src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.event.*;
  22 import java.awt.*;
  23
  24 import jalview.schemes.*;
  25 import java.util.*;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27
  28 public class AnnotationColourChooser extends Panel implements ActionListener,
  29     AdjustmentListener, ItemListener
  30 {
  31   Frame frame;
  32   AlignViewport av;
  33   AlignmentPanel ap;
  34   ColourSchemeI oldcs;
  35   Hashtable oldgroupColours;
  36   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  37   boolean adjusting = false;
  38
  39   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  40   {
  41     try
  42     {
  43       jbInit();
  44     }
  45     catch (Exception ex)
  46     {}
  47
  48     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  49     if (av.alignment.getGroups() != null)
  50     {
  51       oldgroupColours = new Hashtable();
  52       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
  53       SequenceGroup sg;
  54       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
  55       {
  56         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);
  57         oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  58       }
  59     }
  60     this.av = av;
  61     this.ap = ap;
  62
  63     slider.addAdjustmentListener(this);
  64
  65     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)
  66       return;
  67
  68     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)
  69     {
  70       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;
  71       minColour.setBackground(acg.getMinColour());
  72       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());
  73     }
  74     else
  75     {
  76       minColour.setBackground(Color.orange);
  77       maxColour.setBackground(Color.red);
  78     }
  79
  80     adjusting = true;
  81     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  82     {
  83       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)
  84         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);
  85     }
  86
  87     threshold.addItem("No Threshold");
  88     threshold.addItem("Above Threshold");
  89     threshold.addItem("Below Threshold");
  90
  91     adjusting = false;
  92
  93     changeColour();
  94
  95     frame = new Frame();
  96     frame.add(this);
  97     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);
  98     validate();
  99   }
 100
 101   public AnnotationColourChooser()
 102   {
 103     try
 104     {
 105       jbInit();
 106     }
 107     catch (Exception ex)
 108     {
 109       ex.printStackTrace();
 110     }
 111   }
 112
 113   private void jbInit()
 114       throws Exception
 115   {
 116     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 117     minColour.setLabel("Min Colour");
 118     minColour.addActionListener(this);
 119
 120     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 121     maxColour.setLabel("Max Colour");
 122     maxColour.addActionListener(this);
 123
 124     ok.setLabel("OK");
 125     ok.addActionListener(this);
 126
 127     cancel.setLabel("Cancel");
 128     cancel.addActionListener(this);
 129
 130     this.setLayout(borderLayout1);
 131     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 132     annotations.addItemListener(this);
 133
 134     jPanel1.setBackground(Color.white);
 135     jPanel2.setBackground(Color.white);
 136     threshold.addItemListener(this);
 137     jPanel3.setLayout(null);
 138     thresholdValue.addActionListener(this);
 139
 140     slider.setBackground(Color.white);
 141     slider.setEnabled(false);
 142     slider.setBounds(new Rectangle(172, 7, 120, 16));
 143     thresholdValue.setEnabled(false);
 144     thresholdValue.setBounds(new Rectangle(295, 4, 83, 22));
 145     thresholdValue.setColumns(10);
 146     jPanel3.setBackground(Color.white);
 147     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 148     currentColours.setLabel("Use Original Colours");
 149     currentColours.addItemListener(this);
 150
 151     threshold.setBounds(new Rectangle(19, 4, 141, 22));
 152     jPanel1.add(ok);
 153     jPanel1.add(cancel);
 154     jPanel2.add(annotations);
 155     jPanel2.add(currentColours);
 156     jPanel2.add(minColour);
 157     jPanel2.add(maxColour);
 158     jPanel3.add(threshold);
 159     jPanel3.add(slider);
 160     jPanel3.add(thresholdValue);
 161     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 162     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 163     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 164   }
 165
 166   Choice annotations = new Choice();
 167   Button minColour = new Button();
 168   Button maxColour = new Button();
 169   Button ok = new Button();
 170   Button cancel = new Button();
 171   Panel jPanel1 = new Panel();
 172   Panel jPanel2 = new Panel();
 173   Choice threshold = new Choice();
 174   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 175   Panel jPanel3 = new Panel();
 176   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 177   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 178   Checkbox currentColours = new Checkbox();
 179   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 180
 181
 182   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 183   {
 184     if(evt.getSource() == thresholdValue)
 185     {
 186       try
 187       {
 188         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 189         slider.setValue( (int) (f * 1000));
 190         adjustmentValueChanged(null);
 191       }
 192       catch (NumberFormatException ex)
 193       {}
 194     }
 195     else if (evt.getSource() == minColour)
 196       minColour_actionPerformed(null);
 197     else if (evt.getSource() == maxColour)
 198       maxColour_actionPerformed(null);
 199
 200     else if (evt.getSource() == ok)
 201     {
 202       changeColour();
 203       frame.setVisible(false);
 204     }
 205     else if (evt.getSource() == cancel)
 206     {
 207       reset();
 208       ap.repaint();
 209       frame.setVisible(false);
 210     }
 211
 212     else
 213       changeColour();
 214   }
 215
 216
 217   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 218   {
 219     if (evt.getSource() == currentColours)
 220     {
 221       if (currentColours.getState())
 222       {
 223         reset();
 224       }
 225
 226       maxColour.setEnabled(!currentColours.getState());
 227       minColour.setEnabled(!currentColours.getState());
 228
 229     }
 230
 231     changeColour();
 232   }
 233
 234   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 235   {
 236     if (!adjusting)
 237     {
 238       thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 239       if (currentColours.getState()
 240           && ! (av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))
 241       {
 242         changeColour();
 243       }
 244
 245       currentAnnotation.threshold.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 246       ap.repaint();
 247     }
 248   }
 249
 250   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 251   {
 252     if (newCol != null)
 253     {
 254       minColour.setBackground(newCol);
 255       minColour.repaint();
 256       changeColour();
 257     }
 258     else
 259       new UserDefinedColours(this, "Min Colour",
 260                               minColour.getBackground());
 261
 262   }
 263
 264   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 265   {
 266     if (newCol != null)
 267     {
 268       maxColour.setBackground(newCol);
 269       maxColour.repaint();
 270       changeColour();
 271     }
 272     else
 273       new UserDefinedColours(this, "Max Colour",
 274                               maxColour.getBackground());
 275   }
 276
 277
 278   void changeColour()
 279   {
 280     // Check if combobox is still adjusting
 281     if (adjusting)
 282       return;
 283
 284     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox
 285     // so allow for them again here
 286     int nograph = 0, graph = -1;
 287     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)
 288     {
 289       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)
 290         nograph++;
 291       else
 292         graph++;
 293
 294       if (graph == annotations.getSelectedIndex())
 295         break;
 296     }
 297
 298     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];
 299
 300     int aboveThreshold = -1;
 301     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))
 302       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 303     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))
 304       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 305
 306     slider.setEnabled(true);
 307     thresholdValue.setEnabled(true);
 308
 309     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 310     {
 311       slider.setEnabled(false);
 312       thresholdValue.setEnabled(false);
 313       thresholdValue.setText("");
 314     }
 315     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&
 316              currentAnnotation.threshold == null)
 317     {
 318       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine
 319                                      ( (currentAnnotation.graphMax -
 320                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,
 321                                       "Threshold",
 322                                       Color.black));
 323     }
 324
 325     if(aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 326     {
 327       adjusting = true;
 328
 329       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));
 330       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));
 331       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));
 332       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");
 333       slider.setEnabled(true);
 334       thresholdValue.setEnabled(true);
 335       adjusting = false;
 336     }
 337
 338     AnnotationColourGradient acg = null;
 339     if (currentColours.getState())
 340       acg = new AnnotationColourGradient(
 341           currentAnnotation,
 342           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);
 343     else
 344       acg =
 345           new AnnotationColourGradient(
 346               currentAnnotation,
 347               minColour.getBackground(),
 348               maxColour.getBackground(),
 349               aboveThreshold);
 350
 351     av.setGlobalColourScheme(acg);
 352
 353     if (av.alignment.getGroups() != null)
 354     {
 355       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 356       SequenceGroup sg;
 357       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
 358       {
 359         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);
 360
 361         if (sg.cs == null)
 362         {
 363           continue;
 364         }
 365
 366         if (currentColours.getState())
 367           sg.cs = new AnnotationColourGradient(
 368               currentAnnotation,
 369               sg.cs, aboveThreshold);
 370         else
 371           sg.cs = new AnnotationColourGradient(
 372               currentAnnotation,
 373               minColour.getBackground(),
 374               maxColour.getBackground(),
 375               aboveThreshold);
 376
 377       }
 378     }
 379
 380     ap.repaint();
 381   }
 382
 383
 384   void reset()
 385   {
 386     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 387     if (av.alignment.getGroups() != null)
 388     {
 389       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 390       SequenceGroup sg;
 391       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
 392       {
 393         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);
 394         sg.cs = (ColourSchemeI)oldgroupColours.get(sg);
 395       }
 396     }
 397     ap.repaint();
 398
 399   }
 400
 401
 402
 403 }