src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import java.net.*;\r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  28 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  29 import jalview.commands.*;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  34 \r
  35 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
  36         ItemListener, KeyListener\r
  37 {\r
  38   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  39 \r
  40   public AlignViewport viewport;\r
  41 \r
  42   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
  43 \r
  44   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
  45 \r
  46   String jalviewServletURL;\r
  47 \r
  48   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,\r
  49           String title, boolean embedded)\r
  50   {\r
  51 \r
  52     if (applet != null)\r
  53     {\r
  54       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
  55     }\r
  56 \r
  57     try\r
  58     {\r
  59       jbInit();\r
  60     } catch (Exception ex)\r
  61     {\r
  62       ex.printStackTrace();\r
  63     }\r
  64 \r
  65     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
  66     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  67 \r
  68     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
  69     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
  70 \r
  71     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
  72     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
  73     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
  74     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
  75     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
  76     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
  77     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
  78 \r
  79     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
  80 \r
  81     if (applet != null)\r
  82     {\r
  83       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
  84       if (param != null)\r
  85       {\r
  86         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
  87         {\r
  88           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
  89         }\r
  90         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
  91         {\r
  92           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
  93         }\r
  94         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
  95         {\r
  96           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
  97         }\r
  98       }\r
  99 \r
 100       param = applet.getParameter("wrap");\r
 101       if (param != null)\r
 102       {\r
 103         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 104         {\r
 105           wrapMenuItem.setState(true);\r
 106           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 107         }\r
 108       }\r
 109       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 110       if (param != null)\r
 111       {\r
 112         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 113         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 114       }\r
 115       try\r
 116       {\r
 117         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 118         if (param != null)\r
 119         {\r
 120           int width = Integer.parseInt(param);\r
 121           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 122         }\r
 123         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 124         if (param != null)\r
 125         {\r
 126           int height = Integer.parseInt(param);\r
 127           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 128         }\r
 129       } catch (Exception ex)\r
 130       {\r
 131       }\r
 132 \r
 133     }\r
 134 \r
 135     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 136     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 137     // now\r
 138     this.addKeyListener(this);\r
 139     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 140     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 141     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 142     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 143     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 144     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 145     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 146     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 147 \r
 148     validate();\r
 149     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 150     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 154   {\r
 155     return viewport;\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 159   {\r
 160     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 161   }\r
 162 \r
 163   /**\r
 164    * Load a features file onto the alignment\r
 165    * \r
 166    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 167    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 168    */\r
 169 \r
 170   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 171   {\r
 172     parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 173   }\r
 174   \r
 175   /**\r
 176    * Load a features file onto the alignment\r
 177    * \r
 178    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 179    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 180    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 181    */\r
 182   public void parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 183   {    \r
 184     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 185     boolean featuresFile = false;\r
 186     try\r
 187     {\r
 188       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 189               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 190                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 191                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 192     } catch (Exception ex)\r
 193     {\r
 194       ex.printStackTrace();\r
 195     }\r
 196 \r
 197     if (featuresFile)\r
 198     {\r
 199       if (featureLinks.size() > 0)\r
 200       {\r
 201         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 202       }\r
 203       if (autoenabledisplay)\r
 204       {\r
 205         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 206         sequenceFeatures.setState(true);\r
 207       }\r
 208       if (viewport.featureSettings != null)\r
 209       {\r
 210         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 211       }\r
 212       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 213     }\r
 214 \r
 215   }\r
 216 \r
 217   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 218   {\r
 219     if (viewport.cursorMode\r
 220             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 221                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 222                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 223             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 224       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 225 \r
 226     switch (evt.getKeyCode())\r
 227     {\r
 228     case 27: // escape key\r
 229       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 230       \r
 231       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 232       break;\r
 233     case KeyEvent.VK_X:\r
 234       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 235       {\r
 236         cut_actionPerformed();\r
 237       }\r
 238       break;\r
 239     case KeyEvent.VK_C:\r
 240       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 241       {\r
 242         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 243       }\r
 244       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 245       {\r
 246         copy_actionPerformed();\r
 247       }\r
 248       break;\r
 249     case KeyEvent.VK_V:\r
 250       if (evt.isControlDown())\r
 251       {\r
 252         paste(evt.isShiftDown());\r
 253       }\r
 254       break;\r
 255     case KeyEvent.VK_A:\r
 256       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 257       {\r
 258         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 259       }\r
 260       break;\r
 261     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 262       if (viewport.cursorMode)\r
 263       {\r
 264         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 265       }\r
 266       else\r
 267       {\r
 268         moveSelectedSequences(false);\r
 269       }\r
 270       break;\r
 271 \r
 272     case KeyEvent.VK_UP:\r
 273       if (viewport.cursorMode)\r
 274       {\r
 275         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 276       }\r
 277       else\r
 278       {\r
 279         moveSelectedSequences(true);\r
 280       }\r
 281       break;\r
 282 \r
 283     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 284       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 285         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 286       else\r
 287         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 288       break;\r
 289 \r
 290     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 291       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 292         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 293       else\r
 294         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 295       break;\r
 296 \r
 297     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 298       if (viewport.cursorMode)\r
 299       {\r
 300         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 301                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 302       }\r
 303       break;\r
 304 \r
 305     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 306     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 307       if (viewport.cursorMode)\r
 308       {\r
 309         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 310                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 311       }\r
 312       else\r
 313       {\r
 314         cut_actionPerformed();\r
 315         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 316       }\r
 317       break;\r
 318 \r
 319     case KeyEvent.VK_S:\r
 320       if (viewport.cursorMode)\r
 321       {\r
 322         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 323       }\r
 324       break;\r
 325     case KeyEvent.VK_P:\r
 326       if (viewport.cursorMode)\r
 327       {\r
 328         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 329       }\r
 330       break;\r
 331 \r
 332     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 333     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 334       if (viewport.cursorMode)\r
 335       {\r
 336         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 337       }\r
 338       break;\r
 339 \r
 340     case KeyEvent.VK_Q:\r
 341       if (viewport.cursorMode)\r
 342       {\r
 343         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 344       }\r
 345       break;\r
 346     case KeyEvent.VK_M:\r
 347       if (viewport.cursorMode)\r
 348       {\r
 349         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 350       }\r
 351       break;\r
 352 \r
 353     case KeyEvent.VK_F2:\r
 354       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 355       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 356               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 357       if (viewport.cursorMode)\r
 358       {\r
 359         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 360         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 361       }\r
 362       break;\r
 363 \r
 364     case KeyEvent.VK_F:\r
 365       if (evt.isControlDown())\r
 366       {\r
 367         findMenuItem_actionPerformed();\r
 368       }\r
 369       break;\r
 370 \r
 371     case KeyEvent.VK_H:\r
 372     {\r
 373       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 374       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 375       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 376       break;\r
 377     }\r
 378 \r
 379     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 380       if (viewport.wrapAlignment)\r
 381       {\r
 382         alignPanel.scrollUp(true);\r
 383       }\r
 384       else\r
 385       {\r
 386         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 387                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 388       }\r
 389       break;\r
 390 \r
 391     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 392       if (viewport.wrapAlignment)\r
 393       {\r
 394         alignPanel.scrollUp(false);\r
 395       }\r
 396       else\r
 397       {\r
 398         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 399                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 400       }\r
 401       break;\r
 402 \r
 403     case KeyEvent.VK_Z:\r
 404       if (evt.isControlDown())\r
 405       {\r
 406         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 407       }\r
 408       break;\r
 409 \r
 410     case KeyEvent.VK_Y:\r
 411       if (evt.isControlDown())\r
 412       {\r
 413         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 414       }\r
 415       break;\r
 416 \r
 417     case KeyEvent.VK_L:\r
 418       if (evt.isControlDown())\r
 419       {\r
 420         trimAlignment(true);\r
 421       }\r
 422       break;\r
 423 \r
 424     case KeyEvent.VK_R:\r
 425       if (evt.isControlDown())\r
 426       {\r
 427         trimAlignment(false);\r
 428       }\r
 429       break;\r
 430 \r
 431     case KeyEvent.VK_E:\r
 432       if (evt.isControlDown())\r
 433       {\r
 434         if (evt.isShiftDown())\r
 435         {\r
 436           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 437         }\r
 438         else\r
 439         {\r
 440           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 441         }\r
 442       }\r
 443       break;\r
 444     case KeyEvent.VK_I:\r
 445       if (evt.isControlDown())\r
 446       {\r
 447         if (evt.isAltDown())\r
 448         {\r
 449           invertColSel_actionPerformed();\r
 450         }\r
 451         else\r
 452         {\r
 453           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 454         }\r
 455       }\r
 456       break;\r
 457 \r
 458     case KeyEvent.VK_U:\r
 459       if (evt.isControlDown())\r
 460       {\r
 461         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 462       }\r
 463       break;\r
 464 \r
 465     case KeyEvent.VK_T:\r
 466       if (evt.isControlDown())\r
 467       {\r
 468         newView(null);\r
 469       }\r
 470       break;\r
 471 \r
 472     }\r
 473     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 474   }\r
 475 \r
 476   /**\r
 477    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 478    * \r
 479    * @param toggleSeqs\r
 480    * @param toggleCols\r
 481    */\r
 482   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 483   {\r
 484     boolean hide = false;\r
 485     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 486     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 487     {\r
 488       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 489       // invert and then hide\r
 490       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 491       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 492               .getSelected().size() > 0)\r
 493               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 494                       .getEndRes()))\r
 495       {\r
 496         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 497         // that no hiding is required.\r
 498         if (sg != null)\r
 499         {\r
 500           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 501           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 502           toggleSeqs = true;\r
 503 \r
 504         }\r
 505         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 506         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 507         // selection and indicate it should be hidden.\r
 508         invertColSel_actionPerformed();\r
 509         toggleCols = true;\r
 510       }\r
 511     }\r
 512 \r
 513     if (toggleSeqs)\r
 514     {\r
 515       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 516       {\r
 517         hide = true;\r
 518         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 519       }\r
 520       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 521       {\r
 522         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 523       }\r
 524     }\r
 525 \r
 526     if (toggleCols)\r
 527     {\r
 528       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 529       {\r
 530         viewport.hideSelectedColumns();\r
 531         if (!toggleSeqs)\r
 532         {\r
 533           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 534         }\r
 535       }\r
 536       else if (!hide)\r
 537       {\r
 538         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 539       }\r
 540     }\r
 541   }\r
 542 \r
 543   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 544   {\r
 545   }\r
 546 \r
 547   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 548   {\r
 549   }\r
 550 \r
 551   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 552   {\r
 553     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 554     {\r
 555       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 556     }\r
 557     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 558     {\r
 559       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 560     }\r
 561     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 562     {\r
 563       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 564     }\r
 565     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 566     {\r
 567       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 568     }\r
 569     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 570     {\r
 571       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 572     }\r
 573     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 574     {\r
 575       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 576     }\r
 577     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 578     {\r
 579       seqLimits_itemStateChanged();\r
 580     }\r
 581     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 582     {\r
 583       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 584     }\r
 585     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 586     {\r
 587       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 588     }\r
 589     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 590     {\r
 591       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 592     }\r
 593     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 594     {\r
 595       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 596       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 597     }\r
 598     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 599     {\r
 600       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 601       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 602     }\r
 603     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 604     {\r
 605       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 606     }\r
 607     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 608     {\r
 609       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 610     }\r
 611     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 612     {\r
 613       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 614     }\r
 615     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 616     {\r
 617       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 618     }\r
 619     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 620     {\r
 621       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 622     }\r
 623     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 624     {\r
 625       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 626     }\r
 627     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 628     {\r
 629       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 630     }\r
 631     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 632     {\r
 633       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 634     }\r
 635     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 636     {\r
 637       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 638     }\r
 639     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 640     {\r
 641       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 642     }\r
 643     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 644     {\r
 645       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 646     }\r
 647     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 648     {\r
 649       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 650     }\r
 651     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 652   }\r
 653 \r
 654   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 655   {\r
 656     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 657     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 658     // searchresults.\r
 659   }\r
 660 \r
 661   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 662   {\r
 663     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 664     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 665   }\r
 666 \r
 667   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 668   {\r
 669     Object source = evt.getSource();\r
 670 \r
 671     if (source == inputText)\r
 672     {\r
 673       inputText_actionPerformed();\r
 674     }\r
 675     else if (source == loadTree)\r
 676     {\r
 677       loadTree_actionPerformed();\r
 678     }\r
 679     else if (source == loadApplication)\r
 680     {\r
 681       launchFullApplication();\r
 682     }\r
 683     else if (source == loadAnnotations)\r
 684     {\r
 685       loadAnnotations();\r
 686     }\r
 687     else if (source == outputAnnotations)\r
 688     {\r
 689       outputAnnotations(true);\r
 690     }\r
 691     else if (source == outputFeatures)\r
 692     {\r
 693       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 694     }\r
 695     else if (source == closeMenuItem)\r
 696     {\r
 697       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 698     }\r
 699     else if (source == copy)\r
 700     {\r
 701       copy_actionPerformed();\r
 702     }\r
 703     else if (source == undoMenuItem)\r
 704     {\r
 705       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 706     }\r
 707     else if (source == redoMenuItem)\r
 708     {\r
 709       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 710     }\r
 711     else if (source == inputText)\r
 712     {\r
 713       inputText_actionPerformed();\r
 714     }\r
 715     else if (source == closeMenuItem)\r
 716     {\r
 717       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 718     }\r
 719     else if (source == undoMenuItem)\r
 720     {\r
 721       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 722     }\r
 723     else if (source == redoMenuItem)\r
 724     {\r
 725       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 726     }\r
 727     else if (source == copy)\r
 728     {\r
 729       copy_actionPerformed();\r
 730     }\r
 731     else if (source == pasteNew)\r
 732     {\r
 733       pasteNew_actionPerformed();\r
 734     }\r
 735     else if (source == pasteThis)\r
 736     {\r
 737       pasteThis_actionPerformed();\r
 738     }\r
 739     else if (source == cut)\r
 740     {\r
 741       cut_actionPerformed();\r
 742     }\r
 743     else if (source == delete)\r
 744     {\r
 745       delete_actionPerformed();\r
 746     }\r
 747     else if (source == grpsFromSelection)\r
 748     {\r
 749       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 750     }\r
 751     else if (source == deleteGroups)\r
 752     {\r
 753       deleteGroups_actionPerformed();\r
 754     }\r
 755     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 756     {\r
 757       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 758     }\r
 759     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 760     {\r
 761       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 762     }\r
 763     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 764     {\r
 765       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 766     }\r
 767     else if (source == invertColSel)\r
 768     {\r
 769       viewport.invertColumnSelection();\r
 770       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 771     }\r
 772     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 773     {\r
 774       trimAlignment(true);\r
 775     }\r
 776     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 777     {\r
 778       trimAlignment(false);\r
 779     }\r
 780     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 781     {\r
 782       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 783     }\r
 784     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 785     {\r
 786       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 787     }\r
 788     else if (source == findMenuItem)\r
 789     {\r
 790       findMenuItem_actionPerformed();\r
 791     }\r
 792     else if (source == font)\r
 793     {\r
 794       new FontChooser(alignPanel);\r
 795     }\r
 796     else if (source == newView)\r
 797     {\r
 798       newView(null);\r
 799     }\r
 800     else if (source == showColumns)\r
 801     {\r
 802       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 803       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 804     }\r
 805     else if (source == showSeqs)\r
 806     {\r
 807       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 808       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 809     }\r
 810     else if (source == hideColumns)\r
 811     {\r
 812       viewport.hideSelectedColumns();\r
 813       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 814     }\r
 815     else if (source == hideSequences\r
 816             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 817     {\r
 818       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 819       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 820     }\r
 821     else if (source == hideAllButSelection)\r
 822     {\r
 823       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 824       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 825     }\r
 826     else if (source == hideAllSelection)\r
 827     {\r
 828       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 829       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 830       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 831       viewport.hideSelectedColumns();\r
 832       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 833     }\r
 834     else if (source == showAllHidden)\r
 835     {\r
 836       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 837       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 838       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 839     }\r
 840     else if (source == showGroupConsensus)\r
 841     {\r
 842       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 843     }\r
 844     else if (source == showGroupConservation)\r
 845     {\r
 846       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 847     }\r
 848     else if (source == showSequenceLogo)\r
 849     {\r
 850       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 851     }\r
 852     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 853     {\r
 854       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 855     }\r
 856     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 857     {\r
 858       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 859     }\r
 860     else if (source == featureSettings)\r
 861     {\r
 862       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 863     }\r
 864     else if (source == alProperties)\r
 865     {\r
 866       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 867               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 868       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 869       cap.setText(contents.toString());\r
 870       Frame frame = new Frame();\r
 871       frame.add(cap);\r
 872       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 873               + getTitle(), 400, 250);\r
 874     }\r
 875     else if (source == overviewMenuItem)\r
 876     {\r
 877       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 878     }\r
 879     else if (source == noColourmenuItem)\r
 880     {\r
 881       changeColour(null);\r
 882     }\r
 883     else if (source == clustalColour)\r
 884     {\r
 885       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 886       changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
 887               viewport.getAlignment().getSequences(),\r
 888               viewport.getAlignment().getWidth()));\r
 889     }\r
 890     else if (source == zappoColour)\r
 891     {\r
 892       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 893     }\r
 894     else if (source == taylorColour)\r
 895     {\r
 896       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 897     }\r
 898     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 899     {\r
 900       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 901     }\r
 902     else if (source == helixColour)\r
 903     {\r
 904       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 905     }\r
 906     else if (source == strandColour)\r
 907     {\r
 908       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 909     }\r
 910     else if (source == turnColour)\r
 911     {\r
 912       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 913     }\r
 914     else if (source == buriedColour)\r
 915     {\r
 916       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 917     }\r
 918     else if (source == nucleotideColour)\r
 919     {\r
 920       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 921     }\r
 922     else if (source == modifyPID)\r
 923     {\r
 924       modifyPID_actionPerformed();\r
 925     }\r
 926     else if (source == modifyConservation)\r
 927     {\r
 928       modifyConservation_actionPerformed();\r
 929     }\r
 930     else if (source == userDefinedColour)\r
 931     {\r
 932       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
 933     }\r
 934     else if (source == PIDColour)\r
 935     {\r
 936       changeColour(new PIDColourScheme());\r
 937     }\r
 938     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 939     {\r
 940       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
 941     }\r
 942     else if (source == annotationColour)\r
 943     {\r
 944       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
 945     }\r
 946     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
 947     {\r
 948       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 949     }\r
 950     else if (source == sortIDMenuItem)\r
 951     {\r
 952       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 953     }\r
 954     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
 955     {\r
 956       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 957     }\r
 958     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
 959     {\r
 960       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 961     }\r
 962     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
 963     {\r
 964       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
 965     }\r
 966     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
 967     {\r
 968       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
 969     }\r
 970     else if (source == PCAMenuItem)\r
 971     {\r
 972       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
 973     }\r
 974     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
 975     {\r
 976       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 977     }\r
 978     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
 979     {\r
 980       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 981     }\r
 982     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
 983     {\r
 984       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 985     }\r
 986     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
 987     {\r
 988       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 989     }\r
 990     else if (source == documentation)\r
 991     {\r
 992       documentation_actionPerformed();\r
 993     }\r
 994     else if (source == about)\r
 995     {\r
 996       about_actionPerformed();\r
 997     }\r
 998 \r
 999   }\r
1000 \r
1001   public void inputText_actionPerformed()\r
1002   {\r
1003     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1004     Frame frame = new Frame();\r
1005     frame.add(cap);\r
1006     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1007   }\r
1008 \r
1009   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1010   {\r
1011     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1012     Frame frame = new Frame();\r
1013     frame.add(cap);\r
1014     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1015             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1016     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1017             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1018             viewport.showJVSuffix));\r
1019   }\r
1020 \r
1021   public void loadAnnotations()\r
1022   {\r
1023     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1024     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
1025     cap.setAnnotationImport();\r
1026     Frame frame = new Frame();\r
1027     frame.add(cap);\r
1028     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1029 \r
1030   }\r
1031 \r
1032   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1033   {\r
1034     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1035             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1036                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1037                     .getGroups(),\r
1038             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1039 \r
1040     if (displayTextbox)\r
1041     {\r
1042       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1043       Frame frame = new Frame();\r
1044       frame.add(cap);\r
1045       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1046       cap.setText(annotation);\r
1047     }\r
1048 \r
1049     return annotation;\r
1050   }\r
1051 \r
1052   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1053   {\r
1054     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1055     {\r
1056       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1057       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1058       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1059       while (en.hasMoreElements())\r
1060       {\r
1061         Object col = en.nextElement();\r
1062         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1063       }\r
1064       return fcols;\r
1065     }\r
1066     return null;\r
1067   }\r
1068 \r
1069   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1070   {\r
1071     String features;\r
1072     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1073     {\r
1074       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1075               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1076               getDisplayedFeatureCols());\r
1077     }\r
1078     else\r
1079     {\r
1080       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1081               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1082               getDisplayedFeatureCols());\r
1083     }\r
1084 \r
1085     if (displayTextbox)\r
1086     {\r
1087       boolean frimport=false;\r
1088       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1089       {\r
1090         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1091         frimport=true;\r
1092       }\r
1093       \r
1094       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1095       if (frimport)\r
1096       {\r
1097         cap.setAnnotationImport();\r
1098       }\r
1099       Frame frame = new Frame();\r
1100       frame.add(cap);\r
1101       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1102       cap.setText(features);\r
1103     } else {\r
1104       if (features==null)\r
1105         features = "";\r
1106     }\r
1107 \r
1108     return features;\r
1109   }\r
1110 \r
1111   void launchFullApplication()\r
1112   {\r
1113     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1114 \r
1115     url.append("?open="\r
1116             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1117 \r
1118     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1119     {\r
1120       url.append("&features=");\r
1121       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1122     }\r
1123 \r
1124     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1125     {\r
1126       url.append("&annotations=");\r
1127       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1128     }\r
1129 \r
1130     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1131     {\r
1132       url.append("&annotations=");\r
1133       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1134     }\r
1135 \r
1136     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1137     {\r
1138       url.append("&colour="\r
1139               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1140                       .getParameter("defaultColour")));\r
1141     }\r
1142 \r
1143     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1144     {\r
1145       url.append("&colour="\r
1146               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1147                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1148     }\r
1149     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1150     {\r
1151       url.append("&tree="\r
1152               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1153     }\r
1154     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1155     {\r
1156       url.append("&tree="\r
1157               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1158     }\r
1159 \r
1160     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1161   }\r
1162 \r
1163   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1164   {\r
1165     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1166     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1167     {\r
1168       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1169       {\r
1170         sb.append("%20");\r
1171       }\r
1172       else\r
1173       {\r
1174         sb.append(colour.charAt(i));\r
1175       }\r
1176     }\r
1177 \r
1178     return sb.toString();\r
1179   }\r
1180 \r
1181   String appendProtocol(String url)\r
1182   {\r
1183     try\r
1184     {\r
1185       new URL(url);\r
1186       url = URLEncoder.encode(url);\r
1187     }\r
1188     /*\r
1189      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1190      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1191      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1192      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1193      * ex.printStackTrace(); }\r
1194      */\r
1195     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1196     {\r
1197       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1198     }\r
1199     return url;\r
1200   }\r
1201 \r
1202   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1203   {\r
1204     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1205     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1206     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1207 \r
1208     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1209     {\r
1210       System.exit(0);\r
1211     } else {\r
1212     }\r
1213     viewport = null;\r
1214     alignPanel = null;\r
1215     this.dispose();\r
1216   }\r
1217 \r
1218   /**\r
1219    * DOCUMENT ME!\r
1220    */\r
1221   void updateEditMenuBar()\r
1222   {\r
1223 \r
1224     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1225     {\r
1226       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1227       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1228       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1229     }\r
1230     else\r
1231     {\r
1232       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1233       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1234     }\r
1235 \r
1236     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1237     {\r
1238       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1239 \r
1240       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1241       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1242     }\r
1243     else\r
1244     {\r
1245       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1246       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1247     }\r
1248   }\r
1249 \r
1250   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1251   {\r
1252     if (command.getSize() > 0)\r
1253     {\r
1254       viewport.historyList.push(command);\r
1255       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1256       updateEditMenuBar();\r
1257       viewport.updateHiddenColumns();\r
1258     }\r
1259   }\r
1260 \r
1261   /**\r
1262    * DOCUMENT ME!\r
1263    * \r
1264    * @param e\r
1265    *          DOCUMENT ME!\r
1266    */\r
1267   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1268   {\r
1269     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1270     {\r
1271       return;\r
1272     }\r
1273 \r
1274     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1275     viewport.redoList.push(command);\r
1276     command.undoCommand(null);\r
1277 \r
1278     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1279     // JBPNote Test\r
1280     if (originalSource!=viewport) {\r
1281       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1282     }\r
1283     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1284     updateEditMenuBar();\r
1285     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1286             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1287   }\r
1288 \r
1289   /**\r
1290    * DOCUMENT ME!\r
1291    * \r
1292    * @param e\r
1293    *          DOCUMENT ME!\r
1294    */\r
1295   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1296   {\r
1297     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1298     {\r
1299       return;\r
1300     }\r
1301 \r
1302     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1303     viewport.historyList.push(command);\r
1304     command.doCommand(null);\r
1305 \r
1306     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1307     // JBPNote Test\r
1308     if (originalSource!=viewport) {\r
1309       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1310     }\r
1311     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1312 \r
1313     updateEditMenuBar();\r
1314     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1315             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1316   }\r
1317 \r
1318   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1319   {\r
1320     AlignViewport originalSource = null;\r
1321     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1322     // the property change event FROM the viewport where the\r
1323     // original alignment was altered\r
1324     AlignmentI al = null;\r
1325     if (command instanceof EditCommand)\r
1326     {\r
1327       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1328       al = editCommand.getAlignment();\r
1329       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1330               .getSequenceSetId());\r
1331       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1332       {\r
1333         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1334         {\r
1335           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1336           {\r
1337             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1338             break;\r
1339           }\r
1340         }\r
1341       }\r
1342     }\r
1343 \r
1344     if (originalSource == null)\r
1345     {\r
1346       // The original view is closed, we must validate\r
1347       // the current view against the closed view first\r
1348       if (al != null)\r
1349       {\r
1350         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1351       }\r
1352 \r
1353       originalSource = viewport;\r
1354     }\r
1355 \r
1356     return originalSource;\r
1357   }\r
1358 \r
1359   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1360   {\r
1361     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1362     if (sg == null)\r
1363     {\r
1364       return;\r
1365     }\r
1366 \r
1367     if (up)\r
1368     {\r
1369       for (int i = 1; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1370       {\r
1371         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1372         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1373         {\r
1374           continue;\r
1375         }\r
1376 \r
1377         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i - 1);\r
1378         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1379         {\r
1380           continue;\r
1381         }\r
1382 \r
1383         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1384         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1385       }\r
1386     }\r
1387     else\r
1388     {\r
1389       for (int i = viewport.getAlignment().getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1390       {\r
1391         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1392         if (!sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(seq))\r
1393         {\r
1394           continue;\r
1395         }\r
1396 \r
1397         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i + 1);\r
1398         if (sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(temp))\r
1399         {\r
1400           continue;\r
1401         }\r
1402 \r
1403         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1404         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1405       }\r
1406     }\r
1407 \r
1408     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1409   }\r
1410 \r
1411   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1412   {\r
1413     Vector sg = new Vector();\r
1414     if (viewport.cursorMode)\r
1415     {\r
1416       sg.addElement(viewport.getAlignment()\r
1417               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1418     }\r
1419     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1420             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1421                     .getHeight())\r
1422     {\r
1423       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1424               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1425     }\r
1426 \r
1427     if (sg.size() < 1)\r
1428     {\r
1429       return;\r
1430     }\r
1431 \r
1432     Vector invertGroup = new Vector();\r
1433 \r
1434     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1435     {\r
1436       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1437         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1438     }\r
1439 \r
1440     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1441     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1442       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1443 \r
1444     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1445     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1446       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1447 \r
1448     SlideSequencesCommand ssc;\r
1449     if (right)\r
1450       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1451               size, viewport.getGapCharacter());\r
1452     else\r
1453       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1454               size, viewport.getGapCharacter());\r
1455 \r
1456     int groupAdjustment = 0;\r
1457     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1458     {\r
1459       if (viewport.cursorMode)\r
1460         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1461       else\r
1462         groupAdjustment = size;\r
1463     }\r
1464     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1465     {\r
1466       if (viewport.cursorMode)\r
1467         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1468       else\r
1469         groupAdjustment = -size;\r
1470     }\r
1471 \r
1472     if (groupAdjustment != 0)\r
1473     {\r
1474       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1475               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1476       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1477               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1478     }\r
1479 \r
1480     boolean appendHistoryItem = false;\r
1481     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1482             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1483     {\r
1484       appendHistoryItem = ssc\r
1485               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1486                       .peek());\r
1487     }\r
1488 \r
1489     if (!appendHistoryItem)\r
1490       addHistoryItem(ssc);\r
1491 \r
1492     repaint();\r
1493   }\r
1494 \r
1495   static StringBuffer copiedSequences;\r
1496 \r
1497   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1498 \r
1499   protected void copy_actionPerformed()\r
1500   {\r
1501     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1502     {\r
1503       return;\r
1504     }\r
1505 \r
1506     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1507     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1508     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1509     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1510     {\r
1511       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1512       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1513       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1514     }\r
1515 \r
1516     int index = 0, startRes, endRes;\r
1517     char ch;\r
1518 \r
1519     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1520     {\r
1521       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1522       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1523       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1524               .size(); i++)\r
1525       {\r
1526         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1527                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1528 \r
1529         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1530         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1531       }\r
1532     }\r
1533     else\r
1534     {\r
1535       copiedHiddenColumns = null;\r
1536     }\r
1537 \r
1538     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1539     {\r
1540       SequenceI seq = null;\r
1541 \r
1542       while (seq == null)\r
1543       {\r
1544         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1545         {\r
1546           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1547           index++;\r
1548 \r
1549           break;\r
1550         }\r
1551         else\r
1552         {\r
1553           index++;\r
1554         }\r
1555       }\r
1556 \r
1557       // FIND START RES\r
1558       // Returns residue following index if gap\r
1559       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1560 \r
1561       // FIND END RES\r
1562       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1563       endRes = 0;\r
1564 \r
1565       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1566       {\r
1567         ch = seq.getCharAt(j);\r
1568         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1569         {\r
1570           endRes++;\r
1571         }\r
1572       }\r
1573 \r
1574       if (endRes > 0)\r
1575       {\r
1576         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1577       }\r
1578 \r
1579       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1580               + "\t"\r
1581               + startRes\r
1582               + "\t"\r
1583               + endRes\r
1584               + "\t"\r
1585               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1586                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1587     }\r
1588 \r
1589   }\r
1590 \r
1591   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1592   {\r
1593     paste(true);\r
1594   }\r
1595 \r
1596   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1597   {\r
1598     paste(false);\r
1599   }\r
1600 \r
1601   void paste(boolean newAlignment)\r
1602   {\r
1603     try\r
1604     {\r
1605 \r
1606       if (copiedSequences == null)\r
1607       {\r
1608         return;\r
1609       }\r
1610 \r
1611       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1612       Vector seqs = new Vector();\r
1613       while (st.hasMoreElements())\r
1614       {\r
1615         String name = st.nextToken();\r
1616         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1617         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1618         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1619       }\r
1620       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1621       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1622       {\r
1623         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1624       }\r
1625 \r
1626       if (newAlignment)\r
1627       {\r
1628         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1629         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1630         {\r
1631           newtitle = getTitle();\r
1632         }\r
1633         else\r
1634         {\r
1635           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1636         }\r
1637         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1638                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1639         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1640         {\r
1641           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1642           {\r
1643             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1644             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1645           }\r
1646         }\r
1647 \r
1648         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1649                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1650       }\r
1651       else\r
1652       {\r
1653         addSequences(newSeqs);\r
1654       }\r
1655 \r
1656     } catch (Exception ex)\r
1657     {\r
1658     } // could be anything being pasted in here\r
1659 \r
1660   }\r
1661 \r
1662   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1663   {\r
1664     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1665     {\r
1666       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1667     }\r
1668 \r
1669     // !newAlignment\r
1670     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1671             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1672 \r
1673     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1674     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1675     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1676             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1677 \r
1678   }\r
1679 \r
1680   protected void cut_actionPerformed()\r
1681   {\r
1682     copy_actionPerformed();\r
1683     delete_actionPerformed();\r
1684   }\r
1685 \r
1686   protected void delete_actionPerformed()\r
1687   {\r
1688 \r
1689     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1690     if (sg == null)\r
1691     {\r
1692       return;\r
1693     }\r
1694 \r
1695     Vector seqs = new Vector();\r
1696     SequenceI seq;\r
1697     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1698     {\r
1699       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1700       seqs.addElement(seq);\r
1701     }\r
1702 \r
1703     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1704     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1705     {\r
1706       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1707               sg.getEndRes() + 1);\r
1708     }\r
1709 \r
1710     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1711     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1712     {\r
1713       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1714     }\r
1715 \r
1716     /*\r
1717      * //ADD HISTORY ITEM\r
1718      */\r
1719     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1720             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1721             viewport.getAlignment()));\r
1722 \r
1723     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1724     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1725 \r
1726     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1727             .getSequences());\r
1728 \r
1729     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1730     {\r
1731       this.setVisible(false);\r
1732     }\r
1733     viewport.sendSelection();\r
1734   }\r
1735 \r
1736   /**\r
1737    * group consensus toggled\r
1738    * \r
1739    */\r
1740   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1741   {\r
1742     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1743     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1744 \r
1745   }\r
1746 \r
1747   /**\r
1748    * group conservation toggled.\r
1749    */\r
1750   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1751   {\r
1752     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1753     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1754   }\r
1755 \r
1756   /*\r
1757    * (non-Javadoc)\r
1758    * \r
1759    * @see\r
1760    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1761    * .event.ActionEvent)\r
1762    */\r
1763   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1764   {\r
1765     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1766     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1767   }\r
1768   /*\r
1769    * (non-Javadoc)\r
1770    * \r
1771    * @see\r
1772    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1773    * .event.ActionEvent)\r
1774    */\r
1775   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1776   {\r
1777     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1778     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1779   }\r
1780 \r
1781   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1782   {\r
1783     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1784   }\r
1785 \r
1786   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1787   {\r
1788     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1789     {\r
1790       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1791               viewport.getSequenceSelection(),\r
1792               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1793                       viewport.getGapCharacter()),\r
1794               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1795       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1796       viewport.sequenceColours = null;\r
1797       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1798       // set view properties for each group\r
1799       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1800       {\r
1801         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1802         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1803         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1804         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1805                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1806         col = col.brighter();\r
1807         for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
1808                 .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
1809                 (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
1810           ;\r
1811       }\r
1812       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1813       alignPanel.updateAnnotation();\r
1814       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1815     }\r
1816   }\r
1817 \r
1818   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1819   {\r
1820     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1821     viewport.sequenceColours = null;\r
1822     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1823 \r
1824     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1825   }\r
1826 \r
1827   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1828   {\r
1829     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1830     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1831     {\r
1832       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1833     }\r
1834     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1835     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1836     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1837     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1838     viewport.sendSelection();\r
1839   }\r
1840 \r
1841   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1842   {\r
1843     if (viewport.cursorMode)\r
1844     {\r
1845       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1846       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1847     }\r
1848     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1849     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1850     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1851     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1852     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1853     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1854     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1855     viewport.sendSelection();\r
1856   }\r
1857 \r
1858   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1859   {\r
1860     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1861     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1862     {\r
1863       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1864     }\r
1865 \r
1866     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1867     viewport.sendSelection();\r
1868   }\r
1869 \r
1870   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1871   {\r
1872     viewport.invertColumnSelection();\r
1873     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1874     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1875     viewport.sendSelection();\r
1876   }\r
1877 \r
1878   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1879   {\r
1880     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1881     int column;\r
1882 \r
1883     if (colSel.size() > 0)\r
1884     {\r
1885       if (trimLeft)\r
1886       {\r
1887         column = colSel.getMin();\r
1888       }\r
1889       else\r
1890       {\r
1891         column = colSel.getMax();\r
1892       }\r
1893 \r
1894       SequenceI[] seqs;\r
1895       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1896       {\r
1897         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1898                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1899       }\r
1900       else\r
1901       {\r
1902         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1903       }\r
1904 \r
1905       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1906       if (trimLeft)\r
1907       {\r
1908         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1909                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1910                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1911                 viewport.getSelectionGroup());\r
1912         viewport.setStartRes(0);\r
1913       }\r
1914       else\r
1915       {\r
1916         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1917                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1918                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1919                 viewport.getSelectionGroup());\r
1920       }\r
1921 \r
1922       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1923 \r
1924       addHistoryItem(trimRegion);\r
1925 \r
1926       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
1927 \r
1928       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1929       {\r
1930         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1931 \r
1932         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1933                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1934         {\r
1935           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1936         }\r
1937       }\r
1938 \r
1939       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
1940               .getAlignment().getSequences());\r
1941     }\r
1942   }\r
1943 \r
1944   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
1945   {\r
1946     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
1947 \r
1948     SequenceI[] seqs;\r
1949     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1950     {\r
1951       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1952               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1953       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1954       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1955     }\r
1956     else\r
1957     {\r
1958       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1959     }\r
1960 \r
1961     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
1962             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
1963 \r
1964     addHistoryItem(removeGapCols);\r
1965 \r
1966     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
1967             + " empty columns.");\r
1968 \r
1969     // This is to maintain viewport position on first residue\r
1970     // of first sequence\r
1971     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
1972     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1973     // ShiftList shifts;\r
1974     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
1975     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
1976     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
1977     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
1978     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
1979     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1980             .getSequences());\r
1981 \r
1982   }\r
1983 \r
1984   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
1985   {\r
1986     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
1987 \r
1988     SequenceI[] seqs;\r
1989     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1990     {\r
1991       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1992               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1993       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1994       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1995     }\r
1996     else\r
1997     {\r
1998       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1999     }\r
2000 \r
2001     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2002     // of first sequence\r
2003     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2004     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2005 \r
2006     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2007             viewport.getAlignment()));\r
2008 \r
2009     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2010 \r
2011     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2012             .getSequences());\r
2013 \r
2014   }\r
2015 \r
2016   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2017   {\r
2018     new Finder(alignPanel);\r
2019   }\r
2020 \r
2021   /**\r
2022    * create a new view derived from the current view\r
2023    * \r
2024    * @param viewtitle\r
2025    * @return frame for the new view\r
2026    */\r
2027   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2028   {\r
2029     AlignmentI newal;\r
2030     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2031     {\r
2032       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2033               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2034     }\r
2035     else\r
2036     {\r
2037       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2038     }\r
2039 \r
2040     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2041     {\r
2042       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2043       {\r
2044         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2045         {\r
2046           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2047         }\r
2048       }\r
2049     }\r
2050 \r
2051     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2052 \r
2053     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2054     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2055     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2056             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2057 \r
2058     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2059             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2060     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2061             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2062 \r
2063     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2064             .getSequenceSetId());\r
2065     int viewSize = -1;\r
2066     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2067     {\r
2068       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2069       {\r
2070         viewSize++;\r
2071       }\r
2072     }\r
2073 \r
2074     String title = new String(this.getTitle());\r
2075     if (viewtitle != null)\r
2076     {\r
2077       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2078     }\r
2079     else\r
2080     {\r
2081       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2082       {\r
2083         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2084       }\r
2085       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2086     }\r
2087 \r
2088     newaf.setTitle(title.toString());\r
2089 \r
2090     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2091     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2092     return newaf;\r
2093   }\r
2094 \r
2095   /**\r
2096    * \r
2097    * @return list of feature groups on the view\r
2098    */\r
2099   public String[] getFeatureGroups()\r
2100   {\r
2101     FeatureRenderer fr = null;\r
2102     if (alignPanel != null\r
2103             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2104     {\r
2105       return fr.getGroups();\r
2106     }\r
2107     return null;\r
2108   }\r
2109 \r
2110   /**\r
2111    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2112    * \r
2113    * @param visible\r
2114    *          true is visible\r
2115    * @return list\r
2116    */\r
2117   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2118   {\r
2119     FeatureRenderer fr = null;\r
2120     if (alignPanel != null\r
2121             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2122     {\r
2123       return fr.getGroups(visible);\r
2124     }\r
2125     return null;\r
2126   }\r
2127 \r
2128   /**\r
2129    * Change the display state for the given feature groups\r
2130    * \r
2131    * @param groups\r
2132    *          list of group strings\r
2133    * @param state\r
2134    *          visible or invisible\r
2135    */\r
2136   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2137   {\r
2138     FeatureRenderer fr = null;\r
2139     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2140     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2141     if (alignPanel != null\r
2142             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2143     {\r
2144       fr.setGroupState(groups, state);\r
2145       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2146       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2147       {\r
2148         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2149       }\r
2150     }\r
2151   }\r
2152 \r
2153   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2154   {\r
2155     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2156     alignPanel.fontChanged();\r
2157     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2158   }\r
2159 \r
2160   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2161   {\r
2162     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2163     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2164   }\r
2165 \r
2166   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2167   {\r
2168     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2169     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2170   }\r
2171 \r
2172   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2173   {\r
2174     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2175     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2176     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2177     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2178     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2179     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2180   }\r
2181 \r
2182   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2183   {\r
2184     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2185     {\r
2186       return;\r
2187     }\r
2188 \r
2189     Frame frame = new Frame();\r
2190     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2191     frame.add(overview);\r
2192     // +50 must allow for applet frame window\r
2193     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2194             overview.getPreferredSize().width,\r
2195             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2196 \r
2197     frame.pack();\r
2198     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2199     {\r
2200       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2201       {\r
2202         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
2203       };\r
2204     });\r
2205 \r
2206     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2207 \r
2208   }\r
2209 \r
2210   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2211   {\r
2212     int threshold = 0;\r
2213 \r
2214     if (cs != null)\r
2215     {\r
2216       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2217       {\r
2218         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2219                 "Background");\r
2220 \r
2221         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2222 \r
2223         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2224       }\r
2225       else\r
2226       {\r
2227         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2228       }\r
2229 \r
2230       if (viewport.getConservationSelected())\r
2231       {\r
2232 \r
2233         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2234         Conservation c = new Conservation("All",\r
2235                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2236                 al.getWidth() - 1);\r
2237 \r
2238         c.calculate();\r
2239         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2240 \r
2241         cs.setConservation(c);\r
2242 \r
2243         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2244                 cs, "Background"));\r
2245 \r
2246       }\r
2247       else\r
2248       {\r
2249         cs.setConservation(null);\r
2250       }\r
2251 \r
2252       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2253 \r
2254     }\r
2255     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2256 \r
2257     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2258     {\r
2259       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2260       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2261       {\r
2262         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2263 \r
2264         if (cs == null)\r
2265         {\r
2266           sg.cs = null;\r
2267           continue;\r
2268         }\r
2269         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2270         {\r
2271           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2272                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()),\r
2273                   sg.getWidth());\r
2274         }\r
2275         else\r
2276         {\r
2277           try\r
2278           {\r
2279             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
2280           } catch (Exception ex)\r
2281           {\r
2282             ex.printStackTrace();\r
2283             sg.cs = cs;\r
2284           }\r
2285         }\r
2286 \r
2287         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2288                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2289                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2290         {\r
2291           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2292           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2293                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2294                   sg.getWidth()));\r
2295         }\r
2296         else\r
2297         {\r
2298           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2299         }\r
2300 \r
2301         if (viewport.getConservationSelected())\r
2302         {\r
2303           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2304                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2305                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2306                   viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
2307           c.calculate();\r
2308           c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2309           sg.cs.setConservation(c);\r
2310         }\r
2311         else\r
2312         {\r
2313           sg.cs.setConservation(null);\r
2314           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2315         }\r
2316 \r
2317       }\r
2318     }\r
2319 \r
2320     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2321     {\r
2322       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2323     }\r
2324 \r
2325     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2326             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2327                     alignPanel);\r
2328 \r
2329     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2330   }\r
2331 \r
2332   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2333   {\r
2334     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2335             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2336     {\r
2337       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2338               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2339       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2340     }\r
2341   }\r
2342 \r
2343   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2344   {\r
2345     if (viewport.getConservationSelected()\r
2346             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2347     {\r
2348       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2349               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2350       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2351     }\r
2352   }\r
2353 \r
2354   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2355   {\r
2356     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2357 \r
2358     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2359     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2360 \r
2361     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2362 \r
2363     modifyConservation_actionPerformed();\r
2364   }\r
2365 \r
2366   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2367   {\r
2368     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2369 \r
2370     conservationMenuItem.setState(false);\r
2371     viewport.setConservationSelected(false);\r
2372 \r
2373     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2374 \r
2375     modifyPID_actionPerformed();\r
2376   }\r
2377 \r
2378   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2379   {\r
2380     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2381     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2382             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2383 \r
2384     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2385             viewport.getAlignment()));\r
2386     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2387   }\r
2388 \r
2389   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2390   {\r
2391     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2392     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2393     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2394     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2395   }\r
2396 \r
2397   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2398   {\r
2399     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2400     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2401     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2402             viewport.getAlignment()));\r
2403     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2404   }\r
2405 \r
2406   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2407   {\r
2408     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2409     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2410     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2411             viewport.getAlignment()));\r
2412     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2413 \r
2414   }\r
2415 \r
2416   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2417   {\r
2418     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2419   }\r
2420 \r
2421   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2422   {\r
2423     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2424             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2425     {\r
2426       Frame frame = new Frame();\r
2427       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2428       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2429               500);\r
2430     }\r
2431   }\r
2432 \r
2433   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2434   {\r
2435     // are the sequences aligned?\r
2436     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2437     {\r
2438       SequenceI current;\r
2439       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2440 \r
2441       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2442       {\r
2443         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2444 \r
2445         if (current.getLength() < Width)\r
2446         {\r
2447           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2448         }\r
2449       }\r
2450       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2451     }\r
2452 \r
2453     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2454             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2455             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2456             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2457     {\r
2458       return;\r
2459     }\r
2460 \r
2461     try\r
2462     {\r
2463       new PCAPanel(viewport);\r
2464     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2465     {\r
2466     }\r
2467 \r
2468   }\r
2469 \r
2470   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2471   {\r
2472     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2473   }\r
2474 \r
2475   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2476   {\r
2477     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2478   }\r
2479 \r
2480   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2481   {\r
2482     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2483   }\r
2484 \r
2485   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2486   {\r
2487     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2488   }\r
2489 \r
2490   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2491   {\r
2492     // are the sequences aligned?\r
2493     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2494     {\r
2495       SequenceI current;\r
2496       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2497 \r
2498       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2499       {\r
2500         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2501 \r
2502         if (current.getLength() < Width)\r
2503         {\r
2504           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2505         }\r
2506       }\r
2507       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2508 \r
2509     }\r
2510 \r
2511     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2512             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2513             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2514                     .getHeight() > 1))\r
2515     {\r
2516       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2517 \r
2518       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2519 \r
2520       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2521     }\r
2522   }\r
2523 \r
2524   void loadTree_actionPerformed()\r
2525   {\r
2526     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2527     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2528     cap.setTreeImport();\r
2529     Frame frame = new Frame();\r
2530     frame.add(cap);\r
2531     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2532   }\r
2533 \r
2534   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2535   {\r
2536     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2537     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2538     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2539   }\r
2540 \r
2541   /**\r
2542    * sort the alignment using the given treePanel\r
2543    * \r
2544    * @param treePanel\r
2545    *          tree used to sort view\r
2546    * @param title\r
2547    *          string used for undo event name\r
2548    */\r
2549   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2550   {\r
2551     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2552     AlignmentSorter\r
2553             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2554     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2555     // HistoryItem.SORT));\r
2556     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2557             viewport.getAlignment()));\r
2558     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2559   }\r
2560 \r
2561   /**\r
2562    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2563    * the menu structure for the new tree\r
2564    * \r
2565    * @param treePanel\r
2566    * @param title\r
2567    */\r
2568   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2569           final String title)\r
2570   {\r
2571     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2572     sortByTreeMenu.add(item);\r
2573     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2574     {\r
2575       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2576       {\r
2577         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2578       }\r
2579     });\r
2580     \r
2581     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2582     {\r
2583       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2584       {\r
2585         if (viewport.sortByTree)\r
2586         {\r
2587           sortByTree(treePanel, title);\r
2588         }\r
2589         super.windowOpened(e);\r
2590       }\r
2591 \r
2592       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2593       {\r
2594         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2595       };\r
2596     });\r
2597   }\r
2598   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2599   {\r
2600     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2601     .getSequencesArray();\r
2602     if (viewport.applet.debug)\r
2603     {\r
2604       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2605     }\r
2606     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2607     if (undoname!=null)\r
2608     {\r
2609       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2610     }\r
2611     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2612     return true;\r
2613   }\r
2614 \r
2615   protected void documentation_actionPerformed()\r
2616   {\r
2617     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2618   }\r
2619 \r
2620   protected void about_actionPerformed()\r
2621   {\r
2622 \r
2623     class AboutPanel extends Canvas\r
2624     {\r
2625       String version;\r
2626 \r
2627       String builddate;\r
2628 \r
2629       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2630       {\r
2631         this.version = version;\r
2632         this.builddate = builddate;\r
2633       }\r
2634 \r
2635       public void paint(Graphics g)\r
2636       {\r
2637         g.setColor(Color.white);\r
2638         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2639         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2640         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2641         int fh = fm.getHeight();\r
2642         int y = 5, x = 7;\r
2643         g.setColor(Color.black);\r
2644         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2645         // lite and application\r
2646         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2647         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2648         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2649         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2650         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2651         g.drawString(\r
2652                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2653                 x, y += fh * 1.5);\r
2654         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2655         g.drawString(\r
2656                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2657                 x, y += fh);\r
2658         g.drawString(\r
2659                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2660                 x, y += fh);\r
2661         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2662         g.drawString(\r
2663                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2664                 x, y += fh);\r
2665         g.drawString(\r
2666                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2667                 x, y += fh);\r
2668         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2669                 x, y += fh);\r
2670       }\r
2671     }\r
2672 \r
2673     Frame frame = new Frame();\r
2674     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2675             .getBuildDate()));\r
2676     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2677 \r
2678   }\r
2679 \r
2680   public void showURL(String url, String target)\r
2681   {\r
2682     if (viewport.applet == null)\r
2683     {\r
2684       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2685     }\r
2686     else\r
2687     {\r
2688       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2689     }\r
2690   }\r
2691 \r
2692   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2693   // JBuilder Graphics here\r
2694 \r
2695   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2696 \r
2697   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2698 \r
2699   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2700 \r
2701   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2702 \r
2703   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2704 \r
2705   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2706 \r
2707   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2708 \r
2709   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2710 \r
2711   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2712 \r
2713   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2714 \r
2715   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2716 \r
2717   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2718 \r
2719   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2720 \r
2721   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2722 \r
2723   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2724 \r
2725   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2726 \r
2727   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2728 \r
2729   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2730 \r
2731   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2732 \r
2733   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2734 \r
2735   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2736 \r
2737   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2738 \r
2739   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2740 \r
2741   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2742 \r
2743   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2744 \r
2745   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2746 \r
2747   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2748 \r
2749   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2750 \r
2751   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2752 \r
2753   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2754 \r
2755   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2756 \r
2757   public Label statusBar = new Label();\r
2758 \r
2759   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2760 \r
2761   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2762 \r
2763   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2764 \r
2765   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2766 \r
2767   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2768 \r
2769   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2770 \r
2771   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2772 \r
2773   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2774 \r
2775   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2776 \r
2777   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2778 \r
2779   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2780 \r
2781   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2782 \r
2783   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2784 \r
2785   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2786 \r
2787   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2788 \r
2789   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2790 \r
2791   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2792 \r
2793   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2794 \r
2795   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2796 \r
2797   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2798 \r
2799   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2800 \r
2801   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2802 \r
2803   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2804 \r
2805   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2806 \r
2807   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2808 \r
2809   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2810 \r
2811   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2812 \r
2813   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2814 \r
2815   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2816 \r
2817   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2818 \r
2819   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2820 \r
2821   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2822 \r
2823   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2824 \r
2825   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2826 \r
2827   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2828 \r
2829   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2830 \r
2831   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem font = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2836 \r
2837   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2838 \r
2839   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2840 \r
2841   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2842 \r
2843   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2844 \r
2845   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2846           "Autocalculate Consensus", true);\r
2847 \r
2848   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2849           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2850 \r
2851   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2852 \r
2853   Menu sort = new Menu();\r
2854 \r
2855   Menu calculate = new Menu();\r
2856 \r
2857   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2858 \r
2859   Menu helpMenu = new Menu();\r
2860 \r
2861   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2862 \r
2863   MenuItem about = new MenuItem();\r
2864 \r
2865   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2866 \r
2867   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2868   \r
2869   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2870   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2871   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2872   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2873   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2874   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2875   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2876 \r
2877   private void jbInit() throws Exception\r
2878   {\r
2879 \r
2880     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2881 \r
2882     MenuItem item;\r
2883 \r
2884     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2885     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2886     {\r
2887 \r
2888       item = new MenuItem(\r
2889               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2890 \r
2891       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2892       {\r
2893         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2894         {\r
2895           outputText_actionPerformed(e);\r
2896         }\r
2897       });\r
2898 \r
2899       outputTextboxMenu.add(item);\r
2900     }\r
2901     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2902     loadApplication.addActionListener(this);\r
2903 \r
2904     loadTree.addActionListener(this);\r
2905     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2906     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2907     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2908     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2909     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2910     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2911     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2912     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2913     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2914     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2915     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2916     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2917     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2918     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2919     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2920     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2921     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2922     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2923     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2924     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2925     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2926     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2927     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2928     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2929     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2930     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2931     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2932     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2933     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2934     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2935     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2936     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2937     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2938     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2939     averageDistanceTreeMenuItem\r
2940             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2941     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2942     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2943     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2944     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2945     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2946     statusBar.setText("Status bar");\r
2947     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2948     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2949 \r
2950     clustalColour.addActionListener(this);\r
2951     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2952     zappoColour.addActionListener(this);\r
2953     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2954     taylorColour.addActionListener(this);\r
2955     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2956     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2957     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2958     helixColour.addActionListener(this);\r
2959     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2960     strandColour.addActionListener(this);\r
2961     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2962     turnColour.addActionListener(this);\r
2963     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2964     buriedColour.addActionListener(this);\r
2965     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2966     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2967     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2968     PIDColour.addActionListener(this);\r
2969     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2970     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2971     avDistanceTreeBlosumMenuItem\r
2972             .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
2973     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2974     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
2975     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2976     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
2977     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
2978     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
2979     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2980     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
2981     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
2982     alProperties.addActionListener(this);\r
2983     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
2984     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
2985     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
2986     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
2987     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
2988     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
2989     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
2990     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
2991     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
2992     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
2993     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
2994     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
2995     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
2996     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
2997     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
2998     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
2999     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3000     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3001     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3002     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3003     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3004     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3005     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3006     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3007     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3008     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3009     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3010     copy.setLabel("Copy");\r
3011     copy.addActionListener(this);\r
3012     cut.setLabel("Cut");\r
3013     cut.addActionListener(this);\r
3014     delete.setLabel("Delete");\r
3015     delete.addActionListener(this);\r
3016     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3017     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3018     pasteNew.addActionListener(this);\r
3019     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3020     pasteThis.addActionListener(this);\r
3021     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3022     applyToAllGroups.setState(true);\r
3023     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3024     font.setLabel("Font...");\r
3025     font.addActionListener(this);\r
3026     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3027     scaleAbove.setState(true);\r
3028     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3029     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3030     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3031     scaleLeft.setState(true);\r
3032     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3033     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3034     scaleRight.setEnabled(false);\r
3035     scaleRight.setState(true);\r
3036     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3037     scaleRight.addItemListener(this);\r
3038     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3039     modifyPID.addActionListener(this);\r
3040     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3041     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3042     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3043     sort.setLabel("Sort");\r
3044     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3045     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3046     sortByTree.addItemListener(this);\r
3047     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3048     inputText.addActionListener(this);\r
3049     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3050     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3051     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3052     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3053     helpMenu.setLabel("Help");\r
3054     documentation.setLabel("Documentation");\r
3055     documentation.addActionListener(this);\r
3056 \r
3057     about.setLabel("About...");\r
3058     about.addActionListener(this);\r
3059     seqLimits.setState(true);\r
3060     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3061     seqLimits.addItemListener(this);\r
3062     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3063     featureSettings.addActionListener(this);\r
3064     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3065     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3066     sequenceFeatures.setState(false);\r
3067     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3068     annotationColour.addActionListener(this);\r
3069     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3070     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3071     menu1.setLabel("Show");\r
3072     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3073     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3074     menu2.setLabel("Hide");\r
3075     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3076     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3077     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3078     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3079     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3080     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3081     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3082     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3083     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3084     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3085     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3086     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3087     \r
3088     invertColSel.addActionListener(this);\r
3089     showColumns.addActionListener(this);\r
3090     showSeqs.addActionListener(this);\r
3091     hideColumns.addActionListener(this);\r
3092     hideSequences.addActionListener(this);\r
3093     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3094     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3095     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3096     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3097     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3098     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3099     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3100     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3101     formatMenu.setLabel("Format");\r
3102     selectMenu.setLabel("Select");\r
3103     newView.setLabel("New View");\r
3104     newView.addActionListener(this);\r
3105     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3106     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3107     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3108     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3109     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3110     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3111     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3112     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3113 \r
3114     fileMenu.add(inputText);\r
3115     fileMenu.add(loadTree);\r
3116     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3117 \r
3118     fileMenu.addSeparator();\r
3119     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3120     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3121     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3122 \r
3123     if (jalviewServletURL != null)\r
3124     {\r
3125       fileMenu.add(loadApplication);\r
3126     }\r
3127 \r
3128     fileMenu.addSeparator();\r
3129     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3130 \r
3131     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3132     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3133     editMenu.add(cut);\r
3134     editMenu.add(copy);\r
3135     editMenu.add(pasteMenu);\r
3136     editMenu.add(delete);\r
3137     editMenu.addSeparator();\r
3138     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3139     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3140     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3141     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3142     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3143     viewMenu.add(newView);\r
3144     viewMenu.addSeparator();\r
3145     viewMenu.add(menu1);\r
3146     viewMenu.add(menu2);\r
3147     viewMenu.addSeparator();\r
3148     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3149     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3150     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3151     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3152     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3153     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3154     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3155     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3156     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3157     viewMenu.addSeparator();\r
3158     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3159     viewMenu.add(featureSettings);\r
3160     viewMenu.addSeparator();\r
3161     viewMenu.add(alProperties);\r
3162     viewMenu.addSeparator();\r
3163     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3164     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3165     colourMenu.addSeparator();\r
3166     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3167     colourMenu.add(clustalColour);\r
3168     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3169     colourMenu.add(PIDColour);\r
3170     colourMenu.add(zappoColour);\r
3171     colourMenu.add(taylorColour);\r
3172     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3173     colourMenu.add(helixColour);\r
3174     colourMenu.add(strandColour);\r
3175     colourMenu.add(turnColour);\r
3176     colourMenu.add(buriedColour);\r
3177     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3178     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3179     colourMenu.addSeparator();\r
3180     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3181     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3182     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3183     colourMenu.add(modifyPID);\r
3184     colourMenu.add(annotationColour);\r
3185     calculateMenu.add(sort);\r
3186     calculateMenu.add(calculate);\r
3187     calculateMenu.addSeparator();\r
3188     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3189     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3190     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3191     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3192     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3193     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3194     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3195     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3196     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3197     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3198     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3199     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3200     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3201     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3202     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3203     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3204     helpMenu.add(documentation);\r
3205     helpMenu.add(about);\r
3206     menu1.add(showColumns);\r
3207     menu1.add(showSeqs);\r
3208     menu1.add(showAllHidden);\r
3209     menu2.add(hideColumns);\r
3210     menu2.add(hideSequences);\r
3211     menu2.add(hideAllSelection);\r
3212     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3213     formatMenu.add(font);\r
3214     formatMenu.add(seqLimits);\r
3215     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3216     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3217     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3218     formatMenu.add(scaleRight);\r
3219     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3220     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3221     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3222     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3223     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3224     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3225     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3226     selectMenu.addSeparator();\r
3227     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3228     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3229     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3230     selectMenu.add(invertColSel);\r
3231     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3232     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3233 \r
3234   }\r
3235 \r
3236   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3237 \r
3238   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3239 \r
3240   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3241 \r
3242   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3243 \r
3244   Menu menu1 = new Menu();\r
3245 \r
3246   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3247 \r
3248   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3249 \r
3250   Menu menu2 = new Menu();\r
3251 \r
3252   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3253 \r
3254   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3255 \r
3256   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3257 \r
3258   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3259 \r
3260   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3261 \r
3262   Menu formatMenu = new Menu();\r
3263 \r
3264   Menu selectMenu = new Menu();\r
3265 \r
3266   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3267 \r
3268   /**\r
3269    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3270    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3271    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3272    * \r
3273    * @param reallyEmbedded\r
3274    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3275    *          in a new window\r
3276    */\r
3277   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3278   {\r
3279     if (reallyEmbedded)\r
3280     {\r
3281       // ////\r
3282       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3283       //\r
3284       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3285       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3286       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3287       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3288               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3289       // and actually add the components to the applet area\r
3290       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3291       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3292       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3293       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3294               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3295                       - statusBar.HEIGHT);\r
3296       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3297       final AlignFrame me = this;\r
3298       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3299       {\r
3300         \r
3301         @Override\r
3302         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3303         {\r
3304           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3305                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3306         }}\r
3307         \r
3308         @Override\r
3309         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3310         {\r
3311           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3312         }\r
3313       });\r
3314       viewport.applet.validate();\r
3315     }\r
3316     else\r
3317     {\r
3318       // //////\r
3319       // test and embed menu bar if necessary.\r
3320       //\r
3321       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3322       {\r
3323         // adjust for status bar height too\r
3324         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3325                 - statusBar.HEIGHT);\r
3326       }\r
3327       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3328       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3329       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3330       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3331               DEFAULT_HEIGHT);\r
3332     }\r
3333   }\r
3334 \r
3335   /**\r
3336    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3337    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3338    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3339    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3340    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3341    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3342    * \r
3343    * @param viewer\r
3344    *          JmolViewer instance\r
3345    * @param sequenceIds\r
3346    *          - sequence Ids to search for associations\r
3347    */\r
3348   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3349           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3350   {\r
3351     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3352     try\r
3353     {\r
3354       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3355     } catch (ClassCastException ex)\r
3356     {\r
3357       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3358               + jmolviewer.getClass());\r
3359     }\r
3360     if (viewer == null)\r
3361     {\r
3362       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3363               + jmolviewer.getClass());\r
3364       return null;\r
3365     }\r
3366     SequenceI[] seqs = null;\r
3367     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3368     {\r
3369       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3370     }\r
3371     else\r
3372     {\r
3373       Vector sqi = new Vector();\r
3374       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3375       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3376       {\r
3377         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3378         if (sq != null)\r
3379         {\r
3380           sqi.addElement(sq);\r
3381         }\r
3382       }\r
3383       if (sqi.size() > 0)\r
3384       {\r
3385         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3386         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3387         {\r
3388           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3389         }\r
3390       }\r
3391       else\r
3392       {\r
3393         return null;\r
3394       }\r
3395     }\r
3396     ExtJmol jmv = null;\r
3397     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3398     if (jmv == null)\r
3399     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3400       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3401     }\r
3402     return jmv;\r
3403 \r
3404   }\r
3405   /**\r
3406    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3407    * \r
3408    * @param sequenceId\r
3409    *          - sequenceId within the dataset.\r
3410    * @param pdbEntryString\r
3411    *          - the short name for the PDB file\r
3412    * @param pdbFile\r
3413    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3414    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3415    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3416    *         fails.\r
3417    */\r
3418   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3419           String pdbFile)\r
3420   {\r
3421     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3422     boolean needtoadd = false;\r
3423     if (toaddpdb != null)\r
3424     {\r
3425       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3426       PDBEntry pdbentry = null;\r
3427       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3428       {\r
3429         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3430         {\r
3431           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3432           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3433                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3434           {\r
3435             pdbentry = null;\r
3436           }\r
3437           else\r
3438           {\r
3439             continue;\r
3440           }\r
3441         }\r
3442       }\r
3443       if (pdbentry == null)\r
3444       {\r
3445         pdbentry = new PDBEntry();\r
3446         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3447         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3448         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3449       }\r
3450       // resolve data source\r
3451       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3452       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3453       if (protocol == null)\r
3454       {\r
3455         return false;\r
3456       }\r
3457       if (needtoadd)\r
3458       {\r
3459         // make a note of the access mode and add\r
3460         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3461         {\r
3462           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3463         }\r
3464         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3465         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3466       }\r
3467     }\r
3468     return true;\r
3469   }\r
3470 \r
3471   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3472   {\r
3473     if (seqs != null)\r
3474     {\r
3475       Vector sequences = new Vector();\r
3476       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3477       {\r
3478         if (seqs[i] != null)\r
3479         {\r
3480           sequences.addElement(new Object[]\r
3481           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3482         }\r
3483       }\r
3484       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3485       chains = new String[sequences.size()];\r
3486       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3487       {\r
3488         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3489 \r
3490         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3491         chains[i] = (String) oj[1];\r
3492       }\r
3493     }\r
3494     return new Object[]\r
3495     { seqs, chains };\r
3496 \r
3497   }\r
3498 \r
3499   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3500           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3501   {\r
3502     // Scrub any null sequences from the array\r
3503     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3504     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3505     chains = (String[]) sqch[1];\r
3506     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3507     {\r
3508       System.err\r
3509               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3510     }\r
3511     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3512             || protocol.equals("null"))\r
3513     {\r
3514       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3515       if (protocol == null)\r
3516       {\r
3517         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3518                 + pdb.getId());\r
3519         return;\r
3520       }\r
3521     }\r
3522     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3523     {\r
3524       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3525       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3526         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3527       }\r
3528       return;\r
3529     }\r
3530     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3531     {\r
3532       // can only do alignments with Jmol\r
3533       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3534       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3535       Vector jmols = applet\r
3536               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3537       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3538       {\r
3539         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3540         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3541         {\r
3542           ajm = tajm;\r
3543           break;\r
3544         }\r
3545       }\r
3546       if (ajm != null)\r
3547       {\r
3548         System.err\r
3549                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3550         // try and add the pdb structure\r
3551         // ajm.addS\r
3552         ajm = null;\r
3553       }\r
3554     }\r
3555     // otherwise, create a new window\r
3556     if (applet.jmolAvailable)\r
3557     {\r
3558       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3559               protocol);\r
3560       applet.lastFrameX += 40;\r
3561       applet.lastFrameY += 40;\r
3562     }\r
3563     else\r
3564     {\r
3565       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3566     }\r
3567 \r
3568   }\r
3569 \r
3570   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3571           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3572   {\r
3573     // TODO Auto-generated method stub\r
3574     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3575   }\r
3576 \r
3577   /**\r
3578    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3579    * @param sel - sequences from this alignment \r
3580    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3581    */\r
3582   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3583   {\r
3584     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3585   }\r
3586 \r
3587   public void scrollTo(int row, int column)\r
3588   {\r
3589     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3590   }\r
3591   public void scrollToRow(int row)\r
3592   {\r
3593     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3594   }\r
3595   public void scrollToColumn(int column)\r
3596   {\r
3597     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3598   }\r
3599   /**\r
3600    * @return the alignments unique ID.\r
3601    */\r
3602   public String getSequenceSetId() {\r
3603     return viewport.getSequenceSetId();\r
3604   }\r
3605 }\r