src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel implements AdjustmentListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   int activeRow = -1;\r
  35 \r
  36   Vector activeRes;\r
  37   static String HELIX = "Helix";\r
  38   static String SHEET = "Sheet";\r
  39   static String LABEL = "Label";\r
  40   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  41   static String COLOUR = "Colour";\r
  42   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  43   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  44 \r
  45   Image image;\r
  46   Graphics gg;\r
  47   FontMetrics fm;\r
  48   int imgWidth = 0;\r
  49 \r
  50   boolean fastPaint = false;\r
  51 \r
  52   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  53 \r
  54   boolean MAC = false;\r
  55 \r
  56   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  57   {\r
  58     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  59     {\r
  60       MAC = true;\r
  61     }\r
  62 \r
  63     this.ap = ap;\r
  64     av = ap.av;\r
  65     setLayout(null);\r
  66     adjustPanelHeight();\r
  67 \r
  68     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  69     {\r
  70       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  71       {\r
  72         doMouseMoved(evt);\r
  73       }\r
  74     });\r
  75 \r
  76     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  80   {\r
  81     this.av = av;\r
  82   }\r
  83 \r
  84   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85   {\r
  86     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int adjustPanelHeight()\r
  90   {\r
  91     // setHeight of panels\r
  92     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  93 \r
  94     int height = 0;\r
  95     if (aa != null)\r
  96     {\r
  97       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  98       {\r
  99         if (!aa[i].visible)\r
 100         {\r
 101           continue;\r
 102         }\r
 103 \r
 104         aa[i].height = 0;\r
 105 \r
 106         if (aa[i].hasText)\r
 107         {\r
 108           aa[i].height += av.charHeight;\r
 109         }\r
 110         if (aa[i].hasIcons)\r
 111         {\r
 112           aa[i].height += 16;\r
 113         }\r
 114 \r
 115         if (aa[i].graph > 0)\r
 116         {\r
 117           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 118         }\r
 119 \r
 120         if (aa[i].height == 0)\r
 121         {\r
 122           aa[i].height = 20;\r
 123         }\r
 124         height += aa[i].height;\r
 125       }\r
 126     }\r
 127     else\r
 128     {\r
 129       height = 20;\r
 130     }\r
 131 \r
 132     this.setSize(getSize().width, height);\r
 133 \r
 134     repaint();\r
 135 \r
 136     return height;\r
 137 \r
 138   }\r
 139 \r
 140   public void addEditableColumn(int i)\r
 141   {\r
 142     if (activeRow == -1)\r
 143     {\r
 144       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 145       if (aa == null)\r
 146       {\r
 147         return;\r
 148       }\r
 149 \r
 150       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 151       {\r
 152         if (aa[j].editable)\r
 153         {\r
 154           activeRow = j;\r
 155           break;\r
 156         }\r
 157       }\r
 158     }\r
 159 \r
 160     if (activeRes == null)\r
 161     {\r
 162       activeRes = new Vector();\r
 163       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 164       return;\r
 165     }\r
 166 \r
 167     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 171   {\r
 172     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 173     if (aa == null)\r
 174     {\r
 175       return;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     int row = -1;\r
 179     int height = 0;\r
 180     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 181     {\r
 182 \r
 183       if (aa[i].visible)\r
 184       {\r
 185         height += aa[i].height;\r
 186       }\r
 187 \r
 188       if (evt.getY() < height)\r
 189       {\r
 190         row = i;\r
 191         break;\r
 192       }\r
 193     }\r
 194 \r
 195     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 196 \r
 197     if (av.hasHiddenColumns)\r
 198     {\r
 199       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 200     }\r
 201 \r
 202     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 203     {\r
 204       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));\r
 205       if (aa[row].annotations[res].description != null)\r
 206       {\r
 207         text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 208       }\r
 209       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 210     }\r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void update(Graphics g)\r
 214   {\r
 215     paint(g);\r
 216   }\r
 217 \r
 218   public void paint(Graphics g)\r
 219   {\r
 220 \r
 221     imgWidth = getSize().width;\r
 222     //(av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 223 \r
 224     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 225     {\r
 226       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 227       gg = image.getGraphics();\r
 228       gg.setFont(av.getFont());\r
 229       fm = gg.getFontMetrics();\r
 230       fastPaint = false;\r
 231     }\r
 232 \r
 233     if (fastPaint)\r
 234     {\r
 235       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 236       fastPaint = false;\r
 237       return;\r
 238     }\r
 239 \r
 240     gg.setColor(Color.white);\r
 241     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 242     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 243 \r
 244     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 245   }\r
 246 \r
 247   public void fastPaint(int horizontal)\r
 248   {\r
 249     if (horizontal == 0\r
 250         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 251         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 252         )\r
 253     {\r
 254       repaint();\r
 255       return;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 259     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 260 \r
 261     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 262     {\r
 263       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 264       sr = er - horizontal;\r
 265     }\r
 266     else if (horizontal < 0)\r
 267     {\r
 268       er = sr - horizontal;\r
 269     }\r
 270 \r
 271     gg.translate(transX, 0);\r
 272 \r
 273     drawComponent(gg, sr, er);\r
 274 \r
 275     gg.translate( -transX, 0);\r
 276 \r
 277     fastPaint = true;\r
 278     repaint();\r
 279   }\r
 280 \r
 281   /**\r
 282    * DOCUMENT ME!\r
 283    *\r
 284    * @param g DOCUMENT ME!\r
 285    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 286    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 287    */\r
 288   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 289   {\r
 290     g.setFont(av.getFont());\r
 291 \r
 292     g.setColor(Color.white);\r
 293     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);\r
 294 \r
 295     if (fm == null)\r
 296     {\r
 297       fm = g.getFontMetrics();\r
 298     }\r
 299 \r
 300     if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 301         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 302     {\r
 303       g.setColor(Color.white);\r
 304       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 305       g.setColor(Color.black);\r
 306       if (av.validCharWidth)\r
 307       {\r
 308         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 309       }\r
 310 \r
 311       return;\r
 312     }\r
 313 \r
 314     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 315 \r
 316     int x = 0;\r
 317     int y = 0;\r
 318     int column = 0;\r
 319     char lastSS;\r
 320     int lastSSX;\r
 321     int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 322     boolean validRes = false;\r
 323 \r
 324     boolean[] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 325 \r
 326     //\u03B2 \u03B1\r
 327     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 328     {\r
 329       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 330 \r
 331       if (!row.visible)\r
 332       {\r
 333         continue;\r
 334       }\r
 335 \r
 336       lastSS = ' ';\r
 337       lastSSX = 0;\r
 338 \r
 339       if (row.graph > 0)\r
 340       {\r
 341         if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 342         {\r
 343           continue;\r
 344         }\r
 345 \r
 346         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 347         y += row.height;\r
 348 \r
 349         if (row.hasText)\r
 350         {\r
 351           y -= av.charHeight;\r
 352         }\r
 353       }\r
 354 \r
 355       if (row.hasText)\r
 356       {\r
 357         iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 358       }\r
 359       else\r
 360       {\r
 361         iconOffset = 0;\r
 362       }\r
 363 \r
 364       x = 0;\r
 365       while (x < endRes - startRes)\r
 366       {\r
 367         if (av.hasHiddenColumns)\r
 368         {\r
 369           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes + x);\r
 370           if (column > row.annotations.length - 1)\r
 371           {\r
 372             break;\r
 373           }\r
 374         }\r
 375         else\r
 376         {\r
 377           column = startRes + x;\r
 378         }\r
 379 \r
 380         if ( (row.annotations.length <= column) ||\r
 381             (row.annotations[column] == null))\r
 382         {\r
 383           validRes = false;\r
 384         }\r
 385         else\r
 386         {\r
 387           validRes = true;\r
 388         }\r
 389 \r
 390         if (av.validCharWidth && validRes &&\r
 391             (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 392         {\r
 393           int charOffset = (av.charWidth -\r
 394                             fm.charWidth(row.annotations[column].\r
 395                                          displayCharacter.charAt(\r
 396                                              0))) / 2;\r
 397           g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 398 \r
 399           if (column == 0 || row.graph > 0)\r
 400           {\r
 401             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 402                          (x * av.charWidth) + charOffset,\r
 403                          y + iconOffset + 3);\r
 404           }\r
 405           else if (\r
 406               row.annotations[column - 1] == null\r
 407               || (!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 408                   row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 409                   ||\r
 410                   (row.annotations[column].displayCharacter.length() < 2 &&\r
 411                    row.annotations[column].secondaryStructure == ' ')))\r
 412           {\r
 413             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 414                          (x * av.charWidth) + charOffset,\r
 415                          y + iconOffset + 3);\r
 416           }\r
 417         }\r
 418 \r
 419         if (row.hasIcons)\r
 420         {\r
 421           if (!validRes ||\r
 422               (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 423           {\r
 424             switch (lastSS)\r
 425             {\r
 426               case 'H':\r
 427                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 428                 if (MAC)\r
 429                 {\r
 430                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 431                   //to offscreen image on the MAC\r
 432                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 433                                   (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 434                   break;\r
 435                 }\r
 436 \r
 437                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 438                 int x1 = lastSSX;\r
 439                 int x2 = (x * av.charWidth);\r
 440 \r
 441                 if (sCol == 0 ||\r
 442                     row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 443                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 444                 {\r
 445                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90,\r
 446                             180);\r
 447                   x1 += av.charWidth / 2;\r
 448                 }\r
 449 \r
 450                 if (row.annotations[column] == null ||\r
 451                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 452                 {\r
 453                   g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,\r
 454                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270, 180);\r
 455                   x2 -= av.charWidth / 2;\r
 456                 }\r
 457 \r
 458                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 459                 break;\r
 460 \r
 461               case 'E':\r
 462                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 463                 g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 464                            (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 465                 g.fillPolygon(new int[]\r
 466                               { (x * av.charWidth) - 4,\r
 467                               (x * av.charWidth) - 4,\r
 468                               (x * av.charWidth)},\r
 469                               new int[]\r
 470                               {\r
 471                               y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 472                               y + 8 + iconOffset\r
 473                 }, 3);\r
 474 \r
 475                 break;\r
 476 \r
 477               default:\r
 478                 g.setColor(Color.gray);\r
 479                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 480                            (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 481 \r
 482                 break;\r
 483             }\r
 484 \r
 485             if (validRes)\r
 486             {\r
 487               lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 488             }\r
 489             else\r
 490             {\r
 491               lastSS = ' ';\r
 492             }\r
 493 \r
 494             lastSSX = (x * av.charWidth);\r
 495           }\r
 496         }\r
 497 \r
 498         column++;\r
 499         x++;\r
 500       }\r
 501 \r
 502       if (column >= row.annotations.length)\r
 503       {\r
 504         column = row.annotations.length - 1;\r
 505       }\r
 506 \r
 507       //  x ++;\r
 508 \r
 509       if (row.hasIcons)\r
 510       {\r
 511         switch (lastSS)\r
 512         {\r
 513           case 'H':\r
 514             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 515             if (MAC)\r
 516             {\r
 517               //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 518               //to offscreen image on the MAC\r
 519               g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 520                               (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 521               break;\r
 522             }\r
 523 \r
 524             int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 525             int x1 = lastSSX;\r
 526             int x2 = (x * av.charWidth);\r
 527 \r
 528             if (sCol == 0 ||\r
 529                 row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 530                 row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 531             {\r
 532               g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);\r
 533               x1 += av.charWidth / 2;\r
 534             }\r
 535 \r
 536             if (row.annotations[column] == null ||\r
 537                 row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 538             {\r
 539               g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,\r
 540                         y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,\r
 541                         180);\r
 542               x2 -= av.charWidth / 2;\r
 543             }\r
 544 \r
 545             g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 546 \r
 547             break;\r
 548 \r
 549           case 'E':\r
 550             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 551 \r
 552             if (row.annotations[endRes] == null\r
 553                 || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 554             {\r
 555               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 556                          (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 557               g.fillPolygon(new int[]\r
 558                             { (x * av.charWidth) - 4,\r
 559                             (x * av.charWidth) - 4,\r
 560                             (x * av.charWidth)},\r
 561                             new int[]\r
 562                             {\r
 563                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 564                             y + 7 + iconOffset\r
 565               }, 3);\r
 566             }\r
 567             else\r
 568             {\r
 569               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 570                          x * av.charWidth - lastSSX, 7);\r
 571             }\r
 572             break;\r
 573 \r
 574           default:\r
 575             g.setColor(Color.gray);\r
 576             if (!av.wrapAlignment || endRes == av.endRes)\r
 577             {\r
 578               g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 579                          (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 580             }\r
 581 \r
 582             break;\r
 583         }\r
 584       }\r
 585 \r
 586       if (row.graph > 0)\r
 587       {\r
 588         if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
 589         {\r
 590           if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 591           {\r
 592             float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;\r
 593             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 594             {\r
 595               if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)\r
 596               {\r
 597                 continue;\r
 598               }\r
 599 \r
 600               if (aa[gg] != row)\r
 601               {\r
 602                 aa[gg].visible = false;\r
 603               }\r
 604 \r
 605               if (aa[gg].graphMax > groupmax)\r
 606               {\r
 607                 groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 608               }\r
 609               if (aa[gg].graphMin < groupmin)\r
 610               {\r
 611                 groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 612               }\r
 613             }\r
 614 \r
 615             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 616             {\r
 617               if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 618               {\r
 619                 drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 620                               groupmin, groupmax,\r
 621                               row.graphHeight);\r
 622               }\r
 623             }\r
 624 \r
 625             graphGroupDrawn[row.graphGroup] = true;\r
 626           }\r
 627           else\r
 628           {\r
 629             drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 630                           y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);\r
 631           }\r
 632         }\r
 633         else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
 634         {\r
 635           drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 636                        row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 637         }\r
 638       }\r
 639 \r
 640       if (row.graph > 0 && row.hasText)\r
 641       {\r
 642         y += av.charHeight;\r
 643       }\r
 644 \r
 645       if (row.graph == 0)\r
 646       {\r
 647         y += aa[i].height;\r
 648       }\r
 649     }\r
 650   }\r
 651 \r
 652   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 653                             int sRes, int eRes,\r
 654                             int y,\r
 655                             float min, float max,\r
 656                             int graphHeight)\r
 657   {\r
 658     if (sRes > aa.annotations.length)\r
 659     {\r
 660       return;\r
 661     }\r
 662 \r
 663     int x = 0;\r
 664 \r
 665     //Adjustment for fastpaint to left\r
 666     if (eRes < av.endRes)\r
 667     {\r
 668       eRes++;\r
 669     }\r
 670 \r
 671     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 672 \r
 673     if (sRes == 0)\r
 674     {\r
 675       sRes++;\r
 676       x += av.charWidth;\r
 677     }\r
 678 \r
 679     int y1 = y, y2 = y;\r
 680     float range = max - min;\r
 681 \r
 682     ////Draw origin\r
 683     if (min < 0)\r
 684     {\r
 685       y2 = y - (int) ( (0 - min / range) * graphHeight);\r
 686     }\r
 687 \r
 688     g.setColor(Color.gray);\r
 689     g.drawLine(x - av.charWidth, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
 690 \r
 691     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 692 \r
 693     int column;\r
 694     int aaMax = aa.annotations.length - 1;\r
 695 \r
 696     while (x < eRes - sRes)\r
 697     {\r
 698       column = sRes + x;\r
 699       if (av.hasHiddenColumns)\r
 700       {\r
 701         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 702       }\r
 703 \r
 704       if (column > aaMax)\r
 705       {\r
 706         break;\r
 707       }\r
 708 \r
 709       if (aa.annotations[column] == null || aa.annotations[column - 1] == null)\r
 710       {\r
 711         x++;\r
 712         continue;\r
 713       }\r
 714 \r
 715       g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 716       y1 = y -\r
 717           (int) ( ( (aa.annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);\r
 718       y2 = y -\r
 719           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);\r
 720 \r
 721       g.drawLine(x * av.charWidth - av.charWidth / 2, y1,\r
 722                  x * av.charWidth + av.charWidth / 2, y2);\r
 723       x++;\r
 724     }\r
 725 \r
 726     if (aa.threshold != null)\r
 727     {\r
 728       g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 729 \r
 730       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);\r
 731       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
 732     }\r
 733   }\r
 734 \r
 735   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 736                            int sRes, int eRes,\r
 737                            float min, float max,\r
 738                            int y)\r
 739   {\r
 740     if (sRes > aa.annotations.length)\r
 741     {\r
 742       return;\r
 743     }\r
 744 \r
 745     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 746 \r
 747     int x = 0, y1 = y, y2 = y;\r
 748 \r
 749     float range = max - min;\r
 750 \r
 751     if (min < 0)\r
 752     {\r
 753       y2 = y - (int) ( (0 - min / (range)) * aa.graphHeight);\r
 754     }\r
 755 \r
 756     g.setColor(Color.gray);\r
 757 \r
 758     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
 759 \r
 760     int column;\r
 761     int aaMax = aa.annotations.length - 1;\r
 762 \r
 763     while (x < eRes - sRes)\r
 764     {\r
 765       column = sRes + x;\r
 766       if (av.hasHiddenColumns)\r
 767       {\r
 768         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 769       }\r
 770 \r
 771       if (column > aaMax)\r
 772       {\r
 773         break;\r
 774       }\r
 775 \r
 776       if (aa.annotations[column] == null)\r
 777       {\r
 778         x++;\r
 779         continue;\r
 780       }\r
 781 \r
 782       g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 783       y1 = y -\r
 784           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
 785 \r
 786       if (y1 - y2 > 0)\r
 787       {\r
 788         g.fillRect(x * av.charWidth, y2, av.charWidth, y1 - y2);\r
 789       }\r
 790       else\r
 791       {\r
 792         g.fillRect(x * av.charWidth, y1, av.charWidth, y2 - y1);\r
 793       }\r
 794 \r
 795       x++;\r
 796 \r
 797     }\r
 798     if (aa.threshold != null)\r
 799     {\r
 800       g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 801       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * aa.graphHeight);\r
 802       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
 803     }\r
 804   }\r
 805 \r
 806   // used by overview window\r
 807   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y,\r
 808                         int sRes, int eRes)\r
 809   {\r
 810     g.setColor(Color.white);\r
 811     g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 812     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 813 \r
 814     int x = 0, height;\r
 815 \r
 816     for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 817     {\r
 818       g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 819 \r
 820       height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 821       if (height > y)\r
 822       {\r
 823         height = y;\r
 824       }\r
 825       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 826       x += av.charWidth;\r
 827     }\r
 828   }\r
 829 }\r