src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel implements AdjustmentListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   int activeRow = -1;\r
  35 \r
  36   Vector activeRes;\r
  37   static String HELIX = "Helix";\r
  38   static String SHEET = "Sheet";\r
  39   static String LABEL = "Label";\r
  40   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  41   static String COLOUR = "Colour";\r
  42   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  43   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  44 \r
  45   Image image;\r
  46   Graphics gg;\r
  47   FontMetrics fm;\r
  48   int imgWidth = 0;\r
  49 \r
  50   boolean fastPaint = false;\r
  51 \r
  52   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  53 \r
  54   boolean MAC = false;\r
  55 \r
  56   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  57   {\r
  58     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  59       MAC = true;\r
  60 \r
  61     this.ap = ap;\r
  62     av = ap.av;\r
  63     setLayout(null);\r
  64     adjustPanelHeight();\r
  65 \r
  66     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  67     {\r
  68       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  69       {\r
  70         doMouseMoved(evt);\r
  71       }\r
  72     });\r
  73 \r
  74     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  75   }\r
  76 \r
  77 \r
  78   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  79   {\r
  80     this.av = av;\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85   {\r
  86     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int adjustPanelHeight()\r
  90   {\r
  91     // setHeight of panels\r
  92     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  93 \r
  94 \r
  95     int height = 0;\r
  96     if (aa != null)\r
  97     {\r
  98       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  99       {\r
 100         if (!aa[i].visible)\r
 101         {\r
 102           continue;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         aa[i].height = 0;\r
 106 \r
 107         if (aa[i].hasText)\r
 108         {\r
 109           aa[i].height += av.charHeight;\r
 110         }\r
 111         if (aa[i].hasIcons)\r
 112         {\r
 113           aa[i].height += 16;\r
 114         }\r
 115 \r
 116         if (aa[i].graph>0)\r
 117         {\r
 118           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 119         }\r
 120 \r
 121         if (aa[i].height == 0)\r
 122         {\r
 123           aa[i].height = 20;\r
 124         }\r
 125         height += aa[i].height;\r
 126       }\r
 127     }\r
 128     else\r
 129     {\r
 130       height = 20;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     this.setSize(getSize().width, height);\r
 134 \r
 135     repaint();\r
 136 \r
 137     return height;\r
 138 \r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void addEditableColumn(int i)\r
 142   {\r
 143     if (activeRow == -1)\r
 144     {\r
 145       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 146       if(aa ==null)\r
 147         return;\r
 148 \r
 149       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 150       {\r
 151         if (aa[j].editable)\r
 152         {\r
 153           activeRow = j;\r
 154           break;\r
 155         }\r
 156       }\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (activeRes == null)\r
 160     {\r
 161       activeRes = new Vector();\r
 162       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 163       return;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 170   {\r
 171     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 172     if (aa == null)\r
 173     {\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     int row = -1;\r
 178     int height = 0;\r
 179     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 180     {\r
 181 \r
 182       if (aa[i].visible)\r
 183       {\r
 184         height += aa[i].height;\r
 185       }\r
 186 \r
 187       if (evt.getY() < height)\r
 188       {\r
 189         row = i;\r
 190         break;\r
 191       }\r
 192     }\r
 193 \r
 194     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 195     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 196     {\r
 197       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1) +\r
 198                                            "  " +\r
 199                                            aa[row].annotations[res].description);\r
 200       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 201     }\r
 202   }\r
 203 \r
 204   public void update(Graphics g)\r
 205   {\r
 206     paint(g);\r
 207   }\r
 208 \r
 209   public void paint(Graphics g)\r
 210   {\r
 211 \r
 212 \r
 213     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 214 \r
 215     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 216     {\r
 217       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 218       gg = image.getGraphics();\r
 219       gg.setFont(av.getFont());\r
 220       fm = gg.getFontMetrics();\r
 221       fastPaint = false;\r
 222     }\r
 223 \r
 224     if (fastPaint)\r
 225     {\r
 226       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 227       fastPaint = false;\r
 228       return;\r
 229     }\r
 230 \r
 231     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 232     g.setColor(Color.white);\r
 233     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 234     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 235   }\r
 236 \r
 237   public void fastPaint(int horizontal)\r
 238   {\r
 239     if (horizontal == 0\r
 240         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 241         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 242         )\r
 243     {\r
 244       repaint();\r
 245       return;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 249     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 250 \r
 251     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 252     {\r
 253       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 254       sr = er - horizontal;\r
 255     }\r
 256     else if (horizontal < 0)\r
 257     {\r
 258       er = sr - horizontal;\r
 259     }\r
 260 \r
 261     gg.translate(transX, 0);\r
 262 \r
 263     drawComponent(gg, sr, er);\r
 264 \r
 265     gg.translate( -transX, 0);\r
 266 \r
 267     fastPaint = true;\r
 268     repaint();\r
 269   }\r
 270 \r
 271   /**\r
 272    * DOCUMENT ME!\r
 273    *\r
 274    * @param g DOCUMENT ME!\r
 275    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 276    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 277    */\r
 278   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 279   {\r
 280     g.setFont(av.getFont());\r
 281 \r
 282     if (fm == null)\r
 283       fm = g.getFontMetrics();\r
 284 \r
 285 \r
 286       g.setColor(Color.white);\r
 287       g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);\r
 288 \r
 289       if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 290               (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 291       {\r
 292           g.setColor(Color.white);\r
 293           g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 294           g.setColor(Color.black);\r
 295           if(av.validCharWidth)\r
 296             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 297 \r
 298           return;\r
 299       }\r
 300 \r
 301       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 302 \r
 303       int x = 0;\r
 304       int y = 0;\r
 305       char lastSS;\r
 306       int lastSSX;\r
 307       int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 308       boolean validRes = false;\r
 309 \r
 310       boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 311 \r
 312 \r
 313       //\u03B2 \u03B1\r
 314       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 315       {\r
 316           AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 317 \r
 318           if (!row.visible)\r
 319           {\r
 320               continue;\r
 321           }\r
 322 \r
 323           lastSS = ' ';\r
 324           lastSSX = 0;\r
 325 \r
 326           if (row.graph>0)\r
 327           {\r
 328               if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 329                 continue;\r
 330 \r
 331               // this is so that we draw the characters below the graph\r
 332               y += row.height;\r
 333 \r
 334               if (row.hasText)\r
 335               {\r
 336                   y -= av.charHeight;\r
 337               }\r
 338           }\r
 339 \r
 340           if (row.hasText)\r
 341           {\r
 342               iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 343           }\r
 344           else\r
 345           {\r
 346               iconOffset = 0;\r
 347           }\r
 348 \r
 349           int column = startRes;\r
 350           while(column < endRes)\r
 351           {\r
 352               if ((row.annotations.length <= column) ||\r
 353                       (row.annotations[column] == null))\r
 354               {\r
 355                   validRes = false;\r
 356               }\r
 357               else\r
 358               {\r
 359                   validRes = true;\r
 360               }\r
 361 \r
 362               x = (column - startRes) * av.charWidth;\r
 363 \r
 364 \r
 365               if (av.validCharWidth && validRes &&\r
 366                         (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 367               {\r
 368                 int charOffset = (av.charWidth -\r
 369                     fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 370                             0))) / 2;\r
 371                 g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 372 \r
 373                 if (column == 0 || row.graph>0)\r
 374                 {\r
 375                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 376                         y + iconOffset + 3);\r
 377                 }\r
 378                 else if (\r
 379                     row.annotations[column - 1] == null\r
 380                     ||(!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 381                         row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 382                     ||\r
 383               (row.annotations[column].displayCharacter.length() <2 &&\r
 384                row.annotations[column].secondaryStructure==' ')))\r
 385                 {\r
 386                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 387                         y + iconOffset + 3);\r
 388                     }\r
 389               }\r
 390 \r
 391               if (row.hasIcons)\r
 392               {\r
 393                   if (!validRes ||\r
 394                           (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 395                   {\r
 396                       switch (lastSS)\r
 397                       {\r
 398                       case 'H':\r
 399                         g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 400                         if (MAC)\r
 401                         {\r
 402                           //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 403                           //to offscreen image on the MAC\r
 404                           g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 405                                           x - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 406                           break;\r
 407                         }\r
 408 \r
 409                         int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 410                         int x1 = lastSSX;\r
 411                         int x2 = x;\r
 412 \r
 413                        if(sCol==0 ||\r
 414                           row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 415                           row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 416                        {\r
 417                          g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 418                          x1 += av.charWidth/2;\r
 419                        }\r
 420 \r
 421                         if(row.annotations[column]==null ||\r
 422                            row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 423                         {\r
 424                           g.fillArc(x-av.charWidth, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 425                           x2 -= av.charWidth/2;\r
 426                         }\r
 427 \r
 428                         g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 429                             break;\r
 430 \r
 431                       case 'E':\r
 432                           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 433                           g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 434                               x - lastSSX - 4, 7);\r
 435                           g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 436                               new int[]\r
 437                               {\r
 438                                   y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 439                                   y + 8 + iconOffset\r
 440                               }, 3);\r
 441 \r
 442                           break;\r
 443 \r
 444 \r
 445                       default:\r
 446                           g.setColor(Color.gray);\r
 447                           g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 448                               x - lastSSX, 2);\r
 449 \r
 450                           break;\r
 451                       }\r
 452 \r
 453                       if (validRes)\r
 454                       {\r
 455                           lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 456                       }\r
 457                       else\r
 458                       {\r
 459                           lastSS = ' ';\r
 460                       }\r
 461 \r
 462                       lastSSX = x;\r
 463                   }\r
 464               }\r
 465 \r
 466 \r
 467           column++;\r
 468           }\r
 469 \r
 470           if(column>=row.annotations.length)\r
 471               column = row.annotations.length-1;\r
 472 \r
 473           x += av.charWidth;\r
 474 \r
 475           if (row.hasIcons)\r
 476           {\r
 477               switch (lastSS)\r
 478               {\r
 479               case 'H':\r
 480                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 481                 if (MAC)\r
 482                 {\r
 483                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 484                   //to offscreen image on the MAC\r
 485                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 486                                   x - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 487                   break;\r
 488                 }\r
 489 \r
 490 \r
 491                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 492                 int x1 = lastSSX;\r
 493                 int x2 = x;\r
 494 \r
 495                if(sCol==0 ||\r
 496                   row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 497                   row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 498                {\r
 499                  g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 500                  x1 += av.charWidth/2;\r
 501                }\r
 502 \r
 503                 if(row.annotations[column]==null ||\r
 504                    row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 505                 {\r
 506                   g.fillArc(x-av.charWidth, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 507                   x2 -= av.charWidth/2;\r
 508                 }\r
 509 \r
 510                 g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 511 \r
 512                     break;\r
 513 \r
 514               case 'E':\r
 515                   g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 516 \r
 517                   if (row.annotations[endRes] ==null\r
 518                         || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 519                   {\r
 520                     g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 521                                x - lastSSX - 4, 7);\r
 522                     g.fillPolygon(new int[]\r
 523                                   {x - 4, x - 4, x},\r
 524                                   new int[]\r
 525                                   {\r
 526                                   y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 527                                   y + 7 + iconOffset\r
 528                     }, 3);\r
 529                   }\r
 530                   else\r
 531                     g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 532                                x - lastSSX, 7);\r
 533 \r
 534                   break;\r
 535 \r
 536 \r
 537               default:\r
 538                   g.setColor(Color.gray);\r
 539                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, x - lastSSX, 2);\r
 540 \r
 541                   break;\r
 542               }\r
 543           }\r
 544 \r
 545           if (row.graph>0)\r
 546           {\r
 547               if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 548               {\r
 549                 if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 550                  {\r
 551                    float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 552                    for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 553                    {\r
 554                      if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 555                        continue;\r
 556 \r
 557                      if(aa[gg]!=row)\r
 558                        aa[gg].visible = false;\r
 559 \r
 560                      if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 561                        groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 562                      if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 563                        groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 564                    }\r
 565 \r
 566                    for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 567                    {\r
 568                      if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 569                      {\r
 570                        drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 571                                      groupmin, groupmax,\r
 572                                      row.graphHeight);\r
 573                      }\r
 574                    }\r
 575 \r
 576                    graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 577                  }\r
 578                  else\r
 579                    drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 580                                  y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 581               }\r
 582               else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 583                  drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 584                               row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 585           }\r
 586 \r
 587           if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 588           {\r
 589               y += av.charHeight;\r
 590           }\r
 591 \r
 592           if (row.graph==0)\r
 593           {\r
 594               y += aa[i].height;\r
 595           }\r
 596       }\r
 597   }\r
 598 \r
 599   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 600                             int sRes, int eRes,\r
 601                             int y,\r
 602                             float min, float max,\r
 603                             int graphHeight)\r
 604   {\r
 605     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 606       return;\r
 607 \r
 608 \r
 609 \r
 610     int x = 0;\r
 611 \r
 612     //Adjustment for fastpaint to left\r
 613     if(eRes<av.endRes)\r
 614       eRes++;\r
 615 \r
 616     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 617 \r
 618 \r
 619     if(sRes==0)\r
 620     {\r
 621       sRes++;\r
 622       x+=av.charWidth;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     int y1=y, y2=y;\r
 626     float range = max - min;\r
 627 \r
 628     ////Draw origin\r
 629     if(min<0)\r
 630       y2 = y - (int)((0-min / range)*graphHeight);\r
 631 \r
 632     g.setColor(Color.gray);\r
 633     g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 634 \r
 635 \r
 636     for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 637     {\r
 638       if(aa.annotations[j]==null || aa.annotations[j-1]==null)\r
 639       {\r
 640         x+=av.charWidth;\r
 641         continue;\r
 642       }\r
 643         g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 644         y1 = y - (int) (((aa.annotations[j-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
 645         y2 = y - (int) (((aa.annotations[j].value-min) / range) * graphHeight);\r
 646         g.drawLine(x-av.charWidth/2, y1, x+av.charWidth/2, y2);\r
 647         x += av.charWidth;\r
 648      }\r
 649 \r
 650 \r
 651      if(aa.threshold!=null)\r
 652      {\r
 653          g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 654          y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 655          g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 656      }\r
 657 \r
 658   }\r
 659 \r
 660   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 661                            int sRes, int eRes,\r
 662                            float min, float max,\r
 663                            int y)\r
 664   {\r
 665     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 666       return;\r
 667 \r
 668 \r
 669     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 670 \r
 671     int x=0, y1, y2;\r
 672 \r
 673     float range = max - min;\r
 674 \r
 675     y1 = y2 = y;\r
 676 \r
 677     if(min<0)\r
 678       y2 = y -(int)( (0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
 679 \r
 680     g.setColor(Color.gray);\r
 681 \r
 682     g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 683 \r
 684     for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 685     {\r
 686 \r
 687       if (aa.annotations[j] == null)\r
 688       {\r
 689         x += av.charWidth;\r
 690         continue;\r
 691       }\r
 692 \r
 693         g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 694         y1 = y - (int) (((aa.annotations[j].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
 695 \r
 696         if(y1-y2>0)\r
 697           g.fillRect(x, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
 698         else\r
 699           g.fillRect(x, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
 700 \r
 701         x += av.charWidth;\r
 702     }\r
 703 \r
 704 \r
 705     if(aa.threshold!=null)\r
 706     {\r
 707         g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 708         y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 709         g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 710     }\r
 711 \r
 712 \r
 713   }\r
 714 \r
 715   // used by overview window\r
 716   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 717   {\r
 718       g.setColor(Color.white);\r
 719       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 720       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 721 \r
 722       int x = 0, height;\r
 723 \r
 724       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 725       {\r
 726           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 727 \r
 728           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 729           if(height>y)\r
 730               height = y;\r
 731           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 732           x += av.charWidth;\r
 733       }\r
 734     }\r
 735 }\r