src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.analysis.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.jbappletgui.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class AlignmentPanel\r
  31     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   AlignViewport av;\r
  35   OverviewPanel overviewPanel;\r
  36   SeqPanel seqPanel;\r
  37   IdPanel idPanel;\r
  38   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  39   public AlignFrame alignFrame;\r
  40   ScalePanel scalePanel;\r
  41   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  42   AnnotationLabels alabels;\r
  43 \r
  44   // this value is set false when selection area being dragged\r
  45   boolean fastPaint = true;\r
  46 \r
  47   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  48   {\r
  49     alignFrame = af;\r
  50     this.av = av;\r
  51     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  52     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  53     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  54     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  55     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  56     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  57 \r
  58     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  59     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  60     annotationScroller.add(annotationPanel);\r
  61     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  62     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  63     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  64 \r
  65     fontChanged();\r
  66     setScrollValues(0, 0);\r
  67 \r
  68     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  69     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  70 \r
  71     seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  72     idPanel.idCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  73 \r
  74     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  75     {\r
  76       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  77       {\r
  78         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  79         repaint();\r
  80       }\r
  81     });\r
  82 \r
  83     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  84     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  85 \r
  86     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  87     annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
  88 \r
  89     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
  90     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
  91                                         annotationPanel.getSize().height);\r
  92     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  93 \r
  94   }\r
  95 \r
  96   class MyKeyAdapter\r
  97       extends KeyAdapter\r
  98   {\r
  99     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 100     {\r
 101       // System.out.println(evt.getKeyCode()); log.\r
 102       switch (evt.getKeyCode())\r
 103       {\r
 104         case 27: // escape key\r
 105           av.setSelectionGroup(null);\r
 106           alignFrame.alignPanel.repaint();\r
 107           break;\r
 108         case KeyEvent.VK_X:\r
 109           if (evt.isControlDown())\r
 110           {\r
 111             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 112           }\r
 113           break;\r
 114         case KeyEvent.VK_C:\r
 115           if (evt.isControlDown())\r
 116           {\r
 117             alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 118           }\r
 119           break;\r
 120         case KeyEvent.VK_V:\r
 121           if (evt.isControlDown())\r
 122           {\r
 123             alignFrame.paste(true);\r
 124           }\r
 125           break;\r
 126         case KeyEvent.VK_A:\r
 127           if (evt.isControlDown())\r
 128           {\r
 129             alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 130           }\r
 131           break;\r
 132         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 133           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 134           break;\r
 135         case KeyEvent.VK_UP:\r
 136           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 137           break;\r
 138         case KeyEvent.VK_F:\r
 139           if (evt.isControlDown())\r
 140           {\r
 141             alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 142           }\r
 143           break;\r
 144         case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 145         case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 146           alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 147           break;\r
 148 \r
 149       }\r
 150     }\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public void fontChanged()\r
 154   {\r
 155     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 156     // to prevent drawing old image\r
 157     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 158 \r
 159     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 160     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 161 \r
 162     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 163     annotationPanel.repaint();\r
 164     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 165     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 166     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 167     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 168 \r
 169     alignFrame.pack();\r
 170   }\r
 171 \r
 172   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 173   {\r
 174     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
 175     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
 176     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
 177     validate();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   Dimension calculateIdWidth()\r
 181   {\r
 182     Frame frame = new Frame();\r
 183     frame.addNotify();\r
 184     Graphics g = frame.getGraphics();\r
 185     if (g == null)\r
 186     {\r
 187       Frame f = new Frame();\r
 188       f.addNotify();\r
 189       g = f.getGraphics();\r
 190     }\r
 191 \r
 192     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 193     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 194 \r
 195     int i = 0;\r
 196     int idWidth = 0;\r
 197     String id;\r
 198     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 199     {\r
 200       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 201       if (av.getShowFullId())\r
 202       {\r
 203         id = s.getDisplayId();\r
 204       }\r
 205       else\r
 206       {\r
 207         id = s.getName();\r
 208       }\r
 209 \r
 210       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 211       {\r
 212         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 213       }\r
 214       i++;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     // Also check annotation label widths\r
 218     i = 0;\r
 219     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 220     {\r
 221       fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
 222       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 223       {\r
 224         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 225         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 226         {\r
 227           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 228         }\r
 229         i++;\r
 230       }\r
 231     }\r
 232 \r
 233     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 237   {\r
 238     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 239 \r
 240     // do we need to scroll the panel?\r
 241     if (results != null)\r
 242     {\r
 243       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 244       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 245       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 246       if (av.getStartRes() > start\r
 247           || av.getEndRes() < end\r
 248           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 249               || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 250       {\r
 251         setScrollValues(start, results[0]);\r
 252       }\r
 253     }\r
 254 \r
 255   }\r
 256 \r
 257   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 258   {\r
 259     return overviewPanel;\r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 263   {\r
 264     overviewPanel = op;\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 268   {\r
 269     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 270     annotationScroller.setVisible(b);\r
 271     validate();\r
 272     repaint();\r
 273   }\r
 274 \r
 275   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 276   {\r
 277     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 278     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 279     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 280 \r
 281     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 282     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 283     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 284     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 285 \r
 286     validate();\r
 287     repaint();\r
 288 \r
 289   }\r
 290 \r
 291   public void setColourScheme()\r
 292   {\r
 293     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 294 \r
 295     if (av.getConservationSelected())\r
 296     {\r
 297 \r
 298       Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 299       Conservation c = new Conservation("All",\r
 300                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 301                                         al.getSequences(), 0,\r
 302                                         al.getWidth());\r
 303 \r
 304       c.calculate();\r
 305       c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 306       ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 307 \r
 308       av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 309 \r
 310     }\r
 311 \r
 312     repaint();\r
 313   }\r
 314 \r
 315   int hextent = 0;\r
 316   int vextent = 0;\r
 317 \r
 318   // return value is true if the scroll is valid\r
 319   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 320   {\r
 321     if (up)\r
 322     {\r
 323       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 324       {\r
 325         return false;\r
 326       }\r
 327       fastPaint = false;\r
 328       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 329     }\r
 330     else\r
 331     {\r
 332       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 333       {\r
 334         return false;\r
 335       }\r
 336       fastPaint = false;\r
 337       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 338     }\r
 339     fastPaint = true;\r
 340     return true;\r
 341   }\r
 342 \r
 343   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 344   {\r
 345 \r
 346     if (right)\r
 347     {\r
 348       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 349       {\r
 350         return false;\r
 351       }\r
 352       fastPaint = false;\r
 353       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 354     }\r
 355     else\r
 356     {\r
 357       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 358       {\r
 359         return false;\r
 360       }\r
 361       fastPaint = false;\r
 362       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 363     }\r
 364     fastPaint = true;\r
 365     return true;\r
 366   }\r
 367 \r
 368   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 369   {\r
 370 \r
 371     av.setStartRes(x);\r
 372     av.setStartSeq(y);\r
 373     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() - 1);\r
 374 \r
 375     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
 376     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
 377 \r
 378     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 379     {\r
 380       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 381     }\r
 382     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 383     {\r
 384       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 385     }\r
 386 \r
 387     if (hextent + x > av.getAlignment().getWidth())\r
 388     {\r
 389       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     if (vextent + y > av.getAlignment().getHeight())\r
 393     {\r
 394       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 395     }\r
 396 \r
 397     if (y < 0)\r
 398     {\r
 399       y = 0;\r
 400     }\r
 401 \r
 402     if (x < 0)\r
 403     {\r
 404       x = 0;\r
 405     }\r
 406 \r
 407     int endSeq = y + vextent;\r
 408     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
 409     {\r
 410       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 411     }\r
 412 \r
 413     av.setEndSeq(endSeq);\r
 414     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 415     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 416 \r
 417   }\r
 418 \r
 419   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 420   {\r
 421     int oldX = av.getStartRes();\r
 422     int oldY = av.getStartSeq();\r
 423 \r
 424     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 425     {\r
 426       int x = hscroll.getValue();\r
 427       av.setStartRes(x);\r
 428       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
 429                    1);\r
 430     }\r
 431 \r
 432     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 433     {\r
 434       int offy = vscroll.getValue();\r
 435       if (av.getWrapAlignment())\r
 436       {\r
 437         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 438             seqCanvas.getSize().width);\r
 439         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 440         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 441       }\r
 442       else\r
 443       {\r
 444         av.setStartSeq(offy);\r
 445         av.setEndSeq(offy +\r
 446                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 447       }\r
 448     }\r
 449 \r
 450     if (overviewPanel != null)\r
 451     {\r
 452       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 453     }\r
 454 \r
 455     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 456     {\r
 457       repaint();\r
 458     }\r
 459     else\r
 460     {\r
 461       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 462       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 463                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 464 \r
 465       scalePanel.repaint();\r
 466       if (av.getShowAnnotation())\r
 467       {\r
 468         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 469       }\r
 470     }\r
 471 \r
 472   }\r
 473 \r
 474   public void update(Graphics g)\r
 475   {\r
 476     paint(g);\r
 477   }\r
 478 \r
 479   public void paint(Graphics g)\r
 480   {\r
 481     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 482     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 483     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 484                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 485     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 486 \r
 487     alabels.repaint();\r
 488     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 489     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 490     scalePanel.repaint();\r
 491     annotationPanel.repaint();\r
 492 \r
 493     if (av.getWrapAlignment())\r
 494     {\r
 495       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 496           seqPanel.seqCanvas.\r
 497           getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 498       vscroll.setMaximum(max);\r
 499       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 500       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 501     }\r
 502     else\r
 503     {\r
 504       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 505     }\r
 506 \r
 507   }\r
 508 }\r