src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationLabels\r
  30     extends Panel implements ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener\r
  31 {\r
  32   Image image;\r
  33   boolean active = false;\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   AlignViewport av;\r
  36   boolean resizing = false;\r
  37   int oldY, mouseX;\r
  38   static String EDITNAME = "Edit label/description";\r
  39   static String HIDE = "Hide this row";\r
  40   static String DELETE = "Delete this row";\r
  41   static String SHOWALL = "Show all hidden rows";\r
  42   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  43   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";\r
  44 \r
  45   int selectedRow = 0;\r
  46   int scrollOffset = 0;\r
  47 \r
  48   Tooltip tooltip;\r
  49 \r
  50   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  51   {\r
  52     this.ap = ap;\r
  53     this.av = ap.av;\r
  54     setLayout(null);\r
  55     addMouseListener(this);\r
  56     addMouseMotionListener(this);\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  60   {\r
  61     this.av = av;\r
  62   }\r
  63 \r
  64   public void setScrollOffset(int y)\r
  65   {\r
  66     scrollOffset = y;\r
  67     repaint();\r
  68   }\r
  69 \r
  70   void getSelectedRow(int y)\r
  71   {\r
  72     selectedRow = -1;\r
  73     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  74 \r
  75     if (aa == null)\r
  76     {\r
  77       return;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     int height = 0;\r
  81     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  82     {\r
  83       if (!aa[i].visible)\r
  84       {\r
  85         continue;\r
  86       }\r
  87 \r
  88       height += aa[i].height;\r
  89       if (y < height)\r
  90       {\r
  91         selectedRow = i;\r
  92         break;\r
  93       }\r
  94     }\r
  95   }\r
  96 \r
  97   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  98   {\r
  99     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 100 \r
 101     if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))\r
 102     {\r
 103       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 104           aa[selectedRow].label,\r
 105           aa[selectedRow].description,\r
 106           "       Annotation Label",\r
 107           "Annotation Description",\r
 108           ap,\r
 109           "Edit Annotation Name / Description");\r
 110 \r
 111       if (dialog.accept)\r
 112       {\r
 113         aa[selectedRow].label = dialog.getName();\r
 114         aa[selectedRow].description = dialog.getDescription();\r
 115         repaint();\r
 116       }\r
 117     }\r
 118     if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 119     {\r
 120       aa[selectedRow].visible = false;\r
 121     }\r
 122     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 123     {\r
 124       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 125       {\r
 126         aa[i].visible = true;\r
 127       }\r
 128     }\r
 129     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 130     {\r
 131       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 132       Frame frame = new Frame();\r
 133       frame.add(cap);\r
 134       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 135                                        ap.alignFrame.getTitle() + " - " +\r
 136                                        aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
 137       cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 138     }\r
 139     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))\r
 140     {\r
 141       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();\r
 142       if (cons != null)\r
 143       {\r
 144         copy_annotseqtoclipboard(cons);\r
 145       }\r
 146 \r
 147     }\r
 148     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 149     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 150     ap.validate();\r
 151     ap.paintAlignment(true);\r
 152   }\r
 153 \r
 154   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 155   {\r
 156     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);\r
 157 \r
 158     if (selectedRow > -1)\r
 159     {\r
 160       if (tooltip == null)\r
 161       {\r
 162         tooltip = new Tooltip(ap.av.alignment.\r
 163                               getAlignmentAnnotation()[selectedRow].\r
 164                               description,\r
 165                               this);\r
 166       }\r
 167       else\r
 168       {\r
 169         tooltip.setTip(ap.av.alignment.\r
 170                        getAlignmentAnnotation()[selectedRow].description);\r
 171       }\r
 172     }\r
 173     else if (tooltip != null)\r
 174     {\r
 175       tooltip.setTip("");\r
 176     }\r
 177 \r
 178   }\r
 179 \r
 180   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 181   {}\r
 182 \r
 183   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 184   {}\r
 185 \r
 186   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 187   {}\r
 188 \r
 189   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 190   {}\r
 191 \r
 192   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 193   {}\r
 194 \r
 195   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 196   {\r
 197     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 198 \r
 199     PopupMenu pop = new PopupMenu("Annotations");\r
 200 \r
 201     MenuItem item = new MenuItem(EDITNAME);\r
 202     item.addActionListener(this);\r
 203     pop.add(item);\r
 204     item = new MenuItem(HIDE);\r
 205     item.addActionListener(this);\r
 206     pop.add(item);\r
 207     item = new MenuItem(SHOWALL);\r
 208     item.addActionListener(this);\r
 209     pop.add(item);\r
 210     this.add(pop);\r
 211     item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 212     item.addActionListener(this);\r
 213     pop.add(item);\r
 214 \r
 215     if (aa[selectedRow] == ap.av.consensus)\r
 216     {\r
 217       pop.addSeparator();\r
 218       final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(\r
 219           "Ignore Gaps In Consensus",\r
 220           ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 221 \r
 222       cbmi.addItemListener(new ItemListener()\r
 223       {\r
 224         public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 225         {\r
 226           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 227           ap.paintAlignment(true);\r
 228         }\r
 229       });\r
 230       pop.add(cbmi);\r
 231       final MenuItem cpcons = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);\r
 232       cpcons.addActionListener(this);\r
 233       pop.add(cpcons);\r
 234     }\r
 235 \r
 236     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 237 \r
 238   }\r
 239 \r
 240   /**\r
 241    * DOCUMENT ME!\r
 242    *\r
 243    * @param e DOCUMENT ME!\r
 244    */\r
 245   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)\r
 246   {\r
 247     if (sq == null || sq.getLength() < 1)\r
 248     {\r
 249       return;\r
 250     }\r
 251     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();\r
 252     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t" +\r
 253         sq.getStart() + "\t" +\r
 254         sq.getEnd() + "\t" +\r
 255         sq.getSequenceAsString() + "\n");\r
 256     if (av.hasHiddenColumns)\r
 257     {\r
 258       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();\r
 259       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 260       {\r
 261         int[] region = (int[])\r
 262             av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 263 \r
 264         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
 265             {region[0],\r
 266             region[1]});\r
 267       }\r
 268     }\r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void update(Graphics g)\r
 272   {\r
 273     paint(g);\r
 274   }\r
 275 \r
 276   public void paint(Graphics g)\r
 277   {\r
 278     int w = getSize().width;\r
 279     if (image == null || w != image.getWidth(this))\r
 280     {\r
 281       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 282     }\r
 283 \r
 284     drawComponent(image.getGraphics(), w);\r
 285     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 286   }\r
 287 \r
 288   public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 289   {\r
 290     g.setFont(av.getFont());\r
 291     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());\r
 292     g.setColor(Color.white);\r
 293     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 294 \r
 295     g.translate(0, scrollOffset);\r
 296     g.setColor(Color.black);\r
 297 \r
 298     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 299     int y = g.getFont().getSize();\r
 300     int x = 0;\r
 301 \r
 302     if (aa != null)\r
 303     {\r
 304       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 305       {\r
 306         if (!aa[i].visible)\r
 307         {\r
 308           continue;\r
 309         }\r
 310 \r
 311         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 312 \r
 313         if (aa[i].graph > 0)\r
 314         {\r
 315           y += (aa[i].height / 3);\r
 316         }\r
 317 \r
 318         g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 319 \r
 320         if (aa[i].graph > 0)\r
 321         {\r
 322           y += (2 * aa[i].height / 3);\r
 323         }\r
 324         else\r
 325         {\r
 326           y += aa[i].height;\r
 327         }\r
 328       }\r
 329     }\r
 330   }\r
 331 \r
 332 }\r