src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  41 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  42 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  43 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  44 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  49 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  55 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  56 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  61 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  62 \r
  63 import java.awt.BorderLayout;\r
  64 import java.awt.Canvas;\r
  65 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  66 import java.awt.Color;\r
  67 import java.awt.Font;\r
  68 import java.awt.FontMetrics;\r
  69 import java.awt.Frame;\r
  70 import java.awt.Graphics;\r
  71 import java.awt.Label;\r
  72 import java.awt.Menu;\r
  73 import java.awt.MenuBar;\r
  74 import java.awt.MenuItem;\r
  75 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  76 import java.awt.event.ActionListener;\r
  77 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  78 import java.awt.event.FocusListener;\r
  79 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  80 import java.awt.event.ItemListener;\r
  81 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  82 import java.awt.event.KeyListener;\r
  83 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  84 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  85 import java.io.IOException;\r
  86 import java.io.InputStreamReader;\r
  87 import java.net.URL;\r
  88 import java.net.URLEncoder;\r
  89 import java.util.Enumeration;\r
  90 import java.util.Hashtable;\r
  91 import java.util.List;\r
  92 import java.util.StringTokenizer;\r
  93 import java.util.Vector;\r
  94 \r
  95 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  96 {\r
  97   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  98 \r
  99   public AlignViewport viewport;\r
 100 \r
 101   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 102 \r
 103   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 104 \r
 105   String jalviewServletURL;\r
 106   \r
 107 \r
 108   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 109   {\r
 110     if (applet != null)\r
 111     {\r
 112       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 113     }\r
 114 \r
 115     try\r
 116     {\r
 117       jbInit();\r
 118     } catch (Exception ex)\r
 119     {\r
 120       ex.printStackTrace();\r
 121     }\r
 122 \r
 123     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 124     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 125 \r
 126     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 127     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 128 \r
 129     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 130     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 131     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 132     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 133     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 134     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 135     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 136 \r
 137     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 138 \r
 139     if (applet != null)\r
 140     {\r
 141       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 142       if (param != null)\r
 143       {\r
 144         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 145         {\r
 146           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 147         }\r
 148         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 149         {\r
 150           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 151         }\r
 152         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 153         {\r
 154           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 155         }\r
 156       }\r
 157 \r
 158       param = applet.getParameter("wrap");\r
 159       if (param != null)\r
 160       {\r
 161         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 162         {\r
 163           wrapMenuItem.setState(true);\r
 164           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 165         }\r
 166       }\r
 167       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 168       if (param != null)\r
 169       {\r
 170         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 171         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 172       }\r
 173       try\r
 174       {\r
 175         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 176         if (param != null)\r
 177         {\r
 178           int width = Integer.parseInt(param);\r
 179           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 180         }\r
 181         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 182         if (param != null)\r
 183         {\r
 184           int height = Integer.parseInt(param);\r
 185           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 186         }\r
 187       } catch (Exception ex)\r
 188       {\r
 189       }\r
 190 \r
 191     }\r
 192     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 193     {\r
 194       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 195       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 196       {\r
 197         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 198       }\r
 199       else {\r
 200         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 201       }\r
 202     } else {\r
 203       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 204       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 205     }\r
 206     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 207     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 208     // now\r
 209     this.addKeyListener(this);\r
 210     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 211     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 212     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 213     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 214     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 215     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 216     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 217     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 218 \r
 219     validate();\r
 220     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 221     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 222   }\r
 223 \r
 224   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 225   {\r
 226     return viewport;\r
 227   }\r
 228 \r
 229   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 230   {\r
 231     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 232   }\r
 233 \r
 234   /**\r
 235    * Load a features file onto the alignment\r
 236    * \r
 237    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 238    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 239    */\r
 240 \r
 241   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 242   {\r
 243     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 244   }\r
 245   \r
 246   /**\r
 247    * Load a features file onto the alignment\r
 248    * \r
 249    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 250    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 251    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 252    * @return true if data parsed as a features file\r
 253    */\r
 254   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 255   {    \r
 256     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
 257     \r
 258     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 259     boolean featuresFile = false;\r
 260     try\r
 261     {\r
 262       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 263               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 264                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 265                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 266     } catch (Exception ex)\r
 267     {\r
 268       ex.printStackTrace();\r
 269     }\r
 270 \r
 271     if (featuresFile)\r
 272     {\r
 273       if (featureLinks.size() > 0)\r
 274       {\r
 275         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 276       }\r
 277       if (autoenabledisplay)\r
 278       {\r
 279         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 280         sequenceFeatures.setState(true);\r
 281       }\r
 282       if (viewport.featureSettings != null)\r
 283       {\r
 284         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 285       }\r
 286       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 287       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 288     }\r
 289     return featuresFile;\r
 290   }\r
 291 \r
 292   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 293   {\r
 294     if (viewport.cursorMode\r
 295             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 296                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 297                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 298             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 299       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 300 \r
 301     switch (evt.getKeyCode())\r
 302     {\r
 303     case 27: // escape key\r
 304       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 305       \r
 306       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 307       break;\r
 308     case KeyEvent.VK_X:\r
 309       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 310       {\r
 311         cut_actionPerformed();\r
 312       }\r
 313       break;\r
 314     case KeyEvent.VK_C:\r
 315       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 316       {\r
 317         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 318       }\r
 319       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 320       {\r
 321         copy_actionPerformed();\r
 322       }\r
 323       break;\r
 324     case KeyEvent.VK_V:\r
 325       if (evt.isControlDown())\r
 326       {\r
 327         paste(evt.isShiftDown());\r
 328       }\r
 329       break;\r
 330     case KeyEvent.VK_A:\r
 331       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 332       {\r
 333         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 334       }\r
 335       break;\r
 336     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 337       if (viewport.cursorMode)\r
 338       {\r
 339         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 340       }\r
 341       else\r
 342       {\r
 343         moveSelectedSequences(false);\r
 344       }\r
 345       break;\r
 346 \r
 347     case KeyEvent.VK_UP:\r
 348       if (viewport.cursorMode)\r
 349       {\r
 350         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 351       }\r
 352       else\r
 353       {\r
 354         moveSelectedSequences(true);\r
 355       }\r
 356       break;\r
 357 \r
 358     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 359       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 360         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 361       else\r
 362         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 363       break;\r
 364 \r
 365     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 366       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 367         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 368       else\r
 369         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 370       break;\r
 371 \r
 372     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 373       if (viewport.cursorMode)\r
 374       {\r
 375         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 376                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 377       }\r
 378       break;\r
 379 \r
 380     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 381     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 382       if (viewport.cursorMode)\r
 383       {\r
 384         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 385                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 386       }\r
 387       else\r
 388       {\r
 389         cut_actionPerformed();\r
 390         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 391       }\r
 392       break;\r
 393 \r
 394     case KeyEvent.VK_S:\r
 395       if (viewport.cursorMode)\r
 396       {\r
 397         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 398       }\r
 399       break;\r
 400     case KeyEvent.VK_P:\r
 401       if (viewport.cursorMode)\r
 402       {\r
 403         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 404       }\r
 405       break;\r
 406 \r
 407     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 408     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 409       if (viewport.cursorMode)\r
 410       {\r
 411         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 412       }\r
 413       break;\r
 414 \r
 415     case KeyEvent.VK_Q:\r
 416       if (viewport.cursorMode)\r
 417       {\r
 418         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 419       }\r
 420       break;\r
 421     case KeyEvent.VK_M:\r
 422       if (viewport.cursorMode)\r
 423       {\r
 424         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 425       }\r
 426       break;\r
 427 \r
 428     case KeyEvent.VK_F2:\r
 429       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 430       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 431               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 432       if (viewport.cursorMode)\r
 433       {\r
 434         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 435         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 436       }\r
 437       break;\r
 438 \r
 439     case KeyEvent.VK_F:\r
 440       if (evt.isControlDown())\r
 441       {\r
 442         findMenuItem_actionPerformed();\r
 443       }\r
 444       break;\r
 445 \r
 446     case KeyEvent.VK_H:\r
 447     {\r
 448       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 449       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 450       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 451       break;\r
 452     }\r
 453 \r
 454     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 455       if (viewport.wrapAlignment)\r
 456       {\r
 457         alignPanel.scrollUp(true);\r
 458       }\r
 459       else\r
 460       {\r
 461         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 462                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 463       }\r
 464       break;\r
 465 \r
 466     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 467       if (viewport.wrapAlignment)\r
 468       {\r
 469         alignPanel.scrollUp(false);\r
 470       }\r
 471       else\r
 472       {\r
 473         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 474                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 475       }\r
 476       break;\r
 477 \r
 478     case KeyEvent.VK_Z:\r
 479       if (evt.isControlDown())\r
 480       {\r
 481         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 482       }\r
 483       break;\r
 484 \r
 485     case KeyEvent.VK_Y:\r
 486       if (evt.isControlDown())\r
 487       {\r
 488         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 489       }\r
 490       break;\r
 491 \r
 492     case KeyEvent.VK_L:\r
 493       if (evt.isControlDown())\r
 494       {\r
 495         trimAlignment(true);\r
 496       }\r
 497       break;\r
 498 \r
 499     case KeyEvent.VK_R:\r
 500       if (evt.isControlDown())\r
 501       {\r
 502         trimAlignment(false);\r
 503       }\r
 504       break;\r
 505 \r
 506     case KeyEvent.VK_E:\r
 507       if (evt.isControlDown())\r
 508       {\r
 509         if (evt.isShiftDown())\r
 510         {\r
 511           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 512         }\r
 513         else\r
 514         {\r
 515           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 516         }\r
 517       }\r
 518       break;\r
 519     case KeyEvent.VK_I:\r
 520       if (evt.isControlDown())\r
 521       {\r
 522         if (evt.isAltDown())\r
 523         {\r
 524           invertColSel_actionPerformed();\r
 525         }\r
 526         else\r
 527         {\r
 528           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 529         }\r
 530       }\r
 531       break;\r
 532 \r
 533     case KeyEvent.VK_U:\r
 534       if (evt.isControlDown())\r
 535       {\r
 536         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 537       }\r
 538       break;\r
 539 \r
 540     case KeyEvent.VK_T:\r
 541       if (evt.isControlDown())\r
 542       {\r
 543         newView(null);\r
 544       }\r
 545       break;\r
 546 \r
 547     }\r
 548     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 549   }\r
 550 \r
 551   /**\r
 552    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 553    * \r
 554    * @param toggleSeqs\r
 555    * @param toggleCols\r
 556    */\r
 557   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 558   {\r
 559     boolean hide = false;\r
 560     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 561     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 562     {\r
 563       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 564       // invert and then hide\r
 565       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 566       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 567               .getSelected().size() > 0)\r
 568               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 569                       .getEndRes()))\r
 570       {\r
 571         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 572         // that no hiding is required.\r
 573         if (sg != null)\r
 574         {\r
 575           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 576           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 577           toggleSeqs = true;\r
 578 \r
 579         }\r
 580         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 581         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 582         // selection and indicate it should be hidden.\r
 583         invertColSel_actionPerformed();\r
 584         toggleCols = true;\r
 585       }\r
 586     }\r
 587 \r
 588     if (toggleSeqs)\r
 589     {\r
 590       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 591       {\r
 592         hide = true;\r
 593         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 594       }\r
 595       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 596       {\r
 597         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 598       }\r
 599     }\r
 600 \r
 601     if (toggleCols)\r
 602     {\r
 603       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 604       {\r
 605         viewport.hideSelectedColumns();\r
 606         if (!toggleSeqs)\r
 607         {\r
 608           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 609         }\r
 610       }\r
 611       else if (!hide)\r
 612       {\r
 613         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 614       }\r
 615     }\r
 616   }\r
 617 \r
 618   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 619   {\r
 620   }\r
 621 \r
 622   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 623   {\r
 624   }\r
 625 \r
 626   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 627   {\r
 628     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 629     {\r
 630       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 631     }\r
 632     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 633     {\r
 634       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 635     }\r
 636     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 637     {\r
 638       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 639     }\r
 640     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 641     {\r
 642       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 643     }\r
 644     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 645     {\r
 646       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 647     }\r
 648     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 649     {\r
 650       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 651     }\r
 652     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 653     {\r
 654       seqLimits_itemStateChanged();\r
 655     }\r
 656     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 657     {\r
 658       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 659     }\r
 660     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 661     {\r
 662       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 663     }\r
 664     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 665     {\r
 666       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 667     }\r
 668     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 669     {\r
 670       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 671       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 672     }\r
 673     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 674     {\r
 675       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 676       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 677     }\r
 678     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 679     {\r
 680       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 681     }\r
 682     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 683     {\r
 684       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 685     }\r
 686     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 687     {\r
 688       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 689     }\r
 690     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 691     {\r
 692       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 693     }\r
 694     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 695     {\r
 696       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 697     }\r
 698     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 699     {\r
 700       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 701     }\r
 702     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 703     {\r
 704       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 705     }\r
 706     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 707     {\r
 708       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 709     }\r
 710     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 711     {\r
 712       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 713     }\r
 714     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 715     {\r
 716       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 717     }\r
 718     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 719     {\r
 720       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 721     }\r
 722     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 723     {\r
 724       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 725     }\r
 726     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 727   }\r
 728 \r
 729   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 730   {\r
 731     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 732     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 733     // searchresults.\r
 734   }\r
 735 \r
 736   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 737   {\r
 738     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 739     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 740   }\r
 741 \r
 742   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 743   {\r
 744     Object source = evt.getSource();\r
 745 \r
 746     if (source == inputText)\r
 747     {\r
 748       inputText_actionPerformed();\r
 749     }\r
 750     else if (source == loadTree)\r
 751     {\r
 752       loadTree_actionPerformed();\r
 753     }\r
 754     else if (source == loadApplication)\r
 755     {\r
 756       launchFullApplication();\r
 757     }\r
 758     else if (source == loadAnnotations)\r
 759     {\r
 760       loadAnnotations();\r
 761     }\r
 762     else if (source == outputAnnotations)\r
 763     {\r
 764       outputAnnotations(true);\r
 765     }\r
 766     else if (source == outputFeatures)\r
 767     {\r
 768       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 769     }\r
 770     else if (source == closeMenuItem)\r
 771     {\r
 772       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 773     }\r
 774     else if (source == copy)\r
 775     {\r
 776       copy_actionPerformed();\r
 777     }\r
 778     else if (source == undoMenuItem)\r
 779     {\r
 780       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 781     }\r
 782     else if (source == redoMenuItem)\r
 783     {\r
 784       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 785     }\r
 786     else if (source == inputText)\r
 787     {\r
 788       inputText_actionPerformed();\r
 789     }\r
 790     else if (source == closeMenuItem)\r
 791     {\r
 792       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 793     }\r
 794     else if (source == undoMenuItem)\r
 795     {\r
 796       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 797     }\r
 798     else if (source == redoMenuItem)\r
 799     {\r
 800       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 801     }\r
 802     else if (source == copy)\r
 803     {\r
 804       copy_actionPerformed();\r
 805     }\r
 806     else if (source == pasteNew)\r
 807     {\r
 808       pasteNew_actionPerformed();\r
 809     }\r
 810     else if (source == pasteThis)\r
 811     {\r
 812       pasteThis_actionPerformed();\r
 813     }\r
 814     else if (source == cut)\r
 815     {\r
 816       cut_actionPerformed();\r
 817     }\r
 818     else if (source == delete)\r
 819     {\r
 820       delete_actionPerformed();\r
 821     }\r
 822     else if (source == grpsFromSelection)\r
 823     {\r
 824       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 825     }\r
 826     else if (source == deleteGroups)\r
 827     {\r
 828       deleteGroups_actionPerformed();\r
 829     }\r
 830     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 831     {\r
 832       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 833     }\r
 834     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 835     {\r
 836       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 837     }\r
 838     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 839     {\r
 840       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 841     }\r
 842     else if (source == invertColSel)\r
 843     {\r
 844       viewport.invertColumnSelection();\r
 845       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 846     }\r
 847     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 848     {\r
 849       trimAlignment(true);\r
 850     }\r
 851     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 852     {\r
 853       trimAlignment(false);\r
 854     }\r
 855     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 856     {\r
 857       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 858     }\r
 859     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 860     {\r
 861       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 862     }\r
 863     else if (source == findMenuItem)\r
 864     {\r
 865       findMenuItem_actionPerformed();\r
 866     }\r
 867     else if (source == font)\r
 868     {\r
 869       new FontChooser(alignPanel);\r
 870     }\r
 871     else if (source == newView)\r
 872     {\r
 873       newView(null);\r
 874     }\r
 875     else if (source == showColumns)\r
 876     {\r
 877       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 878       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 879     }\r
 880     else if (source == showSeqs)\r
 881     {\r
 882       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 883       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 884     }\r
 885     else if (source == hideColumns)\r
 886     {\r
 887       viewport.hideSelectedColumns();\r
 888       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 889     }\r
 890     else if (source == hideSequences\r
 891             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 892     {\r
 893       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 894       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 895     }\r
 896     else if (source == hideAllButSelection)\r
 897     {\r
 898       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 899       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 900     }\r
 901     else if (source == hideAllSelection)\r
 902     {\r
 903       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 904       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 905       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 906       viewport.hideSelectedColumns();\r
 907       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 908     }\r
 909     else if (source == showAllHidden)\r
 910     {\r
 911       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 912       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 913       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 914     }\r
 915     else if (source == showGroupConsensus)\r
 916     {\r
 917       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 918     }\r
 919     else if (source == showGroupConservation)\r
 920     {\r
 921       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 922     }\r
 923     else if (source == showSequenceLogo)\r
 924     {\r
 925       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 926     }\r
 927     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 928     {\r
 929       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 930     }\r
 931     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 932     {\r
 933       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 934     }\r
 935     else if (source == featureSettings)\r
 936     {\r
 937       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 938     }\r
 939     else if (source == alProperties)\r
 940     {\r
 941       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 942               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 943       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 944       cap.setText(contents.toString());\r
 945       Frame frame = new Frame();\r
 946       frame.add(cap);\r
 947       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 948               + getTitle(), 400, 250);\r
 949     }\r
 950     else if (source == overviewMenuItem)\r
 951     {\r
 952       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 953     }\r
 954     else if (source == noColourmenuItem)\r
 955     {\r
 956       changeColour(null);\r
 957     }\r
 958     else if (source == clustalColour)\r
 959     {\r
 960       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 961       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(),null));\r
 962     }\r
 963     else if (source == zappoColour)\r
 964     {\r
 965       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 966     }\r
 967     else if (source == taylorColour)\r
 968     {\r
 969       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 970     }\r
 971     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 972     {\r
 973       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 974     }\r
 975     else if (source == helixColour)\r
 976     {\r
 977       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 978     }\r
 979     else if (source == strandColour)\r
 980     {\r
 981       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 982     }\r
 983     else if (source == turnColour)\r
 984     {\r
 985       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 986     }\r
 987     else if (source == buriedColour)\r
 988     {\r
 989       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 990     }\r
 991     else if (source == nucleotideColour)\r
 992     {\r
 993       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 994     }\r
 995     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
 996     {\r
 997       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
 998     }\r
 999     else if (source == RNAHelixColour)\r
1000     {\r
1001       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1002     }\r
1003     else if (source == modifyPID)\r
1004     {\r
1005       modifyPID_actionPerformed();\r
1006     }\r
1007     else if (source == modifyConservation)\r
1008     {\r
1009       modifyConservation_actionPerformed();\r
1010     }\r
1011     else if (source == userDefinedColour)\r
1012     {\r
1013       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1014     }\r
1015     else if (source == PIDColour)\r
1016     {\r
1017       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1018     }\r
1019     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1020     {\r
1021       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1022     }\r
1023     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1024         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1025     }\r
1026     else if (source == annotationColour)\r
1027     {\r
1028       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1029     }\r
1030     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1031     {\r
1032       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1033     }\r
1034     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1035     {\r
1036       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1037     }\r
1038     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1039     {\r
1040       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1041     }\r
1042     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1043     {\r
1044       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1045     }\r
1046     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1047     {\r
1048       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1049     }\r
1050     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1051     {\r
1052       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1053     }\r
1054     else if (source == PCAMenuItem)\r
1055     {\r
1056       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1057     }\r
1058     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1059     {\r
1060       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1061     }\r
1062     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1063     {\r
1064       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1065     }\r
1066     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1067     {\r
1068       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1069     }\r
1070     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1071     {\r
1072       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1073     }\r
1074     else if (source == documentation)\r
1075     {\r
1076       documentation_actionPerformed();\r
1077     }\r
1078     else if (source == about)\r
1079     {\r
1080       about_actionPerformed();\r
1081     }\r
1082 \r
1083   }\r
1084 \r
1085   public void inputText_actionPerformed()\r
1086   {\r
1087     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1088     Frame frame = new Frame();\r
1089     frame.add(cap);\r
1090     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1091   }\r
1092 \r
1093   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1094   {\r
1095     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1096     Frame frame = new Frame();\r
1097     frame.add(cap);\r
1098     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1099             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1100     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1101             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1102             viewport.showJVSuffix));\r
1103   }\r
1104 \r
1105   public void loadAnnotations()\r
1106   {\r
1107     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1108     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1109     cap.setAnnotationImport();\r
1110     Frame frame = new Frame();\r
1111     frame.add(cap);\r
1112     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1113 \r
1114   }\r
1115   \r
1116   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1117   {\r
1118     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1119             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1120                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1121                     .getGroups(),\r
1122             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1123 \r
1124     if (displayTextbox)\r
1125     {\r
1126       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1127       Frame frame = new Frame();\r
1128       frame.add(cap);\r
1129       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1130       cap.setText(annotation);\r
1131     }\r
1132 \r
1133     return annotation;\r
1134   }\r
1135 \r
1136   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1137   {\r
1138     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1139     {\r
1140       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1141       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1142       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1143       while (en.hasMoreElements())\r
1144       {\r
1145         Object col = en.nextElement();\r
1146         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1147       }\r
1148       return fcols;\r
1149     }\r
1150     return null;\r
1151   }\r
1152 \r
1153   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1154   {\r
1155     String features;\r
1156     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1157     {\r
1158       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1159               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1160               getDisplayedFeatureCols());\r
1161     }\r
1162     else\r
1163     {\r
1164       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1165               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1166               getDisplayedFeatureCols());\r
1167     }\r
1168 \r
1169     if (displayTextbox)\r
1170     {\r
1171       boolean frimport=false;\r
1172       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1173       {\r
1174         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1175         frimport=true;\r
1176       }\r
1177       \r
1178       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1179       if (frimport)\r
1180       {\r
1181         cap.setAnnotationImport();\r
1182       }\r
1183       Frame frame = new Frame();\r
1184       frame.add(cap);\r
1185       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1186       cap.setText(features);\r
1187     } else {\r
1188       if (features==null)\r
1189         features = "";\r
1190     }\r
1191 \r
1192     return features;\r
1193   }\r
1194 \r
1195   void launchFullApplication()\r
1196   {\r
1197     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1198 \r
1199     url.append("?open="\r
1200             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1201 \r
1202     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1203     {\r
1204       url.append("&features=");\r
1205       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1206     }\r
1207 \r
1208     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1209     {\r
1210       url.append("&annotations=");\r
1211       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1212     }\r
1213 \r
1214     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1215     {\r
1216       url.append("&annotations=");\r
1217       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1218     }\r
1219 \r
1220     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1221     {\r
1222       url.append("&colour="\r
1223               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1224                       .getParameter("defaultColour")));\r
1225     }\r
1226 \r
1227     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1228     {\r
1229       url.append("&colour="\r
1230               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1231                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1232     }\r
1233     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1234     {\r
1235       url.append("&tree="\r
1236               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1237     }\r
1238     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1239     {\r
1240       url.append("&tree="\r
1241               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1242     }\r
1243 \r
1244     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1245   }\r
1246 \r
1247   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1248   {\r
1249     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1250     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1251     {\r
1252       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1253       {\r
1254         sb.append("%20");\r
1255       }\r
1256       else\r
1257       {\r
1258         sb.append(colour.charAt(i));\r
1259       }\r
1260     }\r
1261 \r
1262     return sb.toString();\r
1263   }\r
1264 \r
1265   String appendProtocol(String url)\r
1266   {\r
1267     try\r
1268     {\r
1269       new URL(url);\r
1270       url = URLEncoder.encode(url);\r
1271     }\r
1272     /*\r
1273      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1274      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1275      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1276      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1277      * ex.printStackTrace(); }\r
1278      */\r
1279     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1280     {\r
1281       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1282     }\r
1283     return url;\r
1284   }\r
1285 \r
1286   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1287   {\r
1288     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1289     if (alignPanel.seqPanel!=null && alignPanel.seqPanel.seqCanvas!=null)\r
1290     {\r
1291       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1292     }\r
1293     if (alignPanel.idPanel!=null && alignPanel.idPanel.idCanvas!=null) {\r
1294       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1295     }\r
1296 \r
1297     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1298     {\r
1299       System.exit(0);\r
1300     } else {\r
1301     }\r
1302     viewport = null;\r
1303     alignPanel = null;\r
1304     this.dispose();\r
1305   }\r
1306 \r
1307   /**\r
1308    * TODO: JAL-1104\r
1309    */\r
1310   void updateEditMenuBar()\r
1311   {\r
1312 \r
1313     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1314     {\r
1315       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1316       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1317       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1318     }\r
1319     else\r
1320     {\r
1321       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1322       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1323     }\r
1324 \r
1325     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1326     {\r
1327       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1328 \r
1329       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1330       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1331     }\r
1332     else\r
1333     {\r
1334       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1335       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1336     }\r
1337   }\r
1338 \r
1339   /**\r
1340    * TODO: JAL-1104\r
1341    */\r
1342   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1343   {\r
1344     if (command.getSize() > 0)\r
1345     {\r
1346       viewport.historyList.push(command);\r
1347       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1348       updateEditMenuBar();\r
1349       viewport.updateHiddenColumns();\r
1350     }\r
1351   }\r
1352 \r
1353   /**\r
1354    * TODO: JAL-1104\r
1355    * DOCUMENT ME!\r
1356    * \r
1357    * @param e\r
1358    *          DOCUMENT ME!\r
1359    */\r
1360   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1361   {\r
1362     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1363     {\r
1364       return;\r
1365     }\r
1366 \r
1367     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1368     viewport.redoList.push(command);\r
1369     command.undoCommand(null);\r
1370 \r
1371     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1372     // JBPNote Test\r
1373     if (originalSource!=viewport) {\r
1374       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1375     }\r
1376     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1377     updateEditMenuBar();\r
1378     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1379             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1380   }\r
1381 \r
1382   /**\r
1383    * TODO: JAL-1104\r
1384    * DOCUMENT ME!\r
1385    * \r
1386    * @param e\r
1387    *          DOCUMENT ME!\r
1388    */\r
1389   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1390   {\r
1391     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1392     {\r
1393       return;\r
1394     }\r
1395 \r
1396     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1397     viewport.historyList.push(command);\r
1398     command.doCommand(null);\r
1399 \r
1400     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1401     // JBPNote Test\r
1402     if (originalSource!=viewport) {\r
1403       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1404     }\r
1405     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1406 \r
1407     updateEditMenuBar();\r
1408     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1409             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1410   }\r
1411 \r
1412   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1413   {\r
1414     AlignViewport originalSource = null;\r
1415     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1416     // the property change event FROM the viewport where the\r
1417     // original alignment was altered\r
1418     AlignmentI al = null;\r
1419     if (command instanceof EditCommand)\r
1420     {\r
1421       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1422       al = editCommand.getAlignment();\r
1423       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1424               .getSequenceSetId());\r
1425       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1426       {\r
1427         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1428         {\r
1429           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1430           {\r
1431             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1432             break;\r
1433           }\r
1434         }\r
1435       }\r
1436     }\r
1437 \r
1438     if (originalSource == null)\r
1439     {\r
1440       // The original view is closed, we must validate\r
1441       // the current view against the closed view first\r
1442       if (al != null)\r
1443       {\r
1444         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1445       }\r
1446 \r
1447       originalSource = viewport;\r
1448     }\r
1449 \r
1450     return originalSource;\r
1451   }\r
1452 \r
1453   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1454   {\r
1455     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1456     if (sg == null)\r
1457     {\r
1458       return;\r
1459     }\r
1460     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg, up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1461     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1462   }\r
1463 \r
1464   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1465   {\r
1466     List<SequenceI>sg = new Vector<SequenceI>();\r
1467     if (viewport.cursorMode)\r
1468     {\r
1469       sg.add(viewport.getAlignment()\r
1470               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1471     }\r
1472     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1473             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1474                     .getHeight())\r
1475     {\r
1476       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1477               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1478     }\r
1479 \r
1480     if (sg.size() < 1)\r
1481     {\r
1482       return;\r
1483     }\r
1484 \r
1485     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1486 \r
1487     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1488     {\r
1489       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1490         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1491     }\r
1492 \r
1493     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1494 \r
1495     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup.size()]);\r
1496     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1497       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1498 \r
1499     SlideSequencesCommand ssc;\r
1500     if (right)\r
1501       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1502               size, viewport.getGapCharacter());\r
1503     else\r
1504       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1505               size, viewport.getGapCharacter());\r
1506 \r
1507     int groupAdjustment = 0;\r
1508     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1509     {\r
1510       if (viewport.cursorMode)\r
1511         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1512       else\r
1513         groupAdjustment = size;\r
1514     }\r
1515     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1516     {\r
1517       if (viewport.cursorMode)\r
1518         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1519       else\r
1520         groupAdjustment = -size;\r
1521     }\r
1522 \r
1523     if (groupAdjustment != 0)\r
1524     {\r
1525       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1526               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1527       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1528               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1529     }\r
1530 \r
1531     boolean appendHistoryItem = false;\r
1532     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1533             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1534     {\r
1535       appendHistoryItem = ssc\r
1536               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1537                       .peek());\r
1538     }\r
1539 \r
1540     if (!appendHistoryItem)\r
1541       addHistoryItem(ssc);\r
1542 \r
1543     repaint();\r
1544   }\r
1545 \r
1546   static StringBuffer copiedSequences;\r
1547 \r
1548   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1549 \r
1550   protected void copy_actionPerformed()\r
1551   {\r
1552     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1553     {\r
1554       return;\r
1555     }\r
1556 \r
1557     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1558     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1559     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1560     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1561     {\r
1562       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1563       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1564       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1565     }\r
1566 \r
1567     int index = 0, startRes, endRes;\r
1568     char ch;\r
1569 \r
1570     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1571     {\r
1572       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1573       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1574       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1575               .size(); i++)\r
1576       {\r
1577         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1578                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1579 \r
1580         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1581         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1582       }\r
1583     }\r
1584     else\r
1585     {\r
1586       copiedHiddenColumns = null;\r
1587     }\r
1588 \r
1589     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1590     {\r
1591       SequenceI seq = null;\r
1592 \r
1593       while (seq == null)\r
1594       {\r
1595         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1596         {\r
1597           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1598           index++;\r
1599 \r
1600           break;\r
1601         }\r
1602         else\r
1603         {\r
1604           index++;\r
1605         }\r
1606       }\r
1607 \r
1608       // FIND START RES\r
1609       // Returns residue following index if gap\r
1610       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1611 \r
1612       // FIND END RES\r
1613       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1614       endRes = 0;\r
1615 \r
1616       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1617       {\r
1618         ch = seq.getCharAt(j);\r
1619         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1620         {\r
1621           endRes++;\r
1622         }\r
1623       }\r
1624 \r
1625       if (endRes > 0)\r
1626       {\r
1627         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1628       }\r
1629 \r
1630       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1631               + "\t"\r
1632               + startRes\r
1633               + "\t"\r
1634               + endRes\r
1635               + "\t"\r
1636               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1637                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1638     }\r
1639 \r
1640   }\r
1641 \r
1642   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1643   {\r
1644     paste(true);\r
1645   }\r
1646 \r
1647   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1648   {\r
1649     paste(false);\r
1650   }\r
1651 \r
1652   void paste(boolean newAlignment)\r
1653   {\r
1654     try\r
1655     {\r
1656 \r
1657       if (copiedSequences == null)\r
1658       {\r
1659         return;\r
1660       }\r
1661 \r
1662       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1663       Vector seqs = new Vector();\r
1664       while (st.hasMoreElements())\r
1665       {\r
1666         String name = st.nextToken();\r
1667         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1668         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1669         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1670       }\r
1671       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1672       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1673       {\r
1674         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1675       }\r
1676 \r
1677       if (newAlignment)\r
1678       {\r
1679         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1680         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1681         {\r
1682           newtitle = getTitle();\r
1683         }\r
1684         else\r
1685         {\r
1686           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1687         }\r
1688         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1689                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1690         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1691         {\r
1692           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1693           {\r
1694             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1695             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1696           }\r
1697         }\r
1698 \r
1699         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1700                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1701       }\r
1702       else\r
1703       {\r
1704         addSequences(newSeqs);\r
1705       }\r
1706 \r
1707     } catch (Exception ex)\r
1708     {\r
1709     } // could be anything being pasted in here\r
1710 \r
1711   }\r
1712 \r
1713   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1714   {\r
1715     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1716     {\r
1717       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1718     }\r
1719 \r
1720     // !newAlignment\r
1721     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1722             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1723 \r
1724     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1725     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1726     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1727             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1728 \r
1729   }\r
1730 \r
1731   protected void cut_actionPerformed()\r
1732   {\r
1733     copy_actionPerformed();\r
1734     delete_actionPerformed();\r
1735   }\r
1736 \r
1737   protected void delete_actionPerformed()\r
1738   {\r
1739 \r
1740     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1741     if (sg == null)\r
1742     {\r
1743       return;\r
1744     }\r
1745 \r
1746     Vector seqs = new Vector();\r
1747     SequenceI seq;\r
1748     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1749     {\r
1750       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1751       seqs.addElement(seq);\r
1752     }\r
1753 \r
1754     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1755     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1756     {\r
1757       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1758               sg.getEndRes() + 1);\r
1759     }\r
1760 \r
1761     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1762     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1763     {\r
1764       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1765     }\r
1766 \r
1767     /*\r
1768      * //ADD HISTORY ITEM\r
1769      */\r
1770     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1771             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1772             viewport.getAlignment()));\r
1773 \r
1774     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1775     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1776 \r
1777     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1778             .getSequences());\r
1779 \r
1780     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1781     {\r
1782       this.setVisible(false);\r
1783     }\r
1784     viewport.sendSelection();\r
1785   }\r
1786 \r
1787   /**\r
1788    * group consensus toggled\r
1789    * \r
1790    */\r
1791   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1792   {\r
1793     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1794     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1795 \r
1796   }\r
1797 \r
1798   /**\r
1799    * group conservation toggled.\r
1800    */\r
1801   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1802   {\r
1803     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1804     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1805   }\r
1806 \r
1807   /*\r
1808    * (non-Javadoc)\r
1809    * \r
1810    * @see\r
1811    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1812    * .event.ActionEvent)\r
1813    */\r
1814   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1815   {\r
1816     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1817     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1818   }\r
1819   /*\r
1820    * (non-Javadoc)\r
1821    * \r
1822    * @see\r
1823    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1824    * .event.ActionEvent)\r
1825    */\r
1826   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1827   {\r
1828     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1829     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1830   }\r
1831 \r
1832   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1833   {\r
1834     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1835   }\r
1836 \r
1837   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1838   {\r
1839     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1840     {\r
1841       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1842               viewport.getSequenceSelection(),\r
1843               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1844                       viewport.getGapCharacter()),\r
1845               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1846       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1847       viewport.sequenceColours = null;\r
1848       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1849       // set view properties for each group\r
1850       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1851       {\r
1852         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1853         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1854         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1855         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1856                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1857         col = col.brighter();\r
1858         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1859           viewport.setSequenceColour(\r
1860                 sq, col)\r
1861           ;\r
1862       }\r
1863       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1864       alignPanel.updateAnnotation();\r
1865       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1866     }\r
1867   }\r
1868 \r
1869   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1870   {\r
1871     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1872     viewport.sequenceColours = null;\r
1873     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1874 \r
1875     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1876   }\r
1877 \r
1878   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1879   {\r
1880     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1881     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1882     {\r
1883       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1884     }\r
1885     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1886     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1887     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1888     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1889     viewport.sendSelection();\r
1890   }\r
1891 \r
1892   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1893   {\r
1894     if (viewport.cursorMode)\r
1895     {\r
1896       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1897       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1898     }\r
1899     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1900     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1901     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1902     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1903     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1904     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1905     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1906     viewport.sendSelection();\r
1907   }\r
1908 \r
1909   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1910   {\r
1911     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1912     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1913     {\r
1914       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1915     }\r
1916 \r
1917     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1918     viewport.sendSelection();\r
1919   }\r
1920 \r
1921   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1922   {\r
1923     viewport.invertColumnSelection();\r
1924     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1925     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1926     viewport.sendSelection();\r
1927   }\r
1928 \r
1929   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1930   {\r
1931     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1932     int column;\r
1933 \r
1934     if (colSel.size() > 0)\r
1935     {\r
1936       if (trimLeft)\r
1937       {\r
1938         column = colSel.getMin();\r
1939       }\r
1940       else\r
1941       {\r
1942         column = colSel.getMax();\r
1943       }\r
1944 \r
1945       SequenceI[] seqs;\r
1946       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1947       {\r
1948         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1949                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1950       }\r
1951       else\r
1952       {\r
1953         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1954       }\r
1955 \r
1956       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1957       if (trimLeft)\r
1958       {\r
1959         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1960                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1961                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1962                 viewport.getSelectionGroup());\r
1963         viewport.setStartRes(0);\r
1964       }\r
1965       else\r
1966       {\r
1967         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1968                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1969                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1970                 viewport.getSelectionGroup());\r
1971       }\r
1972 \r
1973       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1974 \r
1975       addHistoryItem(trimRegion);\r
1976 \r
1977 \r
1978 \r
1979       for (SequenceGroup sg:viewport.getAlignment().getGroups())\r
1980       {\r
1981         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1982                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1983         {\r
1984           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1985         }\r
1986       }\r
1987 \r
1988       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
1989               .getAlignment().getSequences());\r
1990     }\r
1991   }\r
1992 \r
1993   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
1994   {\r
1995     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
1996 \r
1997     SequenceI[] seqs;\r
1998     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1999     {\r
2000       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2001               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2002       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2003       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2004     }\r
2005     else\r
2006     {\r
2007       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2008     }\r
2009 \r
2010     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2011             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2012 \r
2013     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2014 \r
2015     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2016             + " empty columns.");\r
2017 \r
2018     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2019     // of first sequence\r
2020     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2021     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2022     // ShiftList shifts;\r
2023     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2024     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2025     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2026     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2027     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2028     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2029             .getSequences());\r
2030 \r
2031   }\r
2032 \r
2033   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2034   {\r
2035     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2036 \r
2037     SequenceI[] seqs;\r
2038     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2039     {\r
2040       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2041               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2042       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2043       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2044     }\r
2045     else\r
2046     {\r
2047       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2048     }\r
2049 \r
2050     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2051     // of first sequence\r
2052     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2053     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2054 \r
2055     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2056             viewport.getAlignment()));\r
2057 \r
2058     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2059 \r
2060     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2061             .getSequences());\r
2062 \r
2063   }\r
2064 \r
2065   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2066   {\r
2067     new Finder(alignPanel);\r
2068   }\r
2069 \r
2070   /**\r
2071    * create a new view derived from the current view\r
2072    * \r
2073    * @param viewtitle\r
2074    * @return frame for the new view\r
2075    */\r
2076   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2077   {\r
2078     AlignmentI newal;\r
2079     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2080     {\r
2081       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2082               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2083     }\r
2084     else\r
2085     {\r
2086       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2087     }\r
2088 \r
2089     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2090     {\r
2091       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2092       {\r
2093         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2094         {\r
2095           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2096         }\r
2097       }\r
2098     }\r
2099 \r
2100     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2101 \r
2102     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2103     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2104     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2105             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2106 \r
2107     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2108             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2109     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2110             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2111 \r
2112     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2113             .getSequenceSetId());\r
2114     int viewSize = -1;\r
2115     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2116     {\r
2117       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2118       {\r
2119         viewSize++;\r
2120       }\r
2121     }\r
2122 \r
2123     String title = new String(this.getTitle());\r
2124     if (viewtitle != null)\r
2125     {\r
2126       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2127     }\r
2128     else\r
2129     {\r
2130       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2131       {\r
2132         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2133       }\r
2134       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2135     }\r
2136 \r
2137     newaf.setTitle(title.toString());\r
2138 \r
2139     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2140     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2141     return newaf;\r
2142   }\r
2143 \r
2144   /**\r
2145    * \r
2146    * @return list of feature groups on the view\r
2147    */\r
2148   public String[] getFeatureGroups()\r
2149   {\r
2150     FeatureRenderer fr = null;\r
2151     if (alignPanel != null\r
2152             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2153     {\r
2154       return fr.getGroups();\r
2155     }\r
2156     return null;\r
2157   }\r
2158 \r
2159   /**\r
2160    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2161    * \r
2162    * @param visible\r
2163    *          true is visible\r
2164    * @return list\r
2165    */\r
2166   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2167   {\r
2168     FeatureRenderer fr = null;\r
2169     if (alignPanel != null\r
2170             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2171     {\r
2172       return fr.getGroups(visible);\r
2173     }\r
2174     return null;\r
2175   }\r
2176 \r
2177   /**\r
2178    * Change the display state for the given feature groups\r
2179    * \r
2180    * @param groups\r
2181    *          list of group strings\r
2182    * @param state\r
2183    *          visible or invisible\r
2184    */\r
2185   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2186   {\r
2187     FeatureRenderer fr = null;\r
2188     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2189     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2190     if (alignPanel != null\r
2191             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2192     {\r
2193       fr.setGroupState(groups, state);\r
2194       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2195       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2196       {\r
2197         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2198       }\r
2199     }\r
2200   }\r
2201 \r
2202   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2203   {\r
2204     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2205     alignPanel.fontChanged();\r
2206     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2207   }\r
2208 \r
2209   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2210   {\r
2211     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2212     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2213   }\r
2214 \r
2215   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2216   {\r
2217     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2218     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2219   }\r
2220 \r
2221   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2222   {\r
2223     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2224     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2225     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2226     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2227     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2228     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2229   }\r
2230 \r
2231   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2232   {\r
2233     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2234     {\r
2235       return;\r
2236     }\r
2237 \r
2238     Frame frame = new Frame();\r
2239     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2240     frame.add(overview);\r
2241     // +50 must allow for applet frame window\r
2242     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2243             overview.getPreferredSize().width,\r
2244             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2245 \r
2246     frame.pack();\r
2247     final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
2248     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2249     {\r
2250       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2251       {\r
2252         if (ap!=null) {\r
2253           ap.setOverviewPanel(null);\r
2254         }\r
2255       };\r
2256     });\r
2257 \r
2258     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2259 \r
2260   }\r
2261 \r
2262   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2263   {\r
2264     int threshold = 0;\r
2265 \r
2266     if (cs != null)\r
2267     {\r
2268       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2269       {\r
2270         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2271                 "Background");\r
2272 \r
2273         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2274 \r
2275         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2276       }\r
2277       else\r
2278       {\r
2279         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2280       }\r
2281 \r
2282       if (viewport.getConservationSelected())\r
2283       {\r
2284 \r
2285         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2286         Conservation c = new Conservation("All",\r
2287                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2288                 al.getWidth() - 1);\r
2289 \r
2290         c.calculate();\r
2291         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2292 \r
2293         cs.setConservation(c);\r
2294 \r
2295         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2296                 cs, "Background"));\r
2297 \r
2298       }\r
2299       else\r
2300       {\r
2301         cs.setConservation(null);\r
2302       }\r
2303 \r
2304       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2305 \r
2306     }             \r
2307     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2308 \r
2309 \r
2310     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2311     {\r
2312       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2313     }\r
2314 \r
2315     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2316             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2317                     alignPanel);\r
2318 \r
2319     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2320   }\r
2321 \r
2322   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2323   {\r
2324     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2325             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2326     {\r
2327       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2328               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2329       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2330     }\r
2331   }\r
2332 \r
2333   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2334   {\r
2335     if (viewport.getConservationSelected()\r
2336             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2337     {\r
2338       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2339               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2340       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2341     }\r
2342   }\r
2343 \r
2344   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2345   {\r
2346     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2347 \r
2348     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2349     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2350 \r
2351     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2352 \r
2353     modifyConservation_actionPerformed();\r
2354   }\r
2355 \r
2356   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2357   {\r
2358     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2359 \r
2360     conservationMenuItem.setState(false);\r
2361     viewport.setConservationSelected(false);\r
2362 \r
2363     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2364 \r
2365     modifyPID_actionPerformed();\r
2366   }\r
2367 \r
2368   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2369   {\r
2370     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2371     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2372             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2373 \r
2374     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2375             viewport.getAlignment()));\r
2376     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2377   }\r
2378 \r
2379   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2380   {\r
2381     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2382     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2383     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2384     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2385   }\r
2386 \r
2387   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2388   {\r
2389     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2390     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2391     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2392             viewport.getAlignment()));\r
2393     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2394   }\r
2395 \r
2396   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2397   {\r
2398     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2399     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2400     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2401             viewport.getAlignment()));\r
2402     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2403 \r
2404   }\r
2405 \r
2406   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2407   {\r
2408     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2409   }\r
2410 \r
2411   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2412   {\r
2413     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2414             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2415     {\r
2416       Frame frame = new Frame();\r
2417       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2418       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2419               500);\r
2420     }\r
2421   }\r
2422 \r
2423   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2424   {\r
2425     // are the sequences aligned?\r
2426     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2427     {\r
2428       SequenceI current;\r
2429       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2430 \r
2431       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2432       {\r
2433         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2434 \r
2435         if (current.getLength() < Width)\r
2436         {\r
2437           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2438         }\r
2439       }\r
2440       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2441     }\r
2442 \r
2443     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2444             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2445             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2446             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2447     {\r
2448       return;\r
2449     }\r
2450 \r
2451     try\r
2452     {\r
2453       new PCAPanel(viewport);\r
2454     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2455     {\r
2456     }\r
2457 \r
2458   }\r
2459 \r
2460   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2461   {\r
2462     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2463   }\r
2464 \r
2465   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2466   {\r
2467     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2468   }\r
2469 \r
2470   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2471   {\r
2472     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2473   }\r
2474 \r
2475   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2476   {\r
2477     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2478   }\r
2479 \r
2480   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2481   {\r
2482     // are the sequences aligned?\r
2483     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2484     {\r
2485       SequenceI current;\r
2486       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2487 \r
2488       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2489       {\r
2490         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2491 \r
2492         if (current.getLength() < Width)\r
2493         {\r
2494           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2495         }\r
2496       }\r
2497       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2498 \r
2499     }\r
2500 \r
2501     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2502             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2503             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2504                     .getHeight() > 1))\r
2505     {\r
2506       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2507 \r
2508       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2509 \r
2510       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2511     }\r
2512   }\r
2513 \r
2514   void loadTree_actionPerformed()\r
2515   {\r
2516     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2517     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2518     cap.setTreeImport();\r
2519     Frame frame = new Frame();\r
2520     frame.add(cap);\r
2521     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2522   }\r
2523 \r
2524   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2525   {\r
2526     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2527     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2528     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2529   }\r
2530 \r
2531   /**\r
2532    * sort the alignment using the given treePanel\r
2533    * \r
2534    * @param treePanel\r
2535    *          tree used to sort view\r
2536    * @param title\r
2537    *          string used for undo event name\r
2538    */\r
2539   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2540   {\r
2541     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2542     AlignmentSorter\r
2543             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2544     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2545     // HistoryItem.SORT));\r
2546     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2547             viewport.getAlignment()));\r
2548     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2549   }\r
2550 \r
2551   /**\r
2552    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2553    * the menu structure for the new tree\r
2554    * \r
2555    * @param treePanel\r
2556    * @param title\r
2557    */\r
2558   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2559           final String title)\r
2560   {\r
2561     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2562     sortByTreeMenu.add(item);\r
2563     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2564     {\r
2565       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2566       {\r
2567         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2568       }\r
2569     });\r
2570     \r
2571     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2572     {\r
2573       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2574       {\r
2575         if (viewport.sortByTree)\r
2576         {\r
2577           sortByTree(treePanel, title);\r
2578         }\r
2579         super.windowOpened(e);\r
2580       }\r
2581 \r
2582       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2583       {\r
2584         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2585       };\r
2586     });\r
2587   }\r
2588   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2589   {\r
2590     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2591     .getSequencesArray();\r
2592     if (viewport.applet.debug)\r
2593     {\r
2594       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2595     }\r
2596     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2597     if (undoname!=null)\r
2598     {\r
2599       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2600     }\r
2601     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2602     return true;\r
2603   }\r
2604 \r
2605   protected void documentation_actionPerformed()\r
2606   {\r
2607     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2608   }\r
2609 \r
2610   protected void about_actionPerformed()\r
2611   {\r
2612 \r
2613     class AboutPanel extends Canvas\r
2614     {\r
2615       String version;\r
2616 \r
2617       String builddate;\r
2618 \r
2619       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2620       {\r
2621         this.version = version;\r
2622         this.builddate = builddate;\r
2623       }\r
2624 \r
2625       public void paint(Graphics g)\r
2626       {\r
2627         g.setColor(Color.white);\r
2628         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2629         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2630         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2631         int fh = fm.getHeight();\r
2632         int y = 5, x = 7;\r
2633         g.setColor(Color.black);\r
2634         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2635         // lite and application\r
2636         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2637         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2638         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2639         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2640         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2641         g.drawString(\r
2642                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2643                 x, y += fh * 1.5);\r
2644         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2645         g.drawString(\r
2646                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2647                 x, y += fh);\r
2648         g.drawString(\r
2649                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2650                 x, y += fh);\r
2651         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2652         g.drawString(\r
2653                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2654                 x, y += fh);\r
2655         g.drawString(\r
2656                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2657                 x, y += fh);\r
2658         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2659                 x, y += fh);\r
2660       }\r
2661     }\r
2662 \r
2663     Frame frame = new Frame();\r
2664     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2665             .getBuildDate()));\r
2666     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2667 \r
2668   }\r
2669 \r
2670   public void showURL(String url, String target)\r
2671   {\r
2672     if (viewport.applet == null)\r
2673     {\r
2674       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2675     }\r
2676     else\r
2677     {\r
2678       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2679     }\r
2680   }\r
2681 \r
2682   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2683   // JBuilder Graphics here\r
2684 \r
2685   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2686 \r
2687   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2688 \r
2689   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2690 \r
2691   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2692 \r
2693   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2694   \r
2695   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2696 \r
2697   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2698 \r
2699   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2700 \r
2701   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2702 \r
2703   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2704 \r
2705   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2706 \r
2707   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2708 \r
2709   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2710 \r
2711   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2712 \r
2713   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2714 \r
2715   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2716 \r
2717   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2718 \r
2719   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2720 \r
2721   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2722 \r
2723   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2724 \r
2725   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2726 \r
2727   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2728 \r
2729   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2730 \r
2731   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2732 \r
2733   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2734 \r
2735   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2736 \r
2737   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2738 \r
2739   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2740 \r
2741   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2742 \r
2743   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2744 \r
2745   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2746 \r
2747   public Label statusBar = new Label();\r
2748 \r
2749   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2750 \r
2751   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2752 \r
2753   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2754 \r
2755   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2756 \r
2757   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2758 \r
2759   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2760 \r
2761   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2762 \r
2763   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2764 \r
2765   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2766 \r
2767   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2768   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2769   \r
2770   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2771 \r
2772   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2773 \r
2774   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2775   \r
2776   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2777 \r
2778   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2779 \r
2780   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2781 \r
2782   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2783 \r
2784   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2785 \r
2786   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2787 \r
2788   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2789 \r
2790   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2791 \r
2792   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2793 \r
2794   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2795 \r
2796   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2797 \r
2798   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2799 \r
2800   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2801 \r
2802   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2803 \r
2804   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2805 \r
2806   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2807 \r
2808   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2809 \r
2810   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2811 \r
2812   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2813 \r
2814   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2815 \r
2816   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2817 \r
2818   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2819 \r
2820   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2821 \r
2822   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2823 \r
2824   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2825 \r
2826   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2827 \r
2828   MenuItem font = new MenuItem();\r
2829 \r
2830   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2831 \r
2832   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2833 \r
2834   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2835 \r
2836   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2837 \r
2838   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2839 \r
2840   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2841           "Autocalculate Consensus", true);\r
2842 \r
2843   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2844           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2845 \r
2846   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2847 \r
2848   Menu sort = new Menu();\r
2849 \r
2850   Menu calculate = new Menu();\r
2851 \r
2852   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2853 \r
2854   Menu helpMenu = new Menu();\r
2855 \r
2856   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2857 \r
2858   MenuItem about = new MenuItem();\r
2859 \r
2860   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2861 \r
2862   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2863   \r
2864   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2865   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2866   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2867   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2868   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2869   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2870   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2871 \r
2872   private void jbInit() throws Exception\r
2873   {\r
2874 \r
2875     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2876 \r
2877     MenuItem item;\r
2878 \r
2879     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2880     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2881     {\r
2882 \r
2883       item = new MenuItem(\r
2884               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2885 \r
2886       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2887       {\r
2888         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2889         {\r
2890           outputText_actionPerformed(e);\r
2891         }\r
2892       });\r
2893 \r
2894       outputTextboxMenu.add(item);\r
2895     }\r
2896     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2897     loadApplication.addActionListener(this);\r
2898 \r
2899     loadTree.addActionListener(this);\r
2900     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2901     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2902     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2903     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2904     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2905     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2906     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2907     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2908     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2909     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2910     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2911     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2912     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2913     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2914     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2915     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2916     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2917     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2918     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2919     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2920     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2921     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2922     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2923     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2924     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2925     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2926     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2927     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2928     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2929     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2930     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2931     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2932     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2933     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2934     averageDistanceTreeMenuItem\r
2935             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2936     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2937     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2938     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2939     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2940     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2941     statusBar.setText("Status bar");\r
2942     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2943     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2944 \r
2945     clustalColour.addActionListener(this);\r
2946     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2947     zappoColour.addActionListener(this);\r
2948     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2949     taylorColour.addActionListener(this);\r
2950     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2951     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2952     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2953     helixColour.addActionListener(this);\r
2954     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2955     strandColour.addActionListener(this);\r
2956     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2957     turnColour.addActionListener(this);\r
2958     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2959     buriedColour.addActionListener(this);\r
2960     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
2961     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
2962     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
2963     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
2964     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2965     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2966     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2967     PIDColour.addActionListener(this);\r
2968     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2969     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2970     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
2971     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
2972     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
2973     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
2974     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2975     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
2976     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2977     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
2978     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
2979     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
2980     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2981     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
2982     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
2983     alProperties.addActionListener(this);\r
2984     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
2985     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
2986     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
2987     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
2988     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
2989     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
2990     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
2991     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
2992     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
2993     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
2994     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
2995     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
2996     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
2997     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
2998     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
2999     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3000     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3001     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3002     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3003     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3004     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3005     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3006     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3007     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3008     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3009     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3010     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3011     copy.setLabel("Copy");\r
3012     copy.addActionListener(this);\r
3013     cut.setLabel("Cut");\r
3014     cut.addActionListener(this);\r
3015     delete.setLabel("Delete");\r
3016     delete.addActionListener(this);\r
3017     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3018     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3019     pasteNew.addActionListener(this);\r
3020     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3021     pasteThis.addActionListener(this);\r
3022     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3023     applyToAllGroups.setState(true);\r
3024     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3025     font.setLabel("Font...");\r
3026     font.addActionListener(this);\r
3027     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3028     scaleAbove.setState(true);\r
3029     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3030     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3031     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3032     scaleLeft.setState(true);\r
3033     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3034     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3035     scaleRight.setEnabled(false);\r
3036     scaleRight.setState(true);\r
3037     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3038     scaleRight.addItemListener(this);\r
3039     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3040     modifyPID.addActionListener(this);\r
3041     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3042     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3043     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3044     sort.setLabel("Sort");\r
3045     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3046     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3047     sortByTree.addItemListener(this);\r
3048     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3049     inputText.addActionListener(this);\r
3050     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3051     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3052     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3053     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3054     helpMenu.setLabel("Help");\r
3055     documentation.setLabel("Documentation");\r
3056     documentation.addActionListener(this);\r
3057 \r
3058     about.setLabel("About...");\r
3059     about.addActionListener(this);\r
3060     seqLimits.setState(true);\r
3061     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3062     seqLimits.addItemListener(this);\r
3063     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3064     featureSettings.addActionListener(this);\r
3065     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3066     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3067     sequenceFeatures.setState(false);\r
3068     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3069     annotationColour.addActionListener(this);\r
3070     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3071     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3072     menu1.setLabel("Show");\r
3073     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3074     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3075     menu2.setLabel("Hide");\r
3076     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3077     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3078     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3079     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3080     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3081     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3082     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3083     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3084     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3085     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3086     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3087     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3088     \r
3089     invertColSel.addActionListener(this);\r
3090     showColumns.addActionListener(this);\r
3091     showSeqs.addActionListener(this);\r
3092     hideColumns.addActionListener(this);\r
3093     hideSequences.addActionListener(this);\r
3094     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3095     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3096     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3097     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3098     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3099     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3100     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3101     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3102     formatMenu.setLabel("Format");\r
3103     selectMenu.setLabel("Select");\r
3104     newView.setLabel("New View");\r
3105     newView.addActionListener(this);\r
3106     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3107     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3108     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3109     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3110     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3111     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3112     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3113     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3114 \r
3115     fileMenu.add(inputText);\r
3116     fileMenu.add(loadTree);\r
3117     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3118     \r
3119     fileMenu.addSeparator();\r
3120     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3121     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3122     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3123 \r
3124     if (jalviewServletURL != null)\r
3125     {\r
3126       fileMenu.add(loadApplication);\r
3127     }\r
3128 \r
3129     fileMenu.addSeparator();\r
3130     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3131 \r
3132     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3133     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3134     editMenu.add(cut);\r
3135     editMenu.add(copy);\r
3136     editMenu.add(pasteMenu);\r
3137     editMenu.add(delete);\r
3138     editMenu.addSeparator();\r
3139     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3140     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3141     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3142     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3143     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3144     viewMenu.add(newView);\r
3145     viewMenu.addSeparator();\r
3146     viewMenu.add(menu1);\r
3147     viewMenu.add(menu2);\r
3148     viewMenu.addSeparator();\r
3149     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3150     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3151     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3152     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3153     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3154     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3155     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3156     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3157     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3158     viewMenu.addSeparator();\r
3159     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3160     viewMenu.add(featureSettings);\r
3161     viewMenu.addSeparator();\r
3162     viewMenu.add(alProperties);\r
3163     viewMenu.addSeparator();\r
3164     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3165     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3166     colourMenu.addSeparator();\r
3167     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3168     colourMenu.add(clustalColour);\r
3169     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3170     colourMenu.add(PIDColour);\r
3171     colourMenu.add(zappoColour);\r
3172     colourMenu.add(taylorColour);\r
3173     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3174     colourMenu.add(helixColour);\r
3175     colourMenu.add(strandColour);\r
3176     colourMenu.add(turnColour);\r
3177     colourMenu.add(buriedColour);\r
3178     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3179     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3180     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3181     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3182     colourMenu.addSeparator();\r
3183     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3184     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3185     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3186     colourMenu.add(modifyPID);\r
3187     colourMenu.add(annotationColour);\r
3188     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3189     calculateMenu.add(sort);\r
3190     calculateMenu.add(calculate);\r
3191     calculateMenu.addSeparator();\r
3192     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3193     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3194     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3195     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3196     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3197     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3198     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3199     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3200     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3201     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3202     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3203     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3204     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3205     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3206     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3207     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3208     helpMenu.add(documentation);\r
3209     helpMenu.add(about);\r
3210     menu1.add(showColumns);\r
3211     menu1.add(showSeqs);\r
3212     menu1.add(showAllHidden);\r
3213     menu2.add(hideColumns);\r
3214     menu2.add(hideSequences);\r
3215     menu2.add(hideAllSelection);\r
3216     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3217     formatMenu.add(font);\r
3218     formatMenu.add(seqLimits);\r
3219     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3220     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3221     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3222     formatMenu.add(scaleRight);\r
3223     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3224     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3225     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3226     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3227     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3228     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3229     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3230     selectMenu.addSeparator();\r
3231     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3232     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3233     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3234     selectMenu.add(invertColSel);\r
3235     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3236     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3237 \r
3238   }\r
3239 \r
3240   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3241 \r
3242   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3243 \r
3244   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3245 \r
3246   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3247 \r
3248   Menu menu1 = new Menu();\r
3249 \r
3250   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3251 \r
3252   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3253 \r
3254   Menu menu2 = new Menu();\r
3255 \r
3256   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3257 \r
3258   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3259 \r
3260   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3261 \r
3262   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3263 \r
3264   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3265 \r
3266   Menu formatMenu = new Menu();\r
3267 \r
3268   Menu selectMenu = new Menu();\r
3269 \r
3270   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3271 \r
3272   /**\r
3273    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3274    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3275    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3276    * \r
3277    * @param reallyEmbedded\r
3278    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3279    *          in a new window\r
3280    */\r
3281   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3282   {\r
3283     if (reallyEmbedded)\r
3284     {\r
3285       // ////\r
3286       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3287       //\r
3288       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3289       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3290       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3291       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3292               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3293       // and actually add the components to the applet area\r
3294       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3295       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3296       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3297       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3298               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3299                       - statusBar.HEIGHT);\r
3300       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3301       final AlignFrame me = this;\r
3302       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3303       {\r
3304         \r
3305         @Override\r
3306         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3307         {\r
3308           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3309                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3310         }}\r
3311         \r
3312         @Override\r
3313         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3314         {\r
3315           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3316         }\r
3317       });\r
3318       viewport.applet.validate();\r
3319     }\r
3320     else\r
3321     {\r
3322       // //////\r
3323       // test and embed menu bar if necessary.\r
3324       //\r
3325       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3326       {\r
3327         // adjust for status bar height too\r
3328         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3329                 - statusBar.HEIGHT);\r
3330       }\r
3331       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3332       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3333       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3334       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3335               DEFAULT_HEIGHT);\r
3336     }\r
3337   }\r
3338 \r
3339   /**\r
3340    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3341    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3342    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3343    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3344    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3345    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3346    * \r
3347    * @param viewer\r
3348    *          JmolViewer instance\r
3349    * @param sequenceIds\r
3350    *          - sequence Ids to search for associations\r
3351    */\r
3352   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3353           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3354   {\r
3355     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3356     try\r
3357     {\r
3358       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3359     } catch (ClassCastException ex)\r
3360     {\r
3361       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3362               + jmolviewer.getClass());\r
3363     }\r
3364     if (viewer == null)\r
3365     {\r
3366       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3367               + jmolviewer.getClass());\r
3368       return null;\r
3369     }\r
3370     SequenceI[] seqs = null;\r
3371     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3372     {\r
3373       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3374     }\r
3375     else\r
3376     {\r
3377       Vector sqi = new Vector();\r
3378       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3379       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3380       {\r
3381         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3382         if (sq != null)\r
3383         {\r
3384           sqi.addElement(sq);\r
3385         }\r
3386       }\r
3387       if (sqi.size() > 0)\r
3388       {\r
3389         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3390         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3391         {\r
3392           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3393         }\r
3394       }\r
3395       else\r
3396       {\r
3397         return null;\r
3398       }\r
3399     }\r
3400     ExtJmol jmv = null;\r
3401     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3402     if (jmv == null)\r
3403     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3404       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3405     }\r
3406     return jmv;\r
3407 \r
3408   }\r
3409   /**\r
3410    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3411    * \r
3412    * @param sequenceId\r
3413    *          - sequenceId within the dataset.\r
3414    * @param pdbEntryString\r
3415    *          - the short name for the PDB file\r
3416    * @param pdbFile\r
3417    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3418    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3419    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3420    *         fails.\r
3421    */\r
3422   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3423           String pdbFile)\r
3424   {\r
3425     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3426     boolean needtoadd = false;\r
3427     if (toaddpdb != null)\r
3428     {\r
3429       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3430       PDBEntry pdbentry = null;\r
3431       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3432       {\r
3433         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3434         {\r
3435           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3436           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3437                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3438           {\r
3439             pdbentry = null;\r
3440           }\r
3441           else\r
3442           {\r
3443             continue;\r
3444           }\r
3445         }\r
3446       }\r
3447       if (pdbentry == null)\r
3448       {\r
3449         pdbentry = new PDBEntry();\r
3450         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3451         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3452         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3453       }\r
3454       // resolve data source\r
3455       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3456       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3457       if (protocol == null)\r
3458       {\r
3459         return false;\r
3460       }\r
3461       if (needtoadd)\r
3462       {\r
3463         // make a note of the access mode and add\r
3464         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3465         {\r
3466           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3467         }\r
3468         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3469         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3470       }\r
3471     }\r
3472     return true;\r
3473   }\r
3474 \r
3475   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3476   {\r
3477     if (seqs != null)\r
3478     {\r
3479       Vector sequences = new Vector();\r
3480       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3481       {\r
3482         if (seqs[i] != null)\r
3483         {\r
3484           sequences.addElement(new Object[]\r
3485           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3486         }\r
3487       }\r
3488       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3489       chains = new String[sequences.size()];\r
3490       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3491       {\r
3492         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3493 \r
3494         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3495         chains[i] = (String) oj[1];\r
3496       }\r
3497     }\r
3498     return new Object[]\r
3499     { seqs, chains };\r
3500 \r
3501   }\r
3502 \r
3503   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3504           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3505   {\r
3506     // Scrub any null sequences from the array\r
3507     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3508     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3509     chains = (String[]) sqch[1];\r
3510     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3511     {\r
3512       System.err\r
3513               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3514     }\r
3515     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3516             || protocol.equals("null"))\r
3517     {\r
3518       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3519       if (protocol == null)\r
3520       {\r
3521         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3522                 + pdb.getId());\r
3523         return;\r
3524       }\r
3525     }\r
3526     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3527     {\r
3528       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3529       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3530         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3531       }\r
3532       return;\r
3533     }\r
3534     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3535     {\r
3536       // can only do alignments with Jmol\r
3537       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3538       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3539       Vector jmols = applet\r
3540               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3541       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3542       {\r
3543         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3544         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3545         {\r
3546           ajm = tajm;\r
3547           break;\r
3548         }\r
3549       }\r
3550       if (ajm != null)\r
3551       {\r
3552         System.err\r
3553                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3554         // try and add the pdb structure\r
3555         // ajm.addS\r
3556         ajm = null;\r
3557       }\r
3558     }\r
3559     // otherwise, create a new window\r
3560     if (applet.jmolAvailable)\r
3561     {\r
3562       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3563               protocol);\r
3564       applet.lastFrameX += 40;\r
3565       applet.lastFrameY += 40;\r
3566     }\r
3567     else\r
3568     {\r
3569       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3570     }\r
3571 \r
3572   }\r
3573 \r
3574   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3575           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3576   {\r
3577     // TODO Auto-generated method stub\r
3578     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3579   }\r
3580 \r
3581   /**\r
3582    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3583    * @param sel - sequences from this alignment \r
3584    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3585    */\r
3586   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3587   {\r
3588     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3589   }\r
3590 \r
3591   public void scrollTo(int row, int column)\r
3592   {\r
3593     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3594   }\r
3595   public void scrollToRow(int row)\r
3596   {\r
3597     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3598   }\r
3599   public void scrollToColumn(int column)\r
3600   {\r
3601     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3602   }\r
3603   /**\r
3604    * @return the alignments unique ID.\r
3605    */\r
3606   public String getSequenceSetId() {\r
3607     return viewport.getSequenceSetId();\r
3608   }\r
3609   \r
3610   \r
3611   /**\r
3612    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url \r
3613    * \r
3614    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3615    * @throws IOException \r
3616    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3617    */\r
3618   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException {\r
3619 \r
3620     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3621           if( !file.isValid()) {\r
3622             // TODO: raise dialog for gui\r
3623             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3624             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3625             return false;\r
3626           }\r
3627           \r
3628           /*\r
3629            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3630            */\r
3631           AlignmentI aln; \r
3632           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3633             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3634             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3635                   \r
3636           }\r
3637           \r
3638            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3639           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3640           {\r
3641             alignPanel.fontChanged();\r
3642             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3643                   // switch to this color\r
3644                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3645                   return true;\r
3646           } else {\r
3647             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3648             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3649               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3650             }\r
3651           }\r
3652           return false;\r
3653   }\r
3654   \r
3655   \r
3656 }\r