src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Button;
  31 import java.awt.Checkbox;
  32 import java.awt.Choice;
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.Dimension;
  35 import java.awt.FlowLayout;
  36 import java.awt.Font;
  37 import java.awt.Frame;
  38 import java.awt.Panel;
  39 import java.awt.Scrollbar;
  40 import java.awt.TextField;
  41 import java.awt.event.ActionEvent;
  42 import java.awt.event.ActionListener;
  43 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  44 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  45 import java.awt.event.ItemEvent;
  46 import java.awt.event.ItemListener;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.util.Hashtable;
  50 import java.util.Vector;
  51
  52 public class AnnotationColourChooser extends Panel implements
  53         ActionListener, AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  54 {
  55   Frame frame;
  56
  57   AlignViewport av;
  58
  59   AlignmentPanel ap;
  60
  61   ColourSchemeI oldcs;
  62
  63   Hashtable oldgroupColours;
  64
  65   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  66
  67   boolean adjusting = false;
  68
  69   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  70   {
  71     try
  72     {
  73       jbInit();
  74     } catch (Exception ex)
  75     {
  76     }
  77
  78     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  79     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  80     {
  81       oldgroupColours = new Hashtable();
  82       for (SequenceGroup sg : ap.av.getAlignment().getGroups())
  83       {
  84         if (sg.getColourScheme() != null)
  85         {
  86           oldgroupColours.put(sg, sg.getColourScheme());
  87         }
  88         else
  89         {
  90           oldgroupColours.put(sg, "null");
  91         }
  92       }
  93     }
  94     this.av = av;
  95     this.ap = ap;
  96
  97     slider.addAdjustmentListener(this);
  98     slider.addMouseListener(this);
  99
 100     AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 101     if (anns == null)
 102     {
 103       return;
 104     }
 105
 106     setDefaultMinMax();
 107
 108     adjusting = true;
 109     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)
 110     {
 111       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;
 112       currentColours.setState(acg.isPredefinedColours()
 113               || acg.getBaseColour() != null);
 114       if (!acg.isPredefinedColours() && acg.getBaseColour() == null)
 115       {
 116         minColour.setBackground(acg.getMinColour());
 117         maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());
 118       }
 119       // seqAssociated.setState(acg.isSeqAssociated());
 120     }
 121
 122     Vector<String> list = new Vector<String>();
 123     int index = 1;
 124     for (int i = 0; i < anns.length; i++)
 125     {
 126       String label = anns[i].label;
 127       if (anns[i].sequenceRef != null)
 128       {
 129         label = label + "_" + anns[i].sequenceRef.getName();
 130       }
 131       if (!list.contains(label))
 132       {
 133         list.addElement(label);
 134       }
 135       else
 136       {
 137         list.addElement(label + "_" + (index++));
 138       }
 139     }
 140
 141     for (int i = 0; i < list.size(); i++)
 142     {
 143       annotations.addItem(list.elementAt(i).toString());
 144     }
 145
 146     threshold.addItem(MessageManager
 147             .getString("label.threshold_feature_no_threshold"));
 148     threshold.addItem(MessageManager
 149             .getString("label.threshold_feature_above_threshold"));
 150     threshold.addItem(MessageManager
 151             .getString("label.threshold_feature_below_threshold"));
 152
 153     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)
 154     {
 155       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;
 156       annotations.select(acg.getAnnotation());
 157       switch (acg.getAboveThreshold())
 158       {
 159       case AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD:
 160         threshold.select(0);
 161         break;
 162       case AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD:
 163         threshold.select(1);
 164         break;
 165       case AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD:
 166         threshold.select(1);
 167         break;
 168       default:
 169         throw new Error(
 170                 MessageManager
 171                         .getString("error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient"));
 172       }
 173       thresholdIsMin.setState(acg.thresholdIsMinMax);
 174       thresholdValue.setText("" + acg.getAnnotationThreshold());
 175     }
 176
 177     adjusting = false;
 178
 179     changeColour();
 180
 181     frame = new Frame();
 182     frame.add(this);
 183     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 184             MessageManager.getString("label.colour_by_annotation"), 560,
 185             175);
 186     validate();
 187   }
 188
 189   private void setDefaultMinMax()
 190   {
 191     minColour.setBackground(av.applet.getDefaultColourParameter(
 192             "ANNOTATIONCOLOUR_MIN", Color.orange));
 193     maxColour.setBackground(av.applet.getDefaultColourParameter(
 194             "ANNOTATIONCOLOUR_MAX", Color.red));
 195
 196   }
 197
 198   public AnnotationColourChooser()
 199   {
 200     try
 201     {
 202       jbInit();
 203     } catch (Exception ex)
 204     {
 205       ex.printStackTrace();
 206     }
 207   }
 208
 209   private void jbInit() throws Exception
 210   {
 211     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 212     minColour.setLabel(MessageManager.getString("label.min_colour"));
 213     minColour.addActionListener(this);
 214
 215     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 216     maxColour.setLabel(MessageManager.getString("label.max_colour"));
 217     maxColour.addActionListener(this);
 218
 219     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 220     ok.setLabel(MessageManager.getString("action.ok"));
 221     ok.addActionListener(this);
 222
 223     cancel.setLabel(MessageManager.getString("action.cancel"));
 224     cancel.addActionListener(this);
 225
 226     defColours.setLabel(MessageManager.getString("action.set_defaults"));
 227     defColours.addActionListener(this);
 228
 229     annotations.addItemListener(this);
 230
 231     thresholdValue.addActionListener(this);
 232     slider.setBackground(Color.white);
 233     slider.setPreferredSize(new Dimension(193, 21));
 234     slider.setEnabled(false);
 235     thresholdValue.setPreferredSize(new Dimension(79, 22));
 236     thresholdValue.setEnabled(false);
 237     thresholdValue.setColumns(5);
 238     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 239     currentColours.setLabel(MessageManager
 240             .getString("label.use_original_colours"));
 241     currentColours.addItemListener(this);
 242
 243     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 244     thresholdIsMin.setLabel(MessageManager
 245             .getString("label.threshold_minmax"));
 246
 247     this.setLayout(borderLayout1);
 248
 249     jPanel1.setBackground(Color.white);
 250
 251     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 252     jPanel2.setBackground(Color.white);
 253     threshold.addItemListener(this);
 254     jPanel3.setLayout(new FlowLayout());
 255     jPanel3.setBackground(Color.white);
 256     Panel jPanel4 = new Panel();
 257     jPanel4.setLayout(new BorderLayout());
 258     jPanel4.setBackground(Color.white);
 259
 260     jPanel1.add(ok);
 261     jPanel1.add(cancel);
 262
 263     jPanel2.add(annotations);
 264     jPanel2.add(currentColours);
 265     jPanel2.add(minColour);
 266     jPanel2.add(maxColour);
 267
 268     jPanel4.add(thresholdIsMin, BorderLayout.WEST);
 269     jPanel4.add(slider, BorderLayout.CENTER);
 270     jPanel4.add(thresholdValue, BorderLayout.EAST);
 271
 272     Panel jPanel34 = new Panel();
 273     jPanel34.setLayout(new BorderLayout());
 274     jPanel34.setBackground(Color.white);
 275     jPanel34.add(jPanel2, BorderLayout.NORTH);
 276     jPanel34.add(threshold, BorderLayout.WEST);
 277     jPanel3.add(defColours);
 278     jPanel34.add(jPanel3, BorderLayout.EAST);
 279     jPanel34.add(jPanel4, BorderLayout.SOUTH);
 280
 281     this.add(jPanel34, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 282     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 283
 284   }
 285
 286   Choice annotations = new Choice();
 287
 288   Button minColour = new Button();
 289
 290   Button maxColour = new Button();
 291
 292   Button ok = new Button();
 293
 294   Button cancel = new Button();
 295
 296   Button defColours = new Button();
 297
 298   Panel jPanel1 = new Panel();
 299
 300   Panel jPanel2 = new Panel();
 301
 302   Choice threshold = new Choice();
 303
 304   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 305
 306   Panel jPanel3 = new Panel();
 307
 308   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 309
 310   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 311
 312   Checkbox currentColours = new Checkbox();
 313
 314   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 315
 316   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 317
 318   @Override
 319   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 320   {
 321     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 322     {
 323       try
 324       {
 325         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 326         slider.setValue((int) (f * 1000));
 327         adjustmentValueChanged(null);
 328       } catch (NumberFormatException ex)
 329       {
 330       }
 331     }
 332     else if (evt.getSource() == minColour)
 333     {
 334       minColour_actionPerformed(null);
 335     }
 336     else if (evt.getSource() == maxColour)
 337     {
 338       maxColour_actionPerformed(null);
 339     }
 340     else if (evt.getSource() == defColours)
 341     {
 342       defColour_actionPerformed();
 343     }
 344     else if (evt.getSource() == ok)
 345     {
 346       frame.setVisible(false);
 347     }
 348     else if (evt.getSource() == cancel)
 349     {
 350       reset();
 351       ap.paintAlignment(true);
 352       frame.setVisible(false);
 353     }
 354
 355     else
 356     {
 357       changeColour();
 358     }
 359   }
 360
 361   @Override
 362   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 363   {
 364     if (evt.getSource() == currentColours)
 365     {
 366       if (currentColours.getState())
 367       {
 368         reset();
 369       }
 370
 371       maxColour.setEnabled(!currentColours.getState());
 372       minColour.setEnabled(!currentColours.getState());
 373
 374     }
 375
 376     changeColour();
 377   }
 378
 379   @Override
 380   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 381   {
 382     if (!adjusting)
 383     {
 384       thresholdValue.setText((slider.getValue() / 1000f) + "");
 385       if (currentColours.getState()
 386               && !(av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))
 387       {
 388         changeColour();
 389       }
 390
 391       currentAnnotation.threshold.value = slider.getValue() / 1000f;
 392       ap.paintAlignment(false);
 393     }
 394   }
 395
 396   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 397   {
 398     if (newCol != null)
 399     {
 400       minColour.setBackground(newCol);
 401       minColour.repaint();
 402       changeColour();
 403     }
 404     else
 405     {
 406       new UserDefinedColours(this, "Min Colour", minColour.getBackground());
 407     }
 408
 409   }
 410
 411   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 412   {
 413     if (newCol != null)
 414     {
 415       maxColour.setBackground(newCol);
 416       maxColour.repaint();
 417       changeColour();
 418     }
 419     else
 420     {
 421       new UserDefinedColours(this, "Max Colour", maxColour.getBackground());
 422     }
 423   }
 424
 425   public void defColour_actionPerformed()
 426   {
 427     setDefaultMinMax();
 428     minColour.repaint();
 429     maxColour.repaint();
 430     changeColour();
 431   }
 432
 433   void changeColour()
 434   {
 435     // Check if combobox is still adjusting
 436     if (adjusting)
 437     {
 438       return;
 439     }
 440
 441     currentAnnotation = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[annotations
 442             .getSelectedIndex()];
 443
 444     int aboveThreshold = -1;
 445     if (threshold.getSelectedIndex() == 1)
 446     {
 447       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 448     }
 449     else if (threshold.getSelectedIndex() == 2)
 450     {
 451       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 452     }
 453
 454     slider.setEnabled(true);
 455     thresholdValue.setEnabled(true);
 456     thresholdIsMin.setEnabled(true);
 457
 458     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 459     {
 460       slider.setEnabled(false);
 461       thresholdValue.setEnabled(false);
 462       thresholdIsMin.setEnabled(false);
 463       thresholdValue.setText("");
 464     }
 465     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 466             && currentAnnotation.threshold == null)
 467     {
 468       currentAnnotation
 469               .setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(
 470                       (currentAnnotation.graphMax - currentAnnotation.graphMin) / 2f,
 471                       "Threshold", Color.black));
 472     }
 473
 474     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 475     {
 476       adjusting = true;
 477
 478       slider.setMinimum((int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));
 479       slider.setMaximum((int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));
 480       slider.setValue((int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));
 481       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");
 482       slider.setEnabled(true);
 483       thresholdValue.setEnabled(true);
 484       adjusting = false;
 485     }
 486
 487     AnnotationColourGradient acg = null;
 488     if (currentColours.getState())
 489     {
 490     }
 491     else
 492     {
 493       acg = new AnnotationColourGradient(currentAnnotation,
 494               minColour.getBackground(), maxColour.getBackground(),
 495               aboveThreshold);
 496     }
 497
 498     if (currentAnnotation.graphMin == 0f
 499             && currentAnnotation.graphMax == 0f)
 500     {
 501       acg.setPredefinedColours(true);
 502     }
 503
 504     acg.thresholdIsMinMax = thresholdIsMin.getState();
 505
 506     av.setGlobalColourScheme(acg);
 507
 508     // TODO: per group colour propagation not always desired
 509     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 510     {
 511       for (SequenceGroup sg : ap.av.getAlignment().getGroups())
 512       {
 513
 514         if (sg.getColourScheme() == null)
 515         {
 516           continue;
 517         }
 518
 519         if (currentColours.getState())
 520         {
 521           sg.setColourScheme(new AnnotationColourGradient(
 522                   currentAnnotation, sg.getColourScheme(), aboveThreshold));
 523         }
 524         else
 525         {
 526           sg.setColourScheme(new AnnotationColourGradient(
 527                   currentAnnotation, minColour.getBackground(), maxColour
 528                           .getBackground(), aboveThreshold));
 529         }
 530
 531       }
 532     }
 533
 534     // update colours in linked windows
 535     ap.alignmentChanged();
 536     ap.paintAlignment(true);
 537   }
 538
 539   void reset()
 540   {
 541     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 542     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 543     {
 544       for (SequenceGroup sg : ap.av.getAlignment().getGroups())
 545       {
 546         Object cs = oldgroupColours.get(sg);
 547         if (cs instanceof ColourSchemeI)
 548         {
 549           sg.setColourScheme((ColourSchemeI) cs);
 550         }
 551         else
 552         {
 553           // probably the "null" string we set it to if it was null originally.
 554           sg.setColourScheme(null);
 555         }
 556       }
 557     }
 558     ap.paintAlignment(true);
 559
 560   }
 561
 562   @Override
 563   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 564   {
 565   }
 566
 567   @Override
 568   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 569   {
 570   }
 571
 572   @Override
 573   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 574   {
 575     ap.paintAlignment(true);
 576   }
 577
 578   @Override
 579   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 580   {
 581   }
 582
 583   @Override
 584   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 585   {
 586   }
 587
 588 }