src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationPanel\r
  30     extends Panel implements AdjustmentListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   int activeRow = -1;\r
  35 \r
  36   Vector activeRes;\r
  37   static String HELIX = "Helix";\r
  38   static String SHEET = "Sheet";\r
  39   static String LABEL = "Label";\r
  40   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  41   static String COLOUR = "Colour";\r
  42   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  43   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  44 \r
  45   Image image;\r
  46   Graphics gg;\r
  47   FontMetrics fm;\r
  48   int imgWidth = 0;\r
  49 \r
  50   boolean fastPaint = false;\r
  51 \r
  52   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  53 \r
  54   boolean MAC = false;\r
  55 \r
  56   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  57   {\r
  58     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  59       MAC = true;\r
  60 \r
  61     this.ap = ap;\r
  62     av = ap.av;\r
  63     setLayout(null);\r
  64     adjustPanelHeight();\r
  65 \r
  66     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  67     {\r
  68       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  69       {\r
  70         doMouseMoved(evt);\r
  71       }\r
  72     });\r
  73 \r
  74     // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  75   }\r
  76 \r
  77 \r
  78   public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  79   {\r
  80     this.av = av;\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85   {\r
  86     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int adjustPanelHeight()\r
  90   {\r
  91     // setHeight of panels\r
  92     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  93 \r
  94 \r
  95     int height = 0;\r
  96     if (aa != null)\r
  97     {\r
  98       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  99       {\r
 100         if (!aa[i].visible)\r
 101         {\r
 102           continue;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         aa[i].height = 0;\r
 106 \r
 107         if (aa[i].hasText)\r
 108         {\r
 109           aa[i].height += av.charHeight;\r
 110         }\r
 111         if (aa[i].hasIcons)\r
 112         {\r
 113           aa[i].height += 16;\r
 114         }\r
 115 \r
 116         if (aa[i].graph>0)\r
 117         {\r
 118           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 119         }\r
 120 \r
 121         if (aa[i].height == 0)\r
 122         {\r
 123           aa[i].height = 20;\r
 124         }\r
 125         height += aa[i].height;\r
 126       }\r
 127     }\r
 128     else\r
 129     {\r
 130       height = 20;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     this.setSize(getSize().width, height);\r
 134 \r
 135     repaint();\r
 136 \r
 137     return height;\r
 138 \r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void addEditableColumn(int i)\r
 142   {\r
 143     if (activeRow == -1)\r
 144     {\r
 145       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 146       if(aa ==null)\r
 147         return;\r
 148 \r
 149       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 150       {\r
 151         if (aa[j].editable)\r
 152         {\r
 153           activeRow = j;\r
 154           break;\r
 155         }\r
 156       }\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (activeRes == null)\r
 160     {\r
 161       activeRes = new Vector();\r
 162       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 163       return;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 170   {\r
 171     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 172     if (aa == null)\r
 173     {\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     int row = -1;\r
 178     int height = 0;\r
 179     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 180     {\r
 181 \r
 182       if (aa[i].visible)\r
 183       {\r
 184         height += aa[i].height;\r
 185       }\r
 186 \r
 187       if (evt.getY() < height)\r
 188       {\r
 189         row = i;\r
 190         break;\r
 191       }\r
 192     }\r
 193 \r
 194     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 195 \r
 196     if(av.hasHiddenColumns)\r
 197           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 198 \r
 199         if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null)\r
 200         {\r
 201           StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1));\r
 202           if (aa[row].annotations[res].description != null)\r
 203             text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 204           ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 205         }\r
 206   }\r
 207 \r
 208   public void update(Graphics g)\r
 209   {\r
 210     paint(g);\r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void paint(Graphics g)\r
 214   {\r
 215 \r
 216     imgWidth = getSize().width;\r
 217         //(av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 218 \r
 219     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 220     {\r
 221       image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 222       gg = image.getGraphics();\r
 223       gg.setFont(av.getFont());\r
 224       fm = gg.getFontMetrics();\r
 225       fastPaint = false;\r
 226     }\r
 227 \r
 228 \r
 229     if (fastPaint)\r
 230     {\r
 231       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 232       fastPaint = false;\r
 233       return;\r
 234     }\r
 235 \r
 236     gg.setColor(Color.white);\r
 237     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 238     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 239 \r
 240 \r
 241     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public void fastPaint(int horizontal)\r
 245   {\r
 246     if (horizontal == 0\r
 247         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null\r
 248         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1\r
 249         )\r
 250     {\r
 251       repaint();\r
 252       return;\r
 253     }\r
 254 \r
 255     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getSize().height, -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 256     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, transX = 0;\r
 257 \r
 258     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 259     {\r
 260       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 261       sr = er - horizontal;\r
 262     }\r
 263     else if (horizontal < 0)\r
 264     {\r
 265       er = sr - horizontal;\r
 266     }\r
 267 \r
 268     gg.translate(transX, 0);\r
 269 \r
 270     drawComponent(gg, sr, er);\r
 271 \r
 272     gg.translate( -transX, 0);\r
 273 \r
 274     fastPaint = true;\r
 275     repaint();\r
 276   }\r
 277 \r
 278   /**\r
 279    * DOCUMENT ME!\r
 280    *\r
 281    * @param g DOCUMENT ME!\r
 282    * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 283    * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 284    */\r
 285   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 286   {\r
 287     g.setFont(av.getFont());\r
 288 \r
 289 \r
 290     g.setColor(Color.white);\r
 291     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getSize().height);\r
 292 \r
 293 \r
 294     if (fm == null)\r
 295       fm = g.getFontMetrics();\r
 296 \r
 297 \r
 298       if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 299               (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 300       {\r
 301           g.setColor(Color.white);\r
 302           g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 303           g.setColor(Color.black);\r
 304           if(av.validCharWidth)\r
 305             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 306 \r
 307           return;\r
 308       }\r
 309 \r
 310       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 311 \r
 312       int x = 0;\r
 313       int y = 0;\r
 314       int column=0;\r
 315       char lastSS;\r
 316       int lastSSX;\r
 317       int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 318       boolean validRes = false;\r
 319 \r
 320       boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 321 \r
 322 \r
 323       //\u03B2 \u03B1\r
 324       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 325       {\r
 326           AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 327 \r
 328           if (!row.visible)\r
 329           {\r
 330               continue;\r
 331           }\r
 332 \r
 333           lastSS = ' ';\r
 334           lastSSX = 0;\r
 335 \r
 336           if (row.graph>0)\r
 337           {\r
 338               if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 339                 continue;\r
 340 \r
 341               // this is so that we draw the characters below the graph\r
 342               y += row.height;\r
 343 \r
 344               if (row.hasText)\r
 345               {\r
 346                   y -= av.charHeight;\r
 347               }\r
 348           }\r
 349 \r
 350           if (row.hasText)\r
 351           {\r
 352               iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 353           }\r
 354           else\r
 355           {\r
 356               iconOffset = 0;\r
 357           }\r
 358 \r
 359            x = 0;\r
 360           while(x < endRes-startRes)\r
 361           {\r
 362             if (av.hasHiddenColumns)\r
 363             {\r
 364               column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes+x);\r
 365               if (column > row.annotations.length-1)\r
 366               {\r
 367                 break;\r
 368               }\r
 369             }\r
 370             else\r
 371                 column = startRes+x;\r
 372 \r
 373               if ( (row.annotations.length <= column) ||\r
 374                   (row.annotations[column] == null))\r
 375               {\r
 376                 validRes = false;\r
 377               }\r
 378               else\r
 379               {\r
 380                 validRes = true;\r
 381               }\r
 382 \r
 383 \r
 384               if (av.validCharWidth && validRes &&\r
 385                         (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 386               {\r
 387                 int charOffset = (av.charWidth -\r
 388                     fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 389                             0))) / 2;\r
 390                 g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 391 \r
 392                 if (column == 0 || row.graph>0)\r
 393                 {\r
 394                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 395                                 (x*av.charWidth)+charOffset,\r
 396                         y + iconOffset + 3);\r
 397                 }\r
 398                 else if (\r
 399                     row.annotations[column - 1] == null\r
 400                     ||(!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 401                         row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 402                     ||\r
 403               (row.annotations[column].displayCharacter.length() <2 &&\r
 404                row.annotations[column].secondaryStructure==' ')))\r
 405                 {\r
 406                     g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,\r
 407                        (x*av.charWidth)+charOffset,\r
 408                         y + iconOffset + 3);\r
 409                     }\r
 410               }\r
 411 \r
 412               if (row.hasIcons)\r
 413               {\r
 414                   if (!validRes ||\r
 415                           (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 416                   {\r
 417                       switch (lastSS)\r
 418                       {\r
 419                       case 'H':\r
 420                         g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 421                         if (MAC)\r
 422                         {\r
 423                           //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 424                           //to offscreen image on the MAC\r
 425                           g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 426                                           (x*av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 427                           break;\r
 428                         }\r
 429 \r
 430                         int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 431                         int x1 = lastSSX;\r
 432                         int x2 = (x*av.charWidth);\r
 433 \r
 434                        if(sCol==0 ||\r
 435                           row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 436                           row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 437                        {\r
 438                          g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 439                          x1 += av.charWidth/2;\r
 440                        }\r
 441 \r
 442                         if(row.annotations[column]==null ||\r
 443                            row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 444                         {\r
 445                           g.fillArc((x*av.charWidth)-av.charWidth,\r
 446                                     y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 447                           x2 -= av.charWidth/2;\r
 448                         }\r
 449 \r
 450                         g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 451                             break;\r
 452 \r
 453                       case 'E':\r
 454                           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 455                           g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 456                               (x*av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 457                           g.fillPolygon(new int[] { (x*av.charWidth) - 4,\r
 458                                         (x*av.charWidth) - 4,\r
 459                                         (x*av.charWidth) },\r
 460                               new int[]\r
 461                               {\r
 462                                   y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 463                                   y + 8 + iconOffset\r
 464                               }, 3);\r
 465 \r
 466                           break;\r
 467 \r
 468 \r
 469                       default:\r
 470                           g.setColor(Color.gray);\r
 471                           g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 472                               (x*av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 473 \r
 474                           break;\r
 475                       }\r
 476 \r
 477                       if (validRes)\r
 478                       {\r
 479                           lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 480                       }\r
 481                       else\r
 482                       {\r
 483                           lastSS = ' ';\r
 484                       }\r
 485 \r
 486                       lastSSX = (x*av.charWidth);\r
 487                   }\r
 488               }\r
 489 \r
 490 \r
 491           column++;\r
 492           x++;\r
 493           }\r
 494 \r
 495           if(column>=row.annotations.length)\r
 496               column = row.annotations.length-1;\r
 497 \r
 498         //  x ++;\r
 499 \r
 500           if (row.hasIcons)\r
 501           {\r
 502             switch (lastSS)\r
 503             {\r
 504               case 'H':\r
 505                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 506                 if (MAC)\r
 507                 {\r
 508                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals\r
 509                   //to offscreen image on the MAC\r
 510                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 511                                   (x*av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 512                   break;\r
 513                 }\r
 514 \r
 515                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 516                 int x1 = lastSSX;\r
 517                 int x2 = (x*av.charWidth);\r
 518 \r
 519                 if (sCol == 0 ||\r
 520                     row.annotations[sCol - 1] == null ||\r
 521                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')\r
 522                 {\r
 523                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);\r
 524                   x1 += av.charWidth / 2;\r
 525                 }\r
 526 \r
 527                 if (row.annotations[column] == null ||\r
 528                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')\r
 529                 {\r
 530                   g.fillArc((x*av.charWidth) - av.charWidth,\r
 531                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,\r
 532                             180);\r
 533                   x2 -= av.charWidth / 2;\r
 534                 }\r
 535 \r
 536                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);\r
 537 \r
 538                 break;\r
 539 \r
 540               case 'E':\r
 541                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 542 \r
 543                 if (row.annotations[endRes] == null\r
 544                     || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 545                 {\r
 546                   g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 547                              (x*av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);\r
 548                   g.fillPolygon(new int[]\r
 549                                 {(x*av.charWidth) - 4,\r
 550                                 (x*av.charWidth) - 4,\r
 551                                (x*av.charWidth)},\r
 552                                 new int[]\r
 553                                 {\r
 554                                 y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 555                                 y + 7 + iconOffset\r
 556                   }, 3);\r
 557                 }\r
 558                 else\r
 559                  {\r
 560                    g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 561                               x * av.charWidth - lastSSX, 7);\r
 562                  }\r
 563                 break;\r
 564 \r
 565               default:\r
 566                 g.setColor(Color.gray);\r
 567                 if(!av.wrapAlignment || endRes==av.endRes)\r
 568                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 569                            (x*av.charWidth) - lastSSX, 2);\r
 570 \r
 571                 break;\r
 572             }\r
 573           }\r
 574 \r
 575           if (row.graph>0)\r
 576           {\r
 577               if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 578               {\r
 579                 if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 580                  {\r
 581                    float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 582                    for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 583                    {\r
 584                      if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 585                        continue;\r
 586 \r
 587                      if(aa[gg]!=row)\r
 588                        aa[gg].visible = false;\r
 589 \r
 590                      if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 591                        groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 592                      if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 593                        groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 594                    }\r
 595 \r
 596                    for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 597                    {\r
 598                      if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 599                      {\r
 600                        drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 601                                      groupmin, groupmax,\r
 602                                      row.graphHeight);\r
 603                      }\r
 604                    }\r
 605 \r
 606                    graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 607                  }\r
 608                  else\r
 609                    drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 610                                  y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 611               }\r
 612               else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 613                  drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 614                               row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 615           }\r
 616 \r
 617           if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 618           {\r
 619               y += av.charHeight;\r
 620           }\r
 621 \r
 622           if (row.graph==0)\r
 623           {\r
 624               y += aa[i].height;\r
 625           }\r
 626       }\r
 627   }\r
 628 \r
 629   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 630                             int sRes, int eRes,\r
 631                             int y,\r
 632                             float min, float max,\r
 633                             int graphHeight)\r
 634   {\r
 635     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 636       return;\r
 637 \r
 638 \r
 639 \r
 640     int x = 0;\r
 641 \r
 642     //Adjustment for fastpaint to left\r
 643     if(eRes<av.endRes)\r
 644       eRes++;\r
 645 \r
 646     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 647 \r
 648 \r
 649     if(sRes==0)\r
 650     {\r
 651       sRes++;\r
 652       x+=av.charWidth;\r
 653     }\r
 654 \r
 655     int y1=y, y2=y;\r
 656     float range = max - min;\r
 657 \r
 658     ////Draw origin\r
 659     if(min<0)\r
 660       y2 = y - (int)((0-min / range)*graphHeight);\r
 661 \r
 662     g.setColor(Color.gray);\r
 663     g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 664 \r
 665     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 666 \r
 667     int column;\r
 668     int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 669 \r
 670     while( x < eRes - sRes )\r
 671     {\r
 672       column = sRes + x;\r
 673       if(av.hasHiddenColumns)\r
 674       {\r
 675         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 676       }\r
 677 \r
 678       if (column > aaMax)\r
 679       {\r
 680         break;\r
 681       }\r
 682 \r
 683       if(aa.annotations[column]==null || aa.annotations[column-1]==null)\r
 684       {\r
 685         x++;\r
 686         continue;\r
 687       }\r
 688 \r
 689         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 690         y1 = y - (int) (((aa.annotations[column-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
 691         y2 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / range) * graphHeight);\r
 692 \r
 693         g.drawLine(x*av.charWidth-av.charWidth/2, y1, x*av.charWidth+av.charWidth/2, y2);\r
 694         x ++;\r
 695      }\r
 696 \r
 697      if(aa.threshold!=null)\r
 698      {\r
 699          g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 700 \r
 701          y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*graphHeight);\r
 702          g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 703     }\r
 704   }\r
 705 \r
 706   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 707                            int sRes, int eRes,\r
 708                            float min, float max,\r
 709                            int y)\r
 710   {\r
 711     if(sRes>aa.annotations.length)\r
 712       return;\r
 713 \r
 714     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 715 \r
 716     int x=0, y1=y, y2=y;\r
 717 \r
 718     float range = max - min;\r
 719 \r
 720     if(min<0)\r
 721       y2 = y - (int)((0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
 722 \r
 723     g.setColor(Color.gray);\r
 724 \r
 725     g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 726 \r
 727     int column;\r
 728     int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 729 \r
 730     while( x < eRes-sRes )\r
 731     {\r
 732       column = sRes + x;\r
 733       if(av.hasHiddenColumns)\r
 734       {\r
 735         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 736       }\r
 737 \r
 738       if(column > aaMax)\r
 739       {\r
 740           break;\r
 741       }\r
 742 \r
 743       if (aa.annotations[column] == null)\r
 744       {\r
 745         x ++;\r
 746         continue;\r
 747       }\r
 748 \r
 749         g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 750         y1 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
 751 \r
 752         if(y1-y2>0)\r
 753           g.fillRect(x*av.charWidth, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
 754         else\r
 755           g.fillRect(x*av.charWidth, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
 756 \r
 757         x ++ ;\r
 758 \r
 759     }\r
 760     if(aa.threshold!=null)\r
 761     {\r
 762         g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 763         y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 764         g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 765       }\r
 766   }\r
 767 \r
 768   // used by overview window\r
 769   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 770   {\r
 771       g.setColor(Color.white);\r
 772       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 773       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 774 \r
 775       int x = 0, height;\r
 776 \r
 777       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 778       {\r
 779           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 780 \r
 781           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 782           if(height>y)\r
 783               height = y;\r
 784           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 785           x += av.charWidth;\r
 786       }\r
 787     }\r
 788 }\r