src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  *\r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *\r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but\r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty\r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  *\r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  41 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  42 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  43 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  44 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  49 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  55 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  56 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  61 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  62 \r
  63 import java.awt.BorderLayout;\r
  64 import java.awt.Canvas;\r
  65 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  66 import java.awt.Color;\r
  67 import java.awt.Font;\r
  68 import java.awt.FontMetrics;\r
  69 import java.awt.Frame;\r
  70 import java.awt.Graphics;\r
  71 import java.awt.Label;\r
  72 import java.awt.Menu;\r
  73 import java.awt.MenuBar;\r
  74 import java.awt.MenuItem;\r
  75 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  76 import java.awt.event.ActionListener;\r
  77 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  78 import java.awt.event.FocusListener;\r
  79 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  80 import java.awt.event.ItemListener;\r
  81 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  82 import java.awt.event.KeyListener;\r
  83 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  84 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  85 import java.io.IOException;\r
  86 import java.io.InputStreamReader;\r
  87 import java.net.URL;\r
  88 import java.net.URLEncoder;\r
  89 import java.util.Enumeration;\r
  90 import java.util.Hashtable;\r
  91 import java.util.List;\r
  92 import java.util.StringTokenizer;\r
  93 import java.util.Vector;\r
  94 \r
  95 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  96 {\r
  97   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  98 \r
  99   public AlignViewport viewport;\r
 100 \r
 101   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 102 \r
 103   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 104 \r
 105   String jalviewServletURL;\r
 106 \r
 107 \r
 108   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 109   {\r
 110     if (applet != null)\r
 111     {\r
 112       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 113     }\r
 114 \r
 115     try\r
 116     {\r
 117       jbInit();\r
 118     } catch (Exception ex)\r
 119     {\r
 120       ex.printStackTrace();\r
 121     }\r
 122 \r
 123     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 124     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 125 \r
 126     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 127     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 128 \r
 129     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 130     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 131     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 132     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 133     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 134     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 135     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 136 \r
 137     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 138 \r
 139     if (applet != null)\r
 140     {\r
 141       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 142       if (param != null)\r
 143       {\r
 144         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 145         {\r
 146           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 147         }\r
 148         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 149         {\r
 150           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 151         }\r
 152         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 153         {\r
 154           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 155         }\r
 156       }\r
 157 \r
 158       param = applet.getParameter("wrap");\r
 159       if (param != null)\r
 160       {\r
 161         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 162         {\r
 163           wrapMenuItem.setState(true);\r
 164           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 165         }\r
 166       }\r
 167       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 168       if (param != null)\r
 169       {\r
 170         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 171         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 172       }\r
 173       try\r
 174       {\r
 175         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 176         if (param != null)\r
 177         {\r
 178           int width = Integer.parseInt(param);\r
 179           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 180         }\r
 181         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 182         if (param != null)\r
 183         {\r
 184           int height = Integer.parseInt(param);\r
 185           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 186         }\r
 187       } catch (Exception ex)\r
 188       {\r
 189       }\r
 190 \r
 191     }\r
 192     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 193     {\r
 194       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 195       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 196       {\r
 197         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 198       }\r
 199       else {\r
 200         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 201       }\r
 202     } else {\r
 203       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 204       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 205     }\r
 206     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 207     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 208     // now\r
 209     this.addKeyListener(this);\r
 210     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 211     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 212     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 213     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 214     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 215     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 216     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 217     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 218 \r
 219     validate();\r
 220     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 221     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 222   }\r
 223 \r
 224   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 225   {\r
 226     return viewport;\r
 227   }\r
 228 \r
 229   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 230   {\r
 231     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 232   }\r
 233 \r
 234   /**\r
 235    * Load a features file onto the alignment\r
 236    *\r
 237    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 238    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 239    */\r
 240 \r
 241   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 242   {\r
 243     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 244   }\r
 245 \r
 246   /**\r
 247    * Load a features file onto the alignment\r
 248    *\r
 249    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 250    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 251    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 252    * @return true if data parsed as a features file\r
 253    */\r
 254   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 255   {\r
 256     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
 257 \r
 258     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 259     boolean featuresFile = false;\r
 260     try\r
 261     {\r
 262       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 263               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 264                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 265                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 266     } catch (Exception ex)\r
 267     {\r
 268       ex.printStackTrace();\r
 269     }\r
 270 \r
 271     if (featuresFile)\r
 272     {\r
 273       if (featureLinks.size() > 0)\r
 274       {\r
 275         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 276       }\r
 277       if (autoenabledisplay)\r
 278       {\r
 279         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 280         sequenceFeatures.setState(true);\r
 281       }\r
 282       if (viewport.featureSettings != null)\r
 283       {\r
 284         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 285       }\r
 286       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 287       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 288     }\r
 289     return featuresFile;\r
 290   }\r
 291 \r
 292   @Override\r
 293   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 294   {\r
 295     if (viewport.cursorMode\r
 296             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 297                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 298                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 299             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 300       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 301 \r
 302     switch (evt.getKeyCode())\r
 303     {\r
 304     case 27: // escape key\r
 305       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 306 \r
 307       alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
 308       break;\r
 309     case KeyEvent.VK_X:\r
 310       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 311       {\r
 312         cut_actionPerformed();\r
 313       }\r
 314       break;\r
 315     case KeyEvent.VK_C:\r
 316       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 317       {\r
 318         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 319       }\r
 320       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 321       {\r
 322         copy_actionPerformed();\r
 323       }\r
 324       break;\r
 325     case KeyEvent.VK_V:\r
 326       if (evt.isControlDown())\r
 327       {\r
 328         paste(evt.isShiftDown());\r
 329       }\r
 330       break;\r
 331     case KeyEvent.VK_A:\r
 332       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 333       {\r
 334         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 335       }\r
 336       break;\r
 337     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 338       if (viewport.cursorMode)\r
 339       {\r
 340         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 341       }\r
 342       else\r
 343       {\r
 344         moveSelectedSequences(false);\r
 345       }\r
 346       break;\r
 347 \r
 348     case KeyEvent.VK_UP:\r
 349       if (viewport.cursorMode)\r
 350       {\r
 351         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 352       }\r
 353       else\r
 354       {\r
 355         moveSelectedSequences(true);\r
 356       }\r
 357       break;\r
 358 \r
 359     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 360       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 361         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 362       else\r
 363         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 364       break;\r
 365 \r
 366     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 367       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 368         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 369       else\r
 370         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 371       break;\r
 372 \r
 373     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 374       if (viewport.cursorMode)\r
 375       {\r
 376         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 377                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 378       }\r
 379       break;\r
 380 \r
 381     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 382     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 383       if (viewport.cursorMode)\r
 384       {\r
 385         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 386                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 387       }\r
 388       else\r
 389       {\r
 390         cut_actionPerformed();\r
 391         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 392       }\r
 393       break;\r
 394 \r
 395     case KeyEvent.VK_S:\r
 396       if (viewport.cursorMode)\r
 397       {\r
 398         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 399       }\r
 400       break;\r
 401     case KeyEvent.VK_P:\r
 402       if (viewport.cursorMode)\r
 403       {\r
 404         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 405       }\r
 406       break;\r
 407 \r
 408     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 409     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 410       if (viewport.cursorMode)\r
 411       {\r
 412         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 413       }\r
 414       break;\r
 415 \r
 416     case KeyEvent.VK_Q:\r
 417       if (viewport.cursorMode)\r
 418       {\r
 419         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 420       }\r
 421       break;\r
 422     case KeyEvent.VK_M:\r
 423       if (viewport.cursorMode)\r
 424       {\r
 425         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 426       }\r
 427       break;\r
 428 \r
 429     case KeyEvent.VK_F2:\r
 430       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 431       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 432               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 433       if (viewport.cursorMode)\r
 434       {\r
 435         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 436         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 437       }\r
 438       break;\r
 439 \r
 440     case KeyEvent.VK_F:\r
 441       if (evt.isControlDown())\r
 442       {\r
 443         findMenuItem_actionPerformed();\r
 444       }\r
 445       break;\r
 446 \r
 447     case KeyEvent.VK_H:\r
 448     {\r
 449       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 450       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 451       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 452       break;\r
 453     }\r
 454 \r
 455     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 456       if (viewport.wrapAlignment)\r
 457       {\r
 458         alignPanel.scrollUp(true);\r
 459       }\r
 460       else\r
 461       {\r
 462         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 463                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 464       }\r
 465       break;\r
 466 \r
 467     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 468       if (viewport.wrapAlignment)\r
 469       {\r
 470         alignPanel.scrollUp(false);\r
 471       }\r
 472       else\r
 473       {\r
 474         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 475                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 476       }\r
 477       break;\r
 478 \r
 479     case KeyEvent.VK_Z:\r
 480       if (evt.isControlDown())\r
 481       {\r
 482         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 483       }\r
 484       break;\r
 485 \r
 486     case KeyEvent.VK_Y:\r
 487       if (evt.isControlDown())\r
 488       {\r
 489         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 490       }\r
 491       break;\r
 492 \r
 493     case KeyEvent.VK_L:\r
 494       if (evt.isControlDown())\r
 495       {\r
 496         trimAlignment(true);\r
 497       }\r
 498       break;\r
 499 \r
 500     case KeyEvent.VK_R:\r
 501       if (evt.isControlDown())\r
 502       {\r
 503         trimAlignment(false);\r
 504       }\r
 505       break;\r
 506 \r
 507     case KeyEvent.VK_E:\r
 508       if (evt.isControlDown())\r
 509       {\r
 510         if (evt.isShiftDown())\r
 511         {\r
 512           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 513         }\r
 514         else\r
 515         {\r
 516           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 517         }\r
 518       }\r
 519       break;\r
 520     case KeyEvent.VK_I:\r
 521       if (evt.isControlDown())\r
 522       {\r
 523         if (evt.isAltDown())\r
 524         {\r
 525           invertColSel_actionPerformed();\r
 526         }\r
 527         else\r
 528         {\r
 529           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 530         }\r
 531       }\r
 532       break;\r
 533 \r
 534     case KeyEvent.VK_U:\r
 535       if (evt.isControlDown())\r
 536       {\r
 537         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 538       }\r
 539       break;\r
 540 \r
 541     case KeyEvent.VK_T:\r
 542       if (evt.isControlDown())\r
 543       {\r
 544         newView(null);\r
 545       }\r
 546       break;\r
 547 \r
 548     }\r
 549     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 550   }\r
 551 \r
 552   /**\r
 553    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 554    *\r
 555    * @param toggleSeqs\r
 556    * @param toggleCols\r
 557    */\r
 558   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 559   {\r
 560     boolean hide = false;\r
 561     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 562     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 563     {\r
 564       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 565       // invert and then hide\r
 566       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 567       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 568               .getSelected().size() > 0)\r
 569               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 570                       .getEndRes()))\r
 571       {\r
 572         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 573         // that no hiding is required.\r
 574         if (sg != null)\r
 575         {\r
 576           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 577           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 578           toggleSeqs = true;\r
 579 \r
 580         }\r
 581         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 582         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 583         // selection and indicate it should be hidden.\r
 584         invertColSel_actionPerformed();\r
 585         toggleCols = true;\r
 586       }\r
 587     }\r
 588 \r
 589     if (toggleSeqs)\r
 590     {\r
 591       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 592       {\r
 593         hide = true;\r
 594         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 595       }\r
 596       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 597       {\r
 598         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 599       }\r
 600     }\r
 601 \r
 602     if (toggleCols)\r
 603     {\r
 604       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 605       {\r
 606         viewport.hideSelectedColumns();\r
 607         if (!toggleSeqs)\r
 608         {\r
 609           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 610         }\r
 611       }\r
 612       else if (!hide)\r
 613       {\r
 614         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 615       }\r
 616     }\r
 617   }\r
 618 \r
 619   @Override\r
 620   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 621   {\r
 622   }\r
 623 \r
 624   @Override\r
 625   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 626   {\r
 627   }\r
 628 \r
 629   @Override\r
 630   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 631   {\r
 632     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 633     {\r
 634       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 635     }\r
 636     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 637     {\r
 638       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 639     }\r
 640     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 641     {\r
 642       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 643     }\r
 644     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 645     {\r
 646       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 647     }\r
 648     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 649     {\r
 650       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 651     }\r
 652     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 653     {\r
 654       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 655     }\r
 656     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 657     {\r
 658       seqLimits_itemStateChanged();\r
 659     }\r
 660     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 661     {\r
 662       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 663     }\r
 664     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 665     {\r
 666       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 667     }\r
 668     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 669     {\r
 670       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 671     }\r
 672     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 673     {\r
 674       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 675       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 676     }\r
 677     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 678     {\r
 679       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 680       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 681     }\r
 682     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 683     {\r
 684       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 685     }\r
 686     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 687     {\r
 688       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 689     }\r
 690     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 691     {\r
 692       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 693     }\r
 694     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 695     {\r
 696       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 697     }\r
 698     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 699     {\r
 700       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 701     }\r
 702     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 703     {\r
 704       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 705     }\r
 706     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 707     {\r
 708       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 709     }\r
 710     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 711     {\r
 712       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 713     }\r
 714     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 715     {\r
 716       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 717     }\r
 718     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 719     {\r
 720       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 721     }\r
 722     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 723     {\r
 724       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 725     }\r
 726     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 727     {\r
 728       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 729     }\r
 730     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 731   }\r
 732 \r
 733   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 734   {\r
 735     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 736     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 737     // searchresults.\r
 738   }\r
 739 \r
 740   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 741   {\r
 742     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 743     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 744   }\r
 745 \r
 746   @Override\r
 747   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 748   {\r
 749     Object source = evt.getSource();\r
 750 \r
 751     if (source == inputText)\r
 752     {\r
 753       inputText_actionPerformed();\r
 754     }\r
 755     else if (source == loadTree)\r
 756     {\r
 757       loadTree_actionPerformed();\r
 758     }\r
 759     else if (source == loadApplication)\r
 760     {\r
 761       launchFullApplication();\r
 762     }\r
 763     else if (source == loadAnnotations)\r
 764     {\r
 765       loadAnnotations();\r
 766     }\r
 767     else if (source == outputAnnotations)\r
 768     {\r
 769       outputAnnotations(true);\r
 770     }\r
 771     else if (source == outputFeatures)\r
 772     {\r
 773       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 774     }\r
 775     else if (source == closeMenuItem)\r
 776     {\r
 777       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 778     }\r
 779     else if (source == copy)\r
 780     {\r
 781       copy_actionPerformed();\r
 782     }\r
 783     else if (source == undoMenuItem)\r
 784     {\r
 785       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 786     }\r
 787     else if (source == redoMenuItem)\r
 788     {\r
 789       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 790     }\r
 791     else if (source == inputText)\r
 792     {\r
 793       inputText_actionPerformed();\r
 794     }\r
 795     else if (source == closeMenuItem)\r
 796     {\r
 797       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 798     }\r
 799     else if (source == undoMenuItem)\r
 800     {\r
 801       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 802     }\r
 803     else if (source == redoMenuItem)\r
 804     {\r
 805       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 806     }\r
 807     else if (source == copy)\r
 808     {\r
 809       copy_actionPerformed();\r
 810     }\r
 811     else if (source == pasteNew)\r
 812     {\r
 813       pasteNew_actionPerformed();\r
 814     }\r
 815     else if (source == pasteThis)\r
 816     {\r
 817       pasteThis_actionPerformed();\r
 818     }\r
 819     else if (source == cut)\r
 820     {\r
 821       cut_actionPerformed();\r
 822     }\r
 823     else if (source == delete)\r
 824     {\r
 825       delete_actionPerformed();\r
 826     }\r
 827     else if (source == grpsFromSelection)\r
 828     {\r
 829       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 830     }\r
 831     else if (source == deleteGroups)\r
 832     {\r
 833       deleteGroups_actionPerformed();\r
 834     }\r
 835     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 836     {\r
 837       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 838     }\r
 839     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 840     {\r
 841       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 842     }\r
 843     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 844     {\r
 845       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 846     }\r
 847     else if (source == invertColSel)\r
 848     {\r
 849       viewport.invertColumnSelection();\r
 850       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 851     }\r
 852     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 853     {\r
 854       trimAlignment(true);\r
 855     }\r
 856     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 857     {\r
 858       trimAlignment(false);\r
 859     }\r
 860     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 861     {\r
 862       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 863     }\r
 864     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 865     {\r
 866       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 867     }\r
 868     else if (source == findMenuItem)\r
 869     {\r
 870       findMenuItem_actionPerformed();\r
 871     }\r
 872     else if (source == font)\r
 873     {\r
 874       new FontChooser(alignPanel);\r
 875     }\r
 876     else if (source == newView)\r
 877     {\r
 878       newView(null);\r
 879     }\r
 880     else if (source == showColumns)\r
 881     {\r
 882       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 883       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 884     }\r
 885     else if (source == showSeqs)\r
 886     {\r
 887       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 888       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 889     }\r
 890     else if (source == hideColumns)\r
 891     {\r
 892       viewport.hideSelectedColumns();\r
 893       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 894     }\r
 895     else if (source == hideSequences\r
 896             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 897     {\r
 898       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 899       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 900     }\r
 901     else if (source == hideAllButSelection)\r
 902     {\r
 903       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 904       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 905     }\r
 906     else if (source == hideAllSelection)\r
 907     {\r
 908       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 909       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 910       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 911       viewport.hideSelectedColumns();\r
 912       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 913     }\r
 914     else if (source == showAllHidden)\r
 915     {\r
 916       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 917       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 918       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 919     }\r
 920     else if (source == showGroupConsensus)\r
 921     {\r
 922       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 923     }\r
 924     else if (source == showGroupConservation)\r
 925     {\r
 926       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 927     }\r
 928     else if (source == showSequenceLogo)\r
 929     {\r
 930       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 931     }\r
 932     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 933     {\r
 934       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 935     }\r
 936     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 937     {\r
 938       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 939     }\r
 940     else if (source == featureSettings)\r
 941     {\r
 942       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 943     }\r
 944     else if (source == alProperties)\r
 945     {\r
 946       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 947               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 948       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 949       cap.setText(contents.toString());\r
 950       Frame frame = new Frame();\r
 951       frame.add(cap);\r
 952       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 953               + getTitle(), 400, 250);\r
 954     }\r
 955     else if (source == overviewMenuItem)\r
 956     {\r
 957       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 958     }\r
 959     else if (source == noColourmenuItem)\r
 960     {\r
 961       changeColour(null);\r
 962     }\r
 963     else if (source == clustalColour)\r
 964     {\r
 965       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 966       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(),null));\r
 967     }\r
 968     else if (source == zappoColour)\r
 969     {\r
 970       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 971     }\r
 972     else if (source == taylorColour)\r
 973     {\r
 974       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 975     }\r
 976     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 977     {\r
 978       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 979     }\r
 980     else if (source == helixColour)\r
 981     {\r
 982       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 983     }\r
 984     else if (source == strandColour)\r
 985     {\r
 986       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 987     }\r
 988     else if (source == turnColour)\r
 989     {\r
 990       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 991     }\r
 992     else if (source == buriedColour)\r
 993     {\r
 994       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 995     }\r
 996     else if (source == nucleotideColour)\r
 997     {\r
 998       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 999     }\r
1000     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
1001     {\r
1002       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
1003     }\r
1004     else if (source == RNAHelixColour)\r
1005     {\r
1006       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1007     }\r
1008     else if (source == modifyPID)\r
1009     {\r
1010       modifyPID_actionPerformed();\r
1011     }\r
1012     else if (source == modifyConservation)\r
1013     {\r
1014       modifyConservation_actionPerformed();\r
1015     }\r
1016     else if (source == userDefinedColour)\r
1017     {\r
1018       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1019     }\r
1020     else if (source == PIDColour)\r
1021     {\r
1022       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1023     }\r
1024     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1025     {\r
1026       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1027     }\r
1028     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1029         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1030     }\r
1031     else if (source == annotationColour)\r
1032     {\r
1033       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1034     }\r
1035     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1036     {\r
1037       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1038     }\r
1039     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1040     {\r
1041       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1042     }\r
1043     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1044     {\r
1045       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1046     }\r
1047     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1048     {\r
1049       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1050     }\r
1051     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1052     {\r
1053       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1054     }\r
1055     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1056     {\r
1057       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1058     }\r
1059     else if (source == PCAMenuItem)\r
1060     {\r
1061       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1062     }\r
1063     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1064     {\r
1065       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1066     }\r
1067     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1068     {\r
1069       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1070     }\r
1071     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1072     {\r
1073       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1074     }\r
1075     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1076     {\r
1077       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1078     }\r
1079     else if (source == documentation)\r
1080     {\r
1081       documentation_actionPerformed();\r
1082     }\r
1083     else if (source == about)\r
1084     {\r
1085       about_actionPerformed();\r
1086     }\r
1087 \r
1088   }\r
1089 \r
1090   public void inputText_actionPerformed()\r
1091   {\r
1092     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1093     Frame frame = new Frame();\r
1094     frame.add(cap);\r
1095     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1096   }\r
1097 \r
1098   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1099   {\r
1100     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1101     Frame frame = new Frame();\r
1102     frame.add(cap);\r
1103     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1104             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1105     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1106             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1107             viewport.showJVSuffix));\r
1108   }\r
1109 \r
1110   public void loadAnnotations()\r
1111   {\r
1112     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1113     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1114     cap.setAnnotationImport();\r
1115     Frame frame = new Frame();\r
1116     frame.add(cap);\r
1117     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1118 \r
1119   }\r
1120 \r
1121   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1122   {\r
1123     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1124             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1125                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1126                     .getGroups(),\r
1127             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1128 \r
1129     if (displayTextbox)\r
1130     {\r
1131       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1132       Frame frame = new Frame();\r
1133       frame.add(cap);\r
1134       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1135       cap.setText(annotation);\r
1136     }\r
1137 \r
1138     return annotation;\r
1139   }\r
1140 \r
1141   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1142   {\r
1143     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1144     {\r
1145       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1146       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1147       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1148       while (en.hasMoreElements())\r
1149       {\r
1150         Object col = en.nextElement();\r
1151         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1152       }\r
1153       return fcols;\r
1154     }\r
1155     return null;\r
1156   }\r
1157 \r
1158   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1159   {\r
1160     String features;\r
1161     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1162     {\r
1163       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1164               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1165               getDisplayedFeatureCols());\r
1166     }\r
1167     else\r
1168     {\r
1169       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1170               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1171               getDisplayedFeatureCols());\r
1172     }\r
1173 \r
1174     if (displayTextbox)\r
1175     {\r
1176       boolean frimport=false;\r
1177       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1178       {\r
1179         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1180         frimport=true;\r
1181       }\r
1182 \r
1183       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1184       if (frimport)\r
1185       {\r
1186         cap.setAnnotationImport();\r
1187       }\r
1188       Frame frame = new Frame();\r
1189       frame.add(cap);\r
1190       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1191       cap.setText(features);\r
1192     } else {\r
1193       if (features==null)\r
1194         features = "";\r
1195     }\r
1196 \r
1197     return features;\r
1198   }\r
1199 \r
1200   void launchFullApplication()\r
1201   {\r
1202     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1203 \r
1204     url.append("?open="\r
1205             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1206 \r
1207     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1208     {\r
1209       url.append("&features=");\r
1210       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1211     }\r
1212 \r
1213     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1214     {\r
1215       url.append("&annotations=");\r
1216       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1217     }\r
1218 \r
1219     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1220     {\r
1221       url.append("&annotations=");\r
1222       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1223     }\r
1224 \r
1225     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1226     {\r
1227       url.append("&colour="\r
1228               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1229                       .getParameter("defaultColour")));\r
1230     }\r
1231 \r
1232     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1233     {\r
1234       url.append("&colour="\r
1235               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1236                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1237     }\r
1238     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1239     {\r
1240       url.append("&tree="\r
1241               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1242     }\r
1243     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1244     {\r
1245       url.append("&tree="\r
1246               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1247     }\r
1248 \r
1249     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1250   }\r
1251 \r
1252   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1253   {\r
1254     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1255     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1256     {\r
1257       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1258       {\r
1259         sb.append("%20");\r
1260       }\r
1261       else\r
1262       {\r
1263         sb.append(colour.charAt(i));\r
1264       }\r
1265     }\r
1266 \r
1267     return sb.toString();\r
1268   }\r
1269 \r
1270   String appendProtocol(String url)\r
1271   {\r
1272     try\r
1273     {\r
1274       new URL(url);\r
1275       url = URLEncoder.encode(url);\r
1276     }\r
1277     /*\r
1278      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1279      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1280      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1281      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1282      * ex.printStackTrace(); }\r
1283      */\r
1284     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1285     {\r
1286       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1287     }\r
1288     return url;\r
1289   }\r
1290 \r
1291   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1292   {\r
1293     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1294     if (alignPanel.seqPanel!=null && alignPanel.seqPanel.seqCanvas!=null)\r
1295     {\r
1296       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1297     }\r
1298     if (alignPanel.idPanel!=null && alignPanel.idPanel.idCanvas!=null) {\r
1299       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1300     }\r
1301 \r
1302     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1303     {\r
1304       System.exit(0);\r
1305     } else {\r
1306     }\r
1307     viewport = null;\r
1308     alignPanel = null;\r
1309     this.dispose();\r
1310   }\r
1311 \r
1312   /**\r
1313    * TODO: JAL-1104\r
1314    */\r
1315   void updateEditMenuBar()\r
1316   {\r
1317 \r
1318     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1319     {\r
1320       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1321       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1322       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1323     }\r
1324     else\r
1325     {\r
1326       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1327       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1328     }\r
1329 \r
1330     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1331     {\r
1332       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1333 \r
1334       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1335       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1336     }\r
1337     else\r
1338     {\r
1339       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1340       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1341     }\r
1342   }\r
1343 \r
1344   /**\r
1345    * TODO: JAL-1104\r
1346    */\r
1347   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1348   {\r
1349     if (command.getSize() > 0)\r
1350     {\r
1351       viewport.historyList.push(command);\r
1352       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1353       updateEditMenuBar();\r
1354       viewport.updateHiddenColumns();\r
1355     }\r
1356   }\r
1357 \r
1358   /**\r
1359    * TODO: JAL-1104\r
1360    * DOCUMENT ME!\r
1361    *\r
1362    * @param e\r
1363    *          DOCUMENT ME!\r
1364    */\r
1365   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1366   {\r
1367     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1368     {\r
1369       return;\r
1370     }\r
1371 \r
1372     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1373     viewport.redoList.push(command);\r
1374     command.undoCommand(null);\r
1375 \r
1376     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1377     // JBPNote Test\r
1378     if (originalSource!=viewport) {\r
1379       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1380     }\r
1381     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1382     updateEditMenuBar();\r
1383     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1384             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1385   }\r
1386 \r
1387   /**\r
1388    * TODO: JAL-1104\r
1389    * DOCUMENT ME!\r
1390    *\r
1391    * @param e\r
1392    *          DOCUMENT ME!\r
1393    */\r
1394   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1395   {\r
1396     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1397     {\r
1398       return;\r
1399     }\r
1400 \r
1401     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1402     viewport.historyList.push(command);\r
1403     command.doCommand(null);\r
1404 \r
1405     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1406     // JBPNote Test\r
1407     if (originalSource!=viewport) {\r
1408       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1409     }\r
1410     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1411 \r
1412     updateEditMenuBar();\r
1413     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1414             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1415   }\r
1416 \r
1417   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1418   {\r
1419     AlignViewport originalSource = null;\r
1420     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1421     // the property change event FROM the viewport where the\r
1422     // original alignment was altered\r
1423     AlignmentI al = null;\r
1424     if (command instanceof EditCommand)\r
1425     {\r
1426       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1427       al = editCommand.getAlignment();\r
1428       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1429               .getSequenceSetId());\r
1430       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1431       {\r
1432         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1433         {\r
1434           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1435           {\r
1436             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1437             break;\r
1438           }\r
1439         }\r
1440       }\r
1441     }\r
1442 \r
1443     if (originalSource == null)\r
1444     {\r
1445       // The original view is closed, we must validate\r
1446       // the current view against the closed view first\r
1447       if (al != null)\r
1448       {\r
1449         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1450       }\r
1451 \r
1452       originalSource = viewport;\r
1453     }\r
1454 \r
1455     return originalSource;\r
1456   }\r
1457 \r
1458   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1459   {\r
1460     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1461     if (sg == null)\r
1462     {\r
1463       return;\r
1464     }\r
1465     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg, up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1466     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1467   }\r
1468 \r
1469   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1470   {\r
1471     List<SequenceI>sg = new Vector<SequenceI>();\r
1472     if (viewport.cursorMode)\r
1473     {\r
1474       sg.add(viewport.getAlignment()\r
1475               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1476     }\r
1477     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1478             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1479                     .getHeight())\r
1480     {\r
1481       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1482               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1483     }\r
1484 \r
1485     if (sg.size() < 1)\r
1486     {\r
1487       return;\r
1488     }\r
1489 \r
1490     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1491 \r
1492     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1493     {\r
1494       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1495         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1496     }\r
1497 \r
1498     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1499 \r
1500     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup.size()]);\r
1501     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1502       seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
1503 \r
1504     SlideSequencesCommand ssc;\r
1505     if (right)\r
1506       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1507               size, viewport.getGapCharacter());\r
1508     else\r
1509       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1510               size, viewport.getGapCharacter());\r
1511 \r
1512     int groupAdjustment = 0;\r
1513     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1514     {\r
1515       if (viewport.cursorMode)\r
1516         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1517       else\r
1518         groupAdjustment = size;\r
1519     }\r
1520     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1521     {\r
1522       if (viewport.cursorMode)\r
1523         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1524       else\r
1525         groupAdjustment = -size;\r
1526     }\r
1527 \r
1528     if (groupAdjustment != 0)\r
1529     {\r
1530       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1531               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1532       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1533               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1534     }\r
1535 \r
1536     boolean appendHistoryItem = false;\r
1537     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1538             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1539     {\r
1540       appendHistoryItem = ssc\r
1541               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1542                       .peek());\r
1543     }\r
1544 \r
1545     if (!appendHistoryItem)\r
1546       addHistoryItem(ssc);\r
1547 \r
1548     repaint();\r
1549   }\r
1550 \r
1551   static StringBuffer copiedSequences;\r
1552 \r
1553   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1554 \r
1555   protected void copy_actionPerformed()\r
1556   {\r
1557     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1558     {\r
1559       return;\r
1560     }\r
1561 \r
1562     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1563     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1564     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1565     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1566     {\r
1567       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1568       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1569       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1570     }\r
1571 \r
1572     int index = 0, startRes, endRes;\r
1573     char ch;\r
1574 \r
1575     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1576     {\r
1577       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1578       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1579       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1580               .size(); i++)\r
1581       {\r
1582         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1583                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1584 \r
1585         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1586         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1587       }\r
1588     }\r
1589     else\r
1590     {\r
1591       copiedHiddenColumns = null;\r
1592     }\r
1593 \r
1594     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1595     {\r
1596       SequenceI seq = null;\r
1597 \r
1598       while (seq == null)\r
1599       {\r
1600         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1601         {\r
1602           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1603           index++;\r
1604 \r
1605           break;\r
1606         }\r
1607         else\r
1608         {\r
1609           index++;\r
1610         }\r
1611       }\r
1612 \r
1613       // FIND START RES\r
1614       // Returns residue following index if gap\r
1615       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1616 \r
1617       // FIND END RES\r
1618       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1619       endRes = 0;\r
1620 \r
1621       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1622       {\r
1623         ch = seq.getCharAt(j);\r
1624         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1625         {\r
1626           endRes++;\r
1627         }\r
1628       }\r
1629 \r
1630       if (endRes > 0)\r
1631       {\r
1632         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1633       }\r
1634 \r
1635       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1636               + "\t"\r
1637               + startRes\r
1638               + "\t"\r
1639               + endRes\r
1640               + "\t"\r
1641               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1642                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1643     }\r
1644 \r
1645   }\r
1646 \r
1647   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1648   {\r
1649     paste(true);\r
1650   }\r
1651 \r
1652   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1653   {\r
1654     paste(false);\r
1655   }\r
1656 \r
1657   void paste(boolean newAlignment)\r
1658   {\r
1659     try\r
1660     {\r
1661 \r
1662       if (copiedSequences == null)\r
1663       {\r
1664         return;\r
1665       }\r
1666 \r
1667       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1668       Vector seqs = new Vector();\r
1669       while (st.hasMoreElements())\r
1670       {\r
1671         String name = st.nextToken();\r
1672         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1673         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1674         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1675       }\r
1676       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1677       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1678       {\r
1679         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1680       }\r
1681 \r
1682       if (newAlignment)\r
1683       {\r
1684         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1685         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1686         {\r
1687           newtitle = getTitle();\r
1688         }\r
1689         else\r
1690         {\r
1691           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1692         }\r
1693         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1694                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1695         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1696         {\r
1697           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1698           {\r
1699             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1700             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1701           }\r
1702         }\r
1703 \r
1704         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1705                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1706       }\r
1707       else\r
1708       {\r
1709         addSequences(newSeqs);\r
1710       }\r
1711 \r
1712     } catch (Exception ex)\r
1713     {\r
1714     } // could be anything being pasted in here\r
1715 \r
1716   }\r
1717 \r
1718   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1719   {\r
1720     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1721     {\r
1722       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1723     }\r
1724 \r
1725     // !newAlignment\r
1726     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1727             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1728 \r
1729     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1730     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1731     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1732             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1733 \r
1734   }\r
1735 \r
1736   protected void cut_actionPerformed()\r
1737   {\r
1738     copy_actionPerformed();\r
1739     delete_actionPerformed();\r
1740   }\r
1741 \r
1742   protected void delete_actionPerformed()\r
1743   {\r
1744 \r
1745     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1746     if (sg == null)\r
1747     {\r
1748       return;\r
1749     }\r
1750 \r
1751     Vector seqs = new Vector();\r
1752     SequenceI seq;\r
1753     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1754     {\r
1755       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1756       seqs.addElement(seq);\r
1757     }\r
1758 \r
1759     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1760     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1761     {\r
1762       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1763               sg.getEndRes() + 1);\r
1764     }\r
1765 \r
1766     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1767     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1768     {\r
1769       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1770     }\r
1771 \r
1772     /*\r
1773      * //ADD HISTORY ITEM\r
1774      */\r
1775     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1776             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1777             viewport.getAlignment()));\r
1778 \r
1779     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1780     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1781 \r
1782     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1783             .getSequences());\r
1784 \r
1785     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1786     {\r
1787       this.setVisible(false);\r
1788     }\r
1789     viewport.sendSelection();\r
1790   }\r
1791 \r
1792   /**\r
1793    * group consensus toggled\r
1794    *\r
1795    */\r
1796   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1797   {\r
1798     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1799     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1800 \r
1801   }\r
1802 \r
1803   /**\r
1804    * group conservation toggled.\r
1805    */\r
1806   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1807   {\r
1808     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1809     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1810   }\r
1811 \r
1812   /*\r
1813    * (non-Javadoc)\r
1814    *\r
1815    * @see\r
1816    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1817    * .event.ActionEvent)\r
1818    */\r
1819   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1820   {\r
1821     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1822     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1823   }\r
1824   /*\r
1825    * (non-Javadoc)\r
1826    *\r
1827    * @see\r
1828    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1829    * .event.ActionEvent)\r
1830    */\r
1831   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1832   {\r
1833     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1834     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1835   }\r
1836 \r
1837   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1838   {\r
1839     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1840   }\r
1841 \r
1842   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1843   {\r
1844     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1845     {\r
1846       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1847               viewport.getSequenceSelection(),\r
1848               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1849                       viewport.getGapCharacter()),\r
1850               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1851       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1852       viewport.sequenceColours = null;\r
1853       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1854       // set view properties for each group\r
1855       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1856       {\r
1857         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1858         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1859         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1860         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1861                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1862         col = col.brighter();\r
1863         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1864           viewport.setSequenceColour(\r
1865                 sq, col)\r
1866           ;\r
1867       }\r
1868       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1869       alignPanel.updateAnnotation();\r
1870       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1871     }\r
1872   }\r
1873 \r
1874   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1875   {\r
1876     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1877     viewport.sequenceColours = null;\r
1878     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1879 \r
1880     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1881   }\r
1882 \r
1883   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1884   {\r
1885     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1886     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1887     {\r
1888       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1889     }\r
1890     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1891     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1892     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1893     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1894     viewport.sendSelection();\r
1895   }\r
1896 \r
1897   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1898   {\r
1899     if (viewport.cursorMode)\r
1900     {\r
1901       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1902       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1903     }\r
1904     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1905     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1906     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1907     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1908     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1909     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1910     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1911     viewport.sendSelection();\r
1912   }\r
1913 \r
1914   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1915   {\r
1916     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1917     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1918     {\r
1919       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1920     }\r
1921 \r
1922     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1923     viewport.sendSelection();\r
1924   }\r
1925 \r
1926   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1927   {\r
1928     viewport.invertColumnSelection();\r
1929     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1930     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1931     viewport.sendSelection();\r
1932   }\r
1933 \r
1934   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1935   {\r
1936     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1937     int column;\r
1938 \r
1939     if (colSel.size() > 0)\r
1940     {\r
1941       if (trimLeft)\r
1942       {\r
1943         column = colSel.getMin();\r
1944       }\r
1945       else\r
1946       {\r
1947         column = colSel.getMax();\r
1948       }\r
1949 \r
1950       SequenceI[] seqs;\r
1951       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1952       {\r
1953         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1954                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1955       }\r
1956       else\r
1957       {\r
1958         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1959       }\r
1960 \r
1961       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1962       if (trimLeft)\r
1963       {\r
1964         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1965                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1966                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1967                 viewport.getSelectionGroup());\r
1968         viewport.setStartRes(0);\r
1969       }\r
1970       else\r
1971       {\r
1972         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1973                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1974                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1975                 viewport.getSelectionGroup());\r
1976       }\r
1977 \r
1978       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1979 \r
1980       addHistoryItem(trimRegion);\r
1981 \r
1982 \r
1983 \r
1984       for (SequenceGroup sg:viewport.getAlignment().getGroups())\r
1985       {\r
1986         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1987                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1988         {\r
1989           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1990         }\r
1991       }\r
1992 \r
1993       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
1994               .getAlignment().getSequences());\r
1995     }\r
1996   }\r
1997 \r
1998   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
1999   {\r
2000     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2001 \r
2002     SequenceI[] seqs;\r
2003     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2004     {\r
2005       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2006               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2007       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2008       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2009     }\r
2010     else\r
2011     {\r
2012       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2013     }\r
2014 \r
2015     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2016             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2017 \r
2018     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2019 \r
2020     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2021             + " empty columns.");\r
2022 \r
2023     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2024     // of first sequence\r
2025     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2026     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2027     // ShiftList shifts;\r
2028     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2029     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2030     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2031     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2032     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2033     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2034             .getSequences());\r
2035 \r
2036   }\r
2037 \r
2038   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2039   {\r
2040     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2041 \r
2042     SequenceI[] seqs;\r
2043     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2044     {\r
2045       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2046               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2047       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2048       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2049     }\r
2050     else\r
2051     {\r
2052       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2053     }\r
2054 \r
2055     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2056     // of first sequence\r
2057     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2058     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2059 \r
2060     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2061             viewport.getAlignment()));\r
2062 \r
2063     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2064 \r
2065     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2066             .getSequences());\r
2067 \r
2068   }\r
2069 \r
2070   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2071   {\r
2072     new Finder(alignPanel);\r
2073   }\r
2074 \r
2075   /**\r
2076    * create a new view derived from the current view\r
2077    *\r
2078    * @param viewtitle\r
2079    * @return frame for the new view\r
2080    */\r
2081   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2082   {\r
2083     AlignmentI newal;\r
2084     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2085     {\r
2086       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2087               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2088     }\r
2089     else\r
2090     {\r
2091       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2092     }\r
2093 \r
2094     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2095     {\r
2096       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2097       {\r
2098         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2099         {\r
2100           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2101         }\r
2102       }\r
2103     }\r
2104 \r
2105     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2106 \r
2107     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2108     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2109     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2110             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2111 \r
2112     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2113             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2114     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2115             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2116 \r
2117     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2118             .getSequenceSetId());\r
2119     int viewSize = -1;\r
2120     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2121     {\r
2122       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2123       {\r
2124         viewSize++;\r
2125       }\r
2126     }\r
2127 \r
2128     String title = new String(this.getTitle());\r
2129     if (viewtitle != null)\r
2130     {\r
2131       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2132     }\r
2133     else\r
2134     {\r
2135       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2136       {\r
2137         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2138       }\r
2139       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2140     }\r
2141 \r
2142     newaf.setTitle(title.toString());\r
2143 \r
2144     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2145     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2146     return newaf;\r
2147   }\r
2148 \r
2149   /**\r
2150    *\r
2151    * @return list of feature groups on the view\r
2152    */\r
2153   public String[] getFeatureGroups()\r
2154   {\r
2155     FeatureRenderer fr = null;\r
2156     if (alignPanel != null\r
2157             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2158     {\r
2159       return fr.getGroups();\r
2160     }\r
2161     return null;\r
2162   }\r
2163 \r
2164   /**\r
2165    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2166    *\r
2167    * @param visible\r
2168    *          true is visible\r
2169    * @return list\r
2170    */\r
2171   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2172   {\r
2173     FeatureRenderer fr = null;\r
2174     if (alignPanel != null\r
2175             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2176     {\r
2177       return fr.getGroups(visible);\r
2178     }\r
2179     return null;\r
2180   }\r
2181 \r
2182   /**\r
2183    * Change the display state for the given feature groups\r
2184    *\r
2185    * @param groups\r
2186    *          list of group strings\r
2187    * @param state\r
2188    *          visible or invisible\r
2189    */\r
2190   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2191   {\r
2192     FeatureRenderer fr = null;\r
2193     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2194     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2195     if (alignPanel != null\r
2196             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2197     {\r
2198       fr.setGroupState(groups, state);\r
2199       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2200       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2201       {\r
2202         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2203       }\r
2204     }\r
2205   }\r
2206 \r
2207   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2208   {\r
2209     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2210     alignPanel.fontChanged();\r
2211     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2212   }\r
2213 \r
2214   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2215   {\r
2216     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2217     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2218   }\r
2219 \r
2220   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2221   {\r
2222     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2223     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2224   }\r
2225 \r
2226   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2227   {\r
2228     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2229     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2230     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2231     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2232     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2233     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2234   }\r
2235 \r
2236   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2237   {\r
2238     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2239     {\r
2240       return;\r
2241     }\r
2242 \r
2243     Frame frame = new Frame();\r
2244     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2245     frame.add(overview);\r
2246     // +50 must allow for applet frame window\r
2247     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2248             overview.getPreferredSize().width,\r
2249             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2250 \r
2251     frame.pack();\r
2252     final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
2253     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2254     {\r
2255       @Override\r
2256       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2257       {\r
2258         if (ap!=null) {\r
2259           ap.setOverviewPanel(null);\r
2260         }\r
2261       };\r
2262     });\r
2263 \r
2264     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2265 \r
2266   }\r
2267 \r
2268   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2269   {\r
2270     int threshold = 0;\r
2271 \r
2272     if (cs != null)\r
2273     {\r
2274       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2275       {\r
2276         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2277                 "Background");\r
2278 \r
2279         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2280 \r
2281         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2282       }\r
2283       else\r
2284       {\r
2285         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2286       }\r
2287 \r
2288       if (viewport.getConservationSelected())\r
2289       {\r
2290 \r
2291         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2292         Conservation c = new Conservation("All",\r
2293                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2294                 al.getWidth() - 1);\r
2295 \r
2296         c.calculate();\r
2297         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2298 \r
2299         cs.setConservation(c);\r
2300 \r
2301         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2302                 cs, "Background"));\r
2303 \r
2304       }\r
2305       else\r
2306       {\r
2307         cs.setConservation(null);\r
2308       }\r
2309 \r
2310       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2311 \r
2312     }\r
2313     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2314 \r
2315 \r
2316     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2317     {\r
2318       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2319     }\r
2320 \r
2321     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2322             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2323                     alignPanel);\r
2324 \r
2325     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2326   }\r
2327 \r
2328   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2329   {\r
2330     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2331             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2332     {\r
2333       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2334               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2335       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2336     }\r
2337   }\r
2338 \r
2339   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2340   {\r
2341     if (viewport.getConservationSelected()\r
2342             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2343     {\r
2344       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2345               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2346       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2347     }\r
2348   }\r
2349 \r
2350   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2351   {\r
2352     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2353 \r
2354     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2355     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2356 \r
2357     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2358 \r
2359     modifyConservation_actionPerformed();\r
2360   }\r
2361 \r
2362   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2363   {\r
2364     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2365 \r
2366     conservationMenuItem.setState(false);\r
2367     viewport.setConservationSelected(false);\r
2368 \r
2369     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2370 \r
2371     modifyPID_actionPerformed();\r
2372   }\r
2373 \r
2374   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2375   {\r
2376     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2377     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2378             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2379 \r
2380     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2381             viewport.getAlignment()));\r
2382     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2383   }\r
2384 \r
2385   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2386   {\r
2387     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2388     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2389     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2390     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2391   }\r
2392 \r
2393   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2394   {\r
2395     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2396     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2397     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2398             viewport.getAlignment()));\r
2399     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2400   }\r
2401 \r
2402   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2403   {\r
2404     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2405     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2406     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2407             viewport.getAlignment()));\r
2408     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2409 \r
2410   }\r
2411 \r
2412   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2413   {\r
2414     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2415   }\r
2416 \r
2417   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2418   {\r
2419     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2420             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2421     {\r
2422       Frame frame = new Frame();\r
2423       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2424       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2425               500);\r
2426     }\r
2427   }\r
2428 \r
2429   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2430   {\r
2431     // are the sequences aligned?\r
2432     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2433     {\r
2434       SequenceI current;\r
2435       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2436 \r
2437       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2438       {\r
2439         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2440 \r
2441         if (current.getLength() < Width)\r
2442         {\r
2443           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2444         }\r
2445       }\r
2446       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2447     }\r
2448 \r
2449     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2450             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2451             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2452             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2453     {\r
2454       return;\r
2455     }\r
2456 \r
2457     try\r
2458     {\r
2459       new PCAPanel(viewport);\r
2460     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2461     {\r
2462     }\r
2463 \r
2464   }\r
2465 \r
2466   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2467   {\r
2468     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2469   }\r
2470 \r
2471   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2472   {\r
2473     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2474   }\r
2475 \r
2476   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2477   {\r
2478     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2479   }\r
2480 \r
2481   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2482   {\r
2483     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2484   }\r
2485 \r
2486   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2487   {\r
2488     // are the sequences aligned?\r
2489     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2490     {\r
2491       SequenceI current;\r
2492       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2493 \r
2494       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2495       {\r
2496         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2497 \r
2498         if (current.getLength() < Width)\r
2499         {\r
2500           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2501         }\r
2502       }\r
2503       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2504 \r
2505     }\r
2506 \r
2507     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2508             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2509             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2510                     .getHeight() > 1))\r
2511     {\r
2512       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2513 \r
2514       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2515 \r
2516       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2517     }\r
2518   }\r
2519 \r
2520   void loadTree_actionPerformed()\r
2521   {\r
2522     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2523     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2524     cap.setTreeImport();\r
2525     Frame frame = new Frame();\r
2526     frame.add(cap);\r
2527     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2528   }\r
2529 \r
2530   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2531   {\r
2532     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2533     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2534     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2535   }\r
2536 \r
2537   /**\r
2538    * sort the alignment using the given treePanel\r
2539    *\r
2540    * @param treePanel\r
2541    *          tree used to sort view\r
2542    * @param title\r
2543    *          string used for undo event name\r
2544    */\r
2545   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2546   {\r
2547     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2548     AlignmentSorter\r
2549             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2550     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2551     // HistoryItem.SORT));\r
2552     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2553             viewport.getAlignment()));\r
2554     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2555   }\r
2556 \r
2557   /**\r
2558    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2559    * the menu structure for the new tree\r
2560    *\r
2561    * @param treePanel\r
2562    * @param title\r
2563    */\r
2564   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2565           final String title)\r
2566   {\r
2567     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2568     sortByTreeMenu.add(item);\r
2569     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2570     {\r
2571       @Override\r
2572       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2573       {\r
2574         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2575       }\r
2576     });\r
2577 \r
2578     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2579     {\r
2580       @Override\r
2581       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2582       {\r
2583         if (viewport.sortByTree)\r
2584         {\r
2585           sortByTree(treePanel, title);\r
2586         }\r
2587         super.windowOpened(e);\r
2588       }\r
2589 \r
2590       @Override\r
2591       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2592       {\r
2593         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2594       };\r
2595     });\r
2596   }\r
2597   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2598   {\r
2599     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2600     .getSequencesArray();\r
2601     if (viewport.applet.debug)\r
2602     {\r
2603       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2604     }\r
2605     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2606     if (undoname!=null)\r
2607     {\r
2608       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2609     }\r
2610     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2611     return true;\r
2612   }\r
2613 \r
2614   protected void documentation_actionPerformed()\r
2615   {\r
2616     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2617   }\r
2618 \r
2619   protected void about_actionPerformed()\r
2620   {\r
2621 \r
2622     class AboutPanel extends Canvas\r
2623     {\r
2624       String version;\r
2625 \r
2626       String builddate;\r
2627 \r
2628       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2629       {\r
2630         this.version = version;\r
2631         this.builddate = builddate;\r
2632       }\r
2633 \r
2634       @Override\r
2635       public void paint(Graphics g)\r
2636       {\r
2637         g.setColor(Color.white);\r
2638         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2639         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2640         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2641         int fh = fm.getHeight();\r
2642         int y = 5, x = 7;\r
2643         g.setColor(Color.black);\r
2644         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2645         // lite and application\r
2646         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2647         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2648         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2649         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2650         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2651         g.drawString(\r
2652                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2653                 x, y += fh * 1.5);\r
2654         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2655         g.drawString(\r
2656                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2657                 x, y += fh);\r
2658         g.drawString(\r
2659                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2660                 x, y += fh);\r
2661         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2662         g.drawString(\r
2663                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2664                 x, y += fh);\r
2665         g.drawString(\r
2666                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2667                 x, y += fh);\r
2668         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2669                 x, y += fh);\r
2670       }\r
2671     }\r
2672 \r
2673     Frame frame = new Frame();\r
2674     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2675             .getBuildDate()));\r
2676     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2677 \r
2678   }\r
2679 \r
2680   public void showURL(String url, String target)\r
2681   {\r
2682     if (viewport.applet == null)\r
2683     {\r
2684       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2685     }\r
2686     else\r
2687     {\r
2688       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2689     }\r
2690   }\r
2691 \r
2692   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2693   // JBuilder Graphics here\r
2694 \r
2695   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2696 \r
2697   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2698 \r
2699   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2700 \r
2701   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2702 \r
2703   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2704 \r
2705   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2706 \r
2707   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2708 \r
2709   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2710 \r
2711   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2712 \r
2713   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2714 \r
2715   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2716 \r
2717   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2718 \r
2719   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2720 \r
2721   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2722 \r
2723   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2724 \r
2725   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2726 \r
2727   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2728 \r
2729   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2730 \r
2731   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2732 \r
2733   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2734 \r
2735   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2736 \r
2737   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2738 \r
2739   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2740 \r
2741   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2742 \r
2743   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2744 \r
2745   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2746 \r
2747   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2748 \r
2749   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2750 \r
2751   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2752 \r
2753   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2754 \r
2755   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2756 \r
2757   public Label statusBar = new Label();\r
2758 \r
2759   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2760 \r
2761   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2762 \r
2763   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2764 \r
2765   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2766 \r
2767   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2768 \r
2769   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2770 \r
2771   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2772 \r
2773   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2774 \r
2775   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2776 \r
2777   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2778   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2779 \r
2780   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2781 \r
2782   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2783 \r
2784   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2785 \r
2786   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2787 \r
2788   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2789 \r
2790   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2791 \r
2792   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2793 \r
2794   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2795 \r
2796   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2797 \r
2798   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2799 \r
2800   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2801 \r
2802   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2803 \r
2804   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2805 \r
2806   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2807 \r
2808   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2809 \r
2810   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2811 \r
2812   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2813 \r
2814   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2815 \r
2816   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2817 \r
2818   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2819 \r
2820   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2821 \r
2822   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2823 \r
2824   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2825 \r
2826   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2827 \r
2828   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2829 \r
2830   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2831 \r
2832   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2833 \r
2834   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2835 \r
2836   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2837 \r
2838   MenuItem font = new MenuItem();\r
2839 \r
2840   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2841 \r
2842   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2843 \r
2844   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2845 \r
2846   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2847 \r
2848   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2849 \r
2850   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2851           "Autocalculate Consensus", true);\r
2852 \r
2853   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2854           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2855 \r
2856   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2857 \r
2858   Menu sort = new Menu();\r
2859 \r
2860   Menu calculate = new Menu();\r
2861 \r
2862   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2863 \r
2864   Menu helpMenu = new Menu();\r
2865 \r
2866   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2867 \r
2868   MenuItem about = new MenuItem();\r
2869 \r
2870   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2871 \r
2872   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2873 \r
2874   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2875   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2876   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2877   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2878   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2879   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2880   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2881 \r
2882   private void jbInit() throws Exception\r
2883   {\r
2884 \r
2885     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2886 \r
2887     MenuItem item;\r
2888 \r
2889     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2890     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2891     {\r
2892 \r
2893       item = new MenuItem(\r
2894               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2895 \r
2896       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2897       {\r
2898         @Override\r
2899         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2900         {\r
2901           outputText_actionPerformed(e);\r
2902         }\r
2903       });\r
2904 \r
2905       outputTextboxMenu.add(item);\r
2906     }\r
2907     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2908     loadApplication.addActionListener(this);\r
2909 \r
2910     loadTree.addActionListener(this);\r
2911     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2912     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2913     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2914     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2915     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2916     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2917     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2918     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2919     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2920     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2921     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2922     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2923     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2924     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2925     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2926     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2927     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2928     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2929     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2930     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2931     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2932     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2933     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2934     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2935     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2936     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2937     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2938     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2939     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2940     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2941     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2942     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2943     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2944     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2945     averageDistanceTreeMenuItem\r
2946             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2947     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2948     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2949     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2950     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2951     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2952     statusBar.setText("Status bar");\r
2953     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2954     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2955 \r
2956     clustalColour.addActionListener(this);\r
2957     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2958     zappoColour.addActionListener(this);\r
2959     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2960     taylorColour.addActionListener(this);\r
2961     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2962     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2963     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2964     helixColour.addActionListener(this);\r
2965     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2966     strandColour.addActionListener(this);\r
2967     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2968     turnColour.addActionListener(this);\r
2969     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2970     buriedColour.addActionListener(this);\r
2971     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
2972     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
2973     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
2974     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
2975     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2976     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2977     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2978     PIDColour.addActionListener(this);\r
2979     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2980     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2981     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
2982     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
2983     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
2984     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
2985     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2986     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
2987     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2988     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
2989     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
2990     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
2991     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2992     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
2993     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
2994     alProperties.addActionListener(this);\r
2995     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
2996     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
2997     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
2998     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
2999     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3000     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3001     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3002     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3003     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3004     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3005     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3006     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3007     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3008     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3009     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3010     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3011     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3012     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3013     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3014     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3015     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3016     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3017     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3018     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3019     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3020     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3021     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3022     copy.setLabel("Copy");\r
3023     copy.addActionListener(this);\r
3024     cut.setLabel("Cut");\r
3025     cut.addActionListener(this);\r
3026     delete.setLabel("Delete");\r
3027     delete.addActionListener(this);\r
3028     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3029     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3030     pasteNew.addActionListener(this);\r
3031     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3032     pasteThis.addActionListener(this);\r
3033     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3034     applyToAllGroups.setState(true);\r
3035     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3036     font.setLabel("Font...");\r
3037     font.addActionListener(this);\r
3038     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3039     scaleAbove.setState(true);\r
3040     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3041     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3042     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3043     scaleLeft.setState(true);\r
3044     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3045     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3046     scaleRight.setEnabled(false);\r
3047     scaleRight.setState(true);\r
3048     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3049     scaleRight.addItemListener(this);\r
3050     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3051     modifyPID.addActionListener(this);\r
3052     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3053     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3054     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3055     sort.setLabel("Sort");\r
3056     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3057     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3058     sortByTree.addItemListener(this);\r
3059     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3060     inputText.addActionListener(this);\r
3061     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3062     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3063     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3064     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3065     helpMenu.setLabel("Help");\r
3066     documentation.setLabel("Documentation");\r
3067     documentation.addActionListener(this);\r
3068 \r
3069     about.setLabel("About...");\r
3070     about.addActionListener(this);\r
3071     seqLimits.setState(true);\r
3072     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3073     seqLimits.addItemListener(this);\r
3074     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3075     featureSettings.addActionListener(this);\r
3076     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3077     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3078     sequenceFeatures.setState(false);\r
3079     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3080     annotationColour.addActionListener(this);\r
3081     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3082     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3083     menu1.setLabel("Show");\r
3084     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3085     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3086     menu2.setLabel("Hide");\r
3087     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3088     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3089     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3090     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3091     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3092     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3093     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3094     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3095     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3096     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3097     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3098     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3099 \r
3100     invertColSel.addActionListener(this);\r
3101     showColumns.addActionListener(this);\r
3102     showSeqs.addActionListener(this);\r
3103     hideColumns.addActionListener(this);\r
3104     hideSequences.addActionListener(this);\r
3105     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3106     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3107     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3108     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3109     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3110     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3111     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3112     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3113     formatMenu.setLabel("Format");\r
3114     selectMenu.setLabel("Select");\r
3115     newView.setLabel("New View");\r
3116     newView.addActionListener(this);\r
3117     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3118     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3119     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3120     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3121     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3122     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3123     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3124     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3125 \r
3126     fileMenu.add(inputText);\r
3127     fileMenu.add(loadTree);\r
3128     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3129 \r
3130     fileMenu.addSeparator();\r
3131     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3132     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3133     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3134 \r
3135     if (jalviewServletURL != null)\r
3136     {\r
3137       fileMenu.add(loadApplication);\r
3138     }\r
3139 \r
3140     fileMenu.addSeparator();\r
3141     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3142 \r
3143     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3144     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3145     editMenu.add(cut);\r
3146     editMenu.add(copy);\r
3147     editMenu.add(pasteMenu);\r
3148     editMenu.add(delete);\r
3149     editMenu.addSeparator();\r
3150     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3151     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3152     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3153     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3154     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3155     viewMenu.add(newView);\r
3156     viewMenu.addSeparator();\r
3157     viewMenu.add(menu1);\r
3158     viewMenu.add(menu2);\r
3159     viewMenu.addSeparator();\r
3160     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3161     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3162     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3163     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3164     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3165     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3166     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3167     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3168     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3169     viewMenu.addSeparator();\r
3170     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3171     viewMenu.add(featureSettings);\r
3172     viewMenu.addSeparator();\r
3173     viewMenu.add(alProperties);\r
3174     viewMenu.addSeparator();\r
3175     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3176     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3177     colourMenu.addSeparator();\r
3178     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3179     colourMenu.add(clustalColour);\r
3180     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3181     colourMenu.add(PIDColour);\r
3182     colourMenu.add(zappoColour);\r
3183     colourMenu.add(taylorColour);\r
3184     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3185     colourMenu.add(helixColour);\r
3186     colourMenu.add(strandColour);\r
3187     colourMenu.add(turnColour);\r
3188     colourMenu.add(buriedColour);\r
3189     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3190     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3191     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3192     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3193     colourMenu.addSeparator();\r
3194     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3195     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3196     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3197     colourMenu.add(modifyPID);\r
3198     colourMenu.add(annotationColour);\r
3199     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3200     calculateMenu.add(sort);\r
3201     calculateMenu.add(calculate);\r
3202     calculateMenu.addSeparator();\r
3203     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3204     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3205     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3206     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3207     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3208     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3209     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3210     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3211     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3212     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3213     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3214     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3215     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3216     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3217     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3218     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3219     helpMenu.add(documentation);\r
3220     helpMenu.add(about);\r
3221     menu1.add(showColumns);\r
3222     menu1.add(showSeqs);\r
3223     menu1.add(showAllHidden);\r
3224     menu2.add(hideColumns);\r
3225     menu2.add(hideSequences);\r
3226     menu2.add(hideAllSelection);\r
3227     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3228     formatMenu.add(font);\r
3229     formatMenu.add(seqLimits);\r
3230     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3231     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3232     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3233     formatMenu.add(scaleRight);\r
3234     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3235     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3236     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3237     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3238     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3239     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3240     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3241     selectMenu.addSeparator();\r
3242     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3243     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3244     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3245     selectMenu.add(invertColSel);\r
3246     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3247     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3248 \r
3249   }\r
3250 \r
3251   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3252 \r
3253   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3254 \r
3255   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3256 \r
3257   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3258 \r
3259   Menu menu1 = new Menu();\r
3260 \r
3261   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3262 \r
3263   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3264 \r
3265   Menu menu2 = new Menu();\r
3266 \r
3267   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3268 \r
3269   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3270 \r
3271   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3272 \r
3273   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3274 \r
3275   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3276 \r
3277   Menu formatMenu = new Menu();\r
3278 \r
3279   Menu selectMenu = new Menu();\r
3280 \r
3281   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3282 \r
3283   /**\r
3284    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3285    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3286    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3287    *\r
3288    * @param reallyEmbedded\r
3289    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3290    *          in a new window\r
3291    */\r
3292   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3293   {\r
3294     if (reallyEmbedded)\r
3295     {\r
3296       // ////\r
3297       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3298       //\r
3299       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3300       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3301       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3302       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3303               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3304       // and actually add the components to the applet area\r
3305       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3306       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3307       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3308       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3309               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3310                       - statusBar.HEIGHT);\r
3311       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3312       final AlignFrame me = this;\r
3313       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3314       {\r
3315 \r
3316         @Override\r
3317         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3318         {\r
3319           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3320                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3321         }}\r
3322 \r
3323         @Override\r
3324         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3325         {\r
3326           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3327         }\r
3328       });\r
3329       viewport.applet.validate();\r
3330     }\r
3331     else\r
3332     {\r
3333       // //////\r
3334       // test and embed menu bar if necessary.\r
3335       //\r
3336       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3337       {\r
3338         // adjust for status bar height too\r
3339         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3340                 - statusBar.HEIGHT);\r
3341       }\r
3342       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3343       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3344       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3345       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3346               DEFAULT_HEIGHT);\r
3347     }\r
3348   }\r
3349 \r
3350   /**\r
3351    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3352    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3353    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3354    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3355    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3356    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3357    *\r
3358    * @param viewer\r
3359    *          JmolViewer instance\r
3360    * @param sequenceIds\r
3361    *          - sequence Ids to search for associations\r
3362    */\r
3363   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3364           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3365   {\r
3366     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3367     try\r
3368     {\r
3369       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3370     } catch (ClassCastException ex)\r
3371     {\r
3372       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3373               + jmolviewer.getClass());\r
3374     }\r
3375     if (viewer == null)\r
3376     {\r
3377       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3378               + jmolviewer.getClass());\r
3379       return null;\r
3380     }\r
3381     SequenceI[] seqs = null;\r
3382     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3383     {\r
3384       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3385     }\r
3386     else\r
3387     {\r
3388       Vector sqi = new Vector();\r
3389       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3390       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3391       {\r
3392         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3393         if (sq != null)\r
3394         {\r
3395           sqi.addElement(sq);\r
3396         }\r
3397       }\r
3398       if (sqi.size() > 0)\r
3399       {\r
3400         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3401         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3402         {\r
3403           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3404         }\r
3405       }\r
3406       else\r
3407       {\r
3408         return null;\r
3409       }\r
3410     }\r
3411     ExtJmol jmv = null;\r
3412     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3413     if (jmv == null)\r
3414     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3415       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3416     }\r
3417     return jmv;\r
3418 \r
3419   }\r
3420   /**\r
3421    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3422    *\r
3423    * @param sequenceId\r
3424    *          - sequenceId within the dataset.\r
3425    * @param pdbEntryString\r
3426    *          - the short name for the PDB file\r
3427    * @param pdbFile\r
3428    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3429    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3430    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3431    *         fails.\r
3432    */\r
3433   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3434           String pdbFile)\r
3435   {\r
3436     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3437     boolean needtoadd = false;\r
3438     if (toaddpdb != null)\r
3439     {\r
3440       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3441       PDBEntry pdbentry = null;\r
3442       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3443       {\r
3444         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3445         {\r
3446           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3447           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3448                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3449           {\r
3450             pdbentry = null;\r
3451           }\r
3452           else\r
3453           {\r
3454             continue;\r
3455           }\r
3456         }\r
3457       }\r
3458       if (pdbentry == null)\r
3459       {\r
3460         pdbentry = new PDBEntry();\r
3461         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3462         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3463         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3464       }\r
3465       // resolve data source\r
3466       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3467       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3468       if (protocol == null)\r
3469       {\r
3470         return false;\r
3471       }\r
3472       if (needtoadd)\r
3473       {\r
3474         // make a note of the access mode and add\r
3475         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3476         {\r
3477           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3478         }\r
3479         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3480         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3481       }\r
3482     }\r
3483     return true;\r
3484   }\r
3485 \r
3486   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3487   {\r
3488     if (seqs != null)\r
3489     {\r
3490       Vector sequences = new Vector();\r
3491       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3492       {\r
3493         if (seqs[i] != null)\r
3494         {\r
3495           sequences.addElement(new Object[]\r
3496           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3497         }\r
3498       }\r
3499       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3500       chains = new String[sequences.size()];\r
3501       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3502       {\r
3503         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3504 \r
3505         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3506         chains[i] = (String) oj[1];\r
3507       }\r
3508     }\r
3509     return new Object[]\r
3510     { seqs, chains };\r
3511 \r
3512   }\r
3513 \r
3514   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3515           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3516   {\r
3517     // Scrub any null sequences from the array\r
3518     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3519     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3520     chains = (String[]) sqch[1];\r
3521     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3522     {\r
3523       System.err\r
3524               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3525     }\r
3526     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3527             || protocol.equals("null"))\r
3528     {\r
3529       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3530       if (protocol == null)\r
3531       {\r
3532         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3533                 + pdb.getId());\r
3534         return;\r
3535       }\r
3536     }\r
3537     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3538     {\r
3539       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3540       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3541         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3542       }\r
3543       return;\r
3544     }\r
3545     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3546     {\r
3547       // can only do alignments with Jmol\r
3548       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3549       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3550       Vector jmols = applet\r
3551               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3552       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3553       {\r
3554         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3555         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3556         {\r
3557           ajm = tajm;\r
3558           break;\r
3559         }\r
3560       }\r
3561       if (ajm != null)\r
3562       {\r
3563         System.err\r
3564                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3565         // try and add the pdb structure\r
3566         // ajm.addS\r
3567         ajm = null;\r
3568       }\r
3569     }\r
3570     // otherwise, create a new window\r
3571     if (applet.jmolAvailable)\r
3572     {\r
3573       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3574               protocol);\r
3575       applet.lastFrameX += 40;\r
3576       applet.lastFrameY += 40;\r
3577     }\r
3578     else\r
3579     {\r
3580       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3581     }\r
3582 \r
3583   }\r
3584 \r
3585   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3586           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3587   {\r
3588     // TODO Auto-generated method stub\r
3589     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3590   }\r
3591 \r
3592   /**\r
3593    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3594    * @param sel - sequences from this alignment\r
3595    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3596    */\r
3597   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3598   {\r
3599     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3600   }\r
3601 \r
3602   public void scrollTo(int row, int column)\r
3603   {\r
3604     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
3605   }\r
3606   public void scrollToRow(int row)\r
3607   {\r
3608     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
3609   }\r
3610   public void scrollToColumn(int column)\r
3611   {\r
3612     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
3613   }\r
3614   /**\r
3615    * @return the alignments unique ID.\r
3616    */\r
3617   public String getSequenceSetId() {\r
3618     return viewport.getSequenceSetId();\r
3619   }\r
3620 \r
3621 \r
3622   /**\r
3623    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
3624    *\r
3625    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3626    * @throws IOException\r
3627    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3628    */\r
3629   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException {\r
3630 \r
3631     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3632           if( !file.isValid()) {\r
3633             // TODO: raise dialog for gui\r
3634             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3635             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3636             return false;\r
3637           }\r
3638 \r
3639           /*\r
3640            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3641            */\r
3642           AlignmentI aln;\r
3643           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3644             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3645             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3646 \r
3647           }\r
3648 \r
3649            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3650           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3651           {\r
3652             alignPanel.fontChanged();\r
3653             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3654                   // switch to this color\r
3655                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3656                   return true;\r
3657           } else {\r
3658             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3659             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3660               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3661             }\r
3662           }\r
3663           return false;\r
3664   }\r
3665 \r
3666 \r
3667 }\r