src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  *\r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *\r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but\r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty\r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  *\r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  41 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  42 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  43 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  44 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  49 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  55 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  56 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  61 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  62 \r
  63 import java.awt.BorderLayout;\r
  64 import java.awt.Canvas;\r
  65 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  66 import java.awt.Color;\r
  67 import java.awt.Font;\r
  68 import java.awt.FontMetrics;\r
  69 import java.awt.Frame;\r
  70 import java.awt.Graphics;\r
  71 import java.awt.Label;\r
  72 import java.awt.Menu;\r
  73 import java.awt.MenuBar;\r
  74 import java.awt.MenuItem;\r
  75 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  76 import java.awt.event.ActionListener;\r
  77 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  78 import java.awt.event.FocusListener;\r
  79 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  80 import java.awt.event.ItemListener;\r
  81 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  82 import java.awt.event.KeyListener;\r
  83 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  84 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  85 import java.io.IOException;\r
  86 import java.io.InputStreamReader;\r
  87 import java.net.URL;\r
  88 import java.net.URLEncoder;\r
  89 import java.util.Enumeration;\r
  90 import java.util.Hashtable;\r
  91 import java.util.List;\r
  92 import java.util.StringTokenizer;\r
  93 import java.util.Vector;\r
  94 \r
  95 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  96 {\r
  97   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  98 \r
  99   public AlignViewport viewport;\r
 100 \r
 101   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 102 \r
 103   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 104 \r
 105   String jalviewServletURL;\r
 106 \r
 107 \r
 108   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 109   {\r
 110     if (applet != null)\r
 111     {\r
 112       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 113     }\r
 114 \r
 115     try\r
 116     {\r
 117       jbInit();\r
 118     } catch (Exception ex)\r
 119     {\r
 120       ex.printStackTrace();\r
 121     }\r
 122 \r
 123     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 124     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 125 \r
 126     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 127     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 128 \r
 129     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 130     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 131     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 132     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 133     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 134     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 135     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 136     normSequenceLogo.setState(viewport.isNormaliseSequenceLogo());\r
 137 \r
 138     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 139 \r
 140     if (applet != null)\r
 141     {\r
 142       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 143       if (param != null)\r
 144       {\r
 145         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 146         {\r
 147           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 148         }\r
 149         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 150         {\r
 151           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 152         }\r
 153         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 154         {\r
 155           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 156         }\r
 157       }\r
 158 \r
 159       param = applet.getParameter("wrap");\r
 160       if (param != null)\r
 161       {\r
 162         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 163         {\r
 164           wrapMenuItem.setState(true);\r
 165           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 166         }\r
 167       }\r
 168       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 169       if (param != null)\r
 170       {\r
 171         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 172         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 173       }\r
 174       try\r
 175       {\r
 176         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 177         if (param != null)\r
 178         {\r
 179           int width = Integer.parseInt(param);\r
 180           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 181         }\r
 182         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 183         if (param != null)\r
 184         {\r
 185           int height = Integer.parseInt(param);\r
 186           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 187         }\r
 188       } catch (Exception ex)\r
 189       {\r
 190       }\r
 191 \r
 192     }\r
 193     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 194     {\r
 195       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 196       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 197       {\r
 198         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 199       }\r
 200       else {\r
 201         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 202       }\r
 203     } else {\r
 204       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 205       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 206     }\r
 207     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 208     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 209     // now\r
 210     this.addKeyListener(this);\r
 211     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 212     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 213     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 214     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 215     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 216     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 217     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 218     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 219 \r
 220     validate();\r
 221     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 222     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 223   }\r
 224 \r
 225   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 226   {\r
 227     return viewport;\r
 228   }\r
 229 \r
 230   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 231   {\r
 232     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 233   }\r
 234 \r
 235   /**\r
 236    * Load a features file onto the alignment\r
 237    *\r
 238    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 239    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 240    */\r
 241 \r
 242   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 243   {\r
 244     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 245   }\r
 246 \r
 247   /**\r
 248    * Load a features file onto the alignment\r
 249    *\r
 250    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 251    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 252    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 253    * @return true if data parsed as a features file\r
 254    */\r
 255   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 256   {\r
 257     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
 258 \r
 259     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 260     boolean featuresFile = false;\r
 261     try\r
 262     {\r
 263       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 264               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 265                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 266                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 267     } catch (Exception ex)\r
 268     {\r
 269       ex.printStackTrace();\r
 270     }\r
 271 \r
 272     if (featuresFile)\r
 273     {\r
 274       if (featureLinks.size() > 0)\r
 275       {\r
 276         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 277       }\r
 278       if (autoenabledisplay)\r
 279       {\r
 280         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 281         sequenceFeatures.setState(true);\r
 282       }\r
 283       if (viewport.featureSettings != null)\r
 284       {\r
 285         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 286       }\r
 287       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 288       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 289     }\r
 290     return featuresFile;\r
 291   }\r
 292 \r
 293   @Override\r
 294   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 295   {\r
 296     if (viewport.cursorMode\r
 297             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 298                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 299                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 300             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 301       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 302 \r
 303     switch (evt.getKeyCode())\r
 304     {\r
 305     case 27: // escape key\r
 306       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 307 \r
 308       alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
 309       break;\r
 310     case KeyEvent.VK_X:\r
 311       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 312       {\r
 313         cut_actionPerformed();\r
 314       }\r
 315       break;\r
 316     case KeyEvent.VK_C:\r
 317       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 318       {\r
 319         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 320       }\r
 321       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 322       {\r
 323         copy_actionPerformed();\r
 324       }\r
 325       break;\r
 326     case KeyEvent.VK_V:\r
 327       if (evt.isControlDown())\r
 328       {\r
 329         paste(evt.isShiftDown());\r
 330       }\r
 331       break;\r
 332     case KeyEvent.VK_A:\r
 333       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 334       {\r
 335         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 336       }\r
 337       break;\r
 338     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 339       if (viewport.cursorMode)\r
 340       {\r
 341         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 342       }\r
 343       else\r
 344       {\r
 345         moveSelectedSequences(false);\r
 346       }\r
 347       break;\r
 348 \r
 349     case KeyEvent.VK_UP:\r
 350       if (viewport.cursorMode)\r
 351       {\r
 352         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 353       }\r
 354       else\r
 355       {\r
 356         moveSelectedSequences(true);\r
 357       }\r
 358       break;\r
 359 \r
 360     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 361       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 362         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 363       else\r
 364         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 365       break;\r
 366 \r
 367     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 368       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 369         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 370       else\r
 371         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 372       break;\r
 373 \r
 374     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 375       if (viewport.cursorMode)\r
 376       {\r
 377         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 378                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 379       }\r
 380       break;\r
 381 \r
 382     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 383     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 384       if (viewport.cursorMode)\r
 385       {\r
 386         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 387                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 388       }\r
 389       else\r
 390       {\r
 391         cut_actionPerformed();\r
 392         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 393       }\r
 394       break;\r
 395 \r
 396     case KeyEvent.VK_S:\r
 397       if (viewport.cursorMode)\r
 398       {\r
 399         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 400       }\r
 401       break;\r
 402     case KeyEvent.VK_P:\r
 403       if (viewport.cursorMode)\r
 404       {\r
 405         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 406       }\r
 407       break;\r
 408 \r
 409     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 410     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 411       if (viewport.cursorMode)\r
 412       {\r
 413         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 414       }\r
 415       break;\r
 416 \r
 417     case KeyEvent.VK_Q:\r
 418       if (viewport.cursorMode)\r
 419       {\r
 420         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 421       }\r
 422       break;\r
 423     case KeyEvent.VK_M:\r
 424       if (viewport.cursorMode)\r
 425       {\r
 426         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 427       }\r
 428       break;\r
 429 \r
 430     case KeyEvent.VK_F2:\r
 431       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 432       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 433               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 434       if (viewport.cursorMode)\r
 435       {\r
 436         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 437         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 438       }\r
 439       break;\r
 440 \r
 441     case KeyEvent.VK_F:\r
 442       if (evt.isControlDown())\r
 443       {\r
 444         findMenuItem_actionPerformed();\r
 445       }\r
 446       break;\r
 447 \r
 448     case KeyEvent.VK_H:\r
 449     {\r
 450       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 451       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 452       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 453       break;\r
 454     }\r
 455 \r
 456     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 457       if (viewport.wrapAlignment)\r
 458       {\r
 459         alignPanel.scrollUp(true);\r
 460       }\r
 461       else\r
 462       {\r
 463         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 464                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 465       }\r
 466       break;\r
 467 \r
 468     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 469       if (viewport.wrapAlignment)\r
 470       {\r
 471         alignPanel.scrollUp(false);\r
 472       }\r
 473       else\r
 474       {\r
 475         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 476                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 477       }\r
 478       break;\r
 479 \r
 480     case KeyEvent.VK_Z:\r
 481       if (evt.isControlDown())\r
 482       {\r
 483         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 484       }\r
 485       break;\r
 486 \r
 487     case KeyEvent.VK_Y:\r
 488       if (evt.isControlDown())\r
 489       {\r
 490         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 491       }\r
 492       break;\r
 493 \r
 494     case KeyEvent.VK_L:\r
 495       if (evt.isControlDown())\r
 496       {\r
 497         trimAlignment(true);\r
 498       }\r
 499       break;\r
 500 \r
 501     case KeyEvent.VK_R:\r
 502       if (evt.isControlDown())\r
 503       {\r
 504         trimAlignment(false);\r
 505       }\r
 506       break;\r
 507 \r
 508     case KeyEvent.VK_E:\r
 509       if (evt.isControlDown())\r
 510       {\r
 511         if (evt.isShiftDown())\r
 512         {\r
 513           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 514         }\r
 515         else\r
 516         {\r
 517           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 518         }\r
 519       }\r
 520       break;\r
 521     case KeyEvent.VK_I:\r
 522       if (evt.isControlDown())\r
 523       {\r
 524         if (evt.isAltDown())\r
 525         {\r
 526           invertColSel_actionPerformed();\r
 527         }\r
 528         else\r
 529         {\r
 530           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 531         }\r
 532       }\r
 533       break;\r
 534 \r
 535     case KeyEvent.VK_U:\r
 536       if (evt.isControlDown())\r
 537       {\r
 538         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 539       }\r
 540       break;\r
 541 \r
 542     case KeyEvent.VK_T:\r
 543       if (evt.isControlDown())\r
 544       {\r
 545         newView(null);\r
 546       }\r
 547       break;\r
 548 \r
 549     }\r
 550     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 551   }\r
 552 \r
 553   /**\r
 554    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 555    *\r
 556    * @param toggleSeqs\r
 557    * @param toggleCols\r
 558    */\r
 559   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 560   {\r
 561     boolean hide = false;\r
 562     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 563     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 564     {\r
 565       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 566       // invert and then hide\r
 567       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 568       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 569               .getSelected().size() > 0)\r
 570               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 571                       .getEndRes()))\r
 572       {\r
 573         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 574         // that no hiding is required.\r
 575         if (sg != null)\r
 576         {\r
 577           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 578           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 579           toggleSeqs = true;\r
 580 \r
 581         }\r
 582         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 583         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 584         // selection and indicate it should be hidden.\r
 585         invertColSel_actionPerformed();\r
 586         toggleCols = true;\r
 587       }\r
 588     }\r
 589 \r
 590     if (toggleSeqs)\r
 591     {\r
 592       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 593       {\r
 594         hide = true;\r
 595         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 596       }\r
 597       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 598       {\r
 599         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 600       }\r
 601     }\r
 602 \r
 603     if (toggleCols)\r
 604     {\r
 605       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 606       {\r
 607         viewport.hideSelectedColumns();\r
 608         if (!toggleSeqs)\r
 609         {\r
 610           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 611         }\r
 612       }\r
 613       else if (!hide)\r
 614       {\r
 615         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 616       }\r
 617     }\r
 618   }\r
 619 \r
 620   @Override\r
 621   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 622   {\r
 623   }\r
 624 \r
 625   @Override\r
 626   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 627   {\r
 628   }\r
 629 \r
 630   @Override\r
 631   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 632   {\r
 633     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 634     {\r
 635       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 636     }\r
 637     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 638     {\r
 639       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 640     }\r
 641     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 642     {\r
 643       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 644     }\r
 645     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 646     {\r
 647       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 648     }\r
 649     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 650     {\r
 651       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 652     }\r
 653     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 654     {\r
 655       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 656     }\r
 657     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 658     {\r
 659       seqLimits_itemStateChanged();\r
 660     }\r
 661     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 662     {\r
 663       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 664     }\r
 665     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 666     {\r
 667       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 668     }\r
 669     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 670     {\r
 671       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 672     }\r
 673     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 674     {\r
 675       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 676       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 677     }\r
 678     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 679     {\r
 680       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 681       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 682     }\r
 683     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 684     {\r
 685       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 686     }\r
 687     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 688     {\r
 689       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 690     }\r
 691     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 692     {\r
 693       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 694     }\r
 695     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 696     {\r
 697       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 698     }\r
 699     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 700     {\r
 701       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 702     }\r
 703     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 704     {\r
 705       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 706     }\r
 707     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 708     {\r
 709       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 710     }\r
 711     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 712     {\r
 713       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 714     }\r
 715     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 716     {\r
 717       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 718     }\r
 719     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 720     {\r
 721       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 722     }\r
 723     else if (evt.getSource() == normSequenceLogo)\r
 724     {\r
 725       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 726     }\r
 727     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 728     {\r
 729       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 730     }\r
 731     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 732     {\r
 733       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 734     }\r
 735     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 736   }\r
 737 \r
 738   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 739   {\r
 740     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 741     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 742     // searchresults.\r
 743   }\r
 744 \r
 745   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 746   {\r
 747     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 748     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 749   }\r
 750 \r
 751   @Override\r
 752   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 753   {\r
 754     Object source = evt.getSource();\r
 755 \r
 756     if (source == inputText)\r
 757     {\r
 758       inputText_actionPerformed();\r
 759     }\r
 760     else if (source == loadTree)\r
 761     {\r
 762       loadTree_actionPerformed();\r
 763     }\r
 764     else if (source == loadApplication)\r
 765     {\r
 766       launchFullApplication();\r
 767     }\r
 768     else if (source == loadAnnotations)\r
 769     {\r
 770       loadAnnotations();\r
 771     }\r
 772     else if (source == outputAnnotations)\r
 773     {\r
 774       outputAnnotations(true);\r
 775     }\r
 776     else if (source == outputFeatures)\r
 777     {\r
 778       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 779     }\r
 780     else if (source == closeMenuItem)\r
 781     {\r
 782       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 783     }\r
 784     else if (source == copy)\r
 785     {\r
 786       copy_actionPerformed();\r
 787     }\r
 788     else if (source == undoMenuItem)\r
 789     {\r
 790       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 791     }\r
 792     else if (source == redoMenuItem)\r
 793     {\r
 794       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 795     }\r
 796     else if (source == inputText)\r
 797     {\r
 798       inputText_actionPerformed();\r
 799     }\r
 800     else if (source == closeMenuItem)\r
 801     {\r
 802       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 803     }\r
 804     else if (source == undoMenuItem)\r
 805     {\r
 806       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 807     }\r
 808     else if (source == redoMenuItem)\r
 809     {\r
 810       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 811     }\r
 812     else if (source == copy)\r
 813     {\r
 814       copy_actionPerformed();\r
 815     }\r
 816     else if (source == pasteNew)\r
 817     {\r
 818       pasteNew_actionPerformed();\r
 819     }\r
 820     else if (source == pasteThis)\r
 821     {\r
 822       pasteThis_actionPerformed();\r
 823     }\r
 824     else if (source == cut)\r
 825     {\r
 826       cut_actionPerformed();\r
 827     }\r
 828     else if (source == delete)\r
 829     {\r
 830       delete_actionPerformed();\r
 831     }\r
 832     else if (source == grpsFromSelection)\r
 833     {\r
 834       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 835     }\r
 836     else if (source == deleteGroups)\r
 837     {\r
 838       deleteGroups_actionPerformed();\r
 839     }\r
 840     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 841     {\r
 842       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 843     }\r
 844     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 845     {\r
 846       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 847     }\r
 848     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 849     {\r
 850       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 851     }\r
 852     else if (source == invertColSel)\r
 853     {\r
 854       viewport.invertColumnSelection();\r
 855       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 856     }\r
 857     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 858     {\r
 859       trimAlignment(true);\r
 860     }\r
 861     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 862     {\r
 863       trimAlignment(false);\r
 864     }\r
 865     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 866     {\r
 867       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 868     }\r
 869     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 870     {\r
 871       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 872     }\r
 873     else if (source == findMenuItem)\r
 874     {\r
 875       findMenuItem_actionPerformed();\r
 876     }\r
 877     else if (source == font)\r
 878     {\r
 879       new FontChooser(alignPanel);\r
 880     }\r
 881     else if (source == newView)\r
 882     {\r
 883       newView(null);\r
 884     }\r
 885     else if (source == showColumns)\r
 886     {\r
 887       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 888       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 889     }\r
 890     else if (source == showSeqs)\r
 891     {\r
 892       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 893       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 894     }\r
 895     else if (source == hideColumns)\r
 896     {\r
 897       viewport.hideSelectedColumns();\r
 898       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 899     }\r
 900     else if (source == hideSequences\r
 901             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 902     {\r
 903       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 904       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 905     }\r
 906     else if (source == hideAllButSelection)\r
 907     {\r
 908       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 909       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 910     }\r
 911     else if (source == hideAllSelection)\r
 912     {\r
 913       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 914       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 915       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 916       viewport.hideSelectedColumns();\r
 917       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 918     }\r
 919     else if (source == showAllHidden)\r
 920     {\r
 921       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 922       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 923       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 924     }\r
 925     else if (source == showGroupConsensus)\r
 926     {\r
 927       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 928     }\r
 929     else if (source == showGroupConservation)\r
 930     {\r
 931       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 932     }\r
 933     else if (source == showSequenceLogo)\r
 934     {\r
 935       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 936     }\r
 937     else if (source == normSequenceLogo)\r
 938     {\r
 939       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 940     }\r
 941     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 942     {\r
 943       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 944     }\r
 945     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 946     {\r
 947       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 948     }\r
 949     else if (source == featureSettings)\r
 950     {\r
 951       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 952     }\r
 953     else if (source == alProperties)\r
 954     {\r
 955       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 956               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 957       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 958       cap.setText(contents.toString());\r
 959       Frame frame = new Frame();\r
 960       frame.add(cap);\r
 961       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 962               + getTitle(), 400, 250);\r
 963     }\r
 964     else if (source == overviewMenuItem)\r
 965     {\r
 966       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 967     }\r
 968     else if (source == noColourmenuItem)\r
 969     {\r
 970       changeColour(null);\r
 971     }\r
 972     else if (source == clustalColour)\r
 973     {\r
 974       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 975       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(),null));\r
 976     }\r
 977     else if (source == zappoColour)\r
 978     {\r
 979       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 980     }\r
 981     else if (source == taylorColour)\r
 982     {\r
 983       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 984     }\r
 985     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 986     {\r
 987       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 988     }\r
 989     else if (source == helixColour)\r
 990     {\r
 991       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 992     }\r
 993     else if (source == strandColour)\r
 994     {\r
 995       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 996     }\r
 997     else if (source == turnColour)\r
 998     {\r
 999       changeColour(new TurnColourScheme());\r
1000     }\r
1001     else if (source == buriedColour)\r
1002     {\r
1003       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1004     }\r
1005     else if (source == nucleotideColour)\r
1006     {\r
1007       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1008     }\r
1009     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
1010     {\r
1011       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
1012     }\r
1013     else if (source == RNAHelixColour)\r
1014     {\r
1015       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1016     }\r
1017     else if (source == modifyPID)\r
1018     {\r
1019       modifyPID_actionPerformed();\r
1020     }\r
1021     else if (source == modifyConservation)\r
1022     {\r
1023       modifyConservation_actionPerformed();\r
1024     }\r
1025     else if (source == userDefinedColour)\r
1026     {\r
1027       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1028     }\r
1029     else if (source == PIDColour)\r
1030     {\r
1031       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1032     }\r
1033     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1034     {\r
1035       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1036     }\r
1037     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1038         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1039     }\r
1040     else if (source == annotationColour)\r
1041     {\r
1042       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1043     }\r
1044     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1045     {\r
1046       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1047     }\r
1048     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1049     {\r
1050       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1051     }\r
1052     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1053     {\r
1054       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1055     }\r
1056     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1057     {\r
1058       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1059     }\r
1060     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1061     {\r
1062       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1063     }\r
1064     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1065     {\r
1066       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1067     }\r
1068     else if (source == PCAMenuItem)\r
1069     {\r
1070       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1071     }\r
1072     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1073     {\r
1074       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1075     }\r
1076     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1077     {\r
1078       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1079     }\r
1080     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1081     {\r
1082       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1083     }\r
1084     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1085     {\r
1086       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1087     }\r
1088     else if (source == documentation)\r
1089     {\r
1090       documentation_actionPerformed();\r
1091     }\r
1092     else if (source == about)\r
1093     {\r
1094       about_actionPerformed();\r
1095     }\r
1096 \r
1097   }\r
1098 \r
1099   public void inputText_actionPerformed()\r
1100   {\r
1101     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1102     Frame frame = new Frame();\r
1103     frame.add(cap);\r
1104     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1105   }\r
1106 \r
1107   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1108   {\r
1109     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1110     Frame frame = new Frame();\r
1111     frame.add(cap);\r
1112     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1113             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1114     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1115             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1116             viewport.showJVSuffix));\r
1117   }\r
1118 \r
1119   public void loadAnnotations()\r
1120   {\r
1121     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1122     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1123     cap.setAnnotationImport();\r
1124     Frame frame = new Frame();\r
1125     frame.add(cap);\r
1126     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1127 \r
1128   }\r
1129 \r
1130   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1131   {\r
1132     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1133             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1134                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1135                     .getGroups(),\r
1136             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1137 \r
1138     if (displayTextbox)\r
1139     {\r
1140       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1141       Frame frame = new Frame();\r
1142       frame.add(cap);\r
1143       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1144       cap.setText(annotation);\r
1145     }\r
1146 \r
1147     return annotation;\r
1148   }\r
1149 \r
1150   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1151   {\r
1152     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1153     {\r
1154       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1155       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1156       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1157       while (en.hasMoreElements())\r
1158       {\r
1159         Object col = en.nextElement();\r
1160         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1161       }\r
1162       return fcols;\r
1163     }\r
1164     return null;\r
1165   }\r
1166 \r
1167   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1168   {\r
1169     String features;\r
1170     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1171     {\r
1172       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1173               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1174               getDisplayedFeatureCols());\r
1175     }\r
1176     else\r
1177     {\r
1178       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1179               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1180               getDisplayedFeatureCols());\r
1181     }\r
1182 \r
1183     if (displayTextbox)\r
1184     {\r
1185       boolean frimport=false;\r
1186       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1187       {\r
1188         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1189         frimport=true;\r
1190       }\r
1191 \r
1192       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1193       if (frimport)\r
1194       {\r
1195         cap.setAnnotationImport();\r
1196       }\r
1197       Frame frame = new Frame();\r
1198       frame.add(cap);\r
1199       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1200       cap.setText(features);\r
1201     } else {\r
1202       if (features==null)\r
1203         features = "";\r
1204     }\r
1205 \r
1206     return features;\r
1207   }\r
1208 \r
1209   void launchFullApplication()\r
1210   {\r
1211     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1212 \r
1213     url.append("?open="\r
1214             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1215 \r
1216     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1217     {\r
1218       url.append("&features=");\r
1219       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1220     }\r
1221 \r
1222     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1223     {\r
1224       url.append("&annotations=");\r
1225       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1226     }\r
1227 \r
1228     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1229     {\r
1230       url.append("&annotations=");\r
1231       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1232     }\r
1233 \r
1234     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1235     {\r
1236       url.append("&colour="\r
1237               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1238                       .getParameter("defaultColour")));\r
1239     }\r
1240 \r
1241     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1242     {\r
1243       url.append("&colour="\r
1244               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1245                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1246     }\r
1247     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1248     {\r
1249       url.append("&tree="\r
1250               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1251     }\r
1252     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1253     {\r
1254       url.append("&tree="\r
1255               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1256     }\r
1257 \r
1258     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1259   }\r
1260 \r
1261   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1262   {\r
1263     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1264     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1265     {\r
1266       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1267       {\r
1268         sb.append("%20");\r
1269       }\r
1270       else\r
1271       {\r
1272         sb.append(colour.charAt(i));\r
1273       }\r
1274     }\r
1275 \r
1276     return sb.toString();\r
1277   }\r
1278 \r
1279   String appendProtocol(String url)\r
1280   {\r
1281     try\r
1282     {\r
1283       new URL(url);\r
1284       url = URLEncoder.encode(url);\r
1285     }\r
1286     /*\r
1287      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1288      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1289      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1290      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1291      * ex.printStackTrace(); }\r
1292      */\r
1293     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1294     {\r
1295       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1296     }\r
1297     return url;\r
1298   }\r
1299 \r
1300   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1301   {\r
1302     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1303     if (alignPanel.seqPanel!=null && alignPanel.seqPanel.seqCanvas!=null)\r
1304     {\r
1305       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1306     }\r
1307     if (alignPanel.idPanel!=null && alignPanel.idPanel.idCanvas!=null) {\r
1308       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1309     }\r
1310 \r
1311     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1312     {\r
1313       System.exit(0);\r
1314     } else {\r
1315     }\r
1316     viewport = null;\r
1317     alignPanel = null;\r
1318     this.dispose();\r
1319   }\r
1320 \r
1321   /**\r
1322    * TODO: JAL-1104\r
1323    */\r
1324   void updateEditMenuBar()\r
1325   {\r
1326 \r
1327     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1328     {\r
1329       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1330       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1331       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1332     }\r
1333     else\r
1334     {\r
1335       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1336       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1337     }\r
1338 \r
1339     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1340     {\r
1341       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1342 \r
1343       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1344       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1345     }\r
1346     else\r
1347     {\r
1348       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1349       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1350     }\r
1351   }\r
1352 \r
1353   /**\r
1354    * TODO: JAL-1104\r
1355    */\r
1356   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1357   {\r
1358     if (command.getSize() > 0)\r
1359     {\r
1360       viewport.historyList.push(command);\r
1361       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1362       updateEditMenuBar();\r
1363       viewport.updateHiddenColumns();\r
1364     }\r
1365   }\r
1366 \r
1367   /**\r
1368    * TODO: JAL-1104\r
1369    * DOCUMENT ME!\r
1370    *\r
1371    * @param e\r
1372    *          DOCUMENT ME!\r
1373    */\r
1374   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1375   {\r
1376     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1377     {\r
1378       return;\r
1379     }\r
1380 \r
1381     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1382     viewport.redoList.push(command);\r
1383     command.undoCommand(null);\r
1384 \r
1385     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1386     // JBPNote Test\r
1387     if (originalSource!=viewport) {\r
1388       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1389     }\r
1390     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1391     updateEditMenuBar();\r
1392     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1393             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1394   }\r
1395 \r
1396   /**\r
1397    * TODO: JAL-1104\r
1398    * DOCUMENT ME!\r
1399    *\r
1400    * @param e\r
1401    *          DOCUMENT ME!\r
1402    */\r
1403   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1404   {\r
1405     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1406     {\r
1407       return;\r
1408     }\r
1409 \r
1410     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1411     viewport.historyList.push(command);\r
1412     command.doCommand(null);\r
1413 \r
1414     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1415     // JBPNote Test\r
1416     if (originalSource!=viewport) {\r
1417       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1418     }\r
1419     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1420 \r
1421     updateEditMenuBar();\r
1422     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1423             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1424   }\r
1425 \r
1426   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1427   {\r
1428     AlignViewport originalSource = null;\r
1429     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1430     // the property change event FROM the viewport where the\r
1431     // original alignment was altered\r
1432     AlignmentI al = null;\r
1433     if (command instanceof EditCommand)\r
1434     {\r
1435       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1436       al = editCommand.getAlignment();\r
1437       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1438               .getSequenceSetId());\r
1439       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1440       {\r
1441         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1442         {\r
1443           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1444           {\r
1445             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1446             break;\r
1447           }\r
1448         }\r
1449       }\r
1450     }\r
1451 \r
1452     if (originalSource == null)\r
1453     {\r
1454       // The original view is closed, we must validate\r
1455       // the current view against the closed view first\r
1456       if (al != null)\r
1457       {\r
1458         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1459       }\r
1460 \r
1461       originalSource = viewport;\r
1462     }\r
1463 \r
1464     return originalSource;\r
1465   }\r
1466 \r
1467   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1468   {\r
1469     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1470     if (sg == null)\r
1471     {\r
1472       return;\r
1473     }\r
1474     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg, up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1475     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1476   }\r
1477 \r
1478   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1479   {\r
1480     List<SequenceI>sg = new Vector<SequenceI>();\r
1481     if (viewport.cursorMode)\r
1482     {\r
1483       sg.add(viewport.getAlignment()\r
1484               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1485     }\r
1486     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1487             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1488                     .getHeight())\r
1489     {\r
1490       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1491               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1492     }\r
1493 \r
1494     if (sg.size() < 1)\r
1495     {\r
1496       return;\r
1497     }\r
1498 \r
1499     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1500 \r
1501     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1502     {\r
1503       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1504         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1505     }\r
1506 \r
1507     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1508 \r
1509     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup.size()]);\r
1510     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1511       seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
1512 \r
1513     SlideSequencesCommand ssc;\r
1514     if (right)\r
1515       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1516               size, viewport.getGapCharacter());\r
1517     else\r
1518       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1519               size, viewport.getGapCharacter());\r
1520 \r
1521     int groupAdjustment = 0;\r
1522     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1523     {\r
1524       if (viewport.cursorMode)\r
1525         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1526       else\r
1527         groupAdjustment = size;\r
1528     }\r
1529     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1530     {\r
1531       if (viewport.cursorMode)\r
1532         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1533       else\r
1534         groupAdjustment = -size;\r
1535     }\r
1536 \r
1537     if (groupAdjustment != 0)\r
1538     {\r
1539       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1540               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1541       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1542               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1543     }\r
1544 \r
1545     boolean appendHistoryItem = false;\r
1546     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1547             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1548     {\r
1549       appendHistoryItem = ssc\r
1550               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1551                       .peek());\r
1552     }\r
1553 \r
1554     if (!appendHistoryItem)\r
1555       addHistoryItem(ssc);\r
1556 \r
1557     repaint();\r
1558   }\r
1559 \r
1560   static StringBuffer copiedSequences;\r
1561 \r
1562   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1563 \r
1564   protected void copy_actionPerformed()\r
1565   {\r
1566     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1567     {\r
1568       return;\r
1569     }\r
1570 \r
1571     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1572     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1573     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1574     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1575     {\r
1576       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1577       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1578       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1579     }\r
1580 \r
1581     int index = 0, startRes, endRes;\r
1582     char ch;\r
1583 \r
1584     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1585     {\r
1586       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1587       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1588       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1589               .size(); i++)\r
1590       {\r
1591         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1592                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1593 \r
1594         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1595         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1596       }\r
1597     }\r
1598     else\r
1599     {\r
1600       copiedHiddenColumns = null;\r
1601     }\r
1602 \r
1603     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1604     {\r
1605       SequenceI seq = null;\r
1606 \r
1607       while (seq == null)\r
1608       {\r
1609         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1610         {\r
1611           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1612           index++;\r
1613 \r
1614           break;\r
1615         }\r
1616         else\r
1617         {\r
1618           index++;\r
1619         }\r
1620       }\r
1621 \r
1622       // FIND START RES\r
1623       // Returns residue following index if gap\r
1624       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1625 \r
1626       // FIND END RES\r
1627       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1628       endRes = 0;\r
1629 \r
1630       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1631       {\r
1632         ch = seq.getCharAt(j);\r
1633         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1634         {\r
1635           endRes++;\r
1636         }\r
1637       }\r
1638 \r
1639       if (endRes > 0)\r
1640       {\r
1641         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1642       }\r
1643 \r
1644       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1645               + "\t"\r
1646               + startRes\r
1647               + "\t"\r
1648               + endRes\r
1649               + "\t"\r
1650               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1651                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1652     }\r
1653 \r
1654   }\r
1655 \r
1656   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1657   {\r
1658     paste(true);\r
1659   }\r
1660 \r
1661   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1662   {\r
1663     paste(false);\r
1664   }\r
1665 \r
1666   void paste(boolean newAlignment)\r
1667   {\r
1668     try\r
1669     {\r
1670 \r
1671       if (copiedSequences == null)\r
1672       {\r
1673         return;\r
1674       }\r
1675 \r
1676       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1677       Vector seqs = new Vector();\r
1678       while (st.hasMoreElements())\r
1679       {\r
1680         String name = st.nextToken();\r
1681         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1682         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1683         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1684       }\r
1685       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1686       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1687       {\r
1688         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1689       }\r
1690 \r
1691       if (newAlignment)\r
1692       {\r
1693         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1694         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1695         {\r
1696           newtitle = getTitle();\r
1697         }\r
1698         else\r
1699         {\r
1700           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1701         }\r
1702         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1703                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1704         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1705         {\r
1706           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1707           {\r
1708             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1709             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1710           }\r
1711         }\r
1712 \r
1713         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1714                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1715       }\r
1716       else\r
1717       {\r
1718         addSequences(newSeqs);\r
1719       }\r
1720 \r
1721     } catch (Exception ex)\r
1722     {\r
1723     } // could be anything being pasted in here\r
1724 \r
1725   }\r
1726 \r
1727   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1728   {\r
1729     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1730     {\r
1731       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1732     }\r
1733 \r
1734     // !newAlignment\r
1735     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1736             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1737 \r
1738     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1739     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1740     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1741             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1742 \r
1743   }\r
1744 \r
1745   protected void cut_actionPerformed()\r
1746   {\r
1747     copy_actionPerformed();\r
1748     delete_actionPerformed();\r
1749   }\r
1750 \r
1751   protected void delete_actionPerformed()\r
1752   {\r
1753 \r
1754     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1755     if (sg == null)\r
1756     {\r
1757       return;\r
1758     }\r
1759 \r
1760     Vector seqs = new Vector();\r
1761     SequenceI seq;\r
1762     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1763     {\r
1764       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1765       seqs.addElement(seq);\r
1766     }\r
1767 \r
1768     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1769     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1770     {\r
1771       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1772               sg.getEndRes() + 1);\r
1773     }\r
1774 \r
1775     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1776     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1777     {\r
1778       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1779     }\r
1780 \r
1781     /*\r
1782      * //ADD HISTORY ITEM\r
1783      */\r
1784     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1785             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1786             viewport.getAlignment()));\r
1787 \r
1788     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1789     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1790 \r
1791     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1792             .getSequences());\r
1793 \r
1794     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1795     {\r
1796       this.setVisible(false);\r
1797     }\r
1798     viewport.sendSelection();\r
1799   }\r
1800 \r
1801   /**\r
1802    * group consensus toggled\r
1803    *\r
1804    */\r
1805   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1806   {\r
1807     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1808     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1809 \r
1810   }\r
1811 \r
1812   /**\r
1813    * group conservation toggled.\r
1814    */\r
1815   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1816   {\r
1817     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1818     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1819   }\r
1820 \r
1821   /*\r
1822    * (non-Javadoc)\r
1823    *\r
1824    * @see\r
1825    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1826    * .event.ActionEvent)\r
1827    */\r
1828   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1829   {\r
1830     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1831     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1832   }\r
1833   /*\r
1834    * (non-Javadoc)\r
1835    *\r
1836    * @see\r
1837    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1838    * .event.ActionEvent)\r
1839    */\r
1840   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1841   {\r
1842     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1843     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1844   }\r
1845   protected void normSequenceLogo_actionPerformed()\r
1846   {\r
1847     showSequenceLogo.setState(true);\r
1848     viewport.setShowSequenceLogo(true);\r
1849     viewport.setNormaliseSequenceLogo(normSequenceLogo.getState());\r
1850     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1851   }\r
1852 \r
1853   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1854   {\r
1855     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1856   }\r
1857 \r
1858   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1859   {\r
1860     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1861     {\r
1862       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1863               viewport.getSequenceSelection(),\r
1864               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1865                       viewport.getGapCharacter()),\r
1866               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1867       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1868       viewport.sequenceColours = null;\r
1869       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1870       // set view properties for each group\r
1871       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1872       {\r
1873         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1874         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1875         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1876         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1877                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1878         col = col.brighter();\r
1879         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1880           viewport.setSequenceColour(\r
1881                 sq, col)\r
1882           ;\r
1883       }\r
1884       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1885       alignPanel.updateAnnotation();\r
1886       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1887     }\r
1888   }\r
1889 \r
1890   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1891   {\r
1892     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1893     viewport.sequenceColours = null;\r
1894     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1895 \r
1896     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1897   }\r
1898 \r
1899   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1900   {\r
1901     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1902     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1903     {\r
1904       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1905     }\r
1906     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1907     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1908     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1909     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1910     viewport.sendSelection();\r
1911   }\r
1912 \r
1913   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1914   {\r
1915     if (viewport.cursorMode)\r
1916     {\r
1917       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1918       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1919     }\r
1920     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1921     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1922     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1923     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1924     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1925     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1926     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1927     viewport.sendSelection();\r
1928   }\r
1929 \r
1930   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1931   {\r
1932     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1933     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1934     {\r
1935       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1936     }\r
1937 \r
1938     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1939     viewport.sendSelection();\r
1940   }\r
1941 \r
1942   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1943   {\r
1944     viewport.invertColumnSelection();\r
1945     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1946     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1947     viewport.sendSelection();\r
1948   }\r
1949 \r
1950   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1951   {\r
1952     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1953     int column;\r
1954 \r
1955     if (colSel.size() > 0)\r
1956     {\r
1957       if (trimLeft)\r
1958       {\r
1959         column = colSel.getMin();\r
1960       }\r
1961       else\r
1962       {\r
1963         column = colSel.getMax();\r
1964       }\r
1965 \r
1966       SequenceI[] seqs;\r
1967       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1968       {\r
1969         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1970                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1971       }\r
1972       else\r
1973       {\r
1974         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1975       }\r
1976 \r
1977       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1978       if (trimLeft)\r
1979       {\r
1980         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1981                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1982                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1983                 viewport.getSelectionGroup());\r
1984         viewport.setStartRes(0);\r
1985       }\r
1986       else\r
1987       {\r
1988         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1989                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1990                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1991                 viewport.getSelectionGroup());\r
1992       }\r
1993 \r
1994       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1995 \r
1996       addHistoryItem(trimRegion);\r
1997 \r
1998 \r
1999 \r
2000       for (SequenceGroup sg:viewport.getAlignment().getGroups())\r
2001       {\r
2002         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2003                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2004         {\r
2005           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2006         }\r
2007       }\r
2008 \r
2009       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2010               .getAlignment().getSequences());\r
2011     }\r
2012   }\r
2013 \r
2014   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2015   {\r
2016     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2017 \r
2018     SequenceI[] seqs;\r
2019     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2020     {\r
2021       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2022               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2023       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2024       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2025     }\r
2026     else\r
2027     {\r
2028       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2029     }\r
2030 \r
2031     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2032             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2033 \r
2034     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2035 \r
2036     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2037             + " empty columns.");\r
2038 \r
2039     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2040     // of first sequence\r
2041     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2042     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2043     // ShiftList shifts;\r
2044     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2045     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2046     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2047     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2048     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2049     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2050             .getSequences());\r
2051 \r
2052   }\r
2053 \r
2054   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2055   {\r
2056     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2057 \r
2058     SequenceI[] seqs;\r
2059     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2060     {\r
2061       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2062               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2063       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2064       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2065     }\r
2066     else\r
2067     {\r
2068       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2069     }\r
2070 \r
2071     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2072     // of first sequence\r
2073     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2074     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2075 \r
2076     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2077             viewport.getAlignment()));\r
2078 \r
2079     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2080 \r
2081     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2082             .getSequences());\r
2083 \r
2084   }\r
2085 \r
2086   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2087   {\r
2088     new Finder(alignPanel);\r
2089   }\r
2090 \r
2091   /**\r
2092    * create a new view derived from the current view\r
2093    *\r
2094    * @param viewtitle\r
2095    * @return frame for the new view\r
2096    */\r
2097   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2098   {\r
2099     AlignmentI newal;\r
2100     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2101     {\r
2102       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2103               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2104     }\r
2105     else\r
2106     {\r
2107       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2108     }\r
2109 \r
2110     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2111     {\r
2112       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2113       {\r
2114         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2115         {\r
2116           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2117         }\r
2118       }\r
2119     }\r
2120 \r
2121     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2122 \r
2123     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2124     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2125     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2126             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2127 \r
2128     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2129             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2130     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2131             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2132 \r
2133     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2134             .getSequenceSetId());\r
2135     int viewSize = -1;\r
2136     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2137     {\r
2138       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2139       {\r
2140         viewSize++;\r
2141       }\r
2142     }\r
2143 \r
2144     String title = new String(this.getTitle());\r
2145     if (viewtitle != null)\r
2146     {\r
2147       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2148     }\r
2149     else\r
2150     {\r
2151       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2152       {\r
2153         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2154       }\r
2155       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2156     }\r
2157 \r
2158     newaf.setTitle(title.toString());\r
2159 \r
2160     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2161     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2162     return newaf;\r
2163   }\r
2164 \r
2165   /**\r
2166    *\r
2167    * @return list of feature groups on the view\r
2168    */\r
2169   public String[] getFeatureGroups()\r
2170   {\r
2171     FeatureRenderer fr = null;\r
2172     if (alignPanel != null\r
2173             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2174     {\r
2175       return fr.getGroups();\r
2176     }\r
2177     return null;\r
2178   }\r
2179 \r
2180   /**\r
2181    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2182    *\r
2183    * @param visible\r
2184    *          true is visible\r
2185    * @return list\r
2186    */\r
2187   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2188   {\r
2189     FeatureRenderer fr = null;\r
2190     if (alignPanel != null\r
2191             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2192     {\r
2193       return fr.getGroups(visible);\r
2194     }\r
2195     return null;\r
2196   }\r
2197 \r
2198   /**\r
2199    * Change the display state for the given feature groups\r
2200    *\r
2201    * @param groups\r
2202    *          list of group strings\r
2203    * @param state\r
2204    *          visible or invisible\r
2205    */\r
2206   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2207   {\r
2208     FeatureRenderer fr = null;\r
2209     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2210     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2211     if (alignPanel != null\r
2212             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2213     {\r
2214       fr.setGroupState(groups, state);\r
2215       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2216       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2217       {\r
2218         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2219       }\r
2220     }\r
2221   }\r
2222 \r
2223   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2224   {\r
2225     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2226     alignPanel.fontChanged();\r
2227     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2228   }\r
2229 \r
2230   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2231   {\r
2232     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2233     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2234   }\r
2235 \r
2236   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2237   {\r
2238     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2239     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2240   }\r
2241 \r
2242   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2243   {\r
2244     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2245     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2246     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2247     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2248     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2249     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2250   }\r
2251 \r
2252   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2253   {\r
2254     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2255     {\r
2256       return;\r
2257     }\r
2258 \r
2259     Frame frame = new Frame();\r
2260     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2261     frame.add(overview);\r
2262     // +50 must allow for applet frame window\r
2263     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2264             overview.getPreferredSize().width,\r
2265             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2266 \r
2267     frame.pack();\r
2268     final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
2269     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2270     {\r
2271       @Override\r
2272       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2273       {\r
2274         if (ap!=null) {\r
2275           ap.setOverviewPanel(null);\r
2276         }\r
2277       };\r
2278     });\r
2279 \r
2280     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2281 \r
2282   }\r
2283 \r
2284   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2285   {\r
2286     int threshold = 0;\r
2287 \r
2288     if (cs != null)\r
2289     {\r
2290       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2291       {\r
2292         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2293                 "Background");\r
2294 \r
2295         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2296 \r
2297         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2298       }\r
2299       else\r
2300       {\r
2301         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2302       }\r
2303 \r
2304       if (viewport.getConservationSelected())\r
2305       {\r
2306 \r
2307         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2308         Conservation c = new Conservation("All",\r
2309                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2310                 al.getWidth() - 1);\r
2311 \r
2312         c.calculate();\r
2313         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2314 \r
2315         cs.setConservation(c);\r
2316 \r
2317         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2318                 cs, "Background"));\r
2319 \r
2320       }\r
2321       else\r
2322       {\r
2323         cs.setConservation(null);\r
2324       }\r
2325 \r
2326       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2327 \r
2328     }\r
2329     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2330 \r
2331 \r
2332     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2333     {\r
2334       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2335     }\r
2336 \r
2337     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2338             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2339                     alignPanel);\r
2340 \r
2341     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2342   }\r
2343 \r
2344   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2345   {\r
2346     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2347             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2348     {\r
2349       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2350               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2351       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2352     }\r
2353   }\r
2354 \r
2355   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2356   {\r
2357     if (viewport.getConservationSelected()\r
2358             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2359     {\r
2360       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2361               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2362       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2363     }\r
2364   }\r
2365 \r
2366   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2367   {\r
2368     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2369 \r
2370     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2371     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2372 \r
2373     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2374 \r
2375     modifyConservation_actionPerformed();\r
2376   }\r
2377 \r
2378   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2379   {\r
2380     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2381 \r
2382     conservationMenuItem.setState(false);\r
2383     viewport.setConservationSelected(false);\r
2384 \r
2385     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2386 \r
2387     modifyPID_actionPerformed();\r
2388   }\r
2389 \r
2390   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2391   {\r
2392     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2393     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2394             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2395 \r
2396     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2397             viewport.getAlignment()));\r
2398     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2399   }\r
2400 \r
2401   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2402   {\r
2403     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2404     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2405     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2406     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2407   }\r
2408 \r
2409   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2410   {\r
2411     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2412     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2413     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2414             viewport.getAlignment()));\r
2415     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2416   }\r
2417 \r
2418   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2419   {\r
2420     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2421     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2422     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2423             viewport.getAlignment()));\r
2424     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2425 \r
2426   }\r
2427 \r
2428   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2429   {\r
2430     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2431   }\r
2432 \r
2433   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2434   {\r
2435     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2436             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2437     {\r
2438       Frame frame = new Frame();\r
2439       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2440       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2441               500);\r
2442     }\r
2443   }\r
2444 \r
2445   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2446   {\r
2447     // are the sequences aligned?\r
2448     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2449     {\r
2450       SequenceI current;\r
2451       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2452 \r
2453       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2454       {\r
2455         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2456 \r
2457         if (current.getLength() < Width)\r
2458         {\r
2459           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2460         }\r
2461       }\r
2462       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2463     }\r
2464 \r
2465     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2466             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2467             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2468             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2469     {\r
2470       return;\r
2471     }\r
2472 \r
2473     try\r
2474     {\r
2475       new PCAPanel(viewport);\r
2476     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2477     {\r
2478     }\r
2479 \r
2480   }\r
2481 \r
2482   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2483   {\r
2484     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2485   }\r
2486 \r
2487   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2488   {\r
2489     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2490   }\r
2491 \r
2492   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2493   {\r
2494     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2495   }\r
2496 \r
2497   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2498   {\r
2499     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2500   }\r
2501 \r
2502   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2503   {\r
2504     // are the sequences aligned?\r
2505     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2506     {\r
2507       SequenceI current;\r
2508       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2509 \r
2510       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2511       {\r
2512         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2513 \r
2514         if (current.getLength() < Width)\r
2515         {\r
2516           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2517         }\r
2518       }\r
2519       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2520 \r
2521     }\r
2522 \r
2523     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2524             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2525             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2526                     .getHeight() > 1))\r
2527     {\r
2528       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2529 \r
2530       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2531 \r
2532       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2533     }\r
2534   }\r
2535 \r
2536   void loadTree_actionPerformed()\r
2537   {\r
2538     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2539     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2540     cap.setTreeImport();\r
2541     Frame frame = new Frame();\r
2542     frame.add(cap);\r
2543     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2544   }\r
2545 \r
2546   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2547   {\r
2548     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2549     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2550     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2551   }\r
2552 \r
2553   /**\r
2554    * sort the alignment using the given treePanel\r
2555    *\r
2556    * @param treePanel\r
2557    *          tree used to sort view\r
2558    * @param title\r
2559    *          string used for undo event name\r
2560    */\r
2561   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2562   {\r
2563     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2564     AlignmentSorter\r
2565             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2566     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2567     // HistoryItem.SORT));\r
2568     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2569             viewport.getAlignment()));\r
2570     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2571   }\r
2572 \r
2573   /**\r
2574    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2575    * the menu structure for the new tree\r
2576    *\r
2577    * @param treePanel\r
2578    * @param title\r
2579    */\r
2580   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2581           final String title)\r
2582   {\r
2583     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2584     sortByTreeMenu.add(item);\r
2585     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2586     {\r
2587       @Override\r
2588       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2589       {\r
2590         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2591       }\r
2592     });\r
2593 \r
2594     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2595     {\r
2596       @Override\r
2597       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2598       {\r
2599         if (viewport.sortByTree)\r
2600         {\r
2601           sortByTree(treePanel, title);\r
2602         }\r
2603         super.windowOpened(e);\r
2604       }\r
2605 \r
2606       @Override\r
2607       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2608       {\r
2609         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2610       };\r
2611     });\r
2612   }\r
2613   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2614   {\r
2615     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2616     .getSequencesArray();\r
2617     if (viewport.applet.debug)\r
2618     {\r
2619       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2620     }\r
2621     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2622     if (undoname!=null)\r
2623     {\r
2624       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2625     }\r
2626     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2627     return true;\r
2628   }\r
2629 \r
2630   protected void documentation_actionPerformed()\r
2631   {\r
2632     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2633   }\r
2634 \r
2635   protected void about_actionPerformed()\r
2636   {\r
2637 \r
2638     class AboutPanel extends Canvas\r
2639     {\r
2640       String version;\r
2641 \r
2642       String builddate;\r
2643 \r
2644       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2645       {\r
2646         this.version = version;\r
2647         this.builddate = builddate;\r
2648       }\r
2649 \r
2650       @Override\r
2651       public void paint(Graphics g)\r
2652       {\r
2653         g.setColor(Color.white);\r
2654         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2655         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2656         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2657         int fh = fm.getHeight();\r
2658         int y = 5, x = 7;\r
2659         g.setColor(Color.black);\r
2660         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2661         // lite and application\r
2662         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2663         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2664         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2665         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2666         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2667         g.drawString(\r
2668                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2669                 x, y += fh * 1.5);\r
2670         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2671         g.drawString(\r
2672                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2673                 x, y += fh);\r
2674         g.drawString(\r
2675                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2676                 x, y += fh);\r
2677         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2678         g.drawString(\r
2679                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2680                 x, y += fh);\r
2681         g.drawString(\r
2682                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2683                 x, y += fh);\r
2684         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2685                 x, y += fh);\r
2686       }\r
2687     }\r
2688 \r
2689     Frame frame = new Frame();\r
2690     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2691             .getBuildDate()));\r
2692     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2693 \r
2694   }\r
2695 \r
2696   public void showURL(String url, String target)\r
2697   {\r
2698     if (viewport.applet == null)\r
2699     {\r
2700       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2701     }\r
2702     else\r
2703     {\r
2704       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2705     }\r
2706   }\r
2707 \r
2708   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2709   // JBuilder Graphics here\r
2710 \r
2711   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2712 \r
2713   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2714 \r
2715   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2716 \r
2717   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2718 \r
2719   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2720 \r
2721   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2722 \r
2723   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2724 \r
2725   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2726 \r
2727   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2728 \r
2729   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2730 \r
2731   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2732 \r
2733   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2734 \r
2735   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2736 \r
2737   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2738 \r
2739   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2740 \r
2741   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2742 \r
2743   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2744 \r
2745   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2746 \r
2747   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2748 \r
2749   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2750 \r
2751   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2752 \r
2753   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2754 \r
2755   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2756 \r
2757   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2758 \r
2759   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2760 \r
2761   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2762 \r
2763   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2764 \r
2765   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2766 \r
2767   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2768 \r
2769   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2770 \r
2771   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2772 \r
2773   public Label statusBar = new Label();\r
2774 \r
2775   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2776 \r
2777   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2778 \r
2779   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2780 \r
2781   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2782 \r
2783   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2784 \r
2785   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2786 \r
2787   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2788 \r
2789   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2790 \r
2791   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2792 \r
2793   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2794   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2795 \r
2796   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2797 \r
2798   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2799 \r
2800   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2801 \r
2802   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2803 \r
2804   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2805 \r
2806   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2807 \r
2808   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2809 \r
2810   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2811 \r
2812   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2813 \r
2814   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2815 \r
2816   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2817 \r
2818   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2819 \r
2820   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2821 \r
2822   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2823 \r
2824   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2825 \r
2826   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2827 \r
2828   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2829 \r
2830   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2831 \r
2832   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2833 \r
2834   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2835 \r
2836   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2837 \r
2838   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2839 \r
2840   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2841 \r
2842   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2843 \r
2844   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2845 \r
2846   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2847 \r
2848   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2849 \r
2850   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2851 \r
2852   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2853 \r
2854   MenuItem font = new MenuItem();\r
2855 \r
2856   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2857 \r
2858   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2859 \r
2860   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2861 \r
2862   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2863 \r
2864   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2865 \r
2866   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2867           "Autocalculate Consensus", true);\r
2868 \r
2869   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2870           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2871 \r
2872   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2873 \r
2874   Menu sort = new Menu();\r
2875 \r
2876   Menu calculate = new Menu();\r
2877 \r
2878   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2879 \r
2880   Menu helpMenu = new Menu();\r
2881 \r
2882   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2883 \r
2884   MenuItem about = new MenuItem();\r
2885 \r
2886   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2887 \r
2888   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2889 \r
2890   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2891   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2892   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2893   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2894   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2895   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2896   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2897   CheckboxMenuItem normSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
2898 \r
2899   private void jbInit() throws Exception\r
2900   {\r
2901 \r
2902     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2903 \r
2904     MenuItem item;\r
2905 \r
2906     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2907     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2908     {\r
2909 \r
2910       item = new MenuItem(\r
2911               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2912 \r
2913       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2914       {\r
2915         @Override\r
2916         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2917         {\r
2918           outputText_actionPerformed(e);\r
2919         }\r
2920       });\r
2921 \r
2922       outputTextboxMenu.add(item);\r
2923     }\r
2924     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2925     loadApplication.addActionListener(this);\r
2926 \r
2927     loadTree.addActionListener(this);\r
2928     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2929     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2930     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2931     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2932     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2933     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2934     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2935     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2936     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2937     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2938     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2939     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2940     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2941     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2942     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2943     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2944     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2945     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2946     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2947     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2948     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2949     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2950     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2951     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2952     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2953     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2954     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2955     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2956     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2957     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2958     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2959     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2960     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2961     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2962     averageDistanceTreeMenuItem\r
2963             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2964     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2965     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2966     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2967     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2968     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2969     statusBar.setText("Status bar");\r
2970     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2971     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2972 \r
2973     clustalColour.addActionListener(this);\r
2974     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2975     zappoColour.addActionListener(this);\r
2976     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2977     taylorColour.addActionListener(this);\r
2978     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2979     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2980     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2981     helixColour.addActionListener(this);\r
2982     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2983     strandColour.addActionListener(this);\r
2984     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2985     turnColour.addActionListener(this);\r
2986     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2987     buriedColour.addActionListener(this);\r
2988     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
2989     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
2990     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
2991     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
2992     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2993     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2994     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2995     PIDColour.addActionListener(this);\r
2996     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2997     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2998     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
2999     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3000     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3001     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3002     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3003     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3004     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3005     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3006     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3007     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3008     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3009     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3010     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3011     alProperties.addActionListener(this);\r
3012     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3013     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3014     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3015     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3016     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3017     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3018     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3019     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3020     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3021     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3022     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3023     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3024     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3025     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3026     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3027     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3028     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3029     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3030     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3031     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3032     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3033     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3034     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3035     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3036     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3037     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3038     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3039     copy.setLabel("Copy");\r
3040     copy.addActionListener(this);\r
3041     cut.setLabel("Cut");\r
3042     cut.addActionListener(this);\r
3043     delete.setLabel("Delete");\r
3044     delete.addActionListener(this);\r
3045     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3046     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3047     pasteNew.addActionListener(this);\r
3048     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3049     pasteThis.addActionListener(this);\r
3050     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3051     applyToAllGroups.setState(true);\r
3052     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3053     font.setLabel("Font...");\r
3054     font.addActionListener(this);\r
3055     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3056     scaleAbove.setState(true);\r
3057     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3058     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3059     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3060     scaleLeft.setState(true);\r
3061     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3062     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3063     scaleRight.setEnabled(false);\r
3064     scaleRight.setState(true);\r
3065     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3066     scaleRight.addItemListener(this);\r
3067     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3068     modifyPID.addActionListener(this);\r
3069     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3070     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3071     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3072     sort.setLabel("Sort");\r
3073     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3074     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3075     sortByTree.addItemListener(this);\r
3076     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3077     inputText.addActionListener(this);\r
3078     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3079     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3080     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3081     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3082     helpMenu.setLabel("Help");\r
3083     documentation.setLabel("Documentation");\r
3084     documentation.addActionListener(this);\r
3085 \r
3086     about.setLabel("About...");\r
3087     about.addActionListener(this);\r
3088     seqLimits.setState(true);\r
3089     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3090     seqLimits.addItemListener(this);\r
3091     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3092     featureSettings.addActionListener(this);\r
3093     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3094     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3095     sequenceFeatures.setState(false);\r
3096     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3097     annotationColour.addActionListener(this);\r
3098     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3099     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3100     menu1.setLabel("Show");\r
3101     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3102     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3103     menu2.setLabel("Hide");\r
3104     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3105     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3106     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3107     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3108     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3109     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3110     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3111     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3112     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3113     normSequenceLogo.setLabel("Normalise Consensus Logo");\r
3114     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3115     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3116     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3117 \r
3118     invertColSel.addActionListener(this);\r
3119     showColumns.addActionListener(this);\r
3120     showSeqs.addActionListener(this);\r
3121     hideColumns.addActionListener(this);\r
3122     hideSequences.addActionListener(this);\r
3123     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3124     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3125     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3126     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3127     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3128     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3129     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3130     normSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3131     \r
3132     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3133     formatMenu.setLabel("Format");\r
3134     selectMenu.setLabel("Select");\r
3135     newView.setLabel("New View");\r
3136     newView.addActionListener(this);\r
3137     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3138     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3139     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3140     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3141     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3142     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3143     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3144     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3145 \r
3146     fileMenu.add(inputText);\r
3147     fileMenu.add(loadTree);\r
3148     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3149 \r
3150     fileMenu.addSeparator();\r
3151     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3152     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3153     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3154 \r
3155     if (jalviewServletURL != null)\r
3156     {\r
3157       fileMenu.add(loadApplication);\r
3158     }\r
3159 \r
3160     fileMenu.addSeparator();\r
3161     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3162 \r
3163     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3164     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3165     editMenu.add(cut);\r
3166     editMenu.add(copy);\r
3167     editMenu.add(pasteMenu);\r
3168     editMenu.add(delete);\r
3169     editMenu.addSeparator();\r
3170     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3171     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3172     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3173     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3174     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3175     viewMenu.add(newView);\r
3176     viewMenu.addSeparator();\r
3177     viewMenu.add(menu1);\r
3178     viewMenu.add(menu2);\r
3179     viewMenu.addSeparator();\r
3180     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3181     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3182     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3183     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3184     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3185     autoAnnMenu.add(normSequenceLogo);\r
3186     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3187     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3188     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3189     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3190     viewMenu.addSeparator();\r
3191     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3192     viewMenu.add(featureSettings);\r
3193     viewMenu.addSeparator();\r
3194     viewMenu.add(alProperties);\r
3195     viewMenu.addSeparator();\r
3196     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3197     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3198     colourMenu.addSeparator();\r
3199     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3200     colourMenu.add(clustalColour);\r
3201     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3202     colourMenu.add(PIDColour);\r
3203     colourMenu.add(zappoColour);\r
3204     colourMenu.add(taylorColour);\r
3205     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3206     colourMenu.add(helixColour);\r
3207     colourMenu.add(strandColour);\r
3208     colourMenu.add(turnColour);\r
3209     colourMenu.add(buriedColour);\r
3210     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3211     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3212     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3213     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3214     colourMenu.addSeparator();\r
3215     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3216     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3217     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3218     colourMenu.add(modifyPID);\r
3219     colourMenu.add(annotationColour);\r
3220     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3221     calculateMenu.add(sort);\r
3222     calculateMenu.add(calculate);\r
3223     calculateMenu.addSeparator();\r
3224     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3225     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3226     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3227     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3228     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3229     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3230     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3231     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3232     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3233     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3234     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3235     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3236     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3237     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3238     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3239     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3240     helpMenu.add(documentation);\r
3241     helpMenu.add(about);\r
3242     menu1.add(showColumns);\r
3243     menu1.add(showSeqs);\r
3244     menu1.add(showAllHidden);\r
3245     menu2.add(hideColumns);\r
3246     menu2.add(hideSequences);\r
3247     menu2.add(hideAllSelection);\r
3248     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3249     formatMenu.add(font);\r
3250     formatMenu.add(seqLimits);\r
3251     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3252     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3253     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3254     formatMenu.add(scaleRight);\r
3255     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3256     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3257     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3258     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3259     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3260     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3261     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3262     selectMenu.addSeparator();\r
3263     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3264     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3265     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3266     selectMenu.add(invertColSel);\r
3267     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3268     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3269 \r
3270   }\r
3271 \r
3272   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3273 \r
3274   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3275 \r
3276   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3277 \r
3278   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3279 \r
3280   Menu menu1 = new Menu();\r
3281 \r
3282   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3283 \r
3284   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3285 \r
3286   Menu menu2 = new Menu();\r
3287 \r
3288   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3289 \r
3290   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3291 \r
3292   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3293 \r
3294   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3295 \r
3296   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3297 \r
3298   Menu formatMenu = new Menu();\r
3299 \r
3300   Menu selectMenu = new Menu();\r
3301 \r
3302   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3303 \r
3304   /**\r
3305    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3306    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3307    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3308    *\r
3309    * @param reallyEmbedded\r
3310    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3311    *          in a new window\r
3312    */\r
3313   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3314   {\r
3315     if (reallyEmbedded)\r
3316     {\r
3317       // ////\r
3318       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3319       //\r
3320       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3321       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3322       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3323       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3324               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3325       // and actually add the components to the applet area\r
3326       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3327       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3328       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3329       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3330               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3331                       - statusBar.HEIGHT);\r
3332       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3333       final AlignFrame me = this;\r
3334       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3335       {\r
3336 \r
3337         @Override\r
3338         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3339         {\r
3340           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3341                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3342         }}\r
3343 \r
3344         @Override\r
3345         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3346         {\r
3347           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3348         }\r
3349       });\r
3350       viewport.applet.validate();\r
3351     }\r
3352     else\r
3353     {\r
3354       // //////\r
3355       // test and embed menu bar if necessary.\r
3356       //\r
3357       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3358       {\r
3359         // adjust for status bar height too\r
3360         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3361                 - statusBar.HEIGHT);\r
3362       }\r
3363       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3364       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3365       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3366       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3367               DEFAULT_HEIGHT);\r
3368     }\r
3369   }\r
3370 \r
3371   /**\r
3372    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3373    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3374    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3375    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3376    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3377    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3378    *\r
3379    * @param viewer\r
3380    *          JmolViewer instance\r
3381    * @param sequenceIds\r
3382    *          - sequence Ids to search for associations\r
3383    */\r
3384   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3385           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3386   {\r
3387     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3388     try\r
3389     {\r
3390       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3391     } catch (ClassCastException ex)\r
3392     {\r
3393       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3394               + jmolviewer.getClass());\r
3395     }\r
3396     if (viewer == null)\r
3397     {\r
3398       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3399               + jmolviewer.getClass());\r
3400       return null;\r
3401     }\r
3402     SequenceI[] seqs = null;\r
3403     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3404     {\r
3405       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3406     }\r
3407     else\r
3408     {\r
3409       Vector sqi = new Vector();\r
3410       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3411       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3412       {\r
3413         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3414         if (sq != null)\r
3415         {\r
3416           sqi.addElement(sq);\r
3417         }\r
3418       }\r
3419       if (sqi.size() > 0)\r
3420       {\r
3421         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3422         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3423         {\r
3424           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3425         }\r
3426       }\r
3427       else\r
3428       {\r
3429         return null;\r
3430       }\r
3431     }\r
3432     ExtJmol jmv = null;\r
3433     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3434     if (jmv == null)\r
3435     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3436       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3437     }\r
3438     return jmv;\r
3439 \r
3440   }\r
3441   /**\r
3442    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3443    *\r
3444    * @param sequenceId\r
3445    *          - sequenceId within the dataset.\r
3446    * @param pdbEntryString\r
3447    *          - the short name for the PDB file\r
3448    * @param pdbFile\r
3449    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3450    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3451    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3452    *         fails.\r
3453    */\r
3454   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3455           String pdbFile)\r
3456   {\r
3457     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3458     boolean needtoadd = false;\r
3459     if (toaddpdb != null)\r
3460     {\r
3461       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3462       PDBEntry pdbentry = null;\r
3463       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3464       {\r
3465         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3466         {\r
3467           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3468           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3469                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3470           {\r
3471             pdbentry = null;\r
3472           }\r
3473           else\r
3474           {\r
3475             continue;\r
3476           }\r
3477         }\r
3478       }\r
3479       if (pdbentry == null)\r
3480       {\r
3481         pdbentry = new PDBEntry();\r
3482         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3483         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3484         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3485       }\r
3486       // resolve data source\r
3487       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3488       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3489       if (protocol == null)\r
3490       {\r
3491         return false;\r
3492       }\r
3493       if (needtoadd)\r
3494       {\r
3495         // make a note of the access mode and add\r
3496         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3497         {\r
3498           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3499         }\r
3500         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3501         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3502       }\r
3503     }\r
3504     return true;\r
3505   }\r
3506 \r
3507   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3508   {\r
3509     if (seqs != null)\r
3510     {\r
3511       Vector sequences = new Vector();\r
3512       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3513       {\r
3514         if (seqs[i] != null)\r
3515         {\r
3516           sequences.addElement(new Object[]\r
3517           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3518         }\r
3519       }\r
3520       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3521       chains = new String[sequences.size()];\r
3522       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3523       {\r
3524         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3525 \r
3526         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3527         chains[i] = (String) oj[1];\r
3528       }\r
3529     }\r
3530     return new Object[]\r
3531     { seqs, chains };\r
3532 \r
3533   }\r
3534 \r
3535   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3536           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3537   {\r
3538     // Scrub any null sequences from the array\r
3539     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3540     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3541     chains = (String[]) sqch[1];\r
3542     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3543     {\r
3544       System.err\r
3545               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3546     }\r
3547     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3548             || protocol.equals("null"))\r
3549     {\r
3550       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3551       if (protocol == null)\r
3552       {\r
3553         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3554                 + pdb.getId());\r
3555         return;\r
3556       }\r
3557     }\r
3558     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3559     {\r
3560       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3561       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3562         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3563       }\r
3564       return;\r
3565     }\r
3566     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3567     {\r
3568       // can only do alignments with Jmol\r
3569       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3570       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3571       Vector jmols = applet\r
3572               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3573       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3574       {\r
3575         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3576         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3577         {\r
3578           ajm = tajm;\r
3579           break;\r
3580         }\r
3581       }\r
3582       if (ajm != null)\r
3583       {\r
3584         System.err\r
3585                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3586         // try and add the pdb structure\r
3587         // ajm.addS\r
3588         ajm = null;\r
3589       }\r
3590     }\r
3591     // otherwise, create a new window\r
3592     if (applet.jmolAvailable)\r
3593     {\r
3594       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3595               protocol);\r
3596       applet.lastFrameX += 40;\r
3597       applet.lastFrameY += 40;\r
3598     }\r
3599     else\r
3600     {\r
3601       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3602     }\r
3603 \r
3604   }\r
3605 \r
3606   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3607           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3608   {\r
3609     // TODO Auto-generated method stub\r
3610     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3611   }\r
3612 \r
3613   /**\r
3614    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3615    * @param sel - sequences from this alignment\r
3616    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3617    */\r
3618   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3619   {\r
3620     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3621   }\r
3622 \r
3623   public void scrollTo(int row, int column)\r
3624   {\r
3625     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
3626   }\r
3627   public void scrollToRow(int row)\r
3628   {\r
3629     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
3630   }\r
3631   public void scrollToColumn(int column)\r
3632   {\r
3633     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
3634   }\r
3635   /**\r
3636    * @return the alignments unique ID.\r
3637    */\r
3638   public String getSequenceSetId() {\r
3639     return viewport.getSequenceSetId();\r
3640   }\r
3641 \r
3642 \r
3643   /**\r
3644    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
3645    *\r
3646    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3647    * @throws IOException\r
3648    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3649    */\r
3650   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException {\r
3651 \r
3652     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3653           if( !file.isValid()) {\r
3654             // TODO: raise dialog for gui\r
3655             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3656             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3657             return false;\r
3658           }\r
3659 \r
3660           /*\r
3661            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3662            */\r
3663           AlignmentI aln;\r
3664           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3665             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3666             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3667 \r
3668           }\r
3669 \r
3670            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3671           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3672           {\r
3673             alignPanel.fontChanged();\r
3674             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3675                   // switch to this color\r
3676                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3677                   return true;\r
3678           } else {\r
3679             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3680             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3681               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3682             }\r
3683           }\r
3684           return false;\r
3685   }\r
3686 \r
3687 \r
3688 }\r