src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  40 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  41 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  42 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  43 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  48 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  49 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  54 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  55 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  60 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  61 \r
  62 import java.awt.BorderLayout;\r
  63 import java.awt.Canvas;\r
  64 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  65 import java.awt.Color;\r
  66 import java.awt.Font;\r
  67 import java.awt.FontMetrics;\r
  68 import java.awt.Frame;\r
  69 import java.awt.Graphics;\r
  70 import java.awt.Label;\r
  71 import java.awt.Menu;\r
  72 import java.awt.MenuBar;\r
  73 import java.awt.MenuItem;\r
  74 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  75 import java.awt.event.ActionListener;\r
  76 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  77 import java.awt.event.FocusListener;\r
  78 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  79 import java.awt.event.ItemListener;\r
  80 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  81 import java.awt.event.KeyListener;\r
  82 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  83 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  84 import java.io.IOException;\r
  85 import java.io.InputStreamReader;\r
  86 import java.net.URL;\r
  87 import java.net.URLEncoder;\r
  88 import java.util.Enumeration;\r
  89 import java.util.Hashtable;\r
  90 import java.util.StringTokenizer;\r
  91 import java.util.Vector;\r
  92 \r
  93 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  94 {\r
  95   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  96 \r
  97   public AlignViewport viewport;\r
  98 \r
  99   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 100 \r
 101   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 102 \r
 103   String jalviewServletURL;\r
 104   \r
 105 \r
 106   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 107   {\r
 108     if (applet != null)\r
 109     {\r
 110       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 111     }\r
 112 \r
 113     try\r
 114     {\r
 115       jbInit();\r
 116     } catch (Exception ex)\r
 117     {\r
 118       ex.printStackTrace();\r
 119     }\r
 120 \r
 121     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 122     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 123 \r
 124     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 125     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 126 \r
 127     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 128     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 129     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 130     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 131     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 132     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 133     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 134 \r
 135     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 136 \r
 137     if (applet != null)\r
 138     {\r
 139       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 140       if (param != null)\r
 141       {\r
 142         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 143         {\r
 144           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 145         }\r
 146         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 147         {\r
 148           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 149         }\r
 150         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 151         {\r
 152           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 153         }\r
 154       }\r
 155 \r
 156       param = applet.getParameter("wrap");\r
 157       if (param != null)\r
 158       {\r
 159         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 160         {\r
 161           wrapMenuItem.setState(true);\r
 162           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 163         }\r
 164       }\r
 165       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 166       if (param != null)\r
 167       {\r
 168         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 169         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 170       }\r
 171       try\r
 172       {\r
 173         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 174         if (param != null)\r
 175         {\r
 176           int width = Integer.parseInt(param);\r
 177           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 178         }\r
 179         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 180         if (param != null)\r
 181         {\r
 182           int height = Integer.parseInt(param);\r
 183           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 184         }\r
 185       } catch (Exception ex)\r
 186       {\r
 187       }\r
 188 \r
 189     }\r
 190     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 191     {\r
 192       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 193       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 194       {\r
 195         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 196       }\r
 197       else {\r
 198         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 199       }\r
 200     } else {\r
 201       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 202       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 203     }\r
 204     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 205     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 206     // now\r
 207     this.addKeyListener(this);\r
 208     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 209     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 210     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 211     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 212     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 213     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 214     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 215     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 216 \r
 217     validate();\r
 218     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 219     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 220   }\r
 221 \r
 222   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 223   {\r
 224     return viewport;\r
 225   }\r
 226 \r
 227   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 228   {\r
 229     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 230   }\r
 231 \r
 232   /**\r
 233    * Load a features file onto the alignment\r
 234    * \r
 235    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 236    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 237    */\r
 238 \r
 239   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 240   {\r
 241     parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 242   }\r
 243   \r
 244   /**\r
 245    * Load a features file onto the alignment\r
 246    * \r
 247    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 248    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 249    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 250    */\r
 251   public void parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 252   {    \r
 253     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 254     boolean featuresFile = false;\r
 255     try\r
 256     {\r
 257       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 258               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 259                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 260                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 261     } catch (Exception ex)\r
 262     {\r
 263       ex.printStackTrace();\r
 264     }\r
 265 \r
 266     if (featuresFile)\r
 267     {\r
 268       if (featureLinks.size() > 0)\r
 269       {\r
 270         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 271       }\r
 272       if (autoenabledisplay)\r
 273       {\r
 274         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 275         sequenceFeatures.setState(true);\r
 276       }\r
 277       if (viewport.featureSettings != null)\r
 278       {\r
 279         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 280       }\r
 281       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 282     }\r
 283 \r
 284   }\r
 285 \r
 286   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 287   {\r
 288     if (viewport.cursorMode\r
 289             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 290                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 291                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 292             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 293       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 294 \r
 295     switch (evt.getKeyCode())\r
 296     {\r
 297     case 27: // escape key\r
 298       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 299       \r
 300       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 301       break;\r
 302     case KeyEvent.VK_X:\r
 303       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 304       {\r
 305         cut_actionPerformed();\r
 306       }\r
 307       break;\r
 308     case KeyEvent.VK_C:\r
 309       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 310       {\r
 311         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 312       }\r
 313       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 314       {\r
 315         copy_actionPerformed();\r
 316       }\r
 317       break;\r
 318     case KeyEvent.VK_V:\r
 319       if (evt.isControlDown())\r
 320       {\r
 321         paste(evt.isShiftDown());\r
 322       }\r
 323       break;\r
 324     case KeyEvent.VK_A:\r
 325       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 326       {\r
 327         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 328       }\r
 329       break;\r
 330     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 331       if (viewport.cursorMode)\r
 332       {\r
 333         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 334       }\r
 335       else\r
 336       {\r
 337         moveSelectedSequences(false);\r
 338       }\r
 339       break;\r
 340 \r
 341     case KeyEvent.VK_UP:\r
 342       if (viewport.cursorMode)\r
 343       {\r
 344         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 345       }\r
 346       else\r
 347       {\r
 348         moveSelectedSequences(true);\r
 349       }\r
 350       break;\r
 351 \r
 352     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 353       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 354         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 355       else\r
 356         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 357       break;\r
 358 \r
 359     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 360       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 361         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 362       else\r
 363         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 364       break;\r
 365 \r
 366     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 367       if (viewport.cursorMode)\r
 368       {\r
 369         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 370                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 371       }\r
 372       break;\r
 373 \r
 374     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 375     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 376       if (viewport.cursorMode)\r
 377       {\r
 378         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 379                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 380       }\r
 381       else\r
 382       {\r
 383         cut_actionPerformed();\r
 384         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 385       }\r
 386       break;\r
 387 \r
 388     case KeyEvent.VK_S:\r
 389       if (viewport.cursorMode)\r
 390       {\r
 391         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 392       }\r
 393       break;\r
 394     case KeyEvent.VK_P:\r
 395       if (viewport.cursorMode)\r
 396       {\r
 397         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 398       }\r
 399       break;\r
 400 \r
 401     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 402     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 403       if (viewport.cursorMode)\r
 404       {\r
 405         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 406       }\r
 407       break;\r
 408 \r
 409     case KeyEvent.VK_Q:\r
 410       if (viewport.cursorMode)\r
 411       {\r
 412         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 413       }\r
 414       break;\r
 415     case KeyEvent.VK_M:\r
 416       if (viewport.cursorMode)\r
 417       {\r
 418         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 419       }\r
 420       break;\r
 421 \r
 422     case KeyEvent.VK_F2:\r
 423       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 424       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 425               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 426       if (viewport.cursorMode)\r
 427       {\r
 428         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 429         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 430       }\r
 431       break;\r
 432 \r
 433     case KeyEvent.VK_F:\r
 434       if (evt.isControlDown())\r
 435       {\r
 436         findMenuItem_actionPerformed();\r
 437       }\r
 438       break;\r
 439 \r
 440     case KeyEvent.VK_H:\r
 441     {\r
 442       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 443       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 444       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 445       break;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 449       if (viewport.wrapAlignment)\r
 450       {\r
 451         alignPanel.scrollUp(true);\r
 452       }\r
 453       else\r
 454       {\r
 455         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 456                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 457       }\r
 458       break;\r
 459 \r
 460     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 461       if (viewport.wrapAlignment)\r
 462       {\r
 463         alignPanel.scrollUp(false);\r
 464       }\r
 465       else\r
 466       {\r
 467         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 468                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 469       }\r
 470       break;\r
 471 \r
 472     case KeyEvent.VK_Z:\r
 473       if (evt.isControlDown())\r
 474       {\r
 475         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 476       }\r
 477       break;\r
 478 \r
 479     case KeyEvent.VK_Y:\r
 480       if (evt.isControlDown())\r
 481       {\r
 482         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 483       }\r
 484       break;\r
 485 \r
 486     case KeyEvent.VK_L:\r
 487       if (evt.isControlDown())\r
 488       {\r
 489         trimAlignment(true);\r
 490       }\r
 491       break;\r
 492 \r
 493     case KeyEvent.VK_R:\r
 494       if (evt.isControlDown())\r
 495       {\r
 496         trimAlignment(false);\r
 497       }\r
 498       break;\r
 499 \r
 500     case KeyEvent.VK_E:\r
 501       if (evt.isControlDown())\r
 502       {\r
 503         if (evt.isShiftDown())\r
 504         {\r
 505           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 506         }\r
 507         else\r
 508         {\r
 509           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 510         }\r
 511       }\r
 512       break;\r
 513     case KeyEvent.VK_I:\r
 514       if (evt.isControlDown())\r
 515       {\r
 516         if (evt.isAltDown())\r
 517         {\r
 518           invertColSel_actionPerformed();\r
 519         }\r
 520         else\r
 521         {\r
 522           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 523         }\r
 524       }\r
 525       break;\r
 526 \r
 527     case KeyEvent.VK_U:\r
 528       if (evt.isControlDown())\r
 529       {\r
 530         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 531       }\r
 532       break;\r
 533 \r
 534     case KeyEvent.VK_T:\r
 535       if (evt.isControlDown())\r
 536       {\r
 537         newView(null);\r
 538       }\r
 539       break;\r
 540 \r
 541     }\r
 542     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 543   }\r
 544 \r
 545   /**\r
 546    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 547    * \r
 548    * @param toggleSeqs\r
 549    * @param toggleCols\r
 550    */\r
 551   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 552   {\r
 553     boolean hide = false;\r
 554     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 555     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 556     {\r
 557       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 558       // invert and then hide\r
 559       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 560       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 561               .getSelected().size() > 0)\r
 562               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 563                       .getEndRes()))\r
 564       {\r
 565         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 566         // that no hiding is required.\r
 567         if (sg != null)\r
 568         {\r
 569           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 570           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 571           toggleSeqs = true;\r
 572 \r
 573         }\r
 574         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 575         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 576         // selection and indicate it should be hidden.\r
 577         invertColSel_actionPerformed();\r
 578         toggleCols = true;\r
 579       }\r
 580     }\r
 581 \r
 582     if (toggleSeqs)\r
 583     {\r
 584       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 585       {\r
 586         hide = true;\r
 587         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 588       }\r
 589       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 590       {\r
 591         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 592       }\r
 593     }\r
 594 \r
 595     if (toggleCols)\r
 596     {\r
 597       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 598       {\r
 599         viewport.hideSelectedColumns();\r
 600         if (!toggleSeqs)\r
 601         {\r
 602           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 603         }\r
 604       }\r
 605       else if (!hide)\r
 606       {\r
 607         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 608       }\r
 609     }\r
 610   }\r
 611 \r
 612   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 613   {\r
 614   }\r
 615 \r
 616   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 617   {\r
 618   }\r
 619 \r
 620   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 621   {\r
 622     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 623     {\r
 624       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 625     }\r
 626     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 627     {\r
 628       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 629     }\r
 630     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 631     {\r
 632       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 633     }\r
 634     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 635     {\r
 636       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 637     }\r
 638     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 639     {\r
 640       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 641     }\r
 642     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 643     {\r
 644       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 645     }\r
 646     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 647     {\r
 648       seqLimits_itemStateChanged();\r
 649     }\r
 650     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 651     {\r
 652       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 653     }\r
 654     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 655     {\r
 656       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 657     }\r
 658     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 659     {\r
 660       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 661     }\r
 662     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 663     {\r
 664       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 665       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 666     }\r
 667     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 668     {\r
 669       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 670       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 671     }\r
 672     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 673     {\r
 674       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 675     }\r
 676     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 677     {\r
 678       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 679     }\r
 680     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 681     {\r
 682       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 683     }\r
 684     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 685     {\r
 686       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 687     }\r
 688     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 689     {\r
 690       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 691     }\r
 692     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 693     {\r
 694       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 695     }\r
 696     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 697     {\r
 698       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 699     }\r
 700     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 701     {\r
 702       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 703     }\r
 704     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 705     {\r
 706       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 707     }\r
 708     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 709     {\r
 710       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 711     }\r
 712     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 713     {\r
 714       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 715     }\r
 716     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 717     {\r
 718       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 719     }\r
 720     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 721   }\r
 722 \r
 723   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 724   {\r
 725     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 726     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 727     // searchresults.\r
 728   }\r
 729 \r
 730   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 731   {\r
 732     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 733     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 734   }\r
 735 \r
 736   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 737   {\r
 738     Object source = evt.getSource();\r
 739 \r
 740     if (source == inputText)\r
 741     {\r
 742       inputText_actionPerformed();\r
 743     }\r
 744     else if (source == loadTree)\r
 745     {\r
 746       loadTree_actionPerformed();\r
 747     }\r
 748     else if (source == loadApplication)\r
 749     {\r
 750       launchFullApplication();\r
 751     }\r
 752     else if (source == loadAnnotations)\r
 753     {\r
 754       loadAnnotations();\r
 755     }\r
 756     else if( source == loadScores ) {\r
 757         loadScores();\r
 758     }\r
 759     else if (source == outputAnnotations)\r
 760     {\r
 761       outputAnnotations(true);\r
 762     }\r
 763     else if (source == outputFeatures)\r
 764     {\r
 765       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 766     }\r
 767     else if (source == closeMenuItem)\r
 768     {\r
 769       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 770     }\r
 771     else if (source == copy)\r
 772     {\r
 773       copy_actionPerformed();\r
 774     }\r
 775     else if (source == undoMenuItem)\r
 776     {\r
 777       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 778     }\r
 779     else if (source == redoMenuItem)\r
 780     {\r
 781       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 782     }\r
 783     else if (source == inputText)\r
 784     {\r
 785       inputText_actionPerformed();\r
 786     }\r
 787     else if (source == closeMenuItem)\r
 788     {\r
 789       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 790     }\r
 791     else if (source == undoMenuItem)\r
 792     {\r
 793       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 794     }\r
 795     else if (source == redoMenuItem)\r
 796     {\r
 797       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 798     }\r
 799     else if (source == copy)\r
 800     {\r
 801       copy_actionPerformed();\r
 802     }\r
 803     else if (source == pasteNew)\r
 804     {\r
 805       pasteNew_actionPerformed();\r
 806     }\r
 807     else if (source == pasteThis)\r
 808     {\r
 809       pasteThis_actionPerformed();\r
 810     }\r
 811     else if (source == cut)\r
 812     {\r
 813       cut_actionPerformed();\r
 814     }\r
 815     else if (source == delete)\r
 816     {\r
 817       delete_actionPerformed();\r
 818     }\r
 819     else if (source == grpsFromSelection)\r
 820     {\r
 821       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 822     }\r
 823     else if (source == deleteGroups)\r
 824     {\r
 825       deleteGroups_actionPerformed();\r
 826     }\r
 827     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 828     {\r
 829       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 830     }\r
 831     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 832     {\r
 833       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 834     }\r
 835     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 836     {\r
 837       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 838     }\r
 839     else if (source == invertColSel)\r
 840     {\r
 841       viewport.invertColumnSelection();\r
 842       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 843     }\r
 844     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 845     {\r
 846       trimAlignment(true);\r
 847     }\r
 848     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 849     {\r
 850       trimAlignment(false);\r
 851     }\r
 852     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 853     {\r
 854       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 855     }\r
 856     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 857     {\r
 858       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 859     }\r
 860     else if (source == findMenuItem)\r
 861     {\r
 862       findMenuItem_actionPerformed();\r
 863     }\r
 864     else if (source == font)\r
 865     {\r
 866       new FontChooser(alignPanel);\r
 867     }\r
 868     else if (source == newView)\r
 869     {\r
 870       newView(null);\r
 871     }\r
 872     else if (source == showColumns)\r
 873     {\r
 874       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 875       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 876     }\r
 877     else if (source == showSeqs)\r
 878     {\r
 879       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 880       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 881     }\r
 882     else if (source == hideColumns)\r
 883     {\r
 884       viewport.hideSelectedColumns();\r
 885       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 886     }\r
 887     else if (source == hideSequences\r
 888             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 889     {\r
 890       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 891       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 892     }\r
 893     else if (source == hideAllButSelection)\r
 894     {\r
 895       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 896       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 897     }\r
 898     else if (source == hideAllSelection)\r
 899     {\r
 900       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 901       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 902       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 903       viewport.hideSelectedColumns();\r
 904       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 905     }\r
 906     else if (source == showAllHidden)\r
 907     {\r
 908       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 909       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 910       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 911     }\r
 912     else if (source == showGroupConsensus)\r
 913     {\r
 914       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 915     }\r
 916     else if (source == showGroupConservation)\r
 917     {\r
 918       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 919     }\r
 920     else if (source == showSequenceLogo)\r
 921     {\r
 922       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 923     }\r
 924     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 925     {\r
 926       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 927     }\r
 928     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 929     {\r
 930       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 931     }\r
 932     else if (source == featureSettings)\r
 933     {\r
 934       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 935     }\r
 936     else if (source == alProperties)\r
 937     {\r
 938       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 939               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 940       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 941       cap.setText(contents.toString());\r
 942       Frame frame = new Frame();\r
 943       frame.add(cap);\r
 944       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 945               + getTitle(), 400, 250);\r
 946     }\r
 947     else if (source == overviewMenuItem)\r
 948     {\r
 949       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 950     }\r
 951     else if (source == noColourmenuItem)\r
 952     {\r
 953       changeColour(null);\r
 954     }\r
 955     else if (source == clustalColour)\r
 956     {\r
 957       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 958       changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
 959               viewport.getAlignment().getSequences(),\r
 960               viewport.getAlignment().getWidth()));\r
 961     }\r
 962     else if (source == zappoColour)\r
 963     {\r
 964       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 965     }\r
 966     else if (source == taylorColour)\r
 967     {\r
 968       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 969     }\r
 970     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 971     {\r
 972       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 973     }\r
 974     else if (source == helixColour)\r
 975     {\r
 976       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 977     }\r
 978     else if (source == strandColour)\r
 979     {\r
 980       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 981     }\r
 982     else if (source == turnColour)\r
 983     {\r
 984       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 985     }\r
 986     else if (source == buriedColour)\r
 987     {\r
 988       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 989     }\r
 990     else if (source == nucleotideColour)\r
 991     {\r
 992       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 993     }\r
 994     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
 995     {\r
 996       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
 997     }\r
 998     else if (source == RNAHelixColour)\r
 999     {\r
1000       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1001     }\r
1002     else if (source == modifyPID)\r
1003     {\r
1004       modifyPID_actionPerformed();\r
1005     }\r
1006     else if (source == modifyConservation)\r
1007     {\r
1008       modifyConservation_actionPerformed();\r
1009     }\r
1010     else if (source == userDefinedColour)\r
1011     {\r
1012       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1013     }\r
1014     else if (source == PIDColour)\r
1015     {\r
1016       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1017     }\r
1018     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1019     {\r
1020       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1021     }\r
1022     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1023         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1024     }\r
1025     else if (source == annotationColour)\r
1026     {\r
1027       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1028     }\r
1029     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1030     {\r
1031       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1032     }\r
1033     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1034     {\r
1035       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1036     }\r
1037     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1038     {\r
1039       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1040     }\r
1041     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1042     {\r
1043       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1044     }\r
1045     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1046     {\r
1047       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1048     }\r
1049     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1050     {\r
1051       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1052     }\r
1053     else if (source == PCAMenuItem)\r
1054     {\r
1055       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1056     }\r
1057     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1058     {\r
1059       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1060     }\r
1061     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1062     {\r
1063       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1064     }\r
1065     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1066     {\r
1067       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1068     }\r
1069     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1070     {\r
1071       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1072     }\r
1073     else if (source == documentation)\r
1074     {\r
1075       documentation_actionPerformed();\r
1076     }\r
1077     else if (source == about)\r
1078     {\r
1079       about_actionPerformed();\r
1080     }\r
1081 \r
1082   }\r
1083 \r
1084   public void inputText_actionPerformed()\r
1085   {\r
1086     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1087     Frame frame = new Frame();\r
1088     frame.add(cap);\r
1089     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1090   }\r
1091 \r
1092   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1093   {\r
1094     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1095     Frame frame = new Frame();\r
1096     frame.add(cap);\r
1097     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1098             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1099     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1100             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1101             viewport.showJVSuffix));\r
1102   }\r
1103 \r
1104   public void loadAnnotations()\r
1105   {\r
1106     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1107     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
1108     cap.setAnnotationImport();\r
1109     Frame frame = new Frame();\r
1110     frame.add(cap);\r
1111     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1112 \r
1113   }\r
1114   \r
1115   public void loadScores() {\r
1116           //TODO\r
1117           \r
1118   }\r
1119 \r
1120   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1121   {\r
1122     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1123             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1124                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1125                     .getGroups(),\r
1126             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1127 \r
1128     if (displayTextbox)\r
1129     {\r
1130       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1131       Frame frame = new Frame();\r
1132       frame.add(cap);\r
1133       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1134       cap.setText(annotation);\r
1135     }\r
1136 \r
1137     return annotation;\r
1138   }\r
1139 \r
1140   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1141   {\r
1142     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1143     {\r
1144       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1145       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1146       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1147       while (en.hasMoreElements())\r
1148       {\r
1149         Object col = en.nextElement();\r
1150         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1151       }\r
1152       return fcols;\r
1153     }\r
1154     return null;\r
1155   }\r
1156 \r
1157   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1158   {\r
1159     String features;\r
1160     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1161     {\r
1162       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1163               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1164               getDisplayedFeatureCols());\r
1165     }\r
1166     else\r
1167     {\r
1168       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1169               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1170               getDisplayedFeatureCols());\r
1171     }\r
1172 \r
1173     if (displayTextbox)\r
1174     {\r
1175       boolean frimport=false;\r
1176       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1177       {\r
1178         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1179         frimport=true;\r
1180       }\r
1181       \r
1182       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1183       if (frimport)\r
1184       {\r
1185         cap.setAnnotationImport();\r
1186       }\r
1187       Frame frame = new Frame();\r
1188       frame.add(cap);\r
1189       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1190       cap.setText(features);\r
1191     } else {\r
1192       if (features==null)\r
1193         features = "";\r
1194     }\r
1195 \r
1196     return features;\r
1197   }\r
1198 \r
1199   void launchFullApplication()\r
1200   {\r
1201     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1202 \r
1203     url.append("?open="\r
1204             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1205 \r
1206     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1207     {\r
1208       url.append("&features=");\r
1209       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1210     }\r
1211 \r
1212     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1213     {\r
1214       url.append("&annotations=");\r
1215       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1216     }\r
1217 \r
1218     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1219     {\r
1220       url.append("&annotations=");\r
1221       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1222     }\r
1223 \r
1224     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1225     {\r
1226       url.append("&colour="\r
1227               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1228                       .getParameter("defaultColour")));\r
1229     }\r
1230 \r
1231     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1232     {\r
1233       url.append("&colour="\r
1234               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1235                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1236     }\r
1237     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1238     {\r
1239       url.append("&tree="\r
1240               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1241     }\r
1242     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1243     {\r
1244       url.append("&tree="\r
1245               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1246     }\r
1247 \r
1248     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1249   }\r
1250 \r
1251   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1252   {\r
1253     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1254     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1255     {\r
1256       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1257       {\r
1258         sb.append("%20");\r
1259       }\r
1260       else\r
1261       {\r
1262         sb.append(colour.charAt(i));\r
1263       }\r
1264     }\r
1265 \r
1266     return sb.toString();\r
1267   }\r
1268 \r
1269   String appendProtocol(String url)\r
1270   {\r
1271     try\r
1272     {\r
1273       new URL(url);\r
1274       url = URLEncoder.encode(url);\r
1275     }\r
1276     /*\r
1277      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1278      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1279      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1280      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1281      * ex.printStackTrace(); }\r
1282      */\r
1283     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1284     {\r
1285       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1286     }\r
1287     return url;\r
1288   }\r
1289 \r
1290   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1291   {\r
1292     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1293     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1294     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1295 \r
1296     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1297     {\r
1298       System.exit(0);\r
1299     } else {\r
1300     }\r
1301     viewport = null;\r
1302     alignPanel = null;\r
1303     this.dispose();\r
1304   }\r
1305 \r
1306   /**\r
1307    * DOCUMENT ME!\r
1308    */\r
1309   void updateEditMenuBar()\r
1310   {\r
1311 \r
1312     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1313     {\r
1314       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1315       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1316       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1317     }\r
1318     else\r
1319     {\r
1320       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1321       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1322     }\r
1323 \r
1324     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1325     {\r
1326       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1327 \r
1328       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1329       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1330     }\r
1331     else\r
1332     {\r
1333       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1334       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1335     }\r
1336   }\r
1337 \r
1338   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1339   {\r
1340     if (command.getSize() > 0)\r
1341     {\r
1342       viewport.historyList.push(command);\r
1343       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1344       updateEditMenuBar();\r
1345       viewport.updateHiddenColumns();\r
1346     }\r
1347   }\r
1348 \r
1349   /**\r
1350    * DOCUMENT ME!\r
1351    * \r
1352    * @param e\r
1353    *          DOCUMENT ME!\r
1354    */\r
1355   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1356   {\r
1357     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1358     {\r
1359       return;\r
1360     }\r
1361 \r
1362     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1363     viewport.redoList.push(command);\r
1364     command.undoCommand(null);\r
1365 \r
1366     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1367     // JBPNote Test\r
1368     if (originalSource!=viewport) {\r
1369       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1370     }\r
1371     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1372     updateEditMenuBar();\r
1373     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1374             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1375   }\r
1376 \r
1377   /**\r
1378    * DOCUMENT ME!\r
1379    * \r
1380    * @param e\r
1381    *          DOCUMENT ME!\r
1382    */\r
1383   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1384   {\r
1385     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1386     {\r
1387       return;\r
1388     }\r
1389 \r
1390     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1391     viewport.historyList.push(command);\r
1392     command.doCommand(null);\r
1393 \r
1394     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1395     // JBPNote Test\r
1396     if (originalSource!=viewport) {\r
1397       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1398     }\r
1399     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1400 \r
1401     updateEditMenuBar();\r
1402     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1403             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1404   }\r
1405 \r
1406   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1407   {\r
1408     AlignViewport originalSource = null;\r
1409     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1410     // the property change event FROM the viewport where the\r
1411     // original alignment was altered\r
1412     AlignmentI al = null;\r
1413     if (command instanceof EditCommand)\r
1414     {\r
1415       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1416       al = editCommand.getAlignment();\r
1417       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1418               .getSequenceSetId());\r
1419       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1420       {\r
1421         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1422         {\r
1423           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1424           {\r
1425             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1426             break;\r
1427           }\r
1428         }\r
1429       }\r
1430     }\r
1431 \r
1432     if (originalSource == null)\r
1433     {\r
1434       // The original view is closed, we must validate\r
1435       // the current view against the closed view first\r
1436       if (al != null)\r
1437       {\r
1438         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1439       }\r
1440 \r
1441       originalSource = viewport;\r
1442     }\r
1443 \r
1444     return originalSource;\r
1445   }\r
1446 \r
1447   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1448   {\r
1449     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1450     if (sg == null)\r
1451     {\r
1452       return;\r
1453     }\r
1454 \r
1455     if (up)\r
1456     {\r
1457       for (int i = 1; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1458       {\r
1459         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1460         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1461         {\r
1462           continue;\r
1463         }\r
1464 \r
1465         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i - 1);\r
1466         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1467         {\r
1468           continue;\r
1469         }\r
1470 \r
1471         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1472         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1473       }\r
1474     }\r
1475     else\r
1476     {\r
1477       for (int i = viewport.getAlignment().getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1478       {\r
1479         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1480         if (!sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(seq))\r
1481         {\r
1482           continue;\r
1483         }\r
1484 \r
1485         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i + 1);\r
1486         if (sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(temp))\r
1487         {\r
1488           continue;\r
1489         }\r
1490 \r
1491         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1492         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1493       }\r
1494     }\r
1495 \r
1496     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1497   }\r
1498 \r
1499   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1500   {\r
1501     Vector sg = new Vector();\r
1502     if (viewport.cursorMode)\r
1503     {\r
1504       sg.addElement(viewport.getAlignment()\r
1505               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1506     }\r
1507     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1508             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1509                     .getHeight())\r
1510     {\r
1511       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1512               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1513     }\r
1514 \r
1515     if (sg.size() < 1)\r
1516     {\r
1517       return;\r
1518     }\r
1519 \r
1520     Vector invertGroup = new Vector();\r
1521 \r
1522     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1523     {\r
1524       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1525         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1526     }\r
1527 \r
1528     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1529     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1530       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1531 \r
1532     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1533     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1534       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1535 \r
1536     SlideSequencesCommand ssc;\r
1537     if (right)\r
1538       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1539               size, viewport.getGapCharacter());\r
1540     else\r
1541       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1542               size, viewport.getGapCharacter());\r
1543 \r
1544     int groupAdjustment = 0;\r
1545     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1546     {\r
1547       if (viewport.cursorMode)\r
1548         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1549       else\r
1550         groupAdjustment = size;\r
1551     }\r
1552     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1553     {\r
1554       if (viewport.cursorMode)\r
1555         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1556       else\r
1557         groupAdjustment = -size;\r
1558     }\r
1559 \r
1560     if (groupAdjustment != 0)\r
1561     {\r
1562       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1563               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1564       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1565               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1566     }\r
1567 \r
1568     boolean appendHistoryItem = false;\r
1569     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1570             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1571     {\r
1572       appendHistoryItem = ssc\r
1573               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1574                       .peek());\r
1575     }\r
1576 \r
1577     if (!appendHistoryItem)\r
1578       addHistoryItem(ssc);\r
1579 \r
1580     repaint();\r
1581   }\r
1582 \r
1583   static StringBuffer copiedSequences;\r
1584 \r
1585   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1586 \r
1587   protected void copy_actionPerformed()\r
1588   {\r
1589     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1590     {\r
1591       return;\r
1592     }\r
1593 \r
1594     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1595     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1596     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1597     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1598     {\r
1599       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1600       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1601       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1602     }\r
1603 \r
1604     int index = 0, startRes, endRes;\r
1605     char ch;\r
1606 \r
1607     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1608     {\r
1609       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1610       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1611       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1612               .size(); i++)\r
1613       {\r
1614         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1615                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1616 \r
1617         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1618         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1619       }\r
1620     }\r
1621     else\r
1622     {\r
1623       copiedHiddenColumns = null;\r
1624     }\r
1625 \r
1626     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1627     {\r
1628       SequenceI seq = null;\r
1629 \r
1630       while (seq == null)\r
1631       {\r
1632         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1633         {\r
1634           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1635           index++;\r
1636 \r
1637           break;\r
1638         }\r
1639         else\r
1640         {\r
1641           index++;\r
1642         }\r
1643       }\r
1644 \r
1645       // FIND START RES\r
1646       // Returns residue following index if gap\r
1647       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1648 \r
1649       // FIND END RES\r
1650       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1651       endRes = 0;\r
1652 \r
1653       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1654       {\r
1655         ch = seq.getCharAt(j);\r
1656         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1657         {\r
1658           endRes++;\r
1659         }\r
1660       }\r
1661 \r
1662       if (endRes > 0)\r
1663       {\r
1664         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1665       }\r
1666 \r
1667       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1668               + "\t"\r
1669               + startRes\r
1670               + "\t"\r
1671               + endRes\r
1672               + "\t"\r
1673               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1674                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1675     }\r
1676 \r
1677   }\r
1678 \r
1679   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1680   {\r
1681     paste(true);\r
1682   }\r
1683 \r
1684   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1685   {\r
1686     paste(false);\r
1687   }\r
1688 \r
1689   void paste(boolean newAlignment)\r
1690   {\r
1691     try\r
1692     {\r
1693 \r
1694       if (copiedSequences == null)\r
1695       {\r
1696         return;\r
1697       }\r
1698 \r
1699       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1700       Vector seqs = new Vector();\r
1701       while (st.hasMoreElements())\r
1702       {\r
1703         String name = st.nextToken();\r
1704         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1705         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1706         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1707       }\r
1708       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1709       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1710       {\r
1711         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1712       }\r
1713 \r
1714       if (newAlignment)\r
1715       {\r
1716         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1717         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1718         {\r
1719           newtitle = getTitle();\r
1720         }\r
1721         else\r
1722         {\r
1723           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1724         }\r
1725         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1726                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1727         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1728         {\r
1729           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1730           {\r
1731             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1732             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1733           }\r
1734         }\r
1735 \r
1736         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1737                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1738       }\r
1739       else\r
1740       {\r
1741         addSequences(newSeqs);\r
1742       }\r
1743 \r
1744     } catch (Exception ex)\r
1745     {\r
1746     } // could be anything being pasted in here\r
1747 \r
1748   }\r
1749 \r
1750   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1751   {\r
1752     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1753     {\r
1754       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1755     }\r
1756 \r
1757     // !newAlignment\r
1758     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1759             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1760 \r
1761     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1762     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1763     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1764             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1765 \r
1766   }\r
1767 \r
1768   protected void cut_actionPerformed()\r
1769   {\r
1770     copy_actionPerformed();\r
1771     delete_actionPerformed();\r
1772   }\r
1773 \r
1774   protected void delete_actionPerformed()\r
1775   {\r
1776 \r
1777     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1778     if (sg == null)\r
1779     {\r
1780       return;\r
1781     }\r
1782 \r
1783     Vector seqs = new Vector();\r
1784     SequenceI seq;\r
1785     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1786     {\r
1787       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1788       seqs.addElement(seq);\r
1789     }\r
1790 \r
1791     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1792     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1793     {\r
1794       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1795               sg.getEndRes() + 1);\r
1796     }\r
1797 \r
1798     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1799     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1800     {\r
1801       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1802     }\r
1803 \r
1804     /*\r
1805      * //ADD HISTORY ITEM\r
1806      */\r
1807     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1808             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1809             viewport.getAlignment()));\r
1810 \r
1811     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1812     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1813 \r
1814     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1815             .getSequences());\r
1816 \r
1817     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1818     {\r
1819       this.setVisible(false);\r
1820     }\r
1821     viewport.sendSelection();\r
1822   }\r
1823 \r
1824   /**\r
1825    * group consensus toggled\r
1826    * \r
1827    */\r
1828   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1829   {\r
1830     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1831     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1832 \r
1833   }\r
1834 \r
1835   /**\r
1836    * group conservation toggled.\r
1837    */\r
1838   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1839   {\r
1840     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1841     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1842   }\r
1843 \r
1844   /*\r
1845    * (non-Javadoc)\r
1846    * \r
1847    * @see\r
1848    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1849    * .event.ActionEvent)\r
1850    */\r
1851   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1852   {\r
1853     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1854     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1855   }\r
1856   /*\r
1857    * (non-Javadoc)\r
1858    * \r
1859    * @see\r
1860    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1861    * .event.ActionEvent)\r
1862    */\r
1863   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1864   {\r
1865     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1866     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1867   }\r
1868 \r
1869   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1870   {\r
1871     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1872   }\r
1873 \r
1874   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1875   {\r
1876     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1877     {\r
1878       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1879               viewport.getSequenceSelection(),\r
1880               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1881                       viewport.getGapCharacter()),\r
1882               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1883       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1884       viewport.sequenceColours = null;\r
1885       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1886       // set view properties for each group\r
1887       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1888       {\r
1889         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1890         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1891         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1892         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1893                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1894         col = col.brighter();\r
1895         for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
1896                 .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
1897                 (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
1898           ;\r
1899       }\r
1900       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1901       alignPanel.updateAnnotation();\r
1902       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1903     }\r
1904   }\r
1905 \r
1906   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1907   {\r
1908     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1909     viewport.sequenceColours = null;\r
1910     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1911 \r
1912     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1913   }\r
1914 \r
1915   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1916   {\r
1917     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1918     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1919     {\r
1920       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1921     }\r
1922     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1923     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1924     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1925     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1926     viewport.sendSelection();\r
1927   }\r
1928 \r
1929   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1930   {\r
1931     if (viewport.cursorMode)\r
1932     {\r
1933       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1934       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1935     }\r
1936     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1937     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1938     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1939     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1940     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1941     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1942     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1943     viewport.sendSelection();\r
1944   }\r
1945 \r
1946   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1947   {\r
1948     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1949     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1950     {\r
1951       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1952     }\r
1953 \r
1954     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1955     viewport.sendSelection();\r
1956   }\r
1957 \r
1958   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1959   {\r
1960     viewport.invertColumnSelection();\r
1961     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1962     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1963     viewport.sendSelection();\r
1964   }\r
1965 \r
1966   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1967   {\r
1968     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1969     int column;\r
1970 \r
1971     if (colSel.size() > 0)\r
1972     {\r
1973       if (trimLeft)\r
1974       {\r
1975         column = colSel.getMin();\r
1976       }\r
1977       else\r
1978       {\r
1979         column = colSel.getMax();\r
1980       }\r
1981 \r
1982       SequenceI[] seqs;\r
1983       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1984       {\r
1985         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1986                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1987       }\r
1988       else\r
1989       {\r
1990         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1991       }\r
1992 \r
1993       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1994       if (trimLeft)\r
1995       {\r
1996         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1997                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1998                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1999                 viewport.getSelectionGroup());\r
2000         viewport.setStartRes(0);\r
2001       }\r
2002       else\r
2003       {\r
2004         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2005                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2006                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2007                 viewport.getSelectionGroup());\r
2008       }\r
2009 \r
2010       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
2011 \r
2012       addHistoryItem(trimRegion);\r
2013 \r
2014       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2015 \r
2016       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2017       {\r
2018         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2019 \r
2020         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2021                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2022         {\r
2023           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2024         }\r
2025       }\r
2026 \r
2027       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2028               .getAlignment().getSequences());\r
2029     }\r
2030   }\r
2031 \r
2032   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2033   {\r
2034     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2035 \r
2036     SequenceI[] seqs;\r
2037     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2038     {\r
2039       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2040               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2041       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2042       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2043     }\r
2044     else\r
2045     {\r
2046       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2047     }\r
2048 \r
2049     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2050             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2051 \r
2052     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2053 \r
2054     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2055             + " empty columns.");\r
2056 \r
2057     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2058     // of first sequence\r
2059     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2060     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2061     // ShiftList shifts;\r
2062     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2063     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2064     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2065     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2066     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2067     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2068             .getSequences());\r
2069 \r
2070   }\r
2071 \r
2072   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2073   {\r
2074     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2075 \r
2076     SequenceI[] seqs;\r
2077     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2078     {\r
2079       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2080               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2081       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2082       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2083     }\r
2084     else\r
2085     {\r
2086       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2087     }\r
2088 \r
2089     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2090     // of first sequence\r
2091     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2092     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2093 \r
2094     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2095             viewport.getAlignment()));\r
2096 \r
2097     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2098 \r
2099     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2100             .getSequences());\r
2101 \r
2102   }\r
2103 \r
2104   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2105   {\r
2106     new Finder(alignPanel);\r
2107   }\r
2108 \r
2109   /**\r
2110    * create a new view derived from the current view\r
2111    * \r
2112    * @param viewtitle\r
2113    * @return frame for the new view\r
2114    */\r
2115   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2116   {\r
2117     AlignmentI newal;\r
2118     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2119     {\r
2120       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2121               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2122     }\r
2123     else\r
2124     {\r
2125       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2126     }\r
2127 \r
2128     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2129     {\r
2130       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2131       {\r
2132         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2133         {\r
2134           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2135         }\r
2136       }\r
2137     }\r
2138 \r
2139     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2140 \r
2141     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2142     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2143     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2144             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2145 \r
2146     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2147             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2148     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2149             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2150 \r
2151     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2152             .getSequenceSetId());\r
2153     int viewSize = -1;\r
2154     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2155     {\r
2156       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2157       {\r
2158         viewSize++;\r
2159       }\r
2160     }\r
2161 \r
2162     String title = new String(this.getTitle());\r
2163     if (viewtitle != null)\r
2164     {\r
2165       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2166     }\r
2167     else\r
2168     {\r
2169       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2170       {\r
2171         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2172       }\r
2173       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2174     }\r
2175 \r
2176     newaf.setTitle(title.toString());\r
2177 \r
2178     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2179     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2180     return newaf;\r
2181   }\r
2182 \r
2183   /**\r
2184    * \r
2185    * @return list of feature groups on the view\r
2186    */\r
2187   public String[] getFeatureGroups()\r
2188   {\r
2189     FeatureRenderer fr = null;\r
2190     if (alignPanel != null\r
2191             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2192     {\r
2193       return fr.getGroups();\r
2194     }\r
2195     return null;\r
2196   }\r
2197 \r
2198   /**\r
2199    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2200    * \r
2201    * @param visible\r
2202    *          true is visible\r
2203    * @return list\r
2204    */\r
2205   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2206   {\r
2207     FeatureRenderer fr = null;\r
2208     if (alignPanel != null\r
2209             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2210     {\r
2211       return fr.getGroups(visible);\r
2212     }\r
2213     return null;\r
2214   }\r
2215 \r
2216   /**\r
2217    * Change the display state for the given feature groups\r
2218    * \r
2219    * @param groups\r
2220    *          list of group strings\r
2221    * @param state\r
2222    *          visible or invisible\r
2223    */\r
2224   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2225   {\r
2226     FeatureRenderer fr = null;\r
2227     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2228     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2229     if (alignPanel != null\r
2230             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2231     {\r
2232       fr.setGroupState(groups, state);\r
2233       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2234       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2235       {\r
2236         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2237       }\r
2238     }\r
2239   }\r
2240 \r
2241   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2242   {\r
2243     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2244     alignPanel.fontChanged();\r
2245     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2246   }\r
2247 \r
2248   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2249   {\r
2250     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2251     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2252   }\r
2253 \r
2254   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2255   {\r
2256     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2257     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2258   }\r
2259 \r
2260   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2261   {\r
2262     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2263     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2264     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2265     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2266     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2267     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2268   }\r
2269 \r
2270   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2271   {\r
2272     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2273     {\r
2274       return;\r
2275     }\r
2276 \r
2277     Frame frame = new Frame();\r
2278     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2279     frame.add(overview);\r
2280     // +50 must allow for applet frame window\r
2281     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2282             overview.getPreferredSize().width,\r
2283             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2284 \r
2285     frame.pack();\r
2286     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2287     {\r
2288       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2289       {\r
2290         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
2291       };\r
2292     });\r
2293 \r
2294     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2295 \r
2296   }\r
2297 \r
2298   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2299   {\r
2300     int threshold = 0;\r
2301 \r
2302     if (cs != null)\r
2303     {\r
2304       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2305       {\r
2306         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2307                 "Background");\r
2308 \r
2309         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2310 \r
2311         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2312       }\r
2313       else\r
2314       {\r
2315         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2316       }\r
2317 \r
2318       if (viewport.getConservationSelected())\r
2319       {\r
2320 \r
2321         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2322         Conservation c = new Conservation("All",\r
2323                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2324                 al.getWidth() - 1);\r
2325 \r
2326         c.calculate();\r
2327         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2328 \r
2329         cs.setConservation(c);\r
2330 \r
2331         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2332                 cs, "Background"));\r
2333 \r
2334       }\r
2335       else\r
2336       {\r
2337         cs.setConservation(null);\r
2338       }\r
2339 \r
2340       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2341 \r
2342     }             \r
2343     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2344 \r
2345     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2346     {\r
2347       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2348       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2349       {\r
2350         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2351 \r
2352         if (cs == null)\r
2353         {\r
2354           sg.cs = null;\r
2355           continue;\r
2356         }\r
2357         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2358         {\r
2359           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2360                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()),\r
2361                   sg.getWidth());\r
2362         }\r
2363         else\r
2364         {\r
2365           try\r
2366           {\r
2367             sg.cs = cs.getClass().newInstance();\r
2368           } catch (Exception ex)\r
2369           {\r
2370             ex.printStackTrace();\r
2371             sg.cs = cs;\r
2372           }\r
2373         }\r
2374 \r
2375         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2376                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2377                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2378         {\r
2379           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2380           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2381                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2382                   sg.getWidth()));\r
2383         }\r
2384         else\r
2385         {\r
2386           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2387         }\r
2388 \r
2389         if (viewport.getConservationSelected())\r
2390         {\r
2391           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2392                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2393                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2394                   viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
2395           c.calculate();\r
2396           c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2397           sg.cs.setConservation(c);\r
2398         }\r
2399         else\r
2400         {\r
2401           sg.cs.setConservation(null);\r
2402           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2403         }\r
2404 \r
2405       }\r
2406     }\r
2407 \r
2408     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2409     {\r
2410       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2411     }\r
2412 \r
2413     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2414             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2415                     alignPanel);\r
2416 \r
2417     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2418   }\r
2419 \r
2420   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2421   {\r
2422     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2423             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2424     {\r
2425       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2426               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2427       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2428     }\r
2429   }\r
2430 \r
2431   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2432   {\r
2433     if (viewport.getConservationSelected()\r
2434             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2435     {\r
2436       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2437               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2438       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2439     }\r
2440   }\r
2441 \r
2442   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2443   {\r
2444     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2445 \r
2446     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2447     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2448 \r
2449     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2450 \r
2451     modifyConservation_actionPerformed();\r
2452   }\r
2453 \r
2454   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2455   {\r
2456     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2457 \r
2458     conservationMenuItem.setState(false);\r
2459     viewport.setConservationSelected(false);\r
2460 \r
2461     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2462 \r
2463     modifyPID_actionPerformed();\r
2464   }\r
2465 \r
2466   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2467   {\r
2468     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2469     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2470             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2471 \r
2472     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2473             viewport.getAlignment()));\r
2474     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2475   }\r
2476 \r
2477   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2478   {\r
2479     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2480     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2481     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2482     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2483   }\r
2484 \r
2485   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2486   {\r
2487     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2488     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2489     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2490             viewport.getAlignment()));\r
2491     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2492   }\r
2493 \r
2494   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2495   {\r
2496     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2497     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2498     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2499             viewport.getAlignment()));\r
2500     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2501 \r
2502   }\r
2503 \r
2504   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2505   {\r
2506     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2507   }\r
2508 \r
2509   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2510   {\r
2511     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2512             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2513     {\r
2514       Frame frame = new Frame();\r
2515       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2516       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2517               500);\r
2518     }\r
2519   }\r
2520 \r
2521   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2522   {\r
2523     // are the sequences aligned?\r
2524     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2525     {\r
2526       SequenceI current;\r
2527       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2528 \r
2529       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2530       {\r
2531         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2532 \r
2533         if (current.getLength() < Width)\r
2534         {\r
2535           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2536         }\r
2537       }\r
2538       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2539     }\r
2540 \r
2541     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2542             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2543             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2544             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2545     {\r
2546       return;\r
2547     }\r
2548 \r
2549     try\r
2550     {\r
2551       new PCAPanel(viewport);\r
2552     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2553     {\r
2554     }\r
2555 \r
2556   }\r
2557 \r
2558   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2559   {\r
2560     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2561   }\r
2562 \r
2563   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2564   {\r
2565     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2566   }\r
2567 \r
2568   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2569   {\r
2570     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2571   }\r
2572 \r
2573   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2574   {\r
2575     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2576   }\r
2577 \r
2578   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2579   {\r
2580     // are the sequences aligned?\r
2581     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2582     {\r
2583       SequenceI current;\r
2584       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2585 \r
2586       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2587       {\r
2588         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2589 \r
2590         if (current.getLength() < Width)\r
2591         {\r
2592           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2593         }\r
2594       }\r
2595       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2596 \r
2597     }\r
2598 \r
2599     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2600             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2601             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2602                     .getHeight() > 1))\r
2603     {\r
2604       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2605 \r
2606       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2607 \r
2608       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2609     }\r
2610   }\r
2611 \r
2612   void loadTree_actionPerformed()\r
2613   {\r
2614     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2615     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2616     cap.setTreeImport();\r
2617     Frame frame = new Frame();\r
2618     frame.add(cap);\r
2619     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2620   }\r
2621 \r
2622   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2623   {\r
2624     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2625     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2626     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2627   }\r
2628 \r
2629   /**\r
2630    * sort the alignment using the given treePanel\r
2631    * \r
2632    * @param treePanel\r
2633    *          tree used to sort view\r
2634    * @param title\r
2635    *          string used for undo event name\r
2636    */\r
2637   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2638   {\r
2639     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2640     AlignmentSorter\r
2641             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2642     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2643     // HistoryItem.SORT));\r
2644     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2645             viewport.getAlignment()));\r
2646     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2647   }\r
2648 \r
2649   /**\r
2650    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2651    * the menu structure for the new tree\r
2652    * \r
2653    * @param treePanel\r
2654    * @param title\r
2655    */\r
2656   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2657           final String title)\r
2658   {\r
2659     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2660     sortByTreeMenu.add(item);\r
2661     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2662     {\r
2663       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2664       {\r
2665         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2666       }\r
2667     });\r
2668     \r
2669     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2670     {\r
2671       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2672       {\r
2673         if (viewport.sortByTree)\r
2674         {\r
2675           sortByTree(treePanel, title);\r
2676         }\r
2677         super.windowOpened(e);\r
2678       }\r
2679 \r
2680       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2681       {\r
2682         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2683       };\r
2684     });\r
2685   }\r
2686   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2687   {\r
2688     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2689     .getSequencesArray();\r
2690     if (viewport.applet.debug)\r
2691     {\r
2692       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2693     }\r
2694     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2695     if (undoname!=null)\r
2696     {\r
2697       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2698     }\r
2699     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2700     return true;\r
2701   }\r
2702 \r
2703   protected void documentation_actionPerformed()\r
2704   {\r
2705     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2706   }\r
2707 \r
2708   protected void about_actionPerformed()\r
2709   {\r
2710 \r
2711     class AboutPanel extends Canvas\r
2712     {\r
2713       String version;\r
2714 \r
2715       String builddate;\r
2716 \r
2717       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2718       {\r
2719         this.version = version;\r
2720         this.builddate = builddate;\r
2721       }\r
2722 \r
2723       public void paint(Graphics g)\r
2724       {\r
2725         g.setColor(Color.white);\r
2726         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2727         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2728         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2729         int fh = fm.getHeight();\r
2730         int y = 5, x = 7;\r
2731         g.setColor(Color.black);\r
2732         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2733         // lite and application\r
2734         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2735         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2736         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2737         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2738         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2739         g.drawString(\r
2740                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2741                 x, y += fh * 1.5);\r
2742         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2743         g.drawString(\r
2744                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2745                 x, y += fh);\r
2746         g.drawString(\r
2747                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2748                 x, y += fh);\r
2749         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2750         g.drawString(\r
2751                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2752                 x, y += fh);\r
2753         g.drawString(\r
2754                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2755                 x, y += fh);\r
2756         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2757                 x, y += fh);\r
2758       }\r
2759     }\r
2760 \r
2761     Frame frame = new Frame();\r
2762     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2763             .getBuildDate()));\r
2764     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2765 \r
2766   }\r
2767 \r
2768   public void showURL(String url, String target)\r
2769   {\r
2770     if (viewport.applet == null)\r
2771     {\r
2772       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2773     }\r
2774     else\r
2775     {\r
2776       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2777     }\r
2778   }\r
2779 \r
2780   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2781   // JBuilder Graphics here\r
2782 \r
2783   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2784 \r
2785   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2786 \r
2787   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2788 \r
2789   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2790 \r
2791   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2792   \r
2793   MenuItem loadScores = new MenuItem("Load Associated T-Coffee scores ...");\r
2794 \r
2795   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2796 \r
2797   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2798 \r
2799   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2800 \r
2801   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2802 \r
2803   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2804 \r
2805   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2806 \r
2807   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2808 \r
2809   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2810 \r
2811   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2812 \r
2813   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2814 \r
2815   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2816 \r
2817   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2818 \r
2819   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2820 \r
2821   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2822 \r
2823   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2824 \r
2825   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2826 \r
2827   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2828 \r
2829   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2830 \r
2831   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2836 \r
2837   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2838 \r
2839   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2840 \r
2841   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2842 \r
2843   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2844 \r
2845   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2846 \r
2847   public Label statusBar = new Label();\r
2848 \r
2849   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2850 \r
2851   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2852 \r
2853   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2854 \r
2855   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2856 \r
2857   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2858 \r
2859   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2860 \r
2861   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2862 \r
2863   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2864 \r
2865   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2866 \r
2867   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2868   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2869   \r
2870   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2871 \r
2872   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2873 \r
2874   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2875   \r
2876   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2877 \r
2878   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2879 \r
2880   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2881 \r
2882   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2883 \r
2884   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2885 \r
2886   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2887 \r
2888   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2889 \r
2890   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2891 \r
2892   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2893 \r
2894   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2895 \r
2896   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2897 \r
2898   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2899 \r
2900   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2901 \r
2902   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2903 \r
2904   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2905 \r
2906   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2907 \r
2908   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2909 \r
2910   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2911 \r
2912   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2913 \r
2914   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2915 \r
2916   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2917 \r
2918   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2919 \r
2920   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2921 \r
2922   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2923 \r
2924   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2925 \r
2926   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2927 \r
2928   MenuItem font = new MenuItem();\r
2929 \r
2930   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2931 \r
2932   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2933 \r
2934   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2935 \r
2936   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2937 \r
2938   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2939 \r
2940   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2941           "Autocalculate Consensus", true);\r
2942 \r
2943   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2944           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2945 \r
2946   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2947 \r
2948   Menu sort = new Menu();\r
2949 \r
2950   Menu calculate = new Menu();\r
2951 \r
2952   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2953 \r
2954   Menu helpMenu = new Menu();\r
2955 \r
2956   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2957 \r
2958   MenuItem about = new MenuItem();\r
2959 \r
2960   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2961 \r
2962   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2963   \r
2964   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2965   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2966   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2967   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2968   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2969   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2970   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2971 \r
2972   private void jbInit() throws Exception\r
2973   {\r
2974 \r
2975     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2976 \r
2977     MenuItem item;\r
2978 \r
2979     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2980     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2981     {\r
2982 \r
2983       item = new MenuItem(\r
2984               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2985 \r
2986       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2987       {\r
2988         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2989         {\r
2990           outputText_actionPerformed(e);\r
2991         }\r
2992       });\r
2993 \r
2994       outputTextboxMenu.add(item);\r
2995     }\r
2996     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2997     loadApplication.addActionListener(this);\r
2998 \r
2999     loadTree.addActionListener(this);\r
3000     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
3001     loadScores.addActionListener(this);\r
3002     outputFeatures.addActionListener(this);\r
3003     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
3004     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3005     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3006     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3007     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
3008     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
3009     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
3010     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
3011     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
3012     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
3013     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
3014     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
3015     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
3016     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
3017     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
3018     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
3019     viewTextMenuItem.setState(true);\r
3020     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3021     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
3022     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
3023     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
3024     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
3025     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
3026     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
3027     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
3028     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
3029     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
3030     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
3031     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
3032     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3033     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
3034     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3035     averageDistanceTreeMenuItem\r
3036             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
3037     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3038     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
3039     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3040     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3041     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3042     statusBar.setText("Status bar");\r
3043     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
3044     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
3045 \r
3046     clustalColour.addActionListener(this);\r
3047     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
3048     zappoColour.addActionListener(this);\r
3049     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
3050     taylorColour.addActionListener(this);\r
3051     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
3052     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3053     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
3054     helixColour.addActionListener(this);\r
3055     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
3056     strandColour.addActionListener(this);\r
3057     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
3058     turnColour.addActionListener(this);\r
3059     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3060     buriedColour.addActionListener(this);\r
3061     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3062     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3063     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
3064     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3065     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3066     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3067     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3068     PIDColour.addActionListener(this);\r
3069     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3070     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3071     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3072     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3073     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3074     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3075     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3076     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3077     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3078     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3079     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3080     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3081     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3082     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3083     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3084     alProperties.addActionListener(this);\r
3085     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3086     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3087     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3088     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3089     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3090     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3091     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3092     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3093     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3094     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3095     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3096     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3097     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3098     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3099     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3100     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3101     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3102     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3103     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3104     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3105     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3106     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3107     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3108     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3109     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3110     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3111     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3112     copy.setLabel("Copy");\r
3113     copy.addActionListener(this);\r
3114     cut.setLabel("Cut");\r
3115     cut.addActionListener(this);\r
3116     delete.setLabel("Delete");\r
3117     delete.addActionListener(this);\r
3118     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3119     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3120     pasteNew.addActionListener(this);\r
3121     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3122     pasteThis.addActionListener(this);\r
3123     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3124     applyToAllGroups.setState(true);\r
3125     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3126     font.setLabel("Font...");\r
3127     font.addActionListener(this);\r
3128     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3129     scaleAbove.setState(true);\r
3130     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3131     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3132     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3133     scaleLeft.setState(true);\r
3134     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3135     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3136     scaleRight.setEnabled(false);\r
3137     scaleRight.setState(true);\r
3138     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3139     scaleRight.addItemListener(this);\r
3140     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3141     modifyPID.addActionListener(this);\r
3142     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3143     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3144     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3145     sort.setLabel("Sort");\r
3146     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3147     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3148     sortByTree.addItemListener(this);\r
3149     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3150     inputText.addActionListener(this);\r
3151     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3152     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3153     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3154     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3155     helpMenu.setLabel("Help");\r
3156     documentation.setLabel("Documentation");\r
3157     documentation.addActionListener(this);\r
3158 \r
3159     about.setLabel("About...");\r
3160     about.addActionListener(this);\r
3161     seqLimits.setState(true);\r
3162     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3163     seqLimits.addItemListener(this);\r
3164     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3165     featureSettings.addActionListener(this);\r
3166     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3167     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3168     sequenceFeatures.setState(false);\r
3169     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3170     annotationColour.addActionListener(this);\r
3171     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3172     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3173     menu1.setLabel("Show");\r
3174     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3175     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3176     menu2.setLabel("Hide");\r
3177     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3178     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3179     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3180     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3181     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3182     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3183     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3184     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3185     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3186     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3187     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3188     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3189     \r
3190     invertColSel.addActionListener(this);\r
3191     showColumns.addActionListener(this);\r
3192     showSeqs.addActionListener(this);\r
3193     hideColumns.addActionListener(this);\r
3194     hideSequences.addActionListener(this);\r
3195     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3196     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3197     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3198     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3199     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3200     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3201     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3202     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3203     formatMenu.setLabel("Format");\r
3204     selectMenu.setLabel("Select");\r
3205     newView.setLabel("New View");\r
3206     newView.addActionListener(this);\r
3207     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3208     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3209     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3210     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3211     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3212     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3213     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3214     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3215 \r
3216     fileMenu.add(inputText);\r
3217     fileMenu.add(loadTree);\r
3218     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3219     fileMenu.add(loadScores);\r
3220     \r
3221     fileMenu.addSeparator();\r
3222     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3223     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3224     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3225 \r
3226     if (jalviewServletURL != null)\r
3227     {\r
3228       fileMenu.add(loadApplication);\r
3229     }\r
3230 \r
3231     fileMenu.addSeparator();\r
3232     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3233 \r
3234     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3235     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3236     editMenu.add(cut);\r
3237     editMenu.add(copy);\r
3238     editMenu.add(pasteMenu);\r
3239     editMenu.add(delete);\r
3240     editMenu.addSeparator();\r
3241     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3242     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3243     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3244     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3245     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3246     viewMenu.add(newView);\r
3247     viewMenu.addSeparator();\r
3248     viewMenu.add(menu1);\r
3249     viewMenu.add(menu2);\r
3250     viewMenu.addSeparator();\r
3251     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3252     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3253     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3254     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3255     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3256     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3257     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3258     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3259     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3260     viewMenu.addSeparator();\r
3261     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3262     viewMenu.add(featureSettings);\r
3263     viewMenu.addSeparator();\r
3264     viewMenu.add(alProperties);\r
3265     viewMenu.addSeparator();\r
3266     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3267     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3268     colourMenu.addSeparator();\r
3269     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3270     colourMenu.add(clustalColour);\r
3271     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3272     colourMenu.add(PIDColour);\r
3273     colourMenu.add(zappoColour);\r
3274     colourMenu.add(taylorColour);\r
3275     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3276     colourMenu.add(helixColour);\r
3277     colourMenu.add(strandColour);\r
3278     colourMenu.add(turnColour);\r
3279     colourMenu.add(buriedColour);\r
3280     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3281     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3282     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3283     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3284     colourMenu.addSeparator();\r
3285     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3286     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3287     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3288     colourMenu.add(modifyPID);\r
3289     colourMenu.add(annotationColour);\r
3290     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3291     calculateMenu.add(sort);\r
3292     calculateMenu.add(calculate);\r
3293     calculateMenu.addSeparator();\r
3294     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3295     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3296     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3297     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3298     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3299     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3300     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3301     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3302     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3303     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3304     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3305     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3306     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3307     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3308     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3309     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3310     helpMenu.add(documentation);\r
3311     helpMenu.add(about);\r
3312     menu1.add(showColumns);\r
3313     menu1.add(showSeqs);\r
3314     menu1.add(showAllHidden);\r
3315     menu2.add(hideColumns);\r
3316     menu2.add(hideSequences);\r
3317     menu2.add(hideAllSelection);\r
3318     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3319     formatMenu.add(font);\r
3320     formatMenu.add(seqLimits);\r
3321     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3322     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3323     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3324     formatMenu.add(scaleRight);\r
3325     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3326     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3327     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3328     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3329     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3330     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3331     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3332     selectMenu.addSeparator();\r
3333     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3334     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3335     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3336     selectMenu.add(invertColSel);\r
3337     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3338     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3339 \r
3340   }\r
3341 \r
3342   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3343 \r
3344   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3345 \r
3346   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3347 \r
3348   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3349 \r
3350   Menu menu1 = new Menu();\r
3351 \r
3352   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3353 \r
3354   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3355 \r
3356   Menu menu2 = new Menu();\r
3357 \r
3358   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3359 \r
3360   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3361 \r
3362   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3363 \r
3364   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3365 \r
3366   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3367 \r
3368   Menu formatMenu = new Menu();\r
3369 \r
3370   Menu selectMenu = new Menu();\r
3371 \r
3372   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3373 \r
3374   /**\r
3375    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3376    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3377    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3378    * \r
3379    * @param reallyEmbedded\r
3380    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3381    *          in a new window\r
3382    */\r
3383   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3384   {\r
3385     if (reallyEmbedded)\r
3386     {\r
3387       // ////\r
3388       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3389       //\r
3390       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3391       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3392       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3393       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3394               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3395       // and actually add the components to the applet area\r
3396       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3397       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3398       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3399       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3400               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3401                       - statusBar.HEIGHT);\r
3402       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3403       final AlignFrame me = this;\r
3404       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3405       {\r
3406         \r
3407         @Override\r
3408         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3409         {\r
3410           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3411                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3412         }}\r
3413         \r
3414         @Override\r
3415         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3416         {\r
3417           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3418         }\r
3419       });\r
3420       viewport.applet.validate();\r
3421     }\r
3422     else\r
3423     {\r
3424       // //////\r
3425       // test and embed menu bar if necessary.\r
3426       //\r
3427       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3428       {\r
3429         // adjust for status bar height too\r
3430         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3431                 - statusBar.HEIGHT);\r
3432       }\r
3433       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3434       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3435       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3436       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3437               DEFAULT_HEIGHT);\r
3438     }\r
3439   }\r
3440 \r
3441   /**\r
3442    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3443    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3444    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3445    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3446    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3447    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3448    * \r
3449    * @param viewer\r
3450    *          JmolViewer instance\r
3451    * @param sequenceIds\r
3452    *          - sequence Ids to search for associations\r
3453    */\r
3454   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3455           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3456   {\r
3457     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3458     try\r
3459     {\r
3460       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3461     } catch (ClassCastException ex)\r
3462     {\r
3463       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3464               + jmolviewer.getClass());\r
3465     }\r
3466     if (viewer == null)\r
3467     {\r
3468       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3469               + jmolviewer.getClass());\r
3470       return null;\r
3471     }\r
3472     SequenceI[] seqs = null;\r
3473     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3474     {\r
3475       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3476     }\r
3477     else\r
3478     {\r
3479       Vector sqi = new Vector();\r
3480       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3481       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3482       {\r
3483         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3484         if (sq != null)\r
3485         {\r
3486           sqi.addElement(sq);\r
3487         }\r
3488       }\r
3489       if (sqi.size() > 0)\r
3490       {\r
3491         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3492         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3493         {\r
3494           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3495         }\r
3496       }\r
3497       else\r
3498       {\r
3499         return null;\r
3500       }\r
3501     }\r
3502     ExtJmol jmv = null;\r
3503     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3504     if (jmv == null)\r
3505     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3506       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3507     }\r
3508     return jmv;\r
3509 \r
3510   }\r
3511   /**\r
3512    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3513    * \r
3514    * @param sequenceId\r
3515    *          - sequenceId within the dataset.\r
3516    * @param pdbEntryString\r
3517    *          - the short name for the PDB file\r
3518    * @param pdbFile\r
3519    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3520    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3521    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3522    *         fails.\r
3523    */\r
3524   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3525           String pdbFile)\r
3526   {\r
3527     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3528     boolean needtoadd = false;\r
3529     if (toaddpdb != null)\r
3530     {\r
3531       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3532       PDBEntry pdbentry = null;\r
3533       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3534       {\r
3535         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3536         {\r
3537           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3538           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3539                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3540           {\r
3541             pdbentry = null;\r
3542           }\r
3543           else\r
3544           {\r
3545             continue;\r
3546           }\r
3547         }\r
3548       }\r
3549       if (pdbentry == null)\r
3550       {\r
3551         pdbentry = new PDBEntry();\r
3552         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3553         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3554         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3555       }\r
3556       // resolve data source\r
3557       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3558       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3559       if (protocol == null)\r
3560       {\r
3561         return false;\r
3562       }\r
3563       if (needtoadd)\r
3564       {\r
3565         // make a note of the access mode and add\r
3566         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3567         {\r
3568           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3569         }\r
3570         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3571         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3572       }\r
3573     }\r
3574     return true;\r
3575   }\r
3576 \r
3577   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3578   {\r
3579     if (seqs != null)\r
3580     {\r
3581       Vector sequences = new Vector();\r
3582       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3583       {\r
3584         if (seqs[i] != null)\r
3585         {\r
3586           sequences.addElement(new Object[]\r
3587           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3588         }\r
3589       }\r
3590       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3591       chains = new String[sequences.size()];\r
3592       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3593       {\r
3594         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3595 \r
3596         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3597         chains[i] = (String) oj[1];\r
3598       }\r
3599     }\r
3600     return new Object[]\r
3601     { seqs, chains };\r
3602 \r
3603   }\r
3604 \r
3605   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3606           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3607   {\r
3608     // Scrub any null sequences from the array\r
3609     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3610     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3611     chains = (String[]) sqch[1];\r
3612     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3613     {\r
3614       System.err\r
3615               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3616     }\r
3617     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3618             || protocol.equals("null"))\r
3619     {\r
3620       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3621       if (protocol == null)\r
3622       {\r
3623         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3624                 + pdb.getId());\r
3625         return;\r
3626       }\r
3627     }\r
3628     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3629     {\r
3630       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3631       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3632         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3633       }\r
3634       return;\r
3635     }\r
3636     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3637     {\r
3638       // can only do alignments with Jmol\r
3639       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3640       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3641       Vector jmols = applet\r
3642               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3643       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3644       {\r
3645         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3646         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3647         {\r
3648           ajm = tajm;\r
3649           break;\r
3650         }\r
3651       }\r
3652       if (ajm != null)\r
3653       {\r
3654         System.err\r
3655                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3656         // try and add the pdb structure\r
3657         // ajm.addS\r
3658         ajm = null;\r
3659       }\r
3660     }\r
3661     // otherwise, create a new window\r
3662     if (applet.jmolAvailable)\r
3663     {\r
3664       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3665               protocol);\r
3666       applet.lastFrameX += 40;\r
3667       applet.lastFrameY += 40;\r
3668     }\r
3669     else\r
3670     {\r
3671       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3672     }\r
3673 \r
3674   }\r
3675 \r
3676   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3677           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3678   {\r
3679     // TODO Auto-generated method stub\r
3680     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3681   }\r
3682 \r
3683   /**\r
3684    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3685    * @param sel - sequences from this alignment \r
3686    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3687    */\r
3688   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3689   {\r
3690     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3691   }\r
3692 \r
3693   public void scrollTo(int row, int column)\r
3694   {\r
3695     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3696   }\r
3697   public void scrollToRow(int row)\r
3698   {\r
3699     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3700   }\r
3701   public void scrollToColumn(int column)\r
3702   {\r
3703     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3704   }\r
3705   /**\r
3706    * @return the alignments unique ID.\r
3707    */\r
3708   public String getSequenceSetId() {\r
3709     return viewport.getSequenceSetId();\r
3710   }\r
3711   \r
3712   \r
3713   /**\r
3714    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url \r
3715    * \r
3716    * @param url The absolute path from where download and read the score file\r
3717    * @throws IOException \r
3718    */\r
3719   public void loadScoreFile( URL url ) throws IOException {\r
3720           // TODO: refactor to string/standard jalview data importer\r
3721           TCoffeeScoreFile file = TCoffeeScoreFile.load( new InputStreamReader( url.openStream() ) );\r
3722           if( file == null ) {\r
3723          // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3724             \r
3725                   throw new RuntimeException("The file provided does not match the T-Coffee scores file format");\r
3726           }\r
3727           \r
3728           /*\r
3729            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3730            */\r
3731           AlignmentI aln; \r
3732           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3733             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3734             throw new RuntimeException("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3735                   \r
3736           }\r
3737           \r
3738            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3739           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3740           {\r
3741                   tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3742                   // switch to this color\r
3743                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3744           }\r
3745   }\r
3746   \r
3747   \r
3748 }\r