JAL-3949 fixed failing commandlinetests due to more output and line count limit
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / AnnotationLabels.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.appletgui;
22
23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
25 import jalview.datamodel.Annotation;
26 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
28 import jalview.datamodel.SequenceI;
29 import jalview.util.MessageManager;
30 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
31
32 import java.awt.Checkbox;
33 import java.awt.CheckboxMenuItem;
34 import java.awt.Color;
35 import java.awt.Cursor;
36 import java.awt.Dimension;
37 import java.awt.FlowLayout;
38 import java.awt.FontMetrics;
39 import java.awt.Frame;
40 import java.awt.Graphics;
41 import java.awt.Image;
42 import java.awt.MenuItem;
43 import java.awt.Panel;
44 import java.awt.PopupMenu;
45 import java.awt.event.ActionEvent;
46 import java.awt.event.ActionListener;
47 import java.awt.event.InputEvent;
48 import java.awt.event.ItemEvent;
49 import java.awt.event.ItemListener;
50 import java.awt.event.MouseEvent;
51 import java.awt.event.MouseListener;
52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
53 import java.util.Arrays;
54 import java.util.Collections;
55
56 public class AnnotationLabels extends Panel
57         implements ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener
58 {
59   Image image;
60
61   /**
62    * width in pixels within which height adjuster arrows are shown and active
63    */
64   private static final int HEIGHT_ADJUSTER_WIDTH = 50;
65
66   /**
67    * height in pixels for allowing height adjuster to be active
68    */
69   private static int HEIGHT_ADJUSTER_HEIGHT = 10;
70
71   boolean active = false;
72
73   AlignmentPanel ap;
74
75   AlignViewport av;
76
77   boolean resizing = false;
78
79   int oldY, mouseX;
80
81   static String ADDNEW = "Add New Row";
82
83   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
84
85   static String HIDE = "Hide This Row";
86
87   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
88
89   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
90
91   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
92
93   int scrollOffset = 0;
94
95   int selectedRow = -1;
96
97   Tooltip tooltip;
98
99   private boolean hasHiddenRows;
100
101   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
102   {
103     this.ap = ap;
104     this.av = ap.av;
105     setLayout(null);
106     addMouseListener(this);
107     addMouseMotionListener(this);
108   }
109
110   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
111   {
112     this.av = av;
113   }
114
115   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
116   {
117     scrollOffset = y;
118     if (repaint)
119     {
120       repaint();
121     }
122   }
123
124   /**
125    * 
126    * @param y
127    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
128    *         selected
129    */
130   int getSelectedRow(int y)
131   {
132     int row = -2;
133     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
134             .getAlignmentAnnotation();
135
136     if (aa == null)
137     {
138       return row;
139     }
140     int height = 0;
141     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
142     {
143       row = -1;
144       if (!aa[i].visible)
145       {
146         continue;
147       }
148       height += aa[i].height;
149       if (y < height)
150       {
151         row = i;
152         break;
153       }
154     }
155
156     return row;
157   }
158
159   @Override
160   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
161   {
162     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
163
164     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
165     {
166       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
167               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
168
169       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
170       {
171         return;
172       }
173
174       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
175       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
176     }
177     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
178     {
179       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
180     }
181     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
182     {
183       aa[selectedRow].visible = false;
184     }
185     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
186     {
187       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
188       {
189         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
190       }
191     }
192     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
193     {
194       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
195               ap.alignFrame);
196       Frame frame = new Frame();
197       frame.add(cap);
198       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
199               ap.alignFrame.getTitle() + " - " + aa[selectedRow].label, 500,
200               100);
201       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
202     }
203     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
204     {
205       SequenceGroup group = aa[selectedRow].groupRef;
206       SequenceI cons = group == null ? av.getConsensusSeq()
207               : group.getConsensusSeq();
208       if (cons != null)
209       {
210         copy_annotseqtoclipboard(cons);
211       }
212
213     }
214     refresh();
215   }
216
217   /**
218    * Adjust size and repaint
219    */
220   protected void refresh()
221   {
222     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
223     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
224     ap.validate();
225     // TODO: only paint if we needed to
226     ap.paintAlignment(true, true);
227   }
228
229   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
230   {
231     Checkbox padGaps = new Checkbox(
232             "Fill Empty Gaps With \"" + ap.av.getGapCharacter() + "\"",
233             annotation.padGaps);
234
235     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
236             annotation.description, "      Annotation Label",
237             "Annotation Description", ap.alignFrame,
238             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
239
240     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
241     empty.add(padGaps);
242     dialog.add(empty);
243     dialog.pack();
244
245     dialog.setVisible(true);
246
247     if (dialog.accept)
248     {
249       annotation.label = dialog.getName();
250       annotation.description = dialog.getDescription();
251       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
252       repaint();
253       return true;
254     }
255     else
256     {
257       return false;
258     }
259
260   }
261
262   boolean resizePanel = false;
263
264   @Override
265   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
266   {
267     resizePanel = evt.getY() < HEIGHT_ADJUSTER_HEIGHT
268             && evt.getX() < HEIGHT_ADJUSTER_WIDTH;
269     setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(
270             resizePanel ? Cursor.S_RESIZE_CURSOR : Cursor.DEFAULT_CURSOR));
271     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
272
273     if (row > -1)
274     {
275       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
276               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
277                       .getDescription(true),
278               true, "\n");
279       if (tooltip == null)
280       {
281         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
282       }
283       else
284       {
285         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
286       }
287     }
288     else if (tooltip != null)
289     {
290       tooltip.setTip("");
291     }
292   }
293
294   /**
295    * curent drag position
296    */
297   MouseEvent dragEvent = null;
298
299   /**
300    * flag to indicate drag events should be ignored
301    */
302   private boolean dragCancelled = false;
303
304   /**
305    * clear any drag events in progress
306    */
307   public void cancelDrag()
308   {
309     dragEvent = null;
310     dragCancelled = true;
311   }
312
313   @Override
314   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
315   {
316     if (dragCancelled)
317     {
318       return;
319     }
320     ;
321     dragEvent = evt;
322
323     if (resizePanel)
324     {
325       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(),
326               e = ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize(),
327               f = ap.seqPanelHolder.getSize();
328       int dif = evt.getY() - oldY;
329
330       dif /= ap.av.getCharHeight();
331       dif *= ap.av.getCharHeight();
332
333       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
334       {
335         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
336         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
337         ap.annotationSpaceFillerHolder
338                 .setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
339         ap.annotationPanelHolder
340                 .setSize(new Dimension(d.width, d.height - dif));
341         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
342                 av.calcPanelHeight());
343         f.height += dif;
344         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
345         ap.setScrollValues(av.getRanges().getStartRes(),
346                 av.getRanges().getStartSeq());
347         ap.validate();
348         // ap.paintAlignment(true);
349         ap.addNotify();
350       }
351
352     }
353     else
354     {
355       int diff;
356       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
357       {
358         // nudge scroll up
359         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
360         ap.adjustmentValueChanged(null);
361
362       }
363       else if ((0 < (diff = 6
364               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
365               + evt.getY())))
366       {
367         // nudge scroll down
368         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
369         ap.adjustmentValueChanged(null);
370       }
371       repaint();
372     }
373   }
374
375   @Override
376   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
377   {
378   }
379
380   @Override
381   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
382   {
383     if (!resizePanel && !dragCancelled)
384     {
385       int start = selectedRow;
386
387       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
388
389       if (start > -1 && start != end)
390       {
391         // Swap these annotations
392         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
393                 .getAlignmentAnnotation()[start];
394         if (end == -1)
395         {
396           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
397         }
398         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
399                 .getAlignmentAnnotation()[end];
400
401         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
402         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
403       }
404     }
405     resizePanel = false;
406     dragEvent = null;
407     dragCancelled = false;
408     setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR));
409     repaint();
410     ap.annotationPanel.repaint();
411   }
412
413   @Override
414   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
415   {
416     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
417     {
418       resizePanel = true;
419       repaint();
420     }
421     setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(
422             resizePanel ? Cursor.S_RESIZE_CURSOR : Cursor.DEFAULT_CURSOR));
423   }
424
425   @Override
426   public void mouseExited(MouseEvent evt)
427   {
428     dragCancelled = false;
429
430     if (dragEvent == null)
431     {
432       resizePanel = false;
433     }
434     else
435     {
436       if (!resizePanel)
437       {
438         dragEvent = null;
439       }
440     }
441     repaint();
442   }
443
444   @Override
445   public void mousePressed(MouseEvent evt)
446   {
447     oldY = evt.getY();
448     if (resizePanel)
449     {
450       return;
451     }
452     dragCancelled = false;
453     // todo: move below to mouseClicked ?
454     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
455
456     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
457             .getAlignmentAnnotation();
458
459     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
460     if ((evt.getModifiersEx()
461             & InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK) == InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK)
462     {
463
464       PopupMenu popup = new PopupMenu(
465               MessageManager.getString("label.annotations"));
466
467       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
468       item.addActionListener(this);
469       popup.add(item);
470       if (selectedRow < 0)
471       {
472         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
473         if (hasHiddenRows)
474         {
475           item = new MenuItem(SHOWALL);
476           item.addActionListener(this);
477           popup.add(item);
478         }
479         this.add(popup);
480         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
481         return;
482       }
483       // add the rest if there are actually rows to show
484       item = new MenuItem(EDITNAME);
485       item.addActionListener(this);
486       popup.add(item);
487       item = new MenuItem(HIDE);
488       item.addActionListener(this);
489       popup.add(item);
490
491       /*
492        * Hide all <label>:
493        */
494       if (selectedRow < aa.length)
495       {
496         if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
497         {
498           final String label = aa[selectedRow].label;
499           MenuItem hideType = new MenuItem(
500                   MessageManager.getString("label.hide_all") + " " + label);
501           hideType.addActionListener(new ActionListener()
502           {
503             @Override
504             public void actionPerformed(ActionEvent e)
505             {
506               AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
507                       ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),
508                       null, false, false);
509               refresh();
510             }
511           });
512           popup.add(hideType);
513         }
514       }
515
516       if (hasHiddenRows)
517       {
518         item = new MenuItem(SHOWALL);
519         item.addActionListener(this);
520         popup.add(item);
521       }
522       this.add(popup);
523       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
524       item.addActionListener(this);
525       popup.add(item);
526       if (selectedRow < aa.length)
527       {
528         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
529         {
530           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
531           {
532             popup.addSeparator();
533             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
534                     MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
535                     (aa[selectedRow].groupRef != null)
536                             ? aa[selectedRow].groupRef
537                                     .getIgnoreGapsConsensus()
538                             : ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
539             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
540             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
541             {
542               @Override
543               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
544               {
545                 if (aaa.groupRef != null)
546                 {
547                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
548                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
549                 }
550                 else
551                 {
552                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
553                 }
554                 ap.paintAlignment(true, true);
555               }
556             });
557             popup.add(cbmi);
558             if (aaa.groupRef != null)
559             {
560               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
561                       MessageManager
562                               .getString("label.show_group_histogram"),
563                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
564               chist.addItemListener(new ItemListener()
565               {
566                 @Override
567                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
568                 {
569                   // TODO: pass on reference
570                   // to ap
571                   // so the
572                   // view
573                   // can be
574                   // updated.
575                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
576                   ap.repaint();
577                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
578                 }
579               });
580               popup.add(chist);
581               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
582                       MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
583                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
584               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
585               {
586                 @Override
587                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
588                 {
589                   // TODO: pass on reference
590                   // to ap
591                   // so the
592                   // view
593                   // can be
594                   // updated.
595                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
596                   ap.repaint();
597                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
598                 }
599               });
600
601               popup.add(cprofl);
602               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
603                       MessageManager
604                               .getString("label.normalise_group_logo"),
605                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
606               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
607               {
608                 @Override
609                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
610                 {
611                   // TODO: pass on reference
612                   // to ap
613                   // so the
614                   // view
615                   // can be
616                   // updated.
617                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
618                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
619                   ap.repaint();
620                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
621                 }
622               });
623               popup.add(cprofn);
624             }
625             else
626             {
627               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
628                       MessageManager.getString("label.show_histogram"),
629                       av.isShowConsensusHistogram());
630               chist.addItemListener(new ItemListener()
631               {
632                 @Override
633                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
634                 {
635                   // TODO: pass on reference
636                   // to ap
637                   // so the
638                   // view
639                   // can be
640                   // updated.
641                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
642                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram
643                           .setState(chist.getState()); // TODO: implement
644                                                        // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
645                                                        // for applet
646                   ap.repaint();
647                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
648                 }
649               });
650               popup.add(chist);
651               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
652                       MessageManager.getString("label.show_logo"),
653                       av.isShowSequenceLogo());
654               cprof.addItemListener(new ItemListener()
655               {
656                 @Override
657                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
658                 {
659                   // TODO: pass on reference
660                   // to ap
661                   // so the
662                   // view
663                   // can be
664                   // updated.
665                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
666                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
667                                                                              // implement
668                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
669                                                                              // for
670                                                                              // applet
671                   ap.repaint();
672                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
673                 }
674               });
675               popup.add(cprof);
676               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
677                       MessageManager.getString("label.normalise_logo"),
678                       av.isNormaliseSequenceLogo());
679               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
680               {
681                 @Override
682                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
683                 {
684                   // TODO: pass on reference
685                   // to ap
686                   // so the
687                   // view
688                   // can be
689                   // updated.
690                   av.setShowSequenceLogo(true);
691                   ap.alignFrame.normSequenceLogo
692                           .setState(cprofn.getState()); // TODO:
693                                                         // implement
694                                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
695                                                         // for
696                                                         // applet
697                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
698                   ap.repaint();
699                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
700                 }
701               });
702               popup.add(cprofn);
703             }
704
705             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
706             item.addActionListener(this);
707             popup.add(item);
708           }
709         }
710       }
711       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
712     }
713     else
714     {
715       // selection action.
716       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
717       {
718         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
719         {
720           if (evt.getClickCount() >= 2)
721           {
722             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
723             // click highlights/scrolls, second selects
724             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
725             // process modifiers
726             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
727             if (sg == null || sg == aa[selectedRow].groupRef
728                     || !(jalview.util.Platform.isControlDown(evt)
729                             || evt.isShiftDown()))
730             {
731               if (jalview.util.Platform.isControlDown(evt)
732                       || evt.isShiftDown())
733               {
734                 // clone a new selection group from the associated group
735                 ap.av.setSelectionGroup(
736                         new SequenceGroup(aa[selectedRow].groupRef));
737               }
738               else
739               {
740                 // set selection to the associated group so it can be edited
741                 ap.av.setSelectionGroup(aa[selectedRow].groupRef);
742               }
743             }
744             else
745             {
746               // modify current selection with associated group
747               int remainToAdd = aa[selectedRow].groupRef.getSize();
748               for (SequenceI sgs : aa[selectedRow].groupRef.getSequences())
749               {
750                 if (jalview.util.Platform.isControlDown(evt))
751                 {
752                   sg.addOrRemove(sgs, --remainToAdd == 0);
753                 }
754                 else
755                 {
756                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
757                   // last added sequence ?
758                   sg.addSequence(sgs, --remainToAdd == 0);
759                 }
760               }
761             }
762             ap.paintAlignment(false, false);
763             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
764             ap.av.sendSelection();
765           }
766           else
767           {
768             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(
769                     aa[selectedRow].groupRef.getSequences(null));
770           }
771           return;
772         }
773         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
774         {
775           if (evt.getClickCount() == 1)
776           {
777             ap.seqPanel.ap.idPanel
778                     .highlightSearchResults(Arrays.asList(new SequenceI[]
779                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
780           }
781           else if (evt.getClickCount() >= 2)
782           {
783             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
784             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
785             if (sg != null)
786             {
787               // we make a copy rather than edit the current selection if no
788               // modifiers pressed
789               // see Enhancement JAL-1557
790               if (!(jalview.util.Platform.isControlDown(evt)
791                       || evt.isShiftDown()))
792               {
793                 sg = new SequenceGroup(sg);
794                 sg.clear();
795                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
796               }
797               else
798               {
799                 if (jalview.util.Platform.isControlDown(evt))
800                 {
801                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
802                 }
803                 else
804                 {
805                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
806                   // last added sequence ?
807                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
808                 }
809               }
810             }
811             else
812             {
813               sg = new SequenceGroup();
814               sg.setStartRes(0);
815               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth() - 1);
816               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
817             }
818             ap.av.setSelectionGroup(sg);
819             ap.paintAlignment(false, false);
820             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
821             ap.av.sendSelection();
822           }
823
824         }
825       }
826
827     }
828   }
829
830   /**
831    * DOCUMENT ME!
832    * 
833    * @param e
834    *          DOCUMENT ME!
835    */
836   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
837   {
838     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
839     {
840       return;
841     }
842     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
843     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences
844             .append(sq.getName() + "\t" + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd()
845                     + "\t" + sq.getSequenceAsString() + "\n");
846     if (av.hasHiddenColumns())
847     {
848       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new HiddenColumns(
849               av.getAlignment().getHiddenColumns());
850     }
851   }
852
853   @Override
854   public void update(Graphics g)
855   {
856     paint(g);
857   }
858
859   @Override
860   public void paint(Graphics g)
861   {
862     int w = getSize().width;
863     int h = getSize().height;
864     if (image == null || w != image.getWidth(this)
865             || h != image.getHeight(this))
866     {
867       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
868     }
869
870     drawComponent(image.getGraphics(), w);
871     g.drawImage(image, 0, 0, this);
872   }
873
874   public void drawComponent(Graphics g, int width)
875   {
876     g.setFont(av.getFont());
877     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
878     g.setColor(Color.white);
879     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
880
881     g.translate(0, -scrollOffset);
882     g.setColor(Color.black);
883
884     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
885     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
886     int x = 0, offset;
887
888     if (aa != null)
889     {
890       hasHiddenRows = false;
891       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
892       {
893         if (!aa[i].visible)
894         {
895           hasHiddenRows = true;
896           continue;
897         }
898
899         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
900
901         y += aa[i].height;
902         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
903
904         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
905       }
906     }
907     g.translate(0, +scrollOffset);
908
909     if (!resizePanel && !dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
910     {
911       g.setColor(Color.lightGray);
912       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
913               dragEvent.getY());
914     }
915
916     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
917     {
918       g.setColor(Color.black);
919       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
920       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
921               18);
922     }
923   }
924 }