src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
  27 {
  28
  29   public AlignViewport av;
  30
  31   OverviewPanel overviewPanel;
  32
  33   SeqPanel seqPanel;
  34
  35   IdPanel idPanel;
  36
  37   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  38
  39   public AlignFrame alignFrame;
  40
  41   ScalePanel scalePanel;
  42
  43   AnnotationPanel annotationPanel;
  44
  45   AnnotationLabels alabels;
  46
  47   // this value is set false when selection area being dragged
  48   boolean fastPaint = true;
  49
  50   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
  51   {
  52     try
  53     {
  54       jbInit();
  55     } catch (Exception e)
  56     {
  57       e.printStackTrace();
  58     }
  59
  60     alignFrame = af;
  61     this.av = av;
  62     seqPanel = new SeqPanel(av, this);
  63     idPanel = new IdPanel(av, this);
  64     scalePanel = new ScalePanel(av, this);
  65     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
  66     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);
  67
  68     sequenceHolderPanel.add(annotationPanel, BorderLayout.SOUTH);
  69
  70     alabels = new AnnotationLabels(this);
  71
  72     setAnnotationVisible(av.showAnnotation);
  73
  74     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);
  75     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
  76     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);
  77     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);
  78     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);
  79
  80     fontChanged();
  81     setScrollValues(0, 0);
  82
  83     hscroll.addAdjustmentListener(this);
  84     vscroll.addAdjustmentListener(this);
  85
  86     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  87     {
  88       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  89       {
  90         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
  91         repaint();
  92       }
  93     });
  94
  95     Dimension d = calculateIdWidth();
  96     idPanel.idCanvas.setSize(d);
  97
  98     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);
  99
 100     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 101     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,
 102             annotationPanel.getSize().height);
 103     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);
 104
 105     final AlignmentPanel ap = this;
 106     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 107     {
 108       public void propertyChange(java.beans.PropertyChangeEvent evt)
 109       {
 110         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 111         {
 112           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 113           alignmentChanged();
 114         }
 115       }
 116     });
 117
 118   }
 119
 120   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 121   {
 122     return seqPanel.seqCanvas.sr;
 123   }
 124
 125   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 126   {
 127     return seqPanel.seqCanvas.fr;
 128   }
 129
 130   public void alignmentChanged()
 131   {
 132     av.alignmentChanged(this);
 133
 134     if (overviewPanel != null)
 135     {
 136       overviewPanel.updateOverviewImage();
 137     }
 138
 139     alignFrame.updateEditMenuBar();
 140
 141     repaint();
 142   }
 143
 144   public void fontChanged()
 145   {
 146     // set idCanvas bufferedImage to null
 147     // to prevent drawing old image
 148     idPanel.idCanvas.image = null;
 149     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 150
 151     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));
 152     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight
 153             + fm.getDescent()));
 154     av.updateSequenceIdColours();
 155     annotationPanel.image = null;
 156     int ap = annotationPanel.adjustPanelHeight();
 157     annotationPanel.repaint();
 158     Dimension d = calculateIdWidth();
 159     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 160     alabels.setSize(d.width + 4, ap);
 161     idPanel.idCanvas.setSize(d);
 162     hscrollFillerPanel.setSize(d);
 163
 164     validate();
 165     repaint();
 166
 167     if (overviewPanel != null)
 168     {
 169       overviewPanel.updateOverviewImage();
 170     }
 171   }
 172
 173   public void setIdWidth(int w, int h)
 174   {
 175     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);
 176     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);
 177     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);
 178     validate();
 179   }
 180
 181   Dimension calculateIdWidth()
 182   {
 183     if (av.nullFrame == null)
 184     {
 185       av.nullFrame = new Frame();
 186       av.nullFrame.addNotify();
 187     }
 188
 189     Graphics g = av.nullFrame.getGraphics();
 190
 191     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);
 192     AlignmentI al = av.getAlignment();
 193
 194     int i = 0;
 195     int idWidth = 0;
 196     String id;
 197     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)
 198     {
 199       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 200       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 201
 202       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 203       {
 204         idWidth = fm.stringWidth(id);
 205       }
 206       i++;
 207     }
 208
 209     // Also check annotation label widths
 210     i = 0;
 211     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 212     {
 213       fm = g.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());
 214       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 215       {
 216         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 217         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 218         {
 219           idWidth = fm.stringWidth(label);
 220         }
 221         i++;
 222       }
 223     }
 224
 225     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);
 226   }
 227
 228   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 229   {
 230     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 231   }
 232   /**
 233    * scroll the view to show the position of the highlighted
 234    * region in results (if any)
 235    * @param results
 236    */
 237   public void scrollToPosition(SearchResults results)
 238   {
 239     // do we need to scroll the panel?
 240     if (results != null && results.getSize()>0)
 241     {
 242       int seqIndex = av.alignment.findIndex(results);
 243       if (seqIndex==-1)
 244       {
 245         return;
 246       }
 247       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);
 248       int [] r = results.getResults(seq, seq.getStart(), seq.getEnd());
 249       if (r==null)
 250       {
 251         return;
 252       }
 253       int start = r[0];
 254       int end = r[1];
 255       if (start<0)
 256       {
 257         return;
 258       }
 259       if (end==seq.getEnd())
 260       {
 261         return;
 262       }
 263       if (!av.wrapAlignment)
 264       {
 265         if ((av.getStartRes() > end)
 266                 || (av.getEndRes() < start)
 267                 || ((av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))
 268         {
 269           if (start > av.alignment.getWidth() - hextent)
 270           {
 271             start = av.alignment.getWidth() - hextent;
 272             if (start < 0)
 273             {
 274               start = 0;
 275             }
 276           }
 277           if (seqIndex > av.alignment.getHeight() - vextent)
 278           {
 279             seqIndex = av.alignment.getHeight() - vextent;
 280             if (seqIndex < 0)
 281             {
 282               seqIndex = 0;
 283             }
 284           }
 285           setScrollValues(start, seqIndex);
 286         }
 287       }
 288       else
 289       {
 290         scrollToWrappedVisible(start);
 291       }
 292     }
 293
 294     repaint();
 295   }
 296
 297   void scrollToWrappedVisible(int res)
 298   {
 299     int cwidth = seqPanel.seqCanvas
 300             .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 301     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))
 302     {
 303       vscroll.setValue(res / cwidth);
 304       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;
 305     }
 306   }
 307
 308   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 309   {
 310     return overviewPanel;
 311   }
 312
 313   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 314   {
 315     overviewPanel = op;
 316   }
 317
 318   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 319   {
 320     if (!av.wrapAlignment)
 321     {
 322       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 323       annotationPanel.setVisible(b);
 324     }
 325     validate();
 326     repaint();
 327   }
 328
 329   public void setWrapAlignment(boolean wrap)
 330   {
 331     av.startSeq = 0;
 332     av.startRes = 0;
 333     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 334
 335     hscroll.setVisible(!wrap);
 336     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 337
 338     if (wrap)
 339     {
 340       annotationPanel.setVisible(false);
 341       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 342     }
 343     else if (av.showAnnotation)
 344     {
 345       annotationPanel.setVisible(true);
 346       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 347     }
 348
 349     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 350
 351     fontChanged(); // This is so that the scalePanel is resized correctly
 352
 353     validate();
 354     repaint();
 355
 356   }
 357
 358   int hextent = 0;
 359
 360   int vextent = 0;
 361
 362   // return value is true if the scroll is valid
 363   public boolean scrollUp(boolean up)
 364   {
 365     if (up)
 366     {
 367       if (vscroll.getValue() < 1)
 368       {
 369         return false;
 370       }
 371       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue() - 1);
 372     }
 373     else
 374     {
 375       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())
 376       {
 377         return false;
 378       }
 379       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue() + 1);
 380     }
 381
 382     repaint();
 383     return true;
 384   }
 385
 386   public boolean scrollRight(boolean right)
 387   {
 388     if (!right)
 389     {
 390       if (hscroll.getValue() < 1)
 391       {
 392         return false;
 393       }
 394       setScrollValues(hscroll.getValue() - 1, vscroll.getValue());
 395     }
 396     else
 397     {
 398       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())
 399       {
 400         return false;
 401       }
 402       setScrollValues(hscroll.getValue() + 1, vscroll.getValue());
 403     }
 404
 405     repaint();
 406     return true;
 407   }
 408
 409   public void setScrollValues(int x, int y)
 410   {
 411     int width = av.alignment.getWidth();
 412     int height = av.alignment.getHeight();
 413
 414     if (av.hasHiddenColumns)
 415     {
 416       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);
 417     }
 418
 419     av.setStartRes(x);
 420     av
 421             .setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth)) - 1);
 422
 423     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;
 424     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;
 425
 426     if (hextent > width)
 427     {
 428       hextent = width;
 429     }
 430
 431     if (vextent > height)
 432     {
 433       vextent = height;
 434     }
 435
 436     if ((hextent + x) > width)
 437     {
 438       x = width - hextent;
 439     }
 440
 441     if ((vextent + y) > height)
 442     {
 443       y = height - vextent;
 444     }
 445
 446     if (y < 0)
 447     {
 448       y = 0;
 449     }
 450
 451     if (x < 0)
 452     {
 453       x = 0;
 454     }
 455
 456     av.setStartSeq(y);
 457
 458     int endSeq = y + vextent;
 459     if (endSeq > av.alignment.getHeight())
 460     {
 461       endSeq = av.alignment.getHeight();
 462     }
 463
 464     av.setEndSeq(endSeq);
 465     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 466     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 467
 468     if (overviewPanel != null)
 469     {
 470       overviewPanel.setBoxPosition();
 471     }
 472
 473   }
 474
 475   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 476   {
 477     int oldX = av.getStartRes();
 478     int oldY = av.getStartSeq();
 479
 480     if (evt == null || evt.getSource() == hscroll)
 481     {
 482       int x = hscroll.getValue();
 483       av.setStartRes(x);
 484       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width
 485               / av.getCharWidth() - 1);
 486     }
 487
 488     if (evt == null || evt.getSource() == vscroll)
 489     {
 490       int offy = vscroll.getValue();
 491       if (av.getWrapAlignment())
 492       {
 493         int rowSize = seqPanel.seqCanvas
 494                 .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 495         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);
 496         av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);
 497       }
 498       else
 499       {
 500         av.setStartSeq(offy);
 501         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getSize().height
 502                 / av.getCharHeight());
 503       }
 504     }
 505
 506     if (overviewPanel != null)
 507     {
 508       overviewPanel.setBoxPosition();
 509     }
 510
 511     int scrollX = av.startRes - oldX;
 512     int scrollY = av.startSeq - oldY;
 513
 514     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || av.MAC)
 515     {
 516       repaint();
 517     }
 518     else
 519     {
 520       // Make sure we're not trying to draw a panel
 521       // larger than the visible window
 522       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)
 523       {
 524         scrollX = av.endRes - av.startRes;
 525       }
 526       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)
 527       {
 528         scrollX = av.startRes - av.endRes;
 529       }
 530
 531       idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);
 532       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX, scrollY);
 533
 534       scalePanel.repaint();
 535       if (av.getShowAnnotation())
 536       {
 537         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);
 538       }
 539     }
 540
 541   }
 542
 543   public void paintAlignment(boolean updateOverview)
 544   {
 545     repaint();
 546
 547     if (updateOverview)
 548     {
 549       jalview.structure.StructureSelectionManager
 550               .getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 551
 552       if (overviewPanel != null)
 553       {
 554         overviewPanel.updateOverviewImage();
 555       }
 556     }
 557   }
 558
 559   public void update(Graphics g)
 560   {
 561     paint(g);
 562   }
 563
 564   public void paint(Graphics g)
 565   {
 566     invalidate();
 567     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();
 568     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 569     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,
 570             annotationPanel.getSize().height);
 571
 572     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);
 573
 574     if (av.getWrapAlignment())
 575     {
 576       int maxwidth = av.alignment.getWidth();
 577
 578       if (av.hasHiddenColumns)
 579       {
 580         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 581       }
 582
 583       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas
 584               .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 585
 586       if (canvasWidth > 0)
 587       {
 588         int max = maxwidth / canvasWidth;
 589         vscroll.setMaximum(max);
 590         vscroll.setUnitIncrement(1);
 591         vscroll.setVisibleAmount(1);
 592       }
 593     }
 594     else
 595     {
 596       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 597     }
 598
 599     alabels.repaint();
 600
 601     seqPanel.seqCanvas.repaint();
 602     scalePanel.repaint();
 603     annotationPanel.repaint();
 604     idPanel.idCanvas.repaint();
 605   }
 606
 607   protected Panel sequenceHolderPanel = new Panel();
 608
 609   protected Scrollbar vscroll = new Scrollbar();
 610
 611   protected Scrollbar hscroll = new Scrollbar();
 612
 613   protected Panel seqPanelHolder = new Panel();
 614
 615   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 616
 617   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 618
 619   protected Panel scalePanelHolder = new Panel();
 620
 621   protected Panel idPanelHolder = new Panel();
 622
 623   BorderLayout borderLayout5 = new BorderLayout();
 624
 625   protected Panel idSpaceFillerPanel1 = new Panel();
 626
 627   public Panel annotationSpaceFillerHolder = new Panel();
 628
 629   BorderLayout borderLayout6 = new BorderLayout();
 630
 631   BorderLayout borderLayout7 = new BorderLayout();
 632
 633   Panel hscrollHolder = new Panel();
 634
 635   BorderLayout borderLayout10 = new BorderLayout();
 636
 637   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();
 638
 639   BorderLayout borderLayout11 = new BorderLayout();
 640
 641   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 642
 643   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 644
 645   private void jbInit() throws Exception
 646   {
 647     // idPanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));
 648     this.setLayout(borderLayout7);
 649
 650     // sequenceHolderPanel.setPreferredSize(new Dimension(150, 150));
 651     sequenceHolderPanel.setLayout(borderLayout3);
 652     seqPanelHolder.setLayout(borderLayout1);
 653     scalePanelHolder.setBackground(Color.white);
 654
 655     // scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));
 656     scalePanelHolder.setLayout(borderLayout6);
 657     idPanelHolder.setLayout(borderLayout5);
 658     idSpaceFillerPanel1.setBackground(Color.white);
 659
 660     // idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));
 661     idSpaceFillerPanel1.setLayout(borderLayout11);
 662     annotationSpaceFillerHolder.setBackground(Color.white);
 663
 664     // annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));
 665     annotationSpaceFillerHolder.setLayout(borderLayout4);
 666     hscroll.setOrientation(Scrollbar.HORIZONTAL);
 667     hscrollHolder.setLayout(borderLayout10);
 668     hscrollFillerPanel.setBackground(Color.white);
 669
 670     // hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));
 671     hscrollHolder.setBackground(Color.white);
 672
 673     // annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));
 674     // this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));
 675     seqPanelHolder.setBackground(Color.white);
 676     idPanelHolder.setBackground(Color.white);
 677     sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);
 678     sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);
 679     seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);
 680
 681     // Panel3.add(secondaryPanelHolder, BorderLayout.SOUTH);
 682     this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);
 683     idPanelHolder.add(idSpaceFillerPanel1, BorderLayout.NORTH);
 684     idPanelHolder.add(annotationSpaceFillerHolder, BorderLayout.SOUTH);
 685     this.add(hscrollHolder, BorderLayout.SOUTH);
 686     hscrollHolder.add(hscroll, BorderLayout.CENTER);
 687     hscrollHolder.add(hscrollFillerPanel, BorderLayout.WEST);
 688     this.add(sequenceHolderPanel, BorderLayout.CENTER);
 689   }
 690
 691 }