src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24 import java.awt.image.BufferedImage;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  28 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  29
  30 public class AnnotationPanel extends Panel implements AwtRenderPanelI, AdjustmentListener,
  31         ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener
  32 {
  33   AlignViewport av;
  34
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   int activeRow = -1;
  38
  39   Vector activeRes;
  40
  41   final String HELIX = "Helix";
  42
  43   final String SHEET = "Sheet";
  44
  45   /**
  46    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  47    */
  48   final String STEM = "RNA Helix";
  49
  50   final String LABEL = "Label";
  51
  52   final String REMOVE = "Remove Annotation";
  53
  54   final String COLOUR = "Colour";
  55
  56   final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  57
  58   final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  59
  60   Image image;
  61
  62   Graphics gg;
  63
  64   FontMetrics fm;
  65
  66   int imgWidth = 0;
  67
  68   boolean fastPaint = false;
  69
  70   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
  71   int graphStretch = -1;
  72
  73   int graphStretchY = -1;
  74
  75   boolean mouseDragging = false;
  76
  77   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;
  78
  79   boolean MAC = false;
  80
  81   public final AnnotationRenderer renderer;
  82
  83   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
  84   {
  85     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
  86     this.ap = ap;
  87     av = ap.av;
  88     setLayout(null);
  89     int height = adjustPanelHeight();
  90     ap.apvscroll.setValues(0, getSize().height, 0, height);
  91
  92     addMouseMotionListener(this);
  93
  94     addMouseListener(this);
  95
  96     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );
  97     renderer = new AnnotationRenderer();
  98   }
  99
 100   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 101   {
 102     this.av = av;
 103     renderer = new AnnotationRenderer();
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 108   {
 109   }
 110
 111   /**
 112    * DOCUMENT ME!
 113    *
 114    * @param evt
 115    *          DOCUMENT ME!
 116    */
 117   @Override
 118   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 119   {
 120     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 121     if (aa == null)
 122     {
 123       return;
 124     }
 125     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 126
 127     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 128     {
 129       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 130       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 131       anot = temp;
 132       aa[activeRow].annotations = anot;
 133     }
 134
 135     String label = "";
 136     if (av.getColumnSelection() != null && av.getColumnSelection().size() > 0
 137             && anot[av.getColumnSelection().getMin()] != null)
 138       label = anot[av.getColumnSelection().getMin()].displayCharacter;
 139
 140     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 141     {
 142       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 143       {
 144         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 145       }
 146     }
 147     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 148     {
 149       label = enterLabel(label, "Enter Label");
 150
 151       if (label == null)
 152       {
 153         return;
 154       }
 155
 156       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 157       {
 158         aa[activeRow].hasText = true;
 159       }
 160
 161       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 162       {
 163         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 164
 165         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 166           continue;
 167
 168         if (anot[index] == null)
 169         {
 170           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);
 171         }
 172
 173         anot[index].displayCharacter = label;
 174       }
 175     }
 176     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 177     {
 178       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this, Color.black,
 179               ap.alignFrame);
 180
 181       Color col = udc.getColor();
 182
 183       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 184       {
 185         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 186
 187         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 188           continue;
 189
 190         if (anot[index] == null)
 191         {
 192           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 193         }
 194
 195         anot[index].colour = col;
 196       }
 197     }
 198     else
 199     // HELIX OR SHEET
 200     {
 201       char type = 0;
 202       String symbol = "\u03B1";
 203
 204       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 205       {
 206         type = 'H';
 207       }
 208       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 209       {
 210         type = 'E';
 211         symbol = "\u03B2";
 212       }
 213
 214       // Added by LML to color stems
 215       else if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 216       {
 217         type = 'S';
 218         symbol = "\u03C3";
 219       }
 220
 221       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 222       {
 223         aa[activeRow].hasIcons = true;
 224       }
 225
 226       label = enterLabel(symbol, "Enter Label");
 227
 228       if (label == null)
 229       {
 230         return;
 231       }
 232
 233       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 234       {
 235         aa[activeRow].hasText = true;
 236       }
 237
 238       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 239       {
 240         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 241
 242         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 243           continue;
 244
 245         if (anot[index] == null)
 246         {
 247           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 248         }
 249
 250         anot[index].secondaryStructure = type;
 251         anot[index].displayCharacter = label;
 252       }
 253     }
 254
 255     aa[activeRow].validateRangeAndDisplay();
 256
 257     adjustPanelHeight();
 258     ap.alignmentChanged();
 259     repaint();
 260
 261     return;
 262   }
 263
 264   String enterLabel(String text, String label)
 265   {
 266     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(text, null, label, null,
 267             ap.alignFrame, "Enter Label", 400, 200, true);
 268
 269     if (dialog.accept)
 270       return dialog.getName();
 271     else
 272       return null;
 273   }
 274
 275   @Override
 276   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 277   {
 278     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 279     if (aa == null)
 280     {
 281       return;
 282     }
 283
 284     int height = -scrollOffset;
 285     activeRow = -1;
 286
 287     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 288     {
 289       if (aa[i].visible)
 290       {
 291         height += aa[i].height;
 292       }
 293
 294       if (evt.getY() < height)
 295       {
 296         if (aa[i].editable)
 297         {
 298           activeRow = i;
 299         }
 300         else if (aa[i].graph > 0)
 301         {
 302           // Stretch Graph
 303           graphStretch = i;
 304           graphStretchY = evt.getY();
 305         }
 306
 307         break;
 308       }
 309     }
 310
 311     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK
 312             && activeRow != -1)
 313     {
 314       if (av.getColumnSelection() == null)
 315       {
 316         return;
 317       }
 318
 319       PopupMenu pop = new PopupMenu("Structure type");
 320       MenuItem item;
 321       /*
 322        * Just display the needed structure options
 323        */
 324       if (av.getAlignment().isNucleotide() == true)
 325       {
 326         item = new MenuItem(STEM);
 327         item.addActionListener(this);
 328         pop.add(item);
 329       } else {
 330         item = new MenuItem(HELIX);
 331         item.addActionListener(this);
 332         pop.add(item);
 333         item = new MenuItem(SHEET);
 334         item.addActionListener(this);
 335         pop.add(item);
 336       }
 337       item = new MenuItem(LABEL);
 338       item.addActionListener(this);
 339       pop.add(item);
 340       item = new MenuItem(COLOUR);
 341       item.addActionListener(this);
 342       pop.add(item);
 343       item = new MenuItem(REMOVE);
 344       item.addActionListener(this);
 345       pop.add(item);
 346       ap.alignFrame.add(pop);
 347       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 348
 349       return;
 350     }
 351
 352     if (aa == null)
 353     {
 354       return;
 355     }
 356
 357     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 358   }
 359
 360   @Override
 361   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 362   {
 363     graphStretch = -1;
 364     graphStretchY = -1;
 365     mouseDragging = false;
 366     if (needValidating)
 367     {
 368       ap.validate();
 369       needValidating = false;
 370     }
 371     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 372   }
 373
 374   @Override
 375   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 376   {
 377   }
 378
 379   boolean needValidating = false;
 380
 381   @Override
 382   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 383   {
 384     if (graphStretch > -1)
 385     {
 386       av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 387               - evt.getY();
 388       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 389       {
 390         av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 391       }
 392       graphStretchY = evt.getY();
 393       av.calcPanelHeight();
 394       needValidating = true;
 395       ap.paintAlignment(true);
 396     }
 397     else
 398     {
 399       ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 400     }
 401   }
 402
 403   @Override
 404   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 405   {
 406     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 407     if (aa == null)
 408     {
 409       return;
 410     }
 411
 412     int row = -1;
 413     int height = -scrollOffset;
 414     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 415     {
 416
 417       if (aa[i].visible)
 418       {
 419         height += aa[i].height;
 420       }
 421
 422       if (evt.getY() < height)
 423       {
 424         row = i;
 425         break;
 426       }
 427     }
 428
 429     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();
 430
 431     if (av.hasHiddenColumns())
 432     {
 433       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 434     }
 435
 436     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length
 437             && aa[row].annotations[res] != null)
 438     {
 439       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));
 440       if (aa[row].annotations[res].description != null)
 441       {
 442         text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 443       }
 444       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 445     }
 446   }
 447
 448   @Override
 449   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 450   {
 451     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 452   }
 453
 454   @Override
 455   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 456   {
 457     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 458   }
 459
 460   public int adjustPanelHeight()
 461   {
 462     return adjustPanelHeight(true);
 463   }
 464
 465   public int adjustPanelHeight(boolean repaint)
 466   {
 467     int height = av.calcPanelHeight();
 468     this.setSize(new Dimension(getSize().width, height));
 469     if (repaint)
 470     {
 471       repaint();
 472     }
 473     return height;
 474   }
 475   /**
 476    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where necessary
 477    * ABSTRACT GUI METHOD
 478    * @return total height of annotation
 479    */
 480
 481   public void addEditableColumn(int i)
 482   {
 483     if (activeRow == -1)
 484     {
 485       AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 486       if (aa == null)
 487       {
 488         return;
 489       }
 490
 491       for (int j = 0; j < aa.length; j++)
 492       {
 493         if (aa[j].editable)
 494         {
 495           activeRow = j;
 496           break;
 497         }
 498       }
 499     }
 500
 501     if (activeRes == null)
 502     {
 503       activeRes = new Vector();
 504       activeRes.addElement(String.valueOf(i));
 505       return;
 506     }
 507
 508     activeRes.addElement(String.valueOf(i));
 509   }
 510
 511   @Override
 512   public void update(Graphics g)
 513   {
 514     paint(g);
 515   }
 516
 517   @Override
 518   public void paint(Graphics g)
 519   {
 520     Dimension d = getSize();
 521     imgWidth = d.width;
 522     // (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 523     if (imgWidth<1 || d.height<1)
 524     {
 525       return;
 526     }
 527     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this) || d.height != image.getHeight(this))
 528     {
 529       image = createImage(imgWidth, d.height);
 530       gg = image.getGraphics();
 531       gg.setFont(av.getFont());
 532       fm = gg.getFontMetrics();
 533       fastPaint = false;
 534     }
 535
 536     if (fastPaint)
 537     {
 538       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 539       fastPaint = false;
 540       return;
 541     }
 542
 543     gg.setColor(Color.white);
 544     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 545     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 546
 547     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 548   }
 549
 550   public void fastPaint(int horizontal)
 551   {
 552     if (horizontal == 0 || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
 553             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1)
 554     {
 555       repaint();
 556       return;
 557     }
 558
 559     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal
 560             * av.charWidth, 0);
 561     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;
 562
 563     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 564     {
 565       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 566       sr = er - horizontal;
 567     }
 568     else if (horizontal < 0)
 569     {
 570       er = sr - horizontal;
 571     }
 572
 573     gg.translate(transX, 0);
 574
 575     drawComponent(gg, sr, er);
 576
 577     gg.translate(-transX, 0);
 578
 579     fastPaint = true;
 580     repaint();
 581   }
 582
 583   /**
 584    * DOCUMENT ME!
 585    *
 586    * @param g
 587    *          DOCUMENT ME!
 588    * @param startRes
 589    *          DOCUMENT ME!
 590    * @param endRes
 591    *          DOCUMENT ME!
 592    */
 593   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 594   {
 595     Font ofont = av.getFont();
 596     g.setFont(ofont);
 597
 598     g.setColor(Color.white);
 599     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);
 600
 601     if (fm == null)
 602     {
 603       fm = g.getFontMetrics();
 604     }
 605
 606     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
 607             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
 608     {
 609       g.setColor(Color.white);
 610       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 611       g.setColor(Color.black);
 612       if (av.validCharWidth)
 613       {
 614         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);
 615       }
 616
 617       return;
 618     }
 619     g.translate(0, -scrollOffset);
 620     renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes, endRes);
 621     g.translate(0, +scrollOffset);
 622   }
 623
 624   int scrollOffset = 0;
 625
 626   public void setScrollOffset(int value)
 627   {
 628     scrollOffset = value;
 629     repaint();
 630   }
 631
 632   @Override
 633   public FontMetrics getFontMetrics()
 634   {
 635     return fm;
 636   }
 637
 638   @Override
 639   public Image getFadedImage()
 640   {
 641     return image;
 642   }
 643
 644   @Override
 645   public int getFadedImageWidth()
 646   {
 647     return imgWidth;
 648   }
 649 }