src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener\r
  28 {\r
  29 \r
  30   AlignViewport av;\r
  31   OverviewPanel overviewPanel;\r
  32   SeqPanel seqPanel;\r
  33   IdPanel idPanel;\r
  34   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  35   public AlignFrame alignFrame;\r
  36   ScalePanel scalePanel;\r
  37   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  38   AnnotationLabels alabels;\r
  39 \r
  40   // this value is set false when selection area being dragged\r
  41   boolean fastPaint = true;\r
  42 \r
  43   boolean MAC = false;\r
  44 \r
  45   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  46   {\r
  47     try\r
  48     {\r
  49       jbInit();\r
  50     }\r
  51     catch (Exception e)\r
  52     {\r
  53       e.printStackTrace();\r
  54     }\r
  55 \r
  56     if(System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  57       MAC = true;\r
  58 \r
  59     alignFrame = af;\r
  60     this.av = av;\r
  61     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  62     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  63     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  64     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  65     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  66     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  67 \r
  68     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  69     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  70     annotationScroller.add(annotationPanel);\r
  71     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  72     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  73     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  74 \r
  75     fontChanged();\r
  76     setScrollValues(0, 0);\r
  77 \r
  78     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  79     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  80 \r
  81     seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  82     idPanel.idCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  83 \r
  84     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  85     {\r
  86       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  87       {\r
  88         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  89         repaint();\r
  90       }\r
  91     });\r
  92 \r
  93     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  94     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  95 \r
  96     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  97     annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
  98 \r
  99     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 100     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 101                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 102     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 103 \r
 104   }\r
 105 \r
 106   class MyKeyAdapter\r
 107       extends KeyAdapter\r
 108   {\r
 109     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 110     {\r
 111       // System.out.println(evt.getKeyCode()); log.\r
 112       switch (evt.getKeyCode())\r
 113       {\r
 114         case 27: // escape key\r
 115           alignFrame.deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 116           break;\r
 117         case KeyEvent.VK_X:\r
 118           if (evt.isControlDown())\r
 119           {\r
 120             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 121           }\r
 122           break;\r
 123         case KeyEvent.VK_C:\r
 124           if (evt.isControlDown())\r
 125           {\r
 126             alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 127           }\r
 128           break;\r
 129         case KeyEvent.VK_V:\r
 130           if (evt.isControlDown())\r
 131           {\r
 132             alignFrame.paste(true);\r
 133           }\r
 134           break;\r
 135         case KeyEvent.VK_A:\r
 136           if (evt.isControlDown())\r
 137           {\r
 138             alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 139           }\r
 140           break;\r
 141         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 142           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 143           break;\r
 144         case KeyEvent.VK_UP:\r
 145           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 146           break;\r
 147         case KeyEvent.VK_F:\r
 148           if (evt.isControlDown())\r
 149           {\r
 150             alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 151           }\r
 152           break;\r
 153         case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 154         case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 155           alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 156           break;\r
 157 \r
 158       }\r
 159     }\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void fontChanged()\r
 163   {\r
 164     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 165     // to prevent drawing old image\r
 166     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 167 \r
 168     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 169     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 170 \r
 171     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 172     annotationPanel.repaint();\r
 173     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 174     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 175     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 176     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 177 \r
 178     alignFrame.pack();\r
 179 \r
 180     if(overviewPanel!=null)\r
 181           overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 182   }\r
 183 \r
 184   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 185   {\r
 186     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
 187     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
 188     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
 189     validate();\r
 190   }\r
 191 \r
 192   Dimension calculateIdWidth()\r
 193   {\r
 194     Frame frame = new Frame();\r
 195     frame.addNotify();\r
 196     Graphics g = frame.getGraphics();\r
 197     if (g == null)\r
 198     {\r
 199       Frame f = new Frame();\r
 200       f.addNotify();\r
 201       g = f.getGraphics();\r
 202     }\r
 203 \r
 204     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 205     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 206 \r
 207     int i = 0;\r
 208     int idWidth = 0;\r
 209     String id;\r
 210     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 211     {\r
 212       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 213       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 214 \r
 215       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 216       {\r
 217         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 218       }\r
 219       i++;\r
 220     }\r
 221 \r
 222     // Also check annotation label widths\r
 223     i = 0;\r
 224     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 225     {\r
 226       fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
 227       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 228       {\r
 229         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 230         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 231         {\r
 232           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 233         }\r
 234         i++;\r
 235       }\r
 236     }\r
 237 \r
 238     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 239   }\r
 240 \r
 241   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 242   {\r
 243     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 244 \r
 245     // do we need to scroll the panel?\r
 246     if (results != null)\r
 247     {\r
 248       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 249       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 250       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 251       if (av.getStartRes() > start\r
 252           || av.getEndRes() < end\r
 253           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 254               || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 255       {\r
 256         setScrollValues(start, results[0]);\r
 257       }\r
 258     }\r
 259 \r
 260   }\r
 261 \r
 262   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 263   {\r
 264     return overviewPanel;\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 268   {\r
 269     overviewPanel = op;\r
 270   }\r
 271 \r
 272   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 273   {\r
 274     if (!av.wrapAlignment)\r
 275     {\r
 276       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 277       annotationScroller.setVisible(b);\r
 278     }\r
 279     validate();\r
 280     repaint();\r
 281   }\r
 282 \r
 283   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 284   {\r
 285     av.startSeq = 0;\r
 286     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 287     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 288     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 289 \r
 290     if (wrap)\r
 291     {\r
 292       annotationScroller.setVisible(false);\r
 293       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 294     }\r
 295     else if (av.showAnnotation)\r
 296     {\r
 297       annotationScroller.setVisible(true);\r
 298       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 299     }\r
 300 \r
 301     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 302 \r
 303     validate();\r
 304     repaint();\r
 305 \r
 306   }\r
 307 \r
 308 \r
 309   int hextent = 0;\r
 310   int vextent = 0;\r
 311 \r
 312   // return value is true if the scroll is valid\r
 313   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 314   {\r
 315     if (up)\r
 316     {\r
 317       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 318       {\r
 319         return false;\r
 320       }\r
 321       fastPaint = false;\r
 322       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 323     }\r
 324     else\r
 325     {\r
 326       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 327       {\r
 328         return false;\r
 329       }\r
 330       fastPaint = false;\r
 331       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 332     }\r
 333     fastPaint = true;\r
 334     return true;\r
 335   }\r
 336 \r
 337   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 338   {\r
 339 \r
 340     if (right)\r
 341     {\r
 342       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 343       {\r
 344         return false;\r
 345       }\r
 346       fastPaint = false;\r
 347       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 348     }\r
 349     else\r
 350     {\r
 351       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 352       {\r
 353         return false;\r
 354       }\r
 355       fastPaint = false;\r
 356       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 357     }\r
 358     fastPaint = true;\r
 359     return true;\r
 360   }\r
 361 \r
 362   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 363   {\r
 364 \r
 365     av.setStartRes(x);\r
 366     av.setStartSeq(y);\r
 367     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() - 1);\r
 368 \r
 369     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
 370     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
 371 \r
 372     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 373     {\r
 374       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 375     }\r
 376     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 377     {\r
 378       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 379     }\r
 380 \r
 381     if (hextent + x > av.getAlignment().getWidth())\r
 382     {\r
 383       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 384     }\r
 385 \r
 386     if (vextent + y > av.getAlignment().getHeight())\r
 387     {\r
 388       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 389     }\r
 390 \r
 391     if (y < 0)\r
 392     {\r
 393       y = 0;\r
 394     }\r
 395 \r
 396     if (x < 0)\r
 397     {\r
 398       x = 0;\r
 399     }\r
 400 \r
 401     int endSeq = y + vextent;\r
 402     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
 403     {\r
 404       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 405     }\r
 406 \r
 407     av.setEndSeq(endSeq);\r
 408     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 409     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 410 \r
 411   }\r
 412 \r
 413   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 414   {\r
 415     int oldX = av.getStartRes();\r
 416     int oldY = av.getStartSeq();\r
 417 \r
 418     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 419     {\r
 420       int x = hscroll.getValue();\r
 421       av.setStartRes(x);\r
 422       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
 423                    1);\r
 424     }\r
 425 \r
 426     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 427     {\r
 428       int offy = vscroll.getValue();\r
 429       if (av.getWrapAlignment())\r
 430       {\r
 431         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 432             seqCanvas.getSize().width);\r
 433         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 434         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 435       }\r
 436       else\r
 437       {\r
 438         av.setStartSeq(offy);\r
 439         av.setEndSeq(offy +\r
 440                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 441       }\r
 442     }\r
 443 \r
 444     if (overviewPanel != null)\r
 445     {\r
 446       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 447     }\r
 448 \r
 449     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || MAC)\r
 450     {\r
 451       repaint();\r
 452     }\r
 453     else\r
 454     {\r
 455       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 456       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 457                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 458 \r
 459       scalePanel.repaint();\r
 460       if (av.getShowAnnotation())\r
 461       {\r
 462         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 463       }\r
 464     }\r
 465 \r
 466   }\r
 467 \r
 468   public void update(Graphics g)\r
 469   {\r
 470     paint(g);\r
 471   }\r
 472 \r
 473   public void paint(Graphics g)\r
 474   {\r
 475     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 476     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 477     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 478                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 479 \r
 480     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 481 \r
 482     if (av.getWrapAlignment())\r
 483     {\r
 484       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 485           seqPanel.seqCanvas.\r
 486           getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width) +1;\r
 487       vscroll.setMaximum(max);\r
 488       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 489       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 490     }\r
 491     else\r
 492     {\r
 493       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 494     }\r
 495 \r
 496     alabels.repaint();\r
 497     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 498     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 499     scalePanel.repaint();\r
 500     annotationPanel.repaint();\r
 501 \r
 502     if (getBounds() == g.getClipBounds())\r
 503     {\r
 504       if (overviewPanel != null)\r
 505         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 506     }\r
 507 \r
 508   }\r
 509 \r
 510   protected Panel sequenceHolderPanel = new Panel();\r
 511   protected Scrollbar vscroll = new Scrollbar();\r
 512   protected Scrollbar hscroll = new Scrollbar();\r
 513   protected Panel seqPanelHolder = new Panel();\r
 514   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 515   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();\r
 516   protected Panel scalePanelHolder = new Panel();\r
 517   protected Panel idPanelHolder = new Panel();\r
 518   BorderLayout borderLayout5 = new BorderLayout();\r
 519   protected Panel idSpaceFillerPanel1 = new Panel();\r
 520   public Panel annotationSpaceFillerHolder = new Panel();\r
 521   BorderLayout borderLayout6 = new BorderLayout();\r
 522   BorderLayout borderLayout7 = new BorderLayout();\r
 523   Panel hscrollHolder = new Panel();\r
 524   BorderLayout borderLayout10 = new BorderLayout();\r
 525   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();\r
 526   BorderLayout borderLayout11 = new BorderLayout();\r
 527   public Panel annotationScroller = new Panel();\r
 528   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();\r
 529   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
 530 \r
 531   private void jbInit() throws Exception {\r
 532       //  idPanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
 533       this.setLayout(borderLayout7);\r
 534 \r
 535       //   sequenceHolderPanel.setPreferredSize(new Dimension(150, 150));\r
 536       sequenceHolderPanel.setLayout(borderLayout3);\r
 537       seqPanelHolder.setLayout(borderLayout1);\r
 538       scalePanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 539 \r
 540       // scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
 541       scalePanelHolder.setLayout(borderLayout6);\r
 542       idPanelHolder.setLayout(borderLayout5);\r
 543       idSpaceFillerPanel1.setBackground(Color.white);\r
 544 \r
 545       //  idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
 546       idSpaceFillerPanel1.setLayout(borderLayout11);\r
 547       annotationSpaceFillerHolder.setBackground(Color.white);\r
 548 \r
 549       //  annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
 550       annotationSpaceFillerHolder.setLayout(borderLayout4);\r
 551       hscroll.setOrientation(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
 552       hscrollHolder.setLayout(borderLayout10);\r
 553       hscrollFillerPanel.setBackground(Color.white);\r
 554 \r
 555       //  hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
 556       hscrollHolder.setBackground(Color.white);\r
 557 \r
 558       //    annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
 559       //  this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));\r
 560       seqPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 561       idPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 562       annotationScroller.setLayout(borderLayout2);\r
 563       sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);\r
 564       sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);\r
 565       seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);\r
 566       sequenceHolderPanel.add(annotationScroller, BorderLayout.SOUTH);\r
 567 \r
 568       //  Panel3.add(secondaryPanelHolder,  BorderLayout.SOUTH);\r
 569       this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);\r
 570       idPanelHolder.add(idSpaceFillerPanel1, BorderLayout.NORTH);\r
 571       idPanelHolder.add(annotationSpaceFillerHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
 572       this.add(hscrollHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
 573       hscrollHolder.add(hscroll, BorderLayout.CENTER);\r
 574       hscrollHolder.add(hscrollFillerPanel, BorderLayout.WEST);\r
 575       this.add(sequenceHolderPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 576   }\r
 577 \r
 578 }\r