src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class AnnotationPanel extends Panel implements AdjustmentListener\r
  10 {\r
  11   AlignViewport av;\r
  12   AlignmentPanel ap;\r
  13   int activeRow =-1;\r
  14 \r
  15   Vector activeRes;\r
  16   static String HELIX ="Helix";\r
  17   static String SHEET ="Sheet";\r
  18   static String LABEL ="Label";\r
  19   static String REMOVE="Remove Annotation";\r
  20   static String COLOUR="Colour";\r
  21   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  22   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  23 \r
  24 \r
  25   Image image;\r
  26   Graphics gg;\r
  27   FontMetrics fm;\r
  28   int imgWidth=0;\r
  29 \r
  30   boolean fastPaint = false;\r
  31 \r
  32   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  33 \r
  34 \r
  35 \r
  36   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  37   {\r
  38     this.ap = ap;\r
  39     av = ap.av;\r
  40     this.setLayout(null);\r
  41     adjustPanelHeight();\r
  42 \r
  43     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  44     {public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  45           { doMouseMoved(evt); }\r
  46     });\r
  47 \r
  48    // ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  52   {\r
  53     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue() );\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void adjustPanelHeight()\r
  57   {\r
  58     // setHeight of panels\r
  59     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  60     int height = 0;\r
  61     if(aa!=null)\r
  62     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  63     {\r
  64       if(!aa[i].visible)\r
  65         continue;\r
  66 \r
  67       aa[i].height = 0;\r
  68 \r
  69       if(aa[i].hasText)\r
  70         aa[i].height += av.charHeight;\r
  71       if (aa[i].hasIcons)\r
  72         aa[i].height += 16;\r
  73 \r
  74       if (aa[i].isGraph)\r
  75         aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
  76 \r
  77       if(aa[i].height==0)\r
  78         aa[i].height = 20;\r
  79       height += aa[i].height;\r
  80     }\r
  81   else height=20;\r
  82 \r
  83    this.setSize(getSize().width, height);\r
  84    ap.annotationScroller.setSize(getSize().width, height);\r
  85 \r
  86 //  ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,annotationPanel.getSize().height);\r
  87 \r
  88    repaint();\r
  89 \r
  90   }\r
  91 \r
  92   public void addEditableColumn(int i)\r
  93   {\r
  94     if(activeRow==-1)\r
  95     {\r
  96       AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  97       for(int j=0; j<aa.length; j++)\r
  98         if(aa[j].editable)\r
  99         {\r
 100           activeRow = j;\r
 101           break;\r
 102         }\r
 103     }\r
 104 \r
 105     if(activeRes==null)\r
 106     {\r
 107       activeRes = new Vector();\r
 108       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 109       return;\r
 110     }\r
 111 \r
 112     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 113   }\r
 114 \r
 115  public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 116  {\r
 117    AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 118    if(aa==null)\r
 119      return;\r
 120 \r
 121    int row = -1;\r
 122    int height=0;\r
 123    for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 124    {\r
 125 \r
 126      if( aa[i].visible )\r
 127        height += aa[i].height;\r
 128 \r
 129      if(evt.getY()<height)\r
 130      {\r
 131        row = i;\r
 132        break;\r
 133      }\r
 134    }\r
 135 \r
 136    int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 137    if(row>-1 && res<aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res]!=null)\r
 138    {\r
 139      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1) +\r
 140                                           "  " +\r
 141                                           aa[row].annotations[res].description);\r
 142      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 143    }\r
 144  }\r
 145 \r
 146 \r
 147 \r
 148   public void update(Graphics g)\r
 149   {\r
 150     paint(g);\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public void paint(Graphics g)\r
 154   {\r
 155     imgWidth = (av.endRes-av.startRes+1) *av.charWidth;\r
 156 \r
 157     if(image==null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 158       {\r
 159         image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 160         gg = image.getGraphics();\r
 161         gg.setFont(av.getFont());\r
 162         fm = gg.getFontMetrics();\r
 163         fastPaint = false;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     if(fastPaint)\r
 167     {\r
 168       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 169       fastPaint = false;\r
 170       return;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     drawComponent( gg, av.startRes, av.endRes+1);\r
 174     g.drawImage( image, 0, 0, this);\r
 175 \r
 176   }\r
 177 \r
 178   public void fastPaint(int horizontal)\r
 179 {\r
 180   if( horizontal == 0\r
 181      || av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null\r
 182      || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1\r
 183     )\r
 184   {\r
 185     repaint();\r
 186     return;\r
 187   }\r
 188 \r
 189   gg.copyArea( 0,0, imgWidth, getSize().height, -horizontal*av.charWidth, 0 );\r
 190   int sr=av.startRes, er=av.endRes+1, transX=0;\r
 191 \r
 192   if(horizontal>0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 193   {\r
 194     transX =  (er-sr-horizontal)*av.charWidth;\r
 195     sr = er - horizontal ;\r
 196   }\r
 197   else if(horizontal<0)\r
 198   {\r
 199     er = sr-horizontal;\r
 200   }\r
 201 \r
 202 \r
 203   gg.translate(transX, 0);\r
 204 \r
 205   drawComponent(gg, sr, er);\r
 206 \r
 207   gg.translate( -transX, 0 );\r
 208 \r
 209   fastPaint = true;\r
 210   repaint();\r
 211 }\r
 212 \r
 213 \r
 214   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 215   {\r
 216     g.setColor(Color.white);\r
 217     g.fillRect(0,0,(endRes-startRes) *av.charWidth, getSize().height);\r
 218     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1)\r
 219     {\r
 220       g.setColor(Color.white);\r
 221       g.fillRect(0,0,getSize().width, getSize().height);\r
 222       g.setColor(Color.black);\r
 223       g.drawString("Alignment has no annotations",20,15);\r
 224       return;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 228 \r
 229     int j, x=0, y=0;\r
 230     char [] lastSS = new char[aa.length];\r
 231     int  [] lastSSX= new int[aa.length] ;\r
 232     int iconOffset = av.charHeight/2;\r
 233     boolean validRes = false;\r
 234     //\u03B2 \u03B1\r
 235 \r
 236     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 237     {\r
 238       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 239       if(!row.visible)\r
 240         continue;\r
 241 \r
 242       if(row.isGraph)\r
 243       {\r
 244         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 245         y += row.height;\r
 246         if(row.hasText)\r
 247           y -= av.charHeight;\r
 248       }\r
 249       if(row.hasText)\r
 250         iconOffset = av.charHeight/2;\r
 251       else\r
 252         iconOffset = 0;\r
 253 \r
 254       for(j=startRes; j<endRes; j++)\r
 255       {\r
 256         if(row.annotations.length<=j || row.annotations[j]==null)\r
 257         validRes = false;\r
 258        else\r
 259          validRes = true;\r
 260 \r
 261        x = (j-startRes)*av.charWidth;\r
 262 \r
 263 \r
 264        if(activeRow==i)\r
 265        {\r
 266 \r
 267          g.setColor(Color.red);\r
 268 \r
 269          if(activeRes!=null)\r
 270            for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 271            {\r
 272              int v = Integer.parseInt(activeRes.elementAt(n).toString()) ;\r
 273              if (v == j)\r
 274                g.fillRect( (j-startRes) * av.charWidth, y, av.charWidth, row.height);\r
 275            }\r
 276        }\r
 277 \r
 278 \r
 279 \r
 280        if(validRes && row.annotations[j].displayCharacter.length()>0)\r
 281        {\r
 282          int charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.charAt(0)))/2;\r
 283          g.setColor( row.annotations[j].colour);\r
 284           if(j==0)\r
 285           {\r
 286             if (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H'\r
 287                 || row.annotations[0].secondaryStructure == 'E')\r
 288               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 289                            y + iconOffset + 2);\r
 290           }\r
 291          else if( (row.annotations[j].secondaryStructure=='H'\r
 292                || row.annotations[j].secondaryStructure=='E') &&\r
 293                (row.annotations[j-1]==null ||\r
 294                 row.annotations[j].secondaryStructure!=row.annotations[j-1].secondaryStructure))\r
 295 \r
 296         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x, y + iconOffset + 2);\r
 297 \r
 298         if(!row.hasIcons)\r
 299             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x + charOffset,\r
 300                          y + iconOffset + 2);\r
 301        }\r
 302 \r
 303        if(row.hasIcons)\r
 304        if(!validRes || row.annotations[j].secondaryStructure!=lastSS[i])\r
 305        {\r
 306          switch (lastSS[i])\r
 307          {\r
 308            case 'H':\r
 309              g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 310              g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4 + iconOffset, x-lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 311              break;\r
 312            case 'E':\r
 313              g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 314              g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset, x-lastSSX[i]-4, 7);\r
 315              g.fillPolygon(new int[] {x - 4, x- 4, x }\r
 316                            , new int[]{y+ iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 8+ iconOffset}, 3);\r
 317              break;\r
 318            case 'C':\r
 319              break;\r
 320            default :\r
 321              g.setColor(Color.gray);\r
 322              g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 323              break;\r
 324          }\r
 325 \r
 326          if(validRes)\r
 327            lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 328           else\r
 329             lastSS[i] = ' ';\r
 330          lastSSX[i] = x;\r
 331        }\r
 332 \r
 333        if (validRes && row.isGraph)\r
 334        {\r
 335          g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 336          int height = (int)((row.annotations[j].value / row.graphMax)*GRAPH_HEIGHT);\r
 337 \r
 338          if(row.windowLength>1)\r
 339          {\r
 340            int total =0;\r
 341            for(int i2=j- (row.windowLength/2); i2<j+(row.windowLength/2); i2++)\r
 342            {\r
 343              if(i2<0 || i2>=av.alignment.getWidth())\r
 344                continue;\r
 345 \r
 346              total += row.annotations[i2].value;\r
 347            }\r
 348 \r
 349            total/=row.windowLength;\r
 350            height = (int)( (total / row.graphMax) *GRAPH_HEIGHT);\r
 351 \r
 352          }\r
 353          g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 354          g.fillRect(x, y-height, av.charWidth, height );\r
 355        }\r
 356 \r
 357 \r
 358       }\r
 359 \r
 360       x+=av.charWidth;\r
 361 \r
 362       if(row.hasIcons)\r
 363       switch (lastSS[i])\r
 364       {\r
 365         case 'H':\r
 366           g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 367           g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4+ iconOffset, x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 368           break;\r
 369         case 'E':\r
 370           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 371           g.fillRect(lastSSX[i], y + 4+ iconOffset, x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 372           g.fillPolygon(new int[]\r
 373                         {x - 4, x - 4, x}\r
 374                         , new int[]\r
 375                         {y + iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 7+ iconOffset}\r
 376                         , 3);\r
 377           break;\r
 378         case 'C':\r
 379           break;\r
 380         default:\r
 381           g.setColor(Color.gray);\r
 382           g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 383           break;\r
 384 \r
 385       }\r
 386 \r
 387        if(row.isGraph && row.hasText)\r
 388          y+=av.charHeight;\r
 389        if(!row.isGraph)\r
 390           y+=aa[i].height;\r
 391     }\r
 392   }\r
 393 \r
 394   // used by overview window\r
 395   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,int width, int y)\r
 396   {\r
 397     g.setColor(Color.white);\r
 398     g.fillRect(0,0,width, y);\r
 399     g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 400     int x = 0;\r
 401     for(int j=0; j<aa.annotations.length; j++)\r
 402     {\r
 403       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 404       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT );\r
 405       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 406       x+=av.charWidth;\r
 407     }\r
 408   }\r
 409 }\r