src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.awt.Checkbox;
  24 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.FlowLayout;
  28 import java.awt.FontMetrics;
  29 import java.awt.Frame;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.Image;
  32 import java.awt.MenuItem;
  33 import java.awt.Panel;
  34 import java.awt.PopupMenu;
  35 import java.awt.event.ActionEvent;
  36 import java.awt.event.ActionListener;
  37 import java.awt.event.InputEvent;
  38 import java.awt.event.ItemEvent;
  39 import java.awt.event.ItemListener;
  40 import java.awt.event.MouseEvent;
  41 import java.awt.event.MouseListener;
  42 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  43 import java.util.Arrays;
  44 import java.util.Collections;
  45 import java.util.Vector;
  46
  47 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  48 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  49 import jalview.datamodel.Annotation;
  50 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  51 import jalview.datamodel.SequenceI;
  52 import jalview.util.MessageManager;
  53 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  54
  55 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  56         MouseListener, MouseMotionListener
  57 {
  58   Image image;
  59
  60   boolean active = false;
  61
  62   AlignmentPanel ap;
  63
  64   AlignViewport av;
  65
  66   boolean resizing = false;
  67
  68   int oldY, mouseX;
  69
  70   static String ADDNEW = "Add New Row";
  71
  72   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  73
  74   static String HIDE = "Hide This Row";
  75
  76   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  77
  78   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  79
  80   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  81
  82   int scrollOffset = 0;
  83
  84   int selectedRow = -1;
  85
  86   Tooltip tooltip;
  87
  88   private boolean hasHiddenRows;
  89
  90   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  91   {
  92     this.ap = ap;
  93     this.av = ap.av;
  94     setLayout(null);
  95
  96     /**
  97      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  98      * it at the moment. java.net.URL url =
  99      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
 100      *
 101      * if (url != null) { temp =
 102      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
 103      *
 104      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
 105      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
 106      *
 107      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 108      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
 109      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
 110      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
 111      */
 112     addMouseListener(this);
 113     addMouseMotionListener(this);
 114   }
 115
 116   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 117   {
 118     this.av = av;
 119   }
 120
 121   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
 122   {
 123     scrollOffset = y;
 124     if (repaint)
 125     {
 126       repaint();
 127     }
 128   }
 129
 130   /**
 131    *
 132    * @param y
 133    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 134    *         selected
 135    */
 136   int getSelectedRow(int y)
 137   {
 138     int row = -2;
 139     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 140             .getAlignmentAnnotation();
 141
 142     if (aa == null)
 143     {
 144       return row;
 145     }
 146     int height = 0;
 147     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 148     {
 149       row = -1;
 150       if (!aa[i].visible)
 151       {
 152         continue;
 153       }
 154       height += aa[i].height;
 155       if (y < height)
 156       {
 157         row = i;
 158         break;
 159       }
 160     }
 161
 162     return row;
 163   }
 164
 165   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 166   {
 167     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 168
 169     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 170     {
 171       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 172               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 173
 174       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 175       {
 176         return;
 177       }
 178
 179       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 180       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 181     }
 182     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 183     {
 184       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 185     }
 186     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 187     {
 188       aa[selectedRow].visible = false;
 189     }
 190     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 191     {
 192       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 193       {
 194         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 195       }
 196     }
 197     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 198     {
 199       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 200               ap.alignFrame);
 201       Frame frame = new Frame();
 202       frame.add(cap);
 203       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 204               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 205       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 206     }
 207     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 208     {
 209       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 210       if (cons != null)
 211       {
 212         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 213       }
 214
 215     }
 216     refresh();
 217   }
 218
 219   /**
 220    * Adjust size and repaint
 221    */
 222   protected void refresh()
 223   {
 224     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 225     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 226     ap.validate();
 227     ap.paintAlignment(true);
 228   }
 229
 230   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 231   {
 232     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 233             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 234
 235     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 236             annotation.description, "      Annotation Label",
 237             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 238             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 239
 240     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 241     empty.add(padGaps);
 242     dialog.add(empty);
 243     dialog.pack();
 244
 245     dialog.setVisible(true);
 246
 247     if (dialog.accept)
 248     {
 249       annotation.label = dialog.getName();
 250       annotation.description = dialog.getDescription();
 251       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 252       repaint();
 253       return true;
 254     }
 255     else
 256     {
 257       return false;
 258     }
 259
 260   }
 261
 262   boolean resizePanel = false;
 263
 264   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 265   {
 266     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 267     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 268
 269     if (row > -1)
 270     {
 271       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 272               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 273                       .getDescription(true),
 274               true, "\n");
 275       if (tooltip == null)
 276       {
 277         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 278       }
 279       else
 280       {
 281         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 282       }
 283     }
 284     else if (tooltip != null)
 285     {
 286       tooltip.setTip("");
 287     }
 288   }
 289
 290   /**
 291    * curent drag position
 292    */
 293   MouseEvent dragEvent = null;
 294
 295   /**
 296    * flag to indicate drag events should be ignored
 297    */
 298   private boolean dragCancelled = false;
 299
 300   /**
 301    * clear any drag events in progress
 302    */
 303   public void cancelDrag()
 304   {
 305     dragEvent = null;
 306     dragCancelled = true;
 307   }
 308
 309   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 310   {
 311     if (dragCancelled)
 312     {
 313       return;
 314     }
 315     ;
 316     dragEvent = evt;
 317
 318     if (resizePanel)
 319     {
 320       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 321               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 322       int dif = evt.getY() - oldY;
 323
 324       dif /= ap.av.getCharHeight();
 325       dif *= ap.av.getCharHeight();
 326
 327       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 328       {
 329         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 330         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 331         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 332                 d.height - dif));
 333         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 334                 - dif));
 335         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 336                 av.calcPanelHeight());
 337         f.height += dif;
 338         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 339         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 340         ap.validate();
 341         // ap.paintAlignment(true);
 342         ap.addNotify();
 343       }
 344
 345     }
 346     else
 347     {
 348       int diff;
 349       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 350       {
 351         // nudge scroll up
 352         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 353         ap.adjustmentValueChanged(null);
 354
 355       }
 356       else if ((0 < (diff = 6
 357               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 358               + evt.getY())))
 359       {
 360         // nudge scroll down
 361         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 362         ap.adjustmentValueChanged(null);
 363       }
 364       repaint();
 365     }
 366   }
 367
 368   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 369   {
 370   }
 371
 372   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 373   {
 374     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 375     {
 376       int start = selectedRow;
 377
 378       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 379
 380       if (start > -1 && start != end)
 381       {
 382         // Swap these annotations
 383         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 384                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 385         if (end == -1)
 386         {
 387           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 388         }
 389         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 390                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 391
 392         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 393         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 394       }
 395     }
 396     resizePanel = false;
 397     dragEvent = null;
 398     dragCancelled = false;
 399     repaint();
 400     ap.annotationPanel.repaint();
 401   }
 402
 403   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 404   {
 405     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 406     {
 407       resizePanel = true;
 408       repaint();
 409     }
 410   }
 411
 412   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 413   {
 414     dragCancelled = false;
 415
 416     if (dragEvent == null)
 417     {
 418       resizePanel = false;
 419     }
 420     else
 421     {
 422       if (!resizePanel)
 423       {
 424         dragEvent = null;
 425       }
 426     }
 427     repaint();
 428   }
 429
 430   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 431   {
 432     oldY = evt.getY();
 433     if (resizePanel)
 434     {
 435       return;
 436     }
 437     dragCancelled = false;
 438     // todo: move below to mouseClicked ?
 439     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 440
 441     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 442             .getAlignmentAnnotation();
 443
 444     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 445     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 446     {
 447
 448       PopupMenu popup = new PopupMenu(
 449               MessageManager.getString("label.annotations"));
 450
 451       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 452       item.addActionListener(this);
 453       popup.add(item);
 454       if (selectedRow < 0)
 455       {
 456         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 457         if (hasHiddenRows)
 458         {
 459           item = new MenuItem(SHOWALL);
 460           item.addActionListener(this);
 461           popup.add(item);
 462         }
 463         this.add(popup);
 464         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 465         return;
 466       }
 467       // add the rest if there are actually rows to show
 468       item = new MenuItem(EDITNAME);
 469       item.addActionListener(this);
 470       popup.add(item);
 471       item = new MenuItem(HIDE);
 472       item.addActionListener(this);
 473       popup.add(item);
 474
 475       /*
 476        * Hide all <label>:
 477        */
 478       if (selectedRow < aa.length)
 479       {
 480         if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 481         {
 482           final String label = aa[selectedRow].label;
 483           MenuItem hideType = new MenuItem(
 484                   MessageManager.getString("label.hide_all") + " " + label);
 485           hideType.addActionListener(new ActionListener()
 486           {
 487             @Override
 488             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 489             {
 490               AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 491                       ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),
 492                       null, false, false);
 493               refresh();
 494             }
 495           });
 496           popup.add(hideType);
 497         }
 498       }
 499
 500       if (hasHiddenRows)
 501       {
 502         item = new MenuItem(SHOWALL);
 503         item.addActionListener(this);
 504         popup.add(item);
 505       }
 506       this.add(popup);
 507       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 508       item.addActionListener(this);
 509       popup.add(item);
 510       if (selectedRow < aa.length)
 511       {
 512         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 513         {
 514           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 515           {
 516             popup.addSeparator();
 517             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 518                     MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 519                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 520                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 521                             .isIgnoreGapsConsensus());
 522             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 523             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 524             {
 525               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 526               {
 527                 if (aaa.groupRef != null)
 528                 {
 529                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 530                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 531                 }
 532                 else
 533                 {
 534                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 535                 }
 536                 ap.paintAlignment(true);
 537               }
 538             });
 539             popup.add(cbmi);
 540             if (aaa.groupRef != null)
 541             {
 542               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 543                       MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 544                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 545               chist.addItemListener(new ItemListener()
 546               {
 547                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 548                 {
 549                   // TODO: pass on reference
 550                   // to ap
 551                   // so the
 552                   // view
 553                   // can be
 554                   // updated.
 555                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 556                   ap.repaint();
 557                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 558                 }
 559               });
 560               popup.add(chist);
 561               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 562                       MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 563                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 564               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 565               {
 566                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 567                 {
 568                   // TODO: pass on reference
 569                   // to ap
 570                   // so the
 571                   // view
 572                   // can be
 573                   // updated.
 574                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 575                   ap.repaint();
 576                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 577                 }
 578               });
 579
 580               popup.add(cprofl);
 581               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 582                       MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 583                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 584               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 585               {
 586                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 587                 {
 588                   // TODO: pass on reference
 589                   // to ap
 590                   // so the
 591                   // view
 592                   // can be
 593                   // updated.
 594                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 595                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 596                   ap.repaint();
 597                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 598                 }
 599               });
 600               popup.add(cprofn);
 601             }
 602             else
 603             {
 604               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 605                       MessageManager.getString("label.show_histogram"), av.isShowConsensusHistogram());
 606               chist.addItemListener(new ItemListener()
 607               {
 608                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 609                 {
 610                   // TODO: pass on reference
 611                   // to ap
 612                   // so the
 613                   // view
 614                   // can be
 615                   // updated.
 616                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 617                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist
 618                           .getState()); // TODO: implement
 619                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 620                                         // for applet
 621                   ap.repaint();
 622                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 623                 }
 624               });
 625               popup.add(chist);
 626               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 627                       MessageManager.getString("label.show_logo"), av.isShowSequenceLogo());
 628               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 629               {
 630                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 631                 {
 632                   // TODO: pass on reference
 633                   // to ap
 634                   // so the
 635                   // view
 636                   // can be
 637                   // updated.
 638                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 639                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 640                                                                              // implement
 641                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 642                                                                              // for
 643                                                                              // applet
 644                   ap.repaint();
 645                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 646                 }
 647               });
 648               popup.add(cprof);
 649               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 650                       MessageManager.getString("label.normalise_logo"), av.isNormaliseSequenceLogo());
 651               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 652               {
 653                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 654                 {
 655                   // TODO: pass on reference
 656                   // to ap
 657                   // so the
 658                   // view
 659                   // can be
 660                   // updated.
 661                   av.setShowSequenceLogo(true);
 662                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:
 663                                                                               // implement
 664                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 665                                                                               // for
 666                                                                               // applet
 667                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 668                   ap.repaint();
 669                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 670                 }
 671               });
 672               popup.add(cprofn);
 673             }
 674
 675             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 676             item.addActionListener(this);
 677             popup.add(item);
 678           }
 679         }
 680       }
 681       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 682     }
 683     else
 684     {
 685       // selection action.
 686       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 687       {
 688         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 689         {
 690           if (evt.getClickCount() >= 2)
 691           {
 692             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 693             // click highlights/scrolls, second selects
 694             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 695             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 696             aa[selectedRow].groupRef); // );
 697             ap.av.sendSelection();
 698             ap.paintAlignment(false);
 699             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 700           }
 701           else
 702           {
 703             ap.seqPanel.ap.idPanel
 704                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 705                             .getSequences(null));
 706           }
 707           return;
 708         }
 709         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 710         {
 711           if (evt.getClickCount() == 1)
 712           {
 713             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(Arrays
 714                     .asList(new SequenceI[]
 715                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 716           }
 717           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 718           {
 719             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 720             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 721             if (sg!=null)
 722             {
 723               // we make a copy rather than edit the current selection if no modifiers pressed
 724               // see Enhancement JAL-1557
 725               if (!(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown()))
 726               {
 727                 sg = new SequenceGroup(sg);
 728                 sg.clear();
 729                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 730               } else {
 731                 if (evt.isControlDown())
 732                 {
 733                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 734                 } else {
 735                   // notionally, we should also add intermediate sequences from last added sequence ?
 736                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 737                 }
 738               }
 739             } else {
 740               sg = new SequenceGroup();
 741               sg.setStartRes(0);
 742               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth()-1);
 743               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 744             }
 745             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 746             ap.paintAlignment(false);
 747             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 748             ap.av.sendSelection();
 749           }
 750
 751         }
 752       }
 753
 754     }
 755   }
 756
 757   /**
 758    * DOCUMENT ME!
 759    *
 760    * @param e
 761    *          DOCUMENT ME!
 762    */
 763   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 764   {
 765     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 766     {
 767       return;
 768     }
 769     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 770     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 771             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 772             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 773     if (av.hasHiddenColumns())
 774     {
 775       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 776       for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 777       {
 778         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns
 779                 .addElement(new int[]
 780                 { region[0], region[1] });
 781       }
 782     }
 783   }
 784
 785   public void update(Graphics g)
 786   {
 787     paint(g);
 788   }
 789
 790   public void paint(Graphics g)
 791   {
 792     int w = getSize().width;
 793     int h = getSize().height;
 794     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 795             || h != image.getHeight(this))
 796     {
 797       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 798     }
 799
 800     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 801     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 802   }
 803
 804   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 805   {
 806     g.setFont(av.getFont());
 807     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 808     g.setColor(Color.white);
 809     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 810
 811     g.translate(0, -scrollOffset);
 812     g.setColor(Color.black);
 813
 814     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 815     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 816     int x = 0, offset;
 817
 818     if (aa != null)
 819     {
 820       hasHiddenRows = false;
 821       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 822       {
 823         if (!aa[i].visible)
 824         {
 825           hasHiddenRows = true;
 826           continue;
 827         }
 828
 829         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 830
 831         y += aa[i].height;
 832         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 833
 834         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 835       }
 836     }
 837     g.translate(0, +scrollOffset);
 838     if (resizePanel)
 839     {
 840       g.setColor(Color.red);
 841       g.setPaintMode();
 842       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 843       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 844     }
 845     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 846     {
 847       g.setColor(Color.lightGray);
 848       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 849               dragEvent.getY());
 850     }
 851
 852     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 853     {
 854       g.setColor(Color.black);
 855       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 856       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
 857               18);
 858     }
 859   }
 860 }