src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.jbappletgui.*;\r
  27 \r
  28 public class AlignmentPanel\r
  29     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
  30 {\r
  31 \r
  32   AlignViewport av;\r
  33   OverviewPanel overviewPanel;\r
  34   SeqPanel seqPanel;\r
  35   IdPanel idPanel;\r
  36   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  37   public AlignFrame alignFrame;\r
  38   ScalePanel scalePanel;\r
  39   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  40   AnnotationLabels alabels;\r
  41 \r
  42   // this value is set false when selection area being dragged\r
  43   boolean fastPaint = true;\r
  44 \r
  45   boolean MAC = false;\r
  46 \r
  47   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  48   {\r
  49     if(System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  50       MAC = true;\r
  51 \r
  52     alignFrame = af;\r
  53     this.av = av;\r
  54     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  55     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  56     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  57     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  58     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  59     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  60 \r
  61     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  62     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  63     annotationScroller.add(annotationPanel);\r
  64     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  65     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  66     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  67 \r
  68     fontChanged();\r
  69     setScrollValues(0, 0);\r
  70 \r
  71     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  72     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  73 \r
  74     seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  75     idPanel.idCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  76 \r
  77     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  78     {\r
  79       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  80       {\r
  81         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  82         repaint();\r
  83       }\r
  84     });\r
  85 \r
  86     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  87     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  88 \r
  89     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  90     annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
  91 \r
  92     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
  93     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
  94                                         annotationPanel.getSize().height);\r
  95     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   class MyKeyAdapter\r
 100       extends KeyAdapter\r
 101   {\r
 102     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 103     {\r
 104       // System.out.println(evt.getKeyCode()); log.\r
 105       switch (evt.getKeyCode())\r
 106       {\r
 107         case 27: // escape key\r
 108           av.setSelectionGroup(null);\r
 109           alignFrame.alignPanel.repaint();\r
 110           break;\r
 111         case KeyEvent.VK_X:\r
 112           if (evt.isControlDown())\r
 113           {\r
 114             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 115           }\r
 116           break;\r
 117         case KeyEvent.VK_C:\r
 118           if (evt.isControlDown())\r
 119           {\r
 120             alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 121           }\r
 122           break;\r
 123         case KeyEvent.VK_V:\r
 124           if (evt.isControlDown())\r
 125           {\r
 126             alignFrame.paste(true);\r
 127           }\r
 128           break;\r
 129         case KeyEvent.VK_A:\r
 130           if (evt.isControlDown())\r
 131           {\r
 132             alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 133           }\r
 134           break;\r
 135         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 136           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 137           break;\r
 138         case KeyEvent.VK_UP:\r
 139           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 140           break;\r
 141         case KeyEvent.VK_F:\r
 142           if (evt.isControlDown())\r
 143           {\r
 144             alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 145           }\r
 146           break;\r
 147         case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 148         case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 149           alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 150           break;\r
 151 \r
 152       }\r
 153     }\r
 154   }\r
 155 \r
 156   public void fontChanged()\r
 157   {\r
 158     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 159     // to prevent drawing old image\r
 160     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 161 \r
 162     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 163     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 164 \r
 165     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 166     annotationPanel.repaint();\r
 167     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 168     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 169     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 170     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 171 \r
 172     alignFrame.pack();\r
 173 \r
 174     if(overviewPanel!=null)\r
 175           overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 176   }\r
 177 \r
 178   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 179   {\r
 180     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
 181     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
 182     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
 183     validate();\r
 184   }\r
 185 \r
 186   Dimension calculateIdWidth()\r
 187   {\r
 188     Frame frame = new Frame();\r
 189     frame.addNotify();\r
 190     Graphics g = frame.getGraphics();\r
 191     if (g == null)\r
 192     {\r
 193       Frame f = new Frame();\r
 194       f.addNotify();\r
 195       g = f.getGraphics();\r
 196     }\r
 197 \r
 198     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 199     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 200 \r
 201     int i = 0;\r
 202     int idWidth = 0;\r
 203     String id;\r
 204     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 205     {\r
 206       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 207       id = s.getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 208 \r
 209       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 210       {\r
 211         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 212       }\r
 213       i++;\r
 214     }\r
 215 \r
 216     // Also check annotation label widths\r
 217     i = 0;\r
 218     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 219     {\r
 220       fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
 221       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 222       {\r
 223         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 224         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 225         {\r
 226           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 227         }\r
 228         i++;\r
 229       }\r
 230     }\r
 231 \r
 232     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 233   }\r
 234 \r
 235   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 236   {\r
 237     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 238 \r
 239     // do we need to scroll the panel?\r
 240     if (results != null)\r
 241     {\r
 242       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 243       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 244       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 245       if (av.getStartRes() > start\r
 246           || av.getEndRes() < end\r
 247           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 248               || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 249       {\r
 250         setScrollValues(start, results[0]);\r
 251       }\r
 252     }\r
 253 \r
 254   }\r
 255 \r
 256   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 257   {\r
 258     return overviewPanel;\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 262   {\r
 263     overviewPanel = op;\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 267   {\r
 268     if (!av.wrapAlignment)\r
 269     {\r
 270       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 271       annotationScroller.setVisible(b);\r
 272     }\r
 273     validate();\r
 274     repaint();\r
 275   }\r
 276 \r
 277   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 278   {\r
 279     av.startSeq = 0;\r
 280     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 281     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 282     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 283 \r
 284     if (wrap)\r
 285     {\r
 286       annotationScroller.setVisible(false);\r
 287       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 288     }\r
 289     else if (av.showAnnotation)\r
 290     {\r
 291       annotationScroller.setVisible(true);\r
 292       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 293     }\r
 294 \r
 295     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 296 \r
 297     validate();\r
 298     repaint();\r
 299 \r
 300   }\r
 301 \r
 302 \r
 303   int hextent = 0;\r
 304   int vextent = 0;\r
 305 \r
 306   // return value is true if the scroll is valid\r
 307   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 308   {\r
 309     if (up)\r
 310     {\r
 311       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 312       {\r
 313         return false;\r
 314       }\r
 315       fastPaint = false;\r
 316       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 317     }\r
 318     else\r
 319     {\r
 320       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 321       {\r
 322         return false;\r
 323       }\r
 324       fastPaint = false;\r
 325       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 326     }\r
 327     fastPaint = true;\r
 328     return true;\r
 329   }\r
 330 \r
 331   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 332   {\r
 333 \r
 334     if (right)\r
 335     {\r
 336       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 337       {\r
 338         return false;\r
 339       }\r
 340       fastPaint = false;\r
 341       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 342     }\r
 343     else\r
 344     {\r
 345       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 346       {\r
 347         return false;\r
 348       }\r
 349       fastPaint = false;\r
 350       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 351     }\r
 352     fastPaint = true;\r
 353     return true;\r
 354   }\r
 355 \r
 356   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 357   {\r
 358 \r
 359     av.setStartRes(x);\r
 360     av.setStartSeq(y);\r
 361     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() - 1);\r
 362 \r
 363     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
 364     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
 365 \r
 366     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 367     {\r
 368       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 369     }\r
 370     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 371     {\r
 372       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 373     }\r
 374 \r
 375     if (hextent + x > av.getAlignment().getWidth())\r
 376     {\r
 377       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 378     }\r
 379 \r
 380     if (vextent + y > av.getAlignment().getHeight())\r
 381     {\r
 382       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 383     }\r
 384 \r
 385     if (y < 0)\r
 386     {\r
 387       y = 0;\r
 388     }\r
 389 \r
 390     if (x < 0)\r
 391     {\r
 392       x = 0;\r
 393     }\r
 394 \r
 395     int endSeq = y + vextent;\r
 396     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
 397     {\r
 398       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 399     }\r
 400 \r
 401     av.setEndSeq(endSeq);\r
 402     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 403     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 404 \r
 405   }\r
 406 \r
 407   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 408   {\r
 409     int oldX = av.getStartRes();\r
 410     int oldY = av.getStartSeq();\r
 411 \r
 412     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 413     {\r
 414       int x = hscroll.getValue();\r
 415       av.setStartRes(x);\r
 416       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
 417                    1);\r
 418     }\r
 419 \r
 420     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 421     {\r
 422       int offy = vscroll.getValue();\r
 423       if (av.getWrapAlignment())\r
 424       {\r
 425         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 426             seqCanvas.getSize().width);\r
 427         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 428         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 429       }\r
 430       else\r
 431       {\r
 432         av.setStartSeq(offy);\r
 433         av.setEndSeq(offy +\r
 434                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 435       }\r
 436     }\r
 437 \r
 438     if (overviewPanel != null)\r
 439     {\r
 440       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 441     }\r
 442 \r
 443     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || MAC)\r
 444     {\r
 445       repaint();\r
 446     }\r
 447     else\r
 448     {\r
 449       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 450       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 451                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 452 \r
 453       scalePanel.repaint();\r
 454       if (av.getShowAnnotation())\r
 455       {\r
 456         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 457       }\r
 458     }\r
 459 \r
 460   }\r
 461 \r
 462   public void update(Graphics g)\r
 463   {\r
 464     paint(g);\r
 465   }\r
 466 \r
 467   public void paint(Graphics g)\r
 468   {\r
 469     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 470     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 471     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 472                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 473 \r
 474     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 475 \r
 476     if (av.getWrapAlignment())\r
 477     {\r
 478       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 479           seqPanel.seqCanvas.\r
 480           getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 481       vscroll.setMaximum(max);\r
 482       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 483       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 484     }\r
 485     else\r
 486     {\r
 487       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 488     }\r
 489 \r
 490     alabels.repaint();\r
 491     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 492     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 493     scalePanel.repaint();\r
 494     annotationPanel.repaint();\r
 495 \r
 496   }\r
 497 }\r