src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28
  29 public class AnnotationPanel
  30     extends Panel
  31     implements AdjustmentListener, ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener
  32 {
  33   AlignViewport av;
  34   AlignmentPanel ap;
  35   int activeRow = -1;
  36
  37   Vector activeRes;
  38   static String HELIX = "Helix";
  39   static String SHEET = "Sheet";
  40   static String LABEL = "Label";
  41   static String REMOVE = "Remove Annotation";
  42   static String COLOUR = "Colour";
  43   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  44   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  45
  46   Image image;
  47   Graphics gg;
  48   FontMetrics fm;
  49   int imgWidth = 0;
  50
  51   boolean fastPaint = false;
  52   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;
  53
  54   boolean MAC = false;
  55
  56   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
  57   {
  58     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
  59     this.ap = ap;
  60     av = ap.av;
  61     setLayout(null);
  62     adjustPanelHeight();
  63
  64     addMouseMotionListener(this);
  65
  66     addMouseListener(this);
  67
  68
  69     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );
  70   }
  71
  72   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
  73   {
  74     this.av = av;
  75   }
  76
  77   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  78   {
  79     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());
  80   }
  81
  82   /**
  83    * DOCUMENT ME!
  84    *
  85    * @param evt DOCUMENT ME!
  86    */
  87   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  88   {
  89     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
  90     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
  91
  92     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
  93     {
  94       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
  95       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
  96       anot = temp;
  97       aa[activeRow].annotations = anot;
  98     }
  99
 100     String label = "";
 101     if (av.colSel != null && av.colSel.size() > 0
 102         && anot[av.colSel.getMin()] != null)
 103       label = anot[av.getColumnSelection().getMin()].displayCharacter;
 104
 105
 106     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 107     {
 108       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 109       {
 110         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 111       }
 112     }
 113     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 114     {
 115       label = enterLabel(label, "Enter Label");
 116
 117       if (label == null)
 118       {
 119         return;
 120       }
 121
 122       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 123       {
 124         aa[activeRow].hasText = true;
 125       }
 126
 127       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 128       {
 129         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 130
 131         if(!av.colSel.isVisible(index))
 132           continue;
 133
 134         if (anot[index] == null)
 135         {
 136           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);
 137         }
 138
 139         anot[index].displayCharacter = label;
 140       }
 141     }
 142     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 143     {
 144       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(
 145           this,
 146          Color.black, ap.alignFrame);
 147
 148       Color col = udc.getColor();
 149
 150       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 151       {
 152         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 153
 154         if(!av.colSel.isVisible(index))
 155           continue;
 156
 157         if (anot[index] == null)
 158         {
 159           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 160         }
 161
 162         anot[index].colour = col;
 163       }
 164     }
 165     else // HELIX OR SHEET
 166     {
 167       char type = 0;
 168       String symbol = "\u03B1";
 169
 170       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 171       {
 172         type = 'H';
 173       }
 174       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 175       {
 176         type = 'E';
 177         symbol = "\u03B2";
 178       }
 179
 180       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 181       {
 182         aa[activeRow].hasIcons = true;
 183       }
 184
 185       label = enterLabel(symbol, "Enter Label");
 186
 187       if (label == null)
 188       {
 189         return;
 190       }
 191
 192       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 193       {
 194         aa[activeRow].hasText = true;
 195       }
 196
 197       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 198       {
 199         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 200
 201         if(!av.colSel.isVisible(index))
 202           continue;
 203
 204         if (anot[index] == null)
 205         {
 206           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 207         }
 208
 209         anot[index].secondaryStructure = type;
 210         anot[index].displayCharacter = label;
 211       }
 212     }
 213
 214     adjustPanelHeight();
 215     repaint();
 216
 217     return;
 218   }
 219
 220   String enterLabel(String text, String label)
 221   {
 222     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(text,null,label,null,
 223         ap.alignFrame,"Enter Label", 400,200, true);
 224
 225     if(dialog.accept)
 226       return dialog.getName();
 227     else
 228       return null;
 229   }
 230
 231   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 232   {
 233       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 234       if (aa == null)
 235       {
 236         return;
 237       }
 238
 239       int height = 0;
 240       activeRow = -1;
 241
 242
 243       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 244       {
 245         if (aa[i].visible)
 246         {
 247           height += aa[i].height;
 248         }
 249
 250         if (evt.getY() < height)
 251         {
 252           if (aa[i].editable)
 253           {
 254             activeRow = i;
 255           }
 256
 257           break;
 258         }
 259       }
 260
 261       if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==
 262         InputEvent.BUTTON3_MASK  && activeRow != -1)
 263       {
 264         if (av.getColumnSelection() == null)
 265         {
 266           return;
 267         }
 268
 269         PopupMenu pop = new PopupMenu("Structure type");
 270         MenuItem item = new MenuItem(HELIX);
 271         item.addActionListener(this);
 272         pop.add(item);
 273         item = new MenuItem(SHEET);
 274         item.addActionListener(this);
 275         pop.add(item);
 276         item = new MenuItem(LABEL);
 277         item.addActionListener(this);
 278         pop.add(item);
 279         item = new MenuItem(COLOUR);
 280         item.addActionListener(this);
 281         pop.add(item);
 282         item = new MenuItem(REMOVE);
 283         item.addActionListener(this);
 284         pop.add(item);
 285         ap.alignFrame.add(pop);
 286         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 287
 288         return;
 289       }
 290
 291       if (aa == null)
 292       {
 293         return;
 294       }
 295
 296       ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 297   }
 298
 299   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 300   {
 301     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 302   }
 303
 304   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 305   {}
 306
 307   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 308   {
 309     ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 310   }
 311
 312   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 313   {
 314     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 315     if (aa == null)
 316     {
 317       return;
 318     }
 319
 320     int row = -1;
 321     int height = 0;
 322     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 323     {
 324
 325       if (aa[i].visible)
 326       {
 327         height += aa[i].height;
 328       }
 329
 330       if (evt.getY() < height)
 331       {
 332         row = i;
 333         break;
 334       }
 335     }
 336
 337     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();
 338
 339     if (av.hasHiddenColumns)
 340     {
 341       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 342     }
 343
 344     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)
 345     {
 346       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));
 347       if (aa[row].annotations[res].description != null)
 348       {
 349         text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 350       }
 351       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 352     }
 353   }
 354   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 355   {
 356     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 357   }
 358   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 359   {
 360     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 361   }
 362
 363
 364   public int adjustPanelHeight()
 365   {
 366     // setHeight of panels
 367     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 368     int height = 0;
 369
 370     if (aa != null)
 371     {
 372       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 373       {
 374         if (!aa[i].visible)
 375         {
 376           continue;
 377         }
 378
 379         aa[i].height = 0;
 380
 381         if (aa[i].hasText)
 382         {
 383           aa[i].height += av.charHeight;
 384         }
 385
 386         if (aa[i].hasIcons)
 387         {
 388           aa[i].height += 16;
 389         }
 390
 391         if (aa[i].graph > 0)
 392         {
 393           aa[i].height += aa[i].graphHeight;
 394         }
 395
 396         if (aa[i].height == 0)
 397         {
 398           aa[i].height = 20;
 399         }
 400
 401         height += aa[i].height;
 402       }
 403     }
 404     else
 405     {
 406       height = 20;
 407     }
 408
 409     this.setSize(getSize().width, height);
 410
 411     repaint();
 412
 413     return height;
 414
 415   }
 416
 417   public void addEditableColumn(int i)
 418   {
 419     if (activeRow == -1)
 420     {
 421       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 422       if (aa == null)
 423       {
 424         return;
 425       }
 426
 427       for (int j = 0; j < aa.length; j++)
 428       {
 429         if (aa[j].editable)
 430         {
 431           activeRow = j;
 432           break;
 433         }
 434       }
 435     }
 436
 437     if (activeRes == null)
 438     {
 439       activeRes = new Vector();
 440       activeRes.addElement(String.valueOf(i));
 441       return;
 442     }
 443
 444     activeRes.addElement(String.valueOf(i));
 445   }
 446
 447
 448   public void update(Graphics g)
 449   {
 450     paint(g);
 451   }
 452
 453   public void paint(Graphics g)
 454   {
 455
 456     imgWidth = getSize().width;
 457     //(av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 458
 459     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))
 460     {
 461       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);
 462       gg = image.getGraphics();
 463       gg.setFont(av.getFont());
 464       fm = gg.getFontMetrics();
 465       fastPaint = false;
 466     }
 467
 468     if (fastPaint)
 469     {
 470       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 471       fastPaint = false;
 472       return;
 473     }
 474
 475     gg.setColor(Color.white);
 476     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 477     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 478
 479     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 480   }
 481
 482   public void fastPaint(int horizontal)
 483   {
 484     if (horizontal == 0
 485         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null
 486         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1
 487         )
 488     {
 489       repaint();
 490       return;
 491     }
 492
 493     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);
 494     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;
 495
 496     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 497     {
 498       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 499       sr = er - horizontal;
 500     }
 501     else if (horizontal < 0)
 502     {
 503       er = sr - horizontal;
 504     }
 505
 506     gg.translate(transX, 0);
 507
 508     drawComponent(gg, sr, er);
 509
 510     gg.translate( -transX, 0);
 511
 512     fastPaint = true;
 513     repaint();
 514   }
 515
 516   /**
 517    * DOCUMENT ME!
 518    *
 519    * @param g DOCUMENT ME!
 520    * @param startRes DOCUMENT ME!
 521    * @param endRes DOCUMENT ME!
 522    */
 523   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 524   {
 525     g.setFont(av.getFont());
 526
 527     g.setColor(Color.white);
 528     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);
 529
 530     if (fm == null)
 531     {
 532       fm = g.getFontMetrics();
 533     }
 534
 535     if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||
 536         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))
 537     {
 538       g.setColor(Color.white);
 539       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 540       g.setColor(Color.black);
 541       if (av.validCharWidth)
 542       {
 543         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);
 544       }
 545
 546       return;
 547     }
 548
 549     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 550
 551     int x = 0;
 552     int y = 0;
 553     int column = 0;
 554     char lastSS;
 555     int lastSSX;
 556     int iconOffset = av.charHeight / 2;
 557     boolean validRes = false;
 558
 559     boolean[] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];
 560
 561     //\u03B2 \u03B1
 562     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 563     {
 564       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 565
 566       if (!row.visible)
 567       {
 568         continue;
 569       }
 570
 571       lastSS = ' ';
 572       lastSSX = 0;
 573
 574       if (row.graph > 0)
 575       {
 576         if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 577         {
 578           continue;
 579         }
 580
 581         // this is so that we draw the characters below the graph
 582         y += row.height;
 583
 584         if (row.hasText)
 585         {
 586           y -= av.charHeight;
 587         }
 588       }
 589
 590       if (row.hasText)
 591       {
 592         iconOffset = av.charHeight / 2;
 593       }
 594       else
 595       {
 596         iconOffset = 0;
 597       }
 598
 599       x = 0;
 600       while (x < endRes - startRes)
 601       {
 602         if (av.hasHiddenColumns)
 603         {
 604           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 605           if (column > row.annotations.length - 1)
 606           {
 607             break;
 608           }
 609         }
 610         else
 611         {
 612           column = startRes + x;
 613         }
 614
 615         if ( (row.annotations.length <= column) ||
 616             (row.annotations[column] == null))
 617         {
 618           validRes = false;
 619         }
 620         else
 621         {
 622           validRes = true;
 623         }
 624
 625         if (activeRow == i)
 626         {
 627           g.setColor(Color.red);
 628
 629           if (av.getColumnSelection() != null)
 630           {
 631             for (int n = 0; n < av.getColumnSelection().size(); n++)
 632             {
 633               int v = av.getColumnSelection().columnAt(n);
 634
 635               if (v == column)
 636               {
 637                 g.fillRect(x * av.charWidth, y,
 638                            av.charWidth, av.charHeight);
 639               }
 640             }
 641           }
 642         }
 643
 644
 645
 646         if (av.validCharWidth && validRes &&
 647             (row.annotations[column].displayCharacter!=null && row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))
 648         {
 649           int charOffset = (av.getCentreColumnLabels()) ? ((av.charWidth -
 650                   fm.charsWidth(row.annotations[column].
 651                                displayCharacter.toCharArray(),0,
 652                                row.annotations[column].
 653                                displayCharacter.length())) / 2)
 654                                : (av.charWidth - fm.charWidth(row.annotations[column].
 655                                        displayCharacter.charAt(0))) / 2;
 656
 657           if (row.annotations[column].colour == null)
 658             g.setColor(Color.black);
 659           else
 660             g.setColor(row.annotations[column].colour);
 661
 662           if (column == 0 || row.graph > 0)
 663           {
 664             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,
 665                          (x * av.charWidth) + charOffset,
 666                          y + iconOffset + 3);
 667           }
 668           else if (
 669               row.annotations[column - 1] == null
 670               || (!row.annotations[column].displayCharacter.equals(
 671                   row.annotations[column - 1].displayCharacter)
 672                   ||
 673                   (row.annotations[column].displayCharacter.length() < 2 &&
 674                    row.annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 675           {
 676             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,
 677                          (x * av.charWidth) + charOffset,
 678                          y + iconOffset + 3);
 679           }
 680         }
 681
 682         if (row.hasIcons)
 683         {
 684           if (!validRes ||
 685               (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))
 686           {
 687             switch (lastSS)
 688             {
 689               case 'H':
 690                 g.setColor(HELIX_COLOUR);
 691                 if (MAC)
 692                 {
 693                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals
 694                   //to offscreen image on the MAC
 695                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 696                                   (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);
 697                   break;
 698                 }
 699
 700                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;
 701                 int x1 = lastSSX;
 702                 int x2 = (x * av.charWidth);
 703
 704                 if (sCol == 0 ||
 705                     row.annotations[sCol - 1] == null ||
 706                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 707                 {
 708                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90,
 709                             180);
 710                   x1 += av.charWidth / 2;
 711                 }
 712
 713                 if (row.annotations[column] == null ||
 714                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 715                 {
 716                   g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,
 717                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270, 180);
 718                   x2 -= av.charWidth / 2;
 719                 }
 720
 721                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
 722                 break;
 723
 724               case 'E':
 725                 g.setColor(SHEET_COLOUR);
 726                 g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 727                            (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);
 728                 g.fillPolygon(new int[]
 729                               { (x * av.charWidth) - 4,
 730                               (x * av.charWidth) - 4,
 731                               (x * av.charWidth)},
 732                               new int[]
 733                               {
 734                               y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 735                               y + 8 + iconOffset
 736                 }, 3);
 737
 738                 break;
 739
 740               default:
 741                 g.setColor(Color.gray);
 742                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 743                            (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);
 744
 745                 break;
 746             }
 747
 748             if (validRes)
 749             {
 750               lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;
 751             }
 752             else
 753             {
 754               lastSS = ' ';
 755             }
 756
 757             lastSSX = (x * av.charWidth);
 758           }
 759         }
 760
 761         column++;
 762         x++;
 763       }
 764
 765       if (column >= row.annotations.length)
 766       {
 767         column = row.annotations.length - 1;
 768       }
 769
 770       //  x ++;
 771
 772       if (row.hasIcons)
 773       {
 774         switch (lastSS)
 775         {
 776           case 'H':
 777             g.setColor(HELIX_COLOUR);
 778             if (MAC)
 779             {
 780               //Off by 1 offset when drawing rects and ovals
 781               //to offscreen image on the MAC
 782               g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 783                               (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);
 784               break;
 785             }
 786
 787             int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;
 788             int x1 = lastSSX;
 789             int x2 = (x * av.charWidth);
 790
 791             if (sCol == 0 ||
 792                 row.annotations[sCol - 1] == null ||
 793                 row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 794             {
 795               g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);
 796               x1 += av.charWidth / 2;
 797             }
 798
 799             if (row.annotations[column] == null ||
 800                 row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 801             {
 802               g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,
 803                         y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,
 804                         180);
 805               x2 -= av.charWidth / 2;
 806             }
 807
 808             g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
 809
 810             break;
 811
 812           case 'E':
 813             g.setColor(SHEET_COLOUR);
 814
 815             if (row.annotations[endRes] == null
 816                 || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')
 817             {
 818               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 819                          (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);
 820               g.fillPolygon(new int[]
 821                             { (x * av.charWidth) - 4,
 822                             (x * av.charWidth) - 4,
 823                             (x * av.charWidth)},
 824                             new int[]
 825                             {
 826                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 827                             y + 7 + iconOffset
 828               }, 3);
 829             }
 830             else
 831             {
 832               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 833                          x * av.charWidth - lastSSX, 7);
 834             }
 835             break;
 836
 837           default:
 838             g.setColor(Color.gray);
 839             if (!av.wrapAlignment || endRes == av.endRes)
 840             {
 841               g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 842                          (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);
 843             }
 844
 845             break;
 846         }
 847       }
 848
 849       if (row.graph > 0)
 850       {
 851         if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 852         {
 853           if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 854           {
 855             float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 856             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 857             {
 858               if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 859               {
 860                 continue;
 861               }
 862
 863               if (aa[gg] != row)
 864               {
 865                 aa[gg].visible = false;
 866               }
 867
 868               if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 869               {
 870                 groupmax = aa[gg].graphMax;
 871               }
 872               if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 873               {
 874                 groupmin = aa[gg].graphMin;
 875               }
 876             }
 877
 878             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 879             {
 880               if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
 881               {
 882                 drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,
 883                               groupmin, groupmax,
 884                               row.graphHeight);
 885               }
 886             }
 887
 888             graphGroupDrawn[row.graphGroup] = true;
 889           }
 890           else
 891           {
 892             drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,
 893                           y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
 894           }
 895         }
 896         else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
 897         {
 898           drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,
 899                        row.graphMin, row.graphMax, y);
 900         }
 901       }
 902
 903       if (row.graph > 0 && row.hasText)
 904       {
 905         y += av.charHeight;
 906       }
 907
 908       if (row.graph == 0)
 909       {
 910         y += aa[i].height;
 911       }
 912     }
 913   }
 914
 915   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,
 916                             int sRes, int eRes,
 917                             int y,
 918                             float min, float max,
 919                             int graphHeight)
 920   {
 921     if (sRes > aa.annotations.length)
 922     {
 923       return;
 924     }
 925
 926     int x = 0;
 927
 928     //Adjustment for fastpaint to left
 929     if (eRes < av.endRes)
 930     {
 931       eRes++;
 932     }
 933
 934     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 935
 936     int y1 = y, y2 = y;
 937     float range = max - min;
 938
 939     ////Draw origin
 940     if (min < 0)
 941     {
 942       y2 = y - (int) ( (0 - min / range) * graphHeight);
 943     }
 944
 945     g.setColor(Color.gray);
 946     g.drawLine(x - av.charWidth, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
 947
 948     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 949
 950     int column;
 951     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
 952
 953     while (x < eRes - sRes)
 954     {
 955       column = sRes + x;
 956       if (av.hasHiddenColumns)
 957       {
 958         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);
 959       }
 960
 961       if (column > aaMax)
 962       {
 963         break;
 964       }
 965
 966       if (aa.annotations[column] == null) //  || coaa.annotations[column - 1] == null)
 967       {
 968         x++;
 969         continue;
 970       }
 971
 972       if (aa.annotations[column].colour == null)
 973         g.setColor(Color.black);
 974       else
 975         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
 976       if (column==0 || aa.annotations[column-1]==null)
 977       {
 978         y1 = y -
 979         (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
 980       } else {
 981         y1 = y -
 982         (int) ( ( (aa.annotations[column-1].value - min) / range) * graphHeight);
 983       }
 984       y2 = y -
 985           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
 986
 987       g.drawLine(x * av.charWidth - av.charWidth / 2, y1,
 988                  x * av.charWidth + av.charWidth / 2, y2);
 989       x++;
 990     }
 991
 992     if (aa.threshold != null)
 993     {
 994       g.setColor(aa.threshold.colour);
 995
 996       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
 997       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
 998     }
 999   }
1000
1001   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,
1002                            int sRes, int eRes,
1003                            float min, float max,
1004                            int y)
1005   {
1006     if (sRes > aa.annotations.length)
1007     {
1008       return;
1009     }
1010
1011     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
1012
1013     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1014
1015     float range = max - min;
1016
1017     if (min < 0)
1018     {
1019       y2 = y - (int) ( (0 - min / (range)) * aa.graphHeight);
1020     }
1021
1022     g.setColor(Color.gray);
1023
1024     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
1025
1026     int column;
1027     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
1028
1029     while (x < eRes - sRes)
1030     {
1031       column = sRes + x;
1032       if (av.hasHiddenColumns)
1033       {
1034         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);
1035       }
1036
1037       if (column > aaMax)
1038       {
1039         break;
1040       }
1041
1042       if (aa.annotations[column] == null)
1043       {
1044         x++;
1045         continue;
1046       }
1047
1048       if (aa.annotations[column].colour == null)
1049         g.setColor(Color.black);
1050       else
1051         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
1052
1053       y1 = y -
1054           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / (range)) * aa.graphHeight);
1055
1056       if (y1 - y2 > 0)
1057       {
1058         g.fillRect(x * av.charWidth, y2, av.charWidth, y1 - y2);
1059       }
1060       else
1061       {
1062         g.fillRect(x * av.charWidth, y1, av.charWidth, y2 - y1);
1063       }
1064
1065       x++;
1066
1067     }
1068     if (aa.threshold != null)
1069     {
1070       g.setColor(aa.threshold.colour);
1071       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * aa.graphHeight);
1072       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
1073     }
1074   }
1075
1076   // used by overview window
1077   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y,
1078                         int sRes, int eRes)
1079   {
1080     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
1081     g.setColor(Color.white);
1082     g.fillRect(0, 0, width, y);
1083     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1084
1085     int x = 0, height;
1086
1087     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1088     {
1089       if (aa.annotations[j].colour == null)
1090         g.setColor(Color.black);
1091       else
1092         g.setColor(aa.annotations[j].colour);
1093
1094       height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);
1095       if (height > y)
1096       {
1097         height = y;
1098       }
1099       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);
1100       x += av.charWidth;
1101     }
1102   }
1103 }