\r
3044     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
3045     turnColour.addActionListener(this);\r
3046     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3047     buriedColour.addActionListener(this);\r
3048     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3049     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3050     RNAInteractionColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3051     RNAInteractionColour.addActionListener(this);\r
3052     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
3053     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3054     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3055     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3056     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3057     PIDColour.addActionListener(this);\r
3058     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3059     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3060     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3061     tcoffeeColour.setEnabled(false); // it will enabled only if a score file is\r
3062                                      // provided\r
3063     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3064     avDistanceTreeBlosumMenuItem\r
3065             .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3066     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3067     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3068     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3069     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3070     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3071     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3072     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3073     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3074     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3075     alProperties.addActionListener(this);\r
3076     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3077     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3078     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3079     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3080     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3081     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3082     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3083     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3084     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3085     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3086     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3087     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3088     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3089     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3090     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3091     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3092     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3093     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3094     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3095     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3096     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3097     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3098     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3099     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3100     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3101     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3102     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3103     copy.setLabel("Copy");\r
3104     copy.addActionListener(this);\r
3105     cut.setLabel("Cut");\r
3106     cut.addActionListener(this);\r
3107     delete.setLabel("Delete");\r
3108     delete.addActionListener(this);\r
3109     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3110     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3111     pasteNew.addActionListener(this);\r
3112     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3113     pasteThis.addActionListener(this);\r
3114     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3115     applyToAllGroups.setState(true);\r
3116     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3117     font.setLabel("Font...");\r
3118     font.addActionListener(this);\r
3119     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3120     scaleAbove.setState(true);\r
3121     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3122     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3123     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3124     scaleLeft.setState(true);\r
3125     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3126     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3127     scaleRight.setEnabled(false);\r
3128     scaleRight.setState(true);\r
3129     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3130     scaleRight.addItemListener(this);\r
3131     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3132     modifyPID.addActionListener(this);\r
3133     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3134     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3135     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3136     sort.setLabel("Sort");\r
3137     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3138     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3139     sortByTree.addItemListener(this);\r
3140     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3141     inputText.addActionListener(this);\r
3142     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3143     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3144     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3145     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3146     helpMenu.setLabel("Help");\r
3147     documentation.setLabel("Documentation");\r
3148     documentation.addActionListener(this);\r
3149 \r
3150     about.setLabel("About...");\r
3151     about.addActionListener(this);\r
3152     seqLimits.setState(true);\r
3153     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3154     seqLimits.addItemListener(this);\r
3155     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3156     featureSettings.addActionListener(this);\r
3157     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3158     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3159     sequenceFeatures.setState(false);\r
3160     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3161     annotationColour.addActionListener(this);\r
3162     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3163     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3164     menu1.setLabel("Show");\r
3165     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3166     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3167     menu2.setLabel("Hide");\r
3168     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3169     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3170     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3171     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3172     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3173     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3174     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3175     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3176     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3177     normSequenceLogo.setLabel("Normalise Consensus Logo");\r
3178     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3179     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3180     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3181 \r
3182     invertColSel.addActionListener(this);\r
3183     showColumns.addActionListener(this);\r
3184     showSeqs.addActionListener(this);\r
3185     hideColumns.addActionListener(this);\r
3186     hideSequences.addActionListener(this);\r
3187     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3188     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3189     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3190     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3191     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3192     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3193     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3194     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3195     formatMenu.setLabel("Format");\r
3196     selectMenu.setLabel("Select");\r
3197     newView.setLabel("New View");\r
3198     newView.addActionListener(this);\r
3199     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3200     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3201     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3202     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3203     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3204     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3205     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3206     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3207 \r
3208     fileMenu.add(inputText);\r
3209     fileMenu.add(loadTree);\r
3210     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3211 \r
3212     fileMenu.addSeparator();\r
3213     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3214     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3215     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3216 \r
3217     if (jalviewServletURL != null)\r
3218     {\r
3219       fileMenu.add(loadApplication);\r
3220     }\r
3221 \r
3222     fileMenu.addSeparator();\r
3223     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3224 \r
3225     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3226     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3227     editMenu.add(cut);\r
3228     editMenu.add(copy);\r
3229     editMenu.add(pasteMenu);\r
3230     editMenu.add(delete);\r
3231     editMenu.addSeparator();\r
3232     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3233     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3234     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3235     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3236     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3237     viewMenu.add(newView);\r
3238     viewMenu.addSeparator();\r
3239     viewMenu.add(menu1);\r
3240     viewMenu.add(menu2);\r
3241     viewMenu.addSeparator();\r
3242     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3243     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3244     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3245     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3246     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3247     autoAnnMenu.add(normSequenceLogo);\r
3248     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3249     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3250     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3251     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3252     viewMenu.addSeparator();\r
3253     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3254     viewMenu.add(featureSettings);\r
3255     viewMenu.addSeparator();\r
3256     viewMenu.add(alProperties);\r
3257     viewMenu.addSeparator();\r
3258     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3259     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3260     colourMenu.addSeparator();\r
3261     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3262     colourMenu.add(clustalColour);\r
3263     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3264     colourMenu.add(PIDColour);\r
3265     colourMenu.add(zappoColour);\r
3266     colourMenu.add(taylorColour);\r
3267     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3268     colourMenu.add(helixColour);\r
3269     colourMenu.add(strandColour);\r
3270     colourMenu.add(turnColour);\r
3271     colourMenu.add(buriedColour);\r
3272     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3273     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3274     colourMenu.add(RNAInteractionColour);\r
3275     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3276     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3277     colourMenu.addSeparator();\r
3278     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3279     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3280     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3281     colourMenu.add(modifyPID);\r
3282     colourMenu.add(annotationColour);\r
3283     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3284     calculateMenu.add(sort);\r
3285     calculateMenu.add(calculate);\r
3286     calculateMenu.addSeparator();\r
3287     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3288     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3289     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3290     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3291     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3292     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3293     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3294     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3295     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3296     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3297     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3298     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3299     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3300     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3301     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3302     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3303     helpMenu.add(documentation);\r
3304     helpMenu.add(about);\r
3305     menu1.add(showColumns);\r
3306     menu1.add(showSeqs);\r
3307     menu1.add(showAllHidden);\r
3308     menu2.add(hideColumns);\r
3309     menu2.add(hideSequences);\r
3310     menu2.add(hideAllSelection);\r
3311     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3312     formatMenu.add(font);\r
3313     formatMenu.add(seqLimits);\r
3314     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3315     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3316     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3317     formatMenu.add(scaleRight);\r
3318     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3319     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3320     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3321     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3322     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3323     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3324     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3325     selectMenu.addSeparator();\r
3326     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3327     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3328     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3329     selectMenu.add(invertColSel);\r
3330     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3331     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3332 \r
3333   }\r
3334 \r
3335   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3336 \r
3337   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3338 \r
3339   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3340 \r
3341   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3342 \r
3343   Menu menu1 = new Menu();\r
3344 \r
3345   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3346 \r
3347   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3348 \r
3349   Menu menu2 = new Menu();\r
3350 \r
3351   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3352 \r
3353   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3354 \r
3355   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3356 \r
3357   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3358 \r
3359   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3360 \r
3361   Menu formatMenu = new Menu();\r
3362 \r
3363   Menu selectMenu = new Menu();\r
3364 \r
3365   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3366 \r
3367   /**\r
3368    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3369    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3370    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3371    * \r
3372    * @param reallyEmbedded\r
3373    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3374    *          in a new window\r
3375    */\r
3376   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3377   {\r
3378     if (reallyEmbedded)\r
3379     {\r
3380       // ////\r
3381       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3382       //\r
3383       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3384       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3385       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3386       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3387               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3388       // and actually add the components to the applet area\r
3389       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3390       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3391       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3392       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3393               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3394                       - statusBar.HEIGHT);\r
3395       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3396       final AlignFrame me = this;\r
3397       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3398       {\r
3399 \r
3400         @Override\r
3401         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3402         {\r
3403           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame == me)\r
3404           {\r
3405             me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3406           }\r
3407         }\r
3408 \r
3409         @Override\r
3410         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3411         {\r
3412           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3413         }\r
3414       });\r
3415       viewport.applet.validate();\r
3416     }\r
3417     else\r
3418     {\r
3419       // //////\r
3420       // test and embed menu bar if necessary.\r
3421       //\r
3422       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3423       {\r
3424         // adjust for status bar height too\r
3425         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3426                 - statusBar.HEIGHT);\r
3427       }\r
3428       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3429       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3430       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3431       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3432               DEFAULT_HEIGHT);\r
3433     }\r
3434   }\r
3435 \r
3436   /**\r
3437    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3438    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3439    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3440    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3441    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3442    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3443    * \r
3444    * @param viewer\r
3445    *          JmolViewer instance\r
3446    * @param sequenceIds\r
3447    *          - sequence Ids to search for associations\r
3448    */\r
3449   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3450           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3451   {\r
3452     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3453     try\r
3454     {\r
3455       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3456     } catch (ClassCastException ex)\r
3457     {\r
3458       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3459               + jmolviewer.getClass());\r
3460     }\r
3461     if (viewer == null)\r
3462     {\r
3463       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3464               + jmolviewer.getClass());\r
3465       return null;\r
3466     }\r
3467     SequenceI[] seqs = null;\r
3468     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3469     {\r
3470       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3471     }\r
3472     else\r
3473     {\r
3474       Vector sqi = new Vector();\r
3475       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3476       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3477       {\r
3478         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3479         if (sq != null)\r
3480         {\r
3481           sqi.addElement(sq);\r
3482         }\r
3483       }\r
3484       if (sqi.size() > 0)\r
3485       {\r
3486         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3487         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3488         {\r
3489           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3490         }\r
3491       }\r
3492       else\r
3493       {\r
3494         return null;\r
3495       }\r
3496     }\r
3497     ExtJmol jmv = null;\r
3498     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3499     if (jmv == null)\r
3500     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3501       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][]\r
3502       { seqs });\r
3503     }\r
3504     return jmv;\r
3505 \r
3506   }\r
3507 \r
3508   /**\r
3509    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3510    * \r
3511    * @param sequenceId\r
3512    *          - sequenceId within the dataset.\r
3513    * @param pdbEntryString\r
3514    *          - the short name for the PDB file\r
3515    * @param pdbFile\r
3516    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3517    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3518    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3519    *         fails.\r
3520    */\r
3521   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3522           String pdbFile)\r
3523   {\r
3524     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3525     boolean needtoadd = false;\r
3526     if (toaddpdb != null)\r
3527     {\r
3528       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3529       PDBEntry pdbentry = null;\r
3530       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3531       {\r
3532         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3533         {\r
3534           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3535           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3536                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3537           {\r
3538             pdbentry = null;\r
3539           }\r
3540           else\r
3541           {\r
3542             continue;\r
3543           }\r
3544         }\r
3545       }\r
3546       if (pdbentry == null)\r
3547       {\r
3548         pdbentry = new PDBEntry();\r
3549         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3550         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3551         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3552       }\r
3553       // resolve data source\r
3554       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3555       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3556       if (protocol == null)\r
3557       {\r
3558         return false;\r
3559       }\r
3560       if (needtoadd)\r
3561       {\r
3562         // make a note of the access mode and add\r
3563         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3564         {\r
3565           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3566         }\r
3567         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3568         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3569       }\r
3570     }\r
3571     return true;\r
3572   }\r
3573 \r
3574   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3575   {\r
3576     if (seqs != null)\r
3577     {\r
3578       Vector sequences = new Vector();\r
3579       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3580       {\r
3581         if (seqs[i] != null)\r
3582         {\r
3583           sequences.addElement(new Object[]\r
3584           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3585         }\r
3586       }\r
3587       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3588       chains = new String[sequences.size()];\r
3589       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3590       {\r
3591         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3592 \r
3593         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3594         chains[i] = (String) oj[1];\r
3595       }\r
3596     }\r
3597     return new Object[]\r
3598     { seqs, chains };\r
3599 \r
3600   }\r
3601 \r
3602   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3603           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3604   {\r
3605     // Scrub any null sequences from the array\r
3606     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3607     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3608     chains = (String[]) sqch[1];\r
3609     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3610     {\r
3611       System.err\r
3612               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3613     }\r
3614     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3615             || protocol.equals("null"))\r
3616     {\r
3617       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3618       if (protocol == null)\r
3619       {\r
3620         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3621                 + pdb.getId());\r
3622         return;\r
3623       }\r
3624     }\r
3625     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3626     {\r
3627       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3628       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet)\r
3629               .setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol) == null)\r
3630       {\r
3631         System.err.println("Failed to map " + pdb.getFile() + " ("\r
3632                 + protocol + ") to any sequences");\r
3633       }\r
3634       return;\r
3635     }\r
3636     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3637     {\r
3638       // can only do alignments with Jmol\r
3639       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3640       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3641       Vector jmols = applet\r
3642               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3643       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3644       {\r
3645         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3646         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3647         {\r
3648           ajm = tajm;\r
3649           break;\r
3650         }\r
3651       }\r
3652       if (ajm != null)\r
3653       {\r
3654         System.err\r
3655                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3656         // try and add the pdb structure\r
3657         // ajm.addS\r
3658         ajm = null;\r
3659       }\r
3660     }\r
3661     // otherwise, create a new window\r
3662     if (applet.jmolAvailable)\r
3663     {\r
3664       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3665               protocol);\r
3666       applet.lastFrameX += 40;\r
3667       applet.lastFrameY += 40;\r
3668     }\r
3669     else\r
3670     {\r
3671       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3672     }\r
3673 \r
3674   }\r
3675 \r
3676   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3677           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3678   {\r
3679     // TODO Auto-generated method stub\r
3680     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3681   }\r
3682 \r
3683   /**\r
3684    * modify the current selection, providing the user has not made a selection\r
3685    * already.\r
3686    * \r
3687    * @param sel\r
3688    *          - sequences from this alignment\r
3689    * @param csel\r
3690    *          - columns to be selected on the alignment\r
3691    */\r
3692   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3693   {\r
3694     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3695   }\r
3696 \r
3697   public void scrollTo(int row, int column)\r
3698   {\r
3699     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
3700   }\r
3701 \r
3702   public void scrollToRow(int row)\r
3703   {\r
3704     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
3705   }\r
3706 \r
3707   public void scrollToColumn(int column)\r
3708   {\r
3709     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
3710   }\r
3711 \r
3712   /**\r
3713    * @return the alignments unique ID.\r
3714    */\r
3715   public String getSequenceSetId()\r
3716   {\r
3717     return viewport.getSequenceSetId();\r
3718   }\r
3719 \r
3720   /**\r
3721    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
3722    * \r
3723    * @param source\r
3724    *          File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3725    * @throws IOException\r
3726    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3727    * @throws SAXException\r
3728    * @throws ParserConfigurationException\r
3729    * @throws ExceptionFileFormatOrSyntax\r
3730    * @throws ExceptionLoadingFailed\r
3731    * @throws ExceptionPermissionDenied\r
3732    * @throws InterruptedException\r
3733    * @throws ExceptionUnmatchedClosingParentheses\r
3734    */\r
3735   public boolean loadScoreFile(String source) throws Exception\r
3736   {\r
3737 \r
3738     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source,\r
3739             AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3740     if (!file.isValid())\r
3741     {\r
3742       // TODO: raise dialog for gui\r
3743       System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "\r
3744               + file.getWarningMessage());\r
3745       System.err.println("Origin was:\n" + source);\r
3746       return false;\r
3747     }\r
3748 \r
3749     /*\r
3750      * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3751      */\r
3752     AlignmentI aln;\r
3753     if ((aln = viewport.getAlignment()) != null\r
3754             && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file\r
3755                     .getWidth()))\r
3756     {\r
3757       // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3758       System.err\r
3759               .println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3760 \r
3761     }\r
3762 \r
3763     // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3764     if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3765     {\r
3766       alignPanel.fontChanged();\r
3767       tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3768       // switch to this color\r
3769       changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3770       return true;\r
3771     }\r
3772     else\r
3773     {\r
3774       System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3775       if (file.getWarningMessage() != null)\r
3776       {\r
3777         System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3778       }\r
3779     }\r
3780     return false;\r
3781   }\r
3782 \r
3783 }\r