src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.analysis.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.jbappletgui.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class AlignmentPanel\r
  31     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   AlignViewport av;\r
  35   OverviewPanel overviewPanel;\r
  36   SeqPanel seqPanel;\r
  37   IdPanel idPanel;\r
  38   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  39   public AlignFrame alignFrame;\r
  40   ScalePanel scalePanel;\r
  41   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  42   AnnotationLabels alabels;\r
  43 \r
  44   // this value is set false when selection area being dragged\r
  45   boolean fastPaint = true;\r
  46 \r
  47   boolean MAC = false;\r
  48 \r
  49   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  50   {\r
  51     if(System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  52       MAC = true;\r
  53 \r
  54     alignFrame = af;\r
  55     this.av = av;\r
  56     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  57     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  58     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  59     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  60     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  61     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  62 \r
  63     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  64     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  65     annotationScroller.add(annotationPanel);\r
  66     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  67     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  68     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  69 \r
  70     fontChanged();\r
  71     setScrollValues(0, 0);\r
  72 \r
  73     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  74     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  75 \r
  76     seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  77     idPanel.idCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  78 \r
  79     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  80     {\r
  81       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  82       {\r
  83         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  84         repaint();\r
  85       }\r
  86     });\r
  87 \r
  88     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  89     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  90 \r
  91     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  92     annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
  93 \r
  94     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
  95     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
  96                                         annotationPanel.getSize().height);\r
  97     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  98 \r
  99   }\r
 100 \r
 101   class MyKeyAdapter\r
 102       extends KeyAdapter\r
 103   {\r
 104     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 105     {\r
 106       // System.out.println(evt.getKeyCode()); log.\r
 107       switch (evt.getKeyCode())\r
 108       {\r
 109         case 27: // escape key\r
 110           av.setSelectionGroup(null);\r
 111           alignFrame.alignPanel.repaint();\r
 112           break;\r
 113         case KeyEvent.VK_X:\r
 114           if (evt.isControlDown())\r
 115           {\r
 116             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 117           }\r
 118           break;\r
 119         case KeyEvent.VK_C:\r
 120           if (evt.isControlDown())\r
 121           {\r
 122             alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 123           }\r
 124           break;\r
 125         case KeyEvent.VK_V:\r
 126           if (evt.isControlDown())\r
 127           {\r
 128             alignFrame.paste(true);\r
 129           }\r
 130           break;\r
 131         case KeyEvent.VK_A:\r
 132           if (evt.isControlDown())\r
 133           {\r
 134             alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 135           }\r
 136           break;\r
 137         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 138           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 139           break;\r
 140         case KeyEvent.VK_UP:\r
 141           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 142           break;\r
 143         case KeyEvent.VK_F:\r
 144           if (evt.isControlDown())\r
 145           {\r
 146             alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 147           }\r
 148           break;\r
 149         case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 150         case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 151           alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 152           break;\r
 153 \r
 154       }\r
 155     }\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void fontChanged()\r
 159   {\r
 160     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 161     // to prevent drawing old image\r
 162     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 163 \r
 164     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 165     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 166 \r
 167     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 168     annotationPanel.repaint();\r
 169     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 170     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 171     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 172     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 173 \r
 174     alignFrame.pack();\r
 175   }\r
 176 \r
 177   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 178   {\r
 179     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
 180     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
 181     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
 182     validate();\r
 183   }\r
 184 \r
 185   Dimension calculateIdWidth()\r
 186   {\r
 187     Frame frame = new Frame();\r
 188     frame.addNotify();\r
 189     Graphics g = frame.getGraphics();\r
 190     if (g == null)\r
 191     {\r
 192       Frame f = new Frame();\r
 193       f.addNotify();\r
 194       g = f.getGraphics();\r
 195     }\r
 196 \r
 197     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 198     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 199 \r
 200     int i = 0;\r
 201     int idWidth = 0;\r
 202     String id;\r
 203     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 204     {\r
 205       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 206       if (av.getShowFullId())\r
 207       {\r
 208         id = s.getDisplayId();\r
 209       }\r
 210       else\r
 211       {\r
 212         id = s.getName();\r
 213       }\r
 214 \r
 215       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 216       {\r
 217         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 218       }\r
 219       i++;\r
 220     }\r
 221 \r
 222     // Also check annotation label widths\r
 223     i = 0;\r
 224     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 225     {\r
 226       fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
 227       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 228       {\r
 229         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 230         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 231         {\r
 232           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 233         }\r
 234         i++;\r
 235       }\r
 236     }\r
 237 \r
 238     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 239   }\r
 240 \r
 241   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 242   {\r
 243     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 244 \r
 245     // do we need to scroll the panel?\r
 246     if (results != null)\r
 247     {\r
 248       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 249       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 250       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 251       if (av.getStartRes() > start\r
 252           || av.getEndRes() < end\r
 253           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 254               || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 255       {\r
 256         setScrollValues(start, results[0]);\r
 257       }\r
 258     }\r
 259 \r
 260   }\r
 261 \r
 262   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 263   {\r
 264     return overviewPanel;\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 268   {\r
 269     overviewPanel = op;\r
 270   }\r
 271 \r
 272   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 273   {\r
 274     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 275     annotationScroller.setVisible(b);\r
 276     validate();\r
 277     repaint();\r
 278   }\r
 279 \r
 280   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 281   {\r
 282     av.startSeq = 0;\r
 283     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 284     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 285     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 286 \r
 287     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 288     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 289     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 290     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 291 \r
 292     validate();\r
 293     repaint();\r
 294 \r
 295   }\r
 296 \r
 297 \r
 298   int hextent = 0;\r
 299   int vextent = 0;\r
 300 \r
 301   // return value is true if the scroll is valid\r
 302   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 303   {\r
 304     if (up)\r
 305     {\r
 306       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 307       {\r
 308         return false;\r
 309       }\r
 310       fastPaint = false;\r
 311       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 312     }\r
 313     else\r
 314     {\r
 315       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 316       {\r
 317         return false;\r
 318       }\r
 319       fastPaint = false;\r
 320       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 321     }\r
 322     fastPaint = true;\r
 323     return true;\r
 324   }\r
 325 \r
 326   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 327   {\r
 328 \r
 329     if (right)\r
 330     {\r
 331       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 332       {\r
 333         return false;\r
 334       }\r
 335       fastPaint = false;\r
 336       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 337     }\r
 338     else\r
 339     {\r
 340       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 341       {\r
 342         return false;\r
 343       }\r
 344       fastPaint = false;\r
 345       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 346     }\r
 347     fastPaint = true;\r
 348     return true;\r
 349   }\r
 350 \r
 351   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 352   {\r
 353 \r
 354     av.setStartRes(x);\r
 355     av.setStartSeq(y);\r
 356     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() - 1);\r
 357 \r
 358     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
 359     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
 360 \r
 361     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 362     {\r
 363       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 364     }\r
 365     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 366     {\r
 367       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 368     }\r
 369 \r
 370     if (hextent + x > av.getAlignment().getWidth())\r
 371     {\r
 372       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 373     }\r
 374 \r
 375     if (vextent + y > av.getAlignment().getHeight())\r
 376     {\r
 377       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 378     }\r
 379 \r
 380     if (y < 0)\r
 381     {\r
 382       y = 0;\r
 383     }\r
 384 \r
 385     if (x < 0)\r
 386     {\r
 387       x = 0;\r
 388     }\r
 389 \r
 390     int endSeq = y + vextent;\r
 391     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
 392     {\r
 393       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 394     }\r
 395 \r
 396     av.setEndSeq(endSeq);\r
 397     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 398     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 399 \r
 400   }\r
 401 \r
 402   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 403   {\r
 404     int oldX = av.getStartRes();\r
 405     int oldY = av.getStartSeq();\r
 406 \r
 407     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 408     {\r
 409       int x = hscroll.getValue();\r
 410       av.setStartRes(x);\r
 411       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
 412                    1);\r
 413     }\r
 414 \r
 415     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 416     {\r
 417       int offy = vscroll.getValue();\r
 418       if (av.getWrapAlignment())\r
 419       {\r
 420         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 421             seqCanvas.getSize().width);\r
 422         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 423         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 424       }\r
 425       else\r
 426       {\r
 427         av.setStartSeq(offy);\r
 428         av.setEndSeq(offy +\r
 429                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 430       }\r
 431     }\r
 432 \r
 433     if (overviewPanel != null)\r
 434     {\r
 435       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 436     }\r
 437 \r
 438     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || MAC)\r
 439     {\r
 440       repaint();\r
 441     }\r
 442     else\r
 443     {\r
 444       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 445       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 446                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 447 \r
 448       scalePanel.repaint();\r
 449       if (av.getShowAnnotation())\r
 450       {\r
 451         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 452       }\r
 453     }\r
 454 \r
 455   }\r
 456 \r
 457   public void update(Graphics g)\r
 458   {\r
 459     paint(g);\r
 460   }\r
 461 \r
 462   public void paint(Graphics g)\r
 463   {\r
 464     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 465     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 466     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 467                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 468     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 469 \r
 470     alabels.repaint();\r
 471     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 472     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 473     scalePanel.repaint();\r
 474     annotationPanel.repaint();\r
 475 \r
 476     if (av.getWrapAlignment())\r
 477     {\r
 478       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 479           seqPanel.seqCanvas.\r
 480           getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 481       vscroll.setMaximum(max);\r
 482       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 483       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 484     }\r
 485     else\r
 486     {\r
 487       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 488     }\r
 489 \r
 490   }\r
 491 }\r