src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class AlignmentPanel\r
  28     extends Panel implements AdjustmentListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   public AlignViewport av;\r
  32   OverviewPanel overviewPanel;\r
  33   SeqPanel seqPanel;\r
  34   IdPanel idPanel;\r
  35   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  36   public AlignFrame alignFrame;\r
  37   ScalePanel scalePanel;\r
  38   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  39   AnnotationLabels alabels;\r
  40 \r
  41   // this value is set false when selection area being dragged\r
  42   boolean fastPaint = true;\r
  43 \r
  44   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  45   {\r
  46     try\r
  47     {\r
  48       jbInit();\r
  49     }\r
  50     catch (Exception e)\r
  51     {\r
  52       e.printStackTrace();\r
  53     }\r
  54 \r
  55     alignFrame = af;\r
  56     this.av = av;\r
  57     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  58     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  59     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  60     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  61     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  62 \r
  63     sequenceHolderPanel.add(annotationPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
  64 \r
  65     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  66 \r
  67     setAnnotationVisible(av.showAnnotation);\r
  68 \r
  69     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  70     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  71     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  72     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  73     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  74 \r
  75     fontChanged();\r
  76     setScrollValues(0, 0);\r
  77 \r
  78     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  79     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  80 \r
  81     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  82     {\r
  83       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  84       {\r
  85         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  86         repaint();\r
  87       }\r
  88     });\r
  89 \r
  90     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  91     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  92 \r
  93     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  94 \r
  95     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
  96     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
  97                                         annotationPanel.getSize().height);\r
  98     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  99 \r
 100     final AlignmentPanel ap = this;\r
 101     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 102     {\r
 103       public void propertyChange(java.beans.PropertyChangeEvent evt)\r
 104       {\r
 105         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 106         {\r
 107           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 108                                  av.getSequenceSetId(),\r
 109                                  true,\r
 110                                  true);\r
 111           alignmentChanged();\r
 112         }\r
 113       }\r
 114     });\r
 115 \r
 116   }\r
 117 \r
 118   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
 119   {\r
 120     return seqPanel.seqCanvas.sr;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
 124   {\r
 125     return seqPanel.seqCanvas.fr;\r
 126   }\r
 127 \r
 128   public void alignmentChanged()\r
 129   {\r
 130     av.alignmentChanged(this);\r
 131 \r
 132     if (overviewPanel != null)\r
 133     {\r
 134       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 135     }\r
 136 \r
 137     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 138 \r
 139     repaint();\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void fontChanged()\r
 143   {\r
 144     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 145     // to prevent drawing old image\r
 146     idPanel.idCanvas.image = null;\r
 147     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 148 \r
 149     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 150     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 151 \r
 152     annotationPanel.image = null;\r
 153     int ap = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 154     annotationPanel.repaint();\r
 155     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 156     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 157     alabels.setSize(d.width + 4, ap);\r
 158     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 159     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 160 \r
 161     validate();\r
 162     repaint();\r
 163 \r
 164     if (overviewPanel != null)\r
 165     {\r
 166       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 167     }\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 171   {\r
 172     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
 173     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
 174     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
 175     validate();\r
 176   }\r
 177 \r
 178   Dimension calculateIdWidth()\r
 179   {\r
 180     if (av.nullFrame == null)\r
 181     {\r
 182       av.nullFrame = new Frame();\r
 183       av.nullFrame.addNotify();\r
 184     }\r
 185 \r
 186     Graphics g = av.nullFrame.getGraphics();\r
 187 \r
 188     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 189     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 190 \r
 191     int i = 0;\r
 192     int idWidth = 0;\r
 193     String id;\r
 194     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 195     {\r
 196       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 197       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 198 \r
 199       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 200       {\r
 201         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 202       }\r
 203       i++;\r
 204     }\r
 205 \r
 206     // Also check annotation label widths\r
 207     i = 0;\r
 208     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 209     {\r
 210       fm = g.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());\r
 211       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 212       {\r
 213         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 214         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 215         {\r
 216           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 217         }\r
 218         i++;\r
 219       }\r
 220     }\r
 221 \r
 222     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 223   }\r
 224 \r
 225   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 226   {\r
 227     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 228 \r
 229     // do we need to scroll the panel?\r
 230     if (results != null)\r
 231     {\r
 232       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 233       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 234       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 235       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 236 \r
 237       if (!av.wrapAlignment)\r
 238       {\r
 239         if ( (av.getStartRes() > end) || (av.getEndRes() < start) ||\r
 240             ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 241         {\r
 242           if (start > av.alignment.getWidth() - hextent)\r
 243           {\r
 244             start = av.alignment.getWidth() - hextent;\r
 245             if (start < 0)\r
 246             {\r
 247               start = 0;\r
 248             }\r
 249           }\r
 250           if (seqIndex > av.alignment.getHeight() - vextent)\r
 251           {\r
 252             seqIndex = av.alignment.getHeight() - vextent;\r
 253             if (seqIndex < 0)\r
 254             {\r
 255               seqIndex = 0;\r
 256             }\r
 257           }\r
 258           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 259         }\r
 260       }\r
 261       else\r
 262       {\r
 263         scrollToWrappedVisible(start);\r
 264       }\r
 265     }\r
 266 \r
 267     repaint();\r
 268   }\r
 269 \r
 270   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 271   {\r
 272     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 273         getSize().width);\r
 274     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
 275     {\r
 276       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 277       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 278     }\r
 279   }\r
 280 \r
 281   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 282   {\r
 283     return overviewPanel;\r
 284   }\r
 285 \r
 286   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 287   {\r
 288     overviewPanel = op;\r
 289   }\r
 290 \r
 291   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 292   {\r
 293     if (!av.wrapAlignment)\r
 294     {\r
 295       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 296       annotationPanel.setVisible(b);\r
 297     }\r
 298     validate();\r
 299     repaint();\r
 300   }\r
 301 \r
 302   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 303   {\r
 304     av.startSeq = 0;\r
 305     av.startRes = 0;\r
 306     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 307 \r
 308     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 309     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 310 \r
 311     if (wrap)\r
 312     {\r
 313       annotationPanel.setVisible(false);\r
 314       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 315     }\r
 316     else if (av.showAnnotation)\r
 317     {\r
 318       annotationPanel.setVisible(true);\r
 319       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 320     }\r
 321 \r
 322     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 323 \r
 324     fontChanged(); //This is so that the scalePanel is resized correctly\r
 325 \r
 326     validate();\r
 327     repaint();\r
 328 \r
 329   }\r
 330 \r
 331   int hextent = 0;\r
 332   int vextent = 0;\r
 333 \r
 334   // return value is true if the scroll is valid\r
 335   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 336   {\r
 337     if (up)\r
 338     {\r
 339       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 340       {\r
 341         return false;\r
 342       }\r
 343       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue() - 1);\r
 344     }\r
 345     else\r
 346     {\r
 347       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 348       {\r
 349         return false;\r
 350       }\r
 351       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue() + 1);\r
 352     }\r
 353 \r
 354     repaint();\r
 355     return true;\r
 356   }\r
 357 \r
 358   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 359   {\r
 360     if (!right)\r
 361     {\r
 362       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 363       {\r
 364         return false;\r
 365       }\r
 366       setScrollValues(hscroll.getValue() - 1, vscroll.getValue());\r
 367     }\r
 368     else\r
 369     {\r
 370       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 371       {\r
 372         return false;\r
 373       }\r
 374       setScrollValues(hscroll.getValue() + 1, vscroll.getValue());\r
 375     }\r
 376 \r
 377     repaint();\r
 378     return true;\r
 379   }\r
 380 \r
 381   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 382   {\r
 383     int width = av.alignment.getWidth();\r
 384     int height = av.alignment.getHeight();\r
 385 \r
 386     if (av.hasHiddenColumns)\r
 387     {\r
 388       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 389     }\r
 390 \r
 391     av.setStartRes(x);\r
 392     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth)) - 1);\r
 393 \r
 394     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
 395     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
 396 \r
 397     if (hextent > width)\r
 398     {\r
 399       hextent = width;\r
 400     }\r
 401 \r
 402     if (vextent > height)\r
 403     {\r
 404       vextent = height;\r
 405     }\r
 406 \r
 407     if ( (hextent + x) > width)\r
 408     {\r
 409       x = width - hextent;\r
 410     }\r
 411 \r
 412     if ( (vextent + y) > height)\r
 413     {\r
 414       y = height - vextent;\r
 415     }\r
 416 \r
 417     if (y < 0)\r
 418     {\r
 419       y = 0;\r
 420     }\r
 421 \r
 422     if (x < 0)\r
 423     {\r
 424       x = 0;\r
 425     }\r
 426 \r
 427     av.setStartSeq(y);\r
 428 \r
 429     int endSeq = y + vextent;\r
 430     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
 431     {\r
 432       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 433     }\r
 434 \r
 435     av.setEndSeq(endSeq);\r
 436     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 437     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 438 \r
 439     if (overviewPanel != null)\r
 440     {\r
 441       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 442     }\r
 443 \r
 444   }\r
 445 \r
 446   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 447   {\r
 448     int oldX = av.getStartRes();\r
 449     int oldY = av.getStartSeq();\r
 450 \r
 451     if (evt == null || evt.getSource() == hscroll)\r
 452     {\r
 453       int x = hscroll.getValue();\r
 454       av.setStartRes(x);\r
 455       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
 456                    1);\r
 457     }\r
 458 \r
 459     if (evt == null || evt.getSource() == vscroll)\r
 460     {\r
 461       int offy = vscroll.getValue();\r
 462       if (av.getWrapAlignment())\r
 463       {\r
 464         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 465             seqCanvas.getSize().width);\r
 466         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 467         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 468       }\r
 469       else\r
 470       {\r
 471         av.setStartSeq(offy);\r
 472         av.setEndSeq(offy +\r
 473                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 474       }\r
 475     }\r
 476 \r
 477     if (overviewPanel != null)\r
 478     {\r
 479       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 480     }\r
 481 \r
 482     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 483     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 484 \r
 485     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || av.MAC)\r
 486     {\r
 487       repaint();\r
 488     }\r
 489     else\r
 490     {\r
 491       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 492       // larger than the visible window\r
 493       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)\r
 494       {\r
 495         scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
 496       }\r
 497       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)\r
 498       {\r
 499         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 500       }\r
 501 \r
 502       idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 503       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 504                                    scrollY);\r
 505 \r
 506       scalePanel.repaint();\r
 507       if (av.getShowAnnotation())\r
 508       {\r
 509         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 510       }\r
 511     }\r
 512 \r
 513   }\r
 514 \r
 515   public void paintAlignment(boolean updateOverview)\r
 516   {\r
 517     repaint();\r
 518 \r
 519     if(updateOverview)\r
 520     {\r
 521       jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
 522           .sequenceColoursChanged(this);\r
 523 \r
 524       if (overviewPanel != null)\r
 525       {\r
 526         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 527       }\r
 528     }\r
 529   }\r
 530 \r
 531   public void update(Graphics g)\r
 532   {\r
 533     paint(g);\r
 534   }\r
 535 \r
 536   public void paint(Graphics g)\r
 537   {\r
 538     invalidate();\r
 539     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 540     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 541     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 542                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 543 \r
 544     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 545 \r
 546     if (av.getWrapAlignment())\r
 547     {\r
 548       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 549 \r
 550       if (av.hasHiddenColumns)\r
 551       {\r
 552         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 553       }\r
 554 \r
 555       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth\r
 556           (seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 557 \r
 558       if (canvasWidth > 0)\r
 559       {\r
 560         int max = maxwidth / canvasWidth;\r
 561         vscroll.setMaximum(max);\r
 562         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 563         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 564       }\r
 565     }\r
 566     else\r
 567     {\r
 568       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 569     }\r
 570 \r
 571     alabels.repaint();\r
 572 \r
 573     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 574     scalePanel.repaint();\r
 575     annotationPanel.repaint();\r
 576     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 577   }\r
 578 \r
 579   protected Panel sequenceHolderPanel = new Panel();\r
 580   protected Scrollbar vscroll = new Scrollbar();\r
 581   protected Scrollbar hscroll = new Scrollbar();\r
 582   protected Panel seqPanelHolder = new Panel();\r
 583   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 584   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();\r
 585   protected Panel scalePanelHolder = new Panel();\r
 586   protected Panel idPanelHolder = new Panel();\r
 587   BorderLayout borderLayout5 = new BorderLayout();\r
 588   protected Panel idSpaceFillerPanel1 = new Panel();\r
 589   public Panel annotationSpaceFillerHolder = new Panel();\r
 590   BorderLayout borderLayout6 = new BorderLayout();\r
 591   BorderLayout borderLayout7 = new BorderLayout();\r
 592   Panel hscrollHolder = new Panel();\r
 593   BorderLayout borderLayout10 = new BorderLayout();\r
 594   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();\r
 595   BorderLayout borderLayout11 = new BorderLayout();\r
 596   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();\r
 597   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
 598 \r
 599   private void jbInit()\r
 600       throws Exception\r
 601   {\r
 602     //  idPanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
 603     this.setLayout(borderLayout7);\r
 604 \r
 605     //   sequenceHolderPanel.setPreferredSize(new Dimension(150, 150));\r
 606     sequenceHolderPanel.setLayout(borderLayout3);\r
 607     seqPanelHolder.setLayout(borderLayout1);\r
 608     scalePanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 609 \r
 610     // scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
 611     scalePanelHolder.setLayout(borderLayout6);\r
 612     idPanelHolder.setLayout(borderLayout5);\r
 613     idSpaceFillerPanel1.setBackground(Color.white);\r
 614 \r
 615     //  idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
 616     idSpaceFillerPanel1.setLayout(borderLayout11);\r
 617     annotationSpaceFillerHolder.setBackground(Color.white);\r
 618 \r
 619     //  annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
 620     annotationSpaceFillerHolder.setLayout(borderLayout4);\r
 621     hscroll.setOrientation(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
 622     hscrollHolder.setLayout(borderLayout10);\r
 623     hscrollFillerPanel.setBackground(Color.white);\r
 624 \r
 625     //  hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
 626     hscrollHolder.setBackground(Color.white);\r
 627 \r
 628     //    annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
 629     //  this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));\r
 630     seqPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 631     idPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 632     sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);\r
 633     sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);\r
 634     seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);\r
 635 \r
 636     //  Panel3.add(secondaryPanelHolder,  BorderLayout.SOUTH);\r
 637     this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);\r
 638     idPanelHolder.add(idSpaceFillerPanel1, BorderLayout.NORTH);\r
 639     idPanelHolder.add(annotationSpaceFillerHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
 640     this.add(hscrollHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
 641     hscrollHolder.add(hscroll, BorderLayout.CENTER);\r
 642     hscrollHolder.add(hscrollFillerPanel, BorderLayout.WEST);\r
 643     this.add(sequenceHolderPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 644   }\r
 645 \r
 646 }\r