src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class AnnotationLabels\r
  28     extends Panel implements ActionListener\r
  29 {\r
  30   boolean active = false;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   boolean resizing = false;\r
  34   int oldY, mouseX;\r
  35   static String ADDNEW = "Add new row";\r
  36   static String HIDE = "Hide this row";\r
  37   static String DELETE = "Delete this row";\r
  38   static String SHOWALL = "Show all hidden rows";\r
  39   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  40   int selectedRow = 0;\r
  41   int scrollOffset = 0;\r
  42 \r
  43   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     this.ap = ap;\r
  46     this.av = ap.av;\r
  47     setLayout(null);\r
  48     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  49     {\r
  50       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  51       {\r
  52         doMousePressed(evt);\r
  53       }\r
  54     });\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  58 {\r
  59   this.av = av;\r
  60 }\r
  61 \r
  62 \r
  63   public void setScrollOffset(int y)\r
  64   {\r
  65     scrollOffset = y;\r
  66     repaint();\r
  67   }\r
  68 \r
  69   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  70   {\r
  71     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  72 \r
  73     if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
  74     {\r
  75       aa[selectedRow].visible = false;\r
  76     }\r
  77     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
  78     {\r
  79       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  80       {\r
  81         aa[i].visible = true;\r
  82       }\r
  83     }\r
  84     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
  85     {\r
  86       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
  87       Frame frame = new Frame();\r
  88       frame.add(cap);\r
  89       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
  90                                        ap.alignFrame.getTitle() + " - " +\r
  91                                        aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
  92       cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
  93     }\r
  94 \r
  95     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  96     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
  97     ap.validate();\r
  98     ap.repaint();\r
  99   }\r
 100 \r
 101   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 102   {\r
 103     int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
 104     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 105     int height = 0;\r
 106     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 107     {\r
 108       if (!aa[i].visible)\r
 109       {\r
 110         continue;\r
 111       }\r
 112 \r
 113       height += aa[i].height;\r
 114       if (y < height)\r
 115       {\r
 116         selectedRow = i;\r
 117         break;\r
 118       }\r
 119     }\r
 120 \r
 121     PopupMenu pop = new PopupMenu("Annotations");\r
 122     MenuItem item = new MenuItem(HIDE);\r
 123     item.addActionListener(this);\r
 124     pop.add(item);\r
 125     item = new MenuItem(SHOWALL);\r
 126     item.addActionListener(this);\r
 127     pop.add(item);\r
 128     this.add(pop);\r
 129     item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 130     item.addActionListener(this);\r
 131     pop.add(item);\r
 132 \r
 133     if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 134     {\r
 135       pop.addSeparator();\r
 136       final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(\r
 137           "Ignore Gaps In Consensus",\r
 138           ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 139 \r
 140       cbmi.addItemListener(new ItemListener()\r
 141       {\r
 142         public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 143         {\r
 144           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 145           ap.repaint();\r
 146         }\r
 147       });\r
 148       pop.add(cbmi);\r
 149     }\r
 150 \r
 151      pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 152 \r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void paint(Graphics g)\r
 156   {\r
 157     drawComponent(g, getSize().width);\r
 158   }\r
 159 \r
 160   public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 161   {\r
 162     g.setFont(av.getFont());\r
 163     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());\r
 164     g.setColor(Color.white);\r
 165     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 166 \r
 167     g.translate(0, scrollOffset);\r
 168     g.setColor(Color.black);\r
 169 \r
 170     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 171     int y = g.getFont().getSize();\r
 172     int x = 0;\r
 173 \r
 174     if (aa != null)\r
 175     {\r
 176       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 177       {\r
 178         if (!aa[i].visible)\r
 179         {\r
 180           continue;\r
 181         }\r
 182 \r
 183         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 184 \r
 185         if (aa[i].graph>0)\r
 186         {\r
 187           y += (aa[i].height / 3);\r
 188         }\r
 189 \r
 190         g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 191 \r
 192         if (aa[i].graph>0)\r
 193         {\r
 194           y += (2 * aa[i].height / 3);\r
 195         }\r
 196         else\r
 197         {\r
 198           y += aa[i].height;\r
 199         }\r
 200       }\r
 201     }\r
 202   }\r
 203 \r
 204 }\r