src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 import java.awt.Rectangle;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationColourChooser\r
  31     extends Panel implements ActionListener,\r
  32     AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener\r
  33 {\r
  34   Frame frame;\r
  35   AlignViewport av;\r
  36   AlignmentPanel ap;\r
  37   ColourSchemeI oldcs;\r
  38   Hashtable oldgroupColours;\r
  39   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  40   boolean adjusting = false;\r
  41 \r
  42   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  43   {\r
  44     try\r
  45     {\r
  46       jbInit();\r
  47     }\r
  48     catch (Exception ex)\r
  49     {}\r
  50 \r
  51     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  52     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  53     {\r
  54       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  55       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  56       SequenceGroup sg;\r
  57       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  58       {\r
  59         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
  60         oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  61       }\r
  62     }\r
  63     this.av = av;\r
  64     this.ap = ap;\r
  65 \r
  66     slider.addAdjustmentListener(this);\r
  67     slider.addMouseListener(this);\r
  68 \r
  69     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  70     {\r
  71       return;\r
  72     }\r
  73 \r
  74     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  75     {\r
  76       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  77       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  78       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  79     }\r
  80     else\r
  81     {\r
  82       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  83       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  84     }\r
  85 \r
  86     adjusting = true;\r
  87 \r
  88     Vector list = new Vector();\r
  89     int index = 1;\r
  90     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  91     {\r
  92       String label = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
  93       if (!list.contains(label))\r
  94         list.addElement(label);\r
  95       else\r
  96         list.addElement(label+"_"+(index++));\r
  97     }\r
  98 \r
  99     for (int i = 0; i < list.size(); i++)\r
 100     {\r
 101         annotations.addItem(list.elementAt(i).toString());\r
 102     }\r
 103 \r
 104     threshold.addItem("No Threshold");\r
 105     threshold.addItem("Above Threshold");\r
 106     threshold.addItem("Below Threshold");\r
 107 \r
 108     adjusting = false;\r
 109 \r
 110     changeColour();\r
 111 \r
 112     frame = new Frame();\r
 113     frame.add(this);\r
 114     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
 115     validate();\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public AnnotationColourChooser()\r
 119   {\r
 120     try\r
 121     {\r
 122       jbInit();\r
 123     }\r
 124     catch (Exception ex)\r
 125     {\r
 126       ex.printStackTrace();\r
 127     }\r
 128   }\r
 129 \r
 130   private void jbInit()\r
 131       throws Exception\r
 132   {\r
 133     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 134     minColour.setLabel("Min Colour");\r
 135     minColour.addActionListener(this);\r
 136 \r
 137     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 138     maxColour.setLabel("Max Colour");\r
 139     maxColour.addActionListener(this);\r
 140 \r
 141     thresholdIsMin.addItemListener(this);\r
 142     ok.setLabel("OK");\r
 143     ok.addActionListener(this);\r
 144 \r
 145     cancel.setLabel("Cancel");\r
 146     cancel.addActionListener(this);\r
 147 \r
 148     this.setLayout(borderLayout1);\r
 149     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 150     annotations.addItemListener(this);\r
 151 \r
 152     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 153     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 154     threshold.addItemListener(this);\r
 155     jPanel3.setLayout(null);\r
 156     thresholdValue.addActionListener(this);\r
 157 \r
 158     slider.setBackground(Color.white);\r
 159     slider.setEnabled(false);\r
 160     slider.setBounds(new Rectangle(125, 6, 82, 16));\r
 161     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 162     thresholdValue.setBounds(new Rectangle(211, 4, 56, 22));\r
 163     thresholdValue.setColumns(5);\r
 164     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 165     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 166     currentColours.setLabel("Use Original Colours");\r
 167     currentColours.addItemListener(this);\r
 168 \r
 169     threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 113, 22));\r
 170     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);\r
 171     thresholdIsMin.setLabel("Threshold is min/max");\r
 172     thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(270, 3, 135, 23));\r
 173     jPanel1.add(ok);\r
 174     jPanel1.add(cancel);\r
 175     jPanel2.add(annotations);\r
 176     jPanel2.add(currentColours);\r
 177     jPanel2.add(minColour);\r
 178     jPanel2.add(maxColour);\r
 179     jPanel3.add(threshold);\r
 180     jPanel3.add(slider);\r
 181     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 182     jPanel3.add(thresholdIsMin);\r
 183     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 184     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 185     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 186   }\r
 187 \r
 188   Choice annotations = new Choice();\r
 189   Button minColour = new Button();\r
 190   Button maxColour = new Button();\r
 191   Button ok = new Button();\r
 192   Button cancel = new Button();\r
 193   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 194   Panel jPanel2 = new Panel();\r
 195   Choice threshold = new Choice();\r
 196   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 197   Panel jPanel3 = new Panel();\r
 198   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
 199   TextField thresholdValue = new TextField(20);\r
 200   Checkbox currentColours = new Checkbox();\r
 201   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 202   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();\r
 203 \r
 204   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 205   {\r
 206     if (evt.getSource() == thresholdValue)\r
 207     {\r
 208       try\r
 209       {\r
 210         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();\r
 211         slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 212         adjustmentValueChanged(null);\r
 213       }\r
 214       catch (NumberFormatException ex)\r
 215       {}\r
 216     }\r
 217     else if (evt.getSource() == minColour)\r
 218     {\r
 219       minColour_actionPerformed(null);\r
 220     }\r
 221     else if (evt.getSource() == maxColour)\r
 222     {\r
 223       maxColour_actionPerformed(null);\r
 224     }\r
 225 \r
 226     else if (evt.getSource() == ok)\r
 227     {\r
 228       changeColour();\r
 229       frame.setVisible(false);\r
 230     }\r
 231     else if (evt.getSource() == cancel)\r
 232     {\r
 233       reset();\r
 234       ap.paintAlignment(true);\r
 235       frame.setVisible(false);\r
 236     }\r
 237 \r
 238     else\r
 239     {\r
 240       changeColour();\r
 241     }\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 245   {\r
 246     if (evt.getSource() == currentColours)\r
 247     {\r
 248       if (currentColours.getState())\r
 249       {\r
 250         reset();\r
 251       }\r
 252 \r
 253       maxColour.setEnabled(!currentColours.getState());\r
 254       minColour.setEnabled(!currentColours.getState());\r
 255 \r
 256     }\r
 257 \r
 258     changeColour();\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 262   {\r
 263     if (!adjusting)\r
 264     {\r
 265       thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
 266       if (currentColours.getState()\r
 267           && ! (av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 268       {\r
 269         changeColour();\r
 270       }\r
 271 \r
 272       currentAnnotation.threshold.value = (float) slider.getValue() / 1000f;\r
 273       ap.paintAlignment(false);\r
 274     }\r
 275   }\r
 276 \r
 277   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 278   {\r
 279     if (newCol != null)\r
 280     {\r
 281       minColour.setBackground(newCol);\r
 282       minColour.repaint();\r
 283       changeColour();\r
 284     }\r
 285     else\r
 286     {\r
 287       new UserDefinedColours(this, "Min Colour",\r
 288                              minColour.getBackground());\r
 289     }\r
 290 \r
 291   }\r
 292 \r
 293   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 294   {\r
 295     if (newCol != null)\r
 296     {\r
 297       maxColour.setBackground(newCol);\r
 298       maxColour.repaint();\r
 299       changeColour();\r
 300     }\r
 301     else\r
 302     {\r
 303       new UserDefinedColours(this, "Max Colour",\r
 304                              maxColour.getBackground());\r
 305     }\r
 306   }\r
 307 \r
 308   void changeColour()\r
 309   {\r
 310     // Check if combobox is still adjusting\r
 311     if (adjusting)\r
 312     {\r
 313       return;\r
 314     }\r
 315 \r
 316 \r
 317     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()\r
 318         [annotations.getSelectedIndex()];\r
 319 \r
 320     int aboveThreshold = -1;\r
 321     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 322     {\r
 323       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 324     }\r
 325     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 326     {\r
 327       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 328     }\r
 329 \r
 330     slider.setEnabled(true);\r
 331     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 332 \r
 333     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 334     {\r
 335       slider.setEnabled(false);\r
 336       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 337       thresholdValue.setText("");\r
 338     }\r
 339     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 340              currentAnnotation.threshold == null)\r
 341     {\r
 342       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 343                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 344                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 345                                       "Threshold",\r
 346                                       Color.black));\r
 347     }\r
 348 \r
 349     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 350     {\r
 351       adjusting = true;\r
 352 \r
 353       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 354       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 355       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 356       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 357       slider.setEnabled(true);\r
 358       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 359       adjusting = false;\r
 360     }\r
 361 \r
 362     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 363     if (currentColours.getState())\r
 364     {\r
 365       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 366           currentAnnotation,\r
 367           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 368     }\r
 369     else\r
 370     {\r
 371       acg =\r
 372           new AnnotationColourGradient(\r
 373               currentAnnotation,\r
 374               minColour.getBackground(),\r
 375               maxColour.getBackground(),\r
 376               aboveThreshold);\r
 377     }\r
 378 \r
 379     if (currentAnnotation.graphMin == 0f && currentAnnotation.graphMax == 0f)\r
 380     {\r
 381       acg.predefinedColours = true;\r
 382     }\r
 383 \r
 384     acg.thresholdIsMinMax = thresholdIsMin.getState();\r
 385 \r
 386     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 387 \r
 388     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 389     {\r
 390       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 391       SequenceGroup sg;\r
 392       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 393       {\r
 394         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
 395 \r
 396         if (sg.cs == null)\r
 397         {\r
 398           continue;\r
 399         }\r
 400 \r
 401         if (currentColours.getState())\r
 402         {\r
 403           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 404               currentAnnotation,\r
 405               sg.cs, aboveThreshold);\r
 406         }\r
 407         else\r
 408         {\r
 409           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 410               currentAnnotation,\r
 411               minColour.getBackground(),\r
 412               maxColour.getBackground(),\r
 413               aboveThreshold);\r
 414         }\r
 415 \r
 416       }\r
 417     }\r
 418 \r
 419     ap.paintAlignment(false);\r
 420   }\r
 421 \r
 422   void reset()\r
 423   {\r
 424     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 425     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 426     {\r
 427       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 428       SequenceGroup sg;\r
 429       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 430       {\r
 431         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
 432         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);\r
 433       }\r
 434     }\r
 435     ap.paintAlignment(true);\r
 436 \r
 437   }\r
 438 \r
 439   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 440   public void mousePressed(MouseEvent evt){}\r
 441   public void mouseReleased(MouseEvent evt){ ap.paintAlignment(true);}\r
 442   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 443   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 444 \r
 445 \r
 446 }\r