src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.analysis.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.jbappletgui.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class AlignmentPanel\r
  31     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   AlignViewport av;\r
  35   OverviewPanel overviewPanel;\r
  36   SeqPanel seqPanel;\r
  37   IdPanel idPanel;\r
  38   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  39   public AlignFrame alignFrame;\r
  40   ScalePanel scalePanel;\r
  41   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  42   AnnotationLabels alabels;\r
  43 \r
  44   // this value is set false when selection area being dragged\r
  45   boolean fastPaint = true;\r
  46 \r
  47   boolean MAC = false;\r
  48 \r
  49   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  50   {\r
  51     if(System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  52       MAC = true;\r
  53 \r
  54     alignFrame = af;\r
  55     this.av = av;\r
  56     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  57     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  58     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  59     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  60     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  61     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  62 \r
  63     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  64     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  65     annotationScroller.add(annotationPanel);\r
  66     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  67     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  68     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  69 \r
  70     fontChanged();\r
  71     setScrollValues(0, 0);\r
  72 \r
  73     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  74     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  75 \r
  76     seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  77     idPanel.idCanvas.addKeyListener(new MyKeyAdapter());\r
  78 \r
  79     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  80     {\r
  81       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  82       {\r
  83         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  84         repaint();\r
  85       }\r
  86     });\r
  87 \r
  88     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  89     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  90 \r
  91     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  92     annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
  93 \r
  94     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
  95     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
  96                                         annotationPanel.getSize().height);\r
  97     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  98 \r
  99   }\r
 100 \r
 101   class MyKeyAdapter\r
 102       extends KeyAdapter\r
 103   {\r
 104     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 105     {\r
 106       // System.out.println(evt.getKeyCode()); log.\r
 107       switch (evt.getKeyCode())\r
 108       {\r
 109         case 27: // escape key\r
 110           av.setSelectionGroup(null);\r
 111           alignFrame.alignPanel.repaint();\r
 112           break;\r
 113         case KeyEvent.VK_X:\r
 114           if (evt.isControlDown())\r
 115           {\r
 116             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 117           }\r
 118           break;\r
 119         case KeyEvent.VK_C:\r
 120           if (evt.isControlDown())\r
 121           {\r
 122             alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 123           }\r
 124           break;\r
 125         case KeyEvent.VK_V:\r
 126           if (evt.isControlDown())\r
 127           {\r
 128             alignFrame.paste(true);\r
 129           }\r
 130           break;\r
 131         case KeyEvent.VK_A:\r
 132           if (evt.isControlDown())\r
 133           {\r
 134             alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 135           }\r
 136           break;\r
 137         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 138           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 139           break;\r
 140         case KeyEvent.VK_UP:\r
 141           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 142           break;\r
 143         case KeyEvent.VK_F:\r
 144           if (evt.isControlDown())\r
 145           {\r
 146             alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 147           }\r
 148           break;\r
 149         case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 150         case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 151           alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 152           break;\r
 153 \r
 154       }\r
 155     }\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void fontChanged()\r
 159   {\r
 160     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 161     // to prevent drawing old image\r
 162     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 163 \r
 164     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 165     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 166 \r
 167     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 168     annotationPanel.repaint();\r
 169     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 170     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 171     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 172     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 173 \r
 174     alignFrame.pack();\r
 175 \r
 176     if(overviewPanel!=null)\r
 177           overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 181   {\r
 182     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
 183     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
 184     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
 185     validate();\r
 186   }\r
 187 \r
 188   Dimension calculateIdWidth()\r
 189   {\r
 190     Frame frame = new Frame();\r
 191     frame.addNotify();\r
 192     Graphics g = frame.getGraphics();\r
 193     if (g == null)\r
 194     {\r
 195       Frame f = new Frame();\r
 196       f.addNotify();\r
 197       g = f.getGraphics();\r
 198     }\r
 199 \r
 200     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 201     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 202 \r
 203     int i = 0;\r
 204     int idWidth = 0;\r
 205     String id;\r
 206     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 207     {\r
 208       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 209       if (av.getShowFullId())\r
 210       {\r
 211         id = s.getDisplayId();\r
 212       }\r
 213       else\r
 214       {\r
 215         id = s.getName();\r
 216       }\r
 217 \r
 218       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 219       {\r
 220         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 221       }\r
 222       i++;\r
 223     }\r
 224 \r
 225     // Also check annotation label widths\r
 226     i = 0;\r
 227     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 228     {\r
 229       fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
 230       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 231       {\r
 232         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 233         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 234         {\r
 235           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 236         }\r
 237         i++;\r
 238       }\r
 239     }\r
 240 \r
 241     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 245   {\r
 246     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 247 \r
 248     // do we need to scroll the panel?\r
 249     if (results != null)\r
 250     {\r
 251       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 252       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 253       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 254       if (av.getStartRes() > start\r
 255           || av.getEndRes() < end\r
 256           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 257               || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 258       {\r
 259         setScrollValues(start, results[0]);\r
 260       }\r
 261     }\r
 262 \r
 263   }\r
 264 \r
 265   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 266   {\r
 267     return overviewPanel;\r
 268   }\r
 269 \r
 270   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 271   {\r
 272     overviewPanel = op;\r
 273   }\r
 274 \r
 275   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 276   {\r
 277     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 278     annotationScroller.setVisible(b);\r
 279     validate();\r
 280     repaint();\r
 281   }\r
 282 \r
 283   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 284   {\r
 285     av.startSeq = 0;\r
 286     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 287     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 288     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 289 \r
 290     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 291     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 292     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 293     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 294 \r
 295     validate();\r
 296     repaint();\r
 297 \r
 298   }\r
 299 \r
 300 \r
 301   int hextent = 0;\r
 302   int vextent = 0;\r
 303 \r
 304   // return value is true if the scroll is valid\r
 305   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 306   {\r
 307     if (up)\r
 308     {\r
 309       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 310       {\r
 311         return false;\r
 312       }\r
 313       fastPaint = false;\r
 314       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 315     }\r
 316     else\r
 317     {\r
 318       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 319       {\r
 320         return false;\r
 321       }\r
 322       fastPaint = false;\r
 323       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 324     }\r
 325     fastPaint = true;\r
 326     return true;\r
 327   }\r
 328 \r
 329   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 330   {\r
 331 \r
 332     if (right)\r
 333     {\r
 334       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 335       {\r
 336         return false;\r
 337       }\r
 338       fastPaint = false;\r
 339       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 340     }\r
 341     else\r
 342     {\r
 343       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 344       {\r
 345         return false;\r
 346       }\r
 347       fastPaint = false;\r
 348       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 349     }\r
 350     fastPaint = true;\r
 351     return true;\r
 352   }\r
 353 \r
 354   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 355   {\r
 356 \r
 357     av.setStartRes(x);\r
 358     av.setStartSeq(y);\r
 359     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() - 1);\r
 360 \r
 361     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
 362     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
 363 \r
 364     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 365     {\r
 366       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 367     }\r
 368     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 369     {\r
 370       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 371     }\r
 372 \r
 373     if (hextent + x > av.getAlignment().getWidth())\r
 374     {\r
 375       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 376     }\r
 377 \r
 378     if (vextent + y > av.getAlignment().getHeight())\r
 379     {\r
 380       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 381     }\r
 382 \r
 383     if (y < 0)\r
 384     {\r
 385       y = 0;\r
 386     }\r
 387 \r
 388     if (x < 0)\r
 389     {\r
 390       x = 0;\r
 391     }\r
 392 \r
 393     int endSeq = y + vextent;\r
 394     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
 395     {\r
 396       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 397     }\r
 398 \r
 399     av.setEndSeq(endSeq);\r
 400     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 401     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 402 \r
 403   }\r
 404 \r
 405   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 406   {\r
 407     int oldX = av.getStartRes();\r
 408     int oldY = av.getStartSeq();\r
 409 \r
 410     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 411     {\r
 412       int x = hscroll.getValue();\r
 413       av.setStartRes(x);\r
 414       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
 415                    1);\r
 416     }\r
 417 \r
 418     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 419     {\r
 420       int offy = vscroll.getValue();\r
 421       if (av.getWrapAlignment())\r
 422       {\r
 423         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 424             seqCanvas.getSize().width);\r
 425         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 426         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 427       }\r
 428       else\r
 429       {\r
 430         av.setStartSeq(offy);\r
 431         av.setEndSeq(offy +\r
 432                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 433       }\r
 434     }\r
 435 \r
 436     if (overviewPanel != null)\r
 437     {\r
 438       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 439     }\r
 440 \r
 441     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || MAC)\r
 442     {\r
 443       repaint();\r
 444     }\r
 445     else\r
 446     {\r
 447       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 448       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 449                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 450 \r
 451       scalePanel.repaint();\r
 452       if (av.getShowAnnotation())\r
 453       {\r
 454         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 455       }\r
 456     }\r
 457 \r
 458   }\r
 459 \r
 460   public void update(Graphics g)\r
 461   {\r
 462     paint(g);\r
 463   }\r
 464 \r
 465   public void paint(Graphics g)\r
 466   {\r
 467     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 468     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 469     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 470                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 471 \r
 472     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 473 \r
 474     if (av.getWrapAlignment())\r
 475     {\r
 476       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 477           seqPanel.seqCanvas.\r
 478           getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 479       vscroll.setMaximum(max);\r
 480       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 481       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 482     }\r
 483     else\r
 484     {\r
 485       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 486     }\r
 487 \r
 488     alabels.repaint();\r
 489     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 490     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 491     scalePanel.repaint();\r
 492     annotationPanel.repaint();\r
 493 \r
 494   }\r
 495 }\r