src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationColourChooser\r
  30     extends Panel implements ActionListener,\r
  31     AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33   Frame frame;\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   ColourSchemeI oldcs;\r
  37   Hashtable oldgroupColours;\r
  38   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  39   boolean adjusting = false;\r
  40 \r
  41   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     try\r
  44     {\r
  45       jbInit();\r
  46     }\r
  47     catch (Exception ex)\r
  48     {}\r
  49 \r
  50     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  51     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  52     {\r
  53       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  54       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  55       SequenceGroup sg;\r
  56       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  57       {\r
  58         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
  59         oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  60       }\r
  61     }\r
  62     this.av = av;\r
  63     this.ap = ap;\r
  64 \r
  65     slider.addAdjustmentListener(this);\r
  66     slider.addMouseListener(this);\r
  67 \r
  68     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  69     {\r
  70       return;\r
  71     }\r
  72 \r
  73     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  74     {\r
  75       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  76       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  77       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  78     }\r
  79     else\r
  80     {\r
  81       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  82       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  83     }\r
  84 \r
  85     adjusting = true;\r
  86     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  87     {\r
  88       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
  89       {\r
  90         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
  91       }\r
  92     }\r
  93 \r
  94     threshold.addItem("No Threshold");\r
  95     threshold.addItem("Above Threshold");\r
  96     threshold.addItem("Below Threshold");\r
  97 \r
  98     adjusting = false;\r
  99 \r
 100     changeColour();\r
 101 \r
 102     frame = new Frame();\r
 103     frame.add(this);\r
 104     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
 105     validate();\r
 106   }\r
 107 \r
 108   public AnnotationColourChooser()\r
 109   {\r
 110     try\r
 111     {\r
 112       jbInit();\r
 113     }\r
 114     catch (Exception ex)\r
 115     {\r
 116       ex.printStackTrace();\r
 117     }\r
 118   }\r
 119 \r
 120   private void jbInit()\r
 121       throws Exception\r
 122   {\r
 123     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 124     minColour.setLabel("Min Colour");\r
 125     minColour.addActionListener(this);\r
 126 \r
 127     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 128     maxColour.setLabel("Max Colour");\r
 129     maxColour.addActionListener(this);\r
 130 \r
 131     ok.setLabel("OK");\r
 132     ok.addActionListener(this);\r
 133 \r
 134     cancel.setLabel("Cancel");\r
 135     cancel.addActionListener(this);\r
 136 \r
 137     this.setLayout(borderLayout1);\r
 138     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 139     annotations.addItemListener(this);\r
 140 \r
 141     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 142     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 143     threshold.addItemListener(this);\r
 144     jPanel3.setLayout(null);\r
 145     thresholdValue.addActionListener(this);\r
 146 \r
 147     slider.setBackground(Color.white);\r
 148     slider.setEnabled(false);\r
 149     slider.setBounds(new Rectangle(172, 7, 120, 16));\r
 150     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 151     thresholdValue.setBounds(new Rectangle(295, 4, 83, 22));\r
 152     thresholdValue.setColumns(10);\r
 153     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 154     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 155     currentColours.setLabel("Use Original Colours");\r
 156     currentColours.addItemListener(this);\r
 157 \r
 158     threshold.setBounds(new Rectangle(19, 4, 141, 22));\r
 159     jPanel1.add(ok);\r
 160     jPanel1.add(cancel);\r
 161     jPanel2.add(annotations);\r
 162     jPanel2.add(currentColours);\r
 163     jPanel2.add(minColour);\r
 164     jPanel2.add(maxColour);\r
 165     jPanel3.add(threshold);\r
 166     jPanel3.add(slider);\r
 167     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 168     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 169     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 170     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 171   }\r
 172 \r
 173   Choice annotations = new Choice();\r
 174   Button minColour = new Button();\r
 175   Button maxColour = new Button();\r
 176   Button ok = new Button();\r
 177   Button cancel = new Button();\r
 178   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 179   Panel jPanel2 = new Panel();\r
 180   Choice threshold = new Choice();\r
 181   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 182   Panel jPanel3 = new Panel();\r
 183   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
 184   TextField thresholdValue = new TextField(20);\r
 185   Checkbox currentColours = new Checkbox();\r
 186   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 187 \r
 188   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 189   {\r
 190     if (evt.getSource() == thresholdValue)\r
 191     {\r
 192       try\r
 193       {\r
 194         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();\r
 195         slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 196         adjustmentValueChanged(null);\r
 197       }\r
 198       catch (NumberFormatException ex)\r
 199       {}\r
 200     }\r
 201     else if (evt.getSource() == minColour)\r
 202     {\r
 203       minColour_actionPerformed(null);\r
 204     }\r
 205     else if (evt.getSource() == maxColour)\r
 206     {\r
 207       maxColour_actionPerformed(null);\r
 208     }\r
 209 \r
 210     else if (evt.getSource() == ok)\r
 211     {\r
 212       changeColour();\r
 213       frame.setVisible(false);\r
 214     }\r
 215     else if (evt.getSource() == cancel)\r
 216     {\r
 217       reset();\r
 218       ap.paintAlignment(true);\r
 219       frame.setVisible(false);\r
 220     }\r
 221 \r
 222     else\r
 223     {\r
 224       changeColour();\r
 225     }\r
 226   }\r
 227 \r
 228   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 229   {\r
 230     if (evt.getSource() == currentColours)\r
 231     {\r
 232       if (currentColours.getState())\r
 233       {\r
 234         reset();\r
 235       }\r
 236 \r
 237       maxColour.setEnabled(!currentColours.getState());\r
 238       minColour.setEnabled(!currentColours.getState());\r
 239 \r
 240     }\r
 241 \r
 242     changeColour();\r
 243   }\r
 244 \r
 245   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 246   {\r
 247     if (!adjusting)\r
 248     {\r
 249       thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
 250       if (currentColours.getState()\r
 251           && ! (av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 252       {\r
 253         changeColour();\r
 254       }\r
 255 \r
 256       currentAnnotation.threshold.value = (float) slider.getValue() / 1000f;\r
 257       ap.paintAlignment(false);\r
 258     }\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 262   {\r
 263     if (newCol != null)\r
 264     {\r
 265       minColour.setBackground(newCol);\r
 266       minColour.repaint();\r
 267       changeColour();\r
 268     }\r
 269     else\r
 270     {\r
 271       new UserDefinedColours(this, "Min Colour",\r
 272                              minColour.getBackground());\r
 273     }\r
 274 \r
 275   }\r
 276 \r
 277   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 278   {\r
 279     if (newCol != null)\r
 280     {\r
 281       maxColour.setBackground(newCol);\r
 282       maxColour.repaint();\r
 283       changeColour();\r
 284     }\r
 285     else\r
 286     {\r
 287       new UserDefinedColours(this, "Max Colour",\r
 288                              maxColour.getBackground());\r
 289     }\r
 290   }\r
 291 \r
 292   void changeColour()\r
 293   {\r
 294     // Check if combobox is still adjusting\r
 295     if (adjusting)\r
 296     {\r
 297       return;\r
 298     }\r
 299 \r
 300     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 301     // so allow for them again here\r
 302     int nograph = 0, graph = -1;\r
 303     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 304     {\r
 305       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 306       {\r
 307         nograph++;\r
 308       }\r
 309       else\r
 310       {\r
 311         graph++;\r
 312       }\r
 313 \r
 314       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 315       {\r
 316         break;\r
 317       }\r
 318     }\r
 319 \r
 320     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 321 \r
 322     int aboveThreshold = -1;\r
 323     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 324     {\r
 325       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 326     }\r
 327     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 328     {\r
 329       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 330     }\r
 331 \r
 332     slider.setEnabled(true);\r
 333     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 334 \r
 335     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 336     {\r
 337       slider.setEnabled(false);\r
 338       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 339       thresholdValue.setText("");\r
 340     }\r
 341     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 342              currentAnnotation.threshold == null)\r
 343     {\r
 344       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 345                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 346                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 347                                       "Threshold",\r
 348                                       Color.black));\r
 349     }\r
 350 \r
 351     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 352     {\r
 353       adjusting = true;\r
 354 \r
 355       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 356       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 357       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 358       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 359       slider.setEnabled(true);\r
 360       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 361       adjusting = false;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 365     if (currentColours.getState())\r
 366     {\r
 367       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 368           currentAnnotation,\r
 369           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 370     }\r
 371     else\r
 372     {\r
 373       acg =\r
 374           new AnnotationColourGradient(\r
 375               currentAnnotation,\r
 376               minColour.getBackground(),\r
 377               maxColour.getBackground(),\r
 378               aboveThreshold);\r
 379     }\r
 380 \r
 381     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 382 \r
 383     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 384     {\r
 385       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 386       SequenceGroup sg;\r
 387       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 388       {\r
 389         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
 390 \r
 391         if (sg.cs == null)\r
 392         {\r
 393           continue;\r
 394         }\r
 395 \r
 396         if (currentColours.getState())\r
 397         {\r
 398           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 399               currentAnnotation,\r
 400               sg.cs, aboveThreshold);\r
 401         }\r
 402         else\r
 403         {\r
 404           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 405               currentAnnotation,\r
 406               minColour.getBackground(),\r
 407               maxColour.getBackground(),\r
 408               aboveThreshold);\r
 409         }\r
 410 \r
 411       }\r
 412     }\r
 413 \r
 414     ap.paintAlignment(false);\r
 415   }\r
 416 \r
 417   void reset()\r
 418   {\r
 419     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 420     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 421     {\r
 422       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 423       SequenceGroup sg;\r
 424       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 425       {\r
 426         sg = (SequenceGroup) allGroups.elementAt(g);\r
 427         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);\r
 428       }\r
 429     }\r
 430     ap.paintAlignment(true);\r
 431 \r
 432   }\r
 433 \r
 434   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 435   public void mousePressed(MouseEvent evt){}\r
 436   public void mouseReleased(MouseEvent evt){ ap.paintAlignment(true);}\r
 437   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 438   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 439 \r
 440 \r
 441 }\r