src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel\r
  31     implements AdjustmentListener, ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener\r
  32 {\r
  33   AlignViewport av;\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   int activeRow = -1;\r
  36 \r
  37   Vector activeRes;\r
  38   static String HELIX = "Helix";\r
  39   static String SHEET = "Sheet";\r
  40   static String LABEL = "Label";\r
  41   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  42   static String COLOUR = "Colour";\r
  43   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  44   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  45 \r
  46   Image image;\r
  47   Graphics gg;\r
  48   FontMetrics fm;\r
  49   int imgWidth = 0;\r
  50 \r
  51   boolean fastPaint = false;\r
  52 \r
  53   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  54 \r
  55   boolean MAC = false;\r
  56 \r
  57   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  58   {\r
  59     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  60     {\r
  61       MAC = true;\r
  62     }\r
  63 \r
  64     this.ap = ap;\r
  65     av = ap.av;\r
  66     setLayout(null);\r
  67     adjustPanelHeight();\r
  68 \r
  69     addMouseMotionListener(this);\r
  70 \r
  71     addMouseListener(this);\r
  72 \r
  73 \r
  74     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  78   {\r
  79     this.av = av;\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  83   {\r
  84     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  85   }\r
  86 \r
  87   /**\r
  88    * DOCUMENT ME!\r
  89    *\r
  90    * @param evt DOCUMENT ME!\r
  91    */\r
  92   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  93   {\r
  94     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  95     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
  96 \r
  97     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())\r
  98     {\r
  99       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];\r
 100       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);\r
 101       anot = temp;\r
 102       aa[activeRow].annotations = anot;\r
 103     }\r
 104 \r
 105     String label = "";\r
 106     if (av.colSel != null && av.colSel.size() > 0\r
 107         && anot[av.colSel.getMin()] != null)\r
 108       label = anot[av.getColumnSelection().getMin()].displayCharacter;\r
 109 \r
 110 \r
 111     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 112     {\r
 113       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 114       {\r
 115         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;\r
 116       }\r
 117     }\r
 118     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 119     {\r
 120       label = enterLabel(label, "Enter Label");\r
 121 \r
 122       if (label == null)\r
 123       {\r
 124         return;\r
 125       }\r
 126 \r
 127       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 128       {\r
 129         aa[activeRow].hasText = true;\r
 130       }\r
 131 \r
 132       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 133       {\r
 134         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 135 \r
 136         if(!av.colSel.isVisible(index))\r
 137           continue;\r
 138 \r
 139         if (anot[index] == null)\r
 140         {\r
 141           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 142         }\r
 143 \r
 144         anot[index].displayCharacter = label;\r
 145       }\r
 146     }\r
 147     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 148     {\r
 149       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(\r
 150           this,\r
 151          Color.black, ap.alignFrame);\r
 152 \r
 153       Color col = udc.getColor();\r
 154 \r
 155       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 156       {\r
 157         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 158 \r
 159         if(!av.colSel.isVisible(index))\r
 160           continue;\r
 161 \r
 162         if (anot[index] == null)\r
 163         {\r
 164           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 165         }\r
 166 \r
 167         anot[index].colour = col;\r
 168       }\r
 169     }\r
 170     else // HELIX OR SHEET\r
 171     {\r
 172       char type = 0;\r
 173       String symbol = "\u03B1";\r
 174 \r
 175       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 176       {\r
 177         type = 'H';\r
 178       }\r
 179       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 180       {\r
 181         type = 'E';\r
 182         symbol = "\u03B2";\r
 183       }\r
 184 \r
 185       if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 186       {\r
 187         aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 188       }\r
 189 \r
 190       label = enterLabel(symbol, "Enter Label");\r
 191 \r
 192       if (label == null)\r
 193       {\r
 194         return;\r
 195       }\r
 196 \r
 197       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 198       {\r
 199         aa[activeRow].hasText = true;\r
 200       }\r
 201 \r
 202       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 203       {\r
 204         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 205 \r
 206         if(!av.colSel.isVisible(index))\r
 207           continue;\r
 208 \r
 209         if (anot[index] == null)\r
 210         {\r
 211           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 212         }\r
 213 \r
 214         anot[index].secondaryStructure = type;\r
 215         anot[index].displayCharacter = label;\r
 216       }\r
 217     }\r
 218 \r
 219     adjustPanelHeight();\r
 220     repaint();\r
 221 \r
 222     return;\r
 223   }\r
 224 \r
 225   String enterLabel(String text, String label)\r
 226   {\r
 227     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(text,null,label,null,\r
 228         ap.alignFrame,"Enter Label", 400,200, true);\r
 229 \r
 230     if(dialog.accept)\r
 231       return dialog.getName();\r
 232     else\r
 233       return null;\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 237   {\r
 238       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 239       if (aa == null)\r
 240       {\r
 241         return;\r
 242       }\r
 243 \r
 244       int height = 0;\r
 245       activeRow = -1;\r
 246 \r
 247 \r
 248       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 249       {\r
 250         if (aa[i].visible)\r
 251         {\r
 252           height += aa[i].height;\r
 253         }\r
 254 \r
 255         if (evt.getY() < height)\r
 256         {\r
 257           if (aa[i].editable)\r
 258           {\r
 259             activeRow = i;\r
 260           }\r
 261 \r
 262           break;\r
 263         }\r
 264       }\r
 265 \r
 266       if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 267         InputEvent.BUTTON3_MASK  && activeRow != -1)\r
 268       {\r
 269         if (av.getColumnSelection() == null)\r
 270         {\r
 271           return;\r
 272         }\r
 273 \r
 274         PopupMenu pop = new PopupMenu("Structure type");\r
 275         MenuItem item = new MenuItem(HELIX);\r
 276         item.addActionListener(this);\r
 277         pop.add(item);\r
 278         item = new MenuItem(SHEET);\r
 279         item.addActionListener(this);\r
 280         pop.add(item);\r
 281         item = new MenuItem(LABEL);\r
 282         item.addActionListener(this);\r
 283         pop.add(item);\r
 284         item = new MenuItem(COLOUR);\r
 285         item.addActionListener(this);\r
 286         pop.add(item);\r
 287         item = new MenuItem(REMOVE);\r
 288         item.addActionListener(this);\r
 289         pop.add(item);\r
 290         ap.alignFrame.add(pop);\r
 291         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 292 \r
 293         return;\r
 294       }\r
 295 \r
 296       if (aa == null)\r
 297       {\r
 298         return;\r
 299       }\r
 300 \r
 301       ap.scalePanel.mousePressed(evt);\r
 302   }\r
 303 \r
 304   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 305   {\r
 306     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);\r
 307   }\r
 308 \r
 309   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 310   {}\r
 311 \r
 312   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 313   {\r
 314     ap.scalePanel.mouseDragged(evt);\r
 315   }\r
 316 \r
 317   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 318   {\r
 319     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 320     if (aa == null)\r
 321     {\r
 322       return;\r
 323     }\r
 324 \r
 325     int row = -1;\r
 326     int height = 0;\r
 327     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 328     {\r
 329 \r
 330       if (aa[i].visible)\r
 331       {\r
 332         height += aa[i].height;\r
 333       }\r
 334 \r
 335       if (evt.getY() < height)\r
 336       {\r
 337         row = i;\r
 338         break;\r
 339       }\r
 340     }\r
 341 \r
 342     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 343 \r
 344     if (av.hasHiddenColumns)\r
 345     {\r
 346       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 347     }\r
 348 \r
 349     if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 350     {\r
 351       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));\r
 352       if (aa[row].annotations[res].description != null)\r
 353       {\r
 354         text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 355       }\r
 356       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 357     }\r
 358   }\r
 359   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 360   {\r
 361     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);\r
 362   }\r
 363   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 364   {\r
 365     ap.scalePanel.mouseExited(evt);\r
 366   }\r
 367 \r
 368 \r
 369   public int adjustPanelHeight()\r
 370   {\r
 371     // setHeight of panels\r
 372     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 373     int height = 0;\r
 374 \r
 375     if (aa != null)\r
 376     {\r
 377       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 378       {\r
 379         if (!aa[i].visible)\r
 380         {\r
 381           continue;\r
 382         }\r
 383 \r
 384         aa[i].height = 0;\r
 385 \r
 386         if (aa[i].hasText)\r
 387         {\r
 388           aa[i].height += av.charHeight;\r
 389         }\r
 390 \r
 391         if (aa[i].hasIcons)\r
 392         {\r
 393           aa[i].height += 16;\r
 394         }\r
 395 \r
 396         if (aa[i].graph > 0)\r
 397         {\r
 398           aa[i].height += aa[i].graphHeight;\r
 399         }\r
 400 \r
 401         if (aa[i].height == 0)\r
 402         {\r
 403           aa[i].height = 20;\r
 404         }\r
 405 \r
 406         height += aa[i].height;\r
 407       }\r
 408     }\r
 409     else\r
 410     {\r
 411       height = 20;\r
 412     }\r
 413 \r
 414     this.setSize(getSize().width, height);\r
 415 \r
 416     repaint();\r
 417 \r
 418     return height;\r
 419 \r
 420   }\r
 421 \r
 422   public void addEditableColumn(int i)\r
 423   {\r
 424     if (activeRow == -1)\r
 425     {\r
 426       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 427       if (aa == null)\r
 428       {\r
 429         return;\r
 430       }\r
 431 \r
 432       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 433       {\r
 434         if (aa[j].editable)\r
 435         {\r
 436           activeRow = j;\r
 437           break;\r
 438         }\r
 439       }\r
 440     }\r
 441 \r
 442     if (activeRes == null)\r
 443     {\r
 444       activeRes = new Vector();\r
 445       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 446       return;\r
 447     }\r
 448 \r
 449     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 450   }\r
 451 \r
 452 \r
 453   public void update(Graphics g)\r
 454   {\r
 455     paint(g);\r
 456   }\r
 457 \r
 458   public void paint(Graphics g)\r
 459   {\r
 460 \r
 461     imgWidth = getSize().width;\r
 462     //(av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 463 \r
 464     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 465     {\r
 466       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 467       gg = image.getGraphics();\r
 468       gg.setFont(av.getFont());\r
 469       fm = gg.getFontMetrics();\r
 470       fastPaint = false;\r
 471     }\r
 472 \r
 473     if (fastPaint)\r
 474     {\r
 475       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 476       fastPaint = false;\r
 477       return;\r
 478     }\r
 479 \r
 480     gg.setColor(Color.white);\r
 481     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 482     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 483 \r
 484     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 485   }\r
 486 \r
 487   public void fastPaint(int horizontal)\r
 488   {\r
 489     if (horizontal == 0\r
 490         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 491         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 492         )\r
 493     {\r
 494       repaint();\r
 495       return;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 499     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 500 \r
 501     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 502     {\r
 503       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 504       sr = er - horizontal;\r
 505     }\r
 506     else if (horizontal < 0)\r
 507     {\r
 508       er = sr - horizontal;\r
 509     }\r
 510 \r
 511     gg.translate(transX, 0);\r
 512 \r
 513     drawComponent(gg, sr, er);\r
 514 \r
 515     gg.translate( -transX, 0);\r
 516 \r
 517     fastPaint = true;\r
 518     repaint();\r
 519   }\r
 520 \r
 521   /**\r
 522    * DOCUMENT ME!\r
 523    *\r
 524    * @param g DOCUMENT ME!\r
 525    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 526    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 527    */\r
 528   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 529   {\r
 530     g.setFont(av.getFont());\r
 531 \r
 532     g.setColor(Color.white);\r
 533     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);\r
 534 \r
 535     if (fm == null)\r
 536     {\r
 537       fm = g.getFontMetrics();\r
 538     }\r
 539 \r
 540     if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 541         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 542     {\r
 543       g.setColor(Color.white);\r
 544       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 545       g.setColor(Color.black);\r
 546       if (av.validCharWidth)\r
 547       {\r
 548         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 549       }\r
 550 \r
 551       return;\r
 552     }\r
 553 \r
 554     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 555 \r
 556     int x = 0;\r
 557     int y = 0;\r
 558     int column = 0;\r
 559     char lastSS;\r
 560     int lastSSX;\r
 561     int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 562     boolean validRes = false;\r
 563 \r
 564     boolean[] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 565 \r
 566     //\u03B2 \u03B1\r
 567     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 568     {\r
 569       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 570 \r
 571       if (!row.visible)\r
 572       {\r
 573         continue;\r
 574       }\r
 575 \r
 576       lastSS = ' ';\r
 577       lastSSX = 0;\r
 578 \r
 579       if (row.graph > 0)\r
 580       {\r
 581         if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 582         {\r
 583           continue;\r
 584         }\r
 585 \r
 586         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 587         y += row.height;\r
 588 \r
 589         if (row.hasText)\r
 590         {\r
 591           y -= av.charHeight;\r
 592         }\r
 593       }\r
 594 \r
 595       if (row.hasText)\r
 596       {\r
 597         iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 598       }\r
 599       else\r
 600       {\r
 601         iconOffset = 0;\r
 602       }\r
 603 \r
 604       x = 0;\r
 605       while (x < endRes - startRes)\r
 606       {\r
 607         if (av.hasHiddenColumns)\r
 608         {\r
 609           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes + x);\r
 610           if (column > row.annotations.length - 1)\r
 611           {\r
 612             break;\r
 613           }\r
 614         }\r
 615         else\r
 616         {\r
 617           column = startRes + x;\r
 618         }\r
 619 \r
 620         if ( (row.annotations.length <= column) ||\r
 621             (row.annotations[column] == null))\r
 622         {\r
 623           validRes = false;\r
 624         }\r
 625         else\r
 626         {\r
 627           validRes = true;\r
 628         }\r
 629 \r
 630         if (activeRow == i)\r
 631         {\r
 632           g.setColor(Color.red);\r
 633 \r
 634           if (av.getColumnSelection() != null)\r
 635           {\r
 636             for (int n = 0; n < av.getColumnSelection().size(); n++)\r
 637             {\r
 638               int v = av.getColumnSelection().columnAt(n);\r
 639 \r
 640               if (v == column)\r
 641               {\r
 642                 g.fillRect(x * av.charWidth, y,\r
 643                            av.charWidth, av.charHeight);\r
 644               }\r
 645             }\r
 646           }\r
 647         }\r
 648 \r
 649 \r
 650 \r
 651         if (av.validCharWidth && validRes &&\r
 652             (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 653         {\r
 654           int charOffset = (av.charWidth -\r
 655                             fm.charWidth(row.annotations[column].\r
 656                                          displayCharacter.charAt(\r
 657                                              0))) / 2;\r
 658 \r
 659           if (row.annotations[column].colour == null)\r
 660             g.setColor(Color.black);\r
 661           else\r
 662             g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 663 \r
 664           if (column == 0 || row.graph > 0)\r
 665           {\r
 666             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 667                          (x * av.charWidth) + charOffset,\r
 668                          y + iconOffset + 3);\r
 669           }\r
 670           else if (\r
 671               row.annotations[column - 1] == null\r
 672               || (!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 673                   row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 674                   ||\r
 675                   (row.annotations[column].displayCharacter.length() < 2 &&\r
 676                    row.annotations[column].secondaryStructure == ' ')))\r
 677           {\r
 678             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 679                          (x * av.charWidth) + charOffset,\r
 680                          y + iconOffset + 3);\r
 681           }\r
 682         }\r
 683 \r
 684         if (row.hasIcons)\r
 685         {\r
 686           if (!validRes ||\r
 687               (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 688           {\r
 689             switch (lastSS)\r
 690             {\r
 691               case 'H':\r
 692                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 693                 if (MAC)\r
 694                 {\r
 695                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 696                   //to offscreen image on the MAC\r
 697                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 698                                   (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 699                   break;\r
 700                 }\r
 701 \r
 702                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 703                 int x1 = lastSSX;\r
 704                 int x2 = (x * av.charWidth);\r
 705 \r
 706                 if (sCol == 0 ||\r
 707                     row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 708                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 709                 {\r
 710                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90,\r
 711                             180);\r
 712                   x1 += av.charWidth / 2;\r
 713                 }\r
 714 \r
 715                 if (row.annotations[column] == null ||\r
 716                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 717                 {\r
 718                   g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,\r
 719                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270, 180);\r
 720                   x2 -= av.charWidth / 2;\r
 721                 }\r
 722 \r
 723                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 724                 break;\r
 725 \r
 726               case 'E':\r
 727                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 728                 g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 729                            (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 730                 g.fillPolygon(new int[]\r
 731                               { (x * av.charWidth) - 4,\r
 732                               (x * av.charWidth) - 4,\r
 733                               (x * av.charWidth)},\r
 734                               new int[]\r
 735                               {\r
 736                               y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 737                               y + 8 + iconOffset\r
 738                 }, 3);\r
 739 \r
 740                 break;\r
 741 \r
 742               default:\r
 743                 g.setColor(Color.gray);\r
 744                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 745                            (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 746 \r
 747                 break;\r
 748             }\r
 749 \r
 750             if (validRes)\r
 751             {\r
 752               lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 753             }\r
 754             else\r
 755             {\r
 756               lastSS = ' ';\r
 757             }\r
 758 \r
 759             lastSSX = (x * av.charWidth);\r
 760           }\r
 761         }\r
 762 \r
 763         column++;\r
 764         x++;\r
 765       }\r
 766 \r
 767       if (column >= row.annotations.length)\r
 768       {\r
 769         column = row.annotations.length - 1;\r
 770       }\r
 771 \r
 772       //  x ++;\r
 773 \r
 774       if (row.hasIcons)\r
 775       {\r
 776         switch (lastSS)\r
 777         {\r
 778           case 'H':\r
 779             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 780             if (MAC)\r
 781             {\r
 782               //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 783               //to offscreen image on the MAC\r
 784               g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 785                               (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 786               break;\r
 787             }\r
 788 \r
 789             int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 790             int x1 = lastSSX;\r
 791             int x2 = (x * av.charWidth);\r
 792 \r
 793             if (sCol == 0 ||\r
 794                 row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 795                 row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 796             {\r
 797               g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);\r
 798               x1 += av.charWidth / 2;\r
 799             }\r
 800 \r
 801             if (row.annotations[column] == null ||\r
 802                 row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 803             {\r
 804               g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,\r
 805                         y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,\r
 806                         180);\r
 807               x2 -= av.charWidth / 2;\r
 808             }\r
 809 \r
 810             g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 811 \r
 812             break;\r
 813 \r
 814           case 'E':\r
 815             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 816 \r
 817             if (row.annotations[endRes] == null\r
 818                 || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 819             {\r
 820               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 821                          (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 822               g.fillPolygon(new int[]\r
 823                             { (x * av.charWidth) - 4,\r
 824                             (x * av.charWidth) - 4,\r
 825                             (x * av.charWidth)},\r
 826                             new int[]\r
 827                             {\r
 828                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 829                             y + 7 + iconOffset\r
 830               }, 3);\r
 831             }\r
 832             else\r
 833             {\r
 834               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 835                          x * av.charWidth - lastSSX, 7);\r
 836             }\r
 837             break;\r
 838 \r
 839           default:\r
 840             g.setColor(Color.gray);\r
 841             if (!av.wrapAlignment || endRes == av.endRes)\r
 842             {\r
 843               g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 844                          (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 845             }\r
 846 \r
 847             break;\r
 848         }\r
 849       }\r
 850 \r
 851       if (row.graph > 0)\r
 852       {\r
 853         if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
 854         {\r
 855           if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 856           {\r
 857             float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;\r
 858             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 859             {\r
 860               if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)\r
 861               {\r
 862                 continue;\r
 863               }\r
 864 \r
 865               if (aa[gg] != row)\r
 866               {\r
 867                 aa[gg].visible = false;\r
 868               }\r
 869 \r
 870               if (aa[gg].graphMax > groupmax)\r
 871               {\r
 872                 groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 873               }\r
 874               if (aa[gg].graphMin < groupmin)\r
 875               {\r
 876                 groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 877               }\r
 878             }\r
 879 \r
 880             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 881             {\r
 882               if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 883               {\r
 884                 drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 885                               groupmin, groupmax,\r
 886                               row.graphHeight);\r
 887               }\r
 888             }\r
 889 \r
 890             graphGroupDrawn[row.graphGroup] = true;\r
 891           }\r
 892           else\r
 893           {\r
 894             drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 895                           y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);\r
 896           }\r
 897         }\r
 898         else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
 899         {\r
 900           drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 901                        row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 902         }\r
 903       }\r
 904 \r
 905       if (row.graph > 0 && row.hasText)\r
 906       {\r
 907         y += av.charHeight;\r
 908       }\r
 909 \r
 910       if (row.graph == 0)\r
 911       {\r
 912         y += aa[i].height;\r
 913       }\r
 914     }\r
 915   }\r
 916 \r
 917   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 918                             int sRes, int eRes,\r
 919                             int y,\r
 920                             float min, float max,\r
 921                             int graphHeight)\r
 922   {\r
 923     if (sRes > aa.annotations.length)\r
 924     {\r
 925       return;\r
 926     }\r
 927 \r
 928     int x = 0;\r
 929 \r
 930     //Adjustment for fastpaint to left\r
 931     if (eRes < av.endRes)\r
 932     {\r
 933       eRes++;\r
 934     }\r
 935 \r
 936     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 937 \r
 938     if (sRes == 0)\r
 939     {\r
 940       sRes++;\r
 941       x += av.charWidth;\r
 942     }\r
 943 \r
 944     int y1 = y, y2 = y;\r
 945     float range = max - min;\r
 946 \r
 947     ////Draw origin\r
 948     if (min < 0)\r
 949     {\r
 950       y2 = y - (int) ( (0 - min / range) * graphHeight);\r
 951     }\r
 952 \r
 953     g.setColor(Color.gray);\r
 954     g.drawLine(x - av.charWidth, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
 955 \r
 956     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 957 \r
 958     int column;\r
 959     int aaMax = aa.annotations.length - 1;\r
 960 \r
 961     while (x < eRes - sRes)\r
 962     {\r
 963       column = sRes + x;\r
 964       if (av.hasHiddenColumns)\r
 965       {\r
 966         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 967       }\r
 968 \r
 969       if (column > aaMax)\r
 970       {\r
 971         break;\r
 972       }\r
 973 \r
 974       if (aa.annotations[column] == null || aa.annotations[column - 1] == null)\r
 975       {\r
 976         x++;\r
 977         continue;\r
 978       }\r
 979 \r
 980       if (aa.annotations[column].colour == null)\r
 981         g.setColor(Color.black);\r
 982       else\r
 983         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 984 \r
 985       y1 = y -\r
 986           (int) ( ( (aa.annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);\r
 987       y2 = y -\r
 988           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);\r
 989 \r
 990       g.drawLine(x * av.charWidth - av.charWidth / 2, y1,\r
 991                  x * av.charWidth + av.charWidth / 2, y2);\r
 992       x++;\r
 993     }\r
 994 \r
 995     if (aa.threshold != null)\r
 996     {\r
 997       g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 998 \r
 999       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);\r
1000       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
1001     }\r
1002   }\r
1003 \r
1004   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
1005                            int sRes, int eRes,\r
1006                            float min, float max,\r
1007                            int y)\r
1008   {\r
1009     if (sRes > aa.annotations.length)\r
1010     {\r
1011       return;\r
1012     }\r
1013 \r
1014     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
1015 \r
1016     int x = 0, y1 = y, y2 = y;\r
1017 \r
1018     float range = max - min;\r
1019 \r
1020     if (min < 0)\r
1021     {\r
1022       y2 = y - (int) ( (0 - min / (range)) * aa.graphHeight);\r
1023     }\r
1024 \r
1025     g.setColor(Color.gray);\r
1026 \r
1027     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
1028 \r
1029     int column;\r
1030     int aaMax = aa.annotations.length - 1;\r
1031 \r
1032     while (x < eRes - sRes)\r
1033     {\r
1034       column = sRes + x;\r
1035       if (av.hasHiddenColumns)\r
1036       {\r
1037         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
1038       }\r
1039 \r
1040       if (column > aaMax)\r
1041       {\r
1042         break;\r
1043       }\r
1044 \r
1045       if (aa.annotations[column] == null)\r
1046       {\r
1047         x++;\r
1048         continue;\r
1049       }\r
1050 \r
1051       if (aa.annotations[column].colour == null)\r
1052         g.setColor(Color.black);\r
1053       else\r
1054         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
1055 \r
1056       y1 = y -\r
1057           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
1058 \r
1059       if (y1 - y2 > 0)\r
1060       {\r
1061         g.fillRect(x * av.charWidth, y2, av.charWidth, y1 - y2);\r
1062       }\r
1063       else\r
1064       {\r
1065         g.fillRect(x * av.charWidth, y1, av.charWidth, y2 - y1);\r
1066       }\r
1067 \r
1068       x++;\r
1069 \r
1070     }\r
1071     if (aa.threshold != null)\r
1072     {\r
1073       g.setColor(aa.threshold.colour);\r
1074       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * aa.graphHeight);\r
1075       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);\r
1076     }\r
1077   }\r
1078 \r
1079   // used by overview window\r
1080   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y,\r
1081                         int sRes, int eRes)\r
1082   {\r
1083     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
1084     g.setColor(Color.white);\r
1085     g.fillRect(0, 0, width, y);\r
1086     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
1087 \r
1088     int x = 0, height;\r
1089 \r
1090     for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
1091     {\r
1092       if (aa.annotations[j].colour == null)\r
1093         g.setColor(Color.black);\r
1094       else\r
1095         g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
1096 \r
1097       height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
1098       if (height > y)\r
1099       {\r
1100         height = y;\r
1101       }\r
1102       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
1103       x += av.charWidth;\r
1104     }\r
1105   }\r
1106 }\r