src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 \r
  28 public class AnnotationLabels\r
  29     extends Panel implements ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener\r
  30 {\r
  31   Image image;\r
  32   boolean active = false;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   boolean resizing = false;\r
  36   int oldY, mouseX;\r
  37   static String EDITNAME = "Edit label/description";\r
  38   static String HIDE = "Hide this row";\r
  39   static String DELETE = "Delete this row";\r
  40   static String SHOWALL = "Show all hidden rows";\r
  41   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  42   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";\r
  43 \r
  44   int selectedRow = 0;\r
  45   int scrollOffset = 0;\r
  46 \r
  47   Tooltip tooltip;\r
  48 \r
  49   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  50   {\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     this.av = ap.av;\r
  53     setLayout(null);\r
  54     addMouseListener(this);\r
  55     addMouseMotionListener(this);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  59 {\r
  60   this.av = av;\r
  61 }\r
  62 \r
  63 \r
  64   public void setScrollOffset(int y)\r
  65   {\r
  66     scrollOffset = y;\r
  67     repaint();\r
  68   }\r
  69 \r
  70   void getSelectedRow(int y)\r
  71   {\r
  72     selectedRow = -1;\r
  73     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  74 \r
  75     if(aa==null)\r
  76       return;\r
  77 \r
  78     int height = 0;\r
  79     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  80     {\r
  81       if (!aa[i].visible)\r
  82       {\r
  83         continue;\r
  84       }\r
  85 \r
  86       height += aa[i].height;\r
  87       if (y < height)\r
  88       {\r
  89         selectedRow = i;\r
  90         break;\r
  91       }\r
  92     }\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  96   {\r
  97     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  98 \r
  99     if(evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))\r
 100     {\r
 101       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 102           aa[selectedRow].label,\r
 103           aa[selectedRow].description,\r
 104           "       Annotation Label",\r
 105           "Annotation Description",\r
 106           ap,\r
 107           "Edit Annotation Name / Description");\r
 108 \r
 109       if (dialog.accept)\r
 110       {\r
 111         aa[selectedRow].label = dialog.getName();\r
 112         aa[selectedRow].description = dialog.getDescription();\r
 113         repaint();\r
 114       }\r
 115     }\r
 116     if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 117     {\r
 118       aa[selectedRow].visible = false;\r
 119     }\r
 120     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 121     {\r
 122       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 123       {\r
 124         aa[i].visible = true;\r
 125       }\r
 126     }\r
 127     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 128     {\r
 129       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 130       Frame frame = new Frame();\r
 131       frame.add(cap);\r
 132       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 133                                        ap.alignFrame.getTitle() + " - " +\r
 134                                        aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
 135       cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 136     }\r
 137     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))\r
 138     {\r
 139       SequenceI cons=av.getConsensusSeq();\r
 140       if (cons!=null)\r
 141         copy_annotseqtoclipboard(cons);\r
 142 \r
 143     }\r
 144     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 145     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 146     ap.validate();\r
 147     ap.repaint();\r
 148   }\r
 149 \r
 150   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 151   {\r
 152     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);\r
 153 \r
 154     if (selectedRow > -1)\r
 155     {\r
 156       if (tooltip == null)\r
 157         tooltip = new Tooltip(ap.av.alignment.\r
 158                                           getAlignmentAnnotation()[selectedRow].\r
 159                                           description,\r
 160                                           this);\r
 161       else\r
 162         tooltip.setTip(ap.av.alignment.\r
 163                      getAlignmentAnnotation()[selectedRow].description);\r
 164     }\r
 165     else if (tooltip != null)\r
 166     {\r
 167       tooltip.setTip("");\r
 168     }\r
 169 \r
 170   }\r
 171 \r
 172   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 173   {}\r
 174   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 175   {}\r
 176   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 177   {}\r
 178   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 179   {}\r
 180   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 181   {}\r
 182   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 183   {\r
 184     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 185 \r
 186     PopupMenu pop = new PopupMenu("Annotations");\r
 187 \r
 188     MenuItem item = new MenuItem(EDITNAME);\r
 189     item.addActionListener(this);\r
 190     pop.add(item);\r
 191     item = new MenuItem(HIDE);\r
 192     item.addActionListener(this);\r
 193     pop.add(item);\r
 194     item = new MenuItem(SHOWALL);\r
 195     item.addActionListener(this);\r
 196     pop.add(item);\r
 197     this.add(pop);\r
 198     item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 199     item.addActionListener(this);\r
 200     pop.add(item);\r
 201 \r
 202     if (aa[selectedRow]==ap.av.consensus)\r
 203     {\r
 204       pop.addSeparator();\r
 205       final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(\r
 206           "Ignore Gaps In Consensus",\r
 207           ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 208 \r
 209       cbmi.addItemListener(new ItemListener()\r
 210       {\r
 211         public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 212         {\r
 213           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 214           ap.repaint();\r
 215         }\r
 216       });\r
 217       pop.add(cbmi);\r
 218       final MenuItem cpcons=new MenuItem(COPYCONS_SEQ);\r
 219       cpcons.addActionListener(this);\r
 220       pop.add(cpcons);\r
 221     }\r
 222 \r
 223      pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 224 \r
 225   }\r
 226 /**\r
 227      * DOCUMENT ME!\r
 228      *\r
 229      * @param e DOCUMENT ME!\r
 230      */\r
 231     protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)\r
 232     {\r
 233       if (sq==null || sq.getLength()<1)\r
 234         return;\r
 235       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();\r
 236       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t" +\r
 237           sq.getStart() + "\t" +\r
 238           sq.getEnd() + "\t" +\r
 239           sq.getSequenceAsString() + "\n");\r
 240       if (av.hasHiddenColumns)\r
 241       {\r
 242         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns=new Vector();\r
 243         for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 244         {\r
 245           int[] region = (int[])\r
 246               av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 247 \r
 248           jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns.addElement(new int[]{region[0],\r
 249                             region[1]});\r
 250         }\r
 251       }\r
 252     }\r
 253 \r
 254     public void update(Graphics g)\r
 255     {\r
 256       paint(g);\r
 257     }\r
 258 \r
 259   public void paint(Graphics g)\r
 260   {\r
 261     int w = getSize().width;\r
 262     if (image == null || w != image.getWidth(this))\r
 263     {\r
 264       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 265     }\r
 266 \r
 267     drawComponent(image.getGraphics(), w);\r
 268     g.drawImage(image,0,0,this);\r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 272   {\r
 273     g.setFont(av.getFont());\r
 274     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());\r
 275     g.setColor(Color.white);\r
 276     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 277 \r
 278     g.translate(0, scrollOffset);\r
 279     g.setColor(Color.black);\r
 280 \r
 281     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 282     int y = g.getFont().getSize();\r
 283     int x = 0;\r
 284 \r
 285     if (aa != null)\r
 286     {\r
 287       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 288       {\r
 289         if (!aa[i].visible)\r
 290         {\r
 291           continue;\r
 292         }\r
 293 \r
 294         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 295 \r
 296         if (aa[i].graph>0)\r
 297         {\r
 298           y += (aa[i].height / 3);\r
 299         }\r
 300 \r
 301         g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 302 \r
 303         if (aa[i].graph>0)\r
 304         {\r
 305           y += (2 * aa[i].height / 3);\r
 306         }\r
 307         else\r
 308         {\r
 309           y += aa[i].height;\r
 310         }\r
 311       }\r
 312     }\r
 313   }\r
 314 \r
 315 }\r