src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.event.*;\r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.schemes.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  27 \r
  28 public class AnnotationColourChooser extends Panel implements ActionListener,\r
  29     AdjustmentListener, ItemListener\r
  30 {\r
  31   Frame frame;\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   ColourSchemeI oldcs;\r
  35   Hashtable oldgroupColours;\r
  36   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  37   boolean adjusting = false;\r
  38 \r
  39   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  40   {\r
  41     try\r
  42     {\r
  43       jbInit();\r
  44     }\r
  45     catch (Exception ex)\r
  46     {}\r
  47 \r
  48     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  49     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  50     {\r
  51       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  52       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  53       SequenceGroup sg;\r
  54       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  55       {\r
  56         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
  57         oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  58       }\r
  59     }\r
  60     this.av = av;\r
  61     this.ap = ap;\r
  62 \r
  63     slider.addAdjustmentListener(this);\r
  64 \r
  65     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  66       return;\r
  67 \r
  68     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  69     {\r
  70       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  71       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  72       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  73     }\r
  74     else\r
  75     {\r
  76       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  77       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  78     }\r
  79 \r
  80     adjusting = true;\r
  81     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  82     {\r
  83       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
  84         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
  85     }\r
  86 \r
  87     threshold.addItem("No Threshold");\r
  88     threshold.addItem("Above Threshold");\r
  89     threshold.addItem("Below Threshold");\r
  90 \r
  91     adjusting = false;\r
  92 \r
  93     changeColour();\r
  94 \r
  95     frame = new Frame();\r
  96     frame.add(this);\r
  97     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
  98     validate();\r
  99   }\r
 100 \r
 101   public AnnotationColourChooser()\r
 102   {\r
 103     try\r
 104     {\r
 105       jbInit();\r
 106     }\r
 107     catch (Exception ex)\r
 108     {\r
 109       ex.printStackTrace();\r
 110     }\r
 111   }\r
 112 \r
 113   private void jbInit()\r
 114       throws Exception\r
 115   {\r
 116     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 117     minColour.setLabel("Min Colour");\r
 118     minColour.addActionListener(this);\r
 119 \r
 120     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 121     maxColour.setLabel("Max Colour");\r
 122     maxColour.addActionListener(this);\r
 123 \r
 124     ok.setLabel("OK");\r
 125     ok.addActionListener(this);\r
 126 \r
 127     cancel.setLabel("Cancel");\r
 128     cancel.addActionListener(this);\r
 129 \r
 130     this.setLayout(borderLayout1);\r
 131     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 132     annotations.addItemListener(this);\r
 133 \r
 134     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 135     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 136     threshold.addItemListener(this);\r
 137     jPanel3.setLayout(null);\r
 138     thresholdValue.addActionListener(this);\r
 139 \r
 140     slider.setBackground(Color.white);\r
 141     slider.setEnabled(false);\r
 142     slider.setBounds(new Rectangle(172, 7, 120, 16));\r
 143     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 144     thresholdValue.setBounds(new Rectangle(295, 4, 83, 22));\r
 145     thresholdValue.setColumns(10);\r
 146     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 147     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 148     currentColours.setLabel("Use Original Colours");\r
 149     currentColours.addItemListener(this);\r
 150 \r
 151     threshold.setBounds(new Rectangle(19, 4, 141, 22));\r
 152     jPanel1.add(ok);\r
 153     jPanel1.add(cancel);\r
 154     jPanel2.add(annotations);\r
 155     jPanel2.add(currentColours);\r
 156     jPanel2.add(minColour);\r
 157     jPanel2.add(maxColour);\r
 158     jPanel3.add(threshold);\r
 159     jPanel3.add(slider);\r
 160     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 161     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 162     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 163     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 164   }\r
 165 \r
 166   Choice annotations = new Choice();\r
 167   Button minColour = new Button();\r
 168   Button maxColour = new Button();\r
 169   Button ok = new Button();\r
 170   Button cancel = new Button();\r
 171   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 172   Panel jPanel2 = new Panel();\r
 173   Choice threshold = new Choice();\r
 174   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 175   Panel jPanel3 = new Panel();\r
 176   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
 177   TextField thresholdValue = new TextField(20);\r
 178   Checkbox currentColours = new Checkbox();\r
 179   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 180 \r
 181 \r
 182   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 183   {\r
 184     if(evt.getSource() == thresholdValue)\r
 185     {\r
 186       try\r
 187       {\r
 188         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();\r
 189         slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 190         adjustmentValueChanged(null);\r
 191       }\r
 192       catch (NumberFormatException ex)\r
 193       {}\r
 194     }\r
 195     else if (evt.getSource() == minColour)\r
 196       minColour_actionPerformed(null);\r
 197     else if (evt.getSource() == maxColour)\r
 198       maxColour_actionPerformed(null);\r
 199 \r
 200     else if (evt.getSource() == ok)\r
 201     {\r
 202       changeColour();\r
 203       frame.setVisible(false);\r
 204     }\r
 205     else if (evt.getSource() == cancel)\r
 206     {\r
 207       reset();\r
 208       ap.repaint();\r
 209       frame.setVisible(false);\r
 210     }\r
 211 \r
 212     else\r
 213       changeColour();\r
 214   }\r
 215 \r
 216 \r
 217   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 218   {\r
 219     if (evt.getSource() == currentColours)\r
 220     {\r
 221       if (currentColours.getState())\r
 222       {\r
 223         reset();\r
 224       }\r
 225 \r
 226       maxColour.setEnabled(!currentColours.getState());\r
 227       minColour.setEnabled(!currentColours.getState());\r
 228 \r
 229     }\r
 230 \r
 231     changeColour();\r
 232   }\r
 233 \r
 234   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 235   {\r
 236     if (!adjusting)\r
 237     {\r
 238       thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
 239       if (currentColours.getState()\r
 240           && ! (av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 241       {\r
 242         changeColour();\r
 243       }\r
 244 \r
 245       currentAnnotation.threshold.value = (float) slider.getValue() / 1000f;\r
 246       ap.repaint();\r
 247     }\r
 248   }\r
 249 \r
 250   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 251   {\r
 252     if (newCol != null)\r
 253     {\r
 254       minColour.setBackground(newCol);\r
 255       minColour.repaint();\r
 256       changeColour();\r
 257     }\r
 258     else\r
 259       new UserDefinedColours(this, "Min Colour",\r
 260                               minColour.getBackground());\r
 261 \r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 265   {\r
 266     if (newCol != null)\r
 267     {\r
 268       maxColour.setBackground(newCol);\r
 269       maxColour.repaint();\r
 270       changeColour();\r
 271     }\r
 272     else\r
 273       new UserDefinedColours(this, "Max Colour",\r
 274                               maxColour.getBackground());\r
 275   }\r
 276 \r
 277 \r
 278   void changeColour()\r
 279   {\r
 280     // Check if combobox is still adjusting\r
 281     if (adjusting)\r
 282       return;\r
 283 \r
 284     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 285     // so allow for them again here\r
 286     int nograph = 0, graph = -1;\r
 287     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 288     {\r
 289       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 290         nograph++;\r
 291       else\r
 292         graph++;\r
 293 \r
 294       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 295         break;\r
 296     }\r
 297 \r
 298     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 299 \r
 300     int aboveThreshold = -1;\r
 301     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 302       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 303     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 304       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 305 \r
 306     slider.setEnabled(true);\r
 307     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 308 \r
 309     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 310     {\r
 311       slider.setEnabled(false);\r
 312       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 313       thresholdValue.setText("");\r
 314     }\r
 315     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 316              currentAnnotation.threshold == null)\r
 317     {\r
 318       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 319                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 320                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 321                                       "Threshold",\r
 322                                       Color.black));\r
 323     }\r
 324 \r
 325     if(aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 326     {\r
 327       adjusting = true;\r
 328 \r
 329       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 330       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 331       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 332       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 333       slider.setEnabled(true);\r
 334       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 335       adjusting = false;\r
 336     }\r
 337 \r
 338     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 339     if (currentColours.getState())\r
 340       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 341           currentAnnotation,\r
 342           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 343     else\r
 344       acg =\r
 345           new AnnotationColourGradient(\r
 346               currentAnnotation,\r
 347               minColour.getBackground(),\r
 348               maxColour.getBackground(),\r
 349               aboveThreshold);\r
 350 \r
 351     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 352 \r
 353     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 354     {\r
 355       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 356       SequenceGroup sg;\r
 357       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 358       {\r
 359         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
 360 \r
 361         if (sg.cs == null)\r
 362         {\r
 363           continue;\r
 364         }\r
 365 \r
 366         if (currentColours.getState())\r
 367           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 368               currentAnnotation,\r
 369               sg.cs, aboveThreshold);\r
 370         else\r
 371           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 372               currentAnnotation,\r
 373               minColour.getBackground(),\r
 374               maxColour.getBackground(),\r
 375               aboveThreshold);\r
 376 \r
 377       }\r
 378     }\r
 379 \r
 380     ap.repaint();\r
 381   }\r
 382 \r
 383 \r
 384   void reset()\r
 385   {\r
 386     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 387     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 388     {\r
 389       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 390       SequenceGroup sg;\r
 391       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 392       {\r
 393         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
 394         sg.cs = (ColourSchemeI)oldgroupColours.get(sg);\r
 395       }\r
 396     }\r
 397     ap.repaint();\r
 398 \r
 399   }\r
 400 \r
 401 \r
 402 \r
 403 }\r