src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener\r
  28 {\r
  29 \r
  30   AlignViewport av;\r
  31   OverviewPanel overviewPanel;\r
  32   SeqPanel seqPanel;\r
  33   IdPanel idPanel;\r
  34   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  35   public AlignFrame alignFrame;\r
  36   ScalePanel scalePanel;\r
  37   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  38   AnnotationLabels alabels;\r
  39 \r
  40   // this value is set false when selection area being dragged\r
  41   boolean fastPaint = true;\r
  42 \r
  43 \r
  44 \r
  45   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  46   {\r
  47     try\r
  48     {\r
  49       jbInit();\r
  50     }\r
  51     catch (Exception e)\r
  52     {\r
  53       e.printStackTrace();\r
  54     }\r
  55 \r
  56 \r
  57     alignFrame = af;\r
  58     this.av = av;\r
  59     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  60     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  61     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  62     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  63     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  64 \r
  65     sequenceHolderPanel.add(annotationPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
  66 \r
  67     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  68 \r
  69     setAnnotationVisible(av.showAnnotation);\r
  70 \r
  71     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  72     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  73     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  74     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  75     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  76 \r
  77     fontChanged();\r
  78     setScrollValues(0, 0);\r
  79 \r
  80     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  81     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  82 \r
  83     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  84     {\r
  85       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  86       {\r
  87         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  88         repaint();\r
  89       }\r
  90     });\r
  91 \r
  92     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  93     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
  94 \r
  95     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
  96 \r
  97     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
  98     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
  99                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 100     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 101 \r
 102     final AlignmentPanel ap = this;\r
 103     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 104     {\r
 105       public void propertyChange(java.beans.PropertyChangeEvent evt)\r
 106       {\r
 107         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 108         {\r
 109           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 110                                  av.getSequenceSetId(),\r
 111                                  true,\r
 112                                  true);\r
 113           alignmentChanged();\r
 114         }\r
 115       }\r
 116     });\r
 117 \r
 118   }\r
 119 \r
 120 \r
 121   public void alignmentChanged()\r
 122   {\r
 123     av.alignmentChanged(this);\r
 124 \r
 125     if (overviewPanel != null)\r
 126       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 127 \r
 128     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 129 \r
 130     repaint();\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void fontChanged()\r
 134   {\r
 135     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 136     // to prevent drawing old image\r
 137     idPanel.idCanvas.image = null;\r
 138     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 139 \r
 140     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 141     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 142 \r
 143     annotationPanel.image = null;\r
 144     int ap = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 145     annotationPanel.repaint();\r
 146     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 147     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 148     alabels.setSize(d.width+4, ap );\r
 149     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 150     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 151 \r
 152     validate();\r
 153     repaint();\r
 154 \r
 155     if(overviewPanel!=null)\r
 156           overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 157   }\r
 158 \r
 159   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 160   {\r
 161     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
 162     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
 163     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
 164     validate();\r
 165   }\r
 166 \r
 167   Dimension calculateIdWidth()\r
 168   {\r
 169     if (av.nullFrame == null)\r
 170     {\r
 171       av.nullFrame = new Frame();\r
 172       av.nullFrame.addNotify();\r
 173     }\r
 174 \r
 175     Graphics g = av.nullFrame.getGraphics();\r
 176 \r
 177     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 178     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 179 \r
 180     int i = 0;\r
 181     int idWidth = 0;\r
 182     String id;\r
 183     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 184     {\r
 185       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 186       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 187 \r
 188       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 189       {\r
 190         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 191       }\r
 192       i++;\r
 193     }\r
 194 \r
 195     // Also check annotation label widths\r
 196     i = 0;\r
 197     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 198     {\r
 199       fm = g.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());\r
 200       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 201       {\r
 202         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 203         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 204         {\r
 205           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 206         }\r
 207         i++;\r
 208       }\r
 209     }\r
 210 \r
 211     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 212   }\r
 213 \r
 214   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 215   {\r
 216     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 217 \r
 218    // do we need to scroll the panel?\r
 219     if (results != null)\r
 220     {\r
 221       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 222       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 223       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 224       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 225 \r
 226         if(!av.wrapAlignment)\r
 227         {\r
 228           if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 229              ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 230           {\r
 231             if (start > av.alignment.getWidth() - hextent)\r
 232             {\r
 233               start = av.alignment.getWidth() - hextent;\r
 234               if (start < 0)\r
 235                 start = 0;\r
 236             }\r
 237             if (seqIndex > av.alignment.getHeight() - vextent)\r
 238             {\r
 239               seqIndex = av.alignment.getHeight() - vextent;\r
 240               if (seqIndex < 0)\r
 241                 seqIndex = 0;\r
 242             }\r
 243             setScrollValues(start, seqIndex);\r
 244           }\r
 245         }\r
 246         else\r
 247         {\r
 248           scrollToWrappedVisible(start);\r
 249         }\r
 250     }\r
 251 \r
 252     repaint();\r
 253   }\r
 254 \r
 255   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 256   {\r
 257     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 258     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
 259     {\r
 260       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 261       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 262     }\r
 263   }\r
 264 \r
 265 \r
 266   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 267   {\r
 268     return overviewPanel;\r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 272   {\r
 273     overviewPanel = op;\r
 274   }\r
 275 \r
 276   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 277   {\r
 278     if (!av.wrapAlignment)\r
 279     {\r
 280       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 281       annotationPanel.setVisible(b);\r
 282     }\r
 283     validate();\r
 284     repaint();\r
 285   }\r
 286 \r
 287   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 288   {\r
 289     av.startSeq = 0;\r
 290     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 291 \r
 292 \r
 293     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 294     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 295 \r
 296     if (wrap)\r
 297     {\r
 298       annotationPanel.setVisible(false);\r
 299       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 300     }\r
 301     else if (av.showAnnotation)\r
 302     {\r
 303       annotationPanel.setVisible(true);\r
 304       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 305     }\r
 306 \r
 307 \r
 308     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 309 \r
 310     fontChanged();//This is so that the scalePanel is resized correctly\r
 311 \r
 312     validate();\r
 313     repaint();\r
 314 \r
 315   }\r
 316 \r
 317 \r
 318   int hextent = 0;\r
 319   int vextent = 0;\r
 320 \r
 321   // return value is true if the scroll is valid\r
 322   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 323   {\r
 324     if (up)\r
 325     {\r
 326       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 327       {\r
 328         return false;\r
 329       }\r
 330       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue()-1);\r
 331     }\r
 332     else\r
 333     {\r
 334       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 335       {\r
 336         return false;\r
 337       }\r
 338       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue()+1);\r
 339     }\r
 340 \r
 341     repaint();\r
 342     return true;\r
 343   }\r
 344 \r
 345   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 346   {\r
 347     if (!right)\r
 348     {\r
 349       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 350       {\r
 351         return false;\r
 352       }\r
 353       setScrollValues(hscroll.getValue()-1, vscroll.getValue());\r
 354     }\r
 355     else\r
 356     {\r
 357       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 358       {\r
 359         return false;\r
 360       }\r
 361       setScrollValues(hscroll.getValue()+1, vscroll.getValue());\r
 362     }\r
 363 \r
 364     repaint();\r
 365     return true;\r
 366   }\r
 367 \r
 368   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 369   {\r
 370     int width = av.alignment.getWidth();\r
 371     int height = av.alignment.getHeight();\r
 372 \r
 373     if(av.hasHiddenColumns)\r
 374      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 375 \r
 376     av.setStartRes(x);\r
 377     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth)) -1);\r
 378 \r
 379     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
 380     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
 381 \r
 382     if (hextent > width)\r
 383     {\r
 384       hextent = width;\r
 385     }\r
 386 \r
 387     if (vextent > height)\r
 388     {\r
 389       vextent = height;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     if ( (hextent + x) > width)\r
 393     {\r
 394       x = width - hextent;\r
 395     }\r
 396 \r
 397     if ( (vextent + y) > height)\r
 398     {\r
 399       y = height - vextent;\r
 400     }\r
 401 \r
 402     if (y < 0)\r
 403     {\r
 404       y = 0;\r
 405     }\r
 406 \r
 407     if (x < 0)\r
 408     {\r
 409       x = 0;\r
 410     }\r
 411 \r
 412     av.setStartSeq(y);\r
 413 \r
 414     int endSeq = y + vextent;\r
 415     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
 416     {\r
 417       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 418     }\r
 419 \r
 420     av.setEndSeq(endSeq);\r
 421     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 422     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 423 \r
 424     if(overviewPanel!=null)\r
 425           overviewPanel.setBoxPosition();\r
 426 \r
 427   }\r
 428 \r
 429   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 430   {\r
 431     int oldX = av.getStartRes();\r
 432     int oldY = av.getStartSeq();\r
 433 \r
 434 \r
 435     if (evt==null || evt.getSource() == hscroll)\r
 436     {\r
 437       int x = hscroll.getValue();\r
 438       av.setStartRes(x);\r
 439       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
 440                    1);\r
 441     }\r
 442 \r
 443 \r
 444     if (evt==null || evt.getSource() == vscroll)\r
 445     {\r
 446       int offy = vscroll.getValue();\r
 447       if (av.getWrapAlignment())\r
 448       {\r
 449         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 450             seqCanvas.getSize().width);\r
 451         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 452         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 453       }\r
 454       else\r
 455       {\r
 456         av.setStartSeq(offy);\r
 457         av.setEndSeq(offy +\r
 458                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 459       }\r
 460     }\r
 461 \r
 462     if (overviewPanel != null)\r
 463     {\r
 464       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 465     }\r
 466 \r
 467     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 468     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 469 \r
 470     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || av.MAC)\r
 471     {\r
 472       repaint();\r
 473     }\r
 474     else\r
 475     {\r
 476       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 477       // larger than the visible window\r
 478       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 479       {\r
 480         scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
 481       }\r
 482       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 483         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 484 \r
 485       idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 486       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 487                                    scrollY);\r
 488 \r
 489       scalePanel.repaint();\r
 490       if (av.getShowAnnotation())\r
 491       {\r
 492         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 493       }\r
 494     }\r
 495 \r
 496   }\r
 497 \r
 498   public void update(Graphics g)\r
 499   {\r
 500     paint(g);\r
 501   }\r
 502 \r
 503   public void paint(Graphics g)\r
 504   {\r
 505     invalidate();\r
 506     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 507     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 508     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 509                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 510 \r
 511     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 512 \r
 513     if (av.getWrapAlignment())\r
 514     {\r
 515       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 516 \r
 517       if (av.hasHiddenColumns)\r
 518         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 519 \r
 520       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth\r
 521           (seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
 522 \r
 523       if(canvasWidth>0)\r
 524       {\r
 525         int max = maxwidth / canvasWidth;\r
 526         vscroll.setMaximum(max);\r
 527         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 528         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 529       }\r
 530     }\r
 531     else\r
 532     {\r
 533       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 534     }\r
 535 \r
 536     alabels.repaint();\r
 537 \r
 538     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 539     scalePanel.repaint();\r
 540     annotationPanel.repaint();\r
 541     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 542 \r
 543     if (getBounds() == g.getClipBounds())\r
 544     {\r
 545       if (overviewPanel != null)\r
 546         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 547     }\r
 548 \r
 549   }\r
 550 \r
 551   protected Panel sequenceHolderPanel = new Panel();\r
 552   protected Scrollbar vscroll = new Scrollbar();\r
 553   protected Scrollbar hscroll = new Scrollbar();\r
 554   protected Panel seqPanelHolder = new Panel();\r
 555   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 556   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();\r
 557   protected Panel scalePanelHolder = new Panel();\r
 558   protected Panel idPanelHolder = new Panel();\r
 559   BorderLayout borderLayout5 = new BorderLayout();\r
 560   protected Panel idSpaceFillerPanel1 = new Panel();\r
 561   public Panel annotationSpaceFillerHolder = new Panel();\r
 562   BorderLayout borderLayout6 = new BorderLayout();\r
 563   BorderLayout borderLayout7 = new BorderLayout();\r
 564   Panel hscrollHolder = new Panel();\r
 565   BorderLayout borderLayout10 = new BorderLayout();\r
 566   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();\r
 567   BorderLayout borderLayout11 = new BorderLayout();\r
 568   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();\r
 569   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
 570 \r
 571   private void jbInit() throws Exception {\r
 572       //  idPanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
 573       this.setLayout(borderLayout7);\r
 574 \r
 575       //   sequenceHolderPanel.setPreferredSize(new Dimension(150, 150));\r
 576       sequenceHolderPanel.setLayout(borderLayout3);\r
 577       seqPanelHolder.setLayout(borderLayout1);\r
 578       scalePanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 579 \r
 580       // scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
 581       scalePanelHolder.setLayout(borderLayout6);\r
 582       idPanelHolder.setLayout(borderLayout5);\r
 583       idSpaceFillerPanel1.setBackground(Color.white);\r
 584 \r
 585       //  idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
 586       idSpaceFillerPanel1.setLayout(borderLayout11);\r
 587       annotationSpaceFillerHolder.setBackground(Color.white);\r
 588 \r
 589       //  annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
 590       annotationSpaceFillerHolder.setLayout(borderLayout4);\r
 591       hscroll.setOrientation(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
 592       hscrollHolder.setLayout(borderLayout10);\r
 593       hscrollFillerPanel.setBackground(Color.white);\r
 594 \r
 595       //  hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
 596       hscrollHolder.setBackground(Color.white);\r
 597 \r
 598       //    annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
 599       //  this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));\r
 600       seqPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 601       idPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 602       sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);\r
 603       sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);\r
 604       seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);\r
 605 \r
 606       //  Panel3.add(secondaryPanelHolder,  BorderLayout.SOUTH);\r
 607       this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);\r
 608       idPanelHolder.add(idSpaceFillerPanel1, BorderLayout.NORTH);\r
 609       idPanelHolder.add(annotationSpaceFillerHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
 610       this.add(hscrollHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
 611       hscrollHolder.add(hscroll, BorderLayout.CENTER);\r
 612       hscrollHolder.add(hscrollFillerPanel, BorderLayout.WEST);\r
 613       this.add(sequenceHolderPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 614   }\r
 615 \r
 616 }\r