src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  29         MouseListener, MouseMotionListener
  30 {
  31   Image image;
  32
  33   boolean active = false;
  34
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   AlignViewport av;
  38
  39   boolean resizing = false;
  40
  41   int oldY, mouseX;
  42
  43   static String ADDNEW = "Add New Row";
  44
  45   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  46
  47   static String HIDE = "Hide This Row";
  48
  49   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  50
  51   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  52
  53   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  54
  55   int scrollOffset = 0;
  56
  57   int selectedRow = -1;
  58
  59   Tooltip tooltip;
  60
  61   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  62   {
  63     this.ap = ap;
  64     this.av = ap.av;
  65     setLayout(null);
  66     addMouseListener(this);
  67     addMouseMotionListener(this);
  68   }
  69
  70   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
  71   {
  72     this.av = av;
  73   }
  74
  75   public void setScrollOffset(int y)
  76   {
  77     scrollOffset = y;
  78     repaint();
  79   }
  80
  81   int getSelectedRow(int y)
  82   {
  83     int row = -1;
  84     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
  85
  86     if (aa == null)
  87     {
  88       return row;
  89     }
  90
  91     int height = 0;
  92     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
  93     {
  94       if (!aa[i].visible)
  95       {
  96         continue;
  97       }
  98
  99       height += aa[i].height;
 100       if (y < height)
 101       {
 102         row = i;
 103         break;
 104       }
 105     }
 106
 107     return row;
 108   }
 109
 110   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 111   {
 112     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 113
 114     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 115     {
 116       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 117               new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]);
 118
 119       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 120       {
 121         return;
 122       }
 123
 124       ap.av.alignment.addAnnotation(newAnnotation);
 125       ap.av.alignment.setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 126     }
 127     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 128     {
 129       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 130     }
 131     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 132     {
 133       aa[selectedRow].visible = false;
 134     }
 135     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 136     {
 137       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 138       {
 139         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 140       }
 141     }
 142     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 143     {
 144       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 145               ap.alignFrame);
 146       Frame frame = new Frame();
 147       frame.add(cap);
 148       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 149               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 150       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 151     }
 152     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 153     {
 154       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 155       if (cons != null)
 156       {
 157         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 158       }
 159
 160     }
 161     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 162     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 163     ap.validate();
 164     ap.paintAlignment(true);
 165   }
 166
 167   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 168   {
 169     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 170             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 171
 172     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 173             annotation.description, "      Annotation Label",
 174             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 175             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 176
 177     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 178     empty.add(padGaps);
 179     dialog.add(empty);
 180     dialog.pack();
 181
 182     dialog.setVisible(true);
 183
 184     if (dialog.accept)
 185     {
 186       annotation.label = dialog.getName();
 187       annotation.description = dialog.getDescription();
 188       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 189       repaint();
 190       return true;
 191     }
 192     else
 193       return false;
 194
 195   }
 196
 197   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 198   {
 199     int row = getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 200
 201     if (row > -1)
 202     {
 203       if (tooltip == null)
 204       {
 205         tooltip = new Tooltip(ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[row]
 206                 .getDescription(true), this);
 207       }
 208       else
 209       {
 210         tooltip.setTip(ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[row]
 211                 .getDescription(true));
 212       }
 213     }
 214     else if (tooltip != null)
 215     {
 216       tooltip.setTip("");
 217     }
 218
 219   }
 220
 221   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 222   {
 223   }
 224
 225   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 226   {
 227   }
 228
 229   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 230   {
 231   }
 232
 233   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 234   {
 235   }
 236
 237   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 238   {
 239   }
 240
 241   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 242   {
 243     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 244
 245     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 246
 247     PopupMenu popup = new PopupMenu("Annotations");
 248
 249     MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 250     item.addActionListener(this);
 251     popup.add(item);
 252     item = new MenuItem(EDITNAME);
 253     item.addActionListener(this);
 254     popup.add(item);
 255     item = new MenuItem(HIDE);
 256     item.addActionListener(this);
 257     popup.add(item);
 258     item = new MenuItem(SHOWALL);
 259     item.addActionListener(this);
 260     popup.add(item);
 261     this.add(popup);
 262     item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 263     item.addActionListener(this);
 264     popup.add(item);
 265
 266     if (aa[selectedRow] == ap.av.consensus)
 267     {
 268       popup.addSeparator();
 269       final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 270               "Ignore Gaps In Consensus", ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 271
 272       cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 273       {
 274         public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 275         {
 276           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 277           ap.paintAlignment(true);
 278         }
 279       });
 280       popup.add(cbmi);
 281       item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 282       item.addActionListener(this);
 283       popup.add(item);
 284     }
 285
 286     popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 287
 288   }
 289
 290   /**
 291    * DOCUMENT ME!
 292    *
 293    * @param e
 294    *                DOCUMENT ME!
 295    */
 296   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 297   {
 298     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 299     {
 300       return;
 301     }
 302     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 303     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 304             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 305             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 306     if (av.hasHiddenColumns)
 307     {
 308       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 309       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 310       {
 311         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 312                 .elementAt(i);
 313
 314         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns
 315                 .addElement(new int[]
 316                 { region[0], region[1] });
 317       }
 318     }
 319   }
 320
 321   public void update(Graphics g)
 322   {
 323     paint(g);
 324   }
 325
 326   public void paint(Graphics g)
 327   {
 328     int w = getSize().width;
 329     if (image == null || w != image.getWidth(this))
 330     {
 331       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 332     }
 333
 334     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 335     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 336   }
 337
 338   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 339   {
 340     g.setFont(av.getFont());
 341     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 342     g.setColor(Color.white);
 343     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 344
 345     g.translate(0, scrollOffset);
 346     g.setColor(Color.black);
 347
 348     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 349     int y = g.getFont().getSize();
 350     int x = 0;
 351
 352     if (aa != null)
 353     {
 354       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 355       {
 356         if (!aa[i].visible)
 357         {
 358           continue;
 359         }
 360
 361         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 362
 363         if (aa[i].graph > 0)
 364         {
 365           y += (aa[i].height / 3);
 366         }
 367
 368         g.drawString(aa[i].label, x, y);
 369
 370         if (aa[i].graph > 0)
 371         {
 372           y += (2 * aa[i].height / 3);
 373         }
 374         else
 375         {
 376           y += aa[i].height;
 377         }
 378       }
 379     }
 380   }
 381
 382 }