Takes string[] instead of seq[]
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / AlignmentPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 \r
25 import jalview.datamodel.*;\r
26 \r
27 public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener\r
28 {\r
29 \r
30   AlignViewport av;\r
31   OverviewPanel overviewPanel;\r
32   SeqPanel seqPanel;\r
33   IdPanel idPanel;\r
34   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
35   public AlignFrame alignFrame;\r
36   ScalePanel scalePanel;\r
37   AnnotationPanel annotationPanel;\r
38   AnnotationLabels alabels;\r
39 \r
40   // this value is set false when selection area being dragged\r
41   boolean fastPaint = true;\r
42 \r
43   boolean MAC = false;\r
44 \r
45   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
46   {\r
47     try\r
48     {\r
49       jbInit();\r
50     }\r
51     catch (Exception e)\r
52     {\r
53       e.printStackTrace();\r
54     }\r
55 \r
56     if(System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
57       MAC = true;\r
58 \r
59     alignFrame = af;\r
60     this.av = av;\r
61     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
62     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
63     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
64     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
65     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
66 \r
67     sequenceHolderPanel.add(annotationPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
68 \r
69     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
70 \r
71     setAnnotationVisible(av.showAnnotation);\r
72 \r
73     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
74     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
75     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
76     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
77     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
78 \r
79     fontChanged();\r
80     setScrollValues(0, 0);\r
81 \r
82     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
83     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
84 \r
85     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
86     {\r
87       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
88       {\r
89         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
90         repaint();\r
91       }\r
92     });\r
93 \r
94     Dimension d = calculateIdWidth();\r
95     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
96 \r
97     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
98 \r
99     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
100     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
101                                         annotationPanel.getSize().height);\r
102     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
103 \r
104   }\r
105 \r
106 \r
107   public void fontChanged()\r
108   {\r
109     // set idCanvas bufferedImage to null\r
110     // to prevent drawing old image\r
111     idPanel.idCanvas.image = null;\r
112     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
113 \r
114     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
115     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
116 \r
117     annotationPanel.image = null;\r
118     int ap = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
119     annotationPanel.repaint();\r
120     Dimension d = calculateIdWidth();\r
121     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
122     alabels.setSize(d.width+4, ap );\r
123     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
124     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
125 \r
126     validate();\r
127     repaint();\r
128 \r
129     if(overviewPanel!=null)\r
130           overviewPanel.updateOverviewImage();\r
131   }\r
132 \r
133   public void setIdWidth(int w, int h)\r
134   {\r
135     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
136     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
137     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
138     validate();\r
139   }\r
140 \r
141   Dimension calculateIdWidth()\r
142   {\r
143     if (av.nullFrame == null)\r
144     {\r
145       av.nullFrame = new Frame();\r
146       av.nullFrame.addNotify();\r
147     }\r
148 \r
149     Graphics g = av.nullFrame.getGraphics();\r
150 \r
151     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
152     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
153 \r
154     int i = 0;\r
155     int idWidth = 0;\r
156     String id;\r
157     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
158     {\r
159       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
160       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
161 \r
162       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
163       {\r
164         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
165       }\r
166       i++;\r
167     }\r
168 \r
169     // Also check annotation label widths\r
170     i = 0;\r
171     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
172     {\r
173       fm = g.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());\r
174       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
175       {\r
176         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
177         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
178         {\r
179           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
180         }\r
181         i++;\r
182       }\r
183     }\r
184 \r
185     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
186   }\r
187 \r
188   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
189   {\r
190     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
191 \r
192    // do we need to scroll the panel?\r
193     if (results != null)\r
194     {\r
195       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
196       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
197       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
198       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
199 \r
200         if(!av.wrapAlignment)\r
201         {\r
202           if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
203              ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
204           {\r
205             if (start > av.alignment.getWidth() - hextent)\r
206             {\r
207               start = av.alignment.getWidth() - hextent;\r
208               if (start < 0)\r
209                 start = 0;\r
210             }\r
211             if (seqIndex > av.alignment.getHeight() - vextent)\r
212             {\r
213               seqIndex = av.alignment.getHeight() - vextent;\r
214               if (seqIndex < 0)\r
215                 seqIndex = 0;\r
216             }\r
217             setScrollValues(start, seqIndex);\r
218           }\r
219         }\r
220         else\r
221         {\r
222           scrollToWrappedVisible(start);\r
223         }\r
224     }\r
225 \r
226     repaint();\r
227   }\r
228 \r
229   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
230   {\r
231     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
232     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
233     {\r
234       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
235       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
236     }\r
237   }\r
238 \r
239 \r
240   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
241   {\r
242     return overviewPanel;\r
243   }\r
244 \r
245   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
246   {\r
247     overviewPanel = op;\r
248   }\r
249 \r
250   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
251   {\r
252     if (!av.wrapAlignment)\r
253     {\r
254       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
255       annotationPanel.setVisible(b);\r
256     }\r
257     validate();\r
258     repaint();\r
259   }\r
260 \r
261   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
262   {\r
263     av.startSeq = 0;\r
264     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
265 \r
266 \r
267     hscroll.setVisible(!wrap);\r
268     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
269 \r
270     if (wrap)\r
271     {\r
272       annotationPanel.setVisible(false);\r
273       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
274     }\r
275     else if (av.showAnnotation)\r
276     {\r
277       annotationPanel.setVisible(true);\r
278       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
279     }\r
280 \r
281 \r
282     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
283 \r
284     fontChanged();//This is so that the scalePanel is resized correctly\r
285 \r
286     validate();\r
287     repaint();\r
288 \r
289   }\r
290 \r
291 \r
292   int hextent = 0;\r
293   int vextent = 0;\r
294 \r
295   // return value is true if the scroll is valid\r
296   public boolean scrollUp(boolean up)\r
297   {\r
298     if (up)\r
299     {\r
300       if (vscroll.getValue() < 1)\r
301       {\r
302         return false;\r
303       }\r
304       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue()-1);\r
305     }\r
306     else\r
307     {\r
308       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
309       {\r
310         return false;\r
311       }\r
312       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue()+1);\r
313     }\r
314 \r
315     repaint();\r
316     return true;\r
317   }\r
318 \r
319   public boolean scrollRight(boolean right)\r
320   {\r
321     if (!right)\r
322     {\r
323       if (hscroll.getValue() < 1)\r
324       {\r
325         return false;\r
326       }\r
327       setScrollValues(hscroll.getValue()-1, vscroll.getValue());\r
328     }\r
329     else\r
330     {\r
331       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
332       {\r
333         return false;\r
334       }\r
335       setScrollValues(hscroll.getValue()+1, vscroll.getValue());\r
336     }\r
337 \r
338     repaint();\r
339     return true;\r
340   }\r
341 \r
342   public void setScrollValues(int x, int y)\r
343   {\r
344     av.setStartRes(x);\r
345     av.setStartSeq(y);\r
346     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() - 1);\r
347 \r
348     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
349     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
350 \r
351     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
352     {\r
353       hextent = av.alignment.getWidth();\r
354     }\r
355     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
356     {\r
357       vextent = av.alignment.getHeight();\r
358     }\r
359 \r
360     if (hextent + x > av.getAlignment().getWidth())\r
361     {\r
362       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
363     }\r
364 \r
365     if (vextent + y > av.getAlignment().getHeight())\r
366     {\r
367       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
368     }\r
369 \r
370     if (y < 0)\r
371     {\r
372       y = 0;\r
373     }\r
374 \r
375     if (x < 0)\r
376     {\r
377       x = 0;\r
378     }\r
379 \r
380     int endSeq = y + vextent;\r
381     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
382     {\r
383       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
384     }\r
385 \r
386     av.setEndSeq(endSeq);\r
387     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
388     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
389 \r
390     if(overviewPanel!=null)\r
391           overviewPanel.setBoxPosition();\r
392   }\r
393 \r
394   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
395   {\r
396     int oldX = av.getStartRes();\r
397     int oldY = av.getStartSeq();\r
398 \r
399 \r
400     if (evt==null || evt.getSource() == hscroll)\r
401     {\r
402       int x = hscroll.getValue();\r
403       av.setStartRes(x);\r
404       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
405                    1);\r
406     }\r
407 \r
408 \r
409     if (evt==null || evt.getSource() == vscroll)\r
410     {\r
411       int offy = vscroll.getValue();\r
412       if (av.getWrapAlignment())\r
413       {\r
414         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
415             seqCanvas.getSize().width);\r
416         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
417         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
418       }\r
419       else\r
420       {\r
421         av.setStartSeq(offy);\r
422         av.setEndSeq(offy +\r
423                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
424       }\r
425     }\r
426 \r
427     if (overviewPanel != null)\r
428     {\r
429       overviewPanel.setBoxPosition();\r
430     }\r
431 \r
432     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
433     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
434 \r
435     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || MAC)\r
436     {\r
437       repaint();\r
438     }\r
439     else\r
440     {\r
441       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
442       // larger than the visible window\r
443       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
444       {\r
445         scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
446       }\r
447       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
448         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
449 \r
450       idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
451       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
452                                    scrollY);\r
453 \r
454       scalePanel.repaint();\r
455       if (av.getShowAnnotation())\r
456       {\r
457         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
458       }\r
459     }\r
460 \r
461   }\r
462 \r
463   public void update(Graphics g)\r
464   {\r
465     paint(g);\r
466   }\r
467 \r
468   public void paint(Graphics g)\r
469   {\r
470     invalidate();\r
471     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
472     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
473     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
474                                         annotationPanel.getSize().height);\r
475 \r
476     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
477 \r
478     if (av.getWrapAlignment())\r
479     {\r
480       int max = av.alignment.getWidth() /\r
481           seqPanel.seqCanvas.\r
482           getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width) +1;\r
483       vscroll.setMaximum(max);\r
484       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
485       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
486     }\r
487     else\r
488     {\r
489       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
490     }\r
491 \r
492     alabels.repaint();\r
493 \r
494     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
495     scalePanel.repaint();\r
496     annotationPanel.repaint();\r
497     idPanel.idCanvas.repaint();\r
498 \r
499     if (getBounds() == g.getClipBounds())\r
500     {\r
501       if (overviewPanel != null)\r
502         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
503     }\r
504 \r
505   }\r
506 \r
507   protected Panel sequenceHolderPanel = new Panel();\r
508   protected Scrollbar vscroll = new Scrollbar();\r
509   protected Scrollbar hscroll = new Scrollbar();\r
510   protected Panel seqPanelHolder = new Panel();\r
511   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
512   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();\r
513   protected Panel scalePanelHolder = new Panel();\r
514   protected Panel idPanelHolder = new Panel();\r
515   BorderLayout borderLayout5 = new BorderLayout();\r
516   protected Panel idSpaceFillerPanel1 = new Panel();\r
517   public Panel annotationSpaceFillerHolder = new Panel();\r
518   BorderLayout borderLayout6 = new BorderLayout();\r
519   BorderLayout borderLayout7 = new BorderLayout();\r
520   Panel hscrollHolder = new Panel();\r
521   BorderLayout borderLayout10 = new BorderLayout();\r
522   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();\r
523   BorderLayout borderLayout11 = new BorderLayout();\r
524   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();\r
525   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
526 \r
527   private void jbInit() throws Exception {\r
528       //  idPanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
529       this.setLayout(borderLayout7);\r
530 \r
531       //   sequenceHolderPanel.setPreferredSize(new Dimension(150, 150));\r
532       sequenceHolderPanel.setLayout(borderLayout3);\r
533       seqPanelHolder.setLayout(borderLayout1);\r
534       scalePanelHolder.setBackground(Color.white);\r
535 \r
536       // scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
537       scalePanelHolder.setLayout(borderLayout6);\r
538       idPanelHolder.setLayout(borderLayout5);\r
539       idSpaceFillerPanel1.setBackground(Color.white);\r
540 \r
541       //  idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
542       idSpaceFillerPanel1.setLayout(borderLayout11);\r
543       annotationSpaceFillerHolder.setBackground(Color.white);\r
544 \r
545       //  annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
546       annotationSpaceFillerHolder.setLayout(borderLayout4);\r
547       hscroll.setOrientation(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
548       hscrollHolder.setLayout(borderLayout10);\r
549       hscrollFillerPanel.setBackground(Color.white);\r
550 \r
551       //  hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
552       hscrollHolder.setBackground(Color.white);\r
553 \r
554       //    annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
555       //  this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));\r
556       seqPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
557       idPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
558       sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);\r
559       sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);\r
560       seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);\r
561 \r
562       //  Panel3.add(secondaryPanelHolder,  BorderLayout.SOUTH);\r
563       this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);\r
564       idPanelHolder.add(idSpaceFillerPanel1, BorderLayout.NORTH);\r
565       idPanelHolder.add(annotationSpaceFillerHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
566       this.add(hscrollHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
567       hscrollHolder.add(hscroll, BorderLayout.CENTER);\r
568       hscrollHolder.add(hscrollFillerPanel, BorderLayout.WEST);\r
569       this.add(sequenceHolderPanel, BorderLayout.CENTER);\r
570   }\r
571 \r
572 }\r